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        基于SSR分子標(biāo)記的糯玉米遺傳多樣性研究

        2020-04-17 09:53:15楊亞桐董安憶劉松濤ZendaTinashe段會軍
        江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2020年2期
        關(guān)鍵詞:遺傳多樣性糯玉米聚類分析

        楊亞桐 董安憶 劉松濤 Zenda Tinashe 段會軍

        摘要:為明確糯玉米自交系間的親緣關(guān)系,利用19對簡單重復(fù)序列(SSR)標(biāo)記對32份糯玉米自交系進(jìn)行遺傳多樣性分析,共檢測到80個等位基因變異,每個位點可檢測到2~7個等位基因變異,平均每個位點檢測到4.21個。通過NTSYS聚類分析方法,在遺傳相似系數(shù)為0.53處將32份糯玉米自交系劃分為6個類群,分別包含3份、2份、11份、11份、2份和3份,其中親緣關(guān)系較近的白糯6和突變體N17聚在了一起,3個雜交種(鄭黃糯2號、石彩糯和京科糯)的父母本被劃分在不同的類群中,進(jìn)一步從分子水平上揭示了親本種質(zhì)的遺傳差異與玉米雜種優(yōu)勢的關(guān)系,為玉米育種和改良奠定了理論基礎(chǔ)。

        關(guān)鍵詞:糯玉米;SSR;遺傳多樣性;聚類分析

        中圖分類號: S513.032

        文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A

        文章編號:1002-1302(2020)02-0083-04

        收稿日期:2019-01-14

        作者簡介:楊亞桐(1994—),男,河北河間人,碩士研究生,主要從事作物遺傳資源與利用研究。E-mail:1539245869@qq.com。

        通信作者:段會軍,博士,教授,主要從事作物遺傳資源與利用研究。E-mail:hjduan@hebau.edu.cn。

        糯玉米(Zea mays L. var. ceratina Kulesh)是玉米屬的一個亞種[1],是普通玉米第9染色體短臂上的Wx基因發(fā)生隱性突變形成的一種蒸煮后呈糯性的突變體[2-3],由于糯玉米籽粒干燥后胚乳呈角質(zhì)不透明、無光澤的蠟質(zhì)狀,所以又被稱作蠟質(zhì)玉米[4]。根據(jù)糯玉米籽粒的顏色可以分為:白糯、黃糯、紫糯、黑糯以及彩糯等,其中白糯和黃糯較為常見[5]。糯玉米具有富含支鏈淀粉[6]、營養(yǎng)豐富和適口性良好等優(yōu)良特性,現(xiàn)已成為深受人們歡迎的食品和工業(yè)原料,具有較高的經(jīng)濟(jì)價值。

        SSR(simple sequence repeats,簡單重復(fù)序列)又稱為微衛(wèi)星DNA[7],是共顯性分子標(biāo)記,是建立在PCR(Polymerase chain reaction,聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng))基礎(chǔ)之上的一種遺傳標(biāo)記,具有很高的多態(tài)性和覆蓋率,測得結(jié)果的穩(wěn)定性和重復(fù)性比較好,試驗操作程序簡單,對DNA的數(shù)量和純度要求較低[8]。國內(nèi)外研究學(xué)者在玉米遺傳多樣性方面做了大量的研究工作,李銳等利用SSR技術(shù)對來源于144份甜玉米群體的40個位點進(jìn)行了分析,共檢測到343個等位變異,每對引物測出4-17個等位變異,平均8.58個,SSR聚類分析將144份甜玉米群體劃為7個類群[9];谷靜叢利用28對SSR引物對110份普通玉米自交系進(jìn)行遺傳多樣性分析,將其劃分為六大類群,19個亞類群[10];Warburton等[11]、Reif等[12]的研究結(jié)果證實了利用SSR標(biāo)記進(jìn)行玉米遺傳多樣性及雜種優(yōu)勢群劃分的可行性。

        盡管SSR分子標(biāo)記較普遍地應(yīng)用于植物的遺傳多樣性研究上,但在糯玉米種質(zhì)資源中的研究報道比較少。本研究利用SSR分子標(biāo)記對32份糯玉米自交系進(jìn)行遺傳多樣性分析,確定供試糯玉米自交系間的遺傳背景差異,為糯玉米優(yōu)良品種選育和雜種優(yōu)勢模式構(gòu)建提供研究基礎(chǔ)和理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        供試材料選自河北農(nóng)業(yè)大學(xué)鮮食玉米課題組選育的26份糯玉米自交系,編號為N1、N2、N3、N4、N5、N6、N7、N8、N9、N10、N11、N12、N13、N14、N15、N16、N17(白糯6突變體)、N18、N19(石白糯1號)、N20、N21、N22、N23、N24、N25、N26和引進(jìn)的國審糯玉米品種鄭黃糯2號父母本(鄭黃糯04、鄭黃糯03)、石彩糯父母本(石糯1號、石糯2號)及京科糯父母本(白糯6、京糯6)。

        1.2 方法

        1.2.1 用CTAB法提取玉米葉片基因組DNA 將玉米種子浸泡1夜,播種(每個品種播3粒);待玉米長到3~4葉時取葉提取玉米基因組DNA。具體提取步驟:(1)將無水乙醇放入-20 ℃冰箱中預(yù)冷,CTAB放入65 ℃水浴鍋中預(yù)熱1 h。(2)取新鮮玉米葉片加入適量已預(yù)熱好的CTAB中研磨,分別裝入1.5 mL離心管中,放入65 ℃水浴鍋中水浴60~75 min。(3)從水浴鍋中取出,加入等體積的氯仿異戊醇(24 ∶1)。使用搖床搖晃或用手上下翻轉(zhuǎn) 20 min。(4)放入離心機(jī)中,10 000 r/min離心 10 min。(5)取上清液至新離心管中,加入等體積氯仿異戊醇,搖晃15 min。放入離心機(jī)中,10 000 r/min離心10 min。(6)取上清液至新的離心管中,加入 -20 ℃ 預(yù)冷好的無水乙醇至1.5 mL,緩緩搖晃,出現(xiàn)白色絮狀沉淀(DNA),放入冰箱-20 ℃中冷卻 5 min。(7)從冰箱中取出DNA,放入離心機(jī)中離心,10 000 r/min,10 min,棄上清液。(8)加入75%乙醇(75 mL 95%乙醇+20 mL蒸餾水)70 μL,將DNA彈起,搖晃10 min,充分洗滌DNA,放入離心機(jī)中 10 000 r/min離心2~3 min。棄上清,共洗脫3次。(9)將洗脫好的DNA開蓋晾干,晾1夜即可,第2天可加去離子水溶解(100 μL)。(10)測量DNA濃度(放-20 ℃冰箱中保存)。

        1.2.2 SSR引物 選用19對SSR引物(表1),由北京天一輝遠(yuǎn)生物科技有限公司合成。

        1.2.3 PCR反應(yīng) 20 μL PCR反應(yīng)體系如下:cDNA 2.0 μL;Buffer 2.0 μL;上下游引物各1.0 μL;Taq DNA Polymerase 0.2 μL;dNTP 1.6 μL;ddH2O 12.2 μL。體系混合均勻后加1小滴礦物油(全過程在冰上進(jìn)行)。

        PCR程序為:95 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃變性 40 s,X ℃退火35 s,72 ℃延伸45 s,30個循環(huán);72 ℃延伸5 min。10 ℃保溫。注意X ℃退火,具體退火溫度參考引物Tm值;擴(kuò)增完成后,放入冰箱4 ℃保存。

        [5]田 蜜. 糯玉米配合力和雜種優(yōu)勢的分析[D]. 長春:吉林農(nóng)業(yè)大學(xué),2017.

        [6]鄒春華,徐勛志,陳同良. 東北地區(qū)糯玉米高效栽培技術(shù)[J]. 吉林蔬菜,2015,(11):6-7.

        [7]Kantety R V,La R M,Matthews D E,et al. Data mining for simple sequence repeats in expressed sequence tags from barley,maize,rice,sorghum and wheat[J]. Plant Molecular Biology,2002,48(5/6):501-510.

        [8]蔣思霞,倪正斌,印志同,等. 糯玉米自交系遺傳多樣性及其產(chǎn)量、農(nóng)藝性狀與SSR分子標(biāo)記的關(guān)聯(lián)研究[J]. 安徽農(nóng)業(yè)科學(xué),2012,40(6):3212-3217,3283.

        [9]李 銳,白建榮,王秀紅,等. 144份甜玉米群體的遺傳多樣性分析[J]. 作物雜志,2018(2):17-24.

        [10]谷靜叢. 110份玉米自交系遺傳多樣性分析[D]. 天津:天津農(nóng)學(xué)院,2015.

        [11]Warburton M L,Xianchun X,Crossa J,et al. Genetic characterization of CIMMYT inbred maize lines and open pollinated populations using large scale fingerprinting methods[J]. Crop Science,2002,42(6):1832.

        [12]Reif J C,Melchinger A E,Xia X C,et al. Genetic distance based on simple sequence repeats and heterosis in tropical maize populations[J]. Crop Science,2003,43(4):1275.

        [13]楊文鵬,關(guān) 琦,楊留啟,等. 貴州70份玉米自交系的SSR標(biāo)記遺傳多樣性及其雜種優(yōu)勢群分析[J]. 植物遺傳資源學(xué)報,2011,12(2):241-248.

        [14]張振良,郝德榮,陳國清,等. SSR標(biāo)記在糯玉米品種鑒定上的應(yīng)用[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué),2016,44(6):104-106.

        [15]程宇坤. 山西省糯玉米自交系的遺傳多樣性分析及類群劃分[D]. 太原:山西大學(xué),2012.

        [16]胡建廣,祁喜濤,李余良. RAPD技術(shù)應(yīng)用于超甜玉米種子鑒定[J]. 中國農(nóng)學(xué)通報,2002(6):25-27.

        [17]孟 強(qiáng). 糯玉米種質(zhì)SSR標(biāo)記遺傳分析及品質(zhì)性狀評價[D]. 長春:吉林農(nóng)業(yè)大學(xué),2014.

        [18]邢 政. 東北地區(qū)主要糯玉米自交系聚類分析及雜種優(yōu)勢的利用[D]. 長春:吉林農(nóng)業(yè)大學(xué),2017.付三雄,周曉嬰,張潔夫,等. 高產(chǎn)穩(wěn)產(chǎn)化學(xué)殺雄兩系雜交油菜寧雜559的選育和種子生產(chǎn)技術(shù)[J]. 江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué),2020,48(2):87-91.

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