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        基于形態(tài)學(xué)標(biāo)記的部分湖南本土牡丹資源聚類(lèi)分析

        2019-08-20 14:58:33許文婷呂長(zhǎng)平陳夢(mèng)潔孫田嬌陳海霞李炎林
        江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2019年8期
        關(guān)鍵詞:主成分分析牡丹

        許文婷 呂長(zhǎng)平 陳夢(mèng)潔 孫田嬌 陳海霞 李炎林

        摘要:對(duì)9份湖南本土牡丹資源的28個(gè)主要性狀進(jìn)行形態(tài)學(xué)觀(guān)測(cè),通過(guò)R型聚類(lèi)分析、Q型聚類(lèi)分析與主成分分析探討其品種數(shù)量分類(lèi)的標(biāo)準(zhǔn)和親緣關(guān)系。R型聚類(lèi)分析的結(jié)果得出花冠橫徑與花冠縱徑、心皮數(shù)量、花朵高度相關(guān)系數(shù)均>0.9,花瓣數(shù)量與花梗長(zhǎng)(r=0.986)、瓣端形狀與雄蕊花絲顏色(r=0.934)、外花瓣輪數(shù)與花色(r=0.933),因此Q型聚類(lèi)中不考慮花冠縱徑、心皮數(shù)量和花朵高度等6個(gè)性狀。主成分分析結(jié)果表明,瓣數(shù)量、花瓣大小、花冠橫徑等9個(gè)性狀的貢獻(xiàn)率較大。Q型聚類(lèi)分析結(jié)果表明,根據(jù)各個(gè)主要性狀的遺傳差異將9份湖南本土牡丹資源分成兩大類(lèi):第一大類(lèi)為鳳優(yōu)4號(hào)、鳳丹白、鳳丹粉、楊山牡丹、寶慶紅、鳳優(yōu)2號(hào);第二大類(lèi)為鳳優(yōu)1號(hào)、鳳優(yōu)3號(hào)、鳳優(yōu)5號(hào)。綜上,可為湖南本土牡丹品種分類(lèi)和親緣關(guān)系分析提供參考。

        關(guān)鍵詞:牡丹;形態(tài)學(xué)標(biāo)記;R型聚類(lèi);主成分分析;Q型聚類(lèi)

        中圖分類(lèi)號(hào):S685.110.32 文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A

        文章編號(hào):1002-1302(2019)08-0135-04

        牡丹(Paeonia suffuticosa)別稱(chēng)富貴花、兩百金等,屬芍藥科(Paeoniaceae)芍藥屬(Paeonia)植物,是我國(guó)十大傳統(tǒng)名花之一,也是我國(guó)特有的珍貴觀(guān)賞、藥用和油用植物[1]。經(jīng)過(guò)長(zhǎng)期的人工和自然選擇,我國(guó)牡丹已經(jīng)形成了4個(gè)牡丹品種群:中原牡丹品種群、西北牡丹品種群、西南牡丹品種群、江南牡丹品種群[2]。湖南省是牡丹自然分布區(qū)之一,且湖南省牡丹屬江南牡丹品種群[3]。依據(jù)史料記載,湖南省牡丹藥用栽培有 2 000 多年歷史,觀(guān)賞栽培也有1 000多年歷史,并形成湘西北以觀(guān)賞牡丹為主和湘西南以藥用牡丹為主的2個(gè)栽培中心[4-6]。

        從前人對(duì)湖南省牡丹品種資源調(diào)查結(jié)果可以發(fā)現(xiàn),由于缺乏對(duì)湖南省牡丹的養(yǎng)護(hù)管理[7-9],逐年會(huì)有部分原有品種資源遺失,同時(shí)又發(fā)現(xiàn)一些新的具有較高觀(guān)賞價(jià)值的因自然雜交產(chǎn)生的實(shí)生苗變異材料[10]。但這些品種是經(jīng)過(guò)多年多次的自然雜交而來(lái),其來(lái)源和親緣關(guān)系不明,因此,對(duì)這些品種進(jìn)行準(zhǔn)確分類(lèi)尤為重要。形態(tài)學(xué)標(biāo)記作為遺傳標(biāo)記的一種,能從表型性狀來(lái)檢測(cè)遺傳變異,是最直接也是最簡(jiǎn)便易行的方法[11]。因此,本研究運(yùn)用數(shù)量分類(lèi)學(xué)對(duì)藥用牡丹資源調(diào)查中新發(fā)現(xiàn)的5個(gè)優(yōu)良單株資源和與其相關(guān)的4個(gè)湖南本土牡丹資源的28個(gè)主要性狀進(jìn)行聚類(lèi)分析和主成分分析,以期探究湖南本土牡丹資源分類(lèi)的等級(jí)和標(biāo)準(zhǔn),確定新發(fā)現(xiàn)的牡丹優(yōu)良單株資源的親緣關(guān)系,為湖南本土牡丹種質(zhì)資源開(kāi)發(fā)利用和耐濕熱的新品種育種提供理論指導(dǎo)。

        1材料與方法

        1.1試驗(yàn)材料

        試驗(yàn)材料選自湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)花卉教學(xué)科研基地保存的9份牡丹資源(表1),植株年齡為3年。

        1.2牡丹形態(tài)性狀的觀(guān)測(cè)

        從2017年11月下旬到2018年4月下旬對(duì)栽植在湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)花卉教學(xué)科研基地的鳳丹白、寶慶紅、楊山牡丹、鳳丹粉和5個(gè)優(yōu)良單株,從萌芽期到盛花期以及展葉后的旺盛生長(zhǎng)季記錄觀(guān)察到的形態(tài)特征。在牡丹萌芽期,每份資源選取生長(zhǎng)健壯的10個(gè)越冬鱗芽作為觀(guān)測(cè)對(duì)象,每隔5 d觀(guān)測(cè)1次芽的生長(zhǎng)情況;待牡丹莖上葉序基本形成后,以當(dāng)年生枝基部向上第3個(gè)葉柄上的葉片為對(duì)象,每隔5 d觀(guān)測(cè)1次;在現(xiàn)蕾期每隔5 d觀(guān)測(cè)1次花蕾的性狀,直至花蕾完全綻放。在觀(guān)測(cè)日的16:00—17:00對(duì)比PAN-TONE(潘通)色卡記錄相關(guān)顏色。質(zhì)量性狀的觀(guān)測(cè)主要采用肉眼觀(guān)察,包括花期、花型、花態(tài)、花瓣基部有無(wú)色斑、色斑顏色、色斑形狀等;數(shù)量性狀的觀(guān)測(cè)主要采用卷尺和游標(biāo)卡尺,包括花梗長(zhǎng)、花冠橫徑、縱徑、花朵高度、花瓣數(shù)、復(fù)葉長(zhǎng)、復(fù)葉寬等。

        1.3分類(lèi)性狀的選取與編碼方法

        觀(guān)測(cè)選取的形態(tài)學(xué)表型性狀包括質(zhì)量性狀和數(shù)量性狀,用于分類(lèi)的質(zhì)量性狀須按照牡丹品種形態(tài)性狀記載標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行整理和規(guī)范[12],性狀的編碼(表2)按照等級(jí)數(shù)量編碼的方法進(jìn)行分級(jí)、賦值[13],二態(tài)性狀以0和1表示,肯定狀態(tài)為1,否定狀態(tài)為0;有序多態(tài)性狀應(yīng)按從原始性狀不斷進(jìn)化的順序,取連續(xù)排列的非負(fù)整數(shù)1,2,3,…,n進(jìn)行編碼;無(wú)序多態(tài)性狀多按生物進(jìn)化順序進(jìn)行編碼。數(shù)量性狀不編碼,取平均值直接運(yùn)算。

        1.4數(shù)據(jù)處理

        因?yàn)閿?shù)據(jù)量綱不同會(huì)影響聚類(lèi)分析的結(jié)果,因此分析之前先運(yùn)用SPSS 18.0對(duì)原始數(shù)值進(jìn)行預(yù)處理(標(biāo)準(zhǔn)化)。然后對(duì)牡丹的28個(gè)性狀進(jìn)行R型聚類(lèi)分析,度量標(biāo)準(zhǔn)選用Pearson系數(shù),使差異性大的變量分離開(kāi)來(lái),得到性狀指標(biāo)聚類(lèi)樹(shù)形圖(圖1)。從圖中表示的相似變量中選擇具有代表性的變量參與其他分析,減少分析的變量個(gè)數(shù)。根據(jù)R型聚類(lèi)結(jié)果對(duì)牡丹資源進(jìn)行Q型聚類(lèi)分析,利用歐氏平方距離系數(shù)進(jìn)行測(cè)度,得出分類(lèi)結(jié)果樹(shù)形圖(圖2)。同時(shí)采用主成分分析,通過(guò)降維的方法將多個(gè)指標(biāo)簡(jiǎn)化為少數(shù)幾個(gè)綜合指標(biāo),使這幾個(gè)少數(shù)綜合指標(biāo)可以反映原來(lái)所有指標(biāo)的信息[14]。全部數(shù)學(xué)運(yùn)算均在Microsoft Excel 2013和SPSS 18.0軟件上完成。

        2結(jié)果與分析

        2.1R型聚類(lèi)分析的結(jié)果及分析

        R型聚類(lèi)分析是對(duì)樣本的性狀進(jìn)行分類(lèi),使具有共同特征的性狀聚集在一起,以便選出具有代表性的性狀進(jìn)行分析,減少分析性狀的個(gè)數(shù),又能對(duì)后續(xù)Q型聚類(lèi)分析選取性狀的合理性進(jìn)行驗(yàn)證[15]。

        由圖1可知,分析的大部分性狀相關(guān)性不高,僅有少數(shù)性狀相關(guān)性比較高。花冠橫徑與花冠縱徑、心皮數(shù)量、花朵高度相關(guān)系數(shù)均大于0.9,花瓣數(shù)量與花梗長(zhǎng)(r=0.986)、瓣端形狀與雄蕊花絲顏色(r=0.934)、外花瓣輪數(shù)與花色(r=0.933)的相關(guān)性較大。2個(gè)變量的相關(guān)系數(shù)接近1或者-1,說(shuō)明2個(gè)變量可互相代替。但花瓣橫徑、花色、花瓣數(shù)量與瓣端形狀區(qū)別不同品種較其他相關(guān)性高的性狀明顯,所以相關(guān)性高的性狀中保留這4個(gè)性狀參與Q型聚類(lèi)分析的運(yùn)算,其他性狀剔除,不會(huì)影響聚類(lèi)分析結(jié)果。

        2.2主成分分析的結(jié)果及分析

        對(duì)牡丹的22個(gè)主要性狀進(jìn)行主成分分析,由表3可知,前4個(gè)主成分的總貢獻(xiàn)率為89.894%。第1主成分的貢獻(xiàn)率為40.043%,其中特征向量值比較大的性狀是花瓣數(shù)量、花瓣大小、花冠橫徑、花色、鱗芽寬和瓣端形狀,其特征值均在0.741及以上,主要反映的是花和芽的情況。第2主成分的貢獻(xiàn)率為24.066%,其中特征向量值比較大的性狀的是復(fù)葉葉柄長(zhǎng)、復(fù)葉長(zhǎng)、復(fù)葉寬、復(fù)葉葉柄粗、當(dāng)年生枝長(zhǎng)和當(dāng)年生枝粗,其特征值均在0.674及以上,主要反映的是復(fù)葉和當(dāng)年生主枝的情況。第3主成分的貢獻(xiàn)率為13.327%,其中特征向量值比較大的性狀的是葉形、株型,其特征值均在0.553及以上,主要反映的是葉形和株型的情況。第4主成分的貢獻(xiàn)率為 12.458%,其中特征向量值比較大的性狀是花瓣基部有無(wú)色斑、色斑顏色和色斑形狀,其特征值均在0.596及以上,主要反映的是花瓣基部的色斑情況。

        2.3Q型聚類(lèi)分析的結(jié)果及分析

        根據(jù)Q型聚類(lèi)分析樹(shù)形(圖2)所示,在等級(jí)結(jié)合線(xiàn)L1(D=23.0)處,9個(gè)品種被分為兩大類(lèi),第一大類(lèi)為鳳優(yōu)4號(hào)、鳳丹白、鳳丹粉、楊山牡丹、鳳丹粉、寶慶紅、鳳優(yōu)2號(hào),為鱗芽偏大、復(fù)葉較大、當(dāng)年生主枝較長(zhǎng)的品種類(lèi)群。第二大類(lèi)為鳳優(yōu)1號(hào)、鳳優(yōu)3號(hào)、鳳優(yōu)5號(hào),葉形均為長(zhǎng)卵葉、鱗芽偏小、復(fù)葉較小、當(dāng)年生主枝較短的品種類(lèi)群。在等級(jí)結(jié)合線(xiàn)L2(D=17.2)處,第一大類(lèi)可進(jìn)一步劃分為2個(gè)亞類(lèi),第1個(gè)亞類(lèi)為寶慶紅,第2個(gè)亞類(lèi)為鳳優(yōu)4號(hào)、鳳丹白、鳳丹粉、楊山牡丹、鳳優(yōu)2號(hào),寶慶紅與第2個(gè)亞類(lèi)的品種相比較,其花期最晚、植株矮小、萌蘗性強(qiáng)、花朵橫徑和花瓣大小均較小、復(fù)葉長(zhǎng)也較短且葉型偏圓;第2個(gè)亞類(lèi)可以進(jìn)一步分為鳳優(yōu)2號(hào)單獨(dú)一類(lèi),其與鳳優(yōu)4號(hào)、鳳丹白、鳳丹粉、楊山牡丹相比較,外花瓣輪數(shù)為4輪的荷花型、花瓣數(shù)量較多、花瓣較大、株型較高大。鳳優(yōu)4號(hào)、鳳丹白、鳳丹粉、楊山牡丹為2~3輪的單瓣型,花瓣數(shù)量相似、花色除鳳丹粉外均為白色、鱗芽形狀均為長(zhǎng)卵形、復(fù)葉長(zhǎng)、寬較相似。第二大類(lèi)可進(jìn)一步劃分,主要根據(jù)鳳優(yōu)1號(hào)的復(fù)葉長(zhǎng)、寬和當(dāng)年生主枝長(zhǎng)較鳳優(yōu)3號(hào)和鳳優(yōu)5號(hào)的指標(biāo)大。

        3結(jié)論與討論

        本試驗(yàn)在選取形態(tài)學(xué)表型性狀時(shí),考慮了前人在牡丹數(shù)量分類(lèi)研究中對(duì)品種分類(lèi)影響較大的重要指標(biāo)。如成仿云等提出的花色和花型是牡丹最主要的2個(gè)形態(tài)特征,但因本試驗(yàn)的牡丹品種花瓣輪數(shù)多為2~3輪的單瓣型,只有鳳優(yōu)2號(hào)的花瓣為4輪的荷花型,不排除是栽培條件的影響,還需后期的觀(guān)察,故不參與本次試驗(yàn)的數(shù)量分類(lèi)[12]。花色是牡丹新品種選育中最直觀(guān)的觀(guān)測(cè)指標(biāo),根據(jù)此試驗(yàn)中主成分分析的結(jié)果,可將其作為湖南本土牡丹數(shù)量分類(lèi)的三級(jí)標(biāo)準(zhǔn),張亮等認(rèn)為由于同一植株(品種)常有多種花型并存的現(xiàn)象,因此將其作為紫斑牡丹品種分類(lèi)的三級(jí)標(biāo)準(zhǔn)[16]。而且因?yàn)樵囼?yàn)材料為調(diào)查意外發(fā)現(xiàn)的新品種,引種后受地理位置和氣候的影響,不能保證著花率和結(jié)實(shí)率,所以也沒(méi)有選取著花率和結(jié)實(shí)率。前[CM(25]人的研究結(jié)果將結(jié)實(shí)率作為牡丹數(shù)量分類(lèi)的一級(jí)標(biāo)準(zhǔn),與此試驗(yàn)分析得出的花瓣數(shù)量和花朵大小的貢獻(xiàn)率較大不同,這還有待進(jìn)一步研究。

        從各性狀的主成分分析得出花瓣數(shù)量、花瓣大小、花冠橫徑、花色、復(fù)葉長(zhǎng)、復(fù)葉寬、當(dāng)年生枝長(zhǎng)、當(dāng)年生枝粗和株型的貢獻(xiàn)率在22個(gè)性狀指標(biāo)中較大,這些性狀可作為同地區(qū)、親緣關(guān)系較近的牡丹品種數(shù)量分類(lèi)和新品種選育選擇的主要參考指標(biāo)。此外由本試驗(yàn)9個(gè)品種的聚類(lèi)分析可得出,楊山牡丹與鳳丹白、鳳丹粉同為一個(gè)亞類(lèi),親緣關(guān)系比較近,也符合前人認(rèn)為鳳丹白、鳳丹粉為楊山牡丹的栽培品種的結(jié)論。而寶慶紅屬于另外一個(gè)亞類(lèi),這一結(jié)果與張旻桓等[17]和鐘麗凡等[18]用ISSR分子標(biāo)記得出的結(jié)論相同,而另外5個(gè)新發(fā)現(xiàn)的單株資源分屬于2個(gè)不同的大類(lèi),說(shuō)明這5個(gè)單株資源之間很可能不是同一個(gè)品種,其遺傳性狀差異相對(duì)較大,可利用其遺傳性狀差異產(chǎn)生的較高的觀(guān)賞價(jià)值,選育湖南本土的優(yōu)良新品種。雖然聚類(lèi)分析中性狀指標(biāo)均按統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行量化,一定程度上避免了人為主觀(guān)的誤差影響,使分類(lèi)由定性分析變?yōu)槎糠治鯷19],但是植物的形態(tài)性狀容易受外部環(huán)境的影響,還應(yīng)該綜合分子標(biāo)記和細(xì)胞學(xué)等方法才能更加準(zhǔn)確地鑒定牡丹品種之間的親緣關(guān)系。

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