徐 匆,羅華建,李艷芳,黃 皓,梁衛(wèi)驅(qū),胡 珊,胡楚維,羅鴻斌
(1. 東莞市農(nóng)業(yè)科學(xué)研究中心,廣東 東莞 523086;2. 東莞市理工學(xué)院生態(tài)環(huán)境工程技術(shù)研發(fā)中心,廣東 東莞 523808)
環(huán)介導(dǎo)等溫擴(kuò)增(loop-mediated isothermal amplification, LAMP)是 Notomi等[1]在 2000 年發(fā)明的一項能夠在恒溫條件下快速擴(kuò)增DNA片段的技術(shù),此方法利用針對靶序列中6個基因區(qū)段的2對引物及BstDNA polymerase在延伸DNA鏈的同時所具有的鏈置換活性,對目的片段進(jìn)行鏈置換擴(kuò)增,不需經(jīng)過PCR反應(yīng)時雙鏈模板DNA的變性、退火及循環(huán)變溫過程,擴(kuò)增反應(yīng)在恒溫條件(61~65℃)下幾十分鐘即可完成(環(huán)引物的引入還可進(jìn)一步縮短反應(yīng)時間)。由于其快速、靈敏、對儀器要求低等特點,LAMP技術(shù)一經(jīng)報道,便在食品安全、醫(yī)學(xué)檢驗、種植、畜牧、水產(chǎn)等諸多行業(yè)的細(xì)菌、病毒、寄生蟲等檢測領(lǐng)域得到研究與應(yīng)用[2-9]。
在傳統(tǒng)LAMP的基礎(chǔ)上,研究者陸續(xù)將其與多項技術(shù)聯(lián)合使用,以擴(kuò)展及增強(qiáng)LAMP技術(shù)的實用性及準(zhǔn)確度,如與AMW反轉(zhuǎn)錄酶結(jié)合的反轉(zhuǎn)錄LAMP[10-11],結(jié)合內(nèi)切酶酶切技術(shù)的多重LAMP[6,12],結(jié)合酶聯(lián)反應(yīng)的LAMPELISA[13-14],結(jié)合實時定量等技術(shù)的多種LAMP產(chǎn)物檢測法[15-17]等。本文就LAMP擴(kuò)增技術(shù)與多種技術(shù)結(jié)合后的方法進(jìn)行總結(jié)及舉例說明和討論,以期為相關(guān)人員提供參考。
LAMP反應(yīng)過程不斷產(chǎn)生雙鏈DNA,而SYBR Green I是一種能夠結(jié)合在雙鏈DNA雙螺旋小溝區(qū)域的染料。游離狀態(tài)時,SYBR Green I發(fā)出微弱熒光,肉眼觀察呈橙色;與雙鏈DNA結(jié)合后,熒光增強(qiáng),肉眼觀察呈綠色。因此,SYBR Green I也被利用于LAMP產(chǎn)物的檢測。
Chen等[18]針對Maize chlorotic mottle virus(MCMV)保守的外殼蛋白序列設(shè)計了一套4條的LAMP引物,這套引物能夠在60 min內(nèi)實現(xiàn)對目的基因的檢測。對LAMP產(chǎn)物進(jìn)行檢測時,發(fā)現(xiàn)使用SYBR Green I檢測產(chǎn)物和使用凝膠電泳所檢測到的RNA模板量都能達(dá)到2.5×10-6μg,敏感性比RT-PCR高10倍,且在對23株野外采集的玉米樣本進(jìn)行檢測時,其敏感性也高于RT-PCR。
鈣黃綠素能夠結(jié)合LAMP反應(yīng)體系中的Mg2+,使體系顏色由黃變綠。Besuschio等[19]利用鈣黃綠色這一特點結(jié)合LAMP技術(shù)檢測人體血液中的克魯茲錐蟲,根據(jù)反應(yīng)體系的顏色變化來判斷檢測結(jié)果。該法針對性地擴(kuò)增高重復(fù)性的衛(wèi)星序列,能從6個分型單位的克魯茲錐蟲擴(kuò)增DNA,且成功從添加了EDTA和肝素的克魯茲錐蟲血液中檢測到陽性,而在擴(kuò)增地利什曼原蟲、布魯西氏桿菌、蘭格利氏桿菌、惡性瘧原蟲和未感染的人類DNA時檢測結(jié)果呈陰性,該法靈敏度可達(dá)到 1×10-2fg/μL DNA。
Irin 等[20]根據(jù) HNB(Hydroxynaphthol blue)游離的負(fù)電荷能夠與PEI正電荷結(jié)合生成藍(lán)色沉淀這一反應(yīng)開發(fā)了一種可以進(jìn)行半定量檢測的LAMP分析裝置。該裝置將PEI固定在紙上,然后把反應(yīng)生成的LAMP產(chǎn)物滴至樣品區(qū)間,再利用洗滌液將反應(yīng)產(chǎn)物浸潤到PEI區(qū)域,從而使得LAMP體系內(nèi)的游離HBN與PEI結(jié)合而在紙上呈現(xiàn)出藍(lán)色,根據(jù)紙上標(biāo)記的距離能夠進(jìn)行反應(yīng)模板的半定量分析(圖1[20])。這一裝置成功檢測到4.14×103拷貝/μL的E. coli基因組DNA。
圖1 半定量檢測的LAMP分析裝置Fig. 1 LAMP analytical device for semi-quantitative detection
可視染料結(jié)合LAMP的優(yōu)勢:(1)可直接將染料添加進(jìn)入反應(yīng)體系,不需開蓋檢測;(2)裸眼可觀察,不需借助儀器、設(shè)備。缺點:(1)染料的添加可能會抑制DNA合成的進(jìn)行;(2)肉眼判斷容易產(chǎn)生誤差。
Mori等[21]在2003年根據(jù)LAMP反應(yīng)過程會產(chǎn)生白色焦磷酸鎂沉淀的性質(zhì),將real-time技術(shù)與LAMP技術(shù)結(jié)合,開發(fā)出濁度儀,在650 nm波長每隔30 s檢測焦磷酸鎂沉淀,結(jié)果顯示當(dāng)DNA模板初始濃度在2×103~2×109拷貝數(shù)的范圍內(nèi)時,反應(yīng)時間與拷貝數(shù)對數(shù)呈線性相關(guān),可用于核酸定量。LAMP實時濁度法由于實現(xiàn)了對擴(kuò)增全過程的實時監(jiān)控,比終點檢測法效率更高、結(jié)果判定更準(zhǔn)確、檢測成本相對低廉,被廣泛應(yīng)用于多個領(lǐng)域。
Li等[4]以16S核糖體RNA基因的保守區(qū)為目的基因,使用LA-320c LAMP濁度儀(Eiken Chemical, Tokyo, Japan) 建立了檢測細(xì)胞內(nèi)勞森菌的LAMP技術(shù)。LAMP的最佳反應(yīng)條件為65℃,反應(yīng)時間為60 min,通過實時渾濁度檢測和直接目視檢測兩種方法均能檢測LAMP產(chǎn)物。LAMP的檢測極限為1.4×10-1pg的DNA,與實時PCR檢測極限相同,靈敏度約為常規(guī)PCR檢測限的100倍。在136份臨床標(biāo)本中,有60份標(biāo)本中的勞森菌DNA經(jīng)LAMP檢測與實時PCR檢測結(jié)果一致,高于常規(guī)PCR檢測結(jié)果(36.8%,50/136)。且該方法具有針對勞森菌的特異性,可作為診斷細(xì)胞內(nèi)感染的一種有效的替代方法。
游淑珠等[22]同樣采用LAMP實時濁度法針對產(chǎn)志賀毒素大腸埃希氏菌(STEC) stx1、stx2基因的特異性序列進(jìn)行檢測,LAMP反應(yīng)能夠在60 min內(nèi)完成,且對非目的菌株檢測時未出現(xiàn)特異性擴(kuò)增,表現(xiàn)出良好的特異性。對食品樣品的檢測結(jié)果顯示此方法具有較好的實際應(yīng)用前景。
Arunrut 等[23]介紹了一種以 Laem-Singh 病毒(LSNV)為模型的單管、實時、反轉(zhuǎn)錄、環(huán)介導(dǎo)的RT-LAMP病原體檢測裝置的原型。以RNA聚合酶(RDRP)基因作靶基因,檢測LAMP擴(kuò)增后白色不溶性焦磷酸鎂沉淀副產(chǎn)物形成的渾濁度。LSNV檢測的優(yōu)化方案是將樣品管在65℃下孵育1 h,在此期間連續(xù)測量濁度,通過反應(yīng)時間測量可得到定量結(jié)果。其檢測靈敏度與常規(guī)套式逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈反應(yīng)相當(dāng),與其他常見的蝦病毒無交叉反應(yīng)。該裝置也可應(yīng)用在現(xiàn)場或?qū)嶒炇噎h(huán)境下檢測其他病原體。
2.2.1 基于熒光染料與雙鏈DNA結(jié)合的實時熒光SYBR Green I、SYTO系列等染料在未和雙鏈DNA結(jié)合時僅發(fā)出微弱熒光,結(jié)合后,熒光信號顯著增強(qiáng),根據(jù)這一特點,這些染料可被應(yīng)用于DNA雙鏈合成的監(jiān)控與檢測。
Lin等[24]對鉤端螺旋體外膜蛋白lipl41基因進(jìn)行LAMP擴(kuò)增,并在體系中加入SYBR Green I,用MJ Opticon 2系統(tǒng)(MJ Research, MA, USA)對擴(kuò)增曲線進(jìn)行監(jiān)測,可方便地判讀結(jié)果。該法不依賴鉤端螺旋體的分離培養(yǎng),與其他細(xì)菌無交叉反應(yīng),檢測的限約為100拷貝,與PCR和實時PCR相同。LAMP法簡便易行,成本低廉,可用于對鉤端螺旋體的快速、特異診斷。
Zeng等[25]使用SYTO 9作為核酸熒光染料對株豬塞內(nèi)加谷病毒進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄熒光實時LAMP檢測,最低檢測限度為1 TCID50/ mL,比PCR和實時PCR分別低100倍和10倍;研究者對118份野外樣品進(jìn)行了檢測,實時RT-LAMP、PCR、實時PCR的敏感性分別為71.2%、34.7%、64.4%,表明該方法適用于SVA的快速檢測,具有較高的特異性、靈敏度和效率。這種實時RT-LAMP將是快速檢測豬塞內(nèi)加谷病毒感染和評估豬塞內(nèi)加谷病毒對豬作用的流行病學(xué)研究的一種有用替代方法。
Seyrig等[26]認(rèn)為LAMP現(xiàn)場診斷工具應(yīng)具有需要體積小、功耗低、功能強(qiáng)大且價格低廉的光學(xué)組件以及節(jié)省試劑的小體積反應(yīng)等特點,因此比較不同熒光染料的信噪比(SNR)或閾值時間(Tt)對于現(xiàn)場診斷工具的開發(fā)至關(guān)重要。他們對11種染料在LAMP熒光實時法中的應(yīng)用進(jìn)行了研究、評價,在所有測試的染料中,SYTO-82、SYTO-84和 SYTOX Orange的 Tt最 短, 而SYTO-81的工作濃度范圍最廣。檢測應(yīng)用時,10 min內(nèi)可檢測到10個結(jié)核分枝桿菌基因組拷貝,20 min內(nèi)檢測到10個腸道賈第鞭毛蟲基因組拷貝,15 min內(nèi)檢測到10份金黃色葡萄球菌或腸沙門氏菌基因組拷貝。表明,反應(yīng)效率取決于染料類型、濃度和所選聚合酶。
2.2.2 基于熒光共振能量轉(zhuǎn)移的實時熒光 熒光共振能量轉(zhuǎn)移(Fluorescence Resonance Energy Transfer, FRET)原理是將熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán)配合使用,隨著DNA擴(kuò)增過程,熒光與淬滅基團(tuán)之間的空間距離增大,F(xiàn)RET作用消失,熒光基團(tuán)發(fā)出熒光。根據(jù)FRET原理,研究者可將基團(tuán)固定在不同的堿基序列來發(fā)揮作用。
Wang等[6]將2套基團(tuán)(HEX/BHQ-1,Cy5-BHQ-2)分別固定在針對志賀氏菌ipaH基因和沙門氏菌invA基因的FIP(Forward Inner Primer)引物兩處,并在熒光基團(tuán)和淬滅基團(tuán)之間引入切刻內(nèi)切酶Nb.BsrDI的酶切位點,隨著反應(yīng)進(jìn)行,F(xiàn)IP與互補(bǔ)鏈形成雙鏈結(jié)構(gòu),Nb.BsrDI能將連接有熒光基團(tuán)的數(shù)個堿基從原鏈中切割出來,從而在熒光基團(tuán)與淬滅基團(tuán)之間形成一定的空間距離,檢測到熒光基團(tuán)的熒光信號。多重酶切實時LAMP法(MERT-LAMP)能在同一反應(yīng)體系中對志賀氏菌及沙門氏菌DNA的檢出限為62.5和125 fg,對菌株的檢出限分別為5.8、6.4 CFU。在63 ℃恒溫條件下,從19株志賀氏菌和14株沙門氏菌中提取基因組DNA,使用MERT-LAMP能在最短12 min內(nèi)獲得陽性結(jié)果,同時根據(jù)不同的熒光曲線實時識別出樣品中存在的目標(biāo)病原體。
Tanner等[27]在FIP上加入淬滅基團(tuán)(Q-FIP),并設(shè)計一條與LAMP引物中的F1c引物互補(bǔ)的攜帶有熒光基團(tuán)的Fd探針,先將FIP與Fd退火互補(bǔ),再加入反應(yīng)體系中,DNA擴(kuò)征過程中Fd被置換出來,F(xiàn)RET效應(yīng)消失。這種方法還能夠擴(kuò)展到LAMP反應(yīng)中的外引物和內(nèi)引物上。該方法具有高度的重復(fù)性和敏感性,可檢測到少于100拷貝的人類基因組DNA。
還有研究者利用介質(zhì)位移法(mediator displacement, MD)進(jìn)行LAMP實時熒光,Becherer等[28]在LAMP體系中引入MD引物(包括具有Medc標(biāo)簽的LoopF引物,以及與Medc互補(bǔ)的Med序列)和一條攜帶有熒光和淬滅基團(tuán)的通用報告分子(universal reporter molecules,序列內(nèi)互補(bǔ)形成發(fā)卡結(jié)構(gòu),且含Medc片段和熒光及淬滅基團(tuán))。2條MD引物在反應(yīng)前處于互補(bǔ)結(jié)合狀態(tài),隨著反應(yīng)進(jìn)行Med被BIP(Backward Inner Primer)引物置換出來,被置換出來的Med再與廣譜報告片段上的Medc區(qū)結(jié)合,破壞其環(huán)狀結(jié)構(gòu),解除基團(tuán)間的FERT狀態(tài)(圖2[28])。在該研究中,MD檢測技術(shù)被應(yīng)用于HIV-1的RT-LAMP檢測,并與基于分子信標(biāo)(molecular beacon)的最新檢測技術(shù)進(jìn)行了分析設(shè)計和性能參數(shù)的比較,結(jié)果顯示,MD的信噪比比MB檢測高3倍,突出了使用通用報告分子的優(yōu)勢。這兩種檢測技術(shù)在檢測限(MD:131copies/reaction,MB:141131copies/reaction)、重復(fù)性、再現(xiàn)性和線性(R2=0.94 for MD and MB)的結(jié)果類似。但MD檢測在其簡單的分析設(shè)計以及檢測時間(陽性時間比MB短4.1 min)上都體現(xiàn)出了優(yōu)勢。在引入2套通用報告分子后,MD檢測被成功應(yīng)用在對HIV-1和HTLV-1的多重RT-LAMP以及杜克雷嗜血桿菌和梅毒螺旋體的多重LAMP檢測上。MD檢測可以與固定化的通用報告分子結(jié)合,還可以基于除了熒光外的不同信號生成方法。將來在MD技術(shù)還能夠作為一種通用的檢測技術(shù)擴(kuò)展到使用鏈置換聚合酶的擴(kuò)增方法上。
2.2.3 自我淬滅熒光 Nazarenko等[29]研究指出,熒光染料基團(tuán)連接在寡聚核糖核苷酸鏈上時,其熒光信號與DNA鏈的初級及二級結(jié)構(gòu)有關(guān),當(dāng)染料結(jié)合在引物的特定位點如3′末端的第二位T堿基時,熒光信號僅有正常信號的0.13。Gadkar等[30]在LAMP FIP引物3′末端的第二位T堿基處結(jié)合熒光基團(tuán),形成自淬滅熒光,用以檢測人的Varicella-zoster病毒,敏感度和特異性分別達(dá)到96.8%及100%。
上述實時濁度及基于熒光染料與雙鏈DNA結(jié)合的實時熒光相對其他實時方法而言操作簡單,但僅適用于單一LAMP檢測,對于多個檢測目標(biāo)并不適用;而基于FERT的實時熒光和自淬滅熒光則可以通過使用不同熒光基團(tuán)的標(biāo)記來進(jìn)行多重LAMP檢測。其中自淬滅熒光雖然需要的DNA片段更少,但由于其原理是基于DNA的初級及二級結(jié)構(gòu),因此對引物設(shè)計要求更高,背景噪音也會相對較高。基于FERT的實時熒光中包含了多種設(shè)計,有些設(shè)計較簡單,如Wang等[6]未在體系中額引外入物新的DNA片段,僅需在FIP上5′端添加酶切位點及熒光、淬滅基團(tuán),使FIP本身形成FRET;在Tanner等[27]的研究中,需額外引入1條與FIP互補(bǔ)的DNA小片段,形成FRET;而Becherer等[28]的實驗設(shè)計更為復(fù)雜,在體系中額外引入了2條DNA片段,但這2條DNA片段并不具有針對待檢測目的片段的特異性,MD檢測體系建立后可廣泛地與多個LAMP結(jié)合,擴(kuò)展后還能應(yīng)用于其他DNA擴(kuò)增技術(shù),具有通用性。
微流控技術(shù)是20世紀(jì)90年代在毛細(xì)管電泳基礎(chǔ)上發(fā)展起來的[31-32],該技術(shù)集合多門學(xué)科,能夠?qū)?fù)雜、多步驟的實驗過程集成在單個芯片上,實現(xiàn)整個過程的集成化與微型化,具有少樣品、快檢測、高通量、自動化等優(yōu)點。
Kaarj等[33]開發(fā)了一種利用反轉(zhuǎn)錄LAMP技術(shù)的蠟紙微流控芯片,對自來水、人尿和人血漿中寨卡病毒的檢測證明了該技術(shù)的可行性,檢測限低至1 拷貝/μL。該芯片對各種紙微流控芯片的紙型、孔徑和通道尺寸進(jìn)行了研究和優(yōu)化,以確保在毛細(xì)管作用驅(qū)動流動過程中對直接使用的生物樣品進(jìn)行適當(dāng)過濾。當(dāng)寨卡病毒的RNA流到紙微流控芯片的檢測區(qū)域,立刻添加帶有pH指示劑的RT-LAMP混合物,用玻片密封,然后放置在68 ℃的熱板上,可在15 min內(nèi)觀察到擴(kuò)增后的顏色變化(由黃紅色變?yōu)辄S色),并通過智能手機(jī)測量綠色強(qiáng)度進(jìn)行量化。該技術(shù)平臺還可用于其他黃病毒,如基孔肯亞病毒和登革熱病毒,以及其他可能快速傳播的病毒病原體的現(xiàn)場診斷。
在微流控基礎(chǔ)之上,數(shù)字微流控(Digital Microfluidics, DMF)技術(shù)逐步發(fā)展起來,與傳統(tǒng)微流控技術(shù)相比,具有不依賴微泵、微閥、微混合器甚至三維流體通道等元件等優(yōu)點,特別適用于生物微全分析體系[34]。
Tushar等[35]發(fā)明了一種以LAMP反應(yīng)作為核酸擴(kuò)增手段的數(shù)字微流控核酸檢測系統(tǒng),他們利用聚二甲基硅氧烷(PDMS)制備微流體裝置,試劑(油相和樣品)通過帶有流量反饋的定制組裝流量控制器(IDEX Health and Science,LLC)輸送至裝置,然后在裝置上數(shù)字化成比色皿大小的液滴(圖3)。孵化區(qū)保持在63℃,定制的共聚焦熒光光譜裝置能夠從通過設(shè)備檢測區(qū)域的液滴中連續(xù)檢測熒光,該系統(tǒng)能夠達(dá)到每分鐘9 000個液滴的處理量,且DMF-LAMP可進(jìn)一步與毛細(xì)管連接,毛細(xì)管預(yù)先加載一系列樣品塞,這些樣品塞由油15(oil15)隔離,以便在單個裝置上無縫處理多個樣品。該研究以淋病奈瑟菌16S rRNA基因中的一段為檢測的目的片段,實驗中檢測到的最低目標(biāo)濃度為600 拷貝/μL。該檢測限受多種因素影響,其中一個因素是中等強(qiáng)度的液滴在閾值化后,其中一部分被誤判為陰性;此外,在陰性對照組中產(chǎn)生的假陽性非特異性擴(kuò)增(大約為百萬分之一到十個液滴)也限制了檢測極限。這些問題可以通過優(yōu)化LAMP反應(yīng)來解決。
圖3 數(shù)字微流控LAMP分析示意圖[30]Fig. 3 The schematic diagram of droplet digital micro-fluidic LAMP analysis[30]
Wan等[36]開發(fā)了一種手持自動檢測系統(tǒng)的無熱DMF裝置用于LAMP檢測,液滴操作和實時溫度控制系統(tǒng)集成在手持設(shè)備中,控制軟件可以安裝在任何平板電腦上。檢測時將具有電潤濕力的2 μL樣品加載到夾層結(jié)構(gòu)的DMF芯片中,能大幅降低試劑消耗。該研究以血寄生蟲布魯氏錐蟲為模型,將2 μL樣品加載至DMF芯片中,反應(yīng)后加入高度濃縮的SYBR Green I,以避免反應(yīng)液滴暴露在空氣中引起氣溶膠污染,每個反應(yīng)能檢測到40拷貝。這種低成本、緊湊的設(shè)備去除了用于DNA檢測的笨重光學(xué)系統(tǒng),非常適于非實驗室測試。
微流控LAMP的優(yōu)勢在于能在極微小的封閉空間進(jìn)行LAMP反應(yīng)及結(jié)果檢測,既能有效控制樣品、試劑的使用量,又能實現(xiàn)高通量檢測,對結(jié)果的判讀準(zhǔn)確,且能在密閉空間完成對產(chǎn)物的檢測,避免產(chǎn)物形成氣溶膠污染。
橫向流(Lateral flow detect)是一種檢測LAMP擴(kuò)增產(chǎn)物的新方法, 包括核酸擴(kuò)增(LAMP)、分子雜交(生物素標(biāo)記的LAMP擴(kuò)增產(chǎn)物與熒光素標(biāo)記的探針雜交)及橫向流檢測(通過橫向?qū)游雠c試紙條上標(biāo)記有熒光素抗體、生物素抗體及熒光素抗體抗體結(jié)合,從而在檢測線和質(zhì)控線上顯示出特定顏色)3個步驟[37-38]。
Wang等[37]利用LAMP結(jié)合色譜側(cè)流試紙檢測強(qiáng)壯前溝藻的內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔子基因,在LAMP引物FIP上標(biāo)記生物素,同時對FIP和BIP之間的序列設(shè)計特異性探針(AC-HP),探針5′末端標(biāo)記FITC。LAMP反應(yīng)完成后,AC-HP加入生物素標(biāo)記的反應(yīng)產(chǎn)物中進(jìn)行雜交,雜交產(chǎn)物加入LFD分析緩沖液后將試紙浸入,5 min后觀察結(jié)果。整個過程可在70 min內(nèi)完成檢測,檢測限約為10 cells/mL,敏感性與SYBY Green I LAMP相似,較傳統(tǒng)PCR高出100倍。
劉露等[38]建立了草魚呼腸孤病毒S8基因的橫向流LAMP技術(shù)檢測,與Wang等[37]工作原理類似,在內(nèi)引物FIP上標(biāo)記生物素,在探針上標(biāo)記FAM。該體系的檢測限為970 fg,完成檢測所需時間為50 min,檢測極限表現(xiàn)雖不如熒光定量PCR,但更為簡單、快速、便捷。
橫向流LAMP檢測方法具有判讀方便、需設(shè)備簡單等特點,但其在反應(yīng)完成后需要開蓋進(jìn)行雜交,這一步驟可能會引起污染,造成后續(xù)實驗的假陽性。
電化學(xué)DNA傳感器是生物傳感器的一種,主要有基于特異序列、適體底物、小分子與結(jié)合蛋白、DNA分子的DAN傳感器[39]。
Liu等[40]開發(fā)了一種基于回路介導(dǎo)的LAMP的實時電阻測量法,對LAMP反應(yīng)體系進(jìn)行了實時電阻監(jiān)測和導(dǎo)數(shù)分析。該方法原理是LAMP反應(yīng)產(chǎn)生兩種負(fù)離子,即DNA和焦磷酸鹽,它們與正離子染料結(jié)晶紫和Mg2+結(jié)合,導(dǎo)致反應(yīng)液電阻率增加。利用專門設(shè)計的電阻電極實時測量艱難梭菌DNA的電阻率變化,艱難梭菌的電化學(xué)檢測可以在0.5~1.0 h內(nèi)完成,檢測限為102 CFU/mL,與PCR方法相比,具有較高的準(zhǔn)確度(95.0%)、靈敏度(91.1%)和特異性(97.3%)。
Hashimoto等[41]開發(fā)了一種新型電化學(xué)DNA芯片,利用GspSSD DNA聚合酶對插層氧化還原化合物具有一定耐受性的特點,對質(zhì)粒上的細(xì)小病毒VP2基因序列進(jìn)行實時電化學(xué)檢測。以LAMP反應(yīng)體系和釕銨(Ruhex)為插層氧化還原化合物,LAMP體系反應(yīng)進(jìn)行后產(chǎn)生的DNA能夠與釕銨靜電結(jié)合,電化學(xué)信號被放大,使用Corning?LSE?數(shù)字干浴加熱器將電化學(xué)DNA芯片安裝在定制的支架上,并在65℃下加熱。通過電化學(xué)分析儀620和多化合物684(Alsco.,Ltd)線性掃描伏安法連續(xù)測量LAMP溶液中Ruhex的電壓變化。隨著陽性樣品的LAMP反應(yīng),Ruhex的陰極峰值電流增加,峰值電位增加。利用這項技術(shù),在103~106份目的核酸之間有良好的重復(fù)性,檢出限為10 拷貝。電化學(xué)LAMP信號靈敏,結(jié)果判讀簡易,具有開發(fā)成為DNA檢測芯片的潛力。
LAMP技術(shù)的突出特點是能夠在恒溫條件下快速擴(kuò)增DNA片段,這一特點決定此技術(shù)不需要昂貴儀器,且具有比常規(guī)PCR更高的敏感性,因此在核酸檢測領(lǐng)域具有廣闊的運用前景[42]。對于LAMP反應(yīng)產(chǎn)物的檢測,最初的方法是DNA凝膠電泳技術(shù)[1],但使用此技術(shù)存在兩個弊端:一是耗時,LAMP技術(shù)最大的優(yōu)勢之一是快速,對產(chǎn)物進(jìn)行電泳檢測將整體時間延長了20~30 min;二是假陽性,LAMP產(chǎn)物在開蓋后易形成氣溶膠污染實驗環(huán)境,極易造成后續(xù)實驗的假陽性,如能不開蓋檢測可有效避免檢測結(jié)果的假陽性,增強(qiáng)其準(zhǔn)確性。為了增強(qiáng)LAMP的實際應(yīng)用能力,研究者們將多種技術(shù)與其相結(jié)合,以期能夠開發(fā)出既能發(fā)揮LAMP優(yōu)勢,又能夠避免其劣勢的DNA檢測技術(shù)。
目視LAMP費用低,適合多環(huán)境下使用;實時LAMP、微流控LAMP以及電化學(xué)LAMP法皆避免了開蓋檢測,有效提高了樣品檢測的準(zhǔn)確度,且在通過實時監(jiān)控反應(yīng)進(jìn)行程度可減少檢測時間;橫向流LAMP雖需要擴(kuò)增產(chǎn)物暴露在空氣中,但其具有可操作性強(qiáng)、便于判讀等特點,同樣具有實用價值。
LAMP的主要應(yīng)用方向為人、動物、植物病原微生物的檢測,但目前由于仍然存在短板如試劑相對昂貴、易造成假陽性、集成檢測設(shè)備不成熟、模板需進(jìn)行較為復(fù)雜的預(yù)處理等而極少被應(yīng)用在野外檢測。因此,LAMP未來的研究、應(yīng)用發(fā)展方向可集中在研發(fā)集成式、體積小、操作便捷、通量高、易判讀、低費用的手持式檢測儀。