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        基于數(shù)據(jù)挖掘分析CC類趨化因子在宮頸癌中的表達(dá)及意義

        2021-05-28 07:26:24馬加蘭
        系統(tǒng)醫(yī)學(xué) 2021年6期
        關(guān)鍵詞:數(shù)據(jù)庫(kù)差異水平

        馬加蘭

        滕州市第一人民醫(yī)院婦產(chǎn)科,山東滕州 277514

        宮頸癌是起源于子宮頸的一類惡性腫瘤,是女性生殖系統(tǒng)最常見的惡性腫瘤之一。 在2018年世界衛(wèi)生組織癌癥報(bào)告中,世界范圍內(nèi)宮頸癌新增患者數(shù)約為57萬(wàn)人,病死人數(shù)約為31萬(wàn)人,其發(fā)病率位列第8位。在女性中,宮頸癌的發(fā)病率和病死率均位列第4位[1-2]。

        趨化因子是一類由細(xì)胞所分泌的、具有使周圍反應(yīng)性細(xì)胞定向趨化能力的細(xì)胞因子或信號(hào)蛋白,其分子量通常為8~10千道爾頓(kilodaltons,kD)。其中CC類趨化因子,也叫做β趨化因子。目前,在哺乳動(dòng)物中,CC類趨化因子至少包括27種不同的成員,分別命名為CC趨化因子配體(CCL)1~28,其中,CCL9與CCL10相同[3]。

        近年來(lái)在腫瘤研究中,CC類趨化因子對(duì)腫瘤發(fā)生發(fā)展的影響日趨引起重視,但CC類趨化因子在宮頸癌發(fā)生發(fā)展中的作用及其與宮頸癌的預(yù)后關(guān)聯(lián)較少報(bào)道。該研究通過腫瘤數(shù)據(jù)庫(kù)探究CC類趨化因子在宮頸癌與正常組織中的表達(dá)差異并分析其表達(dá)與宮頸癌患者預(yù)后的關(guān)系。報(bào)道如下

        1 材料方法

        1.1 GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)

        GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)是由北京大學(xué)張澤民教授團(tuán)隊(duì)建立,其中包含33種腫瘤的表達(dá)信息。該研究通過GEPIA數(shù)據(jù)庫(kù)分析CC趨化因子家族在宮頸癌組織與正常組織間的表達(dá)差異,并分析其對(duì)宮頸癌患者總生存率(over-all survival,OS)及無(wú)病生存率(diseasefree survival,DFS)的影響。數(shù)據(jù)庫(kù)檢索日期為2020年4月25日。

        1.2 UALCAN網(wǎng)站

        UALCAN(http://ualcan.path.uab.edu/index.html)是一個(gè)癌癥數(shù)據(jù)在線分析和挖掘的網(wǎng)站,主要是基于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的相關(guān)癌癥數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。該研究利用UALCAN進(jìn)行宮頸癌與正常組織的啟動(dòng)子甲基化水平差異分析。數(shù)據(jù)庫(kù)檢索日期為2020年4月25日。

        1.3 STRING數(shù)據(jù)庫(kù)

        STRING數(shù)據(jù)庫(kù)用于分析生物學(xué)基因或蛋白相互作用,其整合了已知和預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)相互作用的生物數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)庫(kù)檢索日期為2020年4月25日。該研究在STRING數(shù)據(jù)庫(kù)中設(shè)置檢索條件為:①Protein Name:CCL20;②Organism:Homo sapiens;③Minimum required interaction score:medium confidence(0.400);④Max number of Interactors:no more than 20 interactors。

        1.4 統(tǒng)計(jì)方法

        采用SPSS 19.0統(tǒng)計(jì)學(xué)軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析,采用獨(dú)立樣本t檢驗(yàn)或單因素方差分析評(píng)價(jià)CC趨化因子家族各因子在不同組別的表達(dá)差異,用Kaplan-Meier法對(duì)宮頸癌患者進(jìn)行生存分析,用Cox比例風(fēng)險(xiǎn)回歸模型分析CC趨化因子的表達(dá)與宮頸癌患者預(yù)后的關(guān)系,P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié)果

        2.1 CC趨化因子家族在宮頸癌中的表達(dá)

        設(shè)定Log2FC>1.5或Log2FC<-1.5,P<0.05的條件下,相較于正常組織,CCL3、CCL5、CCL18、CCL20在宮頸癌組織中高表達(dá),CCL14、CCL21、CCL23在宮頸癌組織中低表達(dá)。

        2.2 CC趨化因子與宮頸癌患者預(yù)后的關(guān)系

        對(duì)上述7種差異表達(dá)的趨化因子分別做全因生存分析(overall survival,OS)和無(wú)病生存分析(disease free survival,DFS)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),在全因生存分析中,CCL20高表達(dá)的宮頸癌患者生存時(shí)間低于CCL20低表達(dá)者,LogrankP=0.041,HR=1.6。見圖1。

        圖1 趨化因子表達(dá)水平對(duì)宮頸癌患者無(wú)病生存期的影響

        2.3 CCL20的蛋白相互作用

        利用STRING數(shù)據(jù)庫(kù)按照前述條件對(duì)CCL20進(jìn)行蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)(PPI)分析。結(jié)果顯示相互作用節(jié)點(diǎn)數(shù)21個(gè),除趨化因子外,與CCL20存在相互作用者為IL-10和STAT3。見圖2。

        圖2 CCL20蛋白質(zhì)相互作用分析

        2.4 CCL20啟動(dòng)子甲基化水平

        在宮頸癌與正常組織的甲基化水平差異分析中,相較于正常組織,宮頸癌組織中CCL20啟動(dòng)子甲基化水平較低,差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.002)。見圖3。

        圖3 CCL20基因啟動(dòng)子甲基化水平

        3 討論

        宮頸癌是女性中最為常見的惡性腫瘤之一,每年數(shù)十萬(wàn)的新發(fā)病例給患者家庭及國(guó)家?guī)?lái)了極大的負(fù)擔(dān)。

        該研究利用數(shù)據(jù)庫(kù)資料分析了CC類趨化因子在宮頸癌中的表達(dá)及其與宮頸癌患者預(yù)后的關(guān)系。分析發(fā)現(xiàn)了CCL3、CCL5、CCL14、CCL18、CCL20、CCL21、CCL23等7種在宮頸癌組織中差異表達(dá)的因子,但生存分析發(fā)現(xiàn)僅有CCL20的表達(dá)水平與宮頸癌患者的預(yù)后存在顯著的關(guān)聯(lián)。為探究這一現(xiàn)象可能的原因,研究者進(jìn)行了宮頸癌CCL20啟動(dòng)子甲基化水平的分析和CCL20蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)分析。甲基化分析發(fā)現(xiàn)宮頸癌組織中CCL20基因啟動(dòng)子的甲基化水平較正常組織降低,有利于升高CCL20的表達(dá)水平,而蛋白相互作用網(wǎng)絡(luò)分析發(fā)現(xiàn)CCL20與IL-10和STAT3之間有可能存在相互作用。

        先前的研究表明[4-5],IL-10在宮頸癌中的表達(dá)水平呈上調(diào)狀態(tài),且IL-10可能與宮頸癌患病風(fēng)險(xiǎn)增加以及不良預(yù)后相關(guān)。IL-10對(duì)白細(xì)胞的激活、多種白細(xì)胞介素的釋放以及腫瘤壞死因子的生物合成具有抑制作用,而對(duì)T細(xì)胞的凋亡,腫瘤的增殖以及血管生成則具有促進(jìn)作用[6-11]。STAT3是STAT蛋白家族的一員,可以參與介導(dǎo)多種細(xì)胞因子,尤其是生長(zhǎng)因子類物質(zhì)的作用過程。STAT3可以通過MAPK和非受體酪氨酸激酶信號(hào)通路被激活,進(jìn)而參與細(xì)胞增殖和凋亡等重要的生命活動(dòng),在癌癥的發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮了重要作用[12]。由此,CCL20可能通過與IL-10和STAT3相互作用,既增強(qiáng)了宮頸癌細(xì)胞的各項(xiàng)生物學(xué)行為,又使得宮頸癌細(xì)胞逃避免疫系統(tǒng),從而導(dǎo)致了宮頸癌患者的不良預(yù)后。

        值得一提的是,CCL14、CCL21和CCL23的表達(dá)水平雖然未與宮頸癌患者的預(yù)后存在顯著關(guān)聯(lián),亦未在各亞組中存在差異表達(dá),但其表達(dá)水平遠(yuǎn)低于正常組織,且統(tǒng)計(jì)學(xué)差異十分顯著,其在宮頸癌中的作用值得進(jìn)一步研究和探討。

        先前有關(guān)CC類趨化因子在宮頸癌中作用的相關(guān)報(bào)道較少,二者的相關(guān)性目前尚不明確。該研究通過挖掘數(shù)據(jù)庫(kù)信息,分析了CC類趨化因子的表達(dá)水平與宮頸癌的關(guān)聯(lián),探究了CCL20導(dǎo)致宮頸癌患者不良預(yù)后的可能機(jī)制,為宮頸癌的基礎(chǔ)研究提供了新的思路和方向。同時(shí),CCL20可能成為潛在的宮頸癌患預(yù)后評(píng)價(jià)指標(biāo),但詳細(xì)的分子生物學(xué)調(diào)控機(jī)制仍需要基礎(chǔ)研究來(lái)進(jìn)一步深入探究。

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