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        真蛸谷胱甘肽過氧化物酶和過氧化氫酶基因克隆、序列特性分析

        2014-12-01 08:16:54洪婧妮蘇永全孫田田
        廈門大學學報(自然科學版) 2014年4期
        關鍵詞:克隆位點氨基酸

        洪婧妮,蘇永全,毛 勇,孫田田,王 軍

        (廈門大學海洋與地球學院,福建 廈門361102)

        真 蛸 (Octopus vulgaris)隸 屬 于 軟 體 動 物 門(Mollusca)、頭足綱(Cephalopoda)、八腕目(Octopoda)、無須亞目(Incirrata)、蛸科(Octopodidae)、蛸屬(Octopus),具有生活史短、生長速度快、食物轉化率高、對飼養(yǎng)環(huán)境和人工運輸具有較強的耐受力和適應力等諸多優(yōu)良的養(yǎng)殖生物學特性[1-2].真蛸是暖溫種,在26℃以上水溫難于生存,有關其適宜生長溫度已有所研究[3-4].

        生物體在常態(tài)下保持體內活性氧的收支平衡,已有研究發(fā)現(xiàn),高水溫會使變溫生物細胞吞噬活性增強,從而導致大量活性氧爆發(fā)[5-6],過量的自由基如未能及時清除,會對機體的脂質代謝、酶活性和DNA等造成嚴重損害[7].為了避免過剩的自由基對機體造成損傷,生物體內形成一套抗氧化系統(tǒng),在清除過量自由基,保持機體活性氧動態(tài)平衡中起到了重要作用[8-10].

        1957年Mills等在牛紅細胞中發(fā)現(xiàn)谷胱甘肽(GSH)過 氧 化 物 酶 (glutathione peroxidase,GPX)[11],之后發(fā)現(xiàn)該基因為硒蛋 白,具 有催化 基團——硒代半胱氨酸(Selenocysteine,Sec U)[12-13].至今已發(fā)現(xiàn)了7種GPX種類,其中細胞內GPX1(cGPX)是第一個被發(fā)現(xiàn)的哺乳動物硒蛋白,也是目前克隆得到較多的類型.1863年首次發(fā)現(xiàn)一類具有分解過氧化氫作用的酶,1901年該酶被正式命名為過氧化氫酶(catalase,CAT),之后通過實驗證實卟啉環(huán)是CAT的活性中心[14].這2個基因主要在抗氧化系統(tǒng)中起到了清除過氧化氫的作用,保護生物體免受過氧化氫過量積累所帶來的損傷[15].

        本文克隆了真蛸GPX(OvGPX)和真蛸CAT(OvCAT)基因全長,研究了2個基因氨基酸結構特性,以及其在高溫條件下的表達特征,以期詮釋真蛸抗氧化酶蛋白的功能,揭示環(huán)境脅迫下OvGPX和OvCAT蛋白對于真蛸的保護作用,為真蛸的良種選育和資源保護等方面提供基礎資料和理論依據(jù).

        1 材料與方法

        1.1 實驗動物的暫養(yǎng)和取樣

        本文所用的真蛸來自福建省霞浦縣北壁海區(qū),帶回實驗室以活蟹和貝類喂食、蓄養(yǎng)1周(水溫22~24℃,鹽度26~27)后:1)選活潑正常的真蛸,取其消化腺置于由百泰克公司購買的RNA fixer保存液中,4℃過夜后移入-20℃冰柜保存、備用;2)選28只健康活潑的個體,經(jīng)相應水溫馴化恒定后,分別暫養(yǎng)在4個溫度組(24,26,28,30℃)中,每個溫度組7只個體,2h后各組隨機取3只個體,分別取其消化腺和櫛鰓,同上處理保存?zhèn)溆?

        1.2 RNA提取、cDNA合成和基因全長的獲得

        總RNA提取利用Trizol方法,Trizol試劑購自TaKaRa公司,具體實驗步驟按說明書進行.提取的RNA樣品存放于-80℃冰箱中保存,采用ND1000微量紫外-可見分光光度計檢測RNA的純度和濃度;RNA第1鏈反轉錄采用TaKaRa公司的Reverse Transcriptase M-MLV 試 劑 盒 進 行,利 用 Oligo dT-RA為反轉錄引物,反轉錄實驗根據(jù)說明書操作,所得cDNA用作3′RACE模板.

        反轉錄后的第1鏈cDNA,用NEB公司的RNahase試劑在37℃降解1h,加入2倍體積乙醇于-20℃ 靜置30min,4℃離心沉淀30min,加入超輕水(DDW)溶解,作為5′加尾的模板.5′加尾反應體系為:19μL cDNA溶液,依次加入5×TdT緩沖液10μL,TdT 酶 (15U/μL)1μL,dATP(0.5mmol/L)2.5 μL,0.1%(質量分數(shù))牛血清白蛋白(BSA)5μL,加DDW補齊至50μL,試劑均購自TaKaRa公司,37℃溫育30min,所得即為5′端模板.

        利用cDNA 末端快速克?。╮apid amplification of cDNA ends,RACE)[16]的方法對 OvGPX 和 OvCAT基因全長進行克隆,基因片段序列源自本實驗室構建的真蛸神經(jīng)系統(tǒng)轉錄組文庫[17],片段用于進一步擴增.設計參與3′RACE的特異性引物分別為GPX-F1、GPX-F2、CAT-F1、CAT-F2;5′RACE 的反應特異性引物為 GPX-R1、GPX-R2、CAT-R1、CAT-R2(引物序列詳見表1).

        PCR產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠電泳后,利用鷺隆公司的凝膠回收試劑盒進行膠回收;將純化后的PCR產(chǎn)物利用TaKaRa公司的pMD19-T載體進行克隆,用DH5α感受態(tài)細胞進行轉化,感受態(tài)細胞試劑盒購自鷺隆公司,具體操作步驟根據(jù)說明書進行.轉化后氨芐培養(yǎng)基培養(yǎng)16h,隨機挑選6個克隆,PCR反應和瓊脂糖凝膠檢測后送南京金斯瑞公司測序.

        1.3 序列分析和多重序列比對

        通過 Blast(http:∥blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)查找同源序列,利用ClustalX和Dnaman軟件進行多序列同源比對;以ORFfinder(http:∥www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/orfig.cgi)進行開放閱讀框(ORF)查找;在線 Protparam (http:∥web.expasy.org/cgi-bin/protparam/protparam)軟件分析氨基酸序列組成、分子質量和等電點;Smart在線軟件、Interproscan在線軟件預測編碼蛋白的基因特征基序、功能域(http:∥www.ebi.ac.uk/Tools/pfa/iprscan/、http:∥smart.embl-h(huán)eidelberg.de/);利用 SECISearch2.19在 線 軟 件 (http:∥genome.unl.edu/SECISearch.html)預測GPX是否存在硒半胱氨酸(Sec)插入序列(SECIS)結構;利用 NetNGlyc軟件(http:∥www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/)預測GPX和CAT糖基結合位點.

        1.4 實時定量PCR(qPCR)檢測不同溫度下OvGPX和OvCAT的基因表達變化

        為了解OvGPX和OvCAT基因在不同溫度應激下的表達變化,本文以不同溫度組的消化腺和櫛鰓的cDNA第1鏈為模板進行qPCR反應.RNA提取和反轉錄反應分別采用百泰克公司的RNA Plus試劑盒和TaKaRa公司的 PrimeScript?RT reagent Kit試劑盒,按說明書進行實驗操作.應用TaKaRa公司的SYBR Premix Ex TaqTM II試劑盒,在 Rotor-gene3000熒光實時定量熱循環(huán)儀上進行qPCR反應,實驗步驟參照說明書進行.合成基因特異性引物GPX-F、GPX-R、CAT-F和 CAT-R用于該實驗,以β-actin 基因作為qPCR的內參基因(序列見表1).根據(jù)qPCR給出的Ct值,取3個平行樣本的平均值,利用2-ΔΔCt方法計算2個基因mRNA的相對表達量.

        表1 實驗用引物表Tab.1 Primers used in this study

        1.5 統(tǒng)計分析

        利用SPSS 13.0軟件對所得數(shù)據(jù)進行單因素方差分析,數(shù)據(jù)以平均值±標準差的形式,顯著性分析水平為p<0.05,并做柱狀圖.

        2 結 果

        2.1 OvGPX和OvCAT基因序列分析

        以RACE方法,拼接得到OvGPX基因.得到的OvGPX cDNA全長為925bp,包含5′非編碼區(qū)(5′UTR)36bp,3′非編碼區(qū)(3′UTR)316bp,ORF 573 bp,共編碼190個氨基酸,推測分子質量21.5ku,等電點pI為7.81.OvGPX推導的氨基酸序列(圖1)含有GPX家族2個典型酶活性位點基序,分別是從28GKVILVENVASLUGTT43和64LGFPCNQF71;并含有特有的Sec,利用SECISearch2.19在線軟件在OvGPX基因的3′UTR處預測到1個SECIS,全長91bp(圖2),含1個頂環(huán)和1個AG-GA SECIS核,頂環(huán)處存在保守的AAA序列.

        得到的 OvCAT 全長為2 109bp,包含5′UTR 135bp、3′UTR 435bp和ORF 1 539bp,共編碼512個氨基酸,推測分子質量58.3ku,等電點pI為8.76(圖3).通過功能域預測,推導的OvCAT氨基酸序列含有1個過CAT活性位點(61FNRERIPERVVHAKGAG77)、1個近端血紅素配體標簽序列(351RLYSYSDT358)和1個酶免疫響應區(qū)(位點428~494).并發(fā)現(xiàn)了3個參與過氧化氫酶催化位點(His-71,Asn-144和 Tyr-354),同時預測到了3個糖基結合位點NASL、NYSQ、NVSS.

        圖1 OvGPX的核苷酸和推導氨基酸序列Fig.1 Nucleotide and deduced amino acid sequences of OvGPX cDNA

        圖2 OvGPX基因的SECIS元件示意圖.2The SECIS functional element of OvGPX

        2.2 OvGPX和OvCAT基因氨基酸序列同源性分析

        通過Blast、Clustal X和DNAman等分析軟件,將OvGPX推導的氨基酸序列與8種脊椎動物和無脊椎動物的GPX氨基酸序列進行多序列分析(圖4).結果表明OvGPX氨基酸序列高度保守,所有比對序列基本都含有GPX的2個酶活性位點基序,且都有Sec.與曼氏無針烏賊(Sepiella maindroni)的 GPX氨基酸序列同源性最高(74%),與人類(Homo sapiens)的GPX氨基酸序列同源性也達60%.

        將本實驗得到的OvCAT的氨基酸序列與8種已有動物的CAT氨基酸序列進行多重序列比對(圖5).結果顯示,所比對物種的CAT氨基酸序列高度保守,基本都含有CAT的特征基序和3個參與催化的殘基.比對結果顯示,不同物種相似性較高,OvCAT氨基酸序列與同是軟體動物門的香港巨牡蠣(Crassostrea hongkongensis)和 盤 鮑 (Haliotis discus)的CAT氨基酸序列相似性高達76%和75%,與人類的CAT氨基酸序列相似性也有68%.

        圖3 OvCAT的核苷酸和推導氨基酸序列Fig.3 Nucleotide and deduced amino acid sequences of OvCAT cDNA

        圖4 OvGPX氨基酸序列比對Fig.4 Alignment of OvGPX amino acid sequences

        2.3 OvGPX和OvCAT基因mRNA在不同溫度下的表達分析

        以qPCR方法分析了OvGPX基因在24,26,28和30℃不同溫度組處理2h后消化腺和櫛鰓的mRNA表達量差異(圖6).

        在消化腺和櫛鰓中,OvGPX mRNA表達量均在28℃組最高,分別達到24℃組的7.57倍(p<0.01)和2.19倍.在30℃組,櫛鰓OvGPX mRNA的表達水平下降,只有24℃組的1/3(p<0.05);而消化腺中OvGPX mRNA的表達量與室溫組沒有顯著差異.

        不同溫度組處理2h,真蛸消化腺和櫛鰓中OvCAT mRNA的表達量差異如圖7,在消化腺和櫛鰓中,28℃組OvCAT mRNA表達量明顯升高,分別達到24℃的2.36倍(p<0.01)、2.13倍(p<0.01);在消化腺中26和30℃組的OvCAT mRNA表達量與24℃組無顯著差異;櫛鰓的OvCAT mRNA表達水平在30℃組低于24℃組,為24℃組的0.57.

        不同溫度組qPCR結果表明,OvGPX和OvCAT 2個基因的表達水平在不同溫度組的表達差異相似,但是OvGPX的mRNA表達量變化波動較OvCAT明顯.

        3 討 論

        本文研究得到的OvGPX cDNA全長,除了具有2個高度保守的特征基序,預測的氨基酸序列中還發(fā)現(xiàn)了由UGA編碼的Sec U,這是GPX的中心催化基團,能夠催化GSH分解體內的氫過氧化物,從而防止細胞膜和其他生物組織遭受過氧化損傷[12-13].UGA在一般情況下作為終止密碼子,但在OvGPX基因中,其主要編碼被稱為第21種氨基酸的Sec[18].該編碼依賴硒元素,當細胞生長缺乏硒時,硒蛋白的翻譯會在UGA密碼子處中止,成為不完整而沒有功能的蛋白;而破譯UGA使其編碼Sec需要SECIS元件[19]的作用,SECIS元件是一個位于GPX基因3′UTR部分的一個莖-環(huán)發(fā)卡結構,本文得到的OvGPX基因,在3′UTR區(qū)同樣發(fā)現(xiàn)了SECIS序列,這段序列由螺旋莖和頂環(huán)、內環(huán)組成,在莖的基部具有保守的AUGAC和UGAC形成的形成非 Watson-Crick雙鏈,結構完整,這個完整的SECIS元件保證了OvGPX基因的正確轉錄.SECIS元件的分類主要根據(jù)保守的AAA序列是否位于頂環(huán)進行判斷,本研究得到的OvGPX基因的SECIS元件,AAA序列位于頂環(huán),與人類的OvGPX1一樣屬于一類[20-21].

        圖5 OvCAT氨基酸序列比對Fig.5 Alignment of OvCAT amino acid sequences

        圖6 qPCR方法下的OvGPX在不同溫度的表達量Fig.6 The expression of OvGPX at different temperatures by qPCR

        圖7 qPCR方法下的OvCAT在不同溫度的表達量Fig.7 The expression of OvCAT at different temperatures by qPCR

        水生動物受到熱應激后的抗氧化酶的活性變化有所差異,翡翠貽貝(Perna viridis)熱激后,SOD、CAT、GST、GPX等酶活力都明顯的高于對照組[22];雙線血蛤((Hiatula diphos)和中國血蛤(Hiatula chinensis)在20~70℃不同的水溫刺激下,CAT酶活性變化趨勢表現(xiàn)為先上升,后下降,且雙線血蛤的變化幅度比中國文蛤明顯[23];在對盤鮑的28℃熱應激研究中發(fā)現(xiàn),GPX、CAT和SOD 3個基因的mRNA表達量在熱應激后均上調[24].可見,熱激強度不同和熱激時間的長短,對抗氧化酶活性造成的變化并不相同,而同一實驗條件下,不同物種的GPX或CAT酶活性變化也有差異.這些結果說明GPX和CAT這2種抗氧化酶參與熱應激后的自由基清除活動,保證了機體免受過度自由基損傷.本實驗中,不同的溫度應激后,消化腺中的OvGPX和OvCAT基因的mRNA表達量在應激條件下均有上升,體現(xiàn)了2個抗氧化基因在熱應激壓力下清除過氧化氫,保護機體的積極作用;櫛鰓OvGPX和OvCAT的mRNA表達量在28℃組有所升高,26和30℃組表達量下降,說明消化腺和櫛鰓抗氧化能力可能有所不同.本文不同強度的熱應激實驗結果顯示,OvGPX mRNA表達量的變化幅度明顯大于OvCAT,顯示了OvGPX對氧化應激較為敏感.

        本文克隆了OvGPX和OvCAT基因全長,并探索2個基因在不同熱激強度下的表達情況,初步確定2個基因參與熱應激脅迫后的抗氧化反應.這些數(shù)據(jù)為進一步研究OvGPX和OvCAT的生物學功能提供有效信息,并為深入探索頭足類動物的抗氧化體系奠定理論基礎.

        [1]Navarro J C,Villanueva R.The fatty acid composition of Octopus vulgaris paralarvae reared with live and inert food:deviation from their natural fatty acid profile[J].Aquaculture,2003,219:613-631.

        [2]Iglesias J,Otero J J,Moxica C,et al.The completed life cycle of the octopus (Octopus vulgaris,Cuvier)under culture conditions:paralarval rearing using Artemia and zoeae,and first data on juvenile growth up to 8months of age[J].Aquaculture International,2004,12 (4/5):481-487.

        [3]徐實懷,馬之明,賈曉平,等.人工養(yǎng)殖條件下真蛸的生物學特性及胚胎發(fā)育[J].南方水產(chǎn),2009,5(2):63-68.

        [4]Delgado M,Gairin J I,Carbo R,et al.Growth of Octopus vulgaris (Cuvier,1797)in tanks in the Ebro Delta(NE Spain):effects of temperature,salinity and culture density[J].Scientia Marina,2011,75:53-59.

        [5]Chilmonczyk S,Monge D.Rainbow trout gill pillar cells:demonstration of inert particle phagocytosis and involvement in viral infection[J].Journal of the Reticuloendothelial Society,1980,28(4):327-332.

        [6]Halliwell B.Free radicals,antioxidants,and human disease:curiosity,cause or consequence [J].Lancet,1994,344:721-724.

        [7]Wiseman H,Halliwell B.Damage to DNA by reactive oxygen and nitrogen species:role in inflammatory disease and progression to cancer[J].The Biochemical Journal,1996,313:17-29.

        [8]Gotia S,Popovici I,Hermeziu B.Antioxidant enzymes levels in children with juvenile rheumatoid arthritis[J].Rev Med Chir Soc Med Nat Iasi,2001,105(3):499-503.

        [9]Cetinkaya O,Silig Y,Cetinkaya S,et al.The effects of Rumex patientia extract on rat liver and erythrocyte antioxidant enzyme system[J].Die Pharmazie,2002,57(7):487-488.

        [10]Muruganandan S,Gupta S,Kataria M,et al.Mangiferin protects the streptozotocin-induced oxidative damage to cardiac and renal tissues in rats[J].Toxicology,2002,176(3):165-173.

        [11]Mills G C.Hemoglobin catabolism.I.Glutathione peroxidase,an erythrocyte enzyme which protects hemoglobin from oxidative breakdown[J].The Journal of Biological Chemistry,1957,229(1):189-197.

        [12]Flohe L,Genzler W A,Schock H H.Glutathione peroxidase:a selenoenzyme[J].FEBS Letters,1973,32(1):132-134.

        [13]Rotruck J T,Pope A L,Ganther H E,et al.Selenium:biochemical role as a component of glutathione peroxidase[J].Science,1973,179:588.

        [14]劉冰,梁嬋娟.生物過氧化氫酶研究進展[J].中國農(nóng)學通報,2005,21(5):223-224.

        [15]Nordberg J,Arner E S J.Reactive oxygen species,antioxidants and the mammalian thioredoxin system [J].Free Radical Biology & Medicine,2001,31:1287-1312.

        [16]薩姆布魯克J,拉塞爾 D W,著.分子克隆實驗指南[M].3版.黃培堂,等譯.北京:科學出版社,2002.

        [17]Zhang X,Mao Y,Huang Z,et al.Transcriptome analysis of the Octopus vulgaris central nervous system[J].PLoS One,2012,7(6):e40320.

        [18]Stadtman T C.Selenocysteine[J].Annual Review of Biochemistry,1996,65:83-100.

        [19]Fagegaltier D,Lescure A,Walczak R,et al.Structural analysis of new local features in SECIS RNA hairpins[J].Nucleic Acids Research,2000,28(14):2679-2689.

        [20]Grundener-Culemann E,Martin G W,Harney J W,et al.Two distinct SECIS structures capable of directing selenocysteine incorporation in eukaryotes[J].RNA,1999,5(5):625-635.

        [21]Kryukov G V,Castellano S,Novoselov S V,et al.Characterization of mammalian selenoproteomes[J].Science,2003,300(5624):1439-1443.

        [22]Verlecar X N,Jena K B,Chainy G B.Biochemical markers of oxidative stress in Perna viridis exposed to mercury and temperature[J].Chemico-biological Interactions,2007,167(3):219-226.

        [23]孫業(yè)勇,高如承,溫揚敏.溫度對中國血蛤、雙線血蛤肝臟中水解酶和抗氧化酶活性的影響[J].水產(chǎn)科學,2008,10(27):543-544.

        [24]De Zoysa M,Whang I,Lee Y,et al.Transcriptional analysis of antioxidant and immune defense genes in disk abalone(Haliotis discus discus)during thermal,low-salinity and hypoxic stress[J].Comparative Biochemistry and Physiology:Part B,2009,154(4):387-395.

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