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        基于微流控芯片的72重單核苷酸多態(tài)性族群推斷系統(tǒng)的構(gòu)建

        2018-07-10 12:12:24藺日勝黃美莎徐友春李彩霞
        色譜 2018年7期
        關(guān)鍵詞:檢材微流族群

        任 蘋, 劉 京, 藺日勝, 劉 楊, 黃美莎,胡 勝, 徐友春, 李彩霞,*

        (1. 山西醫(yī)科大學(xué), 山西 太原 036000; 2. 公安部物證鑒定中心, 北京市現(xiàn)場(chǎng)物證檢驗(yàn)工程技術(shù)研究中心, 現(xiàn)場(chǎng)物證溯源技術(shù)國(guó)家工程實(shí)驗(yàn)室, 北京 100038; 3. 清華大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程系, 北京 100084; 4. 內(nèi)蒙古錫林郭勒盟公安局刑警支隊(duì), 內(nèi)蒙古 錫林浩特 026000)

        單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP)是單個(gè)核苷酸變異引起的多態(tài)性[1]。近年來,SNP被廣泛應(yīng)用于族群地域推斷、表型特征刻畫等研究,研究人員報(bào)道了大量基于SNP的祖先信息位點(diǎn)(ancestry informative markers, AIMs)用于人群地域來源的推斷及洲際大人群區(qū)分[2-8]。如:Frudakis等[2]的56-SNPs、Phillips等[3]的34-SNPs、本項(xiàng)目組[4,5]的27-SNPs等用于非洲、東亞和歐洲3大人群的推斷。Kosoy等[6,7]的128-SNPs和Kidd等[8]的55-SNPs在人群區(qū)分度方面有所改進(jìn),實(shí)現(xiàn)了非洲、歐洲、南亞、東亞、大洋洲、美洲人群區(qū)分,但沒有實(shí)現(xiàn)東亞亞人群的進(jìn)一步區(qū)分。現(xiàn)有的商業(yè)化試劑[9,10]主要采用文獻(xiàn)報(bào)道的位點(diǎn),在亞人群的區(qū)分度上并無明顯改變。本項(xiàng)目組[11]在2016年研究報(bào)道了74個(gè)SNP的位點(diǎn)組合,可以實(shí)現(xiàn)東亞南北方人群的區(qū)分。但是由于尚未構(gòu)建一體化的檢測(cè)體系,限制了其在法醫(yī)案件檢材中的應(yīng)用。

        本文采用我國(guó)自主研發(fā)的微流控SNP芯片(iMAP)系統(tǒng)進(jìn)行74個(gè)SNP位點(diǎn)復(fù)合檢測(cè)體系的構(gòu)建。首先,將74種用于SNP檢測(cè)的引物預(yù)固定到微流控芯片的反應(yīng)孔中。在進(jìn)行SNP檢測(cè)時(shí),將待檢樣本注入芯片再離心分配、隔離反應(yīng)孔,然后即可以通過平板PCR進(jìn)行擴(kuò)增分型,最后基于熒光掃描來獲得檢測(cè)信號(hào)并完成檢測(cè)分型。最終優(yōu)化出72個(gè)SNPs的擴(kuò)增體系,并成功地將其應(yīng)用于族群推斷。與其他方法相比,該方法只需2.5 h即可完成SNP的檢測(cè)和分型,每個(gè)反應(yīng)孔所需反應(yīng)預(yù)混液體積約1 μL。

        1 實(shí)驗(yàn)部分

        1.1 儀器、試劑與材料

        熱封儀(北京博奧晶典);平板PCR儀(北京博奧晶典); LuxScan-D激光共聚焦掃描儀(北京博奧晶典); MassArray?DNA質(zhì)譜陣列基因分析系統(tǒng)(美國(guó)Agena公司); QIAamp DNA Blood Midi Kit(靜脈血基因組DNA提取試劑盒,德國(guó)Qiagen公司); NanoDrop2000c分光光度計(jì)(美國(guó)Thermo公司); MagAttract M48 DNA Manual Kit(組織/細(xì)胞基因組DNA提取試劑盒,德國(guó)Qiagen公司); 7500實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀(美國(guó)Thermo公司);復(fù)合引物(上海生工生物工程有限公司); KASP V4.0 2X Master mix(競(jìng)爭(zhēng)性等位基因特異性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)體系預(yù)混液,英國(guó)LGC公司); SNP Typer軟件(北京博奧晶典); DNA Ancetry Analyzer V1.0(族群來源分析系統(tǒng),北京公安部物證鑒定中心)。

        1.2 研究對(duì)象

        參考數(shù)據(jù)庫中57個(gè)群體的3 328份樣本來源于文獻(xiàn)[11]。107份無關(guān)個(gè)體的靜脈血DNA來源于國(guó)家科技資源共享服務(wù)平臺(tái)計(jì)劃項(xiàng)目(編號(hào):YCZYPT[2017]01-3和2017JB025),所有樣本對(duì)象均簽署知情同意書,這些樣本用于本課題的復(fù)合體系構(gòu)建,其中52份樣本用于準(zhǔn)確性驗(yàn)證,20份有明確族群來源信息的樣本用于驗(yàn)證族群推斷的準(zhǔn)確性(見表1)。

        1.3 SNPs位點(diǎn)的選取

        本課題選取了來源于文獻(xiàn)[11]的74個(gè)SNP位點(diǎn)和文獻(xiàn)[12]的1個(gè)SNP位點(diǎn)rs174592共計(jì)75個(gè)SNP位點(diǎn),通過實(shí)驗(yàn)的篩選,剔除擴(kuò)增性能不穩(wěn)定的3個(gè)位點(diǎn)如表2,最終保留文獻(xiàn)[11]的71個(gè)SNP位點(diǎn)和文獻(xiàn)[12]的1個(gè)SNP位點(diǎn)共計(jì)72個(gè)位點(diǎn)。見表2。

        1.4 DNA提取和引物合成

        本實(shí)驗(yàn)的檢測(cè)對(duì)象為靜脈血提取的基因組DNA,采用QIAamp DNA Blood Midi Kit提取,使用NanoDrop2000c分光光度計(jì)定量,放置在4 ℃冰箱中備用;血斑、血卡、口腔拭子、接觸性檢材以及同一樣本來源人的心、肝、腎、脾、肺、皮膚、肌肉、軟骨、大腦各組織,采用MagAttract M48 DNA Manual Kit提取DNA,血斑剪取的大小約為20 cm2,血卡剪取大小約為8 cm2,剪取擦拭口腔棉簽的整個(gè)表面以及剪取擦拭鼠標(biāo)棉簽的整個(gè)表面,同一樣本來源人的心、肝、腎、脾、肺、皮膚、肌肉、軟骨、大腦各組織、血斑、血卡使用NanoDrop2000c分光光度計(jì)定量,口腔拭子、接觸性檢材使用7500實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀定量。

        表 2  75個(gè)SNPs位點(diǎn)的信息

        * Unsuccessful SNPs for optimization.

        表 1  20個(gè)測(cè)試個(gè)體的樣本信息

        使用軟件Primer Premier 5.0設(shè)計(jì)SNP位點(diǎn)的引物。所有引物在生工生物工程有限公司進(jìn)行合成。位點(diǎn)名稱、擴(kuò)增產(chǎn)物片段長(zhǎng)度及等位基因信息見表2。

        1.5 芯片的檢測(cè)流程

        芯片在使用前每孔固定0.2 μL復(fù)合引物。使用時(shí),配制含有模板的擴(kuò)增體系150 μL,其中包含75 μL KASP V4.0 2X Master mix、20 μL模板DNA(7.5 ng/μL)和55 μL超凈水;將擴(kuò)增體系注入芯片后以4 000 r/min的轉(zhuǎn)速離心2 min完成樣本到反應(yīng)孔中的分配;之后用熱封儀隔離芯片的各個(gè)反應(yīng)孔;完成隔離的芯片放置在平板PCR儀上進(jìn)行PCR溫度循環(huán)(參數(shù)為95 ℃15 min;95 ℃ 20 s,61~55 ℃ 1 min,10個(gè)循環(huán),每個(gè)循環(huán)降0.6 ℃; 95 ℃ 20 s, 55 ℃ 1 min, 29個(gè)循環(huán);4 ℃保持);完成擴(kuò)增后,芯片通過激光共聚焦掃描儀掃描并獲取各個(gè)反應(yīng)孔的熒光信號(hào),使用在線軟件http:/ /snptyper.capitalbiotech.online/進(jìn)行基因分型獲得各個(gè)位點(diǎn)的分型結(jié)果用于后續(xù)族群推斷。

        微流控SNP芯片通過激光共聚焦掃描儀掃描獲得52份樣品的3 900個(gè)基因型,掃描參數(shù)設(shè)置為Cyanine 5: power51, PMT515; Cyanine 3: power50, PMT500。使用SNP Typer軟件判別SNP位點(diǎn)的分型,具體如下:提取FAM(紅色)通道S-B_Median-635和HEX(綠色)通道的S-B_Median-532的熒光值(S-B_Median是熒光值減去背景值的中位值)、Ratio_Medians-(635/532)值(Ratio_Medians-(635/532)=S-B_Median-635/S-B_Median-532),判別標(biāo)準(zhǔn)如下[13-15]。

        判斷陽性的標(biāo)準(zhǔn)有兩個(gè):(1)信噪比:S-B_Median與陰性對(duì)照(不加引物)的比值應(yīng)該大于2,該標(biāo)準(zhǔn)是為了排除假陽性信號(hào);(2)S-B_Median大于4 000。同時(shí)滿足這兩個(gè)條件后,該位點(diǎn)的信號(hào)才可以算作陽性。

        分型標(biāo)準(zhǔn):(1)雜合子:如果兩個(gè)等位基因都滿足陽性標(biāo)準(zhǔn),且Ratio_Medians-(635/532)在0.5~2之間則為雜合子。(2)純合子:如果某個(gè)突變位點(diǎn),只有一個(gè)等位基因滿足陽性標(biāo)準(zhǔn),則為純合子;或者兩個(gè)等位基因都滿足陽性標(biāo)準(zhǔn)且Ratio_Medians-(635/532)>2或<0.5,則分別為FAM通道的純合子或者是HEX通道的純合子。

        1.6 芯片性能的驗(yàn)證

        1.6.1準(zhǔn)確性驗(yàn)證

        隨機(jī)抽取52份樣本用微流控芯片檢測(cè)72個(gè)位點(diǎn)的分型,檢測(cè)結(jié)果與MassArray[16]所測(cè)的結(jié)果進(jìn)行比對(duì);將芯片檢測(cè)結(jié)果與MassArray分型不一致的樣本用第一代基因測(cè)序(又名sanger法測(cè)序和雙脫氧末端終止法測(cè)序,毛細(xì)管電泳法)驗(yàn)證。

        1.6.2靈敏度驗(yàn)證

        隨機(jī)抽取5份樣本,做DNA梯度濃度稀釋,150 μL的體系中DNA模板最終的量分別為1 500、750、300、150、75 ng,每個(gè)濃度重復(fù)檢驗(yàn)3次,驗(yàn)證芯片對(duì)每個(gè)DNA梯度濃度的檢測(cè)能力。

        1.6.3穩(wěn)定性驗(yàn)證

        隨機(jī)抽取3份樣本,每份樣本做3次重復(fù)用于驗(yàn)證芯片分型結(jié)果的穩(wěn)定性。如果3次獨(dú)立重復(fù)實(shí)驗(yàn)之間結(jié)果相同,且熒光值的平均標(biāo)準(zhǔn)差小于4 000,則這3次實(shí)驗(yàn)結(jié)果的重復(fù)率為100%。

        1.6.4法醫(yī)檢材適應(yīng)性驗(yàn)證

        為了驗(yàn)證芯片是否適合各種案件檢材,采用實(shí)驗(yàn)室的一名志愿者(編號(hào):HMS)的樣本, 分別模擬血斑、血卡、口腔拭子、接觸性檢材等現(xiàn)場(chǎng)檢材,所有檢材在晾干兩周后提取DNA,用芯片檢測(cè)。其中血斑的載體是醫(yī)用紗布,接觸性檢材的制備方法是:用醫(yī)用棉簽蘸少量超凈水輕輕擦拭HMS的常用鼠標(biāo),采用MagAttract M48 DNA Manual Kit提取DNA。

        1.6.5芯片組織同一性驗(yàn)證

        使用芯片檢測(cè)同一樣本來源人的心、肝、腎、脾、肺、皮膚、肌肉、軟骨、大腦各組織的DNA,驗(yàn)證芯片檢測(cè)結(jié)果的一致性。

        1.7 芯片檢測(cè)樣本的族群來源分析

        使用芯片檢測(cè)20份有明確族群來源信息的樣本的SNPs分型,用族群推斷軟件DNA Ancetry Analyzer V1.0計(jì)算群體的匹配概率(population assignment match probability, MP)和似然比(likelihood ratio, LR)[5,17]。當(dāng)LR>100時(shí),MP值排在第一位的人群為未知個(gè)體的來源人群;當(dāng)LR<100時(shí),應(yīng)綜合樣本的祖先成分比例去分析,祖先成分比例排在第一位的人群為未知個(gè)體的來源人群[11]。用Structure V2.3.4軟件[17,18]計(jì)算樣本的祖先成分比例,K=5, 6, 7, 8, 9, 10, 11,其中K是運(yùn)行的次數(shù),參數(shù)設(shè)置10 000 burn-ins, 10 000 MCMC, 10 interaction。

        圖 1  微流控芯片檢測(cè)SNP rs9319336位點(diǎn)的結(jié)果圖Fig. 1  Detection results of SNP rs9319336 by microfluidic chipa. chip scanning diagram; b. scatter plot.

        2 結(jié)果與討論

        2.1 微流控芯片檢測(cè)SNPs的結(jié)果

        芯片檢測(cè)結(jié)果如圖1a所示,擴(kuò)增完的芯片各反應(yīng)孔里的體系飽滿,說明沒發(fā)生泄露揮發(fā)等問題,兩種顏色分別代表FAM和HEX通道的熒光值,兩種顏色分別對(duì)應(yīng)一個(gè)SNP位點(diǎn)的兩種等位基因,其中NC是不加引物時(shí)的陰性結(jié)果。圖1b是SNP位點(diǎn)rs9319336在98份樣本中的分型散點(diǎn)圖,說明該位點(diǎn)的基因分型在98份樣本中全部檢出,SNP位點(diǎn)編號(hào)對(duì)應(yīng)rs號(hào)見表2。

        本課題將競(jìng)爭(zhēng)性等位基因特異性PCR(KASP)方法與微流控SNP檢測(cè)技術(shù)進(jìn)行結(jié)合,應(yīng)用于法醫(yī)族群推斷的研究。在微流控芯片的每個(gè)反應(yīng)孔中放置一個(gè)位點(diǎn)的引物,可以防止不同位點(diǎn)引物間的相關(guān)干擾;芯片是一次性使用,可以有效防止樣本間污染,提高芯片檢測(cè)基因型的準(zhǔn)確性。目前已有的大量SNP檢測(cè)技術(shù)主要包括基于PCR的等位基因特異性擴(kuò)增法、TaqMan探針法、單堿基引物延伸法、基于質(zhì)譜的MassArray系統(tǒng)、芯片法、下一代測(cè)序法等,其中芯片法、下一代測(cè)序法的優(yōu)勢(shì)在于高通量SNP位點(diǎn)檢測(cè)。然而下一代測(cè)序技術(shù)目前主要以國(guó)外平臺(tái)為主,價(jià)格昂貴,而且檢測(cè)時(shí)間較長(zhǎng)。為此,我們選擇了自主研發(fā)的微流控芯片技術(shù)進(jìn)行體系構(gòu)建,整個(gè)檢測(cè)和分型過程在2.5 h左右即可完成,與MassArray系統(tǒng)、單堿基引物延伸法以及下一代測(cè)序等技術(shù)比較,檢測(cè)時(shí)間顯著縮短。

        2.2 芯片檢測(cè)的功能性驗(yàn)證

        2.2.1芯片檢測(cè)的準(zhǔn)確性

        使用構(gòu)建成功的微流控芯片復(fù)合體系對(duì)52份樣本的72個(gè)位點(diǎn)進(jìn)行檢測(cè),檢出率為100%。比對(duì)微流控SNP芯片(iMAP)與MassArray這兩個(gè)平臺(tái)對(duì)52個(gè)樣本的72個(gè)位點(diǎn)的檢測(cè)結(jié)果,有71個(gè)位點(diǎn)在所有樣本中兩個(gè)平臺(tái)的檢測(cè)結(jié)果一致,而1個(gè)位點(diǎn)在部分樣本中兩個(gè)平臺(tái)檢測(cè)不一致,位點(diǎn)檢測(cè)的一致率為98.6%。對(duì)于這些有1個(gè)位點(diǎn)檢測(cè)不一致的樣本,我們用一代測(cè)序進(jìn)行最終確認(rèn),發(fā)現(xiàn)一代測(cè)序的檢測(cè)結(jié)果與芯片檢測(cè)結(jié)果一致。

        通過與MassArray檢測(cè)結(jié)果進(jìn)行比對(duì),出現(xiàn)不一致的結(jié)果時(shí)使用第一代基因測(cè)序進(jìn)行驗(yàn)證,發(fā)現(xiàn)檢測(cè)結(jié)果正確率達(dá)到100%。

        2.2.2芯片檢測(cè)的靈敏度

        結(jié)果顯示5份樣本的DNA模板量在150 ng時(shí)仍然能夠正確檢測(cè)72個(gè)位點(diǎn),但是DNA量在75 ng時(shí),出現(xiàn)3個(gè)位點(diǎn)信號(hào)丟失,說明目前微流控SNP平臺(tái)檢測(cè)人DNA模板量最低限是150 ng,每個(gè)反應(yīng)孔需要DNA 1.28 ng。以9號(hào)樣本為例,隨著DNA量的逐漸降低,每個(gè)位點(diǎn)所對(duì)應(yīng)的熒光值變化不大,9號(hào)樣本在75 ng時(shí)60、 66、 71號(hào)這3個(gè)位點(diǎn)的信號(hào)值開始丟失(見圖2)。

        芯片的檢出限是150 ng,針對(duì)此不足之處,未來擬通過預(yù)擴(kuò)增等方法提升芯片檢測(cè)的靈敏度。

        2.2.3芯片檢測(cè)的穩(wěn)定性

        將同一個(gè)樣本(4號(hào)樣本)進(jìn)行3次重復(fù)實(shí)驗(yàn),根據(jù)之前設(shè)定的閾值,3次重復(fù)實(shí)驗(yàn)檢測(cè)的基因型結(jié)果相同,熒光信號(hào)值的平均標(biāo)準(zhǔn)差小于4 000,證明重復(fù)率達(dá)到100%。這3次實(shí)驗(yàn)結(jié)果的重復(fù)率為100%,說明芯片的穩(wěn)定性、重復(fù)性良好(見圖3)。

        2.2.4法醫(yī)檢材適應(yīng)性驗(yàn)證

        除了對(duì)血液樣本提取的基因組DNA進(jìn)行SNP檢測(cè)之外,還對(duì)不同法醫(yī)檢材樣本提取的基因組DNA進(jìn)行了SNP檢測(cè),包括血斑、血卡、口腔拭子和接觸性檢材。其中血斑、血卡提取的基因組DNA定量后的質(zhì)量濃度分別為25.2 ng/μL和11.3 ng/μL,分別取體積6 μL和13.3 μL,基因組DNA的總量分別為151.2 ng和150.3 ng,達(dá)到了150 ng的檢測(cè)閾值。口腔拭子、接觸性檢材定量的濃度分別為7.51 ng/μL和0.036 ng/μL,分別取體積20 μL,總量分別為150.2 ng和0.72 ng,口腔拭子的DNA總量達(dá)到了150 ng的檢測(cè)閾值,接觸性檢材的DNA總量低于芯片的檢出限150 ng,所以無法滿足微流控芯片平臺(tái)檢測(cè)的需要。對(duì)于血斑、血卡、口腔拭子,用芯片所測(cè)72個(gè)位點(diǎn)結(jié)果與MassArray檢測(cè)結(jié)果一致(見圖4)。

        該芯片體系可適合多種法醫(yī)檢材的檢測(cè)需要,如靜脈血、血斑、血卡、口腔拭子等樣本,但是一些提取DNA含量在150 ng以下的檢材,比如接觸性檢材,無法滿足微流控芯片平臺(tái)檢測(cè)的需要。

        2.2.5芯片組織同一性驗(yàn)證結(jié)果

        9份組織(心、肝、腎、皮膚、軟骨、大腦、肌肉、脾、肺)DNA的72位點(diǎn)的檢出率是100%,所有SNP位點(diǎn)分型在9份組織樣本中都一致(見圖5)。

        組織同一性驗(yàn)證表明芯片檢測(cè)同一人份的不同組織樣本獲得的SNP分型一致。

        2.3 芯片檢測(cè)樣本的族群推斷結(jié)果

        2.3.1祖先成分計(jì)算結(jié)果

        分析用Structure得到的20份樣本的祖先成分,在K=10時(shí)20個(gè)樣本在東亞的祖先成分相比其他族群所占的比例是最高的(見表3),初步推斷20個(gè)樣本全部來自于東亞。

        圖 2  150 ng、75 ng的9號(hào)樣本每個(gè)位點(diǎn)3次重復(fù)所對(duì)應(yīng)FAM通道與HEX通道的熒光平均值及標(biāo)準(zhǔn)差Fig. 2  Average of three replicate fluorescence and standard deviation of FAM channel and HEX channel corresponding to each SNP of 150 ng and 75 ng of sample No. 9a. 150 ng DNA; b. 75 ng DNA.

        圖 3  4號(hào)樣本3次重復(fù)實(shí)驗(yàn)的芯片圖及每個(gè)位點(diǎn)所對(duì)應(yīng)FAM通道與HEX通道熒光值的平均值及標(biāo)準(zhǔn)差Fig. 3  Three repetition chip scanning diagrams of No. 4 sample with average fluorescence values and standard deviations of FAM channel and HEX channel corresponding to each SNPa, b, c. chip scanning diagrams; d. the extracted fluorescent intensity for each SNP site.

        圖 4  HMS號(hào)樣本的FAM通道與HEX通道中每個(gè)位點(diǎn)所對(duì)應(yīng)熒光值Fig. 4  Fluorescence values of each SNP of sample HMS in FAM and HEX channels a. blood stain; b. blood card; c. buccal swab.

        圖 5  9份組織DNA FAM通道與HEX通道中每個(gè)位點(diǎn)所對(duì)應(yīng)熒光的平均值及標(biāo)準(zhǔn)差Fig. 5  Average fluorescence values and standard deviations for each SNP of nine tissue DNA in FAM and HEX channels

        2.3.2群體匹配概率和似然比

        根據(jù)數(shù)據(jù)庫中72個(gè)SNPs等位基因頻率,用DNA Ancetry Analyzer V1.0計(jì)算出20份樣本的群體匹配概率和似然比(見表4),似然比不是指數(shù)值,而是指排在第一位的群體匹配概率與第二位群體匹配概率的比值,群體匹配概率和似然比的意義是推斷待測(cè)樣本的祖先來源,表4中列出20份樣本群體匹配概率排在前5的洲際,從數(shù)據(jù)可以看出,20個(gè)樣本似然比最大是東亞,群體匹配概率最高的是東亞,初步推斷20份樣本全部來自于東亞。按照表4的結(jié)果,樣本5、6、20似然比均小于100,不能排除其來自東亞或東南亞;綜合樣本5、6、20的祖先成分去判斷,樣本5、6、20排在第一位的祖先成分都是東亞,所以最終判斷20份樣本全部來自于東亞。

        表 3  20份樣本的祖先成分(Structure, K=10)

        *NA, AME, EA, PAC, N-AFR, SA, S-AFR, EUR, SWA, SEA are the abbreviations of North Asia, America, East Asia, Oceania, North Africa, South Asia, South Africa, Europe, Southwest Asia, Southeast Asia, respectively.

        表 4  20份樣本的似然比和群體匹配概率

        使用20份樣本的分型結(jié)果進(jìn)行族群推斷,祖先成分及似然比結(jié)果顯示20份樣本來源于東亞,與樣本的實(shí)際來源一致。

        3 結(jié)論

        微流控芯片主要應(yīng)用于臨床診斷等領(lǐng)域[19],本研究建立了72-plex-SNPs的微流控芯片族群推斷系統(tǒng),該芯片體系具有如下優(yōu)勢(shì):(1)芯片耗材、檢測(cè)儀器均為國(guó)產(chǎn),檢測(cè)成本較低;(2)芯片檢測(cè)速度快,2.5 h可以完成72個(gè)SNP位點(diǎn)的檢測(cè)分型;(3)每個(gè)SNP位點(diǎn)分布在不同的反應(yīng)孔中,相互隔離,減少了不同位點(diǎn)引物之間的相關(guān)干擾,復(fù)合體系構(gòu)建難度降低。(4)檢測(cè)流程簡(jiǎn)單,便于基于此芯片構(gòu)建“樣本進(jìn)-結(jié)果出”的一體化微流控檢測(cè)裝備。本研究初步嘗試成功構(gòu)建了72個(gè)SNP位點(diǎn)的芯片體系,各項(xiàng)指標(biāo)顯示可以用于法醫(yī)DNA檢驗(yàn),非常容易在國(guó)內(nèi)法醫(yī)DNA實(shí)驗(yàn)室推廣應(yīng)用。但是目前的芯片對(duì)DNA的需求量還較大,不適合于微量樣本的檢測(cè),未來還需要在提高靈敏度方面進(jìn)行進(jìn)一步的改進(jìn);另外,還需在芯片點(diǎn)樣自動(dòng)化、集成化一體化檢測(cè)儀器研究方面進(jìn)行努力[20,21]。

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