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        3種蝦肝腸胞蟲PCR檢測方法的應(yīng)用比較分析

        2019-05-30 01:56:02施禮科章秋虎郭水榮
        水產(chǎn)科學(xué) 2019年3期
        關(guān)鍵詞:鹵蟲凡納濱對蝦

        葉 鍵,許 婷,施禮科,陳 凡,王 力,陳 喆,章秋虎,郭水榮

        (1.杭州市水產(chǎn)技術(shù)推廣總站,浙江 杭州 310017; 2.紹興文理學(xué)院,浙江 紹興 312000 )

        蝦肝腸胞蟲(Enterocytozoonhepatopenaei)屬微孢子蟲科、腸胞蟲屬,是一種可感染多種真核生物的專性細(xì)胞內(nèi)寄生蟲。該病原最早于2004年作為一種未知微孢子蟲在泰國生長緩慢的斑節(jié)對蝦(Penaeusmonodon)肝胰腺小管上皮細(xì)胞內(nèi)被發(fā)現(xiàn)[1],2009年在斑節(jié)對蝦的肝胰腺內(nèi)也發(fā)現(xiàn)了這種微孢子蟲[2]。蝦肝腸胞蟲對世界各地的對蝦養(yǎng)殖已造成不同程度的損害,泰國、越南、印度、印度尼西亞和馬來西亞等地區(qū)養(yǎng)殖的斑節(jié)對蝦、紅額角對蝦(P.stylirostris)和凡納濱對蝦(Litopenaeusvannamei)均有該寄生蟲病發(fā)生的報道[2-8],我國廣西[9]、浙江[10-11]、江蘇[12]、天津[13]、遼寧[14]等地亦有該寄生蟲檢出的報道。目前普遍認(rèn)為,養(yǎng)殖對蝦生長遲緩與蝦肝腸胞蟲相關(guān)[13-16],但患病對蝦并未停止攝食,空耗飼料、水電和人工等,由此造成的損失遠(yuǎn)大于對蝦死亡。除垂直傳播外,蝦肝腸胞蟲還可水平傳播,包括經(jīng)口攝食傳播[7],或直接通過養(yǎng)殖水體在對蝦中進(jìn)行傳播[17]。因其生物學(xué)特性,至今尚未找到能殺滅或是控制其發(fā)展的有效藥物。因此,快速檢測及診斷技術(shù)的建立,是從源頭防控該病原感染的關(guān)鍵。

        蝦肝腸胞蟲蟲體較小,光學(xué)顯微鏡常規(guī)鏡檢難以發(fā)現(xiàn),使用分子生物學(xué)技術(shù)手段是目前可行的且具備靈敏、特異、快速等特點(diǎn)的檢測方法。針對蝦肝腸胞蟲檢測的PCR方法主要有18S-PCR法[5]、SSU-PCR法[2]和SWP-PCR法[20],其中后兩種檢測方法為套式PCR方法,目前業(yè)內(nèi)對使用哪種方法尚無定論,考慮到特異性,諸多學(xué)者更傾向于使用SWP-PCR法。為比較3種方法在生產(chǎn)中的檢測效果,筆者采集不同來源的36個凡納濱對蝦苗種樣本、5個鹵蟲(Artemia)樣本及12個水體樣本,分別進(jìn)行檢測驗(yàn)證,旨在為蝦肝腸胞蟲的實(shí)際檢測提供參考。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        Premix ExTaq,PCR產(chǎn)物純化試劑盒購自TaKaRa公司(日本),DNA抽提試劑盒購自Qiagen公司(德國);引物合成于上海生工,具體序列見表1。36個凡納濱對蝦苗種樣本采集于杭州地區(qū)24個凡納濱對蝦淡化苗種場不同生產(chǎn)批次,標(biāo)記為樣本1~36,5個鹵蟲樣本采集于杭州市凡納濱對蝦主養(yǎng)區(qū)5位養(yǎng)殖戶所購商品化冰凍成體鹵蟲,標(biāo)記為樣本L1~L5,12個水樣采集于杭州市凡納濱對蝦主養(yǎng)區(qū)外蕩河道12個地理位點(diǎn),標(biāo)記為樣本S1~S12。

        1.2 DNA的提取

        凡納濱對蝦苗種取全蝦,鹵蟲取全蟲,水樣經(jīng)10 000 r/min離心1 min后取沉淀,按Qiagen試劑盒操作方法提取DNA,用50 μL滅菌雙蒸水洗脫。

        表1 引物列表

        1.3 PCR檢測

        于PCR反應(yīng)管中,加入2×Premix Ex Taq 25 μL,滅菌雙蒸水19 μL,DNA模板4 μL,和上下游引物(濃度25 μmol/L)各1 μL,混勻離心后置于PCR儀上,參照文獻(xiàn)[2,5,20]中描述的方法分別對目的片段進(jìn)行擴(kuò)增。

        1.4 產(chǎn)物測序

        用1.5%瓊脂糖凝膠電泳觀察擴(kuò)增結(jié)果,切取陽性片段,用PCR產(chǎn)物純化試劑盒回收后,交TaKaRa公司克隆測序,將所得序列通過美國國立生物技術(shù)信息中心的BLAST檢索系統(tǒng)進(jìn)行同源性分析。

        2 結(jié) 果

        2.1 擴(kuò)增結(jié)果

        36個凡納濱對蝦苗種樣本檢測結(jié)果見圖1,5個鹵蟲樣本及12個水樣檢測結(jié)果見圖2。18S-PCR檢測陽性樣本為5和L5;SSU-PCR第一步擴(kuò)增陽性樣本為L5,第二步擴(kuò)增陽性樣本為1、2、3、4、5、7、15、24、29、30、33、34、35、L3、L4、L5、S1、S2、S3、S6、S7和S11;SWP-PCR第一步擴(kuò)增陽性樣本為L5,第二步擴(kuò)增陽性樣本為1、2、5、15、29、33、35、L5、S2和S11。

        2.2 陽性產(chǎn)物測序結(jié)果

        陽性產(chǎn)物測序所獲得序列長度及BLAST結(jié)果見表2。18S-PCR及SWP-PCR陽性產(chǎn)物測序結(jié)果均正確。SSU-PCR在凡納濱對蝦樣本檢測中獲得的陽性產(chǎn)物測序結(jié)果正確;L3號鹵蟲樣本陽性產(chǎn)物序列長度為167 bp,BLAST匹配結(jié)果為一種非蝦肝腸胞蟲的微孢子蟲,S1和S3號水樣陽性產(chǎn)物序列長度為175 bp,BLAST匹配結(jié)果為一種非蝦肝腸胞蟲的微孢子蟲,其余陽性產(chǎn)物測序結(jié)果均正確。

        圖1 36個凡納濱對蝦苗種樣本檢測結(jié)果a:18S-PCR;b:SSU-PCR第一步擴(kuò)增;c:SSU-PCR第二步擴(kuò)增;d:SWP-PCR 第一步擴(kuò)增;e:SWP-PCR第二步擴(kuò)增;N:陰性對照;P:陽性對照;M: DNA marker.

        圖2 5個鹵蟲樣本及12個水樣檢測結(jié)果a:L1~L5號鹵蟲樣本18S-PCR;b:S1~S12號水樣18S-PCR;c:L1~L5號鹵蟲樣本SSU-PCR第一步擴(kuò)增;d:S1~S12號水樣SSU-PCR第一步擴(kuò)增;e: L1~L5號鹵蟲樣本SSU-PCR第二步擴(kuò)增;f:S1~S12號水樣SSU-PCR第二步擴(kuò)增;g:L1~L5號鹵蟲樣本SWP-PCR第一步擴(kuò)增;h:S1~S12號水樣SWP-PCR第一步擴(kuò)增; i:L1~L5號鹵蟲樣本SWP-PCR第二步擴(kuò)增;j:S1~S12號水樣SWP-PCR第二步擴(kuò)增;N:陰性對照;P:陽性對照;M:DNA marker.

        2.3 檢測結(jié)果比較

        綜合以上結(jié)果,針對這52個樣本的蝦肝腸胞蟲檢測,18S-PCR檢測的陽性率為3.77%,SSU-PCR檢測的陽性率為32.7%,SWP-PCR檢測的陽性率為18.86%。18S-PCR在一步擴(kuò)增的靈敏度最好,在凡納濱對蝦苗種5號樣本中獲得陽性條帶,而其他兩種方法均未見條帶。在第二步擴(kuò)增上,SSU-PCR的靈敏度顯著高于SWP-PCR,但在檢測鹵蟲樣本時會出現(xiàn)167 bp的假陽性條帶,在檢測水樣時會出現(xiàn)175 bp的假陽性條帶;在靈敏度不及SSU-PCR的情況下,SWP-PCR擴(kuò)增的特異性較好,未出現(xiàn)假陽性條帶。

        表2 陽性條帶測序長度及BLAST比對結(jié)果

        3 討 論

        3.1 不同檢測方法的靈敏度差異

        在凡納濱對蝦苗種的檢測中,能否最大限度辨別出陽性苗種最為關(guān)鍵,也最受關(guān)注,直接影響到養(yǎng)殖生產(chǎn)的成敗。目前已報道的檢測方法主要包括顯微觀察法、普通PCR檢測法、實(shí)時熒光定量PCR法[10,15]、地高辛標(biāo)記核酸探針原位雜交法[5]和LAMP法[18]。不同的檢測方法在靈敏度上存在著一定的差異。LAMP法和TaqMan實(shí)時熒光定量PCR法[10]靈敏度為套式PCR的10倍。SYBR Green實(shí)時熒光定量PCR法[15]靈敏度為套式PCR的4倍。在套式PCR檢測到蝦肝腸胞蟲的樣品中,只有第一步PCR反應(yīng)呈陽性的樣品,才能在肝胰腺組織中用光學(xué)顯微鏡觀察到可辨識的孢子[6]??紤]到檢測時限、高通量檢測成本、水產(chǎn)養(yǎng)殖基層實(shí)驗(yàn)室設(shè)備、結(jié)果可靠性等因素,普通PCR方法仍然是目前生產(chǎn)領(lǐng)域最為實(shí)用的檢測技術(shù)。

        Jaroenlak等[19]根據(jù)孢壁蛋白SWP序列設(shè)計(jì)引物,建立了套式SWP-PCR檢測技術(shù),發(fā)現(xiàn)SWP-PCR的第一步擴(kuò)增靈敏度比SSU-PCR高100倍,在第二步擴(kuò)增上,兩者的靈敏度無顯著差異。但通過實(shí)際檢測發(fā)現(xiàn),在未知樣本的檢測上,SSU-PCR第二步擴(kuò)增的靈敏度要顯著高于SWP-PCR,并且只有SSU-PCR第二步擴(kuò)增條帶相對較亮的樣本,SWP-PCR第二步擴(kuò)增才能獲得相應(yīng)條帶??赡墚a(chǎn)生這種結(jié)果的原因?yàn)?,其以?biāo)準(zhǔn)陽性質(zhì)粒為模板進(jìn)行了比對試驗(yàn),在實(shí)際檢測中,還存在目的序列的基因豐度差異,這種差異往往直接影響了實(shí)際檢測的靈敏度。由于凡納濱對蝦苗種中蝦肝腸胞蟲的攜帶量較低,往往要依靠套式PCR的第二步擴(kuò)增才能檢出,因此SSU-PCR更適合苗種中蝦肝腸胞蟲的檢測。

        3.2 SSU-PCR假陽性條帶對實(shí)際檢測的影響

        已有報道表明,SSU-PCR應(yīng)用于魚粉等原料的檢測時,會出現(xiàn)假陽性反應(yīng),同時在檢測蟹類樣品時,也會出現(xiàn)假陽性反應(yīng),并且假陽性條帶的位置與目的條帶的位置不易區(qū)分[19]。筆者在檢測中也發(fā)現(xiàn),SSU-PCR在第二步擴(kuò)增上確實(shí)存在著一些假陽性現(xiàn)象,鹵蟲中檢出的假陽性物種為其他種的微孢子蟲,水中檢出的假陽性條帶為一種寄生搖蚊的微孢子蟲[20]。由于目前未報道養(yǎng)殖對蝦可被這些產(chǎn)生交叉反應(yīng)的物種感染,因此針對對蝦的蝦肝腸胞蟲檢測,SSU-PCR仍是可信任的方法。

        凡納濱對蝦取樣時,往往體表會留有一定量的水,這些水中可能存在的上述假陽性物種是否會對檢測結(jié)果有干擾,筆者認(rèn)為其可能性也不大。由于在檢測的過程中對水樣進(jìn)行檢測時首先要進(jìn)行離心,可以視為一定程度上的濃縮,才能在套式PCR的第二步擴(kuò)增中觀察到條帶,而凡納濱對蝦苗種取樣后,一般會加一定量的95%乙醇保存,這是對殘留水的一次稀釋,之后實(shí)際檢測中會剔除這部分乙醇,這又是一次稀釋,即便是未能完全剔除,其含量也可忽略不計(jì),通過套式PCR的方法也已檢測不到。有鑒于此,在針對凡納濱對蝦苗種進(jìn)行蝦肝腸胞蟲的檢測時,推薦采用靈敏度更高SSU-PCR的方法;在針對餌料生物、環(huán)境樣本等進(jìn)行蝦肝腸胞蟲的檢測時,推薦采用特異性更好的SWP-PCR方法。

        3.3 蝦肝腸胞蟲的多種攜帶渠道值得引起高度重視

        已有研究表明,在海水[9]、感染塘池水及冰凍鹵蟲[5]中均能不同程度檢測到蝦肝腸胞蟲的存在;通過檢測也發(fā)現(xiàn),市售商品化冰凍鹵蟲和凡納濱對蝦主養(yǎng)區(qū)周邊水域中均能檢測到蝦肝腸胞蟲,這與已有的報道吻合。鹵蟲為凡納濱對蝦養(yǎng)殖過程中的重要動物性餌料,而對蝦的養(yǎng)殖用水大多取自周邊的主要河道,同時凡納濱對蝦苗種階段蝦肝腸胞蟲的攜帶率又較高,種種因素表明,凡納濱對蝦的養(yǎng)殖暴露在蝦肝腸胞蟲存在的大環(huán)境下,面臨著較大的系統(tǒng)性風(fēng)險,對其防控存在著較大難度,相關(guān)從業(yè)者要引起高度重視,從生產(chǎn)的各個環(huán)節(jié)嚴(yán)格把控,以確保養(yǎng)殖生產(chǎn)的成功。

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