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        瀕危植物蒙古扁桃SRAP反應(yīng)體系優(yōu)化

        2019-08-10 04:20:00白羽丁海麥石松利
        江蘇農(nóng)業(yè)科學(xué) 2019年3期
        關(guān)鍵詞:分子標(biāo)記正交試驗優(yōu)化

        白羽 丁海麥 石松利

        摘要:為利用SRAP技術(shù)研究蒙古扁桃資源遺傳多樣性評價和種質(zhì)資源鑒定,利用正交試驗法L16(45)正交設(shè)計,對影響蒙古扁桃SRAP-PCR反應(yīng)體系的Mg2+濃度、dNTPs濃度、Taq DNA聚合酶量、引物濃度4個因素以及模板DNA濃度進(jìn)行篩選。優(yōu)化的蒙古扁桃SRAP-PCR最佳反應(yīng)體系為Mg2+濃度為2.5 mmol/L,dNTPs濃度為 0.25 mmol/L,模板DNA濃度為100 ng,Taq酶濃度為2.00 U,引物濃度1.0 μmol/L,2.5 μL 10×PCR buffer,總體積為25 μL。篩選結(jié)果表明,對蒙古扁桃SRAP-PCR擴增結(jié)果影響最大的是Taq聚合酶濃度,最小的是dNTPs濃度。運用該體系對144個隨機SRAP引物組合進(jìn)行篩選,篩選出12個條帶清晰、多態(tài)性高的引物組合,為蒙古扁桃種質(zhì)資源的研究奠定了基礎(chǔ)。

        關(guān)鍵詞:蒙古扁桃;分子標(biāo)記;SRAP;正交試驗;反應(yīng)體系;優(yōu)化

        中圖分類號: S567.1+90.24? 文獻(xiàn)標(biāo)志碼: A? 文章編號:1002-1302(2019)03-0046-03

        蒙古扁桃是薔薇科李屬的多年生木本植物[1],是傳統(tǒng)的中藥材,種仁可入藥,主治干咳、陰虛便秘等病癥。蒙古扁桃為亞洲中部戈壁地區(qū)特有的旱生種類,分布于我國的戈壁荒漠草原區(qū)[2],是國家三級保護(hù)植物[3]。近年來蒙古扁桃的研究主要體現(xiàn)在生理[4-5]、藥理性[6-7]、組織培養(yǎng)[8-10]、有效成分鑒定分離[11-13]等方面,但對于蒙古扁桃資源的遺傳多樣性研究和種質(zhì)資源鑒定仍不多。

        相關(guān)序列擴增多態(tài)性(sequence-related amplified polymorphism,簡稱SRAP)是一種以PCR標(biāo)記技術(shù)為基礎(chǔ)的分子標(biāo)記技術(shù),該技術(shù)重復(fù)性高、簡便、快速,以廣泛應(yīng)用于藥用植物的種質(zhì)資源鑒定、遺傳多樣性研究、指紋圖譜和親緣關(guān)系等方面的研究。本研究利用正交試驗設(shè)計對蒙古扁桃SRAP-PCR反應(yīng)體系進(jìn)行了優(yōu)化,分析SRAP-PCR反應(yīng)體系中各因素的相互影響[14],得到最佳優(yōu)化的組合,并對144對引物進(jìn)行了SRAP-PCR分子標(biāo)記,篩選一些多態(tài)性高的引物組合,為進(jìn)一步研究蒙古扁桃種質(zhì)資源和遺傳多樣性打下基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 供試材料

        1.1.1 材料 所選材料為蒙古扁桃的種仁,采集于阿拉善諾日公。

        1.1.2 試劑 Taq DNA聚合酶,CTAB,MgCl2,dNTPs,10×PCR Buffer(Mg2+free),參照Li等發(fā)表的SRAP引物[15]設(shè)計12條正向引物、12條反向引物,均由上海生工生物技術(shù)服務(wù)有限公司合成;離心機(飛鴿,上海安亭科學(xué)儀器廠);微量紫外可見分光光度計(Nano Drop);凝膠成像系統(tǒng)(上海天能科技有限公司);PCR儀(Biometra公司);電泳儀(北京六一生物科技有限公司)。

        1.2 試驗方法

        1.2.1 DNA的提取及檢測 以蒙古扁桃的種仁為材料,利用改良的CTAB法提取基因組的DNA,DNA干燥風(fēng)干后溶解沉淀于1×TE溶液中,并采用微量紫外分光光度計及1%瓊脂糖凝膠電泳檢測供試DNA的純度和濃度。

        1.2.2 SRAP-PCR體系的優(yōu)化 利用L16(45)正交設(shè)計PCR反應(yīng)試驗,對DNA模板濃度、Mg2+濃度、引物濃度、Taq DNA聚合酶濃度和dNTP濃度,進(jìn)行5因素4水平篩選(表1)。

        1.2.3 SRAP-PCR擴增程序 制備總體積為25 μL的SRAP-PCR反應(yīng)體系,除表中變化因素外,每管中加入10×PCR Buffer(Mg2+free)2.5 μL,其余的補加ddH2O。模板為采集于趙長城的蒙古扁桃種仁DNA,所選用的引物組合為F5+R7,引物序列見表2。SRAP-PCR擴增程序:94 ℃預(yù)變性 5 min;94 ℃變性1 min,35 ℃復(fù)性1 min,72 ℃延伸1 min30 s,5個循環(huán);94 ℃變性1 min,50 ℃復(fù)性1 min,72 ℃延伸 1 min 30 s,35個循環(huán);72 ℃延伸7 min,4 ℃保存。擴增反應(yīng)在PCR儀上進(jìn)行,擴增產(chǎn)物用1.5%瓊脂糖凝膠電泳,用凝膠成像系統(tǒng)觀察并拍照。依照條帶多少及條帶強弱做1~16積分,分?jǐn)?shù)越高,表明特異性、敏感性好。

        1.2.4 優(yōu)化體系的檢測 根據(jù)以上試驗結(jié)果確定SRAP-PCR的最佳反應(yīng)體系,從預(yù)篩選引物中隨機選取引物組合,對5個不同居群的樣品DNA進(jìn)行SRAP擴增,檢測優(yōu)化的SRAP-PCR體系及擴增程序的穩(wěn)定性。

        1.2.5 引物篩選 根據(jù)SRAP的正向引物12條,反向引物12條,隨機組成144對引物組合,采用優(yōu)化的SRAP-PCR組合,對采集于趙長城地的蒙古扁桃進(jìn)行PCR擴增,擴增產(chǎn)物用1.5%瓊脂糖檢測,從而選擇出多態(tài)性高的引物。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 基因組DNA的提取

        利用改良的CTAB法提取蒙古扁桃種仁DNA,用1%瓊脂糖凝膠電泳30 min,結(jié)果顯示DNA條帶清晰,無降解,表明DNA完整(圖1)。通過紫外分光光度計對蒙古扁桃種仁DNA樣品濃度進(jìn)行檢測,D260 nm/D280 nm比值在1.80~1.95之間,說明經(jīng)改良的CTAB法提取DNA的提取質(zhì)量較高,滿足PCR的要求。

        2.2 SRAP-PCR反應(yīng)體系的正交優(yōu)化設(shè)計

        正交試驗電泳結(jié)果見圖1,根據(jù)主要條帶的多少、清晰度打分,效果最佳16,最差的1分,各體系得分依次為1、12、14、4、2、6、6、8、2、1、15、15、2、16、3、14。從電泳結(jié)果可以看出,第3、11、12、14泳道的主條帶清晰且多,副條帶明顯,表明這幾個組合多態(tài)性高,都可以作為蒙古扁桃正交試驗組合,但從經(jīng)濟性考慮,最后選擇第3組作為蒙古扁桃SRAP-PCR最佳反應(yīng)組合。直觀分析12個組合的條帶數(shù),5因素間各水平具有不同顯著性,對擴增效果的影響順序依次為Taq DNA聚合酶>引物>Mg2+>模板DNA>dNTPs。即在25 μL體系中,2.00 U/mL Taq酶,1.0 μmol/L引物、2.5 mmol/L Mg2、0.25 mmol/L dNTPs、100 ng模板DNA是最佳反應(yīng)體系。

        2.3 體系優(yōu)化穩(wěn)定性的檢測

        根據(jù)上述正交試驗設(shè)計優(yōu)化的SRAP-PCR反應(yīng)體系,利用F6/R9引物組合,對5份不同種質(zhì)材料的DNA進(jìn)行PCR擴增的結(jié)果見圖2,條帶清晰且多,特異性強,能夠區(qū)分5種蒙古扁桃種質(zhì),表明該試驗優(yōu)化的SPAP-PCR反應(yīng)體系能夠有效地用于蒙古扁桃遺傳多樣性分析和種質(zhì)資源鑒定等方面。

        2.4 多態(tài)性引物組合的篩選結(jié)果

        應(yīng)用優(yōu)化后的SRAP反應(yīng)體系,用12條上游引物、12條下游引物組成的144對引物組合對蒙古扁桃樣品進(jìn)行PCR擴增,并篩選多態(tài)性好、條帶清晰、重復(fù)性好的結(jié)果進(jìn)行分析。最終從144對引物中篩選出12對多態(tài)性好、條帶清晰的引物組合,分別為F1/R22、F2/R22、F3/R6、F4/R7、F5/R7、F6/R9、F7/R9、F8/R6、F9/R5、F10/R3、F11/R3、F12/R7。檢測結(jié)果如圖3所示。

        3 討論與結(jié)論

        SRAP是一種新型的基于PCR反應(yīng)的分子標(biāo)記,不但具有擴增穩(wěn)定、多態(tài)性強,而且還快速簡單、重復(fù)性好。然而,反應(yīng)體系中各因素水平濃度不同會對SRAP分子標(biāo)記的結(jié)果產(chǎn)生影響,并且不同的植物對SRAP-PCR反應(yīng)體系的要求也各不相同[16]。正交試驗設(shè)計優(yōu)化體系與傳統(tǒng)的單因素體系優(yōu)化方法相比,優(yōu)點在于考慮到了試驗中各反應(yīng)條件間的相互影響,能迅速找到理想中的引物組合。因而,對體系的優(yōu)化是進(jìn)行SRAP反應(yīng)的關(guān)鍵。正交優(yōu)化設(shè)計一般采用的主觀打分手段,易造成結(jié)論偏差,本試驗利用了凝膠成像系統(tǒng)Gel-Pro Analyzer4圖像處理軟件,對SRAP-PCR建立起客觀的評價標(biāo)準(zhǔn),更好地促進(jìn)正交優(yōu)化的應(yīng)用。

        本試驗建立的適合蒙古扁桃的SRAP反應(yīng)體系為模板DNA濃度為100 ng,Mg2+濃度為2.5 mmol/L,Taq酶濃度為2.00 U,引物濃度1.0 mmol/L、dNTPs濃度為0.25 mmol/L,2.5 μL 10×PCR buffer,剩余用ddH2O補齊至25 μL。同時,本試驗利用該體系從隨機組成的144對引物組合中篩選出12對擴增產(chǎn)物多態(tài)性高、條帶清晰的引物組合,為后續(xù)研究蒙古扁桃種質(zhì)資源奠定了基礎(chǔ),也為用SRAP分子標(biāo)記法研究蒙古扁桃種質(zhì)遺傳多樣性、親緣關(guān)系等方面提供了依據(jù)。

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