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        數(shù)字PCR 技術(shù)的發(fā)展與展望

        2020-04-18 06:42:24孫華偉張敬峰張小飛
        豬業(yè)科學(xué) 2020年3期
        關(guān)鍵詞:重復(fù)性核酸豬瘟

        孫華偉,張敬峰,張小飛*

        (江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院獸醫(yī)診斷檢測(cè)中心,江蘇 南京 210014)

        2019 年10 月24 日-27 日,第22 屆中國(guó)北京國(guó)際科技產(chǎn)業(yè)博覽會(huì)在中國(guó)國(guó)際展覽中心隆重開(kāi)幕,并發(fā)布首臺(tái)國(guó)產(chǎn)全自動(dòng)一體化數(shù)字PCR 儀,受到國(guó)內(nèi)業(yè)界廣泛關(guān)注。數(shù)字PCR 被稱為“第三代”PCR技術(shù),更擅長(zhǎng)對(duì)復(fù)雜背景下的標(biāo)本、極微量核酸標(biāo)本進(jìn)行檢測(cè),無(wú)疑將更好地解決非洲豬瘟的快速、科學(xué)診斷在養(yǎng)豬臨床中的實(shí)際應(yīng)用。

        1 PCR 技術(shù)的發(fā)展歷程

        PCR 是模板DNA、引物和dNTP 在DNA 聚合酶作用下發(fā)生酶促聚合反應(yīng),特異性地合成特定核酸片段并達(dá)到富集的目的,實(shí)現(xiàn)體外擴(kuò)增,得到所需數(shù)目的DNA,然后通過(guò)凝膠電泳或熒光定量等方式實(shí)現(xiàn)定性或者定量檢測(cè)的方法。使用該方法,即使只有微量的樣本,也能夠通過(guò)大量的體外復(fù)制將病原信號(hào)加以放大,實(shí)現(xiàn)比較準(zhǔn)確的診斷檢測(cè)。PCR 技術(shù)的發(fā)展歷程,見(jiàn)圖1。

        2 數(shù)字PCR 比傳統(tǒng)技術(shù)在臨床使用中有何優(yōu)勢(shì)?

        2.1 數(shù)字PCR 可實(shí)現(xiàn)檢測(cè)結(jié)果的高度重復(fù)性

        圖1 PCR 技術(shù)的發(fā)展歷程

        圖2 Q- PCR 標(biāo)準(zhǔn)曲線

        什么樣的檢測(cè)結(jié)果才算是可靠的?這個(gè)問(wèn)題非常重要,尤其是在非洲豬瘟疫情肆虐的當(dāng)下。任何科學(xué)的檢測(cè),可重復(fù)性都是必須要強(qiáng)調(diào)的,相信不少做過(guò)Q-PCR 的實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)人員碰到過(guò),由于重復(fù)性差而令人崩潰的時(shí)刻。

        Q-PCR 被認(rèn)為是實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)的常規(guī)操作,但由于在Q-PCR 檢測(cè)過(guò)程中影響擴(kuò)增效率的因素眾多,比如PCR 抑制物、酶等,不能保證其定量分析所依賴的基礎(chǔ)—循環(huán)閾值(CT)的恒定性,使得相同實(shí)驗(yàn)不同次重復(fù)檢測(cè)結(jié)果的重現(xiàn)性較差,甚至可能會(huì)得到完全相反的結(jié)果,無(wú)法滿足越來(lái)越嚴(yán)格的定量要求。與Q-PCR 不同的是,數(shù)字PCR 不依賴于CT 值,因此不受擴(kuò)增效率影響,能夠?qū)⒄`差控制在5%以內(nèi),實(shí)現(xiàn)檢測(cè)結(jié)果的高度重復(fù)性。

        2.2 可以擺脫對(duì)標(biāo)準(zhǔn)品的依賴

        在病毒的核酸載量測(cè)定方面,Q-PCR 技術(shù)的最大瓶頸在于需要依賴標(biāo)準(zhǔn)曲線。因?yàn)槎繒r(shí)需要的標(biāo)準(zhǔn)品既沒(méi)有商品化,自己制備起來(lái)又很費(fèi)時(shí)費(fèi)力。數(shù)字PCR 基于單分子層面的計(jì)數(shù)可以擺脫對(duì)標(biāo)準(zhǔn)品的依賴,從而實(shí)現(xiàn)對(duì)病毒核酸的精準(zhǔn)絕對(duì)定量。利用數(shù)字PCR 進(jìn)行核酸的病毒載量測(cè)定,依賴其高靈敏度的特點(diǎn),可以用于早期診斷和低拷貝病毒的監(jiān)控,且血液和唾液是數(shù)字PCR 技術(shù)主要應(yīng)用的標(biāo)本類型,見(jiàn)圖2。

        3 數(shù)字PCR 在獸醫(yī)檢測(cè)推廣中可能會(huì)遇到的問(wèn)題

        數(shù)字PCR 實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)尚無(wú)國(guó)家或行業(yè)統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn),同時(shí),數(shù)字PCR的靈敏度較高,因此做好實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部質(zhì)量控制,建立規(guī)范標(biāo)準(zhǔn)的檢測(cè)操作流程和結(jié)果評(píng)估分析規(guī)程是保證檢測(cè)結(jié)果準(zhǔn)確性和可靠性的前提。

        4 展望

        數(shù)字PCR 早已引起生物醫(yī)學(xué)研究者的廣泛關(guān)注,但在獸醫(yī)檢測(cè)領(lǐng)域仍處于萌芽階段。數(shù)字PCR 的策略很簡(jiǎn)單,就是“分而治之”,這是一個(gè)很好的比喻。DNA 樣品分別在獨(dú)立但相同的分區(qū)中進(jìn)行擴(kuò)增。非洲豬瘟的橫空出世,極大促進(jìn)了Q-PCR 的普及[1]。但通過(guò)對(duì)江蘇省多家實(shí)驗(yàn)室的臨床調(diào)研發(fā)現(xiàn)Q-PCR在非洲豬瘟病毒的檢測(cè)中,重復(fù)性差是一個(gè)反映較為集中的問(wèn)題。就目前而言,數(shù)字PCR 仍是比較前沿的技術(shù),但相信在不久的將來(lái),隨著數(shù)字PCR 在生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域應(yīng)用的逐漸成熟,數(shù)字PCR 在獸醫(yī)檢測(cè)領(lǐng)域扎根發(fā)芽是非常值得期待的,非洲豬瘟的橫空出世將催化這一進(jìn)程。

        在非洲豬瘟的防控方面,檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)與不準(zhǔn)是兩個(gè)不同的世界,隔著它們的那層窗戶紙,就是檢測(cè)技術(shù)的科學(xué)性。

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