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        基于CiteSpace 軟件的國內(nèi)線粒體生物合成研究的文獻(xiàn)計量及可視化分析

        2021-06-26 11:58:22王承龍
        中國醫(yī)藥導(dǎo)報 2021年15期
        關(guān)鍵詞:發(fā)文線粒體圖譜

        王 茹 王承龍

        1.中國中醫(yī)科學(xué)院西苑醫(yī)院心血管病中心,北京 100091;2.國家中醫(yī)心血管病臨床醫(yī)學(xué)研究中心,北京 100091

        線粒體具有相對獨立的遺傳系統(tǒng)和生物合成場所,對細(xì)胞能量代謝發(fā)揮重要作用[1-3]。線粒體生物合成需要線粒體基因和核基因的雙重轉(zhuǎn)錄,促進(jìn)線粒體相關(guān)蛋白的合成,最終參與線粒體內(nèi)膜復(fù)合物的組裝,保證細(xì)胞線粒體正常的代謝過程[4-5]。對心肌細(xì)胞等能量需求高的細(xì)胞而言,線粒體生物合成尤為重要。本文利用文獻(xiàn)計量學(xué)的研究方法,對國內(nèi)線粒體生物合成的研究熱點與發(fā)展趨勢進(jìn)行分析,為開展相關(guān)研究工作提供科研思路。

        1 資料與方法

        1.1 文獻(xiàn)來源和檢測策略

        數(shù)據(jù)源于中國知識資源總庫,以“線粒體生物合成”為檢索詞,檢索方式為“主題”(精準(zhǔn)),檢索時限為2000 年1 月—2020 年6 月。將檢索結(jié)果導(dǎo)入Note-Express 進(jìn)行篩選,剔除征稿啟事、會議論文等不相關(guān)文獻(xiàn)后確定納入文獻(xiàn)。

        1.2 研究方法

        納入文獻(xiàn)以Refworks 格式導(dǎo)出,以“download_XXX”命名保存,導(dǎo)入CiteSpace 進(jìn)行數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)化。設(shè)置CiteSpace 參數(shù),時間跨度為2000—2020 年,時間切片為1 年,節(jié)點類型為作者、機(jī)構(gòu)及關(guān)鍵詞,被引次數(shù)最高的N 個論文(TopN)為50,其余參數(shù)為默認(rèn)設(shè)置,進(jìn)行可視化分析,繪制知識圖譜。

        2 結(jié)果

        2.1 文獻(xiàn)的時間分布

        共檢索到275 篇文獻(xiàn),篩選后得到168 篇文獻(xiàn)。發(fā)文量呈波動式上升,2008 年前增長緩慢,2009 年后呈波動式增長,2018 年文獻(xiàn)量增長非常明顯,2019 年呈突降式下滑,但發(fā)文量呈總體上升態(tài)勢,推斷2020 年總發(fā)文量應(yīng)會有所回升。見圖1。

        圖1 國內(nèi)線粒體生物合成相關(guān)文獻(xiàn)發(fā)表情況

        2.2 作者合作可視化

        發(fā)文量最多的學(xué)者為丁曉雯與寧俊麗,李思遠(yuǎn)、張勇、黃先智等位列其后。學(xué)者間的合作在圖譜中構(gòu)成作者子網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu),較為顯著的是以丁曉雯、張勇、劉樹森等為代表的7 個子網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu),并存在以2~3 人組成的小范圍合作網(wǎng)絡(luò)以及單獨節(jié)點作者,發(fā)文量相對偏低。見圖2。

        圖2 作者共現(xiàn)圖譜

        2.3 研究機(jī)構(gòu)可視化

        發(fā)文量最多的機(jī)構(gòu)是西南大學(xué)家蠶基因組生物學(xué)國家重點實驗室與西南大學(xué)食品科學(xué)學(xué)院,表示在該領(lǐng)域科研力量較強(qiáng)。圖中節(jié)點之間的連線數(shù)較少,表示機(jī)構(gòu)間比較分散,合作較少。見圖3。

        圖3 機(jī)構(gòu)共現(xiàn)圖譜

        2.4 研究熱點主題

        關(guān)鍵詞共現(xiàn)圖譜(圖4)中出現(xiàn)頻次排名前5 的關(guān)鍵詞是線粒體生物合成、線粒體、線粒體自噬、骨骼肌、1-脫氧野尻霉素。在此基礎(chǔ)上,選擇“LLR 對數(shù)似然比算法”生成關(guān)鍵詞聚類圖譜(圖5),其模塊性Q 值與平均輪廓值均在合理范圍內(nèi),表明聚類效果顯著。

        圖4 關(guān)鍵詞共現(xiàn)圖譜

        圖5 關(guān)鍵詞聚類圖譜

        2.5 研究趨勢

        從關(guān)鍵詞突現(xiàn)圖(圖6)中看出,2005 年之前,1-脫氧野尻霉素、肥胖及線粒體自噬突現(xiàn)率較高;2005—2010 年一氧化氮、運動、耐力訓(xùn)練突現(xiàn)率較高,說明骨骼肌線粒體生物合成研究較多;2011 年后,生物合成、核呼吸因子1、慢性缺氧、促紅細(xì)胞生成素、氧化應(yīng)激等關(guān)鍵詞突現(xiàn)率較高,表示線粒體生物合成研究趨于系統(tǒng)化。

        圖6 關(guān)鍵詞突現(xiàn)圖

        關(guān)鍵詞時序圖譜(圖7)中看出,2000—2004 年,關(guān)注點集中于線粒體生物合成、自噬以及肥胖,研究缺乏整體性及系統(tǒng)性。2005—2010 年研究主要指向與能量代謝相關(guān)的生理病理過程:①運動、耐力訓(xùn)練等骨骼肌生理代謝過程;②糖脂等物質(zhì)代謝過程;③在2 型糖尿病、腦卒中等疾病及人體衰老中的作用;④過氧化物酶體增殖物激活受體γ 共激活因子1α(PGC-1α)等所介導(dǎo)的信號通路;⑤線粒體DNA 及線粒體凋亡。2010 年后集中于探究線粒體生物合成對缺血再灌注損傷、心肌重構(gòu)、氧化應(yīng)激等病理生理過程的影響。2016 年以后,心肌細(xì)胞線粒體生物合成的關(guān)注度增加,同時關(guān)注線粒體膜電位、線粒體呼吸功能、線粒體穩(wěn)態(tài)以及線粒體蛋白的表觀遺傳學(xué)修飾,且中醫(yī)藥研究越來越多。

        圖7 關(guān)鍵詞時序圖譜

        3 討論

        線粒體生物發(fā)生保證功能性線粒體種群的維持、三羧酸循環(huán)以及氧化磷酸化相關(guān)線粒體蛋白的充分表達(dá)[6-7],線粒體生物合成障礙直接導(dǎo)致線粒體功能障礙,與多種疾病密切相關(guān)[8-9]。文獻(xiàn)計量學(xué)能夠?qū)茖W(xué)技術(shù)的某些結(jié)構(gòu)、特征和規(guī)律進(jìn)行探討[10],廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué)領(lǐng)域[11]。國內(nèi)近20 年線粒體生物合成相關(guān)研究分析后發(fā)現(xiàn):第一、文獻(xiàn)發(fā)文量整體呈上升趨勢,顯現(xiàn)出較大的發(fā)展空間和上升的發(fā)展態(tài)勢。第二、機(jī)構(gòu)發(fā)文量存在較大差距,且各機(jī)構(gòu)多為獨立開展研究,核心作者群亦是如此,這種現(xiàn)象可能與線粒體生物合成涉及的學(xué)科領(lǐng)域較廣有關(guān)。各機(jī)構(gòu)間應(yīng)推進(jìn)交流與合作,促進(jìn)線粒體生物合成研究的整體化與系統(tǒng)化。第三、在高頻關(guān)鍵詞中,除線粒體生物合成本身含義外,線粒體自噬排名靠前。線粒體生物發(fā)生與線粒體自噬是控制線粒體數(shù)量、形態(tài)與功能的主要環(huán)節(jié)[12-13]。在營養(yǎng)缺乏、細(xì)胞衰老及氧化應(yīng)激損傷時,細(xì)胞中線粒體發(fā)生極化損傷,自噬體能夠特異性包裹異常線粒體并選擇性降解,對維持細(xì)胞穩(wěn)態(tài)具有重要作用[14-19]。關(guān)鍵詞聚類分析中,除了線粒體及線粒體生物合成的聚類外,PGC-1α 是第三項聚類。PGC-1α 在能量需求增加的狀態(tài)下誘發(fā)[20],能夠調(diào)節(jié)核呼吸因子1 和線粒體轉(zhuǎn)錄因子A 的轉(zhuǎn)錄[21-23],是線粒體生物發(fā)生的核心調(diào)節(jié)因子[24-26]。關(guān)鍵詞時序圖譜及突現(xiàn)圖譜提示線粒體生物合成與氧化應(yīng)激、線粒體自噬、線粒體凋亡的交互關(guān)系、線粒體生物合成信號通路、線粒體蛋白的乙?;揎椏赡苁俏磥戆l(fā)展趨勢。

        綜上所述,國內(nèi)線粒體生物合成的研究力度逐漸增強(qiáng),從現(xiàn)有文獻(xiàn)預(yù)測,探索線粒體生物合成在缺血性心肌病、慢性心力衰竭、阿爾茨海默病、腫瘤等疾病中能量代謝障礙環(huán)節(jié)中的作用,研究線粒體生物合成靶點與通路、線粒體生物合成與氧化應(yīng)激、線粒體自噬、線粒體凋亡的交互作用以及線粒體蛋白乙?;揎椏赡苁俏磥淼难芯繜狳c。中醫(yī)藥科研人員應(yīng)注重挖掘中醫(yī)中藥在線粒體生物合成方面的潛在作用。

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