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        小鼠巨細(xì)胞病毒熒光定量PCR檢測方法的建立及應(yīng)用*

        2019-12-02 12:53:52李曉波王淑菁王莎莎黃宗文賀爭鳴岳秉飛
        實驗動物科學(xué) 2019年6期
        關(guān)鍵詞:皰疹病毒定量質(zhì)粒

        李曉波 付 瑞 王 吉 王淑菁 王莎莎 李 威 秦 驍 黃宗文 賀爭鳴 岳秉飛

        (中國食品藥品檢定研究院實驗動物資源研究所,北京 102629)

        小鼠巨細(xì)胞病毒(Mouse Cytomegalovirus, MCMV)分類上屬皰疹病毒科,乙型皰疹病毒亞科,具有嚴(yán)格的種屬特異性,野生小鼠是該病毒的主要來源,主要通過動物親密接觸傳播,也可經(jīng)胎盤垂直傳播[1]。

        自然感染小鼠多呈亞臨床過程,但病毒會潛伏在免疫功能健全動物體內(nèi)[2],胎鼠或免疫缺陷動物感染會發(fā)生嚴(yán)重疾病[3],如會改變小鼠呼吸系統(tǒng)、血液系統(tǒng)內(nèi)環(huán)境的平衡,從而對細(xì)菌和病毒更加易感,更重要的是會抑制動物的免疫應(yīng)答,抑制抗體產(chǎn)生及Tc細(xì)胞的功能[4]。歐洲實驗動物聯(lián)合會(FELASA)、Charles river實驗室及Harlan實驗室等均已將MCMV列為實驗小鼠日常監(jiān)測項目[5],早在八九十年代就有學(xué)者建議將MCMV作為SPF動物應(yīng)排除的病原體[6],目前我國的實驗動物國家標(biāo)準(zhǔn)對MCMV的檢測沒有規(guī)定。本研究建立的MCMV特異的TaqMan探針實時熒光定量PCR(FQ-PCR)方法,具有高靈敏度和特異性的特點,為實驗小鼠MCMV日常監(jiān)測及動物源性生物制品中MCMV的檢測提供了技術(shù)參考。

        1 材料與方法

        1.1 試劑

        FQ-PCR引物探針由ABI公司合成,TaqMan Universal PCR Master Mix為ABI產(chǎn)品;病毒核酸提取試劑盒購自Takara公司。

        1.2 病毒株和樣品

        小鼠巨細(xì)胞病毒(MCMV)smith株(103.75 TCID50/0.1 mL),大鼠巨細(xì)胞病毒(RCMV)購自ATCC,編號VR-991;猴巨細(xì)胞病毒(SCMV)、人單純皰疹病毒sm44株(HSV)、偽狂犬病毒(PRV)及貓皰疹病毒I型(FHV-1)均為本室保存;2018年14家單位送檢的SPF級小鼠抗凝血樣品307份,清潔級小鼠抗凝血102份,具體見表1。

        表1 臨床樣本信息Table 1 Clinical samples information

        1.3 方法

        1.3.1引物設(shè)計:選擇小鼠巨細(xì)胞病毒Smith株(Genbank:KY348373)DNA polymerase基因保守序列設(shè)計引物和探針,序列見表2。

        表2 MCMV FQ-PCR引物探針信息Table 2 Primers and probes for MCMV FQ-PCR

        1.3.2病毒核酸的提取:小鼠巨細(xì)胞病毒、大鼠巨細(xì)胞病毒、猴巨細(xì)胞病毒、人單純皰疹病毒sm44株、偽狂犬病毒及貓皰疹病毒I型,各取0.2 mL病毒液按試劑盒說明提取DNA,最后用150 μL滅菌水洗脫。

        1.3.3質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品的制備:由擎科生物合成MCMV(Genbank:KY348373)80691~80880 bp的DNA序列,轉(zhuǎn)入pClone007 Blunt Vector載體,構(gòu)建質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品pClone007-MCMVp,經(jīng)測定其濃度為4.7×1010copies/μL。

        1.3.4MCMV FQ-PCR擴增體系及標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立:對引物、探針濃度、退火溫度等條件進行優(yōu)化,優(yōu)化后的反應(yīng)體系為:TaqMan Universal PCR Master Mix 10 μL,上下游引物(10 μmol/L)各0.4 μL,探針(10 μmol/L)0.2 μL,DNA模板1 μL,滅菌ddH2O補足至終體積20 μL。反應(yīng)程序為:50 ℃ 2min;95 ℃ 10 min;95 ℃ 15 s,60 ℃ 1min,40個循環(huán)。將質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品pClone007-MCMVp 10倍系列稀釋為109~100copies/μL,以其為模板,按上述反應(yīng)體系和反應(yīng)條件進行PCR擴增,每個稀釋度做3 個平行,選取線性較好的7 個稀釋度繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線。

        1.3.5MCMV FQ-PCR方法的敏感性驗證:

        1.3.5.1 以4.7×109~4.7×100copies/μL系列稀釋的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品為模板,用優(yōu)化好的反應(yīng)條件進行檢測,每個稀釋度做3個平行,驗證方法的敏感性。

        1.3.5.2 與其他PCR方法敏感性比較:將步驟1.3.2提取的MCMV核酸10-1至10-8系列稀釋,使用本方法、文獻報道的常規(guī)PCR法、FQ-PCR方法分別檢測[7],比較各方法的靈敏性。

        1.3.6MCMV FQ-PCR方法特異性驗證:用建立的熒光定量PCR法檢測小鼠巨細(xì)胞病毒,大鼠巨細(xì)胞病毒,猴巨細(xì)胞病毒,人單純皰疹病毒,偽狂犬病毒及貓皰疹病毒I型等皰疹病毒科病毒的核酸,驗證方法的特異性。

        1.3.7MCMV FQ-PCR方法的重復(fù)性和穩(wěn)定性驗證:應(yīng)用優(yōu)化好的的反應(yīng)條件,以不同濃度的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品(4.7×106,4.7×104和4.7×102copies/μL)為模板進行FQ-PCR擴增,每個濃度設(shè)置3個重復(fù),同時選擇不同的3個時間點檢測,計算組內(nèi)和組間Ct值均值,標(biāo)準(zhǔn)差及變異系數(shù)。

        1.3.8MCMV FQ-PCR方法的應(yīng)用

        1.3.8.1 模擬感染樣本的檢測:MCMV病毒液(103.75 TCID50/0.1 mL)分別按10-1~10-8的比例摻入MCMV陰性小鼠抗凝血,模擬病毒感染樣品,每個稀釋度做3個平行,各取200 μL,按DNA提取試劑盒說明提取核酸,用MCMV FQ-PCR方法進行檢測。

        1.3.8.2 臨床樣本的檢測:應(yīng)用建立的MCMV FQ-PCR方法檢測2018年14個實驗動物生產(chǎn)和使用單位送檢的小鼠抗凝血樣品,包括SPF級小鼠血清307份,清潔級小鼠102份(表1)。

        2 結(jié)果

        2.1 MCMV熒光定量PCR擴增體系及標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立

        用優(yōu)化好的體系擴增108~102copies/μL的標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)粒,各稀釋度擴增曲線間距均勻,標(biāo)準(zhǔn)曲線Slope為-3.418(在-3~-3.5之間),R2值為0.999(>0.99),擴增效率為96.137%(90%~105%之間)(圖1、2)。

        圖1 MCMV熒光定量PCR標(biāo)準(zhǔn)曲線Fig.1 MCMV FQ-PCR standard curve

        圖2 MCMV熒光定量PCR方法擴增曲線Fig.2 MCMV FQ-PCR amplification curve

        2.2 MCMV FQ-PCR方法的敏感性驗證

        如圖3所示,4.7×109~4.7×101copies/μL各稀釋度的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品均出現(xiàn)S型擴增曲線,而4.7×100copies/μL的3個平行實驗有1個未出現(xiàn)S型擴增曲線,說明本方法最低可定量檢測到47copies/μL的樣品。用MCMV FQ-PCR方法和常規(guī)PCR方法檢測同樣的10-1至10-8系列稀釋的MCMV核酸樣品,由圖4可見,MCMV FQ-PCR方法最低可檢測到10-4稀釋度的MCMV核酸,常規(guī)PCR最低可檢測到10-2稀釋度,表明MCMV FQ-PCR方法敏感性比常規(guī)PCR方法高兩個數(shù)量級;用建立的MCMV FQ-PCR方法與文獻報道的FQ-PCR方法檢測相同的10-1至10-8系列稀釋的MCMV核酸樣品,每個稀釋度做3個平行,兩種方法檢測到的最大稀釋度均為10-4,但本方法每個稀釋度的Ct值均值均低于文獻方法(表3),說明本方法的敏感性高于文獻方法。

        圖3 MCMV熒光定量PCR方法敏感性驗證擴增曲線Fig.3 MCMV FQ-PCR sensitivity test amplification curve

        圖4 MCMV熒光定量PCR方法(A)與常規(guī)PCR方法(B)敏感性比較注:M:100 bp DNA Marker;1~8:10-1至10-8系列稀釋的MCMV核酸;9:陰性對照Fig.4 Comparison of sensitivity between MCMV FQ-PCR (A) and conventional PCR (B)Note: M: 100 bp DNA Marker;1-8:10-1 to 10-8 serially diluted MCMV nucleic acids; 9:Negative control

        表3 兩種熒光定量PCR方法敏感性比較Table 3 Comparison of sensitivity between two fluorescence quantitative PCR methods

        2.3 方法的特異性驗證

        圖5顯示,當(dāng)以MCMV為模板時,出現(xiàn)FAM熒光擴增曲線(Ct值為26,對應(yīng)濃度為7.71×104copies/μL),以大鼠巨細(xì)胞病毒,猴巨細(xì)胞病毒,人單純皰疹病毒,偽狂犬病毒及貓皰疹病毒I型為模板均無明顯擴增曲線。表明所建立的熒光定量PCR法特異性強,與其他病毒均無交叉反應(yīng)。

        圖5 MCMV熒光定量PCR方法特異性驗證擴增曲線注:1~7分別為MCMV、RCMV、SCMV、HSV、PRV、FHV-1、陰性對照Fig.5 MCMV FQ-PCR specificity test amplification curveNote: 1-7: MCMV、RCMV、SCMV、HSV、PRV、FHV-1 and negative control

        2.4 MCMV FQ-PCR方法的重復(fù)性和穩(wěn)定性驗證

        用建立的FQ-PCR方法檢測4.7×106,4.7×104和4.7×102copies/μL三個濃度的質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品,由表4可見其組內(nèi)變異系數(shù)為0.39%~0.68%,組間變異系數(shù)為0.48%~1.01%,方法的重復(fù)穩(wěn)定性良好。

        2.5 MCMV FQ-PCR方法的應(yīng)用

        用建立的MCMV FQ-PCR方法檢測摻入MCMV(103.75 TCID50/0.1 mL)病毒的小鼠抗凝血樣品,10-1~10-3稀釋度3個平行均為陽性,其Ct值均值分別為30.566、33.012、36.337,10-4稀釋度有2個平行出現(xiàn)擴增曲線,1個平行未出現(xiàn),10-5~10-8稀釋度均為陰性,表明本方法可檢測到小鼠抗凝血樣品中MCMV的最大稀釋度為1∶1000,對應(yīng)病毒毒力為100.75 TCID50/0.1 mL(圖6)。檢測2018年送檢的307份SPF小鼠及102份清潔級小鼠抗凝血樣品,結(jié)果均為陰性。

        3 討論

        熒光定量PCR方法靈敏度高,耗時少,特異性強,目前已廣泛用于病原體的檢測[8-9],本研究選取小鼠巨細(xì)胞病毒DNA polymerase基因保守序列設(shè)計引物和探針,建立了MCMV FQ-PCR檢測方法,各稀釋度擴增曲線間距均勻,以標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)粒建立標(biāo)準(zhǔn)曲線,Slope為-3.418,相關(guān)系數(shù)R2值為0.999,擴增效率為96.14%,說明本FQ-PCR方法可實現(xiàn)對MCMV的有效定量。MCMV FQ-PCR在以大鼠巨細(xì)胞病毒、猴巨細(xì)胞病毒等同類病毒及人單純皰疹病毒、偽狂犬病毒、貓皰疹病毒I型(FHV-1)等同科病毒為模板時均無擴增,說明方法的特異性良好;敏感性方面最低可檢測到47copies/μL的MCMV,比常規(guī)PCR方法的敏感性高兩個數(shù)量級,與已有的FQ-PCR法[7]相比各濃度的Ct值均低于后者,說明本方法的敏感性更高。選取各相差兩個數(shù)量級的3個濃度的標(biāo)準(zhǔn)質(zhì)粒做方法的重復(fù)性及穩(wěn)定性驗證,組內(nèi)變異系數(shù)小于1.0%,組間變異系數(shù)小于1.5%,表明本方法有很好的重復(fù)性和穩(wěn)定性。

        MCMV感染小鼠后可分布在血液、唾液腺、肝、脾、肺等組織中[7,10],本研究選取小鼠EDTA抗凝血作為檢測樣品,根據(jù)動物福利的“3R”原則,對方法進行應(yīng)用時本研究未進行動物感染實驗,而是檢測了模擬感染樣品,即將MCMV按10倍系列稀釋摻入小鼠抗凝血樣品進行檢測,結(jié)果10-1~10-3每個稀釋度的3個平行實驗均為陽性,說明本方法可有效檢測到動物血液樣品中的MCMV。不同品系小鼠對MCMV的易感性不同,其中BALB/c小鼠對MCMV較易感,而C56BL/6小鼠對MCMV有較強抵抗力[11-13],研究人員對2018年北京地區(qū)14家單位送檢的409份小鼠血液樣品進行檢測,其中BALB/c小鼠占大多數(shù),既有SPF級也有清潔級,結(jié)果均為陰性,表明現(xiàn)階段北京地區(qū)實驗小鼠中MCMV的控制情況良好,與前幾年報道的14.94%的感染率相比大幅下降[9],原因可能在于實驗小鼠于2001年取消了普通級后,最低等級變?yōu)榍鍧嵓?,要求在屏障環(huán)境中飼養(yǎng),管理水平也相應(yīng)提高,杜絕了與野生鼠接觸的機會,因而感染率得到了有效控制。

        鑒于MCMV傳播特點及對動物尤其是胎鼠的危害,且目前并未納入實驗動物國家標(biāo)準(zhǔn),因而在實驗小鼠種群中仍存在爆發(fā)流行的風(fēng)險,對MCMV的日常監(jiān)控不容忽視。本研究建立的MCMV熒光定量PCR方法特異性、重復(fù)性和穩(wěn)定性好,并且有更高的檢測靈敏度,適用于實驗小鼠及鼠源性制品中MCMV的監(jiān)測,同時可為實驗動物相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)的制定和補充提供技術(shù)參考。

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