趙天濤 ,邢志林 ,張麗杰 ,項錦欣 ,何 芝 ,楊 旭 ,高艷輝 (.重慶理工大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院,重慶400054;2.重慶大學(xué)城市建設(shè)與環(huán)境工程學(xué)院,重慶 400044)
氯代烯烴在生產(chǎn)生活中的不當存儲和使用,使其在空氣、水和土壤環(huán)境中廣泛存在,由于它們具有擴散范圍廣、降解持續(xù)時間長和生物毒性強等特點,對自然環(huán)境造成了嚴重污染.生物降解具有反應(yīng)條件溫和、成本低和無二次污染等優(yōu)勢,長期以來開展了大量研究.目前研究者已經(jīng)分離得到了可降解氯代烯烴的菌株,對純菌株降解氯代烯烴的途徑有了深入認識,如二氯乙烯(DCE)可以作為微生物唯一碳源實現(xiàn)去除[1];DCE和 TCE可通過共代謝途徑發(fā)生降解[2-5];四氯乙烯(PCE)可在脫鹵酶的作用下轉(zhuǎn)化為低氯代化合物[6].
盡管分離的純菌株在實驗室條件下能夠?qū)崿F(xiàn)污染物降解,但在實際應(yīng)用中往往面臨環(huán)境適應(yīng)性差和降解活性持續(xù)時間短的問題[7],如Dehalococcoides屬微生物能夠?qū)崿F(xiàn)PCE的完全脫氯,但在高濃度污染物的復(fù)雜環(huán)境下極易失去活性[8].此外,環(huán)境中氯代烯烴污染物的完全降解往往是多種微生物共同的作用結(jié)果[9-10],已有研究證實多種微生物混合比單一培養(yǎng)微生物降解氯苯氧基苯酚,聚乙二醇和氯酚化合物等污染物效果更高[11].更重要的是,在現(xiàn)有技術(shù)條件下,可分離培養(yǎng)的微生物只占總數(shù)的 0.1%~1.0%,未分離培養(yǎng)的微生物在復(fù)雜環(huán)境中對污染物的作用可能更為重要[12].因此,篩選高活性混合菌在污染物降解中具有更大的應(yīng)用潛力.
近年來,許多研究者基于水環(huán)境沉積物馴化富集的混合微生物分析了氯代烯烴耐受性及降解情況.大多以TCE作為氯代烯烴中的典型污染物,其耐受濃度變化范圍為 9~146mg/L[4,13-15],結(jié)果表明高濃度TCE對微生物生長及活性有顯著影響,當達到 146mg/L,已無甲烷氧化發(fā)生[13].實際污染場地中生物降解作用使污染物發(fā)生轉(zhuǎn)化,降解不完全造成有毒副產(chǎn)物的顯著積累,如 PCE的不完全脫氯會造成TCE和DCE的大量積累,所以系統(tǒng)考察微生物對多種不同類型氯代烯烴的耐受性是必要的.以混合菌為生物介質(zhì)對氯代烯烴耐受性研究中,只發(fā)現(xiàn)Choi等[13]考察了混合菌群對TCE和PCE的耐受性,PCE濃度范圍為0.199~0.796mg/L.當前氯代烯烴的生物降解研究中,濃度多維持在小于 10mg/L的范圍[16-17],混合菌的低耐受性限制了其在高污染場地的應(yīng)用,關(guān)于高耐受,可高效降解氯代烯烴混合菌的研究鮮有報道.
填埋場覆蓋層長期受高濃度、成分復(fù)雜污染物馴化,衍生了多種環(huán)境適應(yīng)能力強的功能微生物,在氯代烴污染物生物降解領(lǐng)域具有很大應(yīng)用潛力[18-19].基于 TCE馴化后的填埋場覆蓋層,課題組富集篩選了混合菌群 SWA1,前期研究表明菌群SWA1具有高的群落結(jié)構(gòu)多樣性,甲烷為底物可共代謝高效降解 TCE[20].在此基礎(chǔ)上,本研究將利用菌群SWA1考察其對3種典型氯代烯烴的耐受性:通過監(jiān)測高濃度氯代烯烴條件下甲烷氧化能力和菌體生長特性分析混合菌的生物活性;檢測氯代烴濃度變化及氯離子產(chǎn)生速率評估氯代烴共代謝降解能力;利用高通量測序技術(shù)鑒定不同種類氯代烯烴不同濃度馴化后混合菌群的多樣性變化,確定高耐受菌種豐度,有效降解氯代烴微生物種類,明確這些微生物的相互作用關(guān)系.研究結(jié)果以期為高耐氯代烯烴混合菌的篩選和應(yīng)用提供基礎(chǔ).
1.1 混合菌的馴化富集
試驗用混合菌分離于重慶長生橋(29°35'N,106°33'E)生活垃圾填埋場覆蓋土.該混合菌命名為SWA1,最適生長溫度為30℃,最佳pH值為7.0.可以甲烷為唯一碳源生長,生長特性參見前期研究[20].
1.2 氯代烯烴耐受性實驗
量取25mL滅菌N-NMS培養(yǎng)基(配制方法參見文獻[20])和5mL SWA1接種液于100mL血清瓶中,聚四氟乙烯塞子和鋁蓋密封,20mL無菌 CH4置換瓶中空氣.分別添加不同濃度的二氯乙烯(t-1,2-DCE,阿法埃莎化學(xué)有限公司,98%)、三氯乙烯(TCE,天津市科密歐化學(xué)試劑廠,色譜純)和四氯乙烯(PCE,成都市龍科化工試劑廠,分析純).實驗組中t-1,2-DCE濃度設(shè)置為150,250,350,450,580mg/L,分別編號為 tDCE150、tDCE250、tDCE350、tDCE450和tDCE580;TCE濃度為50,100,150,200,250mg/L,分別編號為 TCE50、TCE100、TCE150、TCE200和TCE250;PCE濃度為 100,200,300,400,500mg/L,分 別編號 為PCE100、PCE200、PCE300、PCE400和PCE500.以無氯代烴樣品作為空白組,所有組分一式 2份.監(jiān)測初始生物氣和氯代烴濃度,各試樣置于30℃,170r/min的培養(yǎng)箱中,監(jiān)測微生物生長曲線,生物氣濃度變化和氯代烴降解情況.
1.3 分析檢測
甲烷、氧氣和二氧化碳采用氣相色譜(川儀SC-6000A)測定,色譜條件:不銹鋼色譜柱 TDX 8-12-25 2m,進樣口溫度、柱溫以及檢測器(TCD)溫度分別為 120,90,120℃,氮氣為載氣,載氣流速為 25mL/min,進樣量為 0.5mL.氯代烯烴由SC-3000B氣相色譜儀 FID檢測器檢測,GDX-104 2m 色譜柱;氮氣為載氣,載氣流速為35mL/min,尾吹氣速為 10mL/min;進樣口、柱箱和檢測器溫度分別為 200,80,200℃;進樣量為0.1mL,基流補償0.00nA.
1.4 DNA提取與高通量測序
分別選取空白組及不同濃度 tDCE(tDCE150、tDCE250、tDCE350、tDCE450 和tDCE580)、TCE(TCE50、TCE100、TCE150 和TCE200)和 PCE(PCE100、PCE200 和 PCE300)馴化后,生長到穩(wěn)定期的共13個樣品的菌液10mL,離心棄去上清液后于-80 ℃保藏用于多樣性測序分析.用購自天根生化科技(北京)有限公司的細菌基因組DNA提取試劑盒(TANamp Bacteria DNA Kit)提取樣品的基因組 DNA.樣本定量、DNA 序列修飾及驗證和混合文庫后,將其定量稀釋至4~5pmol/L后放于Illumina MiSeq測序儀中測序(Illumina MiSeq PE250測序儀,上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司),擴增16S rRNA基因V3~V4區(qū),引物 338F:5′-ACTCCTACGGGA-GGCAGCA-3′,引物 806R:5′-GGACTACHVG-GGTWTCTAAT-3′[20]使用合成測序法,測定長度2×250bp.
過濾原始序列尾部質(zhì)量值<20的堿基,設(shè)置50bp窗口過濾50bp以下的序列.將成對reads拼接成一條序列,最小重疊長度為 10bp,且重疊區(qū)允許的最大錯配比率為 0.2.最后檢測序列上的barcode并區(qū)分土樣.利用R(vegan)、CANOCO、PAST等程序軟件和NCBI、Mothur等數(shù)據(jù)平臺進行數(shù)據(jù)解析,對基因數(shù)據(jù)進行操作分類單元(OTUs)聚類分析和分類學(xué)分析.
1.5 數(shù)據(jù)分析
相關(guān)性利用SPSS Statistics 21軟件分析,多樣性數(shù)據(jù)采用 i-sanger平臺(http://www.isanger.com/)分析.
2.1 氯代烯烴脅迫下混合菌群的生物特性
圖1 氯代烯烴脅迫下菌體甲烷氧化活性,生長特性和氯代烴降解情況Fig.1 The methane oxidation activity, growth characteristic and chloroalkene biodegradation of SWA1under chloroalkenes acclimatization
不同濃度氯代烯烴脅迫下混合菌群 SWA1的生長特性,甲烷氧化能力及氯代烴降解情況如圖1所示.主要通過監(jiān)測比生長速率最大時的時間(MIT)、最高菌體濃度(MD)和最大比生長速率(μ)來考察SWA1的特性變化.隨著t-1,2-DCE濃度的增大(0~580mg/L),MIT緩慢增大,變化范圍為 37~73h;無 t-1,2-DCE 時,MD 和 μ 最大,為0.20g/L和 0.02h-1;當添加 t-1,2-DCE濃度為150mg/L時,MD和μ減小,但隨著t-1,2-DCE增大,MD 和 μ均無顯著變化,變化分別為 0.12~0.15g/L 和 0.009~0.012h-1.表明在該 t-1,2-DCE濃度范圍對SWA1的調(diào)整期具有一定的影響,隨著菌體耐受性的提高,能迅速生長.添加TCE(0~250mg/L)后,SWA1的 MIT 迅速增大,變化范圍為 24~142h,增長近 6 倍;濃度為 0~200mg/L時,SWA1的 MD無顯著變化,為 0.13~0.16g/L,μ顯著減小,為0.028~0.01h-1;當TCE濃度增加到250mg/L時,SWA1幾乎無生長,此時μ為0,表明最高耐受濃度約 250mg/L.添加不同濃度的 PCE(0~500mg/L)時,SWA1的 MIT顯著增大,變化為 24~115h;當 PCE 濃度為 0~400mg/L時,MD和μ無顯著性差異,當增加到500mg/L時幾乎無生長,此時μ為0,表明對PCE最高耐受濃度為500mg/L(圖1a,b和c).
表1 氯代烯烴脅迫下甲烷氧化參數(shù)、菌群生長參數(shù)及氯代烴降解參數(shù)相關(guān)性Table 1 Correlation among the methane oxidation parameters, growth parameters and chloroalkene biodegradation parameters
SWA1生長過程中監(jiān)測了甲烷消耗情況,甲烷、氧化消耗速率和二氧化碳的生成速率具有相同的變化趨勢,均隨氯代烴濃度的增大減小.t-1,2-DCE濃度為0~580mg/L時,甲烷氧化速率由 6.52mmol/(hgcell)減小為 2.56mmol/(hgcell);PCE濃度為0~400mg/L,甲烷氧化速率緩慢減小,當增加至 500mg/L時,無甲烷氧化;隨著 TCE濃度的增加甲烷氧化速率迅速減小,當達到250mg/L時,無甲烷氧化.根據(jù)不同氯代烴時SWA1的生長特性和甲烷氧化特性變化可知對3種氯代烯烴的耐受性順序為 t-1,2-DCE>PCE>TCE.現(xiàn)有研究最多的為微生物對 TCE耐受性,不同環(huán)境下所篩選微生物對TCE有不同耐受程度.Broholm等[15]研究了TCE對湖水沉積物分離的混合甲烷氧化菌的活性影響,發(fā)現(xiàn)當濃度為13mg/L時,已無甲烷氧化發(fā)生,而Choi等[13]研究發(fā)現(xiàn)濕地土壤中富集的甲烷氧化菌混合菌對TCE的最高耐受濃度為 146mg/L.對比結(jié)果表明SWA1具有更高的TCE耐受能力(圖1d,e和 f).混合菌群SWA1生長到穩(wěn)定期,對3種氯代烯烴的去除率均大于 90%,SWA1在污染物降解中具有高的應(yīng)用潛力.單位時間(h-1)內(nèi)對 t-1,2-DCE具有更高的降解效率,并隨著濃度的增大而緩慢減小;當菌體活性未完全抑制時,TCE和 PCE的去除效率變化很小,菌體完全抑制后無氯代烴降解(圖1g),表明混合菌群具有更強的環(huán)境適應(yīng)能力,已有研究發(fā)現(xiàn)混合菌群中微生物間可形成如形態(tài)變化,修改細胞屬性等多種對有機溶劑的自適應(yīng)機制[21],同時最新研究還發(fā)現(xiàn)混合菌對底物具有交替利用的現(xiàn)象[22],這對于混合菌產(chǎn)生高耐受性具有重要意義.
氯代烯烴馴化過程中各參數(shù)間相互關(guān)系如表1所示.各氯代烯烴濃度c(CAH)與甲烷氧化速率 V(CH4)(r=-0.943~-0.829,P<0.05),氧氣消耗速率 V(O2)(r=-0.999~-0.943,P<0.01)和二氧化碳產(chǎn)生速率 V(CO2)(r=-0.999~-0.943,P<0.01)呈顯著負相關(guān),與 MIT呈顯著正相關(guān)(r=0.886~0.999,P<0.05),表明高濃度氯代烯烴均抑制菌體生長和生物氧化活性.V(CH4)和V(CO2)相關(guān)性結(jié)果顯著,表明二氧化碳主要來源于甲烷的生物氧化.TCE和 t-1,2-DCE共代謝降解過程中,V(CH4)與氯代烴去除效率 η呈負相關(guān),表明甲烷和氯代烴間存在競爭性抑制關(guān)系[4].而PCE脅迫條件下,V(CH4)與PCE去除效率為正相關(guān)關(guān)系,表明SWA1對氯代烯烴存在不同的降解機制.已有研究表明低氯取代烴更易發(fā)生共代謝生物降解,全氯代烴難以發(fā)生共代謝降解[18],關(guān)于PCE的去除機理還需進一步深入探究.
2.2 不同氯代烯烴脅迫下群落結(jié)構(gòu)豐富度、多樣性及聚類分析
圖2 Ace指數(shù)(A)及不同氯代烯烴脅迫下微生物群落結(jié)構(gòu)種間差異(B)Fig.2 Ace index (A) and difference of community structure (B) among samples under chloroalkenes acclimatization***:差異性極顯著(P<0.001)
選取不同氯代烯烴、不同濃度馴化后混合菌樣品進行高通量測序,14個樣品共獲得 460598條16S rRNA基因片段序列.在97%的對比度下,共有1540個OTUs,覆蓋度高于99.9%,表明抽樣完全.不同氯代烯烴脅迫條件下樣品多樣性指數(shù)(Ace指數(shù))及微生物群落結(jié)構(gòu)種間差異如圖2所示. t-1,2-DCE馴化后OUT水平的Ace指數(shù)無顯著性變化,表明未顯著改變微生物多樣性.TCE和PCE脅迫下,Ace指數(shù)顯著增大,且隨TCE濃度的增大而增大,表明 TCE和 PCE顯著增大 SWA1的微生物多樣性.群落結(jié)構(gòu)種間差異結(jié)果(圖2B)顯示TCE或PCE馴化后樣品的微生物多樣性與t-1,2-DCE馴化后微生物群落結(jié)構(gòu)具有顯著性差異(P<0.01),而TCE馴化和PCE馴化后的微生物群落結(jié)構(gòu)無顯著性差異,表明SWA1對不同結(jié)構(gòu)和性質(zhì)的污染物有不同響應(yīng).
不同氯代烴耐受條件下樣品在各分類水平下的層級聚類和PCA分析如圖3所示.不同分類水平下的層級聚類圖和PCA圖差別較大.門水平層級聚類和 PCA 分析結(jié)果(圖3A和 a)顯示SWA1在門水平的群落組成不受氯代烴種類和濃度的影響,表明SWA1門水平微生物結(jié)構(gòu)穩(wěn)定.綱水平層級聚類和PCA(圖3B和b)結(jié)果表明該水平微生物群落結(jié)構(gòu)在同一氯代烴馴化后具有相似性;屬水平層級聚類和PCA(圖3C和c)結(jié)果顯示,同一氯代烴馴化后,微生物群落結(jié)構(gòu)和多樣性相似度最大,表明不同氯代烯烴對SWA1屬組成和相對豐度有顯著影響.TCE和PCE耐受性馴化后 SWA1的微生物群落結(jié)構(gòu)相似度大,表明TCE和PCE對微生物的影響機理更相似.
圖3 氯代烯烴脅迫下不同分類水平下的層級聚類和PCA分析Fig. 3 Hierarchical clustering and PCA analysis of different level of classification under different chloroalkenes acclimatization
2.3 組間微生物群落結(jié)構(gòu)組成及菌屬差異
高通量測序技術(shù)分析不同氯代烯烴脅迫下SWA1群落結(jié)構(gòu)組成.所有樣品中變形菌門Proteobacteria和擬桿菌門bacteroidetes為主導(dǎo)菌門,相對豐度大于98%,而變形菌門Proteobacteria相對豐度大于85%.不同濃度不同氯代烯烴馴化樣品中變形菌門 Proteobacteria和擬桿菌門 bacteroidetes相對豐度無顯著性差異(P=0.45~0.52),表明 SWA1中大多數(shù)功能微生物均屬于這兩門.已有對覆蓋土微生物群落結(jié)構(gòu)的研究表明對覆蓋土的多樣性測序表明變形菌門 Proteobacteria、厚壁菌門 Firmicutes和擬桿菌門Bacteroidetes為主導(dǎo)菌門[23].
圖4 不同氯代烴馴化后微生物群落結(jié)構(gòu)(A)和多物種差異檢驗(B)Fig.4 Column charts of Microbial community structure (A) and diversity test of different species after chloroalkenes acclimatization (B)
不同氯代烯烴脅迫下 SWA1屬水平群落組成及優(yōu)勢菌屬差異性如圖4所示.t-1,2-DCE脅迫下 SWA1中優(yōu)勢菌屬為甲基單胞菌屬Methylomonas(31.7%~62.2%)、 嗜 甲 基 菌 屬Methylophilus(17.4%~26.6%)、甲基孢囊菌屬(未分類)Methylocystaceae_Unclassified(2.9%~13.3%)和 Sediminibacterium(1.4%~9.5%).TCE脅迫下SWA1優(yōu)勢菌屬為嗜甲基菌屬 Methylophilus(26.9%~46.3%)、甲基孢囊菌屬(未培養(yǎng))Methylocystaceae_uncultured(8.1%~25.1%)、甲基八疊球菌屬 Methylosarcina(3.8%~23.2%)和甲基孢囊菌屬(未分類)Methylocystaceae_Unclassified(1.3%~21.8%).PCE脅迫下優(yōu)勢菌屬為嗜甲基菌屬 Methylophilus(37.9%~61.7%)、甲基孢囊菌屬(未培養(yǎng))Methylocystaceae_uncultured(1.7%~33.4%),甲 基 單 胞 菌 屬Methylomonas(0.4%~16.6%)和 Ferruginibacter(3.4%~5.3%)(圖4A).表明不同氯代烯烴脅迫下,SWA1中微生物群落結(jié)構(gòu)多樣性和相對豐度發(fā)生顯著變化.Choi等[13]研究TCE和PCE對濕地土壤分離的混合甲烷氧化菌的影響,分析了其中甲烷氧化菌的群落結(jié)構(gòu)組成及變化,發(fā)現(xiàn)甲基孢囊菌屬 Methylocystis為優(yōu)勢菌屬,對 TCE和PCE具有高耐受性.Shukla等[24]研究了由水稻田分離的混合甲烷氧化菌對TCE的降解,證明混合菌種Methylocystis對TCE降解起重要作用.而本研究中利用填埋場分離的混合菌在TCE和PCE脅迫下,Methylophilus在混合菌群相對豐度最大,對TCE和PCE具有高的耐受性,表明不同污染場地的微生物結(jié)構(gòu)和功能具有很大差異.
不同氯代烯烴脅迫下,物種差異性分析結(jié)果如圖4B所示.Methylophilus(P=0.044)、Methylomonas(P=0.015)、Methylocystaceae_Uncultured (P=0.010)、Methylosarcina(P=0.021)、Methylococcaceae_Unclassified (P=0.012)、嗜酸菌屬 Acidovorax(P=0.025)、鞘氨醇單胞菌 Sphingomonas(P=0.010)、不動桿菌屬 Acinetobacter(P=0.034)和 Hydrotalea(P=0.032)差異性顯著,t-1,2-DCE脅迫下 Methylomonas的相對豐度最大,表明Methylomonas對 t-1,2-DCE有高的耐受性,在t-1,2-DCE的生物降解中起重要作用,已有關(guān)于Methylomonas methanica NCIB1113降解 t-1,2-DCE的報道[25].
2.4 混合菌群微生物在生物降解中的可能作用分析
氯代烴脅迫條件下生物降解參數(shù)與微生物群落結(jié)構(gòu)相關(guān)性如表2所示.隨t-1,2-DCE濃度的增大,金黃桿菌屬 Chryseobacterium、Sediminibacterium和Methylomonas的相對豐度增加,該類菌株可耐受高濃度 t-1,2-DCE.甲烷氧化菌菌屬Methylocystaceae_Unclassified、甲基球目菌屬(未分類)Methylococcales_Unclassified、Methylophilus和非甲烷氧化菌菌屬Ramlibacter、Acidovorax與 V(CH4)呈顯著正相關(guān)(r=0.89~0.99,P<0.05),表明在t-1,2-DCE脅迫條件下這些菌屬是SWA1中對甲烷氧化起重要作用.在混合菌屬中,非甲烷氧化菌Ramlibacter和Acidovorax一方面可能通過與甲烷氧化菌的協(xié)同作用關(guān)系促進甲烷氧化,另一方面可能直接參與甲烷代謝,有研究顯示 Acidovorax在甲烷產(chǎn)生環(huán)境中具有高的相對豐度[26-27],關(guān)于這些非甲烷氧化菌在甲烷消耗中的作用還需進一步驗證.SWA1中只有Methylomonas(r=0.486)和Sediminibacterium (r=0.657)相對豐度與t-1,2-DCE降解效率η呈正相關(guān),表明它們對t-1,2-DCE的降解起主要作用,已有研究證明含有Methylomonas的混合菌或分離的純菌株 Methylomonas都能通過共代謝降解t-1,2-DCE等氯代烴[28-29].未見 Sediminibacterium降解氯代烴的報道,有研究表明Sediminibacterium在混合菌中可產(chǎn)生葡萄糖等化合物[30],因此Sediminibacterium可通過為其他微生物提供生長底物的協(xié)同作用方式促進氯代烴降解.純種菌株共代謝降解氯代烴研究中發(fā)現(xiàn)氯代烴去除和甲烷氧化間存在不可避免的競爭性抑制[31-32],相關(guān)性結(jié)果顯示SWA1中與甲烷氧化和 t-1,2-DCE去除相關(guān)菌屬不盡相同(表4),這在一定程度上可緩解競爭性抑制的發(fā)生,更有利于氯代烴的去除.
TCE脅迫條件下,菌屬 Methylocystaceae_Unclassified、Methylocystaceae_uncultured、Ramlibacter、Methylosarcina、Sphingomonas、Sediminibacterium和Acidovorax與TCE濃度呈顯著正相關(guān)(r=0.50~0.90),表明這些菌屬耐高濃度TCE.SWA1中甲烷氧化菌菌屬Methylophilus、Methylomonas及非甲烷氧化菌菌屬Cloacibacterium 對甲烷氧化起主要作用,有研究顯示 Cloacibacterium為水環(huán)境沉積物和市政廢水中的主要微生物[33-34],表明其在有機物降解中起重要作用.高耐受TCE微生物均與η呈正相關(guān)關(guān) 系,菌 屬 Methylocystaceae_uncultured、Ramlibacter、Methylosarcina、Sediminibacterium和Acidovorax對TCE的去除起主要作用,甲烷氧化菌在TCE降解研究中已有許多報道[5],也有研究證明Acidovorax對地下水中TCE去除起重要作用[35],可知SWA1對于氯代烴的去除并非只有甲烷為底物的共代謝降解過程.同樣,該條件下,甲烷氧化微生物和氯代烴降解微生物主要菌屬不盡相同,生物降解過程中混合菌屬SWA1中各菌株既有協(xié)同作用關(guān)系又相互獨立.
PCE脅迫下,根據(jù)微生物群落結(jié)構(gòu)變化,可知甲烷氧化相關(guān)微生物為 Methylophilus.Methylocystaceae_uncultured在高濃度PCE環(huán)境中具有高的相對豐度,表明其對PCE具有高的耐受性.在優(yōu)勢菌屬中 Acidovorax有報道可進行PCE的生物降解.不同氯代烯烴脅迫條件下,SWA1群落結(jié)構(gòu)具有顯著性差異,甲烷氧化微生物和氯代烴降解微生物均不盡相同,說明群落結(jié)構(gòu)改變是SWA1功能變化的重要原因.
表2 氯代烴脅迫下降解參數(shù)與微生物相關(guān)性Table 2 Correlation between relative abundances of the microbial diversity at dominant bacterial taxa and SWA1characteristics
2.5 氯代烯烴降解過程微生物的可能相互作用分析
自然環(huán)境中,污染物的有效去除依賴于混合菌中多種微生物的協(xié)同作用關(guān)系[9-10].基于Spearman相關(guān)性系數(shù),建立種群中不同菌屬間的相互作用關(guān)系網(wǎng),獲得物種在環(huán)境樣本中的共存關(guān)系,t-1,2-DCE和TCE脅迫下SWA1中優(yōu)勢菌屬相互作用關(guān)系網(wǎng)如圖5所示.SWA1中絕大多數(shù)優(yōu)勢菌屬間為正相關(guān),表明在生物降解過程中,協(xié)同作用是各菌屬間的主要關(guān)系.不同甲烷氧化菌間,不同非甲烷氧化菌間及甲烷氧化菌和非甲烷氧化菌間均存在相互作用關(guān)系,各菌屬間既有直接作用又有間接相互作用.t-1,2-DCE脅迫條件 下 Methylophilus、 Methylococcales_Unclassified、Methylocystaceae_Unclassified和Cloacibacterium各菌屬間均存在正相關(guān)關(guān)系.TCE脅迫條件下,Ramlibacter黃單胞菌(未分類)Xanthomonadaceae_unclassified、Methylosarcina、Acidovorax和Sediminibacterium菌屬間存在正相關(guān)關(guān)系.根據(jù)甲烷氧化菌代謝特性,二氧化碳產(chǎn)生速率為甲烷氧化速率的一半[36],該反應(yīng)體系中,唯一生長底物為甲烷,共代謝底物為氯代烴,監(jiān)測過程發(fā)現(xiàn)二氧化碳增加速率與甲烷消耗速率幾乎相等,而所添加氯代烴中所含的當量二氧化碳遠小于甲烷中的當量二氧化碳,這表明近一半的二氧化碳來源于非甲烷氧化菌的新陳代謝,生長底物來源于甲烷氧化菌代謝的有機物.已有相關(guān)研究表明甲烷氧化菌與非甲烷氧化菌相互作用關(guān)系可以為混合菌提供穩(wěn)定的生長環(huán)境和合適的基質(zhì)組成[37-38].
圖5 不同氯代烯烴脅迫下微生物間的相互作用關(guān)系網(wǎng)Fig.5 The interaction networks of the microorganism in SWA1under different chloroalkenes acclimatization
3.1 混合菌 SWA1對氯代烯烴有高的耐受性,對t-1,2-DCE的最高耐受濃度高于580mg/L;對TCE最高耐受濃度為250mg/L;對PCE最高耐受濃度為500mg/L.好氧共代謝條件下SWA1能有效降解氯代烴,對t-1,2-DCE去除率高于90%.3.2 不同氯代烯烴脅迫條件下,混合菌SWA1微生物群落結(jié)構(gòu)種間差異顯著,t-1,2-DCE馴化后優(yōu)勢菌屬為 Methylomonas(31.7%~62.2%),TCE和PCE馴化后優(yōu)勢菌屬為Methylophilus(26.9%~46.3%,37.9%~61.7%).
3.3 氯代烯烴共代謝降解過程中,直接參與甲烷氧化和氯代烴降解微生物差異較大,t-1,2-DCE 共代謝生物降解中 Methylophilus、Ramlibacter和 Acidovora促進甲烷氧化,Methylomonas參與t-1,2-DCE降解.TCE共代謝降解中參與甲烷氧化和氯代烴降解的優(yōu)勢菌屬分別為 Methylophilus和 Cloacibacterium.Methylocystaceae_uncultured對TCE降解起重要作用.
3.4 微生物spearman相關(guān)性分析顯示SWA1中t-1,2-DCE 脅 迫 條 件 下 Methylophilus、Methylococcales_Unclassified、Methylocystaceae_Unclassified和Cloacibacterium各菌屬間均存在直接正相關(guān)關(guān)系.TCE脅迫條件下,Ramlibacter、Xanthomonadaceae_unclassified、Methylosarcina、Acidovorax和Sediminibacterium菌屬間存在直接正相關(guān)關(guān)系.菌屬間相互協(xié)同作用強化SWA1生物活性.
[1] Coleman N V, Mattes T E, Gossett J M, et al. Biodegradation of cis-dichloroethene as the sole carbon source by a betaproteobacterium [J]. Applied & Environmental Microbiology,2002,68(6):2726-2730.
[2] Pant P, Pant S. A review: Advances in microbial remediation of trichloroethylene (TCE) [J]. Journal of Environmental Sciences,2010,22(1):116-126.
[3] Le N B, Coleman N V. Biodegradation of vinyl chloride, cisdichloroethene and 1,2-dichloroethane in the alkene/alkaneoxidising mycobacterium strain NBB4 [J]. Biodegradation, 2011,22(6):1095-1108.
[4] Alvarez-Cohen L, Mccarty P L. Product toxicity and cometabolic competitive inhibition modeling of chloroform and trichloroethylene transformation by methanotrophic resting cells[J]. Applied and Environmental Microbiology, 1991,57(4):1031-1037.
[5] 邢志林,張麗杰,趙天濤.專一營養(yǎng)與兼性甲烷氧化菌降解氯代烴的研究現(xiàn)狀、動力學(xué)分析及展望 [J]. 生物工程學(xué)報, 2014,30(4):531-544.
[6] Kao C M, Liao H Y, Chien C C, et al. The change of microbial community from chlorinated solvent-contaminated groundwater after biostimulation using the metagenome analysis. Journal of Hazardous Materials, 2016,302:144—150.
[7] El Fantroussi S, Agathos S. Is bioaugmentation a feasible strategy for pollutant removal and site remediation? [J]. Current Opinion in Microbiology, 2005,8(3):268-275.
[8] Frascari D, Fraraccio S, Nocentini M, et al. Aerobic/anaerobic/aerobic sequenced biodegradation of a mixture of chlorinated ethenes, ethanes and methanes in batch bioreactors [J].Bioresource Technology, 2012,128(1):479-486.
[9] 楊清香,賈振杰,李慧君,等.高效脫色菌群的脫色、產(chǎn)酶及群落分析 [J]. 中國環(huán)境科學(xué), 2007,27(6):763-767.
[10] Shah V, Zakrzewski M, Wibberg D, et al. Taxonomic profiling and metagenome analysis of a microbial community from a habitat contaminated with industrial discharges [J]. Microbial Ecology, 2013,66(3):533-550.
[11] 張蔚文.混合菌培養(yǎng)在生物降解中的意義 [J]. 環(huán)境科學(xué)與技術(shù), 1993,60(1):16-20.
[12] Witzig R, Junca H, Hecht H, et al. Assessment of toluene/biphenyl dioxygenase gene diversity in benzene-polluted soils:Links between benzene biodegradation and genes similar to those encoding isopropylbenzene dioxygenases [J]. Applied &Environmental Microbiology, 2006,72(5):3504-3514.
[13] Choi S A, Lee E H, Cho K S. Effect of trichloroethylene and tetrachloroethylene on methane oxidation and community structure of methanotrophic consortium [J]. Journal of Environmental Science & Health Part A Toxic/hazardous Substances & Environmental Engineering, 2013,48(13):1723-1731.
[14] Alvarez-Cohen L, Mccarty P L. Effects of toxicity, aeration, and reductant supply on trichloroethylene transformation by a mixed methanotrophic culture [J]. Applied & Environmental Microbiology, 1991,57(1):228-235.
[15] Broholm K, Jensen B K, Christensen T H, et al. Toxicity of 1,1,1-trichloroethane and trichloroethene on a mixed culture of methane-oxidizing bacteria [J]. Applied & Environmental Microbiology, 1990,56(8):2488-2493.
[16] Frascari D, Zanaroli G, Bucchi G, et al. Trichloroethylene aerobic cometabolism by suspended and immobilized butane-growing microbial consortia: A kinetic study [J]. Bioresource Technology,2013,144(6):529.
[17] Kocamemi B A, Ce?en F. Biological removal of the xenobiotic trichloroethylene (TCE) through cometabolism in nitrifying systems [J]. Bioresource Technology, 2010,101(1):430-433.
[18] 何 芝,趙天濤,邢志林,等.典型生活垃圾填埋場覆蓋土微生物群落分析 [J]. 中國環(huán)境科學(xué), 2015,35(12):3744-3753.
[19] 郭 敏,何品晶,呂 凡,等.垃圾填埋場覆土層Ⅱ型甲烷氧化菌的群落結(jié)構(gòu) [J]. 中國環(huán)境科學(xué), 2008,28(6):536-541.
[20] 高艷輝,趙天濤,邢志林,等.銅離子對混合菌群降解三氯乙烯的影響與機制分析 [J]. 生物工程學(xué)報, 2016,32(5):621-634.
[21] Heipieper H J, Neumann G, Cornelissen S, et al. Solvent-tolerant bacteria for biotransformations in two-phase fermentation systems [J]. Applied Microbiology and Biotechnology, 2007,74(5):961-973.
[22] Liu J, Martinez-Corral R, Prindle A, et al. Coupling between distant biofilms and emergence of nutrient time-sharing [J].Science, 2017,356(6338):638-642.
[23] Xing Z, Zhao T, Gao Y, et al. Real-time monitoring of methane oxidation in a simulated landfill cover soil and MiSeq pyrosequencing analysis of the related bacterial community structure [J]. Waste Management, 2017,68:369-377.
[24] Shukla A K, Vishwakarma P, Upadhyay S N, et al. Biodegradation of trichloroethylene (TCE) by methanotrophic community [J].Bioresource Technology, 2009,100(9):2469-2474.
[25] Janssen D B, Grobben G, Hoekstra R, et al. Degradation of trans-1,2-dichloroethene by mixed and pure cultures of methanotrophic bacteria [J]. Applied Microbiology and Biotechnology, 1988,29(4):392-399.
[26] Van EertenJansen M C, Veldhoen A B, Plugge C M, et al.Microbial community analysis of a methane-producing biocathode in a bioelectrochemical system [J]. Archaea-an International Microbiological Journal, 2013,2013(9):1-12.
[27] Helm J, Wendlandt K D, Rogge G, et al. Characterizing a stable methane-utilizing mixed culture used in the synthesis of a high-quality biopolymer in an open system [J]. Journal of Applied Microbiology, 2006,101(2):387-395.
[28] Moore A T, Vira A, Fogel S. Biodegradation of trans-1,2-dichloroethylene by methane-utilizing bacteria in an aquifer simulator [J]. Environmental Science & Technology, 1989,23(4):403-406.
[29] Koh S C, Bowman J P, Sayler G S. Soluble methane monooxygenase production and trichloroethylene degradation by a type I methanotroph, Methylomonas methanica 68-1 [J].Applied & Environmental Microbiology, 1993,59(4):960-967.
[30] Kim Y J, Kim M K, Bui T P N, et al. Sediminibacterium ginsengisoli sp. Nov., a ?-glucosidase producing bacterium isolated from soil of a ginseng field [J]. International Journal of Systematic & Evolutionary Microbiology, 2009,63(5):173-174.
[31] Lewis S, Gary D H, Paul V R, et al. A field evaluation of in-situ biodegradation of chlorinated ethenes: Part 3, studies of competitive inhibition [J]. Ground Water, 1991,29(2):239-250.
[32] Charng M K, Voice T C, Criddle C S. Kinetics of competitive inhibition and cometabolism in the biodegradation of benzene,toluene, and p-xylene by two pseudomonas isolates [J].Biotechnology & Bioengineering, 1993,41(11):1057-1065.
[33] Allen T D, Lawson P A, Collins M D, et al. Cloacibacterium normanense gen. Nov., sp. Nov., a novel bacterium in the family flavobacteriaceae isolated from municipal wastewater [J].International Journal of Systematic & Evolutionary Microbiology,2006,56(6):1311-1316.
[34] Cao S J, Deng C P, Li B Z, et al. Cloacibacterium rupense sp.Nov., isolated from freshwater lake sediment [J]. International Journal of Systematic & Evolutionary Microbiology, 2010,60(9):2023-2026.
[35] Li K. Microbial bioremediation and monitoring of a TCE-contaminated site [J]. Journal of Applied Behavior Analysis,2011,36(2):187-204.
[36] 邢志林,趙天濤,陳新安,等.覆蓋層氧氣消耗通量模型及甲烷氧化能力預(yù)測 [J]. 化工學(xué)報, 2015,66(3):1117-1125.
[37] Petersen J M, Dubilier N. Methanotrophic symbioses in marine invertebrates [J]. Environmental Microbiology Reports, 2009,1(1):319-335.
[38] Stock M, Hoefman S, Kerckhof F M, et al. Exploration and prediction of interactions between methanotrophs and heterotrophs [J]. Research in Microbiology, 2013,164(10):1045-1054.