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        宏基因二代測序鑒定普雷沃菌肺部感染一例

        2021-02-05 12:24:56曾桂星蔡興東劉升明
        海南醫(yī)學 2021年2期

        曾桂星,蔡興東,劉升明

        暨南大學附屬第一醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學科,廣東 廣州 510630

        普雷沃菌(Prevotella)是從擬桿菌屬(Bacteroides)中分出來的、包括產(chǎn)黑色素擬桿菌的部分菌種組成的一個新菌屬,為革蘭陰性短球桿菌,專性厭氧菌,屬于人體正常菌群,可從口腔、上呼吸道和泌尿生殖道[1]分離得到,在一定條件下可引起上述部位甚至其他部位的感染。現(xiàn)報道一例由普雷沃菌引起的肺部感染,通過宏基因二代測序確診為普雷沃菌感染并進行了有效的抗感染治療,以供臨床參考。

        1 病例簡介

        患者24歲,男性,因“咳嗽、咳痰1周”于2019年9月29日入院。患者1周前無明顯誘因出現(xiàn)咳嗽、咳痰,咳白色黏痰、量少,伴口干、胸痛。曾至我院呼吸科門診就診,查C反應蛋白(CRP)70.17 mg/L,白細胞15.74×109/L、嗜中性粒細胞百分比82.9%;胸片(2019年9月23日)提示:右肺下葉背段及左肺上葉見片狀、斑片狀高密度影,右肺為著,邊界欠清,考慮雙肺炎癥。門診予“頭孢硫脒1.5 g/qd”抗感染治療。后癥狀無明顯緩解,再次至我院呼吸科門診就診。復查胸部CT(2019年9月26日)提示:左肺上葉及右肺下葉可見多發(fā)結節(jié)狀、片狀高密度影,邊界不清,可見多發(fā)空洞形成,并可見空氣支氣管征,考慮雙肺多發(fā)感染,對比2019年9月23日胸片,病灶吸收不明顯(圖1A)。門診擬“肺部感染”收入我科。既往2周前患者曾患牙周炎,經(jīng)對癥治療后好轉。入院查體:體溫(T)36.6℃,脈搏(P)96次/min,呼吸(R)20次/min,血壓(BP)112/75 mmHg(1 cmH2O=0.098 kPa)。咽不紅,扁桃體無腫大。語顫對稱,雙下肺叩診呈濁音,雙下肺可聞及少量濕性啰音。入院后查:CRP 41.41mg/L,白細胞10.50×109/L、嗜中性粒細胞百分比78.0%,血沉87mm/h;痰涂片+培養(yǎng)未見明顯異常。于2019年9月30日完善纖維支氣管鏡檢查+支氣管肺泡灌洗。肺泡灌洗液送宏基因二代測序,結果提示:普雷沃菌、韋榮球菌屬、嗜血桿菌屬(副流感嗜血桿菌)檢出率分別是58.01%、20.64%、15.44%??紤]普雷沃菌感染,予“莫西沙星0.4g/qd”抗感染治療,輔以止咳、化痰等對癥處理后癥狀好轉出院。出院1周后復查胸部CT(2019年10月13日):雙肺多發(fā)感染,對比2019年9月26日CT片,病灶較前吸收(圖1B)。1月后復查胸部CT(2019年11月13日):雙肺多發(fā)感染,對比2019年10月13日CT片,病灶較前吸收(圖1C)。

        圖1 患者治療前后同一平面肺部CT影像圖

        2 討論

        普雷沃菌為條件致病菌,主要引起口腔感染,如牙齦炎、牙周炎、根尖周炎;女性生殖道炎癥,如前庭腺炎、尿道旁腺炎、汗腺炎、陰唇癤腫及外陰陰道膿腫等外陰感染,還可逆行感染引起子宮內(nèi)膜炎和子宮積膿等[2];男性泌尿生殖道感染亦有見報道[3]。此外,尚可侵入機體其他部位引起感染,如皮膚和軟組織感染[4]、關節(jié)感染[5]和顱內(nèi)感染[6]等。常發(fā)生在機體免疫力低下、侵入性操作后和長期使用免疫抑制劑的患者。值得注意的是,本例患者發(fā)病前2周曾患有牙周炎,考慮是由口腔感染病灶遷延至肺部引起的內(nèi)源性感染。臨床上由普雷沃菌引起的肺炎、甚至肺膿腫并不常見。

        對于厭氧菌的培養(yǎng)及鑒定,臨床微生物實驗室開展厭氧菌培養(yǎng)常受到諸多限制,原因如下:(1)厭氧菌對培養(yǎng)環(huán)境要求苛刻;(2)培養(yǎng)費時且傳代過程中容易出現(xiàn)丟失;(3)鑒定費時且對稀有物種鑒定不可靠;(4)難以評估厭氧菌與其他菌群的相關性[7]。臨床微生物診斷技術的不斷進步,縮短了厭氧菌鑒定的時間,使得厭氧菌的培養(yǎng)及鑒定更加方便、快捷。目前厭氧菌的鑒定方法包括:全自動細菌鑒定儀鑒定、基質輔助激光解吸電離飛行時間質譜(matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)鑒定、16S核糖體核糖核酸(16S ribosome ribonucleic acid,16S rRNA)基因測序鑒定和宏基因二代測序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)鑒定等。其中,前兩種鑒定方法仍需依賴傳統(tǒng)的細菌培養(yǎng),而16S rRNA基因測序和宏基因二代測序則可跳過常規(guī)的細菌培養(yǎng),直接進行細菌的鑒定。宏基因二代測序技術的出現(xiàn),通過隨機引物擴增樣本中的所有核酸序列,理論上能無偏倚地檢測出所有潛在病原體,尤其是復雜感染性疾病中少見、新發(fā)或不典型的病原體,具有敏感性高、精確性強、檢測時間短等優(yōu)勢。李冰等[8]對29份臨床診斷為厭氧菌感染患者的微生物標本進行送檢,結果發(fā)現(xiàn)宏基因二代測序檢測陽性率(82.76%)高于培養(yǎng)(20.76%);,平均檢測時間短于培養(yǎng)。但是,該技術同時具有一定的局限性,包括:由于不用進行培養(yǎng),無法對檢出的病原體進行藥敏試驗;難以區(qū)分檢出的病原體是感染、定植還是污染[9]。本例患者在入院第二天完善纖維支氣管鏡檢查+支氣管肺泡灌洗,并留取肺泡灌洗液送宏基因二代測序,在痰培養(yǎng)和涂片都是陰性的情況下,很快明確了病原體是普雷沃菌,大大縮短了病原體、尤其是厭氧菌的鑒定時間。

        對于厭氧菌感染,臨床上多依賴臨床醫(yī)生的經(jīng)驗性用藥。普雷沃菌屬于厭氧菌,臨床上常首選甲硝唑[2]作為抗感染用藥。一項多中心的普雷沃菌耐藥性的調(diào)查發(fā)現(xiàn),普雷沃菌對甲硝唑、亞胺培南、美羅培南、哌拉西林/他唑巴坦、氨芐西林/舒巴坦、頭孢西丁和替加環(huán)素敏感,而對氨芐西林、克林霉素、四環(huán)素和莫西沙星耐藥[10]。甲硝唑臨床上廣泛應用于抗厭氧菌、滴蟲和阿米巴原蟲感染,但同時也帶來了耐藥的問題,普雷沃菌對甲硝唑耐藥亦有見報道。SANDOE等[6]報道了1例普雷沃菌引起的硬腦膜下膿腫,藥敏試驗提示對甲硝唑的敏感性降低。有學者對荷蘭的厭氧菌進行抗生素敏感性分析發(fā)現(xiàn),有2株普雷沃菌對甲硝唑耐藥[11]。莫西沙星抗菌譜廣、對多種呼吸道病原菌均有較強的活性,且半衰期長、組織穿透力強、生物利用度高、不良反應少,常用于經(jīng)驗性治療肺膿腫。曹紅娟[12]的研究發(fā)現(xiàn),采用莫西沙星治療肺膿腫的有效率(92.50%)高于頭孢哌酮舒巴坦(75.00%),不良反應發(fā)生概率低。對于本例患者,完善胸部CT明確有肺膿腫形成,考慮肺膿腫多為混合性感染,甲硝唑抗菌譜覆蓋不到非厭氧菌,經(jīng)驗性予抗菌譜更廣且兼具抗厭氧菌作用的莫西沙星。在明確是普雷沃菌感染后,予序貫使用莫西沙星,而后續(xù)復查肺部CT提示病灶較前吸收,這證明抗感染方案是有效的。

        普雷沃菌作為正常寄生于人體的條件致病菌,一般情況下只引起寄生部位的感染,偶爾可遷移到身體其他部位引起感染,多形成膿腫。當懷疑異位感染時,一般有特定的感染途徑,可通過仔細詢問既往史,如是否有侵入性操作史得知。宏基因二代測序技術對厭氧菌感染的病原體評估較培養(yǎng)更敏感、更快捷,在厭氧菌感染的精準化診斷方面具有優(yōu)勢,隨著技術的發(fā)展,在臨床上會有越來越多的應用。同時,在準確鑒定的基礎上予以經(jīng)驗性用藥也非常重要。

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