王紅艷 鄭少秋 涂永生 張雅潔

肺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)microRNA miR-29b的生物信息學(xué)分析*

王紅艷①鄭少秋①涂永生②張雅潔①

目的：應(yīng)用生物信息學(xué)分析A549細(xì)胞中在CD133陽(yáng)性低表達(dá)的miR-29b的靶基因及其功能，為以miR-29b為靶點(diǎn)的腫瘤研究提供線(xiàn)索。方法：利用miRNA PCR芯片篩選A549細(xì)胞中CD133陽(yáng)性和CD133陰性差異表達(dá)的miRNA，選用miRecords預(yù)測(cè)miR-29b的靶基因，合并已證實(shí)的靶基因，利用GOEAST和DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)所得靶基因進(jìn)行功能富集分析和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路富集分析。結(jié)果：A549細(xì)胞中與CD133陰性比較，miR-29b在CD133陽(yáng)性中表達(dá)下調(diào)。miR-29b靶基因有106個(gè)，其靶基因功能富集于結(jié)合和細(xì)胞外基質(zhì)形成等作用（P＜0.01）；信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路顯著富集于JAK-STAT和TGF-β等信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路（P＜0.05）。結(jié)論：miR-29b可能與肺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)，miR-29b的靶基因顯著富集在與腫瘤相關(guān)的信號(hào)通路中。

miR-29b 肺癌 靶基因 生物信息學(xué)

近年來(lái)，肺癌的發(fā)病率和死亡率一直呈上升趨勢(shì)，導(dǎo)致肺癌患者治療失敗的主要原因之一是肺癌細(xì)胞的轉(zhuǎn)移。因此，探明肺癌轉(zhuǎn)移的調(diào)控基因及其分子機(jī)制至關(guān)重要。microRNA（miRNA）是一類(lèi)長(zhǎng)約22 nt的非編碼單鏈RNA，通過(guò)與目標(biāo)miRNA互補(bǔ)配對(duì)導(dǎo)致miRNA降解或抑制轉(zhuǎn)錄后翻譯誘導(dǎo)基因沉默。大量研究表明，異常表達(dá)的miRNA與人類(lèi)多種腫瘤的轉(zhuǎn)移密切相關(guān)［1］，但其確切機(jī)制尚未完全明確，研究miRNA的關(guān)鍵是準(zhǔn)確預(yù)測(cè)miRNA的靶基因和正確認(rèn)識(shí)其生物學(xué)功能。

miR-29b含有2個(gè)成員，miR-29b1和miR-29b2，分別位于人染色體7q32.3和1q32.2反義鏈，因其堿基序列完全一致，故統(tǒng)稱(chēng)為miR-29b。本研究利用miRNA PCR芯片，篩選出miR-29b在CD133陽(yáng)性A549細(xì)胞中表達(dá)明顯下調(diào)，通過(guò)生物信息學(xué)預(yù)測(cè)miR-29b的靶基因，并對(duì)其靶基因進(jìn)行功能富集分析和信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路富集分析，以期為以miR-29b為靶點(diǎn)的腫瘤研究提供線(xiàn)索。

1 材料與方法

1.1 材料

A549細(xì)胞株由廣州醫(yī)科大學(xué)中心實(shí)驗(yàn)室提供。磁珠分離試劑盒、磁性分選系統(tǒng)為德國(guó)Miltenyi公司產(chǎn)品。利用miRNA靶基因數(shù)據(jù)庫(kù)miRecords（http：//mirecords. biolead.org）進(jìn)行miR-29b靶基因的預(yù)測(cè)和查找已有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)支持的靶基因，此數(shù)據(jù)庫(kù)集成PicTar、miRanda、DIANA-microTest、TargetScanS、Microinspector、miRDB、miTarget、NbmiRTar、PITA、RNA22和RNAhybrid共11個(gè)公用的miRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)工具；采用GOEAST［2］（http：// omicslab.genetics.ac.cn/GOEAST/）中Gene Ontology數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)靶基因進(jìn)行功能富集分析；使用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)（http：//david.abcc.ncifcrf.gov）對(duì)靶基因進(jìn)行KEGG信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路富集分析。

1.2 方法

1.2.1 CD133陽(yáng)性/陰性肺癌細(xì)胞的分離 將對(duì)數(shù)生長(zhǎng)期的A549細(xì)胞制成單細(xì)胞懸液，取約107個(gè)細(xì)胞加入300 μL緩沖液重懸，再依次加入100 μL FCR阻斷劑及100 μL CD133磁性微珠，充分混懸后4℃暗處孵育30 min，續(xù)加緩沖液洗脫、重懸。將細(xì)胞懸液移入已經(jīng)安裝在磁性分選架的陽(yáng)性分選柱中，待細(xì)胞懸液流出，加入2倍體積的緩沖液洗脫分選柱（洗脫下來(lái)的含CD133陰性細(xì)胞）。待洗脫緩沖液流出后加入500 μL緩沖液，裝上分選柱配套的柱芯，快速推柱芯，收集流出液為CD133陽(yáng)性細(xì)胞。取陰性分選柱安裝在磁性分選架上，將陽(yáng)性分選過(guò)程收集的流出液加入分選柱中，續(xù)用緩沖液洗脫，收集流出液為CD133陰性細(xì)胞。

1.2.2 CD133陽(yáng)性/陰性肺癌細(xì)胞差異miRNAs表達(dá)的檢測(cè) miRNA抽提及質(zhì)量檢測(cè)、cDNA合成與RT-PCR、圖像與數(shù)據(jù)分析等由上海康成生物有限公司完成。

1.2.3 RT-qPCR驗(yàn)證芯片中部分差異miRNAs表達(dá) 特異的RT引物和TaqMan探針購(gòu)自美國(guó)ABI公司，用于定量檢測(cè)hsa-miR-337-3p（TM：002157，PN：4427957），hsa-miR-29b（TM：000413，PN：4427957），hsa-miR-26a（TM：000405，PN：4427957），U6（TM：001093，PN：4427957）為內(nèi)參。收集分選后的CD133陽(yáng)性細(xì)胞及CD133陰性細(xì)胞，按TRIZOL（Invitrogen公司）說(shuō)明書(shū)提取RNA，cDNA合成和PCR按照Taq-Man?MicroRNA Reverse Transcription Kit（ABI）和TaqMan?MicroRNA Assays（ABI）說(shuō)明書(shū)進(jìn)行。反應(yīng)條件：50℃2 min，95℃預(yù)變性2 min，循環(huán)參數(shù)為95℃15 s，60℃60 s，共循環(huán)40次。每個(gè)樣品設(shè)3個(gè)復(fù)孔，按上述條件置RT-qPCR儀上進(jìn)行擴(kuò)增反應(yīng)，實(shí)驗(yàn)重復(fù)3次。采用ΔΔCt法進(jìn)行相對(duì)定量分析。

1.2.4 miR-29b生物信息學(xué)分析 采用數(shù)據(jù)庫(kù)miRecords對(duì)miR-29b進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè)，為了降低假陽(yáng)性，選擇至少6種miRNA靶標(biāo)預(yù)測(cè)工具預(yù)測(cè)的交集。GOEAST［2］可以實(shí)現(xiàn)基因的GO，根據(jù)GO注釋中的生物學(xué)過(guò)程和分子功能進(jìn)行Gene Ontology注釋層次分類(lèi)及富集分析。用DAVID數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)預(yù)測(cè)的靶基因集合進(jìn)行基于KEGG的生物通路富集分析，通過(guò)Fisher Exect Test計(jì)算P值，以P＜0.05為顯著性閾值得到基因集合相對(duì)于背景具有統(tǒng)計(jì)意義的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)及疾病通路。

1.3 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

采用SPSS 13.0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)處理，兩組均數(shù)比較采用獨(dú)立樣本的t檢驗(yàn)，P＜0.05為差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 miRNA表達(dá)譜分析結(jié)果

與CD133陰性細(xì)胞相比，CD133陽(yáng)性A549細(xì)胞在376個(gè)檢測(cè)的miRNAs中表達(dá)差異達(dá)2倍或以上的有51個(gè)，占38.3%（51/133）。其中14個(gè)miRNAs表達(dá)均增高，37個(gè)miRNAs表達(dá)均降低，miR-29b在CD133陽(yáng)性A549細(xì)胞中表達(dá)下調(diào)了7.24倍（圖1）。

圖1 CD133陽(yáng)性和陰性肺腺癌細(xì)胞部分差異表達(dá)的miRNAsFigure 1 Partially differential expression of miRNAs in CD133+and CD133-A549 cells

2.2 miRNA PCR芯片中部分差異表達(dá)基因的驗(yàn)證

選取miR-29b、miR-337-3p、miR-26a等3個(gè)差異顯著的miRNAs，應(yīng)用RT-qPCR檢測(cè)了其表達(dá)（圖2）。與CD133陰性細(xì)胞比較，CD133陽(yáng)性A549細(xì)胞的miR-29b、miR-337-3p、miR-26a等3個(gè)miRNAs表達(dá)均下調(diào)。該結(jié)果與miRNA PCR芯片的檢測(cè)結(jié)果一致。

2.3 miR-29b生物信息學(xué)分析

2.3.1 miR-29b靶基因預(yù)測(cè) 用數(shù)據(jù)庫(kù)miRecords對(duì)miR-29b的靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè)，發(fā)現(xiàn)至少6種算法預(yù)測(cè)的交集靶基因有94個(gè)。miRecords數(shù)據(jù)庫(kù)還提供已有實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)支持的miRNAs的確切靶基因，經(jīng)檢索獲得miR-29b的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證靶標(biāo)18個(gè)，包括BACE1、CAV2、CDK6、CDC42、COL1A1、COL2A1、COL3A1、DNMT3A、DNMT3B、DNAJB11、INSIG1、MCL1、MMP2、PIK3R1、SP1、SFPQ、TET1、TCL1，其中CAV2、COL2A1、DNMT3A、DNMT3B、INSIG1、TET1也包含在預(yù)測(cè)的靶基因中。集合數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)測(cè)靶基因的交集與實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證靶基因，本研究將這106個(gè)基因行進(jìn)一步分析。

2.3.2 靶基因的功能富集分析 對(duì)miR-29b的106個(gè)靶基因進(jìn)行功能分析，具體分析結(jié)果見(jiàn)表1。發(fā)現(xiàn)有101個(gè)基因在GO中注釋?zhuān)@些基因分布于68個(gè)群中，其中在GO分子功能富集分析中，miR-29b的靶基因多起結(jié)合作用，共有86個(gè)。在生物學(xué)過(guò)程中，miR-29b的靶基因主要參與了細(xì)胞過(guò)程和生物調(diào)控過(guò)程。

2.3.3 靶基因的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路富集分析 結(jié)果顯示miR-29b的靶基因富集于15個(gè)通路中，分別是參與細(xì)胞通訊的黏著斑，信號(hào)傳導(dǎo)的細(xì)胞外基質(zhì)與受體相互作用，癌癥相關(guān)的通路，細(xì)胞免疫有關(guān)的白細(xì)胞跨內(nèi)皮遷移，細(xì)菌感染的致病性大腸桿菌感染，物質(zhì)代謝的萜類(lèi)化合物骨架代謝通路，VEGF信號(hào)傳導(dǎo)通路，JAK-STAT信號(hào)傳導(dǎo)通路，TGF-β信號(hào)傳導(dǎo)通路，MAPK信號(hào)傳導(dǎo)通路及與癌癥相關(guān)的膠質(zhì)瘤通路、前列腺癌通路、黑色素瘤通路、小細(xì)胞肺癌通路和非小細(xì)胞肺癌通路（表2）。

圖2 RT-qPCR驗(yàn)證部分差異表達(dá)miRNAs在CD133陽(yáng)性與CD133陰性A549細(xì)胞中的表達(dá)Figure 2 Partially differential expression of miRNAs in CD133+and CD133-A549 cells detected by RT-qPCR

表1 miR-29b靶基因的GO基因功能分析Table 1 GO gene function analysis of miR-29b targets

表1 miR-29b靶基因的GO基因功能分析（續(xù)表1）Table 1 GO gene function analysis of miR-29b targets

表2 miR-29b靶基因的Pathway富集分析結(jié)果Table 2 Pathway enrichment analysis of miR-29b targets

3 討論

CD133是目前使用較廣泛的腫瘤干細(xì)胞標(biāo)記物。研究發(fā)現(xiàn)，與CD133陰性細(xì)胞相比，CD133陽(yáng)性細(xì)胞在體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)表現(xiàn)出更高的增殖潛能、轉(zhuǎn)移能力和放化療抵抗性［3-4］。因此，本研究以CD133為切入點(diǎn)，利用miRNA PCR芯片檢測(cè)CD133陽(yáng)性和陰性肺癌細(xì)胞的miRNA表達(dá)譜，篩選出差異miRNAs，以期尋找出肺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)miRNAs。結(jié)果顯示，在差異表達(dá)的miRNAs中miR-29b在CD133陽(yáng)性肺癌細(xì)胞中低表達(dá)。亦有文獻(xiàn)報(bào)道m(xù)iR-29b在肺癌組織和肺癌細(xì)胞系中表達(dá)下調(diào)［5-6］，提示miR-29b可能發(fā)揮抑癌基因的作用。已有研究驗(yàn)證miR-29b在肝癌中直接負(fù)調(diào)控降解細(xì)胞外基質(zhì)和基底膜的MMP2［7］，在肺癌細(xì)胞中miR-29b可直接抑制甲基轉(zhuǎn)移酶DNMT3A/ DNMT3B，從而誘導(dǎo)因DNA甲基化而沉默的抑癌基因表達(dá)［5］。這些基因在腫瘤細(xì)胞的侵襲轉(zhuǎn)移過(guò)程中都發(fā)揮著重要作用，因此，本研究認(rèn)為miR-29b可能是一個(gè)肺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)miRNA。

miRNA的功能主要是通過(guò)其靶基因來(lái)體現(xiàn)，靶基因的發(fā)現(xiàn)是先通過(guò)生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)，然后實(shí)驗(yàn)證明。盡管現(xiàn)在有很多在線(xiàn)軟件如Targetscan、Pictar、miRanda等軟件能對(duì)miRNA的靶基因進(jìn)行預(yù)測(cè)，但不同的軟件因算法不同有不同的優(yōu)勢(shì)和缺陷，所以預(yù)測(cè)的結(jié)果均不相同。本研究采用數(shù)據(jù)庫(kù)miRecords預(yù)測(cè)靶基因，取其至少6種預(yù)測(cè)工具的交集作為預(yù)測(cè)到的靶基因，獲得94個(gè)靶基因，盡管預(yù)測(cè)的靶基因數(shù)目相對(duì)減少，但增加了預(yù)測(cè)的精確度。交集已經(jīng)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的18個(gè)確切的靶基因，共得到106個(gè)靶基因用于GO分類(lèi)和Pathway分析。

GO分類(lèi)分析發(fā)現(xiàn)miR-29b靶基因的功能多為結(jié)合、細(xì)胞外基質(zhì)形成等，該結(jié)果在許多實(shí)驗(yàn)中得以驗(yàn)證，miR-29b可直接抑制多種膠原蛋白表達(dá)［8-10］。膠原蛋白是細(xì)胞外基質(zhì)最主要的成分，在細(xì)胞外基質(zhì)異常聚集所致纖維化中發(fā)揮著舉足輕重的作用。miR-29b參與了多種器官如肝、肺、心和腎的纖維化。肝星狀細(xì)胞是肝臟中分泌細(xì)胞外基質(zhì)蛋白最主要的細(xì)胞，Roderburg等［8］發(fā)現(xiàn)miR-29b在肝臟星狀細(xì)胞中表達(dá)最高，當(dāng)肝纖維化時(shí)，miR-29b表達(dá)異常下調(diào)。相似的是，van Rooij等［10］發(fā)現(xiàn)miR-29b在心臟接近梗死區(qū)域表達(dá)明顯下降，膠原蛋白COL1A1、COL1A2、COL3A1和FBN1為miR-29b靶基因，而且miR-29b與這些蛋白在心肌梗塞組織中的表達(dá)呈反向關(guān)系，說(shuō)明miR-29b參與了心肌纖維化調(diào)節(jié)。

在KEGG信號(hào)傳導(dǎo)通路分析中，本研究發(fā)現(xiàn)miR-29b靶基因富集于VEGF、TGF-β、MAPK、JAK-STAT等多個(gè)信號(hào)傳導(dǎo)通路，而且與膠質(zhì)瘤、前列腺癌、黑色素瘤、肺癌等多種腫瘤密切相關(guān)。研究表明，異常表達(dá)的miR-29b與多種腫瘤的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。Cortez等［11］在膠質(zhì)瘤細(xì)胞中過(guò)表達(dá)miR-29b可直接抑制PDPN蛋白表達(dá)，從而抑制癌細(xì)胞的增殖、遷移，誘導(dǎo)其凋亡。此外，miR-29b可通過(guò)直接抑制抗凋亡蛋白Mcl-1表達(dá)從而誘導(dǎo)前列腺癌細(xì)胞凋亡［12］，通過(guò)直接抑制細(xì)胞周期相關(guān)蛋白CDK6表達(dá)從而抑制黑色素瘤細(xì)胞增殖［13］。這些研究與KEGG分析結(jié)果是一致的。miR-29b通過(guò)抑制靶蛋白的表達(dá)參與多條信號(hào)通路的調(diào)控，包括JAK-STAT和TGF-β通路等。JAK-STAT信號(hào)通路是一條由細(xì)胞因子包括IFN刺激的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路，參與細(xì)胞的增殖、分化、凋亡以及免疫調(diào)節(jié)等許多重要的生物學(xué)過(guò)程。Schmitt等［13］發(fā)現(xiàn)在黑色素瘤細(xì)胞中IFN-γ可通過(guò)激活JAK-STAT通路上調(diào)miR-29b的表達(dá)，而上調(diào)的miR-29b可直接靶向IFN-γ抑制其蛋白表達(dá)，從而構(gòu)成一個(gè)自調(diào)控反饋環(huán)。TGF-β通路是最重要的致纖維化的通路。在小梁網(wǎng)細(xì)胞中，TGF-β2能抑制miR-29的表達(dá)，過(guò)表達(dá)miR-29b可抑制TGF-β1和TGF-β2引起的細(xì)胞外基質(zhì)升高［14］。Sterlacci等［15］在383例非小細(xì)胞肺癌組織中發(fā)現(xiàn)TGF-β通路的異?；罨c患者的預(yù)后呈負(fù)相關(guān)。TGF-β通路在肺癌中過(guò)度活化可能與miR-29b下調(diào)有關(guān)。TGF-β/Smad通路在腫瘤轉(zhuǎn)移早期事件EMT中也有重要作用，因此，如能在這些生物信息學(xué)分析得到的結(jié)果的基礎(chǔ)上，通過(guò)實(shí)驗(yàn)證實(shí)miR-29b在肺癌中調(diào)控這些信號(hào)通路的具體機(jī)制，對(duì)基于miRNA為靶點(diǎn)的腫瘤防治有重要意義。

1 Le XF,Merchant O,Bast RC,et al.The Roles of MicroRNAs in the Cancer Invasion-Metastasis Cascade[J].Cancer Microenviron, 2010,3(1)：137-147.

2 Zheng Q,Wang XJ.GOEAST：a web-based software toolkit for Gene Ontology enrichment analysis[J].Nucleic Acids Res,2008,36 (Web Server issue)：W358-W363.

3 Qu H,Li R,Liu Z,et al.Prognostic value of cancer stem cell marker CD133 expression in non-small cell lung cancer：a systematic review[J].Int J Clin Exp Pathol,2013,6(11)：2644-2650.

4 Kubo T,Takigawa N,Osawa M,et al.Subpopulation of small-cell lung cancer cells expressing CD133 and CD87 show resistance to chemotherapy[J].Cancer Sci,2013,104(1)：78-84.

5 Fabbri M,Garzon R,Cimmino A,et al.MicroRNA-29 family reverts aberrant methylation in lung cancer by targeting DNA methyltransferases 3A and 3B[J].Proc Natl Acad Sci U S A,2007,104(40)：15805-15810.

6 Tan M,Wu J,Cai Y.Suppression of Wnt signaling by the miR-29 family is mediated by demethylation of WIF-1 in non-small-cell lung cancer[J].Biochem Biophys Res Commun,2013,438(4)：673-679.

7 Fang JH,Zhou HC,Zeng C,et al.MicroRNA-29b suppresses tumor angiogenesis,invasion,and metastasis by regulating matrix metalloproteinase 2 expression[J].Hepatology,2011,54(5)：1729-1740.

8 Roderburg C,Urban GW,Bettermann K,et al.Micro-RNA profiling reveals a role for miR-29 in human and murine liver fibrosis[J]. Hepatology,2011,53(1)：209-218.

9 Cushing L,Kuang PP,Qian J,et al.miR-29 is a major regulator of genes associated with pulmonary fibrosis[J].Am J Respir Cell Mol Biol,2011,45(2)：287-294.

10 van Rooij E,Sutherland LB,Thatcher JE,et al.Dysregulation of microRNAs after myocardial infarction reveals a role of miR-29 in cardiac fibrosis[J].Proc Natl Acad Sci U S A,2008,105(35)：13027-13032.

11 Cortez MA,Nicoloso MS,Shimizu M,et al.miR-29b and miR-125a regulate podoplanin and suppress invasion in glioblastoma[J].Genes Chromosomes Cancer,2010,49(11)：981-990.

12 Steele R,Mott JL,Ray RB.MBP-1 upregulates miR-29b that represses Mcl-1,collagens,and matrix-metalloproteinase-2 in prostate cancer cells[J].Genes Cancer,2010,1(4)：381-387.

13 Schmitt MJ,Philippidou D,Reinsbach SE,et al.Interferon-γ-induced activation of Signal Transducer and Activator of Transcription 1(STAT1)up-regulates the tumor suppressing microRNA-29 family in melanoma cells[J].Cell Commun Signal,2012,10 (1)：41.

14 Luna C,Li G,Qiu J,et al.Cross-talk between miR-29 and transforming growth factor-betas in trabecular meshwork cells[J].Invest Ophthalmol Vis Sci,2011,52(6)：3567-3572.

15 Sterlacci W,Wolf D,Savic S,et al.High transforming growth factor β expression represents an important prognostic parameter for surgically resected non-small cell lung cancer[J].Hum Pathol,2012,43 (3)：339-349.

（2013-11-27收稿）

（2014-06-13修回）

（本文編輯：賈樹(shù)明）

Bioinformatics analysis of lung cancer metastasis-related miR-29b

Hongyan WANG1,Shaoqiu ZHENG1,Yongsheng TU2,Yajie ZHANG1

Ya-jie ZHANG;E-mail:yajie.zhang@163.com
1Department of Pathology,2Department of physiology,Guangzhou Medical University,Guangzhou 510182,China
This work was supported by the grants from the Doctoral Fund of Ministry of Education of China(No.20134423110001),the Natural Science Foundation of Guangdong Province(No.S2012010010181),Science and Technology Program of Guangzhou City (No.2014Y2-00171),Guangzhou Municipal Education Department Innovation Team Grant(No.13C06),Medical Scientific Research Foundation of Guangdong Province(No.A2013247),and Guangzhou City-affiliated Universities Scientific Research Program(No.2012C135)

Objective:This paper aims to bioinformatically analyze the target genes of miR-29b and to provide clues for cancer research targeting miR-29b.Methods:The differential expression levels of miRNAs in CD133+and CD133-A549 cells were detected using the miRNA PCR chip.Real-time polymerase chain reaction was performed to verify the partially differential expression of miRNAs.Target genes of miR-29b were predicted by miRecords and analyzed by gene ontology and signal transduction pathway enrichment analysis.Results:The miR-29b expression was significantly decreased in the CD133+A549 cells compared with that in the CD133-cells.The number of miR-29b target genes was 106.The functions of these target genes were enriched in binding and extracellular matrix structural constituent(P＜0.01).The JAK-STAT and TGF-β signal transduction pathways were significantly enriched(P＜0.05).Conclusion:The abnormal expression of miR-29b may be related to metastasis.Some of the predicted target genes of miR-29b were significantly enriched in the signaling pathways in relation to the tumors.

miR-29b,lung cancer,target gene,bioinformatics

10.3969/j.issn.1000-8179.20132018

①?gòu)V州醫(yī)科大學(xué)病理教研室（廣州市510182）；②生理教研室

?本文課題受教育部博士點(diǎn)基金博導(dǎo)類(lèi)課題（編號(hào)：20134423110001），廣東省自然科學(xué)基金項(xiàng)目（編號(hào)：S2012010010181），廣州市科技計(jì)劃項(xiàng)目（編號(hào)：2014Y2-00171），廣州市教育系統(tǒng)創(chuàng)新學(xué)術(shù)團(tuán)隊(duì)項(xiàng)目（編號(hào)：13C06），廣東省醫(yī)學(xué)科研基金項(xiàng)目（編號(hào)：A2013247）及廣州市屬高?？蒲许?xiàng)目（編號(hào)：2012C135）資助

張雅潔 yajie.zhang@163.com

王紅艷 博士生，講師。專(zhuān)業(yè)方向?yàn)槟[瘤分子機(jī)制研究。

E-mail：wanghongyan75@126.com