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        基于The Human Protein Atlas和TCGA數(shù)據(jù)庫分析SmuG1在人卵巢癌中的表達及預(yù)后意義

        2019-08-15 07:06:58鄭麗嬌黃潔彭冬先
        貴州醫(yī)藥 2019年7期
        關(guān)鍵詞:生存期卵巢癌數(shù)據(jù)庫

        鄭麗嬌 黃潔 彭冬先

        (南方醫(yī)科大學(xué)珠江醫(yī)院婦產(chǎn)科,廣東 廣州 510220)

        卵巢癌是致死率最高的女性惡性腫瘤,不良的總體預(yù)后是各種因素綜合作用的結(jié)果,其中關(guān)鍵的一點是卵巢癌在早期階段沒有明顯的癥狀和特定的腫瘤標記物,大多數(shù)女性被確診時已為晚期,預(yù)后極差[1-2]。因此,深入研究卵巢癌發(fā)生發(fā)展的機制,尋找新的高度敏感的分子標記物或潛在的治療靶點顯得尤為重要。單鏈選擇性單功能尿嘧啶DNA糖基化酶(single-strand selective monofunctional uracil DNA glycosylase,SmuG1)是一種細胞內(nèi)糖基化酶[3],在全身各類組織及器官中均有表達,可從核染色質(zhì)中的單鏈和雙鏈DNA中去除尿嘧啶,從而有助于堿基切除修復(fù),對于防止突變至關(guān)重要[4]。SmuG1在多種實體腫瘤中均有異常表達,與腫瘤易感性、預(yù)后密切相關(guān)。但在不同的腫瘤中卻存在相反的結(jié)果,提示SmuG1可能在癌癥發(fā)生發(fā)展中扮演復(fù)雜的角色,并且基于癌癥的類型及其性質(zhì)而起不同的作用。目前鮮有SmuG1與卵巢癌關(guān)系的報道,因此,本研究利用(the human protein atlas,THPA)及the cancer genome atlas,TCGA)數(shù)據(jù)庫探討其表達對卵巢癌患者的臨床價值。報告如下。

        1 材料與方法

        1.1 材料 (1)THPA數(shù)據(jù)庫檢索SmuG1在人亞細胞中定位以及在組織中的表達情況。(2)TCGA數(shù)據(jù)庫下載卵巢癌患者的臨床數(shù)據(jù)和SmuG1轉(zhuǎn)錄組芯片數(shù)據(jù),將臨床數(shù)據(jù)與芯片數(shù)據(jù)進行匹配,同時剔除臨床病理參數(shù)不詳或不完整的病例,最終得到234例研究樣本。

        1.2 方法 (1)根據(jù)SmuG1的表達狀況由低至高排序,分為高表達組(High,>0.5分隔值)和低表達組(Low,<0.50.5分隔值),分析SmuG1表達量與臨床資料之間的關(guān)系。生存分析用 Kaplan-Meier。使用Cox比例風(fēng)險回歸模型進行單因素分析和多因素分析。

        1.3 統(tǒng)計學(xué)方法 采用SPSS22.0版軟件進行統(tǒng)計學(xué)分析;采用卡方檢驗分析SmuG1表達與臨床病理特征之間的關(guān)系;通過使用Kaplan-Meier方法分析整體存活率;使用Cox比例風(fēng)險回歸模型進行單變量及多變量生存比較,P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2 結(jié) 果

        2.1 THPA數(shù)據(jù)庫檢索SmuG1在人亞細胞定位以及在組織中的表達情況 SmuG1定位于人細胞內(nèi)的中心體和微管,在多種腫瘤組織中存在異常表達,尤其是卵巢癌組織和肝癌組織。見圖1。

        2.2 TCGA數(shù)據(jù)庫分析卵巢癌患者SmuG1 mRNA的表達水平及其與臨床病理特征的關(guān)系 SmuG1 mRNA水平與臨床分期負相關(guān)(P<0.05,相關(guān)系數(shù)r=-0.5),而與年齡、腫瘤級別、殘留腫瘤大小、化療是否耐藥、腫瘤是否復(fù)發(fā)無關(guān)(P>0.05)。按FIGO分期,11例Ⅱ期卵巢癌組織中,10例(90%)低表達,1例(10%)高表達;184例Ⅲ期卵巢癌組織中,83例(45%)低表達,101例(55%)高表達;39例Ⅳ期卵巢癌組織中,24例(62%)低表達,15例(38%)高表達。三者之間進行方差分析,結(jié)果差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.0243)。

        注:引自The Human Protein Atlas數(shù)據(jù)庫,定位在中心體(抗體:HPA05114),綠色為SmuG1抗體結(jié)合處。

        圖1 SmuG1蛋白在HPA05114細胞系中的定位

        2.3 生存分析探討SmuG1 mRNA水平與卵巢癌患者總生存率的關(guān)系 Kaplan-Meier生存曲線分析發(fā)現(xiàn)高表達SmuG1 mRNA的患者比低表達SmuG1 mRNA患者的存活時間更長,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(P=0.035)。見圖2。

        圖2 SmuG1 mRNA表達與卵巢癌患者的總生存時間的Kaplan-Meier生存曲線

        2.4 Cox比例風(fēng)險回歸模型分析SmuG1對卵巢癌患者總體生存期的獨立預(yù)后影響 單因素分析發(fā)現(xiàn)總生存時間與SmuG1表達量、化療反應(yīng)、耐藥性以及無病生存期長短相關(guān);多因素進一步分析表明SmuG1的表達水平是卵巢癌患者的顯著獨立預(yù)后指標(P=0.009)。見表1。

        表1 根據(jù)cox比例風(fēng)險模型,SmuG1表達對總體生存率的預(yù)后價值

        續(xù)表 表1

        無病生存期(穩(wěn)定 vs 進展)21.9788(3.068 12~157.44 669)0.002多因素分析SmuG1 表達量(高表達 vs 低表達)0.9 828 298(0.618 97~1.560 583)0.009

        3 討 論

        卵巢癌是嚴重威脅婦女健康的常見婦科腫瘤,死亡率居婦科腫瘤首位。由于 其起病隱匿[5],早期篩查困難,大約2/3的患者在初診時已發(fā)生盆腹腔內(nèi)的廣泛種植[6]。因此,提高卵巢癌的早期診斷水平、探討其有效的治療靶點,對改善預(yù)后有重要的意義[7]。SmuG1是三大DNA糖基化酶之一,可不受細胞周期調(diào)節(jié)并且均勻分布在核質(zhì)中[8-9],具有廣泛的底物特異性[10-11]。有研究表明SmuG1轉(zhuǎn)錄物的低表達可損害DNA修復(fù),從而增加突變率,增強染色體不穩(wěn)定性[12]。在小鼠研究中[13],SmuG1的丟失被證明可以增加癌癥的易感性。同時發(fā)現(xiàn)低SmuG1轉(zhuǎn)錄物可能與較差的存活率相關(guān)[14]。但是目前尚未有SmuG1與卵巢癌發(fā)生發(fā)展及預(yù)后關(guān)系的研究報道。

        本研究利用THPA數(shù)據(jù)庫,發(fā)現(xiàn)SmuG1定位于細胞內(nèi),是堿基切除修復(fù)的關(guān)鍵因子,在腫瘤組織中存在異常表達。為了進一步驗證,利用TCGA數(shù)據(jù)庫分析234例卵巢癌患者SmuG1 mRNA的表達水平與臨床病理特征的相關(guān)性,發(fā)現(xiàn)SmuG1 mRNA水平與臨床分期負相關(guān),與THPA數(shù)據(jù)庫的SmuG1蛋白水平趨勢一致。生存分析結(jié)果提示SmuG1表達水平高的卵巢癌患者的總生存期更長、預(yù)后更好,Cox比例風(fēng)險回歸模型分析提示SmuG1是卵巢癌患者總體生存率的獨立影響因子,而不是與初治反應(yīng)、耐藥性等危險因素起協(xié)同作用。這與在小鼠研究、乳腺癌以及結(jié)直腸癌研究中預(yù)后是一致的,但與胃癌的預(yù)后相反,一種可能的解釋是,在胃癌中,炎癥是致癌作用的驅(qū)動因素,并且低濃度的SmuG1可有益于修復(fù)氧化性堿基損傷(通常見于炎性環(huán)境中),在這種情況下,與耗盡相反,SmuG1的升高可以潛在地用作存活的生物標記物。表明SmuG1與腫瘤臨床病理類型、癌細胞的侵襲轉(zhuǎn)移以及患者預(yù)后相關(guān),并且基于癌癥的類型及其性質(zhì)可能起不同的作用。

        綜上所述,SmuG1 mRNA水平與臨床分期負相關(guān),與預(yù)后生存時間緊密相連,揭示SmuG1在卵巢癌的發(fā)生發(fā)展過程中可能發(fā)揮著抑癌作用。TCGA研究納入的樣本量大,臨床資料客觀完整,可信度高,在一定程度上具有代表意義,分析結(jié)果具有一定的提示作用,為進一步研究SmuG1與卵巢癌發(fā)生機制提供了一定的理論基礎(chǔ),但結(jié)論仍需進一步的驗證。

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