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        貝類派琴蟲二溫式PCR檢測方法的建立及初步應(yīng)用

        2013-11-23 06:52:40謝麗基謝芝勛劉加波龐耀珊鄧顯文謝志勤
        中國獸醫(yī)雜志 2013年4期
        關(guān)鍵詞:蛤仔貝類弧菌

        謝麗基,謝芝勛,劉加波,龐耀珊,鄧顯文,謝志勤,范 晴

        (廣西壯族自治區(qū)獸醫(yī)研究所 廣西畜禽疫苗新技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,廣西 南寧530001)

        隨著海水養(yǎng)殖規(guī)模的日益擴(kuò)大及密度的持續(xù)增高,貝類的病害也頻繁出現(xiàn),其中奧爾森派琴蟲(Perkinsus olseni)感染的危害較大,在我國[1]、韓國[2]和日本[3]均有過報(bào)道。奧爾森派琴蟲感染是海水養(yǎng)殖貝類最為常見的病害之一,可引起貝殼不能閉合,套膜收縮,性腺發(fā)育抑制,生長緩慢,偶爾也會出現(xiàn)膿腫,死亡率可高達(dá)95%[4]。

        目前派琴蟲的檢測有雷氏液體巰基醋酸鹽培養(yǎng)基(RFTM)法和ELISA 方法等[1,5]。但這些方法均存在一定的局限性。RFTM方法缺乏專一性,檢測用時需7d以上,且只能檢測到派琴蟲的休眠孢子,而ELISA檢測方法的敏感性較差。病原檢測、篩選建立無特定病原體的健康群,仍然是目前預(yù)防與控制派琴蟲的最有效辦法。PCR方法具有操作簡便、敏感性高、特異性強(qiáng)、重復(fù)性好等優(yōu)點(diǎn),已成為檢測派琴蟲的重要方法[6]。

        二溫式聚合酶鏈反應(yīng),即二溫式PCR,又稱雙溫PCR、或二溫度點(diǎn)法PCR和二溫度梯度PCR,是根據(jù)經(jīng)典PCR技術(shù)原理,對標(biāo)準(zhǔn)PCR進(jìn)行改進(jìn),將退火和延伸合并為一個溫度,比標(biāo)準(zhǔn)PCR的退火溫度高,提高了反應(yīng)的特異性,縮短了檢測時間[7-8]。近年來該方法應(yīng)用比較廣泛,主要用于水產(chǎn)品、哺乳動物、禽類及植物中病原菌的快速檢測。目前國內(nèi)還未見有建立派琴蟲二溫式PCR檢測方法的報(bào)道,本研究設(shè)計(jì)了一對特異性引物,建立了派琴蟲的二溫式PCR快速檢測方法。

        1 材料與方法

        1.1 主要儀器與試劑 PCR試劑盒及pMD18-T試劑盒,購自寶生物工程(大連)有限公司;DNA片段回收試劑盒和海洋動物組織基因組DNA提取試劑盒,購自廣州東盛生物科技有限公司。PCR儀為美國Perkin Elmer Cetus公司生產(chǎn)的PE9600儀。

        1.2 病原體和質(zhì)粒DNA 派琴蟲、單孢子蟲、折光馬爾太蟲、副溶血弧菌、溶藻弧菌和河弧菌等由本室保存;pMD-Perkinsus質(zhì)粒由本實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建保存[9]。

        1.3 引物設(shè)計(jì)與合成 根據(jù)GenBank中派琴蟲的保守序列,通過Blast驗(yàn)證,設(shè)計(jì)了1對特異性引物P276-1和 p276-2,擴(kuò)增大小為276bp。引物由TaKaRa公司合成,序列如下:

        1.4 核酸抽提 取待檢貝類的鰓組織約100mg,勻漿后根據(jù)海洋動物組織基因組DNA提取試劑盒的說明書提取DNA。對病原體DNA的抽提按同樣方法進(jìn)行。

        1.5 二溫式PCR擴(kuò)增介質(zhì)及各反應(yīng)條件的優(yōu)化在50μL的反應(yīng)體系中含:25mmol/L MgCl22.5 μL,10×PCR Buffer 5μL,10mmol/L dNTP 1 μL,Taq聚合酶5單位0.25μL,適當(dāng)濃度的上游引物和下游引物,模板1μL。以抽提的派琴蟲DNA為模板,對二溫式PCR各循環(huán)參數(shù)和各引物濃度等進(jìn)行優(yōu)化,以確定最佳的二溫式PCR模式。

        1.6 二溫式PCR特異性試驗(yàn) 對已提取的派琴蟲、單孢子蟲、折光馬爾太蟲、副溶血弧菌、溶藻弧菌和河弧菌的DNA進(jìn)行擴(kuò)增,檢驗(yàn)所建立的二溫式PCR的特異性。

        1.7 二溫式PCR的敏感性 測定pMD-Perkinsus質(zhì)粒的含量后,按10倍遞增稀釋成10ng、1ng、100 pg、10pg、1pg、100fg、10fg、1fg、0.1fg、0.01fg、0.001fg,分別加入到最佳的二溫式PCR反應(yīng)體系中進(jìn)行擴(kuò)增,檢測模板的最低檢測量。

        1.8 臨床樣品的檢測 應(yīng)用本研究所建立的二溫式PCR方法,對2012年采自廣西225份牡蠣、41份貽貝、40份文蛤,連云港的48份菲律賓蛤仔,溫州的102份溢蟶和58份血蛤進(jìn)行檢測。

        1.9 二溫式PCR產(chǎn)物的電泳分析及克隆測序 對1.8中檢測為陽性的牡蠣、菲律賓蛤仔和溢蟶,取50 μL二溫式PCR產(chǎn)物進(jìn)行凝膠電泳,在紫外燈下用刀片切割所需的片段,然后用凝膠回收試劑盒純化回收。取適量純化回收的二溫式PCR產(chǎn)物,與pMD18-T于16℃連接過夜,轉(zhuǎn)化DH5α大腸埃希菌。挑取陽性克隆菌送寶生物工程(大連)有限公司進(jìn)行測序,測序結(jié)果進(jìn)行Blast比對分析。

        2 結(jié)果

        2.1 二溫式PCR條件優(yōu)化 通過對二溫式PCR的引物濃度、各反應(yīng)溫度、時間及循環(huán)次數(shù)等進(jìn)行優(yōu)化,最后確定二溫式PCR中P276-1和p276-2引物的最佳工作終濃度為0.3μmol/L,二溫式PCR的最佳反應(yīng)模式為94℃變性5min,然后進(jìn)入94℃變性30s,65℃退火30s,共進(jìn)行32個循環(huán),最后再經(jīng)65℃延伸10min后,于4℃結(jié)束反應(yīng)。

        2.2 二溫式PCR特異性擴(kuò)增結(jié)果 應(yīng)用最佳反應(yīng)體系,對派琴蟲、單孢子蟲、折光馬爾太蟲、副溶血弧菌、溶藻弧菌和河弧菌的核酸進(jìn)行PCR擴(kuò)增,結(jié)果僅有派琴蟲能擴(kuò)增出與試驗(yàn)設(shè)計(jì)大小相符的DNA擴(kuò)增帶;而其他對照病原體DNA在相同位置卻無任何DNA擴(kuò)增帶(圖1)。

        圖1 二溫式PCR的特異性試驗(yàn)

        2.3 二溫式PCR的敏感性擴(kuò)增結(jié)果 經(jīng)過敏感性測定,該二溫式PCR最低能檢出1fg的pMD-Perkinsus質(zhì)粒模板(圖2)。

        圖2 敏感性試驗(yàn)

        2.4 臨床樣品的檢測 應(yīng)用建立的二溫式PCR方法,對2012年采自廣西225份牡蠣、41份貽貝、40份文蛤,連云港的48份菲律賓蛤仔,溫州的102份溢蟶和58份血蛤進(jìn)行檢測,結(jié)果廣西的牡蠣檢出派琴蟲27份,連云港的菲律賓蛤仔檢出派琴蟲12份,溫州的溢蟶中檢出6份(部分檢測結(jié)果見圖3),而其他未檢出。

        圖3 部分臨床樣品檢測的結(jié)果

        2.5 測序結(jié)果與序列分析 經(jīng)測序結(jié)果分析及Blast比對分析,證明了牡蠣、菲律賓蛤仔和溢蟶的派琴蟲PCR擴(kuò)增產(chǎn)物,大小為276bp,與設(shè)計(jì)大小相符。PCR產(chǎn)物的核酸序列與引物設(shè)計(jì)模板的基因?qū)?yīng)片段的同源性一致。說明本研究建立的二溫式PCR方法,適用于貝類派琴蟲的檢測。

        3 討論

        一般PCR儀的升溫速度為4℃/s,68℃到80℃升溫時間約為3s;Taq DNA聚合酶活性最佳溫度為72℃,此溫度下的延伸速度為150bp/s~300bp/s,對于相對較短的DNA片段,可將退火、延伸溫度合并為一個溫度,在較短時間內(nèi)引物與模板退火結(jié)合已經(jīng)充分延伸形成產(chǎn)物片段,因此采用二溫式PCR能產(chǎn)生與三步PCR同樣多的產(chǎn)物。因此,本試驗(yàn)在設(shè)計(jì)引物時,有意識的提高了引物的Tm值,使引物與模板能準(zhǔn)確結(jié)合而且穩(wěn)定性好,以減少非特異擴(kuò)增。

        本試驗(yàn)所建立的派琴蟲二溫式PCR方法,具有操作簡便、檢測快速、敏感性高和特異性強(qiáng)等優(yōu)點(diǎn),目前還未見有建立派琴蟲二溫式PCR檢測方法的報(bào)道。本試驗(yàn)建立了派琴蟲的二溫式PCR檢測方法,全程(包括核酸提取、二溫式PCR擴(kuò)增和電泳)僅需約5h,比常規(guī)PCR[10]檢測時間縮短1h。該二溫式PCR對派琴蟲擴(kuò)增出與設(shè)計(jì)大小相符的276 bp條帶,而對其他5種病原體則均不能擴(kuò)增出任何條帶,具有很好的特異性;同時該二溫式PCR檢測方法的敏感性最低可檢測到1fg的pMD-Perkinsus模板,說明該二溫式PCR檢測方法具有很高的敏感性,這對于在貝類派琴蟲的發(fā)病早期提供準(zhǔn)確的診斷結(jié)果,切斷其傳播途徑有重要意義,同時也是選育建立無派琴蟲病的健康貝類養(yǎng)殖群所必要的。

        應(yīng)用建立的二溫式PCR方法,對2012年采自廣西225份牡蠣、41份貽貝、40份文蛤,連云港的48份菲律賓蛤仔,溫州的102份溢蟶和58份血蛤進(jìn)行檢測,結(jié)果廣西的牡蠣檢出派琴蟲27份,連云港的菲律賓蛤仔檢出派琴蟲12份,溫州的溢蟶中檢出6份,檢測結(jié)果表明,在廣西牡蠣、連云港的菲律賓蛤仔和溫州的溢蟶中存在派琴蟲的感染,在國內(nèi)首次檢出溢蟶中存在派琴蟲的感染,提示我們在貝類的養(yǎng)殖中應(yīng)特別注意防治派琴蟲的感染。

        [1]Hine P M and Thorne T,Haplosporidium S P.(Alveolata:Haplosporidia)associated with mortalities among rock oysters Saccostrea cuccullata in north Western Australia[J].Dis Aquat Organ,2002,51(2):123-33.

        [2]Spencer Russell,Salvatore Frasca J,Inke Sunila,et al.Application of a multiplex PCR for the detection of protozoan pathogens of the eastern oyster Crassostrea virginica in field samples[J].Dis Aquat Org,2004,59:85-91.

        [3]Haskin H H,Stauber L A,Mackin J A.Minchinia nelsoni n sp(Haplosporidia Haplosporidiidae):causative agent of the Delaware Bay oyster epizootic[J].Science,1966,153:1414-1416.

        [4]Barber B J,Langan R,Howell T L.Haplosporidium nelsoni(MSX)epizootic in the Piscataqua River Estuary(Maine/New Hampshire,USA)[J].J Parasitol ,1997,83:148-150.

        [5]Sunila I,Karolus J,Volk J.A new epizootic of Haplosporidia(MSX),a haplosporidian oyster parasite,in Long Island Sound[J].J Shellfish Res,1999,18:169-174.

        [6]謝麗基,謝芝勛,龐耀珊,等.貝類單孢子蟲PCR檢測方法的建立[J].中國畜牧獸醫(yī),2010(1):54-56.

        [7]王振寶,劉啟生,哈森,等.牛環(huán)形泰勒蟲病二溫式PCR診斷方法的建立及初步應(yīng)用[J].動物醫(yī)學(xué)進(jìn)展,2012,33(5):59-63.

        [8]龐耀珊,謝芝勛,謝志勤,等.二溫式PCR檢測對蝦白斑綜合征病毒[J].中國獸醫(yī)雜志,2003,39(4):43-45.

        [9]謝芝勛,謝麗基,劉加波,等.貝類奧爾森派琴蟲實(shí)時熒光定量PCR檢測方法的建立及初步應(yīng)用[J].中國病原生物學(xué)雜志,2009,4(7):517-519.

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