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        布魯菌實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)技術(shù)進(jìn)展

        2016-03-09 13:07:31龔玉姣楊智聰
        感染、炎癥、修復(fù) 2016年3期
        關(guān)鍵詞:布魯菌定量敏感性

        龔玉姣 張 晶 周 勇 楊智聰

        (廣州市疾病預(yù)防控制中心,廣東 廣州 510440)

        布魯菌實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)技術(shù)進(jìn)展

        龔玉姣 張 晶 周 勇 楊智聰

        (廣州市疾病預(yù)防控制中心,廣東 廣州 510440)

        David Bruce在19世紀(jì)60年代首次確認(rèn)布魯菌(即布氏桿菌)是人畜共患病布魯菌病的致病菌。至今,布魯菌病仍困擾著多個(gè)國(guó)家和地區(qū)的人和家畜,引起一系列畜牧業(yè)和公共健康方面的問題及經(jīng)濟(jì)損失[1]。布魯菌病累及多個(gè)系統(tǒng),臨床表現(xiàn)不典型,其診斷具有挑戰(zhàn)性。慢性布魯菌病及復(fù)雜布魯菌病如診斷不明則會(huì)產(chǎn)生高額的檢查費(fèi)用,因此檢驗(yàn)科工作人員需要了解并掌握布魯菌病的各項(xiàng)實(shí)驗(yàn)室診斷技術(shù)。布魯菌病的實(shí)驗(yàn)室診斷主要基于從臨床樣本中分離出布魯菌、標(biāo)準(zhǔn)微生物試管試驗(yàn)、抗布魯菌抗體血清學(xué)檢測(cè)以及布魯菌DNA的分子檢測(cè)。 本文對(duì)布魯菌的檢測(cè)方法及其最新進(jìn)展綜述如下。

        1 布魯菌的分離與鑒定

        布魯菌病的確診要求從血、骨髓或其他組織和體液中分離出病原菌。臨床樣本中布魯菌的菌量差別很大,因此布魯菌的分離高度依賴于疾病的發(fā)展階段(急性還是慢性)、抗生素的使用、臨床標(biāo)本是否取材得當(dāng)以及培養(yǎng)方法是否恰當(dāng)[2]。在起病前2周發(fā)熱階段獲得的標(biāo)本中分離出布魯菌的幾率較高;骨髓標(biāo)本培養(yǎng)比血培養(yǎng)要敏感而且培養(yǎng)時(shí)間較短。經(jīng)典的選擇培養(yǎng)基中含有萘啶酸和桿菌肽素,嚴(yán)重影響馬耳他布魯菌和豬布魯菌的生長(zhǎng)。因此,含有萬古霉素、黏菌素、制霉素、呋喃妥英和兩性霉素B的新型選擇培養(yǎng)基被推薦用于畜類標(biāo)本,然而目前沒有該培養(yǎng)基在人患布魯菌病中使用的研究報(bào)道[3]。

        患者的血經(jīng)4 d左右的培養(yǎng)即可找到病原菌,使用自動(dòng)血培養(yǎng)系統(tǒng)如BACTEC系統(tǒng),檢測(cè)效率會(huì)更高。但是對(duì)于疑似病例,將培養(yǎng)時(shí)間延長(zhǎng)到至少4周,同時(shí)間斷傳代培養(yǎng),才能更可靠地排除布魯菌感染。對(duì)于含菌量較少的標(biāo)本,可以采用快速培養(yǎng)法(shell vial culture)分離兼性厭氧的胞內(nèi)菌[4]。

        對(duì)可疑菌落的早期快速判斷方法是玻片凝集試驗(yàn),即將未經(jīng)稀釋的多價(jià)布魯菌抗血清與菌落的生理鹽水懸液混合并預(yù)判。布魯菌的種類和分型鑒定則需要測(cè)試是否需要CO2、是否產(chǎn)生H2S、尿素酶的活性、與單特異性血清是否凝集、在選擇培養(yǎng)基中的生長(zhǎng)情況以及噬菌體型。以上實(shí)驗(yàn)耗時(shí)且判讀結(jié)果因人而異,因而并不適用于臨床常規(guī)檢測(cè)。作為替代的半自動(dòng)代謝分型系統(tǒng)(Micronaut)擁有93種不同的底物,既能減少手工作業(yè)時(shí)間,又能減少經(jīng)實(shí)驗(yàn)室獲得感染的幾率[5]。近些年來,隨著質(zhì)譜技術(shù)(MALDI-TOF)的發(fā)展,質(zhì)譜技術(shù)已經(jīng)成為臨床微生物檢驗(yàn)的強(qiáng)有力工具之一。與傳統(tǒng)方法相比,質(zhì)譜技術(shù)快速、精確且經(jīng)濟(jì)。采用質(zhì)譜的方法可以直接從培養(yǎng)皿或培養(yǎng)瓶中鑒定布魯菌,但是細(xì)菌的鑒定需要大規(guī)模的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù),而由于布魯菌傳染劑量較低、一旦致病則病程較為持久,有被用于生化武器的可能性,因此布魯菌被劃分為B類“選擇性生物恐怖主義物種”,這就使得針對(duì)布魯菌數(shù)據(jù)庫(kù)的建立受到極大限制[6]。

        2 布魯菌病的血清學(xué)診斷

        與細(xì)菌培養(yǎng)不同,布魯菌病的血清學(xué)試驗(yàn)快速、無害、更敏感,因此在臨床工作中被廣為采用。但血清學(xué)試驗(yàn)只能間接證明布魯菌的感染。一般認(rèn)為,凝集效價(jià)≥1:160或者在隨訪過程中抗體滴度升高4倍及以上則可判定為活動(dòng)性布魯菌感染。然而,患者痊愈后的數(shù)月甚至數(shù)年,抗體檢測(cè)依舊可以陽(yáng)性。截至目前,能夠用于血清學(xué)試驗(yàn)的標(biāo)準(zhǔn)參考抗原還沒有找到,一是因?yàn)椴剪斁闹嗵牵↙PS)可與臨床上其他常見細(xì)菌如耶爾森菌、志賀菌、霍亂弧菌等產(chǎn)生交叉反應(yīng),二是因?yàn)椴皇撬胁剪斁加邢嗤目乖煞帧?/p>

        現(xiàn)階段,血清凝集試驗(yàn)(SAT)仍然被認(rèn)為是參考標(biāo)準(zhǔn)。缺點(diǎn)是耗時(shí)耗力。 虎紅試驗(yàn)(RBT)將試管改良為卡片、玻片或平板,將經(jīng)虎紅染色的牛布魯菌的抗原懸液與血清混合(pH=3.65),觀察凝集?;⒓t試驗(yàn)快速、簡(jiǎn)單,缺點(diǎn)在于對(duì)于慢性布魯菌病的假陰性較高。經(jīng)典Coombs試驗(yàn)可以作為血清凝集試驗(yàn)的補(bǔ)充,該方法可以檢測(cè)非凝集抗體。在慢性布魯菌病以及復(fù)發(fā)布魯菌病的患者中,SAT結(jié)果可能為陰性或不確定,此時(shí)Coombs試驗(yàn)診斷價(jià)值很高。不過,SAT與Coombs試驗(yàn)均費(fèi)時(shí)費(fèi)力。鑒于此,一種基于全抗體檢測(cè)的免疫捕獲方法布魯菌捕獲(Brucellacapt)應(yīng)運(yùn)而生。該方法的抗體滴度提示感染狀況,與疾病的階段無關(guān),且抗生素治療后抗體滴度可大幅度下降[7]。在非布魯菌病流行地區(qū),酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)(ELISA)也是常規(guī)檢測(cè)手段之一,而且商用試劑盒可靠,結(jié)果與SAT保持高度一致[8]。盡管ELISA費(fèi)用較高,但耗時(shí)短,對(duì)于慢性布魯菌病的診斷敏感性更高。其缺點(diǎn)是,類風(fēng)濕因子存在時(shí)易引起假陽(yáng)性,IgG大量存在時(shí)檢測(cè)IgM易產(chǎn)生假陰性。有研究進(jìn)一步表明,血清膜聯(lián)蛋白A2(ANXA2)的ELISA檢測(cè)對(duì)于布魯菌病椎間盤炎具有提示作用[9]。另外,用ELISA間接測(cè)定通過重組外膜結(jié)構(gòu)蛋白Omp28和Omp31作為抗原刺激所產(chǎn)生的抗體,診斷布魯菌病的敏感性與特異性均不亞于SAT方法[10]。最近,血清學(xué)檢測(cè)與生物傳感器相結(jié)合產(chǎn)生了一個(gè)新型快速檢測(cè)方法—電化學(xué)微磁珠生物傳感器法(EMBIA)。該方法將布魯菌抗原與微磁珠結(jié)合,再與含有布魯菌抗體的血清孵育,通過8通道電極讀取電化學(xué)信號(hào)的改變并轉(zhuǎn)換到電子設(shè)備上。該方法可原位檢測(cè),快速、敏感性特異性均較高[11]。

        3 布魯菌病的分子診斷

        聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)可用來檢測(cè)培養(yǎng)標(biāo)本和血清、全血、尿液、腦脊液、漿膜腔液體等臨床樣本中的布魯菌的DNA。由于樣本中菌量較少以及基質(zhì)成分中含有抑制物,直接測(cè)定樣本中的DNA難度極高。因此,準(zhǔn)備樣品過程中應(yīng)該盡量除去抑制物,同時(shí)富集DNA模板的濃度。PCR檢測(cè)的優(yōu)勢(shì)很多,它不依賴于疾病的階段,敏感性遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于血培養(yǎng),比血清學(xué)檢測(cè)更特異。布魯菌DNA檢測(cè)陽(yáng)性可見于布魯菌病的急性感染期、慢性感染期以及既往有過布魯菌病感染的無癥狀人群。經(jīng)過抗生素成功治療的患者,在治療期間、隨訪期間甚至在治愈后的數(shù)年,其布魯菌DNA的檢測(cè)均可以出現(xiàn)陽(yáng)性結(jié)果[12]。這個(gè)現(xiàn)象說明布魯菌可以在人體巨噬細(xì)胞內(nèi)存活并長(zhǎng)期存在,也說明PCR的敏感性極高。而且實(shí)時(shí)定量(real time)PCR還可用來區(qū)分急、慢性感染[13]。3.1 經(jīng)典PCR 經(jīng)典PCR方法診斷布魯菌病,需要一對(duì)引物,用來擴(kuò)增布魯菌靶點(diǎn)基因組序列。引物可以基于表達(dá)16S核糖體RNA、外膜結(jié)構(gòu)蛋白(omp2a, omp2b)、牛布魯菌31kDa免疫原性蛋白(BCSP31)的序列,也可以是16S核糖體DNA與23S核糖體DNA之間的中間序列以及插入序列(IS711)[14]。經(jīng)典PCR方法簡(jiǎn)單高效,不過該方法的效率依賴于引物的特異性。有研究專門針對(duì)BCSP31、16S核糖體RNA等設(shè)計(jì)不同的引物來探究診斷的敏感性,發(fā)現(xiàn)不同的引物導(dǎo)致診斷的敏感性差別很大[15]。實(shí)際上,臨床常將采集的血樣用于經(jīng)典PCR方法檢測(cè)布魯菌病。其中有幾方面因素會(huì)影響檢測(cè)結(jié)果,如高濃度的白細(xì)胞DNA和亞鐵血紅素。此外,人體基因組DNA的存在也會(huì)干擾外周血PCR檢測(cè)布魯菌DNA的敏感性。有學(xué)者認(rèn)為血清樣本優(yōu)于全血樣本,但也有學(xué)者傾向于使用血塊黃層及全血。此外,足夠的樣本量和高效的DNA提取方法也是經(jīng)典PCR檢測(cè)手段的關(guān)鍵[16]。

        3.2 實(shí)時(shí)定量PCR 與經(jīng)典PCR不同,實(shí)時(shí)定量PCR是在PCR過程中監(jiān)測(cè)擴(kuò)增而不是在PCR結(jié)束之后。與經(jīng)典PCR方法相比,實(shí)時(shí)定量PCR可以計(jì)數(shù)每個(gè)血樣的核酸量,同時(shí)還能實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)的自動(dòng)化。隨著實(shí)時(shí)定量PCR儀器及試劑價(jià)格的下調(diào),越來越多的患者可以通過此項(xiàng)技術(shù)來測(cè)量DNA拷貝數(shù)、mRNA表達(dá)水平等。最近,用實(shí)時(shí)定量PCR方法快速檢測(cè)布魯菌并進(jìn)行分類的方法已被研發(fā)出來。靶標(biāo)序列包括16S-23S內(nèi)部轉(zhuǎn)錄隔離區(qū)(ITS)和omp25、omp31、BCSP 31、IS711等基因[17]。實(shí)時(shí)定量PCR更加快速、敏感、特異,重復(fù)性高。除此之外,這項(xiàng)檢測(cè)方法容易標(biāo)準(zhǔn)化和降低實(shí)驗(yàn)室工作人員感染布魯菌病的風(fēng)險(xiǎn)。有外國(guó)學(xué)者利用基于LightCycler的實(shí)時(shí)PCR技術(shù)檢測(cè)血清樣本中的布魯菌DNA,發(fā)現(xiàn)敏感性為91.9%,而特異性高達(dá)95.4%。還有學(xué)者比較TaqMan實(shí)時(shí)PCR與傳統(tǒng)方法檢測(cè)布魯菌病患者處于不同階段時(shí)的血清樣本,敏感性為88%,特異性為100%,陽(yáng)性預(yù)測(cè)值100%,陰性預(yù)測(cè)值83%。研究人員探索多項(xiàng)檢測(cè)方法組合對(duì)布魯菌的診斷效力,認(rèn)為即便在凝集試驗(yàn)是陰性的情況下,實(shí)時(shí)定量PCR、ELISA以及培養(yǎng)都可能提示有價(jià)值的信息[17]。通過設(shè)計(jì)一組引物,實(shí)時(shí)定量PCR還能用于分辨布魯菌的不同品種,還可能據(jù)此檢測(cè)到新的品種。當(dāng)然,就像經(jīng)典PCR一樣,實(shí)時(shí)定量PCR的效率也取決于引物的特異性。到目前為止,針對(duì)16S-23S內(nèi)部轉(zhuǎn)錄隔離區(qū)(ITS)以及IS711設(shè)計(jì)的引物最敏感、特異、高效。不過也有影響實(shí)時(shí)定量PCR檢測(cè)方法的因素,比如從血清樣本提取模板DNA時(shí)可能帶有的免疫球蛋白G,會(huì)影響實(shí)時(shí)定量PCR的擴(kuò)增環(huán)節(jié)[18]。

        3.3 多重PCR(multiplex PCR) 多重PCR是指基于PCR技術(shù)同時(shí)擴(kuò)增幾段不同的DNA序列,即在同一個(gè)反應(yīng)體系中進(jìn)行多個(gè)獨(dú)立的PCR。該技術(shù)的實(shí)現(xiàn)依賴于多對(duì)引物和溫度調(diào)節(jié)的DNA聚合酶。引物的設(shè)計(jì)需要滿足所有的引物在同一個(gè)退火溫度下都能夠工作。對(duì)于多重PCR而言,隨著反應(yīng)體系中引物的增多,引物二聚體形成的風(fēng)險(xiǎn)也相應(yīng)提高。因此引物設(shè)計(jì)優(yōu)化時(shí)還需考慮到非特異性PCR產(chǎn)物的問題。由于多重PCR能夠同時(shí)擴(kuò)增幾段序列,一次多重PCR檢測(cè)能夠獲得的信息是經(jīng)典PCR的幾倍,同時(shí)還能減少試劑的使用和縮短檢測(cè)時(shí)間。目前,多重PCR可以一次性檢測(cè)多種病原體。早在2003年,就有研究人員采用多重PCR的方法診斷布魯菌病。多重PCR方法除了可以診斷布魯菌病,還能幫助分型。在2007年,Imaoka等[19]通過設(shè)計(jì)4對(duì)引物(bcsp31、 omp2b、omp2a、omp31)在同一個(gè)反應(yīng)體系中發(fā)現(xiàn)了布魯菌的4種主要類型。多重PCR檢測(cè)布魯菌耗時(shí)在1.5 h左右,結(jié)果回報(bào)及時(shí)、精確,有利于追蹤感染源以及快速診斷。近年來,有研究人員利用多重PCR技術(shù)來同時(shí)檢測(cè)布魯菌(IS711、bcsp31、omp2a基因)與結(jié)核分枝桿菌(IS6110、senX3-regX3、cfp31基因)。結(jié)果表明該技術(shù)切實(shí)可行,能夠?yàn)榉瓮饨Y(jié)核與復(fù)雜布魯菌病的鑒別診斷提供重要依據(jù)[20]。

        3.4 巢式與半巢式PCR 巢式PCR是對(duì)經(jīng)典PCR技術(shù)的一種改良,其目的是減少非特異性片段的擴(kuò)增。經(jīng)典PCR要求引物從目標(biāo)序列的兩端進(jìn)行擴(kuò)增,然而引物有可能與其他位點(diǎn)結(jié)合從而擴(kuò)增出非特異性目標(biāo)產(chǎn)物。巢式PCR需要兩對(duì)引物。目標(biāo)DNA序列在第一對(duì)引物的參與下進(jìn)行第一輪聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)。在引物可能隨機(jī)結(jié)合到非目標(biāo)序列的情況下會(huì)產(chǎn)生一系列擴(kuò)增產(chǎn)物,其中只有一個(gè)產(chǎn)物包含了終極目標(biāo)序列。在第2對(duì)引物的選擇下,只有真正含有終極目標(biāo)序列的首輪擴(kuò)增產(chǎn)物才能進(jìn)入第二輪擴(kuò)增,從而保證了最后的擴(kuò)增產(chǎn)物的純度。與巢式PCR類似,半巢式PCR也有兩對(duì)引物,然而第2對(duì)引物中的一個(gè)引物與第1對(duì)引物中的一個(gè)引物非常相似。因此,巢式PCR與半巢式PCR都比經(jīng)典PCR特異。最近,巢式與半巢式PCR也被用來檢測(cè)血樣中的布魯菌。針對(duì)IS711、IS6501、bcsp31、VirB11基因的巢式與半巢式PCR技術(shù)檢測(cè)布魯菌已有文獻(xiàn)報(bào)道[21]。不過,巢式與半巢式PCR也有缺點(diǎn),比如引物二聚體可能增多,另外,這兩種方法只能檢測(cè)出一組布魯菌而無法具體分型。

        3.5 兩階段PCR 兩階段PCR是經(jīng)典PCR與多重PCR的結(jié)合。2013年Kamal等[22]首先針對(duì)bcsp31基因的223個(gè)堿基對(duì)序列進(jìn)行擴(kuò)增,該序列在各種致病型布魯菌中高度保守;針對(duì)致病型布魯菌的IS711序列設(shè)計(jì)不同的引物,確保每種類型布魯菌擴(kuò)增出來的DNA產(chǎn)物長(zhǎng)度不一從而用于區(qū)分布魯菌的類型;然后將第一階段的擴(kuò)增產(chǎn)物與多對(duì)引物進(jìn)行多重PCR,此即第二階段PCR。該方法對(duì)于疫區(qū)的布魯菌病診斷及致病菌的分布有著很高的價(jià)值。

        3.6 環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增技術(shù)(LAMP) LAMP是一項(xiàng)十分精簡(jiǎn)的PCR技術(shù),其所有擴(kuò)增及檢測(cè)都在等溫條件下一步完成。因此該項(xiàng)技術(shù)對(duì)設(shè)備的要求不高,適合于發(fā)展中國(guó)家實(shí)驗(yàn)室使用。LAMP方法能夠在等溫條件下完成有賴于源自枯草芽孢桿菌的DNA聚合酶活性。當(dāng)PCR反應(yīng)體系中存在4種靶向特異的引物時(shí),該酶能夠催化在單一溫度條件下大量擴(kuò)增模板DNA序列的一個(gè)特異性片段。反應(yīng)產(chǎn)物的量遠(yuǎn)大于同等條件下的經(jīng)典PCR。如此高效的擴(kuò)增使得反應(yīng)產(chǎn)物可以采用比色法來直接檢查分析[23]。有文獻(xiàn)報(bào)道,針對(duì)bcsp31設(shè)計(jì)引物采用LAMP檢測(cè)布魯菌,其敏感性與經(jīng)典PCR類似,耗時(shí)2~3 h,由于所有反應(yīng)均在同一溫度下完成,因此實(shí)驗(yàn)室配備的水浴鍋即可替代經(jīng)典PCR儀進(jìn)而節(jié)約成本[24]。

        現(xiàn)階段,PCR檢測(cè)布魯菌可以作為其他臨床檢測(cè)的重要補(bǔ)充,而且還有報(bào)道指出PCR快速檢測(cè)布魯菌DNA有助于布魯菌病處于窗口期時(shí)期(從臨床起病到血清學(xué)轉(zhuǎn)陽(yáng)之間的時(shí)期)的診斷,窗口期時(shí)DNA陽(yáng)性而凝集試驗(yàn)陰性的患者在3個(gè)月后復(fù)查80%的患者凝集實(shí)驗(yàn)轉(zhuǎn)為陽(yáng)性[25]。不過PCR技術(shù)成本依然較高,同時(shí)質(zhì)控難以標(biāo)準(zhǔn)化,因此PCR技術(shù)仍需不斷優(yōu)化、服務(wù)臨床。如前所述,PCR檢測(cè)到的DNA可來源于急性感染期,也可來源于吞噬細(xì)胞中的布魯菌,甚至可來源于已經(jīng)死亡的細(xì)胞,因此臨床上PCR結(jié)果的判讀需要結(jié)合患者的臨床表現(xiàn)以及其他實(shí)驗(yàn)室診斷結(jié)果。

        4 總結(jié)與展望

        布魯菌病的許多方面諸如臨床表現(xiàn)、流行病學(xué)特點(diǎn)、致病機(jī)制、診斷技術(shù)、治療方式等多年以來已取得了較大進(jìn)展。實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)技術(shù)方面,細(xì)菌的分離培養(yǎng)、血清學(xué)試驗(yàn)、DNA檢測(cè)已成為三大支柱。今后亟待解決的問題是:①研發(fā)特異的血清學(xué)診斷標(biāo)記物和預(yù)后標(biāo)記物;②研究布魯菌病不同疾病進(jìn)程(急性、慢性、復(fù)發(fā)、治愈)的抗原表達(dá)成分從而提示疾病的進(jìn)程;③研發(fā)標(biāo)準(zhǔn)化的PCR相關(guān)的分子檢測(cè)流程及設(shè)計(jì)標(biāo)準(zhǔn)化的核酸探針。

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        2016-04-18)

        10. 3969/j. issn. 1672-8521. 2016. 03. 021

        廣東省醫(yī)學(xué)科學(xué)技術(shù)研究基金項(xiàng)目(B2016101)

        楊智聰(E-mail:gdgzcdc@21cn.com)

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