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        二代測序在1例肝膿腫合并血流感染患者病原體檢測中的應(yīng)用

        2020-05-07 04:52:22張志華郝長來
        河北醫(yī)學(xué) 2020年4期
        關(guān)鍵詞:檢測

        黃 宇, 張志華, 郝長來

        (承德醫(yī)學(xué)院附屬醫(yī)院血液內(nèi)科, 河北 承德 067000)

        1 臨床資料

        患者男,59歲,因“發(fā)熱6d”于2019年4月8日入院。患者6d前出現(xiàn)發(fā)熱,體溫最高40℃,伴畏寒、寒戰(zhàn),伴惡心、嘔吐,無腹痛、腹瀉。既往2型糖尿病病史。查體:T 36.8℃,P 120次/分,R 28次/分,BP 170/106mmHg,神志清楚,皮膚、鞏膜無黃染,雙肺呼吸音清,未聞及干濕性啰音,心律齊,腹軟,無壓痛,肝脾未觸及,肝區(qū)叩擊痛。急診實驗室檢查:血常規(guī):白細(xì)胞計數(shù)(WBC)31.13×109L-1,血紅蛋白145g/L,血小板計數(shù)(PLT)8×109L-1,中性粒細(xì)胞比率(NEUT)測不出,中性晚幼粒細(xì)胞6%,中性桿狀核粒細(xì)胞13%,中性分葉核粒細(xì)胞79%,單核細(xì)胞2%;C-反應(yīng)蛋白(CRP)157.19mg/L;降鈣素原(PCT)>100ng/mL(表1);肝功能:總膽紅素37.81umoL/L,谷丙轉(zhuǎn)氨酶104.00U/L,谷草轉(zhuǎn)氨酶96.82U/L;血糖24.67mmoL/L。腹部CT提示肝實質(zhì)密度減低,肝右葉點片狀氣體密度灶(圖2A)。以“血小板減少癥”轉(zhuǎn)入血液科。

        當(dāng)日下午患者出現(xiàn)高熱、寒戰(zhàn)及休克,給予美羅培南1g 每8小時1次聯(lián)合替硝唑0.8g 每12小時1次抗感染及降糖、補(bǔ)液等治療,并在B超定位下行經(jīng)皮肝膿腫穿刺置管引流術(shù)(圖1),送檢膿液和血液行微生物培養(yǎng),同時送血樣進(jìn)行NGS檢測(細(xì)菌、真菌、病毒、支原體/衣原體、寄生蟲、結(jié)核分枝桿菌復(fù)合群)。分別于入院第3天、第4天膿液及血液培養(yǎng)回報:產(chǎn)酸克雷伯菌,藥物敏感實驗均提示美羅培南、頭孢孟多、頭孢哌酮舒巴坦鈉等常用抗感染藥物敏感。NGS回報為肺炎克雷伯菌和變棲克雷伯菌(表2)。入院第5天以“肝膿腫”轉(zhuǎn)入普外科,停用美羅培南,換用頭孢孟多酯鈉2g每8小時1次抗感染治療。

        表1 實驗室指標(biāo)變化

        *:測不出 -:無

        表2 血液NGS結(jié)果

        入院第3天、第4天送檢的血培養(yǎng)回報陰性,NGS仍檢測到大量克雷伯菌屬,但序列數(shù)較前下降。入院第8天患者仍有發(fā)熱,體溫最高38.8℃,復(fù)查血常規(guī):WBC 13.28×109L-1,PLT 304×109L-1, NEUT 83.0%;CRP 81.25mg/L;PCT 1.27ng/ml。再次送檢血培養(yǎng)結(jié)果陰性,NGS檢測到克雷伯菌屬序列數(shù)較前無明顯減少,故停用頭孢孟多酯鈉,換用頭孢哌酮舒巴坦鈉3g每12小時1次抗感染治療。

        入院第11天,患者病情有所改善,復(fù)查血常規(guī):WBC12.94×109L-1,PLT300×109L-1,NEUT 88.9%;CRP 115.18mg/L;PCT 1.13ng/ml。繼續(xù)送檢血培養(yǎng)回報陰性,NGS檢測到克雷伯菌屬序列數(shù)較前下降。入院第15天,患者發(fā)熱頻率及熱峰較前下降,膿液引流量逐漸減少,復(fù)查腹部CT提示病變范圍較前縮小(圖2B)。血常規(guī):WBC 7.49×109L-1,PLT 329×109L-1,NEUT 77.2%;CRP 92.86mg/L;PCT 0.72ng/ml。入院第18天,患者體溫降至正常,復(fù)查血常規(guī):WBC 5.21×109L-1,PLT 290×109L-1,NEUT 55.90%;PCT 0.02ng/ml,血培養(yǎng)陰性, NGS檢測到少量克雷伯菌屬。此后患者未再發(fā)熱。入院第22天,患者好轉(zhuǎn)出院。

        圖1 超聲定位下經(jīng)皮肝膿腫穿刺圖像

        右肝后葉可見范圍約64.6mm×55.3mm×65.3mm強(qiáng)回聲,由多發(fā)氣體強(qiáng)回聲組成,后方伴聲影,邊界尚清楚,形態(tài)不規(guī)整。

        圖2 治療前后肝膿腫CT圖像

        圖2 A肝實質(zhì)密度減低,肝右葉點片狀氣體密度灶 ;圖2B肝膿腫治療后改變

        2 討 論

        細(xì)菌性肝膿腫是肝實質(zhì)的液化性壞死,常見致病菌為肺炎克雷伯菌[1]。肝膿腫主要表現(xiàn)是發(fā)熱、腹痛、寒戰(zhàn),而右上腹壓痛、肝區(qū)叩擊痛、肝腫大等體征發(fā)生率較低,提示疾病部位的癥狀體征少,缺乏特異性,增加了臨床診斷的難度。如果診斷治療不及時, 病死率較高, 導(dǎo)致死亡主要原因是血流感染或感染性休克。早期診斷不僅需要詳細(xì)的病史及針對性的檢查,還需動態(tài)觀察患者病情,必要時可行細(xì)菌培養(yǎng)或穿刺病檢明確。早期排膿及使用抗菌藥物可減少并發(fā)癥的發(fā)生,降低病死率,經(jīng)皮穿刺置管引流術(shù)是臨床治療的首選[2]。

        NGS是一種新興的病原體檢測技術(shù),具有精準(zhǔn)、快速、靈敏度高、可定量分析的優(yōu)點[3]。近年來NGS被廣泛用于多種感染性疾病的診斷,均表現(xiàn)出良好的診斷性能[4]。目前,二代測序在感染性疾病方面的研究仍集中于病原體鑒定,在感染性疾病診斷中,其準(zhǔn)確、非選擇性的特點較好地補(bǔ)充了傳統(tǒng)病原學(xué)診斷方法的不足,有一定的臨床應(yīng)用價值。然而,在病原體序列數(shù)與病情變化的相關(guān)性方面的研究較少,其定量分析優(yōu)勢尚未發(fā)揮。Ai等人報道了4例具有類似中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染癥狀的病例,其中NGS既用于未知病因診斷,又用于對中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染中病原菌負(fù)荷的動態(tài)定量監(jiān)測,密切反映了疾病的進(jìn)展情況[5]。Yongfeng Hu等人采集1例甲型流感(H7N9)病毒感染后患者不同時間點支氣管肺泡灌洗液行二代測序檢測,通過病毒載量變化評估抗病毒治療效果,此外,監(jiān)測到病毒序列數(shù)明顯減少時,出現(xiàn)鮑曼不動桿菌序列,且隨著病毒序列減少而增多,揭示病毒入侵后繼發(fā)細(xì)菌感染,指導(dǎo)臨床給予針對性治療。

        在本研究中,我們有效利用NGS的可定量分析特點,用于對血流感染中病原體負(fù)荷的動態(tài)定量監(jiān)測,并指導(dǎo)臨床治療。本例患者膿液及血液培養(yǎng)均為產(chǎn)酸克雷伯菌,NGS結(jié)果與培養(yǎng)在種水平不同,可能與現(xiàn)有的微生物分子分型及表型鑒定方法不一致有關(guān)[6]。在治療過程中我們發(fā)現(xiàn),傳統(tǒng)微生物培養(yǎng)陽性率容易受抗菌藥物使用的影響,常規(guī)實驗室感染指標(biāo)難以精準(zhǔn)評估疾病進(jìn)展及指導(dǎo)臨床治療。NGS不依賴病原體分離培養(yǎng),能夠準(zhǔn)確、高效地獲得病原體的基因信息,可以得到樣本中豐度較低甚至是微量病原體信息。因此,盡管抗感染治療后血培養(yǎng)均為陰性, NGS以其靈敏度高及定量優(yōu)勢,極大的幫助了臨床醫(yī)師判斷患者病情進(jìn)展,指導(dǎo)抗菌治療,避免過度治療的發(fā)生。NGS檢測過程中,直接提取樣本中的全部核酸片段進(jìn)行檢測,獲得病原體的序列數(shù)、覆蓋度等定量分析數(shù)據(jù),因此死菌釋放的DNA也可被檢出,不能確定檢測的細(xì)菌是否已經(jīng)死亡。但游離DNA(cell-free DNA, cfDNA)的半衰期短至數(shù)分鐘,使病原體序列數(shù)與病情變化高度相關(guān),即使檢出的是已死亡的病原體,對指導(dǎo)臨床進(jìn)行針對性的治療也有重要意義,可以提高細(xì)菌培養(yǎng)陰性樣本中的病原體檢出率。希望隨著二代測序技術(shù)的逐步普及,有更多的循證醫(yī)學(xué)證據(jù)支持二代測序技術(shù)的定量分析優(yōu)勢,從而推動其臨床應(yīng)用。

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