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        病毒核酸檢測的高效分組方案設(shè)計與優(yōu)化

        2020-07-14 06:59:16長沙市中雅培粹學(xué)校杜承澤
        發(fā)明與創(chuàng)新 2020年30期
        關(guān)鍵詞:小份檢測法核酸

        ■長沙市中雅培粹學(xué)校 杜承澤

        在新冠肺炎疫情防控期間,利用熒光RT-PCR 核酸檢測以確診病例并立刻進行進一步治療至關(guān)重要。

        核酸檢測確診一般需要幾個小時,檢測方案的效率直接關(guān)系到確診時間,也是疫情發(fā)展時收治確診病人入院的瓶頸環(huán)節(jié)。因此,尋找高效的檢測方案或優(yōu)化現(xiàn)有方案,急迫且重要。

        一、模型假設(shè)

        1.檢測試劑的判斷正確率為100%。

        2.檢測試劑可以正確檢測出混合血液,均為陰性時顯現(xiàn)陰性特性,否則顯示陽性。實際上,目前醫(yī)院單次核酸檢測準確率并非100%,因此,需要兩次確認才能確診。但這個過程對本文分組方案研究沒有本質(zhì)影響,因此做本模型假設(shè)是合理的。

        3.由于核酸檢測的原理是先提取核酸,然后進行復(fù)制擴殖到一定數(shù)量再檢測。因此,檢測試劑所需血液較少,可將抽出的血液分成兩份、四份或多份,不影響最終檢測結(jié)果。

        采用逐一檢測法,即將所有待檢樣本與試劑逐一混合檢驗,檢測結(jié)果即為此樣本結(jié)果,檢測次數(shù)等于感染總?cè)藬?shù)。這也是目前醫(yī)院采用的常規(guī)檢測方案。

        二、二人分組法

        在需要病毒核酸檢測確診概率較低的疾病時,可采用比逐一檢測法效率更高的檢測方法。我提出了一種二人分組法檢測。

        1.方法概述

        (1)將所有待檢樣本每2 份分1 組,每1 份分成2 小份。

        (2)首先將每份的第1 小份混合。如果檢測結(jié)果是陰性,那么2 人均為陰性。

        (3)否則,檢測第1 份的第2 小份。如果檢測結(jié)果是陰性,那么第1 人為陰性,第2 人為陽性。

        (4)否則,第1 人為陽性。檢測第2 份的第2 小份。

        (5)檢測結(jié)果即為第二人的患病情況。

        為方便表述,檢測結(jié)果以“0”代表陰性,“1”表示陽性。例如“00”表示1 號、2 號樣本均為陰性。

        圖1 二人分組法流程圖

        2.分類討論

        經(jīng)過分析,二人分組法檢測情況與檢測次數(shù)關(guān)系如表1。

        從表中可以看出,如果一組內(nèi)同為陰性的數(shù)量不夠多,或確診概率較高,那么不宜運用本方法。

        3.檢測次數(shù)與確診概率、人數(shù)的關(guān)系

        利用C++編寫程序,根據(jù)表1 模擬100 次,表中檢測次數(shù)取100 次平均值,得到表2。

        表1 二人分組法檢測情況與檢測次數(shù)的關(guān)系

        表2 給定確診概率下二人分組法檢測次數(shù)與人數(shù)的關(guān)系

        圖2 給定確診概率下二人分組法檢測次數(shù)與人數(shù)的關(guān)系

        圖2 是根據(jù)表2 繪制得出。圖中“標準值”指運用逐一檢測法的檢測次數(shù)。從圖中可以看出,在確診概率一定時,檢測次數(shù)與樣本數(shù)正相關(guān);當確診概率大約在38.1%以下時,使用二人分組法更優(yōu)。

        根據(jù)國家衛(wèi)生健康委員會官方通報的數(shù)據(jù),可粗略計算1 月26 日確診率p:

        據(jù)此數(shù)據(jù),當日新冠病毒檢測可考慮使用二人分組法。然而,多日來確診概率并不穩(wěn)定,也有超過40%的情況。

        三、四人分組法

        在二人分組法的基礎(chǔ)上設(shè)四人分組法,預(yù)計可應(yīng)用在確診概率更低的環(huán)境中。

        1.方法概述

        每4 份待測樣本為1 組,每份樣本分為3 小份。將第1 小份血液混合檢測。如果檢測結(jié)果為陰性,則4 人均為陰性。否則,將4 份樣本平均分成2 小組,具體操作方法參見二人分組法?;诖耍帉懴鄳?yīng)C++程序進行模擬。

        2.與二人分組法的關(guān)系

        當4 份樣本全為陰性時,每組只需檢測1 次;否則,每組比二人分組法多檢測1 次。

        3.四種方法檢測次數(shù)與確診概率的關(guān)系

        在對四種方法、1 000 人、100 次的模擬中,得到如表3 的數(shù)據(jù)。檢測次數(shù)取100次的平均值。

        表3 給定確診概率下千人、四種方法的檢測次數(shù)對比

        如果試劑足量,允許對密切接觸者進行測試,確診率可能較低,可考慮不使用逐一檢測法。

        從表3 中可以看出,當確診概率低于38.1%時,可以選用二人分組法。

        當社區(qū)出現(xiàn)確診病例,需要對社區(qū)所有與確診病例密切接觸的居民進行檢測時,一般確診率較低,可考慮選用此類方法以節(jié)約時間和材料。根據(jù)表3 中的數(shù)據(jù)繪制出圖3。

        圖3 給定確診概率下千人、四種方法的檢測次數(shù)對比

        4.函數(shù)曲線擬合

        利用Excel 表格工具對上圖曲線(1 000 人)進行擬合?!皣L試次數(shù)”用n表示,確診概率用p表示。檢測次數(shù)擬合結(jié)果示意圖如圖4。

        圖4 給定確診概率下千人、四種方法的檢測次數(shù)的函數(shù)擬合結(jié)果

        根據(jù)擬合結(jié)果,二人分組法的擬合曲線滿足n=-501.1p2+1 500.6p+500.36,四人分組法滿足n=492.53p3-1 921p2+2 929.6p+252.19,八人分組法滿足n=-511.93p4+2 053.1p3-3 811.9p2+4 022.2p+123.99。

        按照擬合結(jié)果對結(jié)論進行修正,當確診率高于38.1 583%時,考慮使用逐一檢測法。

        5.關(guān)于多人分組法的構(gòu)想

        基于此構(gòu)思,可以設(shè)想八人分組法、十六人分組法等,與二人分組法、四人分組法相似。依照之前的經(jīng)驗與規(guī)律,確診概率越低,分組的檢測樣本就可以越多。

        此外,每組的樣本數(shù)每增加1 倍,全部為陰性時,只需檢測1 次,大大節(jié)省時間。一旦存在陽性患者,則每組樣本數(shù)每增加1倍,需要的檢測次數(shù)就增加1 次。

        此外,我發(fā)現(xiàn),k(k=2n,n是自然數(shù))人分組法中,最少(0%)的檢測次數(shù)是,最多(100%)是( 是總?cè)藬?shù))。

        四、結(jié)論

        與醫(yī)院當前使用的逐一檢驗法相比,本文提出了二人分組法和四人分組法,并通過編程實現(xiàn),分析了在不同確診概率下,二人分組法、四人分組法與逐一檢測法的優(yōu)劣,找出不同方案選取的臨界參數(shù)值,并進行方案推薦。

        隨著確診概率的變化,選用不同的檢測方案有更好的適應(yīng)性。具體而言,在確診概率一定時,檢測次數(shù)與樣本數(shù)正相關(guān);當確診概率高于38.2%時,逐一檢測法更優(yōu)。當確診概率在21.7%~38.2%之間時,使用二人分組法檢測更優(yōu)。當確診概率在21.7%以下時,可以考慮選擇四人分組法檢測。

        除應(yīng)用于大范圍檢測外,本方法在不同類型病毒核酸檢測(如環(huán)境污染病毒核酸檢測)等低概率檢測場合下有很好的應(yīng)用效果。

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