吳小敏 趙佳福 倪鍇 朱曉峰 許厚強(qiáng)
(1. 貴州大學(xué)高原山地動(dòng)物遺傳育種與繁殖教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室 貴州省動(dòng)物遺傳育種與繁殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,貴陽 550025;2. 貴州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院,貴陽 550025)
熱休克蛋白(Heatshock protein,HSP)是生物體在不良因素作用下產(chǎn)生的一組特殊應(yīng)激蛋白[1],在分子伴侶活動(dòng)、細(xì)胞分裂、信號(hào)傳導(dǎo)及轉(zhuǎn)錄和翻譯等過程具有調(diào)控作用[2]。此外,HSP還參與腫瘤及病毒感染調(diào)控[3],在疾病的發(fā)生中扮演重要角色。HSP70作為HSP家族的主要成員之一,是生物體中普遍存在一種高度保守的蛋白[4-5],由于其應(yīng)激反應(yīng)最為敏感,以及在醫(yī)學(xué)臨床中發(fā)揮的重要作用[6]使得HSP70成為HSP家族中研究最為深入的一種。大量研究表明,HSP70可通過介入信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路來影響機(jī)體功能。如TGF-β信號(hào)在腫瘤發(fā)生早期具有抑制細(xì)胞增生的作用,過表達(dá)HSP70后對TGF-β信號(hào)通路有著明顯的抑制作用[7]。除此之外,HSP70家族可以作為細(xì)胞應(yīng)激的強(qiáng)效緩沖系統(tǒng),使得腫瘤細(xì)胞很大程度上依賴這一緩沖系統(tǒng)生存[8]。HSPA8屬于HSP70家族組成型表達(dá)的同源蛋白[9],是該家族的主要管家蛋白質(zhì),占細(xì)胞總蛋白質(zhì)含量的1%[10],正常情況下低表達(dá)或不表達(dá),應(yīng)激狀態(tài)下細(xì)胞內(nèi)HSP編碼基因被激活進(jìn)行表達(dá)[11],參與細(xì)胞內(nèi)蛋白的正確折疊、移位及降解等過程[12-13],維持細(xì)胞的正常形態(tài)及功能,保證細(xì)胞的穩(wěn)定性。目前關(guān)于HSPA8基因及其表達(dá)產(chǎn)物在機(jī)體發(fā)展過程中的作用機(jī)制尚不完全清楚,需進(jìn)一步深入研究。本研究通過克隆人HSPA8基因CDS區(qū),運(yùn)用在線軟件對HSPA8基因序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析,構(gòu)建pEGFP-C1-HSPA8重組真核表達(dá)載體,轉(zhuǎn)染HEK-293T細(xì)胞,觀察其亞細(xì)胞定位情況,旨在為進(jìn)一步研究HSPA8的胞內(nèi)功能奠定基礎(chǔ)。
1.1.1 菌株、載體及細(xì)胞 pMD-19-T載體、pEGFPC1載體分別購自TaKaRa公司和BioVector公司;JM109感受態(tài)細(xì)胞、人前列腺癌細(xì)胞和HEK-293T細(xì)胞由貴州大學(xué)高原山地動(dòng)物遺傳育種與繁殖教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室保存。
1.1.2 試劑與儀器 Trizol Reagent;反轉(zhuǎn)錄試劑盒、質(zhì)粒提取物試劑盒(康為);無內(nèi)毒素質(zhì)粒提取試劑盒(QIAGEN);膠回收試劑盒、2×Taq PCR Master mix(康為);限制性內(nèi)切酶BamHI、KpnI及T4 DNA ligase 連接酶(TaKaRa);瓊脂粉、胰蛋白胨、氨芐青霉素(OXOID);DMEM細(xì)胞基礎(chǔ)培養(yǎng)基、胎牛血清(FBS)、胰酶、OPti-MEM?培養(yǎng)基(gibco);Lipofectamine3000轉(zhuǎn)染試劑盒(ThermoFisher公司);倒置熒光顯微鏡(Nikon)。
1.2.1 引物設(shè)計(jì) 根據(jù)GenBank數(shù)據(jù)庫登錄的人HSPA8(NM_006597.5)基因序列,利用premer premer 5.0 軟件設(shè)計(jì)擴(kuò)增HSPA8基因特異性引物,上游引物 HSPA8-F:5'-GGGGTACCTCCTACAC CC CAGCAACCATG-3',下游引物HSPA8-R:5'-CGGGATCCGCTACATCTACACTTGGTTG GC TTA-3',上下游分別加入酶切位點(diǎn)KpnI和BamH,預(yù)期擴(kuò)增片段大小為1980 bp,送上海英俊生物技術(shù)有限公司合成。
1.2.2HSPA8基因的克隆
1.2.2.1 總RNA的提取與目的基因的擴(kuò)增 在超凈工作臺(tái)內(nèi),以人前列腺癌細(xì)胞為材料,按照Trizol說明書提取總RNA,根據(jù)康為逆轉(zhuǎn)錄試劑盒說明書進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄,以逆轉(zhuǎn)錄的cDNA為模板進(jìn)行PCR反應(yīng)。反應(yīng)體系為20 μL,采用2×Taq PCR Master Mix試劑進(jìn)行PCR擴(kuò)增DNA目的片段,優(yōu)化的PCR反應(yīng)體系為cDNA模板1 μL,上下游引物各1 μL,2×Taq PCR Master Mix 10 μL,RNase-Free Water 7 μL。反應(yīng)程序?yàn)椋?5℃預(yù)變性5 min;94℃變性 30 s,63℃ 退火30 s,72℃延伸 1 min 30 s,35個(gè)循環(huán);72℃終延伸 5 min。擴(kuò)增產(chǎn)物用1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測,如檢測結(jié)果均正確,送上海英俊生物技術(shù)有限公司測序,檢測其準(zhǔn)確性,用于下一步實(shí)驗(yàn)。
1.2.2.2 pMD-19-HSPA8亞克隆載體的構(gòu)建 將PCR膠回收產(chǎn)物按照說明書連接pMD19-T載體,連接體系 10 μL :PCR 產(chǎn)物 4 μL,p MD19-T 1 μL,Solution I 5 μL,在16℃條件下連接過夜或更長。將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化至大腸桿菌JM109感受態(tài)細(xì)胞,挑選單菌落進(jìn)行擴(kuò)大培養(yǎng),12 h后進(jìn)行菌液PCR鑒定,對鑒定為陽性的菌液進(jìn)行質(zhì)粒提取,利用雙酶切進(jìn)一步鑒定其正確性,用于下一步實(shí)驗(yàn)。雙酶切體系為20μL :質(zhì)粒 6 μL、Buffer 2 μL、限制性內(nèi)切酶KpnI和BamHI各 1 μL、ddH2O 10 μL,37℃水浴鍋酶切 3 h,瓊脂糖凝膠電泳檢測酶切結(jié)果,菌液PCR鑒定和雙酶切鑒定均正確的質(zhì)粒,裝樣送上海英俊生物技術(shù)有限公司進(jìn)行測序。
1.2.3HSPA8基因的生物信息學(xué)分析 利用生物信息學(xué)在線軟件ProtParam、SOPMA及SWISS-MODE對HSPA8基因理化性質(zhì)分析、二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)進(jìn)行預(yù)測分析,同時(shí)利用 GenBank 中登錄的人和動(dòng)物HSPA8基因序列繪制遺傳進(jìn)化樹,并運(yùn)用在線軟件STRING、PSORT II Prediction對HSPA8相互作用蛋白和HSPA8蛋白亞細(xì)胞定位進(jìn)行預(yù)測分析。
1.2.4 pEGFP-C1-HSPA8重組真核表達(dá)載體的構(gòu)建 以構(gòu)建的T克隆載體為模板,采用KpnI、BamH I 兩種限制性內(nèi)切酶分別酶切pMD-19-HSPA8和pEGFP-C1兩質(zhì)粒,1%瓊脂糖凝膠電泳檢測,分別膠回收目的片段,將pEGFP-C1與pMD-19-HSPA8目的片段的膠回收產(chǎn)物經(jīng)T4 DNA ligase 16℃過夜連接,采用含卡那霉素的LB瓊脂平板篩選陽性菌落,構(gòu)建pEGFP-C1-HSPA8重組真核表達(dá)載體。(構(gòu)建方法同2.2亞克隆載體的構(gòu)建)。
1.2.5 pEGFP-C1-HSPA8真核表達(dá)載體在HEK-293T細(xì)胞中的表達(dá)及亞細(xì)胞定位 將培養(yǎng)至對數(shù)期的HEK-293T細(xì)胞接種于8孔細(xì)胞培養(yǎng)板進(jìn)行培養(yǎng),待細(xì)胞匯合度達(dá)到80%左右進(jìn)行轉(zhuǎn)染,以pEGFP-C1空載體為對照組,pEGFP-C1-HSPA8為試驗(yàn)組,采用脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染法進(jìn)行轉(zhuǎn)染,置于37℃含5% CO2的細(xì)胞培養(yǎng)箱培養(yǎng)36 h后進(jìn)行亞細(xì)胞定位實(shí)驗(yàn)。具體參照趙佳福等[14]在研究從江香豬亞細(xì)胞定位情況中實(shí)驗(yàn)步驟(固定、破膜、染核在暗室操作)。
挑取單菌落,進(jìn)行菌液PCR鑒定,利用1%的瓊脂糖凝膠電泳檢測其正確性,結(jié)果顯示,在1、2、3泳道出現(xiàn)1980 bp目的條帶,見圖1;提取對應(yīng)菌株的質(zhì)粒DNA,采用KpnI、BamH I兩種酶進(jìn)行雙酶切鑒定,結(jié)果顯示在1、2、3泳道出現(xiàn)1980 bp和2692 bp兩條亮帶,結(jié)果見圖2,表明對應(yīng)的菌株已成功將目的基因克隆進(jìn)載體pMD-19中。
2.2.1 人HSPA8蛋白理化性質(zhì)分析 利用在線軟件(https://web.expasy.org/protparam/) 對 HSPA8蛋 白理化性質(zhì)進(jìn)行預(yù)測,結(jié)果顯示人HSPA8基因的CDS區(qū)全長為1941 bp,分子式為C3111H4998N860O994S17,蛋白的分子量為70.89 kD,共編碼646個(gè)氨基酸,其中含量較高的氨 基酸有賴氨酸(8.4%)、甘氨酸(8.2%)和丙氨酸(7.7%),含量較少的是組氨酸(1.1%)、胱氨酸(0.6%)和色氨酸(0.3%);帶正電荷的殘基總數(shù)(精氨酸+賴氨酸)82個(gè),帶負(fù)電的殘基總數(shù)(天冬氨酸 + 谷氨酸)95個(gè),其在哺乳動(dòng)物體外網(wǎng)織紅細(xì)胞中的半衰期為30 h,在酵母體內(nèi)大于20 h,大腸桿菌體內(nèi)大于10 h,理論等電點(diǎn)為5.37,預(yù)測HSPA8蛋白屬于親水性蛋白。
圖1 PCR擴(kuò)增凝膠電泳檢測結(jié)果
圖2 雙酶切凝膠電泳檢測結(jié)果
2.2.2 HSPA8蛋白二級結(jié)構(gòu)分析結(jié)果 在線軟件SOPMA對HSPA8蛋白二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測結(jié)果顯示:HSPA8蛋白二級結(jié)構(gòu)豐富,其中α-螺旋占41.64%,延伸鏈占18.42%,β-轉(zhuǎn)角占7.74%,無規(guī)則卷曲占32.20%(圖 3)。
2.2.3 HSPA8蛋白三級結(jié)構(gòu)分析結(jié)果 在線軟件SWISS-MODEL對HSPA8蛋白的三級結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果見圖4,該蛋白中α-螺旋和無規(guī)卷曲所占比列最高,與二級結(jié)構(gòu)分析結(jié)果相符。
2.2.4 人HSPA8基因遺傳進(jìn)化分析 運(yùn)用生物信息學(xué)軟件MEGA6.0繪制人與其他動(dòng)物HSPA8基因的遺傳進(jìn)化樹。由圖5可知,人與黑猩猩的HSPA8基因位于同一分支,遺傳距離最近;而與虹鱒魚的HSPA8基因位于不同分支,且遺傳距離最遠(yuǎn)。
圖3 HSPA8蛋白二級結(jié)構(gòu)預(yù)測
圖4 HSPA8蛋白三級結(jié)構(gòu)預(yù)測
圖5 人與其他動(dòng)物HSPA8基因系統(tǒng)進(jìn)化樹
2.2.5 與HSPA8相互作用的蛋白 通過STRING在線軟件分析與HSPA8相互作用蛋白,結(jié)果顯示:HSPA8蛋 白 與 BAG2、BAG5、DNAJB1、DNAJB6、DNAJC3、DNAJC5、DNAJC6、GAK、HSP90A1A和HSP90AB1等10種蛋白具有蛋白間相互作用(圖 6)。
圖6 與HSPA8相互作用的蛋白網(wǎng)絡(luò)
2.2.6 HSPA8蛋白的亞細(xì)胞定位預(yù)測 利用在線軟件PSORT II Prediction對HSPA8蛋白的亞細(xì)胞定位,結(jié)果顯示:HSPA8蛋白的細(xì)胞定位在細(xì)胞質(zhì)中占65.2%,細(xì)胞核占30.4%,內(nèi)質(zhì)網(wǎng)占4.4%。
經(jīng)酶切、連接、轉(zhuǎn)化后,挑取單菌落,進(jìn)行菌液PCR鑒定,結(jié)果如圖7,在泳道1-2出現(xiàn)1980 bp的亮帶,提取對應(yīng)泳道質(zhì)粒進(jìn)行雙酶切鑒定(圖8),2個(gè)酶切產(chǎn)物檢測均在1980 bp和4700 bp左右出現(xiàn)單一亮帶,表明pEGFP-C1-HSPA8真核表達(dá)載體已構(gòu)建成功。
圖7 菌液PCR凝膠電泳檢測結(jié)果
通過熒光共定位檢測發(fā)現(xiàn)(圖9),HSPA8蛋白在細(xì)胞質(zhì)與細(xì)胞核中均有表達(dá),均勻分布于整個(gè)細(xì)胞。
圖8雙酶切凝膠電泳檢測結(jié)果
圖9 瞬時(shí)轉(zhuǎn)染HEK-293T細(xì)胞熒光顯微鏡觀察
大量研究表明,HSPA8與諸多細(xì)胞功能存在聯(lián)系。在哺乳動(dòng)物細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中,伴侶輔助因子通過調(diào)節(jié)HSPA8活性來調(diào)控ATP的結(jié)合與水解,如抗凋亡蛋白BAG-1依賴HSP40加速刺激HSPA8對ATP的水解,推動(dòng)ATP與ADP之間的循環(huán)[14],HSPA8的另一主要細(xì)胞功能是參與蛋白質(zhì)折疊,不僅結(jié)合未折疊的新合成蛋白質(zhì),還與各種蛋白質(zhì)聚集體相互作用并減少其形成[15]。此外,HSPA8在細(xì)胞蛋白質(zhì)降解過程中發(fā)揮重要作用,如在ACT(肌動(dòng)蛋白),CRYA(晶狀體蛋白)或HIS2H2AC /H2A進(jìn)行泛素化及其隨后的蛋白酶體降解,都需要HSPA8的參與[16]。隨著HSPA8的深入研究,發(fā)現(xiàn)HSPA8蛋白與多種疾病蛋白存在相互作用,如博爾納病毒蛋白X、乳頭瘤病毒蛋白L229和流感病毒蛋白M1等,這些相互作用與其核質(zhì)穿梭特性相結(jié)合,使HSPA8分子伴侶在病毒感染過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用。α-突觸核蛋白在退化的多巴胺神經(jīng)元中積累是帕金森?。≒arkinson’s disease,PD)的主要致病蛋白,而HSPA8能有效地分離α-突觸核蛋白,并促進(jìn)解聚成無毒的α-突觸核蛋白單體[17]。甲基轉(zhuǎn)移酶METTL21A能夠甲基化HSPA8蛋白,且改變HSPA8對帕金森病相關(guān)蛋白α-突觸核蛋白的單體和纖維形式的親和力,而HSPA8的C末端尾部中的靶賴氨酸的突變消除了它們的甲基化[18]。因此HSPA8活性對預(yù)防PD病理學(xué)至關(guān)重要。近年一些研究報(bào)道,HSPA8對腫瘤與癌細(xì)胞的擴(kuò)散與抑制存在一定聯(lián)系,HSPA8能夠抑制腫瘤細(xì)胞生長并改變細(xì)胞活力[19],這對于癌癥治療的藥物靶標(biāo)具有重要意義。如山楂酸(Maslinic acid,MA)是一種天然五環(huán)三萜,對各種類型的癌細(xì)胞都具有細(xì)胞毒活性,MA能夠通過下調(diào)Panc-28細(xì)胞中的HSPA8誘導(dǎo)自噬[20]。
本研究克隆人HSPA8基因CDS區(qū),序列比對分析發(fā)現(xiàn)人與黑猩猩的同源性最高(99%),這與HSPA8基因遺傳進(jìn)化樹結(jié)果相一致,說明人與黑猩猩親源關(guān)系最近。HSPA8蛋白分析發(fā)現(xiàn),HSPA8蛋白存在N-末端核苷酸結(jié)合結(jié)構(gòu)域(Nucleotidebinding domain,NBD)和C-末端底物結(jié)合結(jié)構(gòu)域(Substrate-binding domain,SBD),兩個(gè)結(jié)構(gòu)域是變構(gòu)偶聯(lián)的,NBD負(fù)責(zé)結(jié)合和水解ATP,SBD與底物蛋白結(jié)合;HSPA8蛋白相互作用預(yù)測顯示,與之作用的蛋白共10種,主要包括J蛋白家族與BAG家族。BAG家族多個(gè)成員作為HSPA8伴侶蛋白,促進(jìn)HSP70和HSC70蛋白釋放ADP的核苷酸交換因子(Nucleotide exchange factor,NEF),從而觸發(fā)底物蛋白釋放,通過與HSPA8的核苷酸結(jié)合結(jié)構(gòu)域的結(jié)合介導(dǎo)核苷酸釋放,與底物結(jié)構(gòu)域結(jié)合介導(dǎo)底物釋放[21]。如BAG1和BAG3的BAG結(jié)構(gòu)域和HSPA8 NBD之間的相互作用介導(dǎo)核苷酸的釋放,從而加速HSPA8中ADP釋放[22]。J蛋白家族成員主要通過J結(jié)構(gòu)域與HSPA8結(jié)合。在預(yù)測的蛋白中共有4個(gè)J蛋白家族成員,值得注意的是DNAJC6在早發(fā)性PD中存在突變[23],是否暗示DNAJC6與HSPA8相互作用對PD具有重要調(diào)控作用。除了預(yù)測的成員外,在線人類孟德爾遺傳(Online mendelian inheritance in man,OMIM)數(shù)據(jù)庫中發(fā)現(xiàn),HSPA8還與其他大量的J蛋白家族成員存在相互作用,如DNAJB2、DNAJC21和DNAJC7等;蛋白亞細(xì)胞定位預(yù)測顯示,人HSPA8蛋白主要定位在細(xì)胞質(zhì)(65.2%),通過HSPA8蛋白與EGFP融合表達(dá),發(fā)現(xiàn)該蛋白均勻分布于整個(gè)細(xì)胞,這與預(yù)測結(jié)果存在差異,但該結(jié)果與Rashedan等[24]研究一致。進(jìn)一步通過癌癥基因組(The cancer genome atlas,TCGA)計(jì)劃數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn),人HSPA8蛋白主要分布在細(xì)胞膜與細(xì)胞核,這與本實(shí)驗(yàn)結(jié)果相符。同時(shí)在TCGA數(shù)據(jù)庫中發(fā)現(xiàn)HSPA8與 DNAJC21、HDJC9、DNAJB12和 DNAJB14存 在相互作用,其中DNAJC21和HDJC9主要定位在細(xì)胞核,通過與HSPA8相互作用來維持細(xì)胞的正常形態(tài)與功能[25-26];DNAJB12和DNAJB14是內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中的跨膜蛋白,其作為HSPA8蛋白的伴侶蛋白,可將HSPA8招募到內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜,對膜蛋白中錯(cuò)誤折疊的蛋白進(jìn)行降解[27]。這些研究表明HSPA8通過定位至細(xì)胞核與細(xì)胞膜來行使功能,進(jìn)一步驗(yàn)證HSPA8蛋白定位于細(xì)胞膜與細(xì)胞核。此外,研究發(fā)現(xiàn),HSPA8蛋白在熱誘導(dǎo)的應(yīng)激過程中被抑制,HSPA8蛋白被限制在細(xì)胞核內(nèi)[28],表明HSPA8可在細(xì)胞核與細(xì)胞質(zhì)間穿梭,該過程受何種蛋白調(diào)控,以及限制在核內(nèi)行使的功能還需進(jìn)一步研究。本研究成功克隆人HSPA8基因CDS區(qū),生物信息學(xué)分析和亞細(xì)胞定位結(jié)果為今后深入研究該基因的生物學(xué)功能及全面了解HSPA8在細(xì)胞內(nèi)的作用奠定基礎(chǔ)。
成功克隆了人HSPA8基因CDS區(qū),并對序列進(jìn)行生物信息學(xué)分析。構(gòu)建了pEGFP-HSPA8真核表達(dá)載體,亞細(xì)胞定位研究發(fā)現(xiàn)HSPA8-GFP融合蛋白均勻地分布在293-T細(xì)胞中。