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        甲烷囊菌屬特異性引物的設(shè)計(jì)及其在古井貢酒窖泥質(zhì)量評(píng)價(jià)中的初步應(yīng)用

        2019-04-09 05:10:30何宏魁蔡照潤曹潤潔李安軍張治洲
        中國釀造 2019年3期
        關(guān)鍵詞:古井甲烷基因組

        何宏魁,袁 木,蔡照潤,曹潤潔,李安軍,張治洲*

        (1.安徽古井貢酒股份有限公司,安徽 亳州 236800;2.哈爾濱工業(yè)大學(xué)(威海)海洋科學(xué)與技術(shù)學(xué)院,山東 威海 264209)

        在白酒釀造領(lǐng)域,一般認(rèn)為甲烷菌利用氫氣(H2)還原二氧化碳(CO2)產(chǎn)生甲烷(CH4),使菌群代謝平衡向促進(jìn)有機(jī)酸、酒精生成的方向轉(zhuǎn)化,提高了酒醅中的酸和酯的含量,也提高了產(chǎn)酒率[1-2]。根據(jù)“種間氫轉(zhuǎn)移”原理,甲烷菌屬利用己酸菌發(fā)酵產(chǎn)生的H2用于產(chǎn)生甲烷,使己酸菌消除了氫的抑制而促進(jìn)產(chǎn)酸,繼而提高己酸乙酯含量。但是上述過程只能在窖池的有限的位置發(fā)生,因?yàn)橹挥幸欢ㄉ疃葪l件下的窖池底部密封發(fā)酵一段時(shí)間以后才可能滿足甲烷菌屬的厭氧生長條件。甲烷菌促進(jìn)白酒發(fā)酵質(zhì)量的途徑肯定是多方面的,理論上不同的甲烷菌屬在窖泥-黃水-酒醅界面的厭氧發(fā)酵過程中發(fā)揮的作用與方式會(huì)有所不同。但是這些甲烷菌屬到底通過哪些生物學(xué)途徑發(fā)揮作用、甲烷菌屬之間存在哪些重要的相互作用等問題還需要大量的研究[1,3-4]才能逐步搞清楚,需要檢測(cè)各個(gè)甲烷菌屬在發(fā)酵動(dòng)力過程中的含量變化。所以設(shè)計(jì)一批針對(duì)各個(gè)甲烷菌屬的屬或種的特異性引物很有必要。

        張會(huì)敏[5]的高通量測(cè)序結(jié)果顯示,古井貢酒窖泥包含的甲烷菌屬至少有甲烷八疊球菌屬(Methanosarcina)(1-458),未知甲烷菌-1(unkown genus-1)(1-2),未知甲烷菌-2(unkown genus-2)(2-8),產(chǎn)甲烷袋菌屬(Methanofollis)(3-896),甲烷囊菌屬(Methanoculleus)(16-14155),甲烷粒菌(Methanocorpusculum)(6-2180),甲烷球菌屬(Methanoc-occus)(2-10),甲烷短桿菌屬(Methanobrevibacter)(3-903)以及甲烷桿菌屬(Methanobacterium)(5-1514),括號(hào)里面的兩個(gè)數(shù)字分別是各自操作分類單元(operational taxonomy unit,OTU)的個(gè)數(shù)及其序列總個(gè)數(shù),顯示古井貢酒窖泥中甲烷囊菌屬(Methanoculleus)這個(gè)屬的序列復(fù)雜度及菌屬含量在全部甲烷菌中相對(duì)較大。在窖泥質(zhì)量評(píng)估的方法體系中,甲烷菌屬的屬特異性檢測(cè)方法屬于重要的建設(shè)內(nèi)容。

        甲烷菌屬在濃香型白酒窖泥中的含量分布情況比較類似,既有的檢測(cè)報(bào)道一般是3~6個(gè)屬。如五糧液酒的窖泥中報(bào)道了4個(gè)優(yōu)勢(shì)甲烷菌屬,分別為甲烷細(xì)菌屬(Methanobacterium)、甲烷短桿菌屬(Methanobrevibacter)、甲烷囊菌屬(Methanoculleus)和甲烷八疊球菌屬(Methanosarcina),其中Methanosarcina可同時(shí)利用乙酸和氫氣[6]。四川綿陽豐谷酒業(yè)的窖泥中至少含有5個(gè)甲烷菌屬,分別是Methanoculleus、Methanosarcina、Methanobacterium、甲烷粒菌屬(Methanocorpusculum)和甲烷微菌屬(Methanomicrobium)[7-8]。四川瀘州某公司白酒生產(chǎn)窖池中發(fā)現(xiàn)至少有6個(gè)甲烷菌屬,分別是Methanobrevibacter、甲烷鬃毛菌屬(Methanosata)、Methanoculleus、Methanobacterium、Methanocorpusculum和甲烷絲菌屬(Methanothri)[9],而瀘州老窖的百年窖泥中至少含有4類不同的甲烷菌屬,分別是甲烷短桿菌屬M(fèi)ethanobrevibacter、甲烷桿菌屬(Methanobacterium)、甲烷鬃菌屬(Methanosaeta)和Methanoculleus[10]。顯然,不同的濃香型白酒在日常質(zhì)控過程中需要對(duì)不同組合的甲烷菌屬設(shè)計(jì)特異性(快速)檢測(cè)技術(shù)。

        甲烷菌的特異性檢測(cè)已經(jīng)有不少報(bào)道,韋艷霞等[11]研究根管感染中產(chǎn)甲烷古細(xì)菌的多樣性,利用甲基輔酶M還原酶(methylcoenzymeMreductase,MCR)基因α亞基(mcrA)的特異性引物,發(fā)現(xiàn)所選樣本中產(chǎn)甲烷古細(xì)菌的多樣性局限于類口腔甲烷短桿菌序列型。華金玲等[12]也是利用MCR基因特異性基因引物發(fā)現(xiàn)黃淮白山羊瘤胃中的甲烷菌主要是瘤胃甲酸甲烷桿菌。蘭阿峰等[13]利用甲烷菌16S rDNA特異性引物Met86F和Met1340R測(cè)定了野生秦嶺羚牛瘤胃中甲烷菌種類,發(fā)現(xiàn)至少包括3個(gè)科,若干個(gè)屬,其多樣性比較豐富。

        利用MCR等基因設(shè)計(jì)的甲烷菌特異性引物,以及利用甲烷菌16SrDNA特異性引物的檢測(cè)方法,理論上適合于大多數(shù)產(chǎn)甲烷菌,但是難以把不同的甲烷菌種屬區(qū)分開來。在白酒研究領(lǐng)域也有若干甲烷菌特異性檢測(cè)技術(shù)的報(bào)道,比如羅青春等[14]運(yùn)用已知特異性引物[15-17]和熒光定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR)測(cè)定了不同年份川酒窖泥中幾種主要產(chǎn)甲烷菌的含量,發(fā)現(xiàn)隨著窖泥年份的增加,3種產(chǎn)甲烷菌屬甲烷鬃毛菌屬(Methanosaeta)、甲烷八疊球菌屬(Methanosarcina)及甲烷桿菌屬(Methanobacter)的含量均呈不同幅度的增加趨勢(shì)。不過對(duì)這些已知特異性引物的原始文獻(xiàn)進(jìn)行勘察時(shí)發(fā)現(xiàn)它們是目(order)分類層面上的特異性引物,而且并未交待引物特異性的基本驗(yàn)證數(shù)據(jù)。

        本研究以甲烷囊菌屬為例提供了一個(gè)基于16S rDNA的屬特異性單核苷酸多態(tài)性(single nucleic polymorphism,SNP)和半隨機(jī)引物(semi-arbitrarily primer,SAP)技術(shù)[18-20]設(shè)計(jì)屬特異性PCR引物的方法。利用本研究的方法原則上可以設(shè)計(jì)任意其他菌屬在特定復(fù)雜菌群背景下的特異性引物,一般應(yīng)該都可以找到比較滿意的實(shí)用引物,這對(duì)于白酒釀造過程中的質(zhì)量控制有明顯的潛在應(yīng)用價(jià)值。

        1 材料與方法

        1.1 材料與試劑

        1.1.1 窖泥樣本

        共使用了18個(gè)古井窖泥樣本,包括A廠區(qū)6個(gè)(40年優(yōu)質(zhì)窖池,樣本1~6),B廠區(qū)3個(gè)(百年優(yōu)質(zhì)窖池,樣本7~9),C廠區(qū)9個(gè)(5年普通窖池,樣本10~18)。

        1.1.2 試劑

        NPK02和NPK62 PCR試劑盒:威海曉東生物技術(shù)有限公司;Ezup柱式基因組提取試劑盒、Marker D:上海生工生物有限公司;特異性引物:上海生工生物有限公司合成;其他生化試劑均購自上海生工生物有限公司。

        1.2 儀器與設(shè)備

        TDL-60B臺(tái)式離心機(jī):上海安亨科學(xué)儀器廠;TP600 PCR儀:大連TaKaRa公司;StepOne實(shí)時(shí)定量PCR(real-time quantitative PCR,RT-QPCR)儀:美國ABI公司;JY300C核酸電泳儀:北京君意東方電泳設(shè)備有限公司;WD-9413C凝膠成像儀:北京市六一儀器廠;HC-3108R(-80℃)低溫冰箱:海爾集團(tuán)公司;HC-3018R高速冷凍離心機(jī):安徽中科中佳科學(xué)儀器有限公司。

        1.3 方法

        1.3.1 窖泥宏基因組的提取

        利用Ezup柱式基因組提取試劑盒提取窖泥的宏基因組脫氧核糖核酸(deoxyribonucleicacid,DNA),來自200mg的窖泥的基因組DNA溶于100 μL TE緩沖液,再進(jìn)一步稀釋至500 μL作為PCR或RT-QPCR的模板,RT-QPCR測(cè)定的是500 μL該溶液中甲烷囊菌屬16S rDNA的拷貝數(shù)濃度。

        1.3.2 16S rRNA序列比對(duì)分析及甲烷囊菌屬SNP位點(diǎn)確認(rèn)

        古井窖泥微生物菌群中含量最高的30個(gè)屬及甲烷囊菌屬的16S rRNA全長序列源自于高通量測(cè)序?qū)嶒?yàn)[21];傅里葉轉(zhuǎn)換多重序列比對(duì)(multiple alignment using fast Fourier transform,MAFFT)的一個(gè)重要優(yōu)點(diǎn)是其比對(duì)結(jié)果中序列越相近則排列距離越接近,這樣可以對(duì)幾百條到幾千條高度相似的序列快速進(jìn)行分組,非常有利于大量序列中SNP位點(diǎn)的尋找。使用MAFFT對(duì)上述總共5 000多條序列和從Genbank數(shù)據(jù)庫搜索得到的210條甲烷囊菌屬(Methanoculleus)的16S rRNA(有些是全長)基因序列進(jìn)行比對(duì),選出各自的代表性序列,以進(jìn)行各屬之間的SNP識(shí)別分析。SNP標(biāo)記作為第三代分子標(biāo)記,在分子遺傳學(xué)、藥物遺傳學(xué)、法醫(yī)學(xué)以及疾病的診斷和治療等方面發(fā)揮著重要作用[22-26]。借助MAFFT多序列比對(duì)工具對(duì)序列進(jìn)行比對(duì)尋找SNP位點(diǎn),對(duì)列出的所有SNP位點(diǎn),返回甲烷囊菌屬內(nèi)與自身其余序列進(jìn)行SNP查證,要求該位點(diǎn)堿基與其余序列該位置堿基絕大部分相同;再與古井菌群各屬其余序列比對(duì)查證,要求與該位置堿基絕大部分不同,從而選出理論上效果最好的SNP位點(diǎn)。

        1.3.3 甲烷囊菌屬特異性引物設(shè)計(jì)

        PCR引物的堿基長度需在20~25 bp之間,退火溫度需在60℃左右,堿基GC含量應(yīng)在40%~60%,以此保持引物的穩(wěn)定性。根據(jù)SAP理論的一般設(shè)計(jì)方法,引物的3′端的末端應(yīng)該是SNP位點(diǎn),在SNP位點(diǎn)的前一位點(diǎn)(引物的倒數(shù)第二位)人為的引入錯(cuò)配,以致于引物與靶序列(甲烷囊菌屬)只有在倒數(shù)第二位有錯(cuò)配,而與非靶序列在最后兩個(gè)堿基位點(diǎn)都是錯(cuò)配。因此,可以通過合適的擴(kuò)增條件使得非靶序列不能得到有效的擴(kuò)增。本研究基于該理論在錯(cuò)配的位置做了稍許調(diào)整,SNP位點(diǎn)只需要放置在引物3′端的末位,不一定是最后一位,可以是倒數(shù)第二位;錯(cuò)配位置也放在末位,不一定是倒數(shù)第二位也可以是倒數(shù)第三位附近,宗旨是讓引物與靶序列在引物的3′端末端幾個(gè)堿基的配對(duì)強(qiáng)度大于非靶序列,在這方面實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)做了若干摸索實(shí)驗(yàn)[18]。引物的特異性經(jīng)過PCR擴(kuò)增及產(chǎn)物測(cè)序驗(yàn)證,確定特異性無誤的引物可以進(jìn)一步用于RT-QPCR再驗(yàn)證。

        1.3.4 引物特異性檢測(cè)

        利用PCR對(duì)兩對(duì)引物的特異性進(jìn)行驗(yàn)證。18個(gè)窖泥基因組DNA等量混合,以其為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增,PCR擴(kuò)增體系:NPK02 2×buffer 6 μL,物種特異性引物1.5 μL,模板1 μL,Taq酶0.3 μL,雙蒸水(ddH2O)3.2 μL。PCR擴(kuò)增程序:94℃預(yù)變性4 min;94℃變性30 s,60℃退火30 s,72℃延伸45 s,37個(gè)循環(huán);72 ℃再延伸2 min。取8 μL反應(yīng)液進(jìn)行1%瓊脂糖凝膠電泳。

        1.3.5 RT-QPCR定量

        要求RT-QPCR的熔解曲線為單峰且沒有明顯的二聚體擴(kuò)增。以設(shè)計(jì)好的兩對(duì)甲烷囊菌屬特異性引物PCR擴(kuò)增得到的產(chǎn)物作為RT-QPCR定量的標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì),其母液(質(zhì)量濃度為ng/μL)經(jīng)10倍系列稀釋(10-1~10-)7,后,選擇10-2~10-7的稀釋液制作標(biāo)準(zhǔn)曲線。摸索到的最佳RT-QPCR條件為:第1對(duì)引物RT-QPCR擴(kuò)增程序:95℃、4min;95℃、30s,60℃、30s,72℃、5s,42個(gè)循環(huán);72℃、2min。第2對(duì)引物QPCR擴(kuò)增程序:95℃、4 min;95 ℃、30 s,65 ℃、30 s,72 ℃、55 s,42個(gè)循環(huán);72℃、2 min。2對(duì)引物RT-QPCR擴(kuò)增體系:NPK62 2×Buffer 6 μL,上下游引物(2 μmol/L)各1.75 μL,窖泥宏基因組DNA模板4 μL,Taq酶0.25 μL。每對(duì)引物在最佳條件下重復(fù)擴(kuò)增3次,選擇其中一個(gè)最具代表性的結(jié)果繪圖和計(jì)算。

        DNA拷貝量計(jì)算公式如下:

        式中:C為測(cè)定得到的各個(gè)樣本中甲烷囊菌屬DNA片段的濃度,ng/μL;L為PCR擴(kuò)增產(chǎn)物堿基長度,bp。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 SNP位點(diǎn)選取及引物設(shè)計(jì)

        通過使用傅里葉轉(zhuǎn)換多序列比對(duì)在線多序列比對(duì)工具,分析了甲烷囊菌屬在古井窖泥中含量前30屬中的SNP情況,通過各屬自身的序列比對(duì),挑選出各屬的代表序列,如表1所示。

        表1 屬代表序列選取結(jié)果Table1 Selection results of genus-representative sequence

        由表1可知,古井菌群30個(gè)屬,每個(gè)屬2條代表序列,共60條;甲烷囊菌屬代表序列1條;對(duì)61條序列進(jìn)行比對(duì),初步找出了甲烷囊菌的114個(gè)SNP位點(diǎn)。首先對(duì)SNP位點(diǎn)進(jìn)行甲烷囊菌屬內(nèi)可行性驗(yàn)證,保留了41個(gè)SNP位點(diǎn);然后對(duì)41個(gè)SNP位點(diǎn)進(jìn)行屬外可行性驗(yàn)證,與古井菌群30個(gè)屬所有序列(共計(jì)5 499條)比對(duì)驗(yàn)證后,找出了3個(gè)效果最好的SNP位點(diǎn),SNP位點(diǎn)5′-TCCAGGCCC-3′的同屬代表性是94.3%,他屬代表性是0.4%;位點(diǎn)5′-AAAACTTT-3′的同屬代表性是94.8%,他屬代表性是0.8%;位點(diǎn)5′-TTCGACAGT-3′的同屬代表性是94.8%,他屬代表性是0.4%。隨機(jī)選擇SNP位點(diǎn)5′-TTCGACAGT-3′設(shè)計(jì)兩對(duì)引物,其信息見表2。

        表2 兩對(duì)引物信息Table2 Information of two pairs of primers

        2.2 引物特異性的驗(yàn)證

        以18個(gè)窖泥樣本的混合宏基因組DNA[19]為模板,采用設(shè)計(jì)好的兩對(duì)引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增,PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),結(jié)果如圖1所示。由表2可知,兩對(duì)引物的預(yù)計(jì)擴(kuò)增片段大小分別為595 bp和419 bp;而圖1顯示的電泳條帶大小與預(yù)測(cè)值相一致,表明這兩對(duì)引物能夠擴(kuò)增出預(yù)計(jì)的核酸序列,滿足特異性的基本要求。擴(kuò)增產(chǎn)物需要測(cè)序來進(jìn)一步驗(yàn)證擴(kuò)增特異性。將PCR擴(kuò)增產(chǎn)物純化后送至上海生工進(jìn)行測(cè)序。分別使用引物Met1-f和Met2-f進(jìn)行單向測(cè)序,測(cè)序結(jié)果見表3。測(cè)序所得的堿基長度分別為545bp和357 bp??紤]到引物測(cè)序一般從引物位置后面30~50個(gè)堿基處才能開始得到可讀序列,實(shí)際的PCR產(chǎn)物大小需要在545bp和357bp基礎(chǔ)上再加上30~50個(gè)堿基,這樣就完全符合595 bp和419 bp的預(yù)期大小。將表3序列在美國國家生物技術(shù)信息中心(national center of biotechnology information,NCBI)中進(jìn)行BLAST驗(yàn)證,確認(rèn)其均為甲烷囊菌目標(biāo)序列。

        圖1 兩對(duì)引物特異性驗(yàn)證結(jié)果Fig.1 Verification results of specificity of two pairs of primers

        表3 PCR產(chǎn)物單向測(cè)序結(jié)果Table3 PCR product sequencing results using forward primers

        2.3 實(shí)時(shí)熒光定量PCR

        RT-QPCR的熔解曲線是衡量引物特異性的一個(gè)重要指標(biāo)。本研究預(yù)期的熔解曲線是一個(gè)主峰下有很多熔點(diǎn)非常接近的次峰。這是因?yàn)閿U(kuò)增出來的是一組大小和熔點(diǎn)都非常接近的DNA片段。兩對(duì)引物的熔解曲線見圖2,RT-QPCR定量計(jì)算結(jié)果見圖3。由圖2可知,Met1為引物的熔解曲線中含有少量(Tm)值有明顯偏差的小峰;雖然對(duì)定量結(jié)果影響不大,但是值得在應(yīng)用過程中加以關(guān)注和繼續(xù)評(píng)估。由圖3可知,兩對(duì)引物的定量結(jié)果的基本趨勢(shì)也是一致的,就是甲烷囊菌含量在樣本中含量的明顯趨勢(shì)為老窖池>新窖池。即使在老廠區(qū)的窖泥樣本中也有一些甲烷囊菌含量偏低(如3、5、6號(hào)樣本),其中可能的具體原因有待于確認(rèn),可能來自樣本取樣的不均勻性。每個(gè)窖池的窖泥雖然都是9點(diǎn)取樣并混合[21],但是窖泥粘性很大,很難混合均勻;加上本次研究取樣時(shí)每個(gè)混合樣本中只取出200 mg,很可能帶來一定的樣本均勻性問題。

        從窖泥宏基因組的高通量測(cè)序結(jié)果來看[17],甲烷囊菌在樣本中的豐度排名為第7位,屬于高豐度菌屬。但是其他種類的甲烷菌屬豐度排名都在45名以后,比如Methanocorpusculum排第45名,Methanobacterium排第62名,Methanobrevibacter排第86名,Methanofollis排第88名。這個(gè)豐度排名數(shù)據(jù)提示Methanoculleus應(yīng)該是濃香型白酒釀造過程中“種間氫轉(zhuǎn)移”的主要參與菌屬。本研究對(duì)18個(gè)古井窖泥樣本的初步檢測(cè)結(jié)果表明,老窖池窖泥對(duì)應(yīng)的基因組DNA溶液中甲烷囊菌DNA的拷貝數(shù)大概在2000×108個(gè)/L(圖3),最終換算的結(jié)果是每毫克窖泥中甲烷囊菌DNA目標(biāo)片段的個(gè)數(shù)大概為1.5×106個(gè)。這個(gè)含量的準(zhǔn)確度還可以在后續(xù)的研究中進(jìn)一步驗(yàn)證。不過,未來確實(shí)需要檢測(cè)發(fā)酵過程中不同甲烷菌屬的動(dòng)態(tài)變化過程,同時(shí)要逐步研究還需要哪些其他的厭氧菌協(xié)同完成上述“種間氫轉(zhuǎn)移”過程。

        圖2 兩對(duì)引物實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)的熔解曲線Fig.2 Melting curves of real-time RT-QPCR of two pairs of primers

        圖3 兩對(duì)引物的實(shí)時(shí)定量聚合酶鏈反應(yīng)結(jié)果Fig.3 Results of RT-QPCR of two pairs of primers

        已知甲烷囊菌的特異性引物非常少[12]。本研究的兩對(duì)引物為研究人員提供了更多選擇。鑒于甲烷菌屬在濃香型白酒發(fā)酵過程中的作用非常獨(dú)特,后續(xù)需要對(duì)不同的甲烷菌屬都要設(shè)計(jì)更多更好的PCR引物。本研究并沒有比較已知甲烷囊菌引物與2對(duì)引物在測(cè)定18個(gè)樣本中的特異性差異和QPCR定量結(jié)果差異。主要原因在于,一是菌群中既有的基因組序列背景信息很有限,這決定了引物的特異性還達(dá)不到100%;另外,不同白酒的不同發(fā)酵樣本中菌群的組成差異非常大,而幾對(duì)引物面向不同菌群基因組背景時(shí)各自表現(xiàn)出來的特異性程度肯定是不同的。所以到底哪一對(duì)引物的特異性最好取決于使用的具體的樣本,研發(fā)人員需要在實(shí)際的測(cè)試過程中找到適合所用樣本的最佳引物。

        3 結(jié)論

        本研究以古井貢酒窖泥中的甲烷囊菌為研究對(duì)象,通過使用傅里葉轉(zhuǎn)換多序列比對(duì)(MAFFT)工具,分析了甲烷囊菌屬在古井貢酒窖泥中含量前30屬中的SNP情況,選出了3個(gè)效果最好的SNP位點(diǎn),并據(jù)此設(shè)計(jì)出兩對(duì)甲烷囊菌屬特異性引物。特異性檢測(cè)表明,兩對(duì)引物從窖泥混合宏基因組樣本中擴(kuò)增出來的兩段序列皆屬于甲烷囊菌屬,可以用于RT-QPCR測(cè)定古井貢酒窖泥樣本中該菌屬的含量,發(fā)現(xiàn)老窖池優(yōu)質(zhì)窖泥中的甲烷囊菌含量最多,是新窖池普通窖泥4 000多倍??紤]到甲烷囊菌在濃香型白酒窖泥中比較廣泛存在,本研究所報(bào)道的兩對(duì)引物應(yīng)該可以在其他不同種類的白酒窖泥中所測(cè)試和應(yīng)用。另外,本研究提供的甲烷囊菌屬的特異性測(cè)定方法與濃香型白酒窖泥質(zhì)量評(píng)價(jià)有直接的相關(guān)性。窖泥質(zhì)量一般從窖泥感官、理化指標(biāo)、微生物組成及基礎(chǔ)酒產(chǎn)質(zhì)量等方面綜合評(píng)判。單獨(dú)任何一種因素往往只能作為輔助評(píng)判的工具。研究組前期多項(xiàng)研究已經(jīng)發(fā)現(xiàn)古井貢酒老窖池的優(yōu)質(zhì)窖泥其甲烷囊菌平均含量一直比新窖池的普通窖泥明顯要高很多,所以通過窖泥中甲烷囊菌DNA目標(biāo)片段的定量測(cè)定可以輔助評(píng)估窖泥的質(zhì)量。

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