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        基于形態(tài)學濾波器與RF模型的棘波檢測仿真實驗

        2021-06-24 04:06:42吳端坡王紫萌蔣鐵甲劉兆霆
        實驗室研究與探索 2021年5期
        關(guān)鍵詞:形態(tài)學分類器癲癇

        吳端坡, 王紫萌, 蔣鐵甲, 董 芳, 馮 維, 劉兆霆

        (1.杭州電子科技大學通信工程學院,杭州 310018;2.浙江大學醫(yī)學院附屬兒童醫(yī)院,杭州 310052;3.浙大城市學院信息與電氣工程學院,杭州 310015;4.浙江環(huán)瑪信息科技有限公司,杭州 310052)

        0 引 言

        隨著經(jīng)濟的發(fā)展和社會的進步,人們對智慧醫(yī)療、智能醫(yī)療的需求日益增加,醫(yī)學單一學科發(fā)展已無法滿足人們的需求,隨著人工智能技術(shù)、機器人技術(shù)和納米載體技術(shù)等在醫(yī)學方面的廣泛應用,學科交叉與發(fā)展得到了加強,醫(yī)工結(jié)合應運而生[1]。醫(yī)工結(jié)合以醫(yī)學為基礎(chǔ),以工學為手段,學科之間相互交叉與滲透,極大地推動了醫(yī)療水平發(fā)展[2]。

        癲癇是大腦神經(jīng)元突發(fā)性異常放電導致短暫的大腦功能障礙的一種慢性疾病,僅中國癲癇患者就有900百萬人之多[3-4]。棘波是癲癇患者腦電信號(Electroencephalogram,EEG)中的典型特征波,其波形尖銳,突出于背景波,具有高幅和瞬變的特性[5-6]。Nishida等[7]首次用數(shù)學形態(tài)學的方法檢測出EEG中的棘波,但沒有考慮單一開-閉或者閉-開運算引發(fā)的統(tǒng)計偏倚現(xiàn)象。隨機森林(Random Forest,RF)是貝爾實驗室的Tin Kam Ho在1995年提出的一種機器學習算法,包含了多個決策樹,其輸出結(jié)果由這些決策樹投票得到[8]。相對其他集成學習算法,RF具有極高的準確率,能夠處理大量高維度數(shù)據(jù),抗過擬合能力強,常用于EEG信號檢測與分類研究[9]。

        Matlab是矩陣運算與信號檢測領(lǐng)域常用的數(shù)據(jù)分析平臺,被科研技術(shù)人員、高校師生廣泛使用[10-11],《Matlab與仿真》是作者所在學院一直開設(shè)的專業(yè)必修課程,旨在培養(yǎng)學生的創(chuàng)新意識和規(guī)范編程的能力。本文在上述研究的基礎(chǔ)上,根據(jù)癲癇棘波的波形特征,對腦電信號進行形態(tài)學濾波,并結(jié)合RF分類模型,通過Matlab仿真實驗實現(xiàn)癲癇棘波自動檢測,提高學生的動手能力和獨立思考的能力。該實驗對教學硬件要求較低,能夠在高校大規(guī)模推廣。

        1 相關(guān)理論

        1.1 數(shù)據(jù)描述與數(shù)據(jù)預處理

        如圖1所示,本文通過國際10-20電極分布系統(tǒng)采集真實病例的EEG信號[12]。該數(shù)據(jù)庫中EEG信號的采樣頻率為1 kHz,所有數(shù)據(jù)都已經(jīng)由專業(yè)醫(yī)生進行了棘波放電標記。在EEG信號采集過程中,由于設(shè)備本身、肌肉活動和眨眼等因素容易產(chǎn)生噪聲和偽跡,在本研究中采用5階巴特沃斯帶通濾波器對EEG進行預處理,濾波范圍為1.6~70 Hz。

        圖1 國際10-20電極分布系統(tǒng)

        本文采用了5例患者的EEG信號進行試驗,分別命名為S1~S5。每個患者EEG信號的相關(guān)信息見表1。每個EEG數(shù)據(jù)中包含16個通道(Fp1、Fp2、F3、F4、F7、F8、T3、T4、T5、T6、C3、C4、P3、P4、O1和O2),本文分別使用其中能量最大的一個雙極導聯(lián)和平均導聯(lián)EEG進行實驗。圖2顯示了患者S1的部分癲癇棘波波形。

        表1 訓練/測試數(shù)據(jù)集的相關(guān)信息

        圖2 癲癇棘波信號

        1.2 形態(tài)學濾波器

        形態(tài)學濾波器是一種非線性濾波器,它利用信號的幾何特征將信號與預先設(shè)定的結(jié)構(gòu)元素進行匹配,提取與結(jié)構(gòu)元素相似的信號特征[13-14]。形態(tài)學濾波的基本操作包括腐蝕、膨脹、形態(tài)開運算和形態(tài)閉運算:

        式中: f(n)為輸入的時間序列;g(n)為結(jié)構(gòu)元素;f(n)、g(n)的序列長度分別為N和M,并且N>>M;?、⊕、。、·分別為腐蝕、膨脹、形態(tài)學開操作和形態(tài)學閉操作。

        2 癲癇棘波檢測仿真實驗設(shè)計

        實驗以Matlab為仿真平臺,采用形態(tài)學濾波與RF模型的癲癇棘波檢測算法,主要包括候選棘波檢測、消除偽棘波、棘波形態(tài)特征提取和模型分類4部分,具體流程如圖3所示。

        圖3 癲癇棘波檢測算法具體流程圖

        2.1 候選棘波檢測

        為提高癲癇棘波自動檢測算法的準確性,采用形態(tài)學濾波的方法進行候選棘波檢測,具體過程如下。

        對單通道EEG信號進行候選檢測的第1步就是選擇一個合適的結(jié)構(gòu)元素,選擇能夠最大程度反映棘波信號幾何特征的三角形結(jié)構(gòu)元素。三角形結(jié)構(gòu)元素如圖4所示,其中:A為結(jié)構(gòu)元素的中心高度;2L為結(jié)構(gòu)元素的寬度。

        為提高棘波提取的準確率,進一步的抑制背景信號,使用了一種改良的形態(tài)學濾波方法,設(shè)置2個結(jié)構(gòu)元素,根據(jù)數(shù)據(jù)集中所有數(shù)據(jù)的棘波持續(xù)時間來確定結(jié)構(gòu)元素的寬度,經(jīng)統(tǒng)計,由醫(yī)生標記的癲癇棘波平均持續(xù)時間為60 ms,癲癇棘波最大波幅為結(jié)構(gòu)元素高度A的范圍為[130,150]。對EEG信號進行候選所用的2個結(jié)構(gòu)元素表示如下:

        圖4 三角形結(jié)構(gòu)元素結(jié)構(gòu)

        式中:A1和A2分別為130和150;2L的值為60 ms×1 kHz=60,因此本實驗中取L為30。

        為同時去除信號中的正、負脈沖,消除誤差偏倚,構(gòu)建一個基于形態(tài)開-閉(Open-closing,OC)和形態(tài)閉-開(Close-opening,CO)級聯(lián)的濾波器[15-16]:

        式中, f (k)為患者EEG信號。

        由于開操作具有擴展性而閉操作具有反擴展性,因此單獨進行OC操作或者CO操作會使結(jié)果出現(xiàn)統(tǒng)計偏倚現(xiàn)象。針對以上現(xiàn)象,使用平均加權(quán)的方法消除統(tǒng)計偏倚。EEG信號f(k)經(jīng)過OC操作和CO操作的平均加權(quán)后,得到的輸出信號即為背景信號:

        將原始EEG信號與背景信號p(k)相減得到候選棘波信號:

        2.2 消除偽棘波

        形態(tài)學濾波后得到的結(jié)果中具有很多偽棘波,對后面基于RF的棘波檢測結(jié)果有很大的影響,因此使用閾值判斷法消除候選棘波中的偽棘波。候選棘波EEG信號的閾值:

        式中:μ為每一通道的候選棘波信號的平均值;σ為每一通道的候選棘波信號的方差。

        2.3 棘波形態(tài)特征提取

        消除偽棘波后,提取每個棘波10個形態(tài)學特征,以便進行模型訓練和分類。這10個特征分為4類,包括持續(xù)時間、振幅、斜率和面積。持續(xù)時間特征包括:棘波左半波的持續(xù)時間Dl、棘波右半波的持續(xù)時間Dr和棘波持續(xù)時間Ds;振幅特征包括:棘波左半波的峰值A(chǔ)l、棘波右半波的峰值A(chǔ)r和棘波峰值A(chǔ)s;斜率特征包括:棘波左半波斜率Sl、棘波右半波斜率Sr和棘波的銳度Ss;面積特征為Areas,圖5所示為特征提取的參考圖。其中:Sl=Dl/Al;Sr=-Dr/Ar;Ss=Sl-Sr;

        圖5 特征提取參考圖

        2.4 隨機森林分類

        實驗中,選擇RF分類器進行棘波檢測。RF中每棵樹使用的數(shù)據(jù)集是隨機采樣的,對數(shù)據(jù)集的適應能力很強,可以減少數(shù)據(jù)不平衡的影響;對所有樹的分類結(jié)果進行加權(quán)平均,得到RF分類器的最終預測結(jié)果,避免分類模型的過擬合。由Breiman提出的RF分類器包含多個決策樹,其輸出類別由所有樹給出的最高票數(shù)決定。通過Bootstrap技術(shù)從原始訓練樣本集N中隨機選擇k個樣本來生成新的訓練樣本集,從k個單獨的決策樹分類器中生成RF。RF分類器的本質(zhì)是對決策樹算法的改進。候選棘波的形態(tài)特征向量被輸入到RF分類器中,所有可能的棘波被分為癲癇棘波和非棘波。基于RF的棘波檢測流程如圖6所示。實驗中,將每個患者EEG信號的50%用于訓練模型,剩余50%用于模型測試。

        圖6 基于RF的棘波檢測

        3 實驗結(jié)果與分析

        3.1 性能評估指標

        為評估本實驗所用方法的有效性和優(yōu)越性,通過計算混淆矩陣來體現(xiàn)該算法得到的檢測結(jié)果與專家標記結(jié)果之間的差異,混淆矩陣記為

        式中:TN為檢測正確的非棘波數(shù);FN為漏檢棘波數(shù);TP為檢測正確的棘波數(shù);FP為誤檢棘波數(shù)。

        準確性、敏感性和特異性是評估癲癇棘波檢測算法性能的3個重要指標,分別記為AC、SE和SP,可由Cm計算得到,其中:AC為檢測正確的樣本數(shù)量與所有樣本數(shù)量的比值。SE為檢測正確的棘波數(shù)目與實際所有棘波數(shù)目之比,是衡量本文所提出方法對癲癇棘波的識別能力;SP為檢測正確的非棘波與實際所有非棘波數(shù)目之比,是衡量分類器檢驗負樣本的能力。

        為保證仿真實驗所驗證的算法在實際醫(yī)療實踐中具有較低的FP,采用FPM來更好地反映所提出的方法的性能。FPM每分鐘的誤檢棘波數(shù)目:

        式中:L為EEG信號記錄的總持續(xù)時間。

        3.2 結(jié)果分析

        本實驗是通過Matlab2016a軟件實現(xiàn)的。根據(jù)不同的目的,使用表1所示的5份EEG數(shù)據(jù)進行實驗。

        圖7所示為S1EEG數(shù)據(jù)經(jīng)過形態(tài)學濾波候選檢測的結(jié)果,圖中t為EEG信號持續(xù)時間,Am為EEG信號的幅值。圖7(a)是患者的真實EEG信號;圖7(b)是經(jīng)過形態(tài)學濾波后得到的背景信號;圖7(c)是提取到的候選棘波信號。可見本實驗使用的形態(tài)學濾波候選棘波檢測方法得到的結(jié)果有較高的準確性。

        為評價該仿真實驗所用方法的通用性,使用AC、SP、SE和FPM對本文所提出的棘波檢測方法的性能進行了評價。表2為每個患者基于單通道雙極導聯(lián)EEG信號的棘波檢測結(jié)果。表中AC的值最小為90.7,最大為96.2。對于S1-S5的EEG數(shù)據(jù),SE從71.8(S3)到97.2(S5),SP從93.4(S2)到97.3(S1),F(xiàn)P最低每分鐘出現(xiàn)0.99個。從表3中可以看出,S3的FP遠遠大于其他患者,通過視覺分析,S3中未檢測到的棘波的幅值與背景信號的幅值差距較小,因此易產(chǎn)生漏檢。

        圖7 形態(tài)學濾波各階段結(jié)果

        表2 基于雙極導聯(lián)EEG的癲癇棘波檢測結(jié)果

        表3 基于平均導聯(lián)EEG信號的檢測結(jié)果

        為驗證本實驗所用方法的可行性,表3給出了使用對應的平均導聯(lián)EEG信號的棘波檢測結(jié)果。比較表2、3的結(jié)果,發(fā)現(xiàn)使用雙極導聯(lián)EEG的棘波檢測模型的性能優(yōu)于平均導聯(lián)EEG。經(jīng)過分析,主要有以下2個原因:眼電圖(Electrooculogram,EOG)的波形與棘波相似,雙極導聯(lián)EEG信號可以抵消平均導聯(lián)上存在的EOG偽跡;癲癇患者的棘波放電通常出現(xiàn)在2個電極之間的區(qū)域,對平均導聯(lián)EEG做差可以增強棘波幅值,使形態(tài)學濾波結(jié)果更加準確。

        表4是本實驗所用方法與其他方法性能指標的比較,所有方法均使用表1給出的5個數(shù)據(jù)進行驗證。文獻[17]中采用基于模板匹配的癲癇棘波檢測方法,其SE低于本實驗所用的方法。文獻[18]中提出了一種基于人工神經(jīng)網(wǎng)絡模型的癲癇樣放電檢測方法,其SE僅有73.0,F(xiàn)PM比本實驗所用方法高4.04。文獻[19]中采用張量分解提取棘波特征,其性能略低于本實驗所用的方法。由表4可見,文獻[19]中的SE最高,為99.3,但SP僅為82.8。

        表4 本方法與其他方法的比較

        文獻[20]中的數(shù)據(jù)集包括健康人的EEG信號,本實驗所用的數(shù)據(jù)集中僅包括癲癇患者的EEG信號,因此文獻[20]中的SE會略高于其他方法。文獻[17]中具有最優(yōu)的SP值,但其SE只有69.3。文獻[19]中的SE和SP差距較小,其性能指標低于本實驗所用的方法。臨床上,醫(yī)生對SE的要求高于SP。因此,該方法在保證較高SE的同時,也大大提高了SP。

        4 結(jié) 語

        本文設(shè)計的實驗是通過Matlab仿真平臺對表1給出的5個患者的EEG數(shù)據(jù)進行癲癇棘波檢測的研究,對每組數(shù)據(jù)的各項性能指標進行了統(tǒng)計和分析,將抽象復雜的數(shù)據(jù)處理結(jié)果通過直觀的圖像表示出來,并將該實驗應用于信號處理教學,達到了以下教學目的。

        (1)了解癲癇發(fā)作特征波,掌握形態(tài)學濾波的基本原理和應用,深入理解RF分類模型的優(yōu)勢。仿真結(jié)果直觀地體現(xiàn)了癲癇棘波的檢測結(jié)果,使抽象的算法原理變得直觀具體,有利于學生對Matlab及數(shù)字信號處理的學習興趣,對于數(shù)字信號處理及Matlab仿真的教學具有較大的參考價值。

        (2)采用Matlab作為仿真環(huán)境,要求學生熟練使用Matlab函數(shù)庫解決實際問題,掌握基于Matlab的癲癇棘波智能檢測實驗的流程。

        (3)通過對基于不同癲癇棘波智能檢測方法的仿真實驗結(jié)果進行比較,掌握不同分類器的訓練過程和異同點。

        通過Matlab仿真實驗可以提高學生的邏輯思維能力和創(chuàng)新能力,為學生參與科研工作奠定理論基礎(chǔ)。在以后的仿真實驗中還可以深入分析發(fā)作間期與癲癇棘波之間的關(guān)系,以及癲癇樣波形的自動分類算法,為癲癇發(fā)作檢測、癲癇發(fā)作類型分類技術(shù)提供理論與實驗支持。

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