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        嗜熱鏈球菌KLDS3.1012胞外多糖合成途徑的基因組學(xué)及表型特征分析

        2019-04-12 05:34:24李柏良王成鳳丁秀云霍貴成
        食品科學(xué) 2019年6期
        關(guān)鍵詞:基因簇基轉(zhuǎn)移酶半乳糖

        李柏良,趙 莉,王成鳳,靳 妲,丁秀云,2,劉 飛,*,霍貴成

        (1.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 乳品科學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,黑龍江 哈爾濱 150030;2.廣州基迪奧生物科技有限公司,廣東 廣州 510000)

        嗜熱鏈球菌是非致病性乳酸菌,常與德氏乳桿菌保加利亞亞種組合使用,作為酸奶的發(fā)酵劑[1-2]。部分嗜熱鏈球菌可以產(chǎn)生胞外多糖(exopolysaccharides,EPS),EPS分泌到培養(yǎng)基中,其不僅可以改善發(fā)酵乳制品的流變學(xué)和感官特性[3-4],還具有諸多的益生特性,如抗氧化性和抗腫瘤活性、降低血壓和血糖、改善腸道菌群、抑制致病菌和調(diào)節(jié)免疫系統(tǒng)等[5-9]。因此,能夠產(chǎn)EPS的嗜熱鏈球菌菌株在發(fā)酵方面具有更大的價(jià)值。

        EPS的合成過(guò)程分為前體物質(zhì)糖核苷酸的合成及EPS基因簇合成EPS兩個(gè)階段。單糖、雙糖作為微生物主要利用的碳源,經(jīng)轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)轉(zhuǎn)運(yùn)至胞內(nèi),糖類物質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)方式一般有3 種:磷酸烯醇式丙酮酸依賴磷酸轉(zhuǎn)移酶系統(tǒng)(phosphotransferase system,PTS)、ABC型糖轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)以及糖滲透[10]。其中PTS為主要的轉(zhuǎn)運(yùn)方式,由負(fù)責(zé)糖類物質(zhì)磷酸化的可溶性磷酸載體蛋白HPr、能量耦合蛋白酶EI以及膜結(jié)合的具有糖特異性的通透酶EII組成。通常EII由3 個(gè)功能性的亞單位EIIA、EIIB與EIIC構(gòu)成,轉(zhuǎn)運(yùn)甘露糖的PTS則由EIIA、EIIB、EIIC與EIID組成。根據(jù)序列及結(jié)構(gòu)的特征,EII可以分為乳糖家族、葡萄糖家族、甘露糖家族及甘露醇家族。在糖轉(zhuǎn)運(yùn)過(guò)程中,如果某一PTS中的EII因缺失亞基而不完整,是不可以通過(guò)另一個(gè)非同家族的PTS的EII替代其功能。轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞內(nèi)的糖經(jīng)過(guò)一系列的酶促反應(yīng),最后形成糖核苷酸,作為合成EPS的活性前體[11]。

        參與指導(dǎo)EPS重復(fù)單元合成、鏈長(zhǎng)、聚合與輸出的基因常成簇存在,稱之為EPS基因簇。異型多糖重復(fù)單元的形成通過(guò)引導(dǎo)糖基轉(zhuǎn)移酶轉(zhuǎn)移相應(yīng)的糖核苷酸到異戊二烯醇磷酸酯(脂載體)上,在其他的糖基轉(zhuǎn)移酶作用下,高度特異性地轉(zhuǎn)移相應(yīng)的糖核苷酸形成重復(fù)單元的主、側(cè)鏈。已經(jīng)形成的重復(fù)單元經(jīng)翻轉(zhuǎn)酶從胞內(nèi)輸出至細(xì)胞外膜,隨后經(jīng)聚合酶聚合成完整的EPS,輸出至細(xì)胞膜外[12-13]。

        嗜熱鏈球菌KLDS3.1012是從中國(guó)新疆傳統(tǒng)發(fā)酵酸奶中分離出來(lái)的,由東北農(nóng)業(yè)大學(xué)乳品科學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室保藏。前期實(shí)驗(yàn)研究發(fā)現(xiàn)該菌株具產(chǎn)黏性能強(qiáng)及所產(chǎn)酸奶品質(zhì)優(yōu)良等特點(diǎn),適合于制備高品質(zhì)直投式發(fā)酵劑[14]。為更加深入分析該菌株合成ESP的遺傳基礎(chǔ),本研究首先通過(guò)二代測(cè)序技術(shù)對(duì)該菌株進(jìn)行基因組測(cè)序,基于生物信息學(xué)分析該菌株的糖代謝能力及EPS基因簇,同時(shí)利用API 50CH測(cè)定該菌株的糖發(fā)酵情況,并采用高效離子交換色譜法測(cè)定EPS的單糖組成。為研究該菌株EPS遺傳基礎(chǔ)與EPS結(jié)構(gòu)之間關(guān)系及后續(xù)更加合理地應(yīng)用該菌株提供了理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 材料與試劑

        嗜熱鏈球菌KLDS3.1012由東北農(nóng)業(yè)大學(xué)乳品科學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室工業(yè)微生物菌種保藏中心(KLDSDICC)提供,且通過(guò)16S rRNA基因測(cè)序鑒定。

        M17肉湯培養(yǎng)基 青島高科園海博生物技術(shù)有限公司;細(xì)菌基因組提取試劑盒 北京天根生物技術(shù)有限公司;API 50CH 法國(guó)梅里埃公司;DEAE-Sepharose Fast Flow和Sepharose CL-6B填料 美國(guó)GE醫(yī)療生命科學(xué)公司;無(wú)水乙醇 天津市天力化學(xué)試劑有限公司;三氯乙酸、三氟乙酸 天津市大茂化學(xué)試劑廠;重蒸苯酚北京博奧拓達(dá)科技有限公司;濃硫酸 哈爾濱理工化學(xué)試劑有限公司;其他試劑均為國(guó)產(chǎn)分析純。

        1.2 儀器與設(shè)備

        LDZF-50KB-II立式蒸汽滅菌器 上海申安醫(yī)療器械廠;CJ-2D超凈工作臺(tái) 天津泰斯特儀器有限公司;DHP-927型電熱恒溫培養(yǎng)箱 上海一恒科技有限公司;透析袋 北京索萊寶生物科技有限公司;蛋白純化儀美國(guó)GE醫(yī)療生命科學(xué)公司。

        1.3 方法

        1.3.1 菌株的活化及基因組提取

        將甘油保藏的菌株KLDS3.1012以2%的體積分?jǐn)?shù)接種于M17液體培養(yǎng)基,42 ℃培養(yǎng)24 h,連續(xù)轉(zhuǎn)接兩次,第3次培養(yǎng)12 h后用于基因組提取。按照細(xì)菌基因組提取試劑盒說(shuō)明書的步驟提取菌株KLDS3.1012的基因組。

        1.3.2 全基因組測(cè)序及組裝

        利用Illumina HiSeq(2×100 bp配對(duì)末端文庫(kù))和Illumina MiSeq(2×250 bp配對(duì)末端文庫(kù))平臺(tái)組合測(cè)序技術(shù)對(duì)菌株KLDS3.1012進(jìn)行基因組測(cè)序。通過(guò)進(jìn)行質(zhì)量控制和數(shù)據(jù)過(guò)濾,利用SOAPdenovo 2.0對(duì)所有有效數(shù)據(jù)(Clean Data)進(jìn)行組裝[15]。

        1.3.3 基因組注釋

        采用NCBI原核生物基因組注釋流程(prokaryotic genome annotation pipeline,PGAP,https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK174280/)進(jìn)行基因預(yù)測(cè)及注釋?;蚪M中蛋白序列通過(guò)WebMGA網(wǎng)站進(jìn)行COG(Cluster of Orthologous Group)注釋[16]。

        1.3.4 生物信息學(xué)分析

        利用CGView Server構(gòu)建基因組圖譜[17]。糖代謝途徑參照KEGG通路數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行分析[18]。ISfinder用于鑒定基因組序列中的轉(zhuǎn)座酶[19]。使用ACT(Artemis Comparison Tool)軟件對(duì)菌株KLDS3.1012與嗜熱鏈球菌ND03的EPS基因簇進(jìn)行分析[20]。

        1.3.5 表型特征的測(cè)定

        采用API CHL培養(yǎng)基和API 50CH測(cè)試條按照試劑盒說(shuō)明書測(cè)定菌株KLDS3.1012的碳水化合物利用情況。按照邵麗[21]所述的實(shí)驗(yàn)步驟,提取菌株KLDS3.1012所產(chǎn)的EPS。參考Ren Wei等[22]的方法利用DEAESepharose Fast Flow和Sepharose CL-6B對(duì)EPS進(jìn)行純化。參照邵麗[21]的方法,使用高效離子交換色譜(high performance anion exchange chromatography,HPAEC)法進(jìn)行單糖組成的測(cè)定。

        1.4 數(shù)據(jù)處理

        利用HPAEC測(cè)定各標(biāo)準(zhǔn)品的保留時(shí)間和峰面積,以各濃度為橫坐標(biāo),峰面積為縱坐標(biāo),繪制標(biāo)準(zhǔn)曲線。對(duì)樣品中各單糖的峰面積進(jìn)行積分,根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線計(jì)算相應(yīng)的濃度。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 基因組的基本特征及注釋

        圖1 嗜熱鏈球菌KLDS3.1012的基因組圈圖Fig. 1 Circular genome map of S. thermophilus KLDS3.1012

        菌株KLDS3.1012的基因組序列已提交到GenBank數(shù)據(jù)庫(kù),登錄號(hào)為:NZ_LHSK01000000。通過(guò)CGView Server構(gòu)建其基因組圈圖(圖1)并利用PGAP流程進(jìn)行注釋,一共預(yù)測(cè)出1 992 個(gè)基因,其中包括1 705 個(gè)蛋白編碼基因,213 個(gè)假基因,15 個(gè)rRNA,55 個(gè)tRNA和4 個(gè)ncRNA。

        菌株KLDS3.1012的親緣關(guān)系報(bào)告(表1)顯示,菌株KLDS3.1012與嗜熱鏈球菌ND03在基因組序列最為相似(99.572 2%),親緣關(guān)系最近,而與嗜熱鏈球菌M17PTZA496的基因組序列差異較大,對(duì)稱一致性僅為83.842 8%。

        表1 嗜熱鏈球菌親緣關(guān)系報(bào)告Table 1 Genome neighbor report of S. thermophilus strains

        2.2 糖代謝能力分析

        2.2.1 糖轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)

        菌株KLDS3.1012不僅含有HPr(AKL23_RS05975)和EI(AKL23_RS05970),還含有10 個(gè)糖特異性通透酶(EII)的基因,其中包括蔗糖通透酶EII的基因、PTS果糖通透酶EII、PTS甘露糖通透酶EII和PTS葡萄糖通透酶EII(表2)。然而,PTS葡萄糖通透酶EII是由假基因編碼的,而另外2 個(gè)EII基因也不完整,因此不能通過(guò)PTS轉(zhuǎn)運(yùn)葡萄糖。在菌株KLDS3.1012的基因組中鑒定到乳糖/半乳糖滲透酶(AKL23_RS06545)和葡萄糖滲透酶(AKL23_RS04150)。由于編碼ABC型糖轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)的基因不完整,因此ABC型糖轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)不能將糖轉(zhuǎn)運(yùn)到菌株KLDS3.1012的細(xì)胞質(zhì)中。綜上所述,從基因組分析,菌株KLDS3.1012可以利用蔗糖、果糖、甘露糖、葡萄糖、半乳糖和乳糖。

        表2 嗜熱鏈球菌KLDS3.1012的PTS相關(guān)基因Table 2 Putative genes related to phosphotransferase system (PTS) in S. thermophilus KLDS3.1012

        2.2.2 糖核苷酸的合成途徑

        被轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞質(zhì)中的糖會(huì)通過(guò)各種代謝途徑生成糖核苷酸。如圖2所示,菌株KLDS3.1012可以通過(guò)β-半乳糖苷酶(AKL23_RS06540)水解乳糖生成葡萄糖和半乳糖,一方面,半乳糖通過(guò)UDP-半乳糖的途徑(AKL23_RS06565和AKL23_RS06560)轉(zhuǎn)化生成UDP-半乳糖和Leloir途徑轉(zhuǎn)化生成葡萄糖-1-磷酸。另一方面,葡萄糖被葡萄糖激酶(AKL23_RS03575)磷酸化生成葡萄糖-6-磷酸,再由磷酸變位酶(AKL23_RS03880)進(jìn)一步形成葡萄糖-1-磷酸。葡萄-1-磷酸作為重要的中間產(chǎn)物,它可以通過(guò)UDP-葡萄糖焦磷酸化酶(AKL23_RS08610)轉(zhuǎn)化成UDP-葡萄糖或通過(guò)一系列酶促反應(yīng)(AKL23_RS05870、AKL23_RS05860、AKL23_RS05865、AKL23_RS03055和AKL23_RS06935)生成dTDP-鼠李糖。編碼UDP-葡萄糖4-差向異構(gòu)酶的基因具有3 個(gè)拷貝(AKL23_RS05370、AKL23_RS06390和AKL23_RS06555),這可能與UDP-葡萄糖和UDP-半乳糖之間的相互轉(zhuǎn)換相關(guān)。甘露糖、果糖和蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞質(zhì)中后分別被磷酸化形成甘露糖-6-磷酸、果糖-6-磷酸和蔗糖-6-磷酸,三者之間可以相互轉(zhuǎn)化(AKL23_RS08125、AKL23_RS08110和AKL23_RS10365)。隨后,果糖-6-磷酸由AKL23_RS04205、AKL23_RS05900和AKL23_RS02810編碼的一系列酶轉(zhuǎn)化成UDP-N-乙酰葡糖胺。總之,從基因組分析,菌株KLDS3.1012能夠形成4 種糖核苷酸,即UDP-葡萄糖、dTDP-鼠李糖、UDP-半乳糖和UDP-乙酰葡糖胺。這些糖核苷酸可以形成EPS的重復(fù)單元,再通過(guò)EPS基因簇形成EPS。

        圖2 嗜熱鏈球菌KLDS3.1012糖核苷酸的合成Fig. 2 Synthesis of sugar nucleotides in S. thermophilus KLDS 3.1012

        2.3 EPS基因簇的生物信息學(xué)分析

        如圖3所示,菌株KLDS3.1012存在1 個(gè)EPS合成基因簇(圖4),由35 個(gè)基因組成。在該基因簇中的5'末端存在1 個(gè)嘌呤核苷磷酸化酶的編碼基因deoD(AKL23_RS05125),該基因存在于大部分EPS基因簇附近[23-24]?;駻KL23_RS05120、AKL23_RS05115、AKL23_RS05110和AKL23_RS05105分別負(fù)責(zé)編碼EPS的合成調(diào)節(jié)、鏈長(zhǎng)決定和輸出相關(guān)的保守基因。AKL23_RS05100編碼的起始糖基轉(zhuǎn)移酶,可以將UDP-半乳糖轉(zhuǎn)移到脂質(zhì)載體上。負(fù)責(zé)編碼其他糖基轉(zhuǎn)移酶的基因分別是AKL23_RS05095(假基因)、AKL23_RS05070、AKL23_RS05025(UDP-N-乙酰葡糖胺轉(zhuǎn)移酶),AKL23_RS05020、AKL23_RS05015和AKL23_RS05000,這些糖基轉(zhuǎn)移酶編碼基因?qū)Q定EPS的單糖組成起到關(guān)鍵的作用。AKL23_RS05055編碼的翻轉(zhuǎn)酶具有將重復(fù)單位輸出的功能。AKL23_RS004985編碼的orf14.9與生長(zhǎng)功能相關(guān),該基因也存在于其他嗜熱鏈球菌的EPS基因簇中[25]。AKL23_RS004980和AKL23_RS004960分別編碼磷酸酶和通透酶。此外,該基因簇中還存在3 個(gè)磷酸甘油酸變位酶的編碼基因(AKL23_RS004975、AKL23_RS004970和AKL23_RS004965)。

        圖3 嗜熱鏈球菌KLDS3.1012的EPS基因簇Fig. 3 Exopolysaccharides gene cluster in S. thermophilus KLDS3.1012

        前面的基因組親緣關(guān)系研究表明,菌株KLDS3.1012與嗜熱鏈球菌ND03的基因組序列親緣關(guān)系最近,高達(dá)99.57%。通過(guò)ACT工具對(duì)2 株菌的EPS基因簇序列進(jìn)行比對(duì)分析,由圖4可知,菌株KLDS3.1012 EPS基因簇與嗜熱鏈球菌ND03的EPS基因簇具有很高的同源性,僅存在7 個(gè)倒置區(qū)域,而且中間的空白區(qū)域是由于菌株KLDS3.1012的gap造成的。

        圖4 嗜熱鏈球菌KLDS3.1012 EPS基因簇的比對(duì)分析Fig. 4 Alignment of exopolysaccharides gene cluster in S. thermophilus KLDS3.1012

        2.4 碳水化合物代謝能力

        API 50CH碳水化合物代謝結(jié)果(圖5)表明,菌株KLDS3.1012可以代謝半乳糖、葡萄糖、果糖、甘露糖、乳糖和蔗糖。雖然與其他嗜熱鏈球菌碳水化合物代謝能力存在差異,但是菌株KLDS3.1012在碳水化合物利用方面,遺傳分析與表型結(jié)果是相一致的。

        圖5 嗜熱鏈球菌KLDS3.1012的API 50CH發(fā)酵結(jié)果Fig. 5 Results of API 50CH test strip on S. thermophilus KLDS3.1012

        2.5 EPS的單糖組成

        菌株KLDS3.1012所產(chǎn)的EPS通過(guò)DEAE-Sepharose Fast Flow和Sepharose CL-6B進(jìn)行兩步純化,隨后經(jīng)三氟乙酸水解,最后用高效離子色譜測(cè)定EPS的單糖組成。由圖6可知,菌株KLDS3.1012所產(chǎn)的EPS由鼠李糖、半乳糖和葡萄糖以2.6∶1.7∶1的物質(zhì)的量比組成。在單糖組成中沒(méi)有發(fā)現(xiàn)UDP-N-乙酰葡糖胺,然而,生物信息學(xué)分析表明菌株KLDS3.1012可以形成UDP-N-乙酰葡糖胺并且擁有UDP-N-乙酰葡糖胺轉(zhuǎn)移酶,這可能是由于相關(guān)基因表達(dá)水平的不足造成的,還需要進(jìn)一步的研究驗(yàn)證這一點(diǎn)。

        圖6 嗜熱鏈球菌KLDS3.1012的EPS單糖離子色譜圖Fig. 6 HPAEC profile of monosaccharide composition of EPS from S. thermophilus KLDS3.1012

        3 討 論

        嗜熱鏈球菌作為重要的發(fā)酵劑,從功能上看,嗜熱鏈球菌在治療乳糖不耐癥、抗氧化、改善腸道免疫反應(yīng)和緩解一些癌癥方面起著至關(guān)重要的作用[26]。從代謝能力上看,嗜熱鏈球菌不僅能夠代謝碳水化合物形成乳酸,酸化乳制品,還能形成糖核苷酸產(chǎn)生EPS[27-28]。嗜熱鏈球菌所產(chǎn)的EPS具有結(jié)構(gòu)復(fù)雜和功能多樣的特點(diǎn),因此作為近年來(lái)的持續(xù)熱點(diǎn)問(wèn)題。隨著基因組測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,研究人員可以利用生物信息學(xué)的手段充分挖掘嗜熱鏈球菌所合成的EPS的相關(guān)分子元件,為揭示嗜熱鏈球菌合成EPS的機(jī)理及調(diào)控提供基礎(chǔ)。Bolotin等[29]研究了嗜熱鏈球菌CNRZ1066和LMG13811的糖代謝相關(guān)遺傳基礎(chǔ);Sun Zhihong等[30]完成了ND03的全基因組測(cè)序并對(duì)其獨(dú)特的EPS基因簇進(jìn)行分析;Wu Qinglong等[23]通過(guò)嗜熱鏈球菌ASCC 1275的EPS基因簇分析,發(fā)現(xiàn)該菌株高產(chǎn)EPS的相關(guān)基因;Bai Ying等[31]報(bào)道了嗜熱鏈球菌MN-BM-A01的EPS產(chǎn)量和相關(guān)基因的分析;Vendramin等[32]對(duì)8 株已完成基因組測(cè)序的嗜熱鏈球菌epsA基因的啟動(dòng)子進(jìn)行了比較基因組學(xué)分析。本研究不僅從生物信息學(xué)層面分析了菌株KLDS3.1012的糖代謝能力及EPS基因簇,同時(shí)還利用API 50CH測(cè)定該菌株的糖發(fā)酵情況及采用高效離子交換色譜法測(cè)定EPS的單糖組成,為研究EPS的基因與結(jié)構(gòu)奠定了基礎(chǔ)。

        雖然嗜熱鏈球菌在糖代謝水平上相對(duì)保守,然而不同的嗜熱鏈球菌菌株的糖代謝情況并不一致,嗜熱鏈球菌基本都可以利用葡萄糖、乳糖和果糖[33],而半乳糖、甘露糖、蔗糖、麥芽糖、蜜二糖和棉子糖的利用卻有菌株特異性[34-35],如嗜熱鏈球菌AR333可以利用葡萄糖、乳糖和蔗糖[22],嗜熱鏈球菌MTCC 5461可以利用17 種碳水化合物[36],而本研究中的菌株KLDS3.1012可以利用半乳糖、葡萄糖、果糖、甘露糖、乳糖和蔗糖。能夠利用半乳糖是工業(yè)發(fā)酵菌株的優(yōu)良性狀,可以避免半乳糖的過(guò)量積累而影響發(fā)酵乳制品的質(zhì)量。此外,利用半乳糖可以提高EPS的產(chǎn)量,因?yàn)榘肴樘强梢孕纬商呛塑账帷J葻徭溓蚓a(chǎn)EPS的單糖組成及比例也都不一樣,AR333和GST-6所產(chǎn)的EPS都由半乳糖和葡萄糖組成,但是物質(zhì)的量比差異較大[5,22],DGCC 7785所產(chǎn)的EPS由半乳糖、葡萄糖和N-乙酰半乳糖胺組成[37],而本研究中的KLDS3.1012所產(chǎn)的EPS由鼠李糖、半乳糖和葡萄糖,與嗜熱鏈球菌DGCC 7698所產(chǎn)的EPS具有相似性[37]。

        糖核苷酸作為合成EPS的活性前體,是合成EPS的關(guān)鍵底物[11]。在分析菌株KLDS3.1012的糖核苷酸合成途徑中發(fā)現(xiàn),在其基因組中,催化UDP-葡萄糖與UDP-半乳糖相互轉(zhuǎn)變的UDP-葡萄糖4-差向異構(gòu)酶的編碼基因高達(dá)3 個(gè)拷貝,利于二者的靈活轉(zhuǎn)變,以滿足形成重復(fù)單元過(guò)程中對(duì)不同糖核苷酸的需求。嗜熱鏈球菌的EPS基因簇中參與指導(dǎo)EPS重復(fù)單元合成、鏈長(zhǎng)、聚合與輸出的基因相對(duì)保守,而糖基轉(zhuǎn)移酶差別甚大,其具有多態(tài)性,目前,在51 株嗜熱鏈球菌中存在118 個(gè)糖基轉(zhuǎn)移酶,不同的糖基轉(zhuǎn)移酶可以轉(zhuǎn)移不同的糖核苷酸形成EPS的重復(fù)單元[38],因此糖基轉(zhuǎn)移酶對(duì)EPS的結(jié)構(gòu)起到?jīng)Q定性作用。本研究中菌株KLDS3.1012的糖基轉(zhuǎn)移酶中只鑒定出半乳糖核苷酸轉(zhuǎn)移酶和UDP-N-乙酰葡糖胺轉(zhuǎn)移酶,此外,該菌株的EPS基因簇與嗜熱鏈球菌ND03的EPS基因簇具有很高的同源性。

        4 結(jié) 論

        從基因組水平分析,菌株KLDS3.1012具有半乳糖、葡萄糖、果糖、甘露糖、乳糖和蔗糖轉(zhuǎn)運(yùn)系統(tǒng)和4 種糖核苷酸(UDP-葡萄糖、dTDP-鼠李糖、UDP-半乳糖和UDP-N-乙酰葡糖胺)合成的相關(guān)基因及1 個(gè)胞外多糖合成基因簇。表型測(cè)定結(jié)果表明菌株KLDS3.1012可以利用以上6 種碳源并能形成由鼠李糖、半乳糖和葡萄糖組成的EPS。

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