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        豬傳染性胸膜肺炎放線桿菌PCR檢測方法的建立及應(yīng)用

        2019-09-05 09:41:58楊永能
        中國豬業(yè) 2019年6期
        關(guān)鍵詞:檢測

        楊永能

        (云南省楚雄彝族自治州動物疫病預(yù)防控制中心,云南楚雄 675000)

        豬傳染性胸膜肺炎(Porcine contagious pleuropneumonia,PCP)是世界范圍的豬病,給養(yǎng)豬業(yè)帶來了嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失。為有效地預(yù)防和控制該病,建立一種快速、靈敏又特異的檢測方法勢在必行。目前,國內(nèi)診斷該病的方法大多是采用細(xì)菌分離鑒定和血清學(xué)診斷,細(xì)菌分離鑒定費(fèi)時(shí)、費(fèi)力、過程繁瑣且有時(shí)分離不到致病菌;血清學(xué)診斷雖然簡便、快速,但有其局限性,如亞臨床感染或帶菌狀態(tài)下易造成假陰性,對免疫豬和感染豬不能做出有效的鑒別診斷。豬傳染性胸膜肺炎有15個(gè)血清型,目前,雖然已建立了以胸膜肺炎放線桿菌(Actinobacillus pleuropneumoniae,APP) APXI、APXII、APXIII及OMP等某一DNA片段為目標(biāo)基因的PCR診斷方法,但與胸膜肺炎放線桿菌相近的菌屬較多,且也存在這些目標(biāo)基因或者與目標(biāo)基因差別極小的基因片段,在進(jìn)行PCR擴(kuò)增時(shí),偶爾會出現(xiàn)假陽性,造成誤診。APXIVA基因與APXI、APXII、APXIII基因不同,APXI、APXII、APXIII等基因只存在于部分血清型的胸膜肺炎放線桿菌中,APXIVA則存在于所有血清型中。據(jù)報(bào)道,以放線桿菌所有的15個(gè)血清型菌株為模板,用PCR方法都能擴(kuò)增出APXIVA片段,而從其他親緣關(guān)系相近的細(xì)菌中無法擴(kuò)增出這一片段,說明該片段具有很高的種屬特異性。以APXIVA基因某一DNA片段為目標(biāo)基因建立PCR診斷方法,有利于疾病發(fā)生時(shí)的快速診斷和流行病學(xué)調(diào)查,具有廣闊的應(yīng)用前景和實(shí)用價(jià)值。

        1 試驗(yàn)材料與方法

        1.1 菌株來源

        標(biāo)準(zhǔn)菌株:傳染性胸膜肺炎放線桿菌血清型2型和5型標(biāo)準(zhǔn)菌株和副豬嗜血桿菌菌株購自中國獸醫(yī)藥品監(jiān)察所微生物菌種保藏中心。分離菌株和對照菌株(鏈球菌、巴氏桿菌、大腸桿菌)均由云南農(nóng)業(yè)大學(xué)動物醫(yī)學(xué)院實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心提供。

        1.2 試驗(yàn)設(shè)備

        高壓鍋、超凈臺、冰箱、恒溫培養(yǎng)箱、PCR儀、瓊脂糖凝膠電泳儀、瓊脂糖凝膠成像系統(tǒng)、移液槍、水浴鍋、離心管、顯微鏡、載玻片等由云南農(nóng)業(yè)大學(xué)動物醫(yī)學(xué)院實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心提供。

        1.3 試驗(yàn)材料及試劑

        還原型輔酶A、巧克力瓊脂培養(yǎng)基、PPLO瓊脂培養(yǎng)基、脲酶、觸酶、七葉苷、水楊苷、甘露醇、肌醇、阿拉伯糖、海藻糖等均由云南農(nóng)業(yè)大學(xué)動物醫(yī)學(xué)院實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心提供。2×Trans HiFi MixⅡ、dNTP購自大連寶生物技術(shù)服務(wù)有限公司。

        1.4 引物的設(shè)計(jì)與合成

        根據(jù) Nahuel和 Alain等[2,3]報(bào)告的 APXIVA 基因序列,針對目前主要流行的血清型設(shè)計(jì)出一對特異性引物,并提交上海生工生物技術(shù)服務(wù)有限公司合成。

        2 試驗(yàn)步驟

        2.1 DNA提取

        分別取傳染性胸膜肺炎放線桿菌、鏈球菌、巴氏桿菌、副豬嗜血桿菌標(biāo)準(zhǔn)菌株菌液1.5 mL。于12 000 rpm離心1 min,棄上清,根據(jù)上海生工生物技術(shù)服務(wù)有限公司細(xì)菌總DNA抽提試劑盒進(jìn)行細(xì)菌的DNA提取,用1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測DNA提取情況,陽性DNA則于- 20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        表1 引物序列

        2.2 PCR體系及反應(yīng)條件優(yōu)化

        利用提取的傳染性胸膜肺炎放線桿菌標(biāo)準(zhǔn)菌株DNA作為模板,對PCR反應(yīng)體系及條件進(jìn)行優(yōu)化,經(jīng)多次試驗(yàn)摸索和優(yōu)化,最終確立最佳PCR反應(yīng)體系和條件分別為:

        ⑴第1輪PCR反應(yīng)(外鏈擴(kuò)增)體系及條件(擴(kuò)增條帶為442 bp):

        表2 第1輪PCR反應(yīng)的PCR擴(kuò)增體系

        第1輪PCR反應(yīng)(外鏈)擴(kuò)增程序?yàn)椋孩?4℃預(yù)變性5 min,②94℃變性30 s,③52℃退火30 s,④72℃延伸30 s,進(jìn)行35個(gè)循環(huán),⑤72℃延伸5 min。

        ⑵ 第2輪PCR反應(yīng)(內(nèi)鏈)擴(kuò)增體系及條件(擴(kuò)增條帶為378 bp):

        表3 第2輪PCR反應(yīng)的PCR擴(kuò)增體系

        第2輪PCR反應(yīng)(內(nèi)鏈)擴(kuò)增程序?yàn)椋孩?5℃預(yù)變性5 min,②94℃變性30 s,③52℃退火30 s,④72℃延伸30s,進(jìn)行35個(gè)循環(huán),⑤72℃延伸5 min。

        取10 μL PCR擴(kuò)增產(chǎn)物與6×Loading Buffer混合均勻后加樣到1.5%瓊脂糖凝膠(含0.2%EB)孔中,并在100 V電壓下電泳40 min,在凝膠成像系統(tǒng)上觀察結(jié)果,并拍照。

        2.3 PCR特異性測定

        分別用與呼吸道有關(guān)的病原菌(鏈球菌、巴氏桿菌、副豬嗜血桿菌和大腸桿菌)作為模板,按上述相同方法進(jìn)行PCR擴(kuò)增,觀察電泳結(jié)果。

        2.4 PCR靈敏性檢測

        分別挑取傳染性胸膜肺炎放線桿菌標(biāo)準(zhǔn)菌株血清型2型和血清型5型接種于液體培養(yǎng)基中,37℃震蕩培養(yǎng)24 h后;取0.2 mL菌液加1.8 mL PBS液混勻稀釋后作為第1管,從第1管中取0.2 mL菌液加1.8 mL PBS液混勻稀釋后作為第2管,從第2管中取0.2 mL菌液加1.8 mL PBS液混勻稀釋后作為第3管……依次往下(10倍稀釋)稀釋至第8管。分別從稀釋好的各管中取出1 mL,用上述所建的檢測方法對其進(jìn)行檢測,觀察電泳結(jié)果。并用核酸定量儀測定各管中菌液的濃度。

        2.5 PCR檢測方法的實(shí)際應(yīng)用

        對云南各地送檢的7份疑似傳染性胸膜肺炎感染的病料采用細(xì)菌分離生化鑒定方法及上述所建的PCR檢測方法進(jìn)行檢測,比較所建的PCR檢測方法與細(xì)菌分離生化鑒定法的符合率。

        3 試驗(yàn)結(jié)果

        3.1 細(xì)菌DNA的提取

        將放線桿菌血清型2型和5型標(biāo)準(zhǔn)菌株及放線桿菌地方流行毒株提取后的DNA進(jìn)行電泳檢測,確定已抽提出DNA。

        3.2 第1輪 (外鏈擴(kuò)增)和第2輪 (內(nèi)鏈擴(kuò)增)PCR反應(yīng)的優(yōu)化

        利用提取的傳染性胸膜肺炎放線桿菌標(biāo)準(zhǔn)菌株和地方流行株DNA作模板,對PCR反應(yīng)體系及條件進(jìn)行優(yōu)化,經(jīng)多次試驗(yàn)和優(yōu)化,最終確立第1輪最佳PCR反應(yīng)并擴(kuò)增出442 bp條帶(圖1),第2輪最佳PCR反應(yīng)并擴(kuò)增出378 bp條帶(圖2)。

        圖1 菌株第1輪PCR產(chǎn)物電泳鑒定結(jié)果

        圖2 菌株第2輪PCR產(chǎn)物電泳鑒定結(jié)果

        3.3 PCR特異性測定

        以鏈球菌、巴氏桿菌、副豬嗜血桿菌以及大腸桿菌的DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,結(jié)果顯示,2對引物只能對傳染性胸膜肺炎放線桿菌擴(kuò)增出378 bp和442 bp的目的片段(見圖3)。

        3.4 PCR靈敏性檢測

        從稀釋好的菌液中取1 mL用上述所建的檢測方法進(jìn)行檢測,并測得原濃度(未稀釋)菌液濃度為4.8×108個(gè)/mL,且第1輪PCR檢出率為480個(gè)/mL(見圖4);第2輪PCR最低檢出率為48個(gè)/mL(見圖5)。

        圖3 參考菌株電泳鑒定結(jié)果

        圖4 標(biāo)準(zhǔn)菌株第1輪PCR產(chǎn)物電泳鑒定結(jié)果

        3.5 PCR方法與經(jīng)典病原學(xué)方法對病料的檢測結(jié)果對比

        對各養(yǎng)殖場送檢的7份疑似傳染性胸膜肺炎感染的病料分別采用細(xì)菌分離生化鑒定和PCR檢測,結(jié)果均檢測出其中2份病料為傳染性胸膜肺炎放線桿菌陽性,其余均未檢測到傳染性胸膜肺炎放線桿菌(見圖6、圖7)。PCR檢測法與細(xì)菌分離生化鑒定檢測法的符合率為100%。

        圖5 標(biāo)準(zhǔn)菌株第2輪PCR產(chǎn)物電泳鑒定結(jié)果

        圖6 病料2電泳鑒定結(jié)果

        圖7 病料6和7電泳鑒定結(jié)果

        4 討論

        建立的PCR檢測方法在送檢的7種病料中未檢測出鏈球菌、巴氏桿菌、副豬嗜血桿菌和大腸桿菌等病原,利用此檢測方法能夠檢測到最低含量為48個(gè)/mL的細(xì)菌濃度。說明建立快速、靈敏、高通量的豬傳染性胸膜肺炎放線桿菌PCR診斷方法,可以為豬傳染性胸膜肺炎放線桿菌的檢測提供一種確實(shí)有效的診斷方法。對采集的病料分離培養(yǎng)鑒定和病料提取DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增后二者結(jié)果符合率為100%。

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