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        新型2-喹諾酮類Polo樣激酶1抑制劑的設計合成及分子對接研究

        2019-04-02 11:34:16王濤彭濤溫曉雪王剛張首國王林
        生物技術通訊 2019年1期
        關鍵詞:通法中間體喹諾酮

        王濤,彭濤,溫曉雪,王剛,張首國,王林

        1.北京工業(yè)大學 生命科學與生物工程學院,北京100124;

        2.軍事科學院 軍事醫(yī)學研究院 輻射醫(yī)學研究所,北京100850

        Polo樣激酶(Polo-like kinases,Plks)是一類結構和功能高度保守的絲/蘇氨酸蛋白激酶,包括Plk1、Plk2(SNK)、Plk3(FNK或PRK)、Plk4(SAK)和Plk5共5種亞型,在細胞有絲分裂中發(fā)揮至關重要的作用[1]。對Plks家族中Plk1的研究最為廣泛。Plk1除了控制細胞有絲分裂以外,還在中心體成熟、調節(jié)微管組織等過程中起重要作用[2]。研究發(fā)現Plk1在多種人類腫瘤細胞,包括乳腺癌、非小細胞肺癌、前列腺癌、胰腺癌等中呈過表達狀態(tài),但在正常組織中的表達很少[3]。因此Plk1被確定為癌癥診斷和預后的標志分子,成為腫瘤治療的有效靶點之一。

        ON 01910(圖1)是Onconava公司研發(fā)的抗腫瘤藥物,屬于非ATP競爭性Plk1小分子抑制劑,半抑制濃度(IC50)為9~10 nmol/L,通過與酶底物結合位點直接結合,導致細胞多級紡錘體和中心體異常,使細胞分裂阻滯在G2/M期,最終誘導腫瘤細胞凋亡[4]。研究表明,ON 01910對多種人類腫瘤細胞株(包括多種耐藥細胞株)具有廣譜抑制活性,IC50為50~250 nmol/L[5]。ON 01910的 鈉鹽Rigosertib當前處于Ⅲ期臨床研究階段。

        計算機輔助藥物設計通過模擬小分子配體與生物大分子受體的結構,計算配體與受體之間的相互作用模式和結合親和力,達到合理設計或改造藥物分子的目的。分子對接是計算機輔助藥物設計中應用最廣泛的研究方法:將小分子配體對接到受體的活性口袋,并搜索合理的取向和構象,使得它們之間的形狀和相互作用達到最佳匹配[6],并同時參考打分情況(即計算小分子-生物大分子的結合自由能),評價、比較化合物結構的優(yōu)劣。計算機輔助藥物設計在藥物研發(fā)實際應用中取得了很大成就,如HIV整合酶抑制劑的設計[7-8]、PI3K抑制劑的設 計[9-10]、Bcl-2蛋白抑 制劑的設計[11-12]等。

        本研究中,我們以ON 01910為先導化合物,結合其同類化合物的構效關系規(guī)律,利用生物電子等排原理,設計出16個芐砜2-喹諾酮類化合物(圖2)。采用計算機輔助軟件Autodock將此16個化合物與Plk1進行虛擬篩選和分子對接,對結果進行簇分析,驗證化合物結構設計的合理性。最終合成了目標化合物,獲得了理化常數,并對結構進行了確證。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        各種試劑均為分析純(北京伊諾凱科技有限公司,國藥集團化學試劑公司,Acros公司);RP5002K型電子分析天平(常州銳品精密儀器有限公司);RY-1型熔點儀(溫度未經校正,天津市天分分析儀器廠);JNM-ECA-400超導核磁共振波譜儀(日本電子株式會社);RE-52型旋轉蒸發(fā)儀(上海亞榮生化儀器廠)。

        1.2 分子對接

        從Protein Data Bank(PDB庫,http://www.rcsb.org)下載Plk1(2RKU)的受體蛋白。蛋白結構的預處理在Discovery Studio 2.5軟件中進行,去除受體蛋白中的內源性配體和一些不必要的水分子、金屬離子,加氫,結構優(yōu)化;同時對設計的化合物進行加氫和結構優(yōu)化。采用Autodock軟件進行分子對接,每個化合物生成100種構象,選取打分最高的構象進行簇分析,以結合自由能(bind?ing energy)進行打分。

        1.3 化合物的合成

        圖1 ON 01910的結構式

        圖2 芐砜2-喹諾酮類化合物結構通式

        1.3.1 目標化合物的合成路線以取代的氯芐或溴芐為起始原料,先與巰基乙酸發(fā)生取代反應得到中間體2a~2h,然后被雙氧水氧化為芐基磺酰基乙酸3a~3h,再與(間甲氧基)苯胺發(fā)生?;磻玫街虚g體4a~4p,最后經環(huán)化縮合、水解反應得到目標化合物6a~6p(合成路線見圖3)。

        1.3.2 中間體2a~2h的合成通法[13](以2a為例)稱取2.20 g(55 mmol)氫氧化鈉,溶于25 mL無水甲醇,冰浴條件下加入2.53 g(27.5 mmol)巰基乙酸和6.25 g(25 mmol)3-溴溴芐(1a),溶液逐漸變?yōu)槿榘咨? h反應完全。減壓蒸除甲醇,所得白色固體溶于80 mL水,滴加稀鹽酸至pH2.0,有大量白色固體析出。減壓抽濾、水洗、干燥得5.98 g白色固體2a,產率91.7%,m.p.87~89℃。無須純化,直接投入下一步反應。

        同法分別以1b~1h代替1a制得中間體2b~2h。2b,產率91.2%,m.p.73~76℃;2c,產率72.6%,液 體;2d,產 率94.6%,m.p.49~51℃;2e,產 率96.1%,m.p.63~66℃;2f,產率98.5%,液體;2 g,產率94.8%,液體;2 h,產率64.3%,液體。

        1.3.3 中間體3a~3h的合成通法[14](以3a為例)稱取3.52 g(13.5 mmol)3-溴芐硫基乙酸(2a)溶于15 mL冰醋酸,冰浴條件下滴加5.4 mL(54.0 mmol)30%過氧化氫溶液。室溫攪拌10 min后55℃油浴加熱反應,4 h反應完全。反應液倒入150 mL冰水中,有固體析出,抽濾、洗滌、干燥得3.39 g白色固體3a,產率85.8%,m.p.179~181℃。無須純化,直接投入下一步反應。

        同法分別以2b~2h代替2a制得中間體3b~3h。3b,產 率87.7%,m.p.177~179℃;3c,產 率70.0%,m.p.133~135℃;3 d,產率78.7%,m.p.175~177℃;3e,產率89.7%,m.p.161.5~163℃;3f,產率58.9%,m.p.134.5~136℃;3 g,產率60.5%,m.p.160~164℃;3 h,產率73.5%,m.p.157~159℃。

        1.3.4 中間體4a~4p的合成通法[15](以4a為例)稱取2.49 g(10 mmol)中間體3a和0.93 g(10 mmol)苯胺,懸浮于50 mL二氯甲烷,冰浴條件下相繼加入0.06 g DMAP和2.11 g EDCI(11 mmol)。室溫下1 h反應完全,加入30 mL二氯甲烷進行稀釋,依次用飽和碳酸鈉水溶液(30 mL×2)、稀鹽酸(30 mL×1)和飽和氯化鈉水溶液(30 mL×1)洗滌,無水硫酸鈉干燥。蒸除溶劑得3.21 g白色固體4a,產率87.2%,m.p.173~175℃。無須純化,直接投入下一步反應。

        同法以3b~3h代替3a分別與苯胺和對甲氧基苯胺反應,制得中間體4b~4p。4b,產率90.7%,m.p.203~205℃;4c,產率88.4%,m.p.111~113℃;4 d,產率91.3%,m.p.146~148℃;4e,產率87.3%,m.p.141~143℃;4f,產率81.0%,m.p.53~55℃;4g,產率83.2%,m.p.176~178℃;4 h,產率87.7%,m.p.177~179℃;4i,產 率88.0%,m.p.213~215℃;4j,產 率81.1%,m.p.221~224℃;4k,產率78.3%,m.p.167~169℃;4l,產率88.7%,m.p.175~177℃;4m,產率89.5%,m.p.145~147℃;4n,產率88.4%,m.p.137~139℃;4o,產率80.6%,m.p.191~193℃;4p,產率81.5%,m.p.169~171℃。

        (iii)假定群決策問題的決策標準集為U={u1,u2,…,um},且有標準的權重向量為w=(w1,w2,…,

        圖3 目標化合物(6a~6p)的合成路線

        1.3.5 中間體5a~5p的合成通法[16](以5a為例)量取2 mL DMF,冰浴條件下緩慢滴加10 mL三氯氧磷,0.5 h后緩慢加入1.19 g(3 mmol)中間體4a,室溫攪拌15 min后75℃加熱反應,4 h反應完全。反應液倒入80 mL冰水中,有黃色固體析出,用二氯甲烷(25 mL×3)萃取,合并有機相,飽和氯化鈉水溶液(20 mL×1)洗滌,無水硫酸鈉干燥,柱層析分離(石油醚∶乙酸乙酯3∶1)得0.29 g白色固體5a,產率21.7%,m.p.176~178℃。

        同法分別以4b~4p代替4a制得中間體5b~5p。5b,產 率21.5%,m.p.254~256℃;5c,產 率24.7%,m.p.154~156℃;5d,產率21.8%,m.p.191~193℃;5e,產 率22.9%,m.p.165~167℃;5f,產 率21.6%,m.p.167~169℃;5 g,產率25.1%,m.p.200~202℃;5 h,產率25.3%,m.p.218~220℃;5i,產率22.8%,m.p.185~187℃;5j,產 率28.3%,m.p.239~241℃;5k,產 率23.9%,m.p.168~170℃;5l,產 率22.0%,m.p.196~198℃;5m,產率23.7%,m.p.196~198℃;5n,產率23.6%,m.p.193~195℃;5o,產 率29.1%,m.p.198~200℃;5p,產率26.0%,m.p.207~209℃。

        1.3.6 目標化合物6a~6p的合成通法[17](以6a為例)稱取0.19 g(0.45 mmol)中間體5a懸浮于10 mL冰醋酸中,加入2 mL 2 mol/L鹽酸,加熱回流,原料逐漸溶解,24 h反應完全。反應液冷卻至室溫,倒入80 mL冰水中,有固體析出,用二氯甲烷萃?。?5 mL×2),合并、水洗,柱層析分離(石油醚∶乙酸乙酯1∶1)得0.10 g黃色固體6a,產率66.2%,m.p.249~251℃。

        同法分別以5b~5p代替5a制得目標化合物6b~6p。6b,產率54.9%,m.p.308~310℃;6c,產率50.5%,m.p.221~223℃;6d,產率52.4%,m.p.304~306℃;6e,產 率52.7%,m.p.252~254℃;6f,產 率53.0%,m.p.286~288℃;6 g,產率57.8%,m.p.249~251℃;6 h,產率55.6%,m.p.240~242℃;6i,產率55.0%,m.p.275~277℃;6j,產 率52.4%,m.p.280~282℃;6k,產 率52.7%,m.p.209~211℃;6l,產 率55.7%,m.p.>300℃;6m,產 率55.6%,m.p.267~269℃;6n,產 率58.6%,m.p.>300℃;6o,產 率59.3%,m.p.273~275℃;6p,產率57.8%,m.p.254~256℃。結構測試數據見正文2.2部分。

        2 結果

        2.1 目標化合物與Plk1的分子對接結果

        從化合物與Plk1的結合作用模式(圖4)可以看出,設計的化合物6m結構中磺?;⊿O2)的2個氧原子均能與結合位點的氨基酸殘基Phe A64形成氫鍵;2-喹諾酮片段中酰胺的羰基氧分別與Lys A82形成氫鍵、與Gly A196形成范德華力,氨基氫原子能與Asp A84形成氫鍵。綜合上述兩因素,化合物6m分子中2-喹諾酮磺酰基片段與Plk1之間存在更多的作用力,使得整個分子結構與Plk1的結合力更強,對接效果優(yōu)于先導化合物ON 01910。

        小分子化合物與蛋白分子結合的自由能越小、抑制常數越小,則表示兩者之間的結合力越強,結合越緊密。簇分析結果(表1)表明,設計的化合物中有15個與Plk1的結合自由能和抑制常數均比ON 01910的小,與Plk1的結合力均有明顯提升,表明化合物結構設計是合理的?;衔?m與Plk1的結合自由能最小,為-6.52 kcal/mol,即與Plk1的結合最緊密。

        圖4 ON 01910(A)、化合物6m(B)與Plk1的結合模式

        2.2 化合物的結構鑒定:

        核磁共振氫譜(1H-NMR)數據與目標化合物結構一致,證實所得化合物結構正確。

        6b:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:4.90(s,2H,-CH2),7.24(d,J=8.8 Hz,2H,Ar-H),7.28(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.41(d,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.54(d,J=8.8 Hz,2H,Ar-H),7.70(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.93(d,J=6.8 Hz,1H,Ar-H),8.55(s,1H,=CH-),12.59(s,1H,-NH-CO-)。

        6c:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:3.66(s,3H,-OCH3),4.86(s,2H,-CH2),6.86(t,J=8.0 Hz,3H,Ar-H),7.21(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.27(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.40(d,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.70(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.91(d,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),8.54(s,1H,=CH-),12.58(s,1H,-NH-CO-)。

        表1 化合物與Plk1分子對接簇分析結果

        6d:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:5.06(s,2H,-CH2),7.25~7.31(m,2H,Ar-H),7.37(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.40~7.44(m,2H,Ar-H),7.64(d,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.72(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.95(d,J=6.8 Hz,1H,Ar-H),8.58(s,1H,=CH-),12.58(s,1H,-NH-CO-)。

        6e:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:4.94(s,2H,-CH2),7.10(d,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.14(d,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.17(d,J=2.0 Hz,1H,Ar-H),7.28(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.37(q,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.41(d,J=8.4 Hz,1H,Ar-H),7.70(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.92(d,J=6.8 Hz,1H,Ar-H),8.56(s,1H,=CH-),12.59(s,1H,-NHCO-)。

        6f:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:4.95(s,2H,-CH2),7.16(d,J=2.4 Hz,1H,Ar-H),7.19(d,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.28(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.35~7.40(m,2H,Ar-H),7.42(d,J=8.4 Hz,1H,Ar-H),7.71(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.93(d,J=6.8 Hz,1H,Ar-H),8.55(s,1H,=CH-),12.58(s,1H,-NH-CO-)。

        6g:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:4.90(s,2H,-CH2),7.16(t,J=8.4 Hz,2H,Ar-H),7.27(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.33(t,J=8.4 Hz,2H,Ar-H),7.41(d,J=8.4 Hz,1H,Ar-H),7.70(t,J=8.4 Hz,1H,Ar-H),7.92(d,J=6.8 Hz,1H,Ar-H),8.54(s,1H,=CH-),12.58(s,1H,-NH-CO-)。

        6h:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:3.68(s,3H,-OCH3),4.81(s,2H,-CH2),6.87(d,J=8.4 Hz,2H,Ar-H),7.19(d,J=8.4 Hz,2H,Ar-H),7.27(t,J=8.4 Hz,1H,Ar-H),7.40(d,J=8.4 Hz,1H,Ar-H),7.69(t,J=8.4 Hz,1H,Ar-H),7.91(d,J=6.8 Hz,1H,Ar-H),8.52(s,1H,=CH-),12.56(s,1H,-NH-CO-)。

        6i:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:3.76(s,3H,-OCH3),4.90(s,2H,-CH2),7.16(t,J=8.8 Hz,2H,Ar-H),7.32(t,J=8.0 Hz,2H,Ar-H),7.36(d,J=2.0 Hz,2H,Ar-H),7.49(s,1H,Ar-H),8.47(s,1H,=CH-),12.50(s,1H,-NH-CO-)。

        6j:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:3.76(s,3H,-OCH3),4.90(s,2H,-CH2),7.23(d,J=8.4 Hz,2H,Ar-H),7.36(d,J=2.0 Hz,2H,Ar-H),7.49(s,1H,Ar-H),7.53(d,J=8.4 Hz,2H,Ar-H),8.47(s,1H,=CH-),12.51(s,1H,-NH-CO-)。

        6k:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:3.66(s,3H,-OCH3),3.75(s,3H,-OCH3),4.87(s,2H,-CH2),6.84(t,J=8.0 Hz,3H,Ar-H),7.21(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.35(s,2H,Ar-H),7.49(s,1H,Ar-H),8.47(s,1H,=CH-),12.50(s,1H,-NHCO-)。

        6l:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:3.76(s,3H,-OCH3),4.95(s,2H,-CH2),7.09(d,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.15(t,J=8.0 Hz,2H,Ar-H),7.33~7.38(m,3H,Ar-H),7.50(s,1H,Ar-H),8.49(s,1H,=CH-),12.52(s,1H,-NH-CO-)。

        6m:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:3.76(s,3H,-OCH3),5.06(s,2H,-CH2),7.27(t,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),7.35~7.40(m,4H,Ar-H),7.52(s,1H,Ar-H),7.64(d,J=8.0 Hz,1H,Ar-H),8.52(s,1H,=CH-),12.50(s,1H,-NH-CO-)。

        6n:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:3.76(s,3H,-OCH3),4.94(s,2H,-CH2),7.21(d,J=3.2 Hz,1H,Ar-H),7.32~7.40(m,5H,Ar-H),7.50(s,1H,Ar-H),8.50(s,1H,=CH-),12.54(s,1H,-NH-CO-)。

        6o:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:3.76(s,3H,-OCH3),4.93(s,2H,-CH2),7.26(q,2H,Ar-H),7.36(d,J=2.0 Hz,2H,Ar-H),7.51(d,3H,Ar-H),8.51(s,1H,=CH-),12.54(s,1H,-NHCO-)。

        6p:1H-NMR(400 MHz,DMSO-d6)δ:3.68(s,3H,-OCH3),3.75(s,3H,-OCH3),4.82(s,2H,-CH2),6.86(d,J=8.8 Hz,2H,Ar-H),7.18(d,J=8.8 Hz,2H,Ar-H),7.34(s,2H,Ar-H),7.48(s,1H,Ar-H),8.45(s,1H,=CH-),12.48(s,1H,-NH-CO-)。

        3 討論

        Plk1是抗腫瘤藥物研發(fā)的關鍵靶點,近年來文獻報道了多個Plk1小分子抑制劑,有一些已進入臨床研究階段,但迄今尚無Plk1抑制劑獲準上市。本研究以ON 01910為先導化合物,運用生物電子等排原理,設計了16個芐砜2-喹諾酮類化合物,其中15個為新化合物。利用計算機輔助設計軟件分析了此16個化合物與Plk1蛋白的結合方式及穩(wěn)定性,結果表明與ON 01910相比,該類化合物與Plk1的結合更穩(wěn)定,從理論上證實了該類化合物結構設計的合理性?;衔飳lk1的抑制活性有待通過實體篩選實驗進行評價。目標化合物的合成路線簡便,條件溫和,試劑易得。以上結果為新型Plk1抑制劑的設計合成提供了理論參考,也為芐砜2-喹諾酮類化合物的結構優(yōu)化和活性評價奠定了基礎。

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