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        基因突變和稀有等位基因共存影響親子關(guān)系分析1例

        2018-10-08 06:20:00郝世誠(chéng)劉革新
        法醫(yī)學(xué)雜志 2018年4期

        郝世誠(chéng) ,劉 巖 ,魯 滌 ,劉革新 ,袁 麗

        (1.2011司法文明協(xié)同創(chuàng)新中心,北京 100088;2.中國(guó)政法大學(xué)證據(jù)科學(xué)教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,北京 100088)

        1 案 例

        1.1 簡(jiǎn)要案情

        一起親子鑒定案件,在法院委托本中心之前,已在多家鑒定機(jī)構(gòu)進(jìn)行過(guò)親子鑒定,均報(bào)告有3個(gè)STR基因座不符合遺傳規(guī)律,有的鑒定機(jī)構(gòu)給出了排除親子關(guān)系的鑒定意見(jiàn),故被檢父提起訴訟,要求解除父子關(guān)系并將撫養(yǎng)權(quán)轉(zhuǎn)移至孩子生母。

        1.2 檢驗(yàn)過(guò)程

        本中心受理該案后,采集了孩子生母、孩子及被檢父的血痕樣本,按照《法庭科學(xué)DNA實(shí)驗(yàn)室檢驗(yàn)規(guī)范》(GA/T 383—2014)中的方法進(jìn)行檢驗(yàn)。用Chelex-100法[1]提取樣本DNA,采用MicroreaderTM21 ID System、MicroreaderTM23sp ID System(閱微基因技術(shù)有限公司)以及PowerPlex?Fusion System、Power-Plex?Y23 System(美國(guó)Promega公司)進(jìn)行擴(kuò)增,擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)3130基因分析儀(美國(guó)AB公司)檢測(cè),并使用GeneMapperTMID v3.2軟件進(jìn)行分析,檢測(cè)各基因座的基因型。

        1.3 檢驗(yàn)結(jié)果

        孩子生母、孩子及被檢父的DNA經(jīng)MicroreaderTM21 ID System和MicroreaderTM23sp ID System擴(kuò)增檢驗(yàn)后發(fā)現(xiàn),在CSF1PO和D12S391基因座上,被檢父不能提供孩子的生父基因,但相近的等位基因之間僅差1個(gè)重復(fù)單位。另外,在D19S433基因座上,bin內(nèi)被檢父與孩子均只有一個(gè)等位基因,分別為15.2和14,經(jīng)仔細(xì)觀察,發(fā)現(xiàn)bin外69 bp處都有off-ladder(OL)峰,遂使用 PowerPlex?Fusion System 印證,同樣發(fā)現(xiàn)bin外有等位基因,經(jīng)分析分型為等位基因4(圖1~2)。因此,在檢測(cè)的41個(gè)常染色體STR基因座上,除CSF1PO和D12S391基因座外,三人的分型結(jié)果符合孟德?tīng)栠z傳規(guī)律。三人在上述3個(gè)STR基因座上的分型結(jié)果見(jiàn)表1。

        圖1 MicroreaderTM21 ID System中D19S433的檢測(cè)結(jié)果

        圖2 PowerPlex?Fusion System中D19S433的檢測(cè)結(jié)果

        表1 孩子生母、孩子及被檢父CSF1PO、D12S391和D19S433基因座的分型結(jié)果

        孩子與被檢父的DNA經(jīng)PowerPlex?Y23 System擴(kuò)增檢驗(yàn)后發(fā)現(xiàn),在DYS576等23個(gè)Y染色體STR基因座上分型一致。

        1.4 父權(quán)指數(shù)計(jì)算及鑒定意見(jiàn)

        按照《法庭科學(xué) DNA親子鑒定規(guī)范》(GA/T 965—2011)計(jì)算上述所有基因座的父權(quán)指數(shù)(PI),CSF1PO 基因座的 PI為 μ/(4P10),D12S391 基因座的PI為 μ/(2P23),平均突變率 μ 為 0.002,D19S433 基因座的 PI為 1/(2P4),其中

        式中,N為頻率表中該遺傳標(biāo)記等位基因總數(shù),即2倍樣本含量,Xi為該基因座上已有的等位基因個(gè)數(shù)。

        采用中國(guó)漢族群體遺傳學(xué)資料[2-3]進(jìn)行統(tǒng)計(jì),所檢驗(yàn)的41個(gè)常染色體STR基因座的累積父權(quán)指數(shù)(CPI)為 1.8696×1015,結(jié)合 Y 染色體基因座的分型結(jié)果進(jìn)行分析,支持被檢父為孩子的生物學(xué)父親。

        2 討 論

        在親子鑒定中,CSF1PO、D12S391和D19S433均是常用的常染色體基因座[4]。本案中,最容易出現(xiàn)錯(cuò)誤的是D19S433基因座的分型。MicroreaderTM21 ID System中D19S433基因座位于藍(lán)帶片段最小的位置,被檢父和孩子在bin內(nèi)均只有一個(gè)等位基因,但在69bp的位置,兩者均出現(xiàn)一個(gè)峰。由于該峰片段小于100bp,極易被忽視,一旦遺漏了該等位基因,則在該基因座上表現(xiàn)為不符合孟德?tīng)栠z傳定律。為了驗(yàn)證bin外是否有等位基因,應(yīng)用PowerPlex?Fusion System進(jìn)行復(fù)核,同樣發(fā)現(xiàn)在bin外存在等位基因。根據(jù)《人類DNA熒光標(biāo)記STR分型結(jié)果的分析及應(yīng)用》(GA/T 1163—2014)中稀有等位基因OL的分析方法,對(duì)兩個(gè)試劑盒中OL等位基因進(jìn)行分型,結(jié)果判斷均為等位基因4,因此,在D19S433基因座上,三人的分型表現(xiàn)符合孟德?tīng)栠z傳定律。

        D19S433等位基因4是罕見(jiàn)的等位基因,在STRbase庫(kù)中沒(méi)有列出,只有張懷才等[5]于2015年報(bào)道過(guò)1例,并經(jīng)測(cè)序驗(yàn)證。該等位基因雖然罕見(jiàn),但是鑒定實(shí)踐中需要關(guān)注此問(wèn)題,特別是親子鑒定中,當(dāng)僅有個(gè)別基因座不符合孟德?tīng)栠z傳定律時(shí),要注意是否存在稀有等位基因的情況。

        本案中還出現(xiàn)了突變的情況。復(fù)制滑動(dòng)是導(dǎo)致STR突變的主要原因,常染色體STR基因座的平均突變率約為0.1%~0.2%[6-7]。當(dāng)孩子的等位基因可由親代以一步突變而來(lái)時(shí),可以不考慮二步或二步以上的突變[8]。吳微微等[9]觀察的1932個(gè)三聯(lián)體家系中,發(fā)生突變的有150個(gè),其中97.3%的突變僅發(fā)生在1個(gè)基因座上,2.7%同時(shí)在2個(gè)基因座上發(fā)生突變,未報(bào)道有3個(gè)基因座同時(shí)發(fā)生突變的現(xiàn)象。本案共檢測(cè)了41個(gè)常染色體STR基因座,發(fā)現(xiàn)在CSF1PO和D12S391基因座上被檢父不能提供給孩子生父基因,兩個(gè)基因座的突變類型均為父源突變,且均考慮為一步突變。經(jīng)計(jì)算累積父權(quán)指數(shù),遠(yuǎn)大于10000,結(jié)合被檢父和孩子的Y染色體STR分型一致的結(jié)果,本中心出具了支持被檢父系孩子生物學(xué)父親的鑒定意見(jiàn)。

        本例案件不僅包含了2個(gè)STR突變,還包含了1個(gè)罕見(jiàn)的稀有等位基因,導(dǎo)致有的鑒定機(jī)構(gòu)誤認(rèn)為在3個(gè)STR基因座上出現(xiàn)了不符合遺傳規(guī)律的現(xiàn)象,并給出了排除親子關(guān)系的意見(jiàn)。該案例本身是一個(gè)極小概率事件,但這警示我們?cè)谌粘hb定中應(yīng)注意等位基因分型的正確性,遇到可疑的OL峰,不能簡(jiǎn)單刪除,而要多思考,采用不同試劑盒進(jìn)行重復(fù)檢驗(yàn),小心求證,才能出具對(duì)被鑒定人及其家庭負(fù)責(zé)的鑒定意見(jiàn)。

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