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        腹瀉仔豬中豬圓環(huán)病毒2型的檢測及生物信息學(xué)分析

        2017-11-21 11:22:56許思遙徐志文
        豬業(yè)科學(xué) 2017年10期
        關(guān)鍵詞:病料圓環(huán)毒株

        平 措 , 許思遙 ,徐志文 ,朱 玲

        (1.四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動物醫(yī)學(xué)院,四川 成都 611130;2.西藏林芝市巴宜區(qū)農(nóng)牧局獸防站, 西藏 林芝 860100)

        腹瀉仔豬中豬圓環(huán)病毒2型的檢測及生物信息學(xué)分析

        平 措1,2, 許思遙1,徐志文1,朱 玲1

        (1.四川農(nóng)業(yè)大學(xué)動物醫(yī)學(xué)院,四川 成都 611130;2.西藏林芝市巴宜區(qū)農(nóng)牧局獸防站, 西藏 林芝 860100)

        為研究仔豬腹瀉中豬圓環(huán)病毒2型(PCV2)的生物信息,參考GenBank發(fā)表的豬圓環(huán)病毒2型(PCV2)全基因組序列,設(shè)計(jì)并合成一對特異性引物,從四川地區(qū)豬場送檢的腹瀉仔豬病料中擴(kuò)增PCV2全長基因序列,回收PCR產(chǎn)物。將其插入PMD19-T載體,構(gòu)建了重組質(zhì)粒,轉(zhuǎn)化后篩選、提取陽性重組質(zhì)粒進(jìn)行測序。將測序結(jié)果及推導(dǎo)的氨基酸序列與國內(nèi)外的不同分離株進(jìn)行生物信息學(xué)分析。結(jié)果表明,分離株基因組全長為1 767 bp,分離的三株基因組與GenBank上已發(fā)表的PCV2分離株之間的核苷酸同源性分別為1#94.7%~89.6%、2#94.7%~89.3%、3#96.4%~86.8%,氨基酸序列同源性為1#97.9%~95.7%、2#97.1%~95.5%、3#98.4%~94.8%,說明四川地區(qū)腹瀉仔豬病料中PCV2的變異相對保守。

        豬圓環(huán)病毒2型;PCR檢測;生物信息學(xué)分析

        圓環(huán)豬病毒(porcine circovirus,PCV)在1974年首次由德國學(xué)者Tischer在PK-15細(xì)胞培養(yǎng)污染物中分離得到[1],在分類學(xué)上屬圓環(huán)病毒科圓環(huán)病毒屬,它是一種無囊膜的單股負(fù)鏈環(huán)狀DNA病毒,為已知的最小的動物病毒之一。病毒粒子直徑14~17 nm,呈20面體對稱結(jié)構(gòu),無囊膜,含有共價閉合的單股環(huán)狀負(fù)鏈DNA,基因組大小約為1.76 kb。PCV對外界理化因子的抵抗力相當(dāng)強(qiáng),即便在pH3的酸性環(huán)境及72 ℃的高溫環(huán)境中也能存活一段時間,氯仿作用不失活,無血凝活性[2,3]。致病性和核酸序列的不同,分為1型(PCV1)和2型(PCV2)[4],近期有報(bào)道發(fā)現(xiàn)3型(PCV3)[5]。PCV1基因組長1 759 bp,PCV2基因組長1 767~1 768 bp,PCV3基 因 組長2 000 bp。研究發(fā)現(xiàn),PCV2含有11個ORFs,有兩個主要即ORF1和ORF2[7]。ORF1編碼復(fù)制酶相關(guān)的rep蛋白,該蛋白氨基酸序列相當(dāng)保守,是與PCV1產(chǎn)生抗原交叉性的主要部位;ORF2編碼病毒的核衣殼蛋白[8,9]。PCV2和PCV1、PCV3間氨基酸序列同源性較低,差異較為明顯[10]。豬對PCV2具有較強(qiáng)的易感性,感染豬可自鼻液、糞便等代謝廢物中排出病毒,經(jīng)口腔、呼吸道途徑感染不同年齡的豬。

        PCV2為致病性的病毒[11],是斷奶仔豬多系統(tǒng)衰竭綜合征(PMWS)、豬皮炎腎炎綜合征(PDNS)、仔豬先天性震顫(CT)、增生性壞死性肺炎(PNP)、豬呼吸道疾病綜合征(PRDC)、繁殖障礙、腸炎等多種疾病的病原[12]。腹瀉是豬的一種常見病,發(fā)病率高,常發(fā)病于冬春、夏秋的交替期。近年仔豬冬季腹瀉情況多發(fā),并且仔豬腹瀉表現(xiàn)為發(fā)病率高,致死率高的整體情況。近年全國范圍內(nèi)仔豬腹瀉發(fā)病率高、死亡率高,造成較大經(jīng)濟(jì)損失,已成為影響我國養(yǎng)豬產(chǎn)業(yè)發(fā)展的一大障礙。豬腹瀉中仔豬腹瀉占總量的比重較大,多發(fā)于1~3月齡的斷奶仔豬,腹瀉引起的死亡占仔豬死亡總數(shù)的40%。低日齡仔豬感染PCV2后繼發(fā)感染其他病原報(bào)道時有發(fā)生,尤其以腹瀉為典型臨床特征的病例更是常有報(bào)道,血清學(xué)調(diào)查表明,PCV在世界范圍內(nèi)流行[13]。圓環(huán)病毒(PCV)被列為世界公認(rèn)的當(dāng)前危害養(yǎng)豬業(yè)發(fā)展的頭號疫病[14,15],已引起世界各國的廣泛關(guān)注。這次實(shí)驗(yàn)通過PCR方法在仔豬腹瀉病料中克隆PCV2全基因,并與GenBank中的參考序列比較分析,有助于了解不同地區(qū)的PCV2毒株序列的同源性差異,為仔豬腹瀉病料中PCV2的分子生物學(xué)及分子流行病學(xué)調(diào)查提供數(shù)據(jù)支持。

        1 材料與方法

        1.1 材料

        1.1.1 實(shí)驗(yàn)病料

        病料的采集:病料主要來源2016年10月至2017年6月四川地區(qū)某豬場送檢腹瀉仔豬組織樣品,采集患腹瀉的死豬的病料組織樣品進(jìn)行檢測。

        PCV2陽性病料由四川農(nóng)業(yè)大學(xué)生物技術(shù)中心保存并提供。

        病料的處理:采取剖解豬的腹股溝淋巴結(jié)、脾臟、肺臟、肝臟等組織作為檢測PCV2的材料,加入少許PBS溶液,-70 ℃反復(fù)凍融3次,在研缽中經(jīng)行無菌研磨,4 ℃ 12 000 r/min離心5 min,取上清液備用。

        表1 主要儀器

        表2 DNA提取產(chǎn)物的PCR反應(yīng)體系

        1.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑

        DL2000 Marker、Marker III 購TIANGEN生物制品公司;2xTaq PCR master Mix 購 自 TaKa-Ra;氯仿,異丙醇,75%乙醇,TE;10 mg/mL EB JC存液:以l0 mg/mL濃度將EB溶于雙蒸水中,劇烈攪拌,完全溶解后,室溫下避光保存。

        實(shí)驗(yàn)材料由四川農(nóng)業(yè)大學(xué)生物技術(shù)中心提供。

        1.1.3 主要儀器

        主要儀器見表1。

        1.1.4 引物的設(shè)計(jì)與合成

        參照GenBank發(fā)表的PCV2全基因序列,通過Primer Premier 5.0生物軟件設(shè)計(jì)出一對特異性引物。其序列如下:

        1.2 方法

        1.2.1 病料病毒DNA的提取方法

        1)取病料研磨后取上清液離心(12 000 r/min×5 min) 后 去 400 μL上清液,加500 μL飽和酚后混勻靜置5 min。

        圖1 PCV2基因的PCR電泳產(chǎn)物

        2)再次離心(12 000 r/min×5min)后取上清液加入飽和酚、氯仿各200 μL, 混 勻 靜 置 5 min后 離 心(12 000 r/min×5 min)

        3)重復(fù)步驟2)。

        4)再取上清液加入氯仿400 uL,混勻靜置5 min后離心(12 000 r/min×5 min)。

        5)離心后取上清液加入2倍體積異丙醇輕搖2 min后靜置放入冰箱(-20 ℃)10 min,

        6)取出離心(12 000 r/min×5 min)。離心后棄上清液,用75%的冰乙醇1 mL清洗沉淀及管壁后離心(12 000 r/min×5 min)。

        7)離心后棄上清液,室溫干燥沉淀。最后加入30~50 μL TE溶解干燥沉淀,放入-20 ℃保存。

        1.2.2 DNA提取產(chǎn)物的PCR擴(kuò)增

        采用10 μL體系進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR反應(yīng)體系為(見表2):

        PCR反應(yīng)程序?yàn)椋侯A(yù)變性:95 ℃ 4 min、變性 :95 ℃ 30 s、退火:52.8 ℃ 30 s、延伸:72 ℃ 30 s,反應(yīng)35個循環(huán)、終延伸:72 ℃ 7 min,4 ℃保存。

        表3 目的片段PCR反應(yīng)體系

        表4 國內(nèi)外某些PCV2的登錄號及來源

        1.2.3 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳將PCR產(chǎn)物加入制作好的瓊脂糖凝膠孔中,采用DL 2000 marker,進(jìn)行電泳。

        1.2.4 凝膠成像及對照

        利用凝膠成像儀成像,并對結(jié)果進(jìn)行陰陽性對照。在電泳緩沖液中,5 V/cm電壓,電泳30 min。最終獲得長度約為1 767 bp的片段,與預(yù)期擴(kuò)增的片段長度相符。

        1.2.3 目的DNA片段的回收與連接

        按照瓊脂糖凝膠回收試劑盒說明書進(jìn)行,取30~50μL的回收產(chǎn)物置-20 ℃?zhèn)浯妗?/p>

        將回收好的目的片段與PMD19-T simple Vector 連接,反應(yīng)體系為(見表3)。

        1.2.4 DH5α感受態(tài)細(xì)胞的制備

        無菌條件下用挑取DH5α大腸桿菌多個菌落,接種于10 mL的LB肉湯中,37 ℃水浴振蕩培養(yǎng)過夜,次日取1 mL DH5α菌液接種于20 mL的LB培養(yǎng)基中,37 ℃水浴振蕩培養(yǎng)至OD 0.6左右,將菌液轉(zhuǎn)移至15 mL離心 管, 冰 浴 10 min ,3 000 r/min ,離心5 min ,棄上清,將菌體懸浮在10 mL 0.1 mol/L CaCl2中,冰浴10 min,3 000 r/min,4 ℃ 離 心 5 min ,棄上清,將菌體重懸于10 mL 0.1 mol/L CaCl2,冰浴中放置12 h。

        1.2.5 連接物的轉(zhuǎn)化、陽性克隆菌落挑選和鑒定

        取100 μL上述制備的感受態(tài)細(xì)胞,加入10 μL連接產(chǎn)物并攪拌混勻,先冰浴30 min,然后42 ℃水浴2 min ,再冰浴5 min,加入0.9 mL LB液體培養(yǎng)基,37 ℃水浴振蕩1 h,將200 μL轉(zhuǎn)化菌涂布于LB/Amp/X-Gal/IPTG 瓊脂固體培養(yǎng)基,置37 ℃培養(yǎng)12 h,觀察菌落生長情況,篩選出重組轉(zhuǎn)化體。再將其接種于10 mL LB/Amp/X-Gal/IPTG液體培養(yǎng)基中,于37 ℃以220 r/min搖振培養(yǎng)過夜。用菌液PCR挑選出陽性克隆菌落。通過電泳檢測,克隆的陽性重組質(zhì)粒均帶有相應(yīng)的目的片段。檢測為陽性,說明轉(zhuǎn)化成功。

        取菌落PCR鑒定為陽性的菌液送上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司進(jìn)行序列測定。

        2 結(jié)果

        2.1 PCV2基因核苷酸序列同源性分析結(jié)果

        利用DNA Star,NCBI等軟件拼接、比對,確定測序結(jié)果為PCV2。將所得序列與NCIBI數(shù)據(jù)庫中收錄的國內(nèi)外部分PCV2基因序列(表4)進(jìn)行核苷酸的同源性比較。

        將本次實(shí)驗(yàn)獲得的3株P(guān)CV2基因序列,與NCBI數(shù)據(jù)庫里的十株P(guān)CV2基因和完整的PCV2基因序列,運(yùn)用DNA Star軟件進(jìn)行同源性分析。

        1號PCV2基因組與國外四株P(guān)CV基因組加拿大株(AF027217)、美國株(AY391927)、法國株(HM623764)和丹麥株(FJ935780)同源性分別為96.2%、97.7%、95.7%和 97.9%, 同源性相對較高且相差2.2%。在與國內(nèi)6株P(guān)CV基因組浙江株(AY188355)(AY651850)、 北 京 株(AF381175)、南 京 株(AY556473)、 山 東 株(AY536755) 和 廣 東 株(JX294717)的同源性在97.9%-96.1%之間,1號PCV2毒株與浙江株(AY188355)及山東株(AY536755)的同源性最高,達(dá)到97.9%。同源性最低的是北京株(AF381175),為96.1%。

        2號PCV2基因組與國外四株P(guān)CV基因組加拿大株(AF027217)、美國株(AY391927)、法國株(HM623764)和丹麥株(FJ935780)同源性分別為96.1%、97.0%、95.5%和 97.1%, 同源性相對較高且相差1.6%。在與國內(nèi)6株P(guān)CV基因組浙江株(AY188355)(AY651850)、 北 京 株(AF381175)、南 京 株(AY556473)、 山 東 株(AY536755) 和 廣 東 株(JX294717)的同源性在97.1%-96.0%之間,1號PCV2毒株與浙江株(AY188355)及山東株(AY536755)的同源性最高,達(dá)到97.9%。同源性最低的是北京株(AF381175),為96.0%。

        圖2 PCV2基因核苷酸序列同源性比較

        圖3 PCV2基因推導(dǎo)氨基酸同源性比較

        圖4 PCV2推導(dǎo)氨基酸的遺傳進(jìn)化樹(最大似然法)

        圖5 PCV2推導(dǎo)氨基酸的遺傳進(jìn)化樹(相似臨界法)

        3號PCV2基因組與國外四株P(guān)CV基因組加拿大株(AF027217)、美國株(AY391927)、法國株(HM623764)和丹麥株(FJ935780)同源性分別為95.1%、96.0%、94.8%和 96.3%, 同源性相對較高且相差1.5%。在與國內(nèi)6株P(guān)CV基因組浙江株(AY188355)(AY651850)、 北 京 株(AF381175)、南 京 株(AY556473)、 山 東 株(AY536755)和廣東株(JX294717)的同源性在98.4%~95.0%之間,1號PCV2毒株與南京株(AY556473)的同源性最高,達(dá)到98.4%。同源性最低的是北京株(AF381175),為95.0%。

        1、2、3號的相互同源性比較相近,在97.7%~96.3%之間。

        通過以上核苷酸同源性比較,可以看出,三株與國內(nèi)基因組進(jìn)行同源性比較與北京株(AF381175)同源性最低。浙江株(AY188355)(AY651850)的同源性比較相同,可以看出PCV2在進(jìn)化上比較保守的這一特性。

        2.2 PCV2基因推導(dǎo)氨基酸的生物信息學(xué)分析結(jié)果

        PCV2均含有11個ORF區(qū)域,有2個主要即ORF1和ORF2。ORF1編碼復(fù)制酶相關(guān)的rep蛋白,ORF2編碼病毒的核衣殼蛋白。本試驗(yàn)篩選PCV2基因的ORF1,獲得的核苷酸序列利用MEGA軟件推導(dǎo)出氨基酸序列,同時推導(dǎo)出上述NCBI數(shù)據(jù)庫里的十株P(guān)CV2基因的氨基酸序列,并利用DNA-start軟件進(jìn)行同源性分析,得出以下結(jié)果。

        1號PCV2基因組與國外四株P(guān)CV基因組加拿大株(AF027217)、美國株(AY391927)、法國株(HM623764)和丹麥株(FJ935780)同源性分別為91.3%、94.6%、89.6%和 94.7%, 同源性相對較高且相差5.1%。在與國內(nèi)6株P(guān)CV基因組浙江株(AY188355)(AY651850)、 北 京 株(AF381175)、南 京 株(AY556473)、 山 東 株(AY536755) 和 廣 東 株(JX294717)的同源性在94.7%-91.9%之間,1號PCV2毒株與浙江株(AY188355)及山東株(AY536755)的同源性最高,達(dá)到94.7%。同源性最低的是南京株(AY556473),為91.9%。

        2號PCV2基因組與國外四株P(guān)CV基因組加拿大株(AF027217)、美國株(AY391927)、法國株(HM623764)和丹麥株(FJ935780)同源性分別為90.0%、92.0%、89.3%和 92.2%, 同源性相對較高且相差2.9%。在與國內(nèi)6株P(guān)CV基因組浙江株(AY188355)(AY651850)、北京 株(AF381175)、南 京 株(AY556473)、 山 東 株(AY536755)和廣東株(JX294717)的同源性在94.7%~90.0%之間,1號PCV2毒株與南京株(AY556473)的同源性最高,達(dá)到94.7%。同源性最低的是北京株(AF381175),為90.0%。

        3號PCV2基因組與國外四株P(guān)CV基因組加拿大株(AF027217)、美國株(AY391927)、法國株(HM623764)和丹麥株(FJ935780)同源性分別為87.1%、89.8%、86.8%和 90.3%, 同源性相對較高且相差3.5%。在與國內(nèi)6株P(guān)CV基因組浙江株(AY188355)(AY651850)、 北 京 株(AF381175)、南 京 株(AY556473)、 山 東 株(AY536755)和廣東株(JX294717)的同源性在96.4%~87.1%之間,1號PCV2毒株與南京株(AY556473)、的同源性最高,達(dá)到94.7%。同源性最低的是北京株(AF381175),為91.9%。

        1、2、3號的相互同源性比較相近,在93.7%~90.3%之間。

        通過以上核苷酸同源性比較,可以看出,三株推導(dǎo)出的氨基酸序列與南京株(AY556473)的同源性最高,與國外株法國株(HM623764)同源性最低,且都在90%以下。

        2.3 PCV2基因推導(dǎo)氨基酸遺傳進(jìn)化樹分析結(jié)果

        將有核苷酸序列推導(dǎo)的氨基酸序列利用MEGA軟件分析,采用Poisson模型分別使用最大似然法和相似臨界法重復(fù)1 000次進(jìn)行建樹分析,獲得下列進(jìn)化樹。

        在繪制的兩幅進(jìn)化樹中可以看出,PCV2分成3個獨(dú)立的大群,1號PCV2基因組與2號、3號PCV2基因組不在一個大群,2號、3號PCV2基因組在一個大群。2號PCV2基因組和3號PCV2基因組在同一大群的不同亞組。并且2種不同的方法進(jìn)行分析得出的分組情況一致,相互印證,說明進(jìn)化樹穩(wěn)定。

        3 討論

        目前通過已知病毒株的基因序列來擴(kuò)增獲得流行株對應(yīng)基因序列,并使用軟件分析核苷酸組成的DNA序列和蛋白質(zhì)組成的氨基酸序列的同源性差異,來判斷目的基因的變異情況己經(jīng)成為病毒基礎(chǔ)研究中重要且常用的手段和方法[8]。通過對流行株序列相關(guān)分析,監(jiān)測流行株的變異情況及趨勢,提前做出預(yù)防措施對于生豬養(yǎng)殖有重要意義。

        仔豬腹瀉情況多發(fā),可由多種原因引起,通過對仔豬腹瀉病料中PCV2的檢測及生物信息學(xué)分析,可以看出PCV2在進(jìn)化上相對比較保守,但隨著流行時間的增加也逐漸發(fā)生了變異,這些變異是否能導(dǎo)致毒力發(fā)生變化尚不明確。至今為止,雖然PCV2的研究已經(jīng)取得了很大的進(jìn)展,但是PCV2病毒的來源和致病機(jī)制尚不十分明確。并且當(dāng)前不同國家和不同臨床病癥下分離到的PCV2毒株間的致病性有何差異也暫不清楚,對PCV2病毒的變異也處在探索階段。因此,對PCV2毒株基因組序列差異開展研究,有助于闡明疫病暴發(fā)的真正原因,從而控制疫病,減少損失。

        本研究克隆的3株P(guān)CV2毒株,基因組大小均為1 767 bp,與本次實(shí)驗(yàn)分析的其他PCV2毒株全基因組核苷酸序列同源性分型分別在在1#94.7%~89.6%、2#94.7%~89.3%、3#96.4%~86.8%之間,氨基酸序列同源性在1#97.9%~95.7%、2#97.1%~95.5%、3#98.4%~94.8%之間,說明三株P(guān)CV2 毒株與國內(nèi)外已報(bào)道的PCV2分離株的相對同源性較高,PCV2毒株間的親緣關(guān)系很近,符合PCV2不同分離株間在遺傳上比較保守這一特性,同現(xiàn)階段對PCV2病毒的研究成果相印證。但是分析結(jié)果,也可以看出盡管遺傳保守,但也存在著變異,并且變異的發(fā)生同地理位置分布有一定程度上的相關(guān)性。

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        四川省科技支撐計(jì)劃(2014NZ0043;2015NZ0072)

        主要作者:平措,1975年,男,藏族,西藏林芝,中級獸醫(yī)師,動物檢疫???,主要從事獸醫(yī)方向研究

        2017-06-27)

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