黃江平,楊帆,劉亞楠,鄒凱南,曹禹,吳丹,陳榮華,平原,周懷谷
(上海市公安局物證鑒定中心法醫(yī)物證學(xué)現(xiàn)場應(yīng)用技術(shù)公安部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室上海市現(xiàn)場物證重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,上?!?00083)
·經(jīng)驗(yàn)交流·
性別鑒定中amelogenin基因座變異的研究進(jìn)展
黃江平,楊帆,劉亞楠,鄒凱南,曹禹,吳丹,陳榮華,平原,周懷谷
(上海市公安局物證鑒定中心法醫(yī)物證學(xué)現(xiàn)場應(yīng)用技術(shù)公安部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室上海市現(xiàn)場物證重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,上海200083)
Amelogenin基因座變異,分為amelogenin引物結(jié)合區(qū)突變和包含amelogenin基因座的Y染色體微缺失兩種類型,以后者最為常見。Amelogenin引物結(jié)合區(qū)突變的發(fā)生機(jī)制是核苷酸點(diǎn)突變,包含amelogenin的Y染色體微缺失的發(fā)生機(jī)制可能是非等位同源重組或者非同源末端連接。在全世界人群中,位于印度次大陸地區(qū)的印度人群、斯里蘭卡人群和尼泊爾人群amelogenin變異率非常高。Amelogenin變異對(duì)生育能力和表型影響非常小,但在性別鑒定中會(huì)導(dǎo)致錯(cuò)誤的性別鑒定結(jié)果。采用包含常染色體STR基因座、amelogenin基因座和多個(gè)Y-STR基因座的復(fù)合擴(kuò)增試劑盒進(jìn)行檢測可有效避免因amelogenin變異導(dǎo)致的性別誤判。
法醫(yī)遺傳學(xué);amelogenin;綜述;性別鑒定;變異
通過amelogenin基因座分型進(jìn)行性別鑒定可廣泛應(yīng)用于法醫(yī)物證檢驗(yàn)[1],非整倍型性染色體畸變?cè)\斷[2]、考古分析[3]、產(chǎn)前診斷[4]、DNA數(shù)據(jù)庫、血液樣本儲(chǔ)存等。Amelogenin是編碼牙釉蛋白的基因,單拷貝,序列在靈長類高度保守。Amel-X和Amel-Y是amelogenin基因座的一對(duì)等位基因,分別位于Xp22.1-Xp22.3(2872bp)和Yp11.2(3272bp)[5-7]。通過設(shè)計(jì)引物,覆蓋X或者Y染色體內(nèi)含子或者外顯子內(nèi)不同的缺失,可得到長度不同的X和Y的PCR產(chǎn)物,利用長度差異進(jìn)行性別鑒定[8]。目前最常使用的特異性PCR引物是由英國法庭科學(xué)服務(wù)部(Forensic Science Service,F(xiàn)SS)設(shè)計(jì)的,這些引物可連接位于Amel-X內(nèi)含子1內(nèi)6 bp缺失的側(cè)翼,同時(shí)PCR擴(kuò)增X和Y染色體可獲得106bp和112bp的產(chǎn)物[9]。
在法醫(yī)物證檢驗(yàn)中,性別鑒定結(jié)果的準(zhǔn)確性尤為重要,可為偵查提供正確的方向,反之,則會(huì)使偵查走向歧途。然而,許多文獻(xiàn)[10-32]報(bào)道了不同人群amelogenin基因座發(fā)生變異、導(dǎo)致X或Y染色體特異性基因座擴(kuò)增失敗的情形。為了避免在法醫(yī)物證檢驗(yàn)工作中發(fā)生性別誤判,本文主要從amelogenin變異的概況、缺失定位、發(fā)生機(jī)制、變異后的影響以及應(yīng)對(duì)amelogenin變異的策略進(jìn)行綜述。
Amelogenin變異分為X和Y染色體amelogenin引物結(jié)合區(qū)突變和包含amelogenin基因座的Y染色體微缺失兩類,前者非常少見,后者較為多見。1998年,Santos等[10]首次報(bào)道了amelogenin變異的案例,作者對(duì)來自全球不同國家的350個(gè)男性樣本的Y染色體基因座進(jìn)行檢測,發(fā)現(xiàn)有兩名斯里蘭卡男性Amel-Y和Y染色體短臂上的多個(gè)Y基因座未檢出,重新設(shè)計(jì)引物后Amel-Y仍未檢出,排除了因Amel-Y引物結(jié)合區(qū)突變導(dǎo)致擴(kuò)增失敗,從而推斷性別分型“錯(cuò)誤”的原因是Y染色體短臂上包含amelogenin的片段發(fā)生缺失。由于樣本量較少(24例),因而在法醫(yī)界并沒有引起很大的反響。隨后Roffey等[11]和Henke等[12]相繼報(bào)道了澳大利亞一個(gè)非本土的男性和一例親子鑒定中的摩洛哥父子也發(fā)生了相似的性別分型“錯(cuò)誤”,他們認(rèn)為是Amel-Y引物結(jié)合區(qū)域發(fā)生突變而不是Amel-Y片段缺失,因?yàn)槿N常用的引物共享至少5bp的引物結(jié)合區(qū)域,若點(diǎn)突變發(fā)生在這些重疊區(qū)域,同樣會(huì)導(dǎo)致Amel-Y擴(kuò)增失敗。隨著amelogenin廣泛應(yīng)用于性別鑒定,全世界不同人群amelogenin變異的報(bào)道越來越多,研究也越來越深入。大量的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)表明,包含amelogenin的Y染色體微缺失是amelogenin變異的主要類型(見表1)。有趣的是,觀察到的amelogenin變異個(gè)體都是男性,理論上,amelogenin的變異率在男性和女性的X染色體中的比例是接近的,但由于女性有兩條X染色體,僅一條X染色體發(fā)生變異時(shí),另一條X染色體仍可指示性別,檢驗(yàn)結(jié)果與表型不矛盾,而兩條X染色體同時(shí)發(fā)生突變的概率非常低,所以目前還沒有女性樣本amelogenin變異的報(bào)道[13]。
Amelogenin的變異率具有人群特異性(表1),amelogenin的變異率在白人人群中普遍較低,在斯里蘭卡人群、印度人群、尼泊爾人群非常高。大部分包含amelogenin的Y染色體微缺失屬于Mark A.Jobling的Ⅰ型,缺失長度為3.0~3.8Mb[15]。Ⅰ型中屬于單倍群J2e1的男性占相當(dāng)高的比例,J2e1在土耳其人群中占0.96%,印度人群占5.22%,巴基斯坦人群占2.27%,尼泊爾加德滿都人群占6.49%,尼泊爾尼瓦爾人群占1.5%,這些分布表明J2e1可能起源于印度次大陸內(nèi)或者印度次大陸附近[14]。所以,包含amelogenin的Y染色體微缺失主要發(fā)生在印度次大陸地區(qū)的一個(gè)主要家系,并向外不斷傳播,同時(shí)世界其他地方的人群中也偶發(fā)了這種相似的變異。印度次大陸地區(qū)Amel-Y缺失頻率相對(duì)較高可能是遺傳漂變的結(jié)果[15-16]。
表1 全世界不同人群amelogenin變異率
2.1 Yp11.2區(qū)域概述
Amelogenin位于Yp11.2,Yp11.2包含5個(gè)單拷貝編碼基因(TGIF2LY、PCDH11Y、Amel-Y、TBL1Y和PRKY),一對(duì)反向重復(fù)序列IR3和1個(gè)蛋白編碼基因家族TSPY序列[34]。IR3反向重復(fù)序列對(duì)核苷酸一致性達(dá)99.75%,近端IR3重復(fù)序列和遠(yuǎn)端IR3重復(fù)序列間隔3.6Mb且方向相反。在群體內(nèi),IR3之間的DNA序列存在著倒位多態(tài)性[35]。TSPY序列長約700kb,以20.4kb的重復(fù)單位為基礎(chǔ),1個(gè)拷貝的重復(fù)單位包括1個(gè)TSPY基因和1個(gè)CYorf16轉(zhuǎn)錄單位,TSPY主要編碼睪丸特異蛋白,CYorf16編碼蛋白的潛質(zhì)有待進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)[34]。TSPY序列包括位于近端的主要序列TSPYA和遠(yuǎn)端的次要序列TSPYB。TSPYA是一個(gè)高度規(guī)則的包含多個(gè)重復(fù)單位的串聯(lián)排列序列,序列內(nèi)一致性差異很少超過1%。TSPYB嵌入在遠(yuǎn)端IR3反向重復(fù)序列內(nèi)的遠(yuǎn)端,只包含一個(gè)單拷貝的重復(fù)單位,序列內(nèi)一致性偏離3%[34]。TSPY拷貝數(shù)在人群中有變異,在兩個(gè)主要的研究中分別是18~47和23~64,這種變化可能由不等性姐妹染色單體互換引起[36]。
2.2 Amelogenin缺失的檢測
2005年,Lattanzi等[27]首先采用熒光原位雜交技術(shù)(fluorescence in situ hybridisation,F(xiàn)ISH)對(duì)Amel-Y缺失進(jìn)行初步定位,再用一系列STS進(jìn)行精確定位,發(fā)現(xiàn)Amel-Y陰性的2例男性樣本Y染色體短臂上存在跨度約2.5Mb的大片段缺失,2例樣本的斷點(diǎn)相同,近端斷點(diǎn)位于TSPYA內(nèi),遠(yuǎn)端斷點(diǎn)位于SY1242(6.444Mb)上游11538bp內(nèi)的區(qū)域。
2006年,Jobling等[15]收集了來自全球12類人群的45例Amel-Y缺失的男性樣本進(jìn)行缺失定位,其中32個(gè)樣本已經(jīng)被報(bào)道過,但只是采用Y-STR基因座進(jìn)行粗略定位。由于樣本不滿足熒光原位雜交技術(shù)的實(shí)驗(yàn)條件,作者選用了位于Y染色體短臂上的33個(gè)STS進(jìn)行定位,結(jié)果顯示,45例樣本片段缺失位置明顯不同,可分為五類(Ⅰ~Ⅳ型),Ⅰ型最為常見,包含38例,Ⅰ-S型包含3例,Ⅱ型包括2例,Ⅲ和Ⅳ型各1例。Ⅰ型和Ⅰ-S型的遠(yuǎn)端斷點(diǎn)位于SY1241(6.146Mb)和SY1242(6.444Mb)之間,這段298kb的區(qū)域恰好是遠(yuǎn)端反向重復(fù)序列IR3的位置,進(jìn)一步確定斷點(diǎn)不切實(shí)際,因?yàn)镮R3反向重復(fù)序列對(duì)一致性達(dá)99.75%,無法設(shè)計(jì)STS。近端斷點(diǎn)位于SY1079(9.199Mb)和SY59(9.969Mb)之間,即TSPYA(9.214~9.994Mb)序列內(nèi),TSPYA是串聯(lián)排列序列,整個(gè)TSPY序列一致性達(dá)96%(遠(yuǎn)端的TSPYB序列考慮在內(nèi)),所以也無法進(jìn)一步設(shè)計(jì)STS。Ⅰ型和Ⅰ-S型的區(qū)別在于SY59是否存在,檢測SY59周圍的序列,顯示SY59位于TSPYA最后一個(gè)和倒數(shù)第二個(gè)拷貝之間,但在來自全球的188個(gè)Amel-Y沒有缺失的男性中發(fā)現(xiàn)了2例SY59不存在的情況,分別屬于單倍群I和E(xE3b3),推測SY59的多態(tài)性是由于TSPYA末端重組引起的。Ⅰ-S型應(yīng)歸為Ⅰ型,Ⅰ型和Ⅰ-S型缺失片段長度為3.0~3.8 Mb;Ⅱ~Ⅳ型缺失的斷點(diǎn)位置與Ⅰ型不同,缺失片段長度分別是3.5~3.9Mb、3.9~4.0Mb、2.5~3.1Mb。
2007年,Yong等[14]除了使用已知的STS進(jìn)行低分辨率定位外,利用TSPY序列獨(dú)一無二的特性同源序列變異(paralogous sequence variant,PSV),在TSPYA(9.214~9.994 Mb)和TSPYB(6.153~6.190 Mb)序列內(nèi)分別設(shè)計(jì)了9個(gè)STS和27個(gè)STS進(jìn)行高分辨率定位,但是由于TSPYA序列的高度重復(fù)性和序列內(nèi)(9.285~9.885Mb)有約600kb的未知序列,所以近端斷點(diǎn)位置仍無法精確判斷。遠(yuǎn)端斷點(diǎn)可以用STS清楚區(qū)分,不同樣本TSPYB(6.153~6.190 Mb)序列內(nèi)的斷點(diǎn)不同,缺失長度與個(gè)體所屬的單倍群有關(guān),缺失片段長度為3~3.7 Mb,屬于Mark A.Jobling分類中的Ⅰ型。
除了Mark A.Jobling的5種典型分類外,還有許多其他類型的Amel-Y缺失,例如Takayama等[21]報(bào)道了日本的一例Amel-Y缺失,缺失片段分為三段,分別位于SY1242(6.44 Mb)和DYS487(8.95 Mb)間、SY59(9.98 Mb)和AC025819U(10.01 Mb)間以及SY1293(9.23Mb),缺失長度分別為2.51Mb、25kb和834b。
大量的數(shù)據(jù)顯示,Amel-Y缺失主要發(fā)生在Yp11.2區(qū)域,由于各個(gè)實(shí)驗(yàn)并沒有使用統(tǒng)一的STS且樣本Amel-Y缺失的斷點(diǎn)不同,所以無法很好地分類。根據(jù)缺失產(chǎn)生機(jī)制不同,一般可以分為兩個(gè)大類,一類是斷點(diǎn)位于TSPYB和TSPYA內(nèi)的Amel-Y缺失,即Mark A.Jobling的Ⅰ型和Ⅰ-S型(Amel-Y缺失最主要的類型);另一類是其他情形的Amel-Y缺失,但“46,XX”男性這種特殊類型除外。
2.3 Y-STR缺失情況
Yp11.2內(nèi)除了Amel-Y(6.78Mb)外,還有4個(gè)常用的Y-STR基因座,即DYS393(3.17 Mb)、DYS456(4.31Mb)、DYS458(7.91Mb)和DYS19(10.12Mb)。Y染色體發(fā)生微缺失時(shí),這些Y-STR基因座常和Amel-Y一起缺失。DYS458距離Amel-Y最近,只有1.13Mb,且位于TSPYA和TSPYB序列之間,Amel-Y缺失時(shí),常常伴有DYS458缺失,因此DYS458缺失也是Amel-Y可能發(fā)生缺失的重要信號(hào)。此外,DYS456-Amel-Y-DYS458缺失、Amel-Y-DYS458-DYS19缺失、DYS456-Amel-Y缺失也被報(bào)道過[21-29,31-49]。值得注意的是,即使缺失的Y-STR基因座相同,Amel-Y缺失的斷點(diǎn)位置和缺失長度也不一定相同,需要進(jìn)一步采用STS進(jìn)行精確定位。另外,還有一種特殊的類型:Amel-Y結(jié)果為陰性,Y-STR分型結(jié)果顯示,只有DYS393-DYS456或DYS393-DYS456-DYS458-DYS19存在,一般認(rèn)為這種特殊類型的Amel-Y缺失屬于“46,XX”男性[22-23,37]?!?6,XX”男性又稱為de la Chapelle綜合征,1964年由de la Chapelle等首先報(bào)道,屬于性反轉(zhuǎn)綜合征(sex reversal syndrome,SRS)的一種,主要表現(xiàn)為患者染色體性別與性腺性別不相符,男性新生兒發(fā)生率為1∶20000~1∶30000[37]。根據(jù)性別決定基因(sex determining region Y,SRY)檢測,臨床上可將“46,XX”男性SRS分為SRY陽性(90%)及SRY陰性(10%)兩類。“46,XX”男性發(fā)生機(jī)制非常復(fù)雜,SRY基因的易位、突變、缺失以及SOX09等基因的變異都可能導(dǎo)致性反轉(zhuǎn)的發(fā)生[38]。Y-STR分型結(jié)果若只有DYS393~DYS456存在,原因可能是患者父親在精子形成過程中的第一次減數(shù)分裂時(shí)Yp~Xp末端發(fā)生易位,導(dǎo)致X染色體上帶有SRY基因,同時(shí)伴隨DYS393~DYS456易位到X染色體上[26,38]。Y-STR分型結(jié)果若只有DYS393-DYS456-DYS458-DYS19存在,其發(fā)生機(jī)制可能是IR3反向重復(fù)序列之間存在倒位多態(tài)性,位于近端反向重復(fù)序列IR3內(nèi)的DYS19先發(fā)生倒位,倒位到遠(yuǎn)端反向重復(fù)序列IR3內(nèi),然后SRY基因和DYS393-DYS456-DYS458-DYS19再易位到X染色體上[23]。
Amelogenin變異的發(fā)生機(jī)制不同,amelogenin引物結(jié)合區(qū)變異的發(fā)生機(jī)制是點(diǎn)突變,突變類型包括G→A單點(diǎn)突變[22]、A→G單點(diǎn)突變[22,39]、G→Y(G+A)多點(diǎn)雜合突變[22]、C→G轉(zhuǎn)換[40]和C→T單點(diǎn)突變等[41]。包含amelogenin基因座的Y染色體微缺失,其發(fā)生機(jī)制可分為兩類,一類Amel-Y缺失的斷點(diǎn)位于TSPYA和TSPYB內(nèi)(Ⅰ型和Ⅰ-S型),TSPYA和TSPYB之間發(fā)生非等位同源重組(non allelic homologous recombination,NAHR),這種缺失是反復(fù)發(fā)生的;其他類型Amel-Y缺失的發(fā)生機(jī)制可能是由于非同源末端連接(non homologous end-joining,NHEJ),這種缺失不會(huì)反復(fù)發(fā)生[15]。
非等位同源重組是指在減數(shù)分裂過程中,除了同一位點(diǎn)的同源序列以外,不同位點(diǎn)的重復(fù)序列也可能具有高度的同源性,從而發(fā)生重組。相同染色體上的同向重復(fù)序列間NAHR會(huì)導(dǎo)致重復(fù)或缺失,反向重復(fù)序列間NAHR會(huì)導(dǎo)致倒位,不同染色體上的重復(fù)序列間NAHR可能會(huì)造成染色體易位[42]。Y染色體不會(huì)發(fā)生等位同源重組(兩端的擬常染色體區(qū)除外),但Y染色體上有大量的重復(fù)序列,TSPYA和TSPYB就是存在于Y染色體內(nèi)的同向重復(fù)序列,二者發(fā)生NAHR,即導(dǎo)致Amel-Y缺失;IR3是位于Y染色體上的一對(duì)反向重復(fù)序列,二者發(fā)生NAHR,導(dǎo)致倒位,是目前在Y染色體上發(fā)現(xiàn)的唯一一個(gè)具有倒位多態(tài)性的結(jié)構(gòu)。NHEJ在人類細(xì)胞中被用來修復(fù)由輻射或者氧化反應(yīng)引起的DNA雙鏈斷裂以及進(jìn)行生理性的V(D)J重組。與NAHR不同,NHEJ不需要具有同源性的DNA片段作為重組底物,某些由NHEJ介導(dǎo)的CNV的斷點(diǎn)傾向于落在重復(fù)序列內(nèi)或者其周圍[42]。NAHR和NHEJ使TSPY序列發(fā)生拷貝數(shù)變異(copy number variation,CNV),從而產(chǎn)生遺傳多態(tài)性[14]。
由于TSPYB嵌在遠(yuǎn)端IR3反向重復(fù)序列內(nèi),所以大多數(shù)的IR3發(fā)生倒位時(shí),都會(huì)保留TSPYB的原始方向而倒位TSPYA,倒位后TSPYA和TSPYB方向相反,這種結(jié)構(gòu)不符合NAHR發(fā)生缺失的要求;只有斷點(diǎn)位于IR3外側(cè)的末端,倒位后TSPYA和TSPYB方向相同,NAHR后才會(huì)產(chǎn)生缺失[15,35]。因而,Amel-Y缺失存在兩種方向,在Mark A.Jobling的Ⅰ型缺失中,單倍群為H和D以及R1b3的人群中觀察到的序列與參考序列相同,而單倍群為hgI和J2e的人群與參考序列相反,具體的倒位分子細(xì)節(jié)還待進(jìn)一步研究[15]。
總之,無論是點(diǎn)突變還是拷貝數(shù)變異,都呈現(xiàn)了人類基因組的遺傳多態(tài)性。
Amelogenin變異后,最直接的影響就是導(dǎo)致X或Y染色體特異性基因座擴(kuò)增失敗。若amelogenin變異發(fā)生在Y染色體上,只有Amel-X檢出,Amel-Y為陰性,很有可能導(dǎo)致男性樣本檢見女性分型,造成性別誤判。若amelogenin變異發(fā)生在X染色體上,雖然不會(huì)導(dǎo)致性別誤判,但會(huì)改變X與Y的峰值比率,從而影響男女混合樣本混合比例的判讀。另外,Amel-X變異還會(huì)影響非整倍型性染色體定量檢測,導(dǎo)致染色體數(shù)目判斷錯(cuò)誤。
包含amelogenin基因座的Y染色體發(fā)生微缺失時(shí),Yp11.2區(qū)內(nèi)的編碼基因也會(huì)伴隨缺失,但對(duì)生殖能力和表型沒有明顯的影響。
TSPY基因主要編碼睪丸特異蛋白,后者參與精子發(fā)生。包含amelogenin的Y染色體微缺失,會(huì)導(dǎo)致TSPY拷貝數(shù)變異,這是否與男性不育有關(guān),目前的報(bào)道不多,有些研究的結(jié)論彼此矛盾[36]。很多案例中父子Amel-Y都存在缺失[27,37],這從另一個(gè)角度說明了這種缺失對(duì)生育能力沒有明顯的不利影響。
Amelogenin編碼牙釉蛋白,Amel-Y缺失的男性可能擁有正常的牙齒,因?yàn)锳mel-Y的表達(dá)只有Amel-X表達(dá)水平的10%,所以Amel-Y缺失對(duì)牙齒影響極小或者幾乎無影響[27,43]。
PRKY在各個(gè)組織內(nèi)表達(dá)絲氨酸-蘇氨酸蛋白激酶,TBL1Y在前列腺和胎兒腦表達(dá)[34]。這些基因的功能尚不明確,但在Amel-Y缺失的男性未發(fā)現(xiàn)明顯的表型異常[27]。PRKX被認(rèn)為具有調(diào)節(jié)腎小管生成的功能,TBL1X在特異性核受體介導(dǎo)的基因激活事件中起著重要作用。TBL1X的缺失與遲發(fā)性神經(jīng)性耳聾有關(guān),如果這些位于X和Y染色體上的同源基因分擔(dān)相同或者相似的功能,包含amelogenin的Y染色體微缺失男性將在基因產(chǎn)物上存在單倍體劑量不足[44-46]。值得關(guān)注的是,患有“45,X”特納綜合征的女性,所有的X-Y同源基因存在單倍體劑量不足,顯示腎異常和遲發(fā)性神經(jīng)性耳聾的發(fā)生率增長[47]。因此,Amel-Y缺失的男性接受這些表型監(jiān)測是非常有意義的。
PCDH11基因主要表達(dá)于大腦,編碼粘鈣蛋白(protocadherin,PCDH)δ家族中的δ1型。Speevak等[48]發(fā)現(xiàn)一個(gè)兒童PCDH11X和PCDH11Y部分缺失,影響了表達(dá)與學(xué)習(xí)語言的能力。單獨(dú)的PCDH11Y缺失對(duì)男性的影響尚不清楚,但是包含amelogenin的Y染色體微缺失男性在這方面未見明顯異常。TGIF2LX和TGIF2LY在睪丸中特異性地表達(dá),這些研究結(jié)果大多局限于表型或表達(dá)模式上的描述,而對(duì)于人類TGIF家族的分子功能特別是在發(fā)育過程中作用的認(rèn)識(shí)較少[49]。
Amelogenin變異會(huì)使Y染色體特異性基因座擴(kuò)增失敗,從而導(dǎo)致性別誤判。那么,該如何應(yīng)對(duì)amelogenin變異導(dǎo)致的性別誤判呢?
(1)觀察Amel-X峰高。在只有Amel-X存在的圖譜中,一定要注意觀察Amel-X的峰高。理論上,若檢材來源于女性,Amel-X的峰高應(yīng)該與常染色體STR基因座的純合子峰高相同,是雜合子中一個(gè)等位基因峰高的2倍。若Amel-X的峰高與雜合子中一個(gè)等位基因峰高相近,為純合子峰高的1/2,要考慮該樣本可能存在amelogenin變異。但是,大部分來源于犯罪現(xiàn)場的檢材條件并不是很好,有的是降解檢材,有的檢材中含有抑制成分,各個(gè)基因座的峰高并不是很均衡,因而通過觀察Amel-X的峰高來判斷amelogenin是否存在變異有一定困難。
(2)用其他包含不同amelogenin引物的復(fù)合擴(kuò)增試劑盒進(jìn)行核驗(yàn)。例如Identifiler plus試劑盒和EX22試劑盒amelogenin基因座引物是不同的。但是,這種方法只能解決因引物結(jié)合區(qū)域突變而引起的Amel-Y擴(kuò)增失敗,對(duì)于Amel-Y缺失的檢材,兩種試劑盒的檢測結(jié)果是相同的,并不能避免男性樣本誤判為女性樣本。
(3)除了amelogenin基因座外,Y染色體上還有許多其他的基因座,可以用包含這些基因座的試劑盒來確定Y染色體是否存在,如Yfiler試劑盒。然而,這種方法耗時(shí)耗力,需要更多的檢材。法醫(yī)物證檢驗(yàn)的很多檢材都是微量的,這種方法不適用于所有檢材。
(4)直接采用包含有常染色體STR基因座、amelogenin基因座和Y染色體上其他基因座的復(fù)合擴(kuò)增試劑盒。例如,EX16+18Y試劑盒(無錫中德美聯(lián)生物技術(shù)有限公司),該試劑盒包含15個(gè)常染色體STR基因座、1個(gè)amelogenin基因座以及18個(gè)Y-STR基因座。采用該類復(fù)合擴(kuò)增試劑盒進(jìn)行檢測可以很好地解決上述所有問題,且有效避免因amelogenin變異引起的性別誤判。
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(本文編輯:李莉)
Research Progress on Gene Alterations of Amelogenin Locus in Gender Identification
HUANG Jiang-ping,YANG Fan,LIU Ya-nan,ZOU Kai-nan,CAO Yu,WU Dan,CHEN Rong-hua,PING Yuan,ZHOU Huai-gu
(Shanghai Key Laboratory of Crime Scene Evidence,Key Laboratory of Forensic Evidence and Science Technology,Ministry of Public Security,Institute of Forensic Science,Shanghai Public Security Bureau,Shanghai 200083,China)
There are two kinds of amelogenin gene mutation,including mutation in primer-binding region of amelogenin gene and micro deletion of Y chromosome encompassing amelogenin gene,and the latter is more common.The mechanisms of mutation in primer-binding region of amelogenin gene is nucleotide point mutation and the mechanism of micro deletion of Y chromosome encompassing amelogenin gene maybe non-allelic homologous recombination or non-homologous end-joining.Among the population worldwide,there is a notably higher frequency of amelogenin gene mutations in Indian population,Sri Lanka population and Nepalese population which reside within the Indian subcontinent. Though amelogenin gene mutations have little impact on fertility and phenotype,they might cause incorrect result in gender identification.Using composite-amplification kit which including autosomal STR locus,amelogenin gene locus and multiple Y-STR locus,could avoid wrong gender identification caused by amelogenin gene mutation.
forensic genetics;amelogenin;review;gender identification;mutation
DF795.2
A
10.3969/j.issn.1004-5619.2016.05.013
1004-5619(2016)05-0371-07
上海市科學(xué)技術(shù)委員會(huì)科研計(jì)劃項(xiàng)目(14JG0500400)
黃江平(1984—),女,主檢法醫(yī)師,主要從事法醫(yī)DNA分析技術(shù)的應(yīng)用和研究;E-mail:183689284@qq.com
周懷谷,男,博士,主任法醫(yī)師,主要從事法醫(yī)DNA分析技術(shù)的應(yīng)用和研究;E-mail:hgzhou803@hotmail.com
(2016-03-01)