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        基于高通量測序分析蝦夷扇貝柱菌群結(jié)構(gòu)及腐敗優(yōu)勢菌

        2018-10-31 00:51:54江艷華王聯(lián)珠許東勤李風(fēng)鈴翟毓秀
        食品科學(xué) 2018年20期
        關(guān)鍵詞:扇貝桿菌屬弧菌

        江艷華,王聯(lián)珠,許東勤,2,李風(fēng)鈴,翟毓秀,張 媛,姚 琳,*

        (1.中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所,農(nóng)業(yè)部水產(chǎn)品質(zhì)量安全檢測與評價重點實驗室,山東 青島 266071;2.上海海洋大學(xué)食品學(xué)院,上海 201306;3.獐子島集團(tuán)股份有限公司,遼寧 大連 116011)

        蝦夷扇貝(Patinopecten yessoensis)隸屬于軟體動物門、瓣鰓綱、異柱目、扇貝科、扇貝屬,是一種冷水性貝類,經(jīng)過近20 a的養(yǎng)殖推廣,目前已在我國渤海及黃海北部形成規(guī)?;彤a(chǎn)業(yè)化養(yǎng)殖,創(chuàng)造了數(shù)十億元的產(chǎn)值,是我國北方最重要的經(jīng)濟(jì)海水養(yǎng)殖貝類之一[1]。蝦夷扇貝個體較大、味道鮮美、營養(yǎng)豐富,深受消費者的青睞[2]。蝦夷扇貝產(chǎn)品形式多樣,大多以貝柱為主,包括鮮凍貝柱、干貝、即食貝柱等。由于蝦夷扇貝柱組織細(xì)嫩、含水量高,在儲運過程中極易發(fā)生腐敗變質(zhì),即使在較低溫環(huán)境下,有些微生物仍然可以繁殖,導(dǎo)致貝柱的變質(zhì)[3]。然而,微生物對蝦夷扇貝柱品質(zhì)變化的影響及作用機(jī)制目前尚不清楚。因此,有必要分析蝦夷扇貝柱中微生物的菌群結(jié)構(gòu)及其在貯藏過程中腐敗后的菌群結(jié)構(gòu),了解相關(guān)微生物種類,為進(jìn)一步研究微生物在蝦夷扇貝柱品質(zhì)劣化中的作用提供基礎(chǔ)資料。

        傳統(tǒng)的微生物菌群分析采用培養(yǎng)分離法,然而大多數(shù)環(huán)境微生物對培養(yǎng)條件要求苛刻,能夠培養(yǎng)分離出的微生物僅占樣品的1%~10%,無法解析微生物的組成及豐度情況[4]。隨著宏基因組學(xué)概念的提出和高通量測序技術(shù)的發(fā)展,使樣品中不可培養(yǎng)的微生物、低豐度的微生物均能被檢測出,更完整地反映樣品中微生物的群落特征,使菌群的分析更準(zhǔn)確和快速,目前已經(jīng)得到廣泛的應(yīng)用[5-8]。本研究采用宏基因組結(jié)合Illumina MiSeq高通量測序技術(shù)分析蝦夷扇貝柱的菌群和腐敗菌群,同時與平板分離結(jié)合高通量測序技術(shù)獲得可培養(yǎng)菌群和腐敗菌群的結(jié)構(gòu)特征進(jìn)行比對,為進(jìn)一步探討微生物與蝦夷扇貝柱品質(zhì)的相關(guān)性研究提供參考基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 材料與試劑

        蝦夷扇貝由獐子島集團(tuán)股份有限公司提供,為2016年5月采捕,規(guī)格為2 a齡,健康狀態(tài)良好。扇貝于低溫環(huán)境下運抵實驗室后立即處理,處理前仍保持鮮活狀態(tài)。

        2216E瓊脂培養(yǎng)基 北京陸橋技術(shù)股份有限公司;土壤基因組DNA提取試劑盒、細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒 美國Omega公司;10×PCR buffer、dNTPs、Taq酶日本Takara公司;Qubit 2.0 DNA檢測試劑盒 美國Life公司;Agencourt AMPure XP磁珠核酸純化試劑盒德國Beckman公司。

        1.2 儀器與設(shè)備

        T1型聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR)擴(kuò)增儀 德國Biometra公司;PowerPac型電泳儀美國Bio-Rad公司;Infinity3000型凝膠成像系統(tǒng) 法國Vilber公司;Q32866型Qubit?2.0熒光計 美國Invitrogen公司;MiSeq高通量測序儀 美國Illumina公司;3K15型臺式離心機(jī) 德國Sigma公司。

        1.3 方法

        1.3.1 樣品處理

        用潔凈水將蝦夷扇貝外殼沖洗干凈,采用無菌手術(shù)刀小心將貝柱與其他組織分離開,用無菌水沖洗扇貝柱3 遍。將扇貝柱分別放入無菌樣品袋中,置于4、15、25 ℃放置至樣品腐?。ㄆ渲? ℃放置12 d、15 ℃放置4 d、25 ℃放置2 d,以感官和揮發(fā)性鹽基氮作為判定依據(jù))。新鮮扇貝柱和不同溫度下腐敗的扇貝柱分別勻漿后用于基因組DNA的提取。

        1.3.2 宏基因組DNA的提取

        用土壤基因組DNA提取試劑盒提取新鮮扇貝柱及不同溫度下腐敗扇貝柱的宏基因組DNA,新鮮樣品的宏基因組DNA記為BZ,4、15、25 ℃腐敗樣品的宏基因組DNA分別記為BZ4、BZ15、BZ25。

        1.3.3 可培養(yǎng)細(xì)菌基因組DNA的提取

        無菌操作稱取新鮮樣品及25 ℃腐敗樣品各25 g,分別加入225 mL無菌生理鹽水,勻漿后制成1∶10勻液,進(jìn)行10 倍梯度稀釋,取適宜稀釋度勻液100 μL涂布2216E瓊脂平板,30 ℃培養(yǎng)48 h。用無菌的TE緩沖液收集平板上所有菌落,8 000 r/min離心20 min,沉淀用細(xì)菌基因組DNA提取試劑盒提取基因組DNA,即為樣品中可培養(yǎng)細(xì)菌菌群的基因組DNA[9]。新鮮樣品的可培養(yǎng)細(xì)菌菌群的基因組DNA記為BZC,腐敗樣品的可培養(yǎng)細(xì)菌菌群的基因組DNA記為BZC25。

        1.3.4 PCR擴(kuò)增及高通量測序

        將提取的基因組DNA作為模板,擴(kuò)增16S rDNA序列的V3-V4可變區(qū),引物序列上加有接頭序列和測序引物序列,以適應(yīng)MiSeq測序平臺使用,同時正向引物上接有不同堿基的標(biāo)簽(barcode)序列以區(qū)分不同樣品,引物如下:

        341F:5’-CCCTACACGACGCTCTTCCGATCTG(barcode)CCTACGGGNGGCWGCAG-3’,805R:5’-GACTGGAGTTCCTTGGCACCCGAGAATTCCAGAC TACHVGGGTATCTAATCC-3’[10]。

        通過兩輪PCR擴(kuò)增并完成接頭序列的連接。第1輪PCR體系為50 μL反應(yīng)液,含10×PCR buffer 5 μL,2.5 mmol/L dNTPs 2.0 μL,50 μmol/L引物各0.5 μL,5 U/μL Taq酶0.5 μL,DNA模板10 ng。PCR條件為:94 ℃預(yù)變性3 min;94 ℃變性30 s,45 ℃退火 20 s,65 ℃延伸30 s進(jìn)行5 個循環(huán);之后94 ℃變性20 s,55 ℃退火 20 s,72 ℃延伸30 s進(jìn)行20 個循環(huán),最后72 ℃延伸5 min。第2輪PCR體系同第1輪,模板為20 ng,PCR條件為:95 ℃預(yù)變性30 s,然后95 ℃變性15 s,55 ℃退火15 s,72 ℃延伸 30 s進(jìn)行5 個循環(huán),最后72 ℃延伸5 min。PCR結(jié)束后,利用瓊脂糖電泳進(jìn)行鑒定,采用磁珠核酸純化試劑盒對PCR產(chǎn)物進(jìn)行回收。利用Qubit2.0 DNA檢測試劑盒對DNA進(jìn)行定量,依托生工生物工程(上海)股份有限公司的Illumina MiSeq測序平臺進(jìn)行高通量測序。

        1.4 數(shù)據(jù)分析

        對MiSeq測序得到的數(shù)據(jù),首先取出引物接頭序列,再根據(jù)PE reads之間的overlap關(guān)系,將成對的reads拼接成一條序列,隨后根據(jù)barcode區(qū)分樣品得到各樣本數(shù)據(jù),對各樣本序列進(jìn)行質(zhì)量控制,去除序列末端質(zhì)量值20以下的序列,切除含N部分序列,并去除數(shù)據(jù)中的短序列,再對低復(fù)雜度序列進(jìn)行過濾[11]。將多條序列按其序列間的距離進(jìn)行聚類,對相似性在0.97以上的序列進(jìn)行歸并,生成操作分類單元(operational taxonomic units,OTUs)。根據(jù)聚類分析結(jié)果,計算ACE、Chao1、Shannon、Simpson指數(shù)進(jìn)行alpha多樣性分析,其中ACE、Chao1指數(shù)是對菌群豐度進(jìn)行評估,Shannon、Simpson指數(shù)是對菌群多樣性進(jìn)行評估[12]。采用RDP classifier軟件對序列進(jìn)行物種分類,根據(jù)分類學(xué)分析比對結(jié)果,在門、屬等水平上對樣品的菌群結(jié)構(gòu)進(jìn)行種類和豐度分析[13]。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 基因組DNA提取及PCR擴(kuò)增

        提取的宏基因組DNA和可培養(yǎng)細(xì)菌基因組DNA的條帶清晰,有明顯主帶,其中宏基因組DNA有彌散拖尾現(xiàn)象。以提取的基因組DNA作為模板,用16S rDNA V3-V4區(qū)的通用引物均擴(kuò)增出目的片段(圖1),條帶清晰,滿足后續(xù)測序?qū)嶒灥囊蟆?/p>

        圖1 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳圖Fig. 1 Electrophoretogram of PCR amplified products

        2.2 菌群測序結(jié)果質(zhì)量分析

        表1 蝦夷扇貝柱新鮮及腐敗樣品菌群的alpha多樣性比較Table 1 Alpha diversity of bacterial fl ora in fresh and spoiled adductors of P. yessoensis

        樣品的基因組DNA經(jīng)PCR擴(kuò)增16S rDNA V3-V4區(qū)后進(jìn)行高通量測序,經(jīng)統(tǒng)計分析獲得序列的alpha多樣性,結(jié)果見表1。所有樣本的測序覆蓋率均在93%以上,表明樣品中序列未被測到的概率較低。所測試的樣本中,新鮮樣品的宏基因組(BZ)的測序量和OTUs數(shù)量最多,ACE和Chao1指數(shù)最低,表明新鮮樣品中菌群相對豐度最低,而Shannon指數(shù)最高、Simpson指數(shù)最低,表明菌群的多樣性最高。

        2.3 細(xì)菌菌群結(jié)構(gòu)分析

        2.3.1 基于門水平的細(xì)菌菌群結(jié)構(gòu)分析

        表2 蝦夷扇貝柱新鮮及腐敗樣品菌群在門水平上的分布Table 2 Relative abundance of bacterial phyla in fresh and spoiled adductors of P. yessoensis%

        宏基因組DNA樣本序列經(jīng)RDP classifier軟件進(jìn)行分類分析,在門水平上,如表2所示,新鮮樣品中的總細(xì)菌菌群主要包含變形菌門(Proteobacteria)、厚壁菌門(Firmicutes)、浮霉菌門(Planctomycetes)和擬桿菌門(Bacteroidetes),相對豐度分別為47.92%、14.99%、12.23%和7.58%,還包括少量的未分類菌(unclassified)、酸桿菌門(Acidobacteria)、綠彎菌門(Chloroflexi)、Ignavibacteriae、柔膜菌門(Tenericutes)等;樣品在4、15 ℃腐敗后的菌群以變形菌門(Proteobacteria)為主,相對豐度分別為98.38%和99.78%,在25 ℃腐敗后的菌群則以變形菌門、梭桿菌門(Fusobacteria)和厚壁菌門為主,相對豐度分別為69.97%、18.94%和11.06%。

        對可培養(yǎng)細(xì)菌DNA樣本進(jìn)行測序后發(fā)現(xiàn),新鮮樣品中的可培養(yǎng)細(xì)菌菌群99.98%歸屬于變形菌門,在25 ℃腐敗后的可培養(yǎng)菌群以變形菌門(82.57%)和厚壁菌門(17.40%)為主。

        2.3.2 基于屬水平的細(xì)菌菌群結(jié)構(gòu)分析

        在屬水平上的統(tǒng)計分析結(jié)果見表3。基于宏基因組DNA測序的結(jié)果顯示,新鮮樣品中的細(xì)菌菌群包含的物種多達(dá)100余種,其中相對豐度大于1%的有未分類菌(unclassified)、Candidatus kuenenia、弧菌屬(Vibrio)、別弧菌屬(Aliivibrio)、芽孢桿菌屬(Bacillus)、科爾韋爾氏屬(Colwellia)、腸球菌屬(Enterococcus)、南極菌屬(Moritella)、希瓦氏菌屬(Shewanella)、黏著桿菌屬(Tenacibaculum)、陶厄氏菌屬(Thauera)、發(fā)光桿菌屬(Photobacterium)、弓桿菌屬(A r c o b a c t e r)、假交替單胞菌屬(Pseudoalteromonas)、Ignavibacterium、極地桿菌屬(Polaribacter)、Gp4,占總量的75.35%。當(dāng)樣品在4、15 ℃和25 ℃放置腐敗后,與新鮮樣品比較,菌群多樣性降低、菌群結(jié)構(gòu)發(fā)生了變化,對于一些在新鮮樣品中占比較高的菌,如C. kuenenia在腐敗后未有檢出;而在新鮮樣品中含量較低的發(fā)光桿菌屬、別弧菌屬、假交替單胞菌屬、乳酸菌屬(Lactobacillus)、梭桿菌屬(Fusobacterium)等則顯著增多。4 ℃的腐敗優(yōu)勢菌為發(fā)光桿菌屬(46.91%)、別弧菌屬(36.82%)和假交替單胞菌屬(11.01%),15 ℃的腐敗優(yōu)勢菌為發(fā)光桿菌屬(46.97%)和別弧菌屬(43.33%),25 ℃的腐敗優(yōu)勢菌為發(fā)光桿菌屬(41.94%)、別弧菌屬(23.10%)、梭桿菌屬(18.61%)和乳酸菌屬(10.60%)。

        表3 蝦夷扇貝柱新鮮及腐敗樣品菌群在屬水平上的分布Table 3 Relative abundance of bacterial genus in fresh and spoiled adductors of P. yessoensis%

        對可培養(yǎng)細(xì)菌DNA樣本進(jìn)行測序后發(fā)現(xiàn),新鮮樣品的可培養(yǎng)細(xì)菌菌群多樣性降低,89.46%為假交替單胞菌屬,此外含有少量弧菌屬、別弧菌屬、嗜冷桿菌屬(Psychrobacter)等。在25 ℃放置腐敗后,可培養(yǎng)的腐敗優(yōu)勢菌為弧菌屬(50.98%)、希瓦氏菌屬(17.43%)、乳酸菌屬(10.68%)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),在總細(xì)菌菌群中占優(yōu)勢的發(fā)光桿菌屬、別弧菌屬和梭桿菌屬在可培養(yǎng)細(xì)菌菌群中比例大大下降,說明這幾類菌不適宜在分離培養(yǎng)基上生長,而弧菌屬、希瓦氏菌屬、乳酸菌屬則易培養(yǎng)分離,成為可培養(yǎng)的腐敗優(yōu)勢菌。

        3 討 論

        由于環(huán)境中微生物物種多樣性極其豐富,傳統(tǒng)培養(yǎng)分離法能夠分離出的微生物僅占樣品中總菌群的很小一部分。宏基因組學(xué)概念的提出,使環(huán)境中不可培養(yǎng)的微生物、低豐度的微生物等均能被檢測出,更完整地反映樣品中微生物的群落特征[6]。高通量測序技術(shù)能夠一次對幾十萬到幾百萬條DNA分子進(jìn)行序列測定,目前的Illumina MiSeq二代測序技術(shù)具有高準(zhǔn)確性、高通量、高靈敏度和低運行成本等特點,結(jié)合宏基因組學(xué)技術(shù),使環(huán)境中微生物菌群的分析變得更加準(zhǔn)確和快速,在生態(tài)、醫(yī)藥、農(nóng)業(yè)、食品等各個領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用[5,14-15]。

        本實驗通過宏基因組結(jié)合Illumina MiSeq高通量測序技術(shù)分析了新鮮蝦夷扇貝柱的總菌群結(jié)構(gòu)及在4、15 ℃和25 ℃腐敗后的總菌群結(jié)構(gòu),其中4 ℃代表冷藏保存溫度,15 ℃代表工廠加工環(huán)境溫度,25 ℃代表室溫。結(jié)果發(fā)現(xiàn),新鮮蝦夷扇貝柱中的細(xì)菌菌群多樣性顯著高于腐敗樣品的細(xì)菌菌群。當(dāng)樣品放至腐敗后,菌群結(jié)構(gòu)發(fā)生了變化,在4、15 ℃和25 ℃三個溫度條件下的腐敗優(yōu)勢菌均含有發(fā)光桿菌屬和別弧菌屬,此外,在4 ℃條件下,假交替單胞菌屬相對豐度也較高,在25 ℃條件下,優(yōu)勢菌群還包括梭桿菌屬和乳酸菌屬。為與宏基因組樣本的結(jié)果進(jìn)行比對,本實驗還采用平板分離結(jié)合高通量測序分析了新鮮樣品中可培養(yǎng)菌群及25 ℃條件下腐敗的可培養(yǎng)菌群結(jié)構(gòu)。新鮮蝦夷扇貝柱可培養(yǎng)菌群的多樣性顯著低于宏基因組測序獲得的總細(xì)菌菌群,菌群結(jié)構(gòu)也顯著不同,例如可培養(yǎng)細(xì)菌中占89.46%的假交替單胞菌屬僅占總細(xì)菌菌群的1.73%。25 ℃條件下的可培養(yǎng)腐敗菌群與總腐敗菌群多樣性沒有顯著差異,優(yōu)勢菌群則不同,以弧菌屬、希瓦氏菌屬和乳酸菌屬為主。雖然不同細(xì)菌由于生長速率不同,在瓊脂平板上的菌落大小會稍有差異,提取平板上收集的菌落的基因組DNA不能準(zhǔn)確反映樣品中各種細(xì)菌的比例,但該方法省時省力,可以確定樣品中可培養(yǎng)細(xì)菌的種類,并粗略估算它們的相對豐度,結(jié)果可作為參考。

        水產(chǎn)品的腐敗變質(zhì)主要是由微生物產(chǎn)生的酶對蛋白質(zhì)等的分解作用引起,在酶的作用下,蛋白質(zhì)分解為氨基酸,然后進(jìn)一步分解為胺類物質(zhì),最后生成硫化氫、氧化三甲胺等[16]。研究表明,在水產(chǎn)品腐敗過程中只有少數(shù)部分特定種類細(xì)菌占主導(dǎo)地位,造成產(chǎn)品的腐敗劣變,這類細(xì)菌被稱為特定腐敗菌[17]。發(fā)光桿菌屬屬于變形菌門、弧菌科,竇妍等[18]的研究發(fā)現(xiàn)發(fā)光桿菌屬廣泛存在于健康和患病的蝦夷扇貝柱中,而在本實驗中,發(fā)光桿菌則主要存在于腐敗的扇貝柱中,新鮮扇貝柱中的豐度則很低,可能與不同養(yǎng)殖區(qū)域的樣品有關(guān)。有研究報道,發(fā)光桿菌能夠分解蛋白產(chǎn)生氧化三甲胺,是水產(chǎn)品的特定腐敗菌[19],本實驗不同溫度下腐敗樣品的總菌群中,發(fā)光桿菌豐度均大于40%,表明該菌可能是蝦夷扇貝柱的特定腐敗菌。然而,測定的可培養(yǎng)細(xì)菌菌群中,發(fā)光桿菌豐度極低甚至在新鮮樣品中未檢測出,表明這類菌不易培養(yǎng)。假交替單胞菌屬是1995年從交替單胞菌屬(Alteromonas)中分出來的一個新屬[20],該菌僅分布于海洋環(huán)境中,能產(chǎn)生蛋白酶等,已被證實是魚貝類低溫貯藏過程中的特定腐敗菌,分解水產(chǎn)品后能夠產(chǎn)生強烈的氨臭味[17,21]。但是目前關(guān)于該菌的研究,尤其在引起水產(chǎn)品腐敗變質(zhì)方面的報道較少。本實驗發(fā)現(xiàn),假交替單胞菌屬在低溫腐敗樣品的總菌群中相對豐度較高,表明該菌較適合低溫的環(huán)境,在新鮮樣品的可培養(yǎng)菌群中相對豐度高達(dá)近90%,而在腐敗樣品中可培養(yǎng)的比例則極低,表明這類菌大部分不可培養(yǎng)。乳酸菌屬是一類可以發(fā)酵碳水化合物,并產(chǎn)生大量乳酸的細(xì)菌,廣泛存在于人和動物腸道以及食品中,多數(shù)作為益生菌使用,但實際上乳酸菌能夠分解蛋白質(zhì)以及糖類,可引起肉類的腐敗變質(zhì)[22],但目前鮮見乳酸菌引起水產(chǎn)品腐敗的相關(guān)研究報道。本實驗中,乳酸菌在25 ℃腐敗后的總菌群和可培養(yǎng)菌群中的豐度結(jié)果一致,表明該菌可能是該溫度下的特定腐敗菌,需要進(jìn)一步實驗證實。別弧菌屬屬于變形菌門、弧菌科,據(jù)報道該菌可能引起水產(chǎn)動物的疾病[18,23],梭桿菌屬屬于梭桿菌門、梭桿菌科,常寄生于人或動物的口腔、上消化道、腸道及泌尿生殖道和土壤中,目前鮮見別弧菌和梭桿菌引起水產(chǎn)品腐敗的相關(guān)報道,然而,扇貝柱在不同溫度下腐敗后,別弧菌在總菌群中的相對豐度均很高,在25 ℃梭桿菌的相對豐度也較高,而別弧菌在可培養(yǎng)菌群中的相對豐度則極低,梭桿菌則不可培養(yǎng),它們是否是扇貝柱的特定腐敗菌,還需要進(jìn)一步證實。已有的報道表明,弧菌屬的細(xì)菌在海洋環(huán)境中廣泛存在,種類多,是海洋環(huán)境和生物體內(nèi)最常見的一類條件致病菌,此外,弧菌還具有較強的蛋白質(zhì)分解能力,是水產(chǎn)品的特定腐敗菌[17,24]。希瓦氏菌屬屬于變形菌門、弧菌科,能夠分解蛋白產(chǎn)生氧化三甲胺和硫化氫,造成魚、蝦、貝等水產(chǎn)品腐敗和不良?xì)馕懂a(chǎn)生,是目前研究得最多的水產(chǎn)品特定腐敗菌之一[25-28]。通過實驗發(fā)現(xiàn),弧菌屬、希瓦氏菌屬和乳酸菌屬的細(xì)菌在蝦夷扇貝柱的可培養(yǎng)菌群中的相對豐度較高,尤其是弧菌的比例高達(dá)50%,表明這幾類細(xì)菌易培養(yǎng)分離。

        蝦夷扇貝生活在海洋環(huán)境中,能夠附著或通過濾食富集海洋環(huán)境的微生物,這些微生物在加工或儲運過程中影響著產(chǎn)品的質(zhì)量安全[29-30]。本實驗通過兩種方法測定了蝦夷扇貝柱在新鮮及腐敗狀態(tài)下的總菌群結(jié)構(gòu)和可培養(yǎng)菌群結(jié)構(gòu),兩種方法獲得的結(jié)果不同。通過平板分離獲得的可培養(yǎng)菌為活菌,可以進(jìn)一步研究菌株的致腐能力及機(jī)制,目前在防腐保鮮的研究中仍占有重要地位。基于宏基因組獲得的菌群結(jié)構(gòu)多樣性和豐度更完整地反映樣品中實際菌群的特征,但部分優(yōu)勢菌不易培養(yǎng)分離,獲得的優(yōu)勢菌群是否為特定腐敗菌還需要進(jìn)一步驗證,如果經(jīng)驗證腐敗優(yōu)勢菌與品質(zhì)劣化呈正相關(guān)性,該方法將在水產(chǎn)品的品質(zhì)變化及保鮮技術(shù)研發(fā)中得到更廣泛應(yīng)用。下一步將通過開展基于宏基因組的高通量測序技術(shù)分析蝦夷扇貝柱在腐敗過程中菌群變化與品質(zhì)下降的相關(guān)性、腐敗優(yōu)勢菌對扇貝柱的降解作用等相關(guān)研究,從而揭示微生物在蝦夷扇貝柱品質(zhì)劣化中的作用機(jī)制,并為蝦夷扇貝柱保鮮工藝的研究提供基礎(chǔ)。

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