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        新疆南疆部分地區(qū) 3 種璃眼蜱的分子生物學(xué)鑒定

        2019-01-29 06:16:30李凱瑞張路瑤劉永宏
        西北農(nóng)業(yè)學(xué)報 2018年12期
        關(guān)鍵詞:登錄號阿克蘇地區(qū)形態(tài)學(xué)

        李凱瑞,李 飛,2,何 波,張路瑤,3,趙 麗,4,劉永宏,4

        (1.塔里木大學(xué) 動物科學(xué)學(xué)院,新疆阿拉爾 843300;2.新疆阿克蘇地區(qū)動物疫病控制診斷中心,新疆阿克蘇 843000;3.巴里坤哈薩克自治縣畜牧獸醫(yī)工作站,新疆哈密 839200; 4.新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團塔里木畜牧科技重點實驗室,新疆阿拉爾 843300)

        蜱隸屬節(jié)肢動物門(Arthropoda)蜘蛛綱(Arachnida)螨亞綱(Acari)寄螨總目(Parasitiformes)蜱目(Ixodida)蜱總科(Ixodoidea),是一類專性吸血的體外寄生蟲,能寄生包括人在內(nèi)的多種脊椎動物[1-2]。對宿主最直接的危害為生產(chǎn)性能降低和增量變慢,嚴重的會導(dǎo)致死亡。除直接危害,蜱也是傳染性動物疾病最常見的媒介,能夠傳播多種病原,包括細菌、病毒、血液原蟲、螺旋體和立克次體等,對人類、寵物、野生動物和牲畜構(gòu)成嚴重威脅,在很大程度上給診斷和防治帶來嚴峻挑戰(zhàn)[3-4]。

        全世界蜱類大約900多種,分為3個科:硬蜱科(Ixodidae)、軟蜱科(Argasidae)和納蜱科(Nuttalliellidae)。硬蜱科中的璃眼蜱屬(Hyalomma)包括3個亞屬,共有27個種。中國的璃眼蜱均屬于同一亞屬,已記載的有9個種[5-6]。新疆是中國陸地面積最大的省級行政區(qū),占中國總面積的1/6,無論是地理氣候,還是牲畜種群,都為蜱提供良好的生存環(huán)境,其中天山橫亙于新疆中部,把新疆分為南疆和北疆,璃眼蜱屬是南疆的優(yōu)勢蜱屬之一[7]。

        蜱類的鑒定主要有形態(tài)學(xué)鑒定和分子生物學(xué)鑒定,后者近年在系統(tǒng)分類學(xué)中的應(yīng)用越來越廣泛[8]。常用鑒定基因有:核糖體RNA基因,分為18S rRNA、28S rRNA、5.8S rRNA、非轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(NTS)、轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS)和基因間隔區(qū)(IGS);線粒體DNA,分為12S rRNA、16S rRNA、細胞色素氧化酶、細胞色素b、22個tRNA和2個ATP酶基因[9-10]。線粒體DNA中的12S rDNA和16S rDNA通常用來分析蜱的種間變異、種內(nèi)變異和種群水平,在多個蜱種中均有應(yīng)用[11-13]。這2個基因均較保守,相比于其他同類基因進化速率不高,可以被通用引物或者保守引物PCR擴增,16S rDNA在蜱的分類系統(tǒng)進化分析中擴增序列可獲得更多位點信息,擴增的物種也更多[14]。本研究通過12S rDNA和16S rDNA進行分子生物學(xué)鑒定,確定南疆部分地區(qū)璃眼蜱分布情況,為蜱傳病的流行病學(xué)調(diào)查及疫病風(fēng)險防控工作提供理論依據(jù)。

        1 材料與方法

        1.1 材 料

        1.1.1 蜱 共采集559只璃眼蜱屬蜱,采集時間、地點和分布見表1。

        表1 蜱的來源Table 1 Source of ticks collection

        1.1.2 主要試劑及儀器 TaKaRa MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction Kit Ver.5.0 (Code No. 9765)、PremixTaqTM(TaKaRaTaqTMvesion 2.0)(Code No. R004A)和DNA marker DL2000(Code No. 3427A)購自寶生物工程(大連)有限公司。PCR儀(TC-5000,Bibby scientific Ltd),小型高速冷凍離心機(R134a, Hermetically sealed refigeration system),電泳儀(DYY-12,北京市六一儀器廠),紫外分析儀(JY02S,北京君意東方電泳儀設(shè)備有限公司)等。

        1.1.3 線粒體 12S rDNA和 16S rDNA基因擴增引物 蜱類線粒體12S rDNA和16S rDNA特異性基因片段PCR擴增引物[15-16]由生工生物工程(上海)股份有限公司合成,序列見表2。

        1.1.4 蜱物種鑒定參考序列 亞洲璃眼蜱、小亞璃眼蜱和殘緣璃眼蜱物種鑒定所選取的參考序列見表3。

        表2 蜱 12S rDNA和 16S rDNA基因片段擴增引物Table 2 Primers for amplification of 12S rDNA and 16S rDNA gene fragments of ticks

        注: W 對 A 或 T(W 為兼并引物,表明該位置2種堿基擇1)。

        Note:W pairs A or T (W is merger primer to indicate location of two bases).

        表3 蜱物種鑒定參考序列Table 3 sequences for identification of tick species

        1.2 方 法

        試驗在新疆阿拉爾市塔里木大學(xué)動物科學(xué)學(xué)院和新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團塔里木畜牧科技重點實驗室進行。

        1.2.1 蜱樣本篩選 收集新疆南疆蜱蟲樣本,通過形態(tài)學(xué)鑒定初步篩選出璃眼蜱屬蜱做好標記,用蒸餾水反復(fù)沖洗掉體表的異物,置于滴加甘油的φ=75%酒精中保存,供鑒定,其他于-20 ℃保存,備用。

        1.2.2 蜱DNA提取 選取要鑒定的璃眼蜱樣本,將蜱依次在φ=50%、φ=30%、φ=10%的酒精、自來水和蒸餾水中各浸泡1 h。清洗潔凈后,剪成小塊置于EP滅菌管中,根據(jù)TaKaRa MiniBEST Universal Genomic DNA Extraction KitVer. 5.0試劑盒說明提取蜱組織DNA。

        1.2.3 分子生物學(xué)鑒定根據(jù)TakaRaTaqTMVersion 2.0試劑盒說明設(shè)置12S rDNA和16S rDNA基因PCR反應(yīng)體系,具體見表4。

        表4 PCR 反應(yīng)體系Table 4 PCR reaction system

        12S rDNA基因PCR反應(yīng)條件:94 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃變性15 s,51 ℃退火30 s,68 ℃延伸30 s,5個循環(huán);94 ℃變性15 s,53 ℃退火30 s,70 ℃延伸30 s,25個循環(huán);70 ℃延伸5 min。

        16S rDNA基因PCR反應(yīng)條件:94 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃變性30 s,49 ℃退火30 s,68 ℃延伸30 s,5個循環(huán);94 ℃變性30 s,47 ℃退火30 s,68 ℃延伸30 s,5個循環(huán);94 ℃變性30 s,45 ℃退火30 s,68 ℃延伸30 s,5個循環(huán);94 ℃變性30 s,43 ℃退火30 s,68 ℃延伸30 s,25個循環(huán);68 ℃延伸5 min。

        1.2.4 電泳及凝膠成像觀察 取5 μL PCR產(chǎn)物用15 g/L瓊脂糖凝膠電泳檢測,凝膠成像系統(tǒng)觀察結(jié)果并記錄。

        1.2.5 測序及序列分析 將PCR陽性產(chǎn)物送生工生物工程(上海)股份有限公司測序,利用鄰接法(Neighbor-joining method, NJ)將測序結(jié)果與亞洲璃眼蜱、小亞璃眼蜱和璃眼蜱屬其他序列,以及圖蘭扇頭蜱(Rhipicephalusturanicus)、血紅扇頭蜱(Rhipicephalussanguineus)、波斯銳緣蜱(Argaspersicus)、銳跗硬蜱(Ixodesacutitarsus)和蠕形螨(Demodexcanis)作為外緣種(Outgroup)進行同源性及系統(tǒng)進化分析。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 PCR擴增

        提取經(jīng)形態(tài)學(xué)鑒定為璃眼蜱屬13只蜱的基因組DNA, 對12S rDNA和16S rDNA基因進行PCR擴增。由圖 1 和圖 2 可知,試驗陰、陽性對照成立,且樣品獲得目的片段與預(yù)期大小一致。初步分析12S rDNA和16S rDNA基因均成功擴增,蜱種類確定需要結(jié)合測序結(jié)果進行分析。

        M. DNA分子質(zhì)量標準 DL2000 DNA marker DL2000; 1.陽性對照 Positive control; 2. 陰性對照 Negative control; 3~10. 12S rDNA 基因 12S rDNA gene

        M. DNA分子質(zhì)量標準 DL2000 DNA marker DL2000; 1~8. 16S rDNA 基因 16S rDNA gene; 9. 陰性對照 Negative control; 10. 陽性對照 Positive control

        2.2 12S rDNA序列分析

        基于璃眼蜱12S rDNA基因擴增片段,13段自測序列間的同源性為85.7%~99.7%。1、5、7、11、13的同源性較高,2、3、4、8、9、10、12的同源性較高,6與其他序列的同源性均較低(表5)。結(jié)合形態(tài)學(xué)鑒定結(jié)果認為:1、5、7、11、13為同一種璃眼蜱,2、3、4、8、9、10、12為同一種璃眼蜱,6為單獨一種璃眼蜱。

        表5 基于璃眼蜱 12S rDNA基因的13段自測序列同源性比對Table 5 Homology comparison of 13 self test sequences based on 12S rDNA gene fragments of Hyalomma

        同源性分析結(jié)果顯示,序列8與小亞璃眼蜱(登錄號:KF583616)同源性為100%,2、3、4、9、10和12與小亞璃眼蜱(登錄號:KF583616)同源性均為99%;6與亞洲璃眼蜱(登錄號:KF583591)同源性為98%;1和13與殘緣璃眼蜱(登錄號:KF583607)同源性為99%,5、7和11與殘緣璃眼蜱(登錄號:KF583607)同源性為98%。系統(tǒng)進化關(guān)系顯示,1、5、7、11、13與殘緣璃眼蜱位于同一個進化支上;2、3、4、8、9、10、12與小亞璃眼蜱位于同一個進化支上;6與亞洲璃眼蜱位于同一個進化支上,且與不同屬的扇頭蜱和其他外圍群處于不同分支(圖3)。進化樹中,同一屬或同一種的璃眼蜱均能聚為一支,12S rDNA基因可以為這3種璃眼蜱提供分類依據(jù)。綜合序列分析結(jié)果及形態(tài)學(xué)鑒定結(jié)果,可以確定此次采集的璃眼蜱屬于樣本殘緣璃眼蜱、小亞璃眼蜱和亞洲璃眼蜱。

        2.3 16S rDNA序列分析

        測序結(jié)果顯示,序列2(阿克蘇地區(qū)庫車縣)和10與小亞璃眼蜱(登錄號:JX051108)同源性分別為98%和99%,6與亞洲璃眼蜱(登錄號:KU880611)同源性為99%。

        系統(tǒng)進化關(guān)系顯示,2和10與小亞璃眼蜱位于同一個進化支上;6與亞洲璃眼蜱位于同一個進化支上,且與同屬不同種的其他璃眼蜱、不同屬的扇頭蜱及其他外圍群處于不同分支(圖4)。進化樹中,同一屬或同一種的璃眼蜱均能聚類,表明16S rDNA基因可以為小亞璃眼蜱和亞洲璃眼蜱提供分類依據(jù)。

        3 討 論

        近年來,關(guān)于蜱類的研究越來越深入和廣泛。在蜱實驗室人工飼養(yǎng)[17]及制備蜱疫苗候選抗原[18]等諸多研究中,蜱準確分類鑒定是前提和基礎(chǔ)。形態(tài)學(xué)鑒定結(jié)果容易受到外界因素影響,如蜱樣本不完整或處于不同的發(fā)育階段、鑒定人員經(jīng)驗不足、以及形態(tài)非常相似的其他隱藏種和姐妹種等,都會影響鑒定的準確性[19]。目前,常用形態(tài)學(xué)結(jié)合分子生物學(xué)方法進行蜱種類鑒定,從分子水平提高鑒定的準確性,可為蜱類分布提供可靠依據(jù)。本研究基于12S rDNA和16S rDNA基因,將新疆南疆部分地區(qū)形態(tài)學(xué)鑒定的璃眼蜱屬蜱鑒定為3種。

        另一方面,蜱類分布可能會因當?shù)貧夂?、地理分隔和歷史上的國際牲畜貿(mào)易而發(fā)生變化[20]。璃眼蜱屬中小亞璃眼蜱(Hyalommaanatolicum)、亞洲璃眼蜱(Hyalommaasiaticum)和殘緣璃眼蜱(Hyalommadetritum)不同地區(qū)分布均有差別[21]。王冰潔[22]在新疆哈密、克拉瑪依等多個地區(qū)的調(diào)查中得出璃眼蜱的區(qū)系分布指數(shù)由低到高為:亞洲璃眼蜱(H.asiaticum)、殘緣璃眼蜱(H.detritum)和小亞璃眼蜱(H.anatolicum)。劉繼榮等[23]發(fā)現(xiàn)在吉木薩爾縣、木壘縣、布爾津縣和石河子莫索灣等地均有小亞璃眼蜱(H.anatolicum)、亞洲璃眼蜱(H.asiaticum)和殘緣璃眼蜱(H.detritum)分布。蜱在當?shù)胤植嫉南到y(tǒng)性調(diào)查對蜱種群分布變化、新種發(fā)現(xiàn)和蜱傳病的流行病學(xué)評估等至關(guān)重要[24]。本研究確定巴音郭楞蒙古自治州和靜縣、阿克蘇地區(qū)庫車縣、新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團第三師50團、阿克蘇地區(qū)阿瓦提縣、吐魯番地區(qū)鄯善縣分布有小亞璃眼蜱;阿克蘇地區(qū)溫宿縣分布有亞洲璃眼蜱;喀什地區(qū)莎車縣、和田地區(qū)皮山縣、阿克蘇地區(qū)溫宿縣、和田地區(qū)策勒縣、和田地區(qū)和田縣分布有殘緣璃眼蜱。調(diào)查結(jié)果為新疆南疆部分地區(qū)蜱及蜱傳病的防控奠定基礎(chǔ)。

        圖3 12S rDNA基因核苷酸序列NJ法種系發(fā)育進化樹Fig.3 Phylogenetic tree of 12S rDNA gene nucleotide sequence by NJ method

        圖4 16S rDNA基因核苷酸序列NJ法種系發(fā)育進化樹Fig.4 Phylogenetic tree of 16S rDNA gene nucleotide sequence by NJ method

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