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        現(xiàn)代生物化學(xué)與分子生物學(xué)在植物微生物生態(tài)學(xué)中的應(yīng)用①

        2019-12-22 15:38:04雒國興
        熱帶農(nóng)業(yè)工程 2019年5期
        關(guān)鍵詞:分子生物學(xué)限制性生物化學(xué)

        雒國興

        (朔州職業(yè)技術(shù)學(xué)院 山西朔州 036002)

        近年,全球生態(tài)環(huán)境問題受到社會(huì)各行各業(yè)的重視,我國植物微生態(tài)學(xué)以及生物學(xué)的發(fā)展十分迅速,運(yùn)用以往微生物系統(tǒng)技術(shù)進(jìn)行研究已經(jīng)無法跟隨時(shí)代的步伐,因此,需要鉆研出科學(xué)、先進(jìn)的技術(shù)對(duì)微生物系統(tǒng)進(jìn)行更深入的探索。應(yīng)用分子生物學(xué)以及現(xiàn)代生物化學(xué)技術(shù)能沖破傳統(tǒng)植物微生物生態(tài)學(xué)科技術(shù)的局限,拓展微生物各種信息的獲取渠道。

        1 植物微生物生態(tài)學(xué)研究方向

        植物微生物生態(tài)學(xué)的主要研究?jī)?nèi)容是植物微生態(tài)系統(tǒng),其主要研究的對(duì)象為植物各組織細(xì)胞內(nèi)的微生物的構(gòu)成、演變、更替、基本功能、微生物與其宿主之間的效能。植物微生態(tài)學(xué)的研究結(jié)果表明,植物中的莖部、根部、穗、葉部中富含眾多的與植物密切相關(guān)的微生物群落,因此,研究植物微生態(tài)系統(tǒng)具有非常高的科研價(jià)值[1]。

        2 現(xiàn)代生物化學(xué)提供的技術(shù)

        剖析、區(qū)別微生物的脂質(zhì)脂肪酸以及蛋白質(zhì)的特質(zhì)是現(xiàn)代生物化學(xué)技術(shù)在植物微生物生態(tài)學(xué)領(lǐng)域研究中的主要作用。

        2.1 蛋白質(zhì)體學(xué)研究技術(shù)

        組成一切生命的物質(zhì)基礎(chǔ)成分是蛋白質(zhì)。因此,要研究植物微生物生態(tài)學(xué)需要應(yīng)用蛋白質(zhì)體學(xué)(proteomics)研究技術(shù)從蛋白質(zhì)的變化以及組成方面入手。蛋白質(zhì)體學(xué)在20世紀(jì)90年代初正式啟動(dòng),并且于2003年生命科學(xué)研究步入了后基因組時(shí)代。蛋白質(zhì)體學(xué)研究技術(shù)主要經(jīng)過剖析植物的蛋白機(jī)體的改變,進(jìn)而影響植物的整體變化,揭示蛋白質(zhì)功能與細(xì)胞生命活動(dòng)的基本規(guī)律以及生存模式,更深一層的解析寄生于植物體內(nèi)的微生物的作用[2]。

        2.2 脂質(zhì)分析技術(shù)

        脂質(zhì)分析技術(shù)對(duì)于生命科學(xué)的研究具有非常重要的意義。脂質(zhì)分析技術(shù)主要分析方向是研究PLFA(磷脂脂肪酸)和其他種類的脂肪酸間的比例以及在種類不同的微生物群體中的數(shù)量。其根本原因是PLFA(磷脂脂肪酸)作為微生物細(xì)胞膜的關(guān)鍵構(gòu)成成分,PLFA占總體的比例和其總體數(shù)量可以展示出微生物系統(tǒng)的構(gòu)成結(jié)構(gòu)[3]。目前的PLFA(磷脂脂肪酸)分析方法普遍應(yīng)用于環(huán)境微生物領(lǐng)域研究。脂質(zhì)分析技術(shù)具有較強(qiáng)的敏銳度、簡(jiǎn)單的操作性以及準(zhǔn)確的分辨能力,能基于植物生理代謝質(zhì)量對(duì)于微生物群落進(jìn)行評(píng)測(cè)。生命科學(xué)研究人員能跟蹤微生物系統(tǒng)磷脂脂肪酸的構(gòu)成情況以及數(shù)量,進(jìn)而分析出不同的生物系統(tǒng)的組成與更替[4]。

        2.3 BIOLOG技術(shù)

        20世紀(jì)80年代末期美國研發(fā)出BIOLOG技術(shù),其最初應(yīng)用于純種微生物的鑒定。目前的BIOLOG技術(shù)可以鑒定出霉菌、酵母菌、細(xì)菌等2 000多種病原微生物以及環(huán)境微生物。BIOLOG技術(shù)能保證微生物正常生命活動(dòng)不受影響且無需分離微生物系統(tǒng)的情況下對(duì)其生活狀態(tài)進(jìn)行分析、研究與提純,能迅速的繪制出具有超高分辨度的生活狀態(tài)圖譜,清晰地呈現(xiàn)研究數(shù)據(jù)。

        3 現(xiàn)代分子生物學(xué)

        物種都具有獨(dú)特性,由于組成每個(gè)物種的基因不同,因此各個(gè)物種的機(jī)體反應(yīng)也不盡相同。在植物微生物生態(tài)學(xué)領(lǐng)域研究采用科學(xué)、合理剖析微生物基因,可以幫助研究人員更加清晰地了解微生物系統(tǒng)。現(xiàn)代分子生物學(xué)可以提供研究植物微生物生態(tài)學(xué)相關(guān)的基因技術(shù)。

        3.1 16S rDNA基因克隆文庫

        建立16S rDNA(16S ribosomal DNA identification)基因克隆文庫是研究植物微生物生態(tài)學(xué)領(lǐng)域的常規(guī)研究辦法。16S rDNA的操作方法需要首先將區(qū)分出的微生物基因進(jìn)行擴(kuò)充進(jìn)而得到更多的16S rDNA,再通過解析擴(kuò)充的基因類型的特征并且加以標(biāo)記、記錄、編號(hào);再次,和構(gòu)建的16S rDNA基因克隆文庫的相關(guān)庫內(nèi)信息進(jìn)行比較與解析,將種類不同的基因與其特征進(jìn)行記錄與分析,進(jìn)一步得到植物微生物系統(tǒng)的復(fù)雜性以及特征;最后完善和更新16S rDNA基因克隆文庫,進(jìn)而全方位地顯示出微生物的特質(zhì)。

        3.2 限制性片段長度的多態(tài)性技術(shù)

        限制性片段長度的多態(tài)性(restriction fragment length polymorphism,RFLP)又可以表示為PCRRFLP分析。限制性片段長度多態(tài)性作為一種能作用于DNA分子水平的多態(tài)性監(jiān)測(cè)技術(shù),其作用原理是通過印跡技術(shù)、探針、限制性內(nèi)切酶、雜交技術(shù)、核酸電泳技術(shù)的綜合性運(yùn)用。這種技術(shù)已經(jīng)在微生物群落研究領(lǐng)域普及。PCR-RFLP分析技術(shù)是通過PCR擴(kuò)充后,運(yùn)用限制酶對(duì)微生物的基因進(jìn)行切割,得到不同的基因碎片,再利用探針監(jiān)測(cè)DNA的復(fù)雜性以及分析出現(xiàn)堿基因變異的具體位置,隨后通過標(biāo)記和記錄限制性內(nèi)切酶切割位置DNA序列,基于DNA切割酶位點(diǎn)分析植物微生物的基因特征,最后運(yùn)用探針和分割的DNA進(jìn)行雜交,進(jìn)而剖析DNA之間區(qū)別并判斷生物系統(tǒng)特質(zhì)以及基因的研究方法。

        3.3 擴(kuò)增rDNA限制性分析

        擴(kuò)增rDNA限制性分析具有很強(qiáng)的特征解析能力與高效的特點(diǎn),這種研究方法能不受宿主與微生物純度等因素的影響。擴(kuò)增rDNA限制性分析可以分析出各種植物微生物的系統(tǒng)構(gòu)成以及新陳代謝模式與進(jìn)化方式。這種方法可以選擇擴(kuò)充微生物基因段的本能,運(yùn)用限制性切割酶擴(kuò)充的基因段,獲取目標(biāo)基因段,將得到的數(shù)據(jù)與克隆數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比較解析,制作出特點(diǎn)圖表,將不同的微生物系統(tǒng)rDNA進(jìn)行順序排列,剖析出生物的生理情況和特征。

        4 結(jié)語

        在植物微生物生態(tài)學(xué)系統(tǒng)研究中應(yīng)用現(xiàn)代生物化學(xué)與分子生物學(xué)技術(shù)突破了傳統(tǒng)植物微生物生態(tài)學(xué)技術(shù)的局限,能準(zhǔn)確的挖掘出植物微生物種類的多元化、各種組成的部分特質(zhì)以及遺傳的多樣化,并且可以對(duì)研究樣本進(jìn)行客觀準(zhǔn)確的剖釋。但是,目前現(xiàn)代生物化學(xué)與分子生物學(xué)這2個(gè)領(lǐng)域在實(shí)際解決問題中的主要研究方向不同,現(xiàn)代生物化學(xué)技術(shù)主要可以評(píng)測(cè)生物群落構(gòu)成,而微生物群落基因水平則需要分子生物學(xué)技術(shù)進(jìn)行鑒定。因此,要將現(xiàn)代生物化學(xué)與分子生物學(xué)技術(shù)有機(jī)利用,才能更加全面的了解植物微生物生態(tài)學(xué),為植物微生物生態(tài)學(xué)的研究提供更加有力的科學(xué)依據(jù)。

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