謝 蘇,孫曉梅,孫義姍,黃 濤
(石河子大學(xué)動物科技學(xué)院,新疆 石河子 832000)
對于生豬養(yǎng)殖行業(yè)來說,母豬產(chǎn)仔數(shù)是一個非常重要的繁殖性狀,也是一個非常重要的經(jīng)濟性狀,可以說產(chǎn)仔數(shù)直接影響到豬場經(jīng)濟效益的高低[1]。因此,提高母豬的產(chǎn)活仔數(shù)一直是動物科學(xué)研究和養(yǎng)豬生產(chǎn)的主要工作之一。而隨著分子生物學(xué)技術(shù)的飛速發(fā)展,分子繁育理論已經(jīng)成為了現(xiàn)代育種的主流方法。
FUT1基因定位于6號染色體[2],然而在這個染色體區(qū)域附近已經(jīng)發(fā)現(xiàn)與豬產(chǎn)仔性狀相關(guān)[3]。一直以來,F(xiàn)UT1基因作為F18大腸桿菌的一個抗性候選基因,與仔豬水腫病、腹瀉等疾病相關(guān),對繁殖性能造成很大的影響,故將其視為豬產(chǎn)仔數(shù)的一個候選基因[4]。
PRLR(催乳素受體基因)也是母豬繁殖性狀上的一個候選基因,在動物生長發(fā)育過程中發(fā)揮著重要作用[5]。儲明星[6]研究發(fā)現(xiàn),當(dāng)催乳素受體基因發(fā)生突變時會引起動物的生殖受阻以及繁殖功能障礙。Terman等[7]研究表明, PRLR不同的基因型對初產(chǎn)母豬的產(chǎn)仔數(shù)有顯著差異。
試驗對本地大白豬進行了研究,檢測了大白豬FUT1和PRLR的基因多態(tài)性,并分析了其單個基因的基因型和合并基因型與豬繁殖性狀之間的關(guān)系,目的是為母豬高產(chǎn)仔性狀的分子標(biāo)記輔助選擇提供理論支撐,最終達到在實踐生產(chǎn)中選育出繁殖性狀更加優(yōu)秀的豬群。
試驗所選用的909頭大白母豬均來自新疆正大種豬場。采集耳組織樣本,放入含有1 ml 75%酒精的Eppendoff管內(nèi),迅速裝入冰盒帶回實驗室,并于-20℃保存,以備后續(xù)進行樣本組織DNA的提取。此外還搜集整理了樣本群體第二胎的總產(chǎn)仔數(shù)、總活仔數(shù)、窩重、健仔數(shù)、木乃伊胎、死胎等與繁殖性狀相關(guān)的數(shù)據(jù)資料備用。
試驗中使用的主要儀器與試劑如表1所示。
1.3.1 DNA的提取
用DNA抽提試劑盒提取母豬耳組織樣的基因組DNA,檢測其濃度,保存于-20℃?zhèn)溆谩?/p>
1.3.2 引物
利用NCBI和Primer 5.0選擇FUT1與PRLR基因PCR擴增引物的引物序列,通過生工生物工程(上海)股份有限公司合成,引物序列信息見表2。
表1 主要儀器和試劑
1.3.3 PCR擴增
PCR 反應(yīng)體系 25μL :2×Es Taq Master Mix 12.5μL,上、下游引物各0.5μL,模板 DNA 1 μL,去離子水10.5μL。
PCR反應(yīng)條件:94℃變性4 min,35次循環(huán)(94℃,30 s;60℃/57℃,30 s;72℃,30 s),72℃延伸5 min。
1.3.4 RFLP酶切分型
PCR反應(yīng)結(jié)束后進行酶切,酶切以后每個樣取10μL進行電泳檢測,若出現(xiàn)片段大小符合的明亮目的條帶,方可進入下一步。
PRLR基因酶切反應(yīng):13μL PCR產(chǎn)物、0.5μL AluⅠ及1.5μL Buffer,37 ℃水浴 4 h,酶切反應(yīng)后取酶切產(chǎn)物8μL用2.0 %的瓊脂糖凝膠電泳檢測分型。
FUT1基因酶切反應(yīng):8.5μL PCR 產(chǎn)物、0.5μL HhaⅠ和1μL Buffer,37℃水浴3 h,然后取酶切產(chǎn)物8μL用2.0%的瓊脂糖電泳檢測分型。
圖1 FUT1基因PCR產(chǎn)物檢驗
圖2 FUT1基因PCR-RFLP電泳分型
圖3 PRLR基因PCR產(chǎn)物檢驗
圖4 PCR-PRLR基因電泳分型
用Excel表格計算基因頻率等,并對基因型分布進行哈代溫伯格平衡檢驗,用SPSS 19.0分析總活仔數(shù)、健仔數(shù)等繁殖性狀在不同基因型之間的差異。
FUT1:用限制性內(nèi)切酶HhaⅠ將FUT1的PCR產(chǎn)物酶切,通過 2% 的瓊脂糖凝膠電泳分型(見圖1、圖2)。
PRLR:用限制性內(nèi)切酶 Alu Ⅰ將 PRLR 的 PCR 產(chǎn)物 酶 切, 通過 2% 的瓊脂糖凝膠電泳分型(見圖3、圖 4)。
2.2.1 各基因型頻率、基因頻率
各基因型頻率、基因頻率如表3所示。
2.2.2 基因遺傳特性
基因遺傳特性結(jié)果如表4所示。
表2 引物設(shè)計
表3 PRLR和FUT1基因的基因型頻率及等位基因頻率
表4 基因多態(tài)信息含量(PIC)、雜合度(H)、有效等位基因數(shù)(Ne)及卡方檢驗(χ2)
2.3.1 單個基因多態(tài)性與豬繁殖性狀的關(guān)聯(lián)分析
對于PRLR基因,AA型個體窩重比BB型個體顯著高出0.84 kg/胎(P<0.05),各基因型間其他繁殖性狀上均無顯著差異(表5)。對于FUT1基因,AA型個體死胎顯著比BB型少0.31頭/胎(P<0.05),AA型個體總活仔數(shù)比AB型個體高1.30頭/胎(P<0.05),其他繁殖性狀上各基因型間均無顯著差異(表 5)。
2.3.2 合并基因型與豬繁殖性狀的關(guān)聯(lián)分析
在所檢測的大白豬群PRLR與FUT1合并基因型中,在總活仔數(shù)性狀上,BBAA型個體分別比BBAB型和BBBB型高出3.09頭/胎(P<0.05)和3.04頭/胎(P<0.05),BBAB與BBBB差異不顯著;在木乃伊胎性狀上,其他各基因型均少于BBAB型個體,并呈現(xiàn)這樣的關(guān)系:其他基因型>ABAA>BBAA(P<0.01)(表6)。因此,在大白豬中PRLR-FUT1最優(yōu)分子標(biāo)記組合為BBAA。
研究表明,F(xiàn)UT1基因有兩個位點是仔豬抗F18大腸桿菌的重要變異位點[8]。大量研究發(fā)現(xiàn),該基因與仔豬腹瀉顯著相關(guān)[9-11],而近年來發(fā)現(xiàn),F(xiàn)UT1基因與豬的產(chǎn)仔性狀相關(guān)[12]。鞠慧萍等[13]研究發(fā)現(xiàn)FUT1 的AB基因型個體繁殖性能均高于BB基因型個體,在第1胎中,AB與BB個體的斷奶仔豬數(shù)差異顯著(P<0.05),在經(jīng)產(chǎn)胎次中,AB與BB個體的總產(chǎn)仔數(shù)差異顯著。根據(jù)張引紅等[14]的研究表明,F(xiàn)UT1基因AA與BB型產(chǎn)仔數(shù)差異顯著,AA與AB、AB與BB產(chǎn)仔數(shù)差異不顯著,且其多態(tài)性對豬的活產(chǎn)仔數(shù)的影響不顯著。張新銀等[15]研究發(fā)現(xiàn)FUT1不同基因型對豬總產(chǎn)仔數(shù)和總產(chǎn)活仔數(shù)沒有顯著影響(P>0.05)。在本研究大白豬群體中,F(xiàn)UT1基因型頻率關(guān)系在大白豬為BB>AB>AA,優(yōu)勢基因是B基因,優(yōu)勢基因型為BB,AA型個體死胎顯著比BB型少,AA型個體總活仔數(shù)顯著高于AB型個體,這說明AA基因型可能與大白豬死胎性狀呈負(fù)相關(guān),與總活仔數(shù)呈正相關(guān),對其AA基因型個體進行合理選留,或許會降低大白豬的死胎率,增加活仔數(shù)量,提高豬場經(jīng)濟效益。
PRLR也是母豬繁殖性狀的主效基因之一[2],Rothschild等[16]最先于豬的16號染色體PRLR基因第10外顯子上檢測到了1個AluⅠ多態(tài)位點。PRLR基因型多態(tài)性位點與豬的總產(chǎn)仔數(shù)和產(chǎn)活仔數(shù)顯著相關(guān)[17]。李娜等[18]表明不同基因型均顯著影響大漢梅豬的產(chǎn)仔性能 (P< 0.05)。 RCLinvile等[19]研究發(fā)現(xiàn),有利等位基因A提高了豬群的排卵數(shù)、總產(chǎn)仔數(shù)以及降低了木乃伊胎率。Vincent[20]研究結(jié)果表明PRLR中A基因是促進母豬高產(chǎn)的基因。但也有一些研究結(jié)果未發(fā)現(xiàn)其多態(tài)性與繁殖性狀的關(guān)聯(lián)關(guān)系。如張淑君等[21]研究表明 PRLR基因不同基因型對母豬產(chǎn)仔性狀無顯著影響。還有研究表明,PRLR上A等位基因?qū)Ξa(chǎn)仔數(shù)有利,但對豬的初情期年齡和窩平均乳頭數(shù)不利[22]。本研究大白豬群體中,PRLR基因型頻率關(guān)系為AB>AA>BB,優(yōu)勢基因是A基因,優(yōu)勢基因型為AB,AA型個體的窩重顯著高于BB型個體,這可以理解為純合A基因與大白豬窩重性狀呈正相關(guān),若對其A基因進行科學(xué)的選育,可能會更加有效的增加大白仔豬的窩重,從而提高母豬的繁殖生產(chǎn)性能。
表5 PRLR 和FUT1基因多態(tài)性與母豬繁殖性狀的關(guān)聯(lián)分析
表6 PRLR和FUT1合并基因型與大白豬繁殖性狀的關(guān)聯(lián)分析
王立辛等[23]研究表明,單個基因型的遺傳效應(yīng)要低于合并基因型的遺傳效應(yīng)。在本研究大白豬群中,PRLR-FUT1不同的合并基因型在總活仔數(shù)、窩重、木乃伊性狀上皆有顯著性差異。PRLR-FUT1在總活仔數(shù)性狀上BBAA型個體顯著比BBAB型和BBBB型要高;在窩重性狀上,BBAB型個體顯著高于AAAB型、AABB型和ABBB型;在木乃伊胎性狀上,BBAB型個體極顯著高于其他各基因型。
通過實驗結(jié)果比較分析,在大白豬中PRLR-FUT1最優(yōu)分子標(biāo)記組合為BBAA,其次是基因組合ABAA,雖然其樣本量分別只有3個和10個,但其綜合生產(chǎn)性能均顯著高于PRLR-FUT1中其他組合基因型。這提示我們,優(yōu)勢基因并不一定就是高產(chǎn)基因,超高產(chǎn)基因往往可能只占群體的極少數(shù),并且在不同的遺傳背景下很容易被低產(chǎn)優(yōu)勢基因覆蓋掉,甚至可能會被我們忽略掉,所以這種高產(chǎn)劣勢基因可以作為我們在今后的選種選育工作中的一個方向。同時要盡量維持選育群體外部影響因素的一致性,以保障分子標(biāo)記輔助選擇的精確性,以期在實際生產(chǎn)中選育出繁殖力更高的豬群。