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        利用基因芯片技術(shù)研究蔥白提取物對(duì)血脂的調(diào)控基因

        2019-04-26 14:45:00馮云霞張介眉謝沛霖郝建軍
        重慶醫(yī)學(xué) 2019年20期
        關(guān)鍵詞:血脂差異模型

        馮云霞,張介眉,謝沛霖,郝建軍,朱 旭

        (武漢市中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院 430000)

        血脂異常與心腦血管疾病密切相關(guān),是冠心病和缺血性腦卒中獨(dú)立危險(xiǎn)因素,血脂異常已成為影響我國(guó)人群健康的重要公共衛(wèi)生問題[1]。本課題組歷時(shí)十余年開發(fā)研制的蔥白提取物[2-4],將“通陽(yáng)”藥物蔥白冷凍干燥后,通過超臨界二氧化碳萃取技術(shù)制備而成。該制劑(博心通軟膠囊)于2009年獲得湖北省藥監(jiān)局院內(nèi)制劑批號(hào)(鄂藥制字Z20093124Z)。在本院臨床廣泛應(yīng)用,在調(diào)節(jié)血脂方面療效顯著,本文擬利用基因芯片技術(shù)探討蔥白提取物調(diào)節(jié)血脂的可能機(jī)制。

        1 材料與方法

        1.1材料

        1.1.1實(shí)驗(yàn)動(dòng)物及分組 16只雄性SPF級(jí)SD大鼠(180±20)g,購(gòu)自湖北省動(dòng)物實(shí)驗(yàn)研究中心,合格證號(hào):42000600000069,許可證號(hào):SCXK(鄂)2008-0005。隨機(jī)分為模型組、蔥白提取物組,每組8只。

        1.1.2建立高脂血癥模型 采用邱服斌等[5]的方法用高脂飼料連續(xù)喂養(yǎng)6周,確認(rèn)形成高脂血癥模型后再檢測(cè)其他相關(guān)指標(biāo)。高脂飼料配方:82.3%基礎(chǔ)飼料添加10%的豬油,2%膽固醇,5%蔗糖,0.5%脫氧膽酸鈉,0.2%甲硫氧嘧啶。由北京華阜康生物科技股份有限公司生產(chǎn)提供。

        1.1.3藥物及給藥 蔥白提取物由武漢市中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院制劑中心提供。根據(jù)人動(dòng)物換算劑量,蔥白提取物組給予42 mg/kg蔥白提取物灌胃,模型組大鼠給予同體積生理鹽水灌胃,每天1次,均連續(xù)給藥6周。

        1.1.4觀察指標(biāo) 利用基因芯片技術(shù)研究蔥白提取物對(duì)血脂的調(diào)控基因。

        1.1.5儀器與試劑 OneArray?大鼠表達(dá)譜芯片(臺(tái)灣華聯(lián)生物科技,226-2013070101);GCOS(數(shù)據(jù)處理軟件);RNeasy Mini Kit(Qiagen 74104);TRIzol Reagent(Invitrogen,5596-018);RNAlater(Qiagen,76106);One-Cycle cDNA Synthesis Kit(Affymetrix,900454);GeneChip Eukaryotic(Affymetrix,900454);β-Mercaptoethanol(Calbiochem,444203)

        1.2方法

        1.2.1提取純化總RNA及cDNA、標(biāo)記、雜交 用TRIzol按照試劑盒說明抽提總RNA并進(jìn)行濃度測(cè)定。純化采用QIAGEN RNeasy@Kit,純化后做進(jìn)一步的RNA質(zhì)量檢測(cè)。取2 μL Poly-A RNA Control Stock,稀釋,加入T7-(d7)24 primer 50 μmol/L,2 μL、 5×First strand cDNA buffer、SuperScript Ⅱ溫浴,離心,加 2 μL 10 U/μL T4 DNA 聚合酶,0.5 mol/L乙二胺四乙酸(EDTA)終止反應(yīng)。在合成的雙鏈 cDNA產(chǎn)物中加入 600 μL cDNA Binding Buffer,QIAGEN RNeasy Total RNA Isolation kit 純化生物素標(biāo)記的cRNA。cRNA質(zhì)控用分光光度計(jì)分析。片斷化 cRNA,芯片使用前需平衡至室溫。確定芯片的類型(Standard Array)。在新的1.5 mL RNase-free離心管中配制雜交液。雜交液先99 ℃,5 min,然后45 ℃,5 min。在進(jìn)行上述步驟的同時(shí)通過加樣孔加入適量體積1×雜交緩沖液濕潤(rùn)芯片。雜交爐中45 ℃,60 rpm預(yù)雜交芯片10 min。從芯片中取出雜交緩沖液,加等體積處理好的雜交液。雜交爐中 45 ℃,60 rpm雜交芯片16 h。

        1.2.2洗脫、染色、掃描芯片 洗脫、染色、掃描芯片之前都必須先定義一個(gè)Experiment。基因芯片洗滌工作站450用來洗脫和染色探針陣列。洗脫和染色、掃描。關(guān)閉洗滌工作站。

        1.2.3質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn) 同一樣品雜交同一種類兩張芯片時(shí),兩張芯片上除控制點(diǎn)以外,所有信號(hào)點(diǎn)的強(qiáng)度經(jīng)normalize以后的相關(guān)性大于95%。陣列圖像:陣列上沒有人為的痕跡,沒有大于芯片面積2.5%的刮痕。平均雜交背景信號(hào)值不大于100。B2寡核苷酸探針的特性描述如下:(1)在雜交矩陣的邊緣處亮度為交替出現(xiàn)型;(2)每個(gè)拐角處圖案為棋盤形圖案;(3)陣列的名稱位于陣列左上方

        雜交控制:雜交信號(hào)中,BioB作為代表,其檢出率應(yīng)該至少有50%;BioC,BioD和cre的信號(hào)值應(yīng)比BioB的信號(hào)強(qiáng)。內(nèi)控制基因:rpt文件中所列的芯片上的看家基因(House keeping controls),其中至少一個(gè)基因3′端的探針集合的雜交信號(hào)不能超過其5′端的探針集合的雜交信號(hào)的3倍(兩輪放大的除外)。

        1.2.4實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)驗(yàn)證相關(guān)基因 Trizol提取組織RNA,逆轉(zhuǎn)錄成cDNA。反應(yīng)體系:GAPDH:94 ℃ 4 min;94 ℃ 30 s,56 ℃ 30 s,72 ℃ 25 s;30個(gè)循環(huán),72 ℃ 4 min,4 ℃ 4 min。Fgf21:第1個(gè)循環(huán) :50 ℃ 2 min 95 ℃ 10 min,40個(gè)循環(huán)95 ℃ 30 s 60 ℃ 30 s,Scap:第1個(gè)循環(huán)50 ℃ 2 min 95 ℃ 10 min,40個(gè)循環(huán)95 ℃ 30 s 60 ℃ 30 s,熒光檢測(cè),并繪制熔解曲線和擴(kuò)增曲線。驗(yàn)證基因及引物序列見表1。

        1.3數(shù)據(jù)處理 首先對(duì)原始數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)處理和均一化處理。沒有重復(fù)的數(shù)據(jù)采用倍數(shù)法和Z值法相結(jié)合的方法來進(jìn)行差異基因的篩選,再對(duì)其他基因進(jìn)行差異表達(dá)篩選和聚類分析。用Gene Ontology(GO)功能分類標(biāo)準(zhǔn)對(duì)差異基因進(jìn)行功能分類分析。用Pathway分析對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行生物信號(hào)通路分析。

        2 結(jié) 果

        2.1RNA質(zhì)量監(jiān)控 見表2。

        2.2差異基因的篩選分析

        2.2.1差異表達(dá)基因的聚類分析 模型組和蔥白提取物組基因芯片檢測(cè)數(shù)據(jù)標(biāo)化后,根據(jù)差異倍數(shù)(fold change)篩選差異表達(dá)基因,選擇標(biāo)準(zhǔn)如下:(1)LOG2|差異倍數(shù)|≥1和P<0.05(2)LOG2比率=“NA”和樣品強(qiáng)度兩者之間的差異≥1 000;列出的蔥白提取物與模型組差異表達(dá)基因以≥Ratio值2倍標(biāo)準(zhǔn)篩選。篩選出表達(dá)上調(diào)2倍以上并有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的差異基因59個(gè),其中表達(dá)上調(diào)的基因16個(gè),表達(dá)下調(diào)的基因43個(gè)。

        表3 模型組和蔥白提取物組差異表達(dá)基因列表

        續(xù)表3 模型組和蔥白提取物組差異表達(dá)基因列表

        2.2.2差異表達(dá)基因的GO分析和Pathway分析 根據(jù)KEGG數(shù)據(jù)庫(kù),利用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)的注釋功能對(duì)差異性的表達(dá)基因進(jìn)行注釋及GO分析,對(duì)靶基因整合后進(jìn)行顯著性Pathway分析,結(jié)果顯示肉堿棕櫚酰轉(zhuǎn)移酶1B(carnitine palmitoyltransferase 1b,muscle,Cpt1b)、誘導(dǎo)細(xì)胞死亡DNA片斷化因子a樣效應(yīng)因子A(cell death-inducing DFFA-like effector a,Cidea)、載脂蛋白2(lipocalin 2,Lcn2)、硬脂酰輔酶A去飽和酶(stearoyl-coenzyme Adesaturase,Scd)、成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子21(fibroblast growth factor 21,F(xiàn)gf21)等可能在蔥白提取物調(diào)節(jié)血脂異常方面發(fā)揮了重要作用,蔥白調(diào)節(jié)血脂異常的導(dǎo)致差異表達(dá)的基因集中在能量代謝方面。而其他基因在血脂異常及其調(diào)節(jié)的研究方面罕見報(bào)道,也提示深入研究它們?cè)谘惓V械淖饔镁哂幸欢ǖ目臻g。

        圖1 各組探針表達(dá)差異倍數(shù)統(tǒng)計(jì)圖

        2.3實(shí)時(shí)熒光定量PCR驗(yàn)證結(jié)果 挑選相關(guān)基因Fgf21和非相關(guān)基因Scap去做RT-PCR驗(yàn)證,結(jié)果表明和芯片結(jié)果一致。

        2.3.1各組大鼠肝組織Fgf21的表達(dá) 蔥白提取物調(diào)節(jié)血脂的機(jī)制可能與上調(diào)Fgf21的表達(dá)有關(guān)。

        1:蔥白提取物組;2:模型組;3:內(nèi)參

        圖2各組GAPDHRNA凝膠電泳圖

        與模型組相比,蔥白提取物可以明顯上調(diào)Fgf21的表達(dá)(0.44±0.01vs. 0.65±0.01,P<0.05),與基因芯片結(jié)果一致。

        2.3.2各組大鼠肝組織Scap的表達(dá) 與模型組相比,蔥白提取物雖然可以減少Scap的表達(dá),但差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(1.70±0.15vs. 1.41±0.13)?;蛐酒Y(jié)果顯示蔥白提取物對(duì)Scap的表達(dá)影響不大,二者結(jié)果一致。蔥白提取物調(diào)節(jié)血脂的機(jī)制可能與減少Scap的表達(dá)關(guān)系不大。

        1:蔥白提取物組;2:模型組;3:內(nèi)參

        圖3各組Fgf21RNA凝膠電泳圖

        1:蔥白提取物組;2:模型組;3:內(nèi)參

        圖4各組ScapRNA凝膠電泳圖

        與模型組相比,蔥白提取物雖然可以減少Scap的表達(dá),但沒有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(1.70±0.15vs. 1.41±0.13)。基因芯片結(jié)果顯示蔥白提取物對(duì)Scap的表達(dá)影響不大,二者結(jié)果一致。蔥白提取物調(diào)節(jié)血脂的機(jī)制可能與減少Scap的表達(dá)關(guān)系不大。

        3 討 論

        蔥白提取物與高脂血癥基因間存在著一定的關(guān)系,基因芯片為高通量篩選技術(shù),可以將蔥白提取物和基因有效地結(jié)合起來,從而為探討蔥白提取物通過何種途徑發(fā)揮辛溫通陽(yáng)調(diào)節(jié)血脂代謝作用機(jī)制提供可能。

        血脂是血清中的膽固醇、TG 和類脂(如磷脂)等的總稱,TG主要存在于人體的脂肪組織中,食物攝取的外源性TG經(jīng)胰脂肪酶水解后由腸道吸收,肝臟中內(nèi)源性TG的合成由底物供給(游離脂肪酸的可用性)、能量平衡(肝糖原的儲(chǔ)存水平)和激素狀態(tài)(胰島素與胰高血糖素之間的平衡)所調(diào)節(jié)。本研究結(jié)果顯示蔥白提取物調(diào)節(jié)TG主要通過以下幾個(gè)方面:一方面通過調(diào)節(jié)相關(guān)信號(hào)通路影響脂肪酸轉(zhuǎn)運(yùn)降低TG,如Cpt1b是長(zhǎng)鏈脂肪酸進(jìn)入線粒體進(jìn)行β氧化的限速酶,Scd是催化飽和脂肪酸第9位碳鏈形成n-9系單不飽和脂肪酸的關(guān)鍵酶。Scd上升,抑制Cpt1b的活性,影響脂肪酸轉(zhuǎn)運(yùn)進(jìn)入線粒體,使已進(jìn)入細(xì)胞的脂肪酸及其活化產(chǎn)物脂酰輔酶A沉積在胞質(zhì)內(nèi),在線粒體的外膜外難以順暢地進(jìn)入線粒體基質(zhì)中進(jìn)行β氧化以實(shí)現(xiàn)最終的能量生成,從而加劇大量脂質(zhì)堆積。而蔥白提取物可以減少Scd的表達(dá)的同時(shí),使Cpt1b的表達(dá)上調(diào),促進(jìn)脂肪酸轉(zhuǎn)運(yùn)及其活化產(chǎn)物脂酰輔酶A進(jìn)入線粒體基質(zhì)中進(jìn)行β氧化,生成能量,減輕脂質(zhì)的沉積[6]。

        另一方面通過影響脂肪轉(zhuǎn)化降低TG。Fgf21主要來源于肝臟,其過表達(dá)可促進(jìn)游離脂肪酸(free fatty acids,F(xiàn)FA)轉(zhuǎn)化為酮體,三酰甘油水平下降[7]。脂肪組織按形態(tài)和功能分為兩種形式:白色脂肪組織(WAT)和棕色脂肪組織(BAT)。WAT儲(chǔ)存能量,BAT則可加快體內(nèi)代謝,促進(jìn)能量消耗。Cidea 在棕色脂肪組織的線粒體中呈高表達(dá),肥胖者脂肪組織中Cidea基因的mRNA表達(dá)水平降低,在體重減輕后可以恢復(fù)正常[8-9]。而在白色脂肪組織中Lcn2表達(dá)顯著增加,在前脂肪細(xì)胞分化成熟為脂肪細(xì)胞時(shí)Lcn2表達(dá)急劇增加[10-12]。而蔥白提取物調(diào)節(jié)血脂的機(jī)制可能與上調(diào)Fgf21、Cidea的表達(dá),增加脂肪的利用、消耗及轉(zhuǎn)運(yùn),同時(shí)下調(diào)Lcn2的表達(dá)減少前脂肪細(xì)胞分化為脂肪細(xì)胞,使脂肪貯存量下降,循環(huán)中的游離脂肪酸及甘油三酯減少[13]。

        另外,本課題組前期數(shù)據(jù)挖掘[14-15]發(fā)現(xiàn),蔥白提取物具有良好的辛溫通陽(yáng)作用和降低TG作用,而高脂血癥動(dòng)物模型中,筆者發(fā)現(xiàn)能量代謝相關(guān)基因表達(dá)出現(xiàn)明顯變化,如Fgf21、Cpt1b、Cidea、Lcn2、Scd等基因的表達(dá)異常,而辛溫通陽(yáng)中藥蔥白提取物可以調(diào)節(jié)這種表達(dá)異常,說明辛溫通陽(yáng)的分子機(jī)制可能與能量代謝相關(guān)。

        本研究采用高通量芯片技術(shù)對(duì)蔥白提取物辛溫通陽(yáng)作用及調(diào)血脂作用進(jìn)行評(píng)價(jià)??紤]到數(shù)據(jù)有可能存在假陽(yáng)性,本課題組在后期進(jìn)行了特征基因的RT-PCR驗(yàn)證,結(jié)果具有一致性,證明本研究結(jié)果可靠。研究結(jié)果不僅揭示蔥白提取物調(diào)節(jié)血脂的作用機(jī)制可能與上調(diào)Fgf21、Cpt1b、Cidea,下調(diào)Lcn2、Scd基因的表達(dá)有關(guān)。而且提示了蔥白提取物辛溫通陽(yáng)作用與能量代謝之間的關(guān)系。這為后續(xù)探討蔥白提取物辛溫通陽(yáng)作用的分子機(jī)制提供了思路。

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