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        太原漢族人群17個Y-STR基因座等位基因頻率及遺傳關系

        2013-11-15 02:56:28陳惠珍張娟層劉金杰薛淑蓮郭大瑋梁景青太原市公安局刑偵支隊技術處DNA室太原0000山西醫(yī)科大學法醫(yī)學院山西醫(yī)科大學公共衛(wèi)生學院流行病教研室通訊作者mailliangjingqingsinacom
        山西醫(yī)科大學學報 2013年10期

        陳惠珍,張 戎,張娟層,劉金杰,薛淑蓮,郭大瑋,梁景青(太原市公安局刑偵支隊技術處DNA室,太原 0000;山西醫(yī)科大學法醫(yī)學院;山西醫(yī)科大學公共衛(wèi)生學院流行病教研室;通訊作者,E-mail:liangjingqing@sina.com)

        人類Y染色體屬于性染色體,除擬常染色區(qū)外,在遺傳過程中不發(fā)生交換重組,其序列結構特征能穩(wěn)定地由父親傳給兒子,呈父系遺傳。因此,YSTR基因座在法醫(yī)學個體識別、親子鑒定、混合斑中男性成分的檢測、追溯父系遷移歷史等方面都具有獨特的應用價值。本課題旨在為太原漢族人群YSTR單倍型提供基本數(shù)據(jù)資料,通過應用Y-filerTM試劑盒,對17個Y-STR基因座進行分析和研究,結合其他地區(qū)人群樣本資料,分析遺傳距離和遺傳關系,為太原漢族人群的歷史遷移提供生物學的支持。

        1 材料和方法

        1.1 樣本采集

        選取居住在太原地區(qū)的102例漢族無關男性個體的血樣,樣本系太原市公安局DNA實驗室日常案件積累。

        1.2 Y-STR 基因座的選取

        本課題應用美國ABI公司的Y-filer試劑盒中17個Y-STR基因座進行研究。

        1.3 5%Chelex-100快速提取法提取DNA

        1.3.1 檢材預處理 剪取1 cm×1 cm大小的血卡,置于1.5 ml的 EP管中,加入1 000 μl超純水,震蕩混勻后14 000 r/min離心3 min,棄上清,收集沉淀。1.3.2 提取 DNA 每個 EP管中加入200 μl 5%Chelex-100和20 μl蛋白酶K,震蕩混勻后,在56℃水浴箱中孵育40 min。置于100℃加熱模塊中,變性8 min,14 000 r/min 離心3 min,取出,靜置。

        1.4 PCR的擴增及擴增產物的檢測

        1.4.1 PCR擴增 PCR擴增在ABI 9700擴增儀上進行,10 μl擴增體系包括:Amp FlSTR? Y-filer Kit Primer Set 2 μl,Y-filer PCR Reaction mix 2.5 μl,Ampli Taq GoldTMDNA(5 U/L)0.2 μl,DNA 模板 0.8 μl,加去離子水至10 μl。PCR熱循環(huán)參數(shù):95℃,11 min;94℃,1 min;61℃,1 min;72℃,1 min;30個循環(huán);60℃,80 min;4℃保存。

        1.4.2 擴增片段的電泳分離與檢測 采用 ABI 3130xl型基因分析儀進行毛細管電泳分離,應用GeneMapper IDv 3.1軟件進行基因分型。

        1.5 數(shù)據(jù)分析

        各基因座等位基因頻率采用直接計數(shù)法,各基因座基因變異度(GD),根據(jù)公式GD=[n(1-∑Pi2)]/(n-1)計算,其中Pi為等位基因的頻率,n為樣本數(shù)[1,2];計算累積的 GD 值(TGD),按公式TGD=1-(1-GD1)(1-GD2)(1-GD3)(1-GD4)…(1-GDn)計算,GDn為各基因座的GD值。登陸單倍型數(shù)據(jù)庫(www.yhrd.org),計算群體間的遺傳距離Rst矩陣。用MEGA5.05軟件建立群體相鄰連接(neighbor-joining,NJ)系統(tǒng)發(fā)生樹。

        102 例太原漢族人群數(shù)據(jù)與世界各群體共享信息:登陸單倍型數(shù)據(jù)庫(www.yhrd.org),按照DYS19,DYS389Ⅰ,DYS389Ⅱ,DYS390,DYS391,DYS392,DYS393,DYS385a,DYS385b,DYS438,DYS439,DYS437,DYS448,DYS456,DYS458,DYS635,Y-GATA-H4的順序,依次輸入102例太原漢族人群數(shù)據(jù)資料,計算太原漢族人群與世界各個群體間的相同概率。

        2 結果

        2.1 102例太原漢族無關男性群體17個Y-STR基因座遺傳多態(tài)性

        在102例太原漢族無關男性群體個體中,17個Y-STR基因座均得到有效的擴增。DYS385a/b基因座共檢出41種單倍型,其余15個基因座共檢出84個等位基因,等位基因頻率在0.009 8-0.725 5之間,基因多樣性在0.433 5-0.894 0之間,除了DYS391、DYS437、DYS438,其余基因座的基因多樣性均大于0.5(見表1)。該結果說明:17個Y-STR基因座在山西太原漢族人群中有較好的遺傳多態(tài)性,且有較強的個體識別能力及非父排除能力,適合法醫(yī)學的實際應用。

        2.2 太原漢族人群與9個少數(shù)民族群體間的遺傳距離

        本實驗研究發(fā)現(xiàn),太原地區(qū)漢族人群基因座等位基因及頻率分布與國內其他地區(qū)的少數(shù)民族人群相比,具有較大的差異性(見表2)。太原漢族與其他9個[3-11]少數(shù)民族群體的遺傳距離都較大,其中,與遼寧滿族人群之間的遺傳距離最小(0.001 4),與臺灣地區(qū)泰雅族之間的遺傳距離最大(0.469 6)。

        2.3 太原漢族人群與10個群體間的遺傳距離

        本實驗研究發(fā)現(xiàn),太原地區(qū)漢族人群中少數(shù)基因座等位基因及頻率分布與國內其他地區(qū)的人群相比[12-15],具有一定的差異性(見表3)。數(shù)據(jù)結果表明:太原漢族與北京漢族之間的遺傳距離最小(0.001 7),與臺灣泰雅族人群之間的距離最大(0.469 6)。

        2.4 太原漢族人群與11個群體間的N-J系統(tǒng)發(fā)生樹

        2.4.1 太原漢族人群與9個少數(shù)民族群體間的NJ系統(tǒng)發(fā)生樹 太原漢族與9個少數(shù)民族間的N-J系統(tǒng)發(fā)生樹結果顯示:漢族人群與少數(shù)民族人群之間有一定的遺傳距離。太原漢族和遼寧滿族、北京漢族聚為一類,與廣西壯族和福州畬族遺傳距離較近;衛(wèi)藏地區(qū)藏族、安多地區(qū)藏族、康巴地區(qū)藏族和青海藏族聚為一大類,臺灣泰雅族和臺灣排灣族聚為一類(見圖1)。

        2.4.2 太原漢族人群與10個群體間的N-J系統(tǒng)發(fā)生樹 太原漢族與10個群體間的N-J系統(tǒng)發(fā)生樹結果顯示:太原漢族與西安漢族遺傳距離最近,與北京漢族聚為一類;河南漢族與廣西壯族、云南漢族聚為一大類;安多地區(qū)藏族和衛(wèi)藏地區(qū)藏族聚為一類;浙江漢族,代表南方漢族人群單獨為一類;臺灣泰雅族和臺灣排灣族聚為一類(見圖2)。

        3 討論

        3.1 太原漢族人群17個Y-STR基因座等位基因頻率及遺傳多態(tài)性

        表1 太原市漢族無關男性個體17個Y-STR基因座等位基因頻率分布及GD值 (n=102)Table 1 Allelic frequencies and gene diversity of 17 Y-STR loci in Taiyuan Han populations (n=102)

        表2 個不同種族群體間Rst值的遺傳距離矩陣Table 2 The genetic distance between 11 populations

        表3 11個不同群體間Rst值的遺傳距離矩陣Table 3 The genetic distance between 11 populations

        圖1 太原漢族與9個少數(shù)民族間的N-J系統(tǒng)發(fā)生樹Figure 1 Neighbor-joining tree between Taiyuan Han population and nine minority groups

        圖2 太原漢族與10個群體間的N-J系統(tǒng)發(fā)生樹Figure 2 Neighbor-joining tree between Taiyuan Han population and ten populations

        對102例太原漢族無關男性群體個體的研究發(fā)現(xiàn),17個 Y-STR 基因座 DYS456、DYS390、DYS389Ⅰ、DYS389Ⅱ、DYS458、DYS19、DYS393、DYS391、DYS439、 DYS635、 DYS392、 DYS437、 DYS438、DYS448、Y-GATA-H4 基因座分別檢出 5、6、4、7、7、5、5、5、6、6、7、4、6、7、4 個等位基因;DYS385a/b 基因座等位基因頻率在0.009 8-0.725 5之間,基因多樣性在 0.433 5-0.894 0之間,除了 DYS391、DYS437、DYS438,其余基因座的基因多樣性均大于0.5。說明17個Y-STR基因座在山西太原漢族人群中有很好的遺傳多態(tài)性,適合法醫(yī)學的實際應用。

        根據(jù)N-J系統(tǒng)發(fā)生樹的結果,我們可以發(fā)現(xiàn):漢族人群與少數(shù)民族群體間有一定的遺傳距離,而少數(shù)民族中的滿族人群和壯族人群與漢族人群遺傳距離較近,這與我國的歷史條件和地理環(huán)境有密切關系。以浙江為代表的南方漢族人群與北方漢族人群間有較遠的遺傳距離;藏族人群和臺灣人群各自聚為一類。

        3.2 太原地區(qū)漢族人群和其他群體遺傳關系的分析

        Y-STR基因座有父系遺傳特征,只能由父親傳遞給兒子[16],且在傳遞過程中是以較穩(wěn)定的單倍體形式。由于地理、婚配以及文化等方面的原因,YSTR單倍型的基因頻率有較明顯的資料差異。山西太原是山西省的省會,在2 500年的歷史長河中,太原曾經是唐堯故地、戰(zhàn)國名城、太原故國、北朝霸府、天王北都、中原北門、九邊重鎮(zhèn)、晉商故里,“無端更渡桑干水,卻望并州是故鄉(xiāng)”(摘自賈島的《渡桑干》。明初,大量山西人群持續(xù)50余年大規(guī)模強制性移民至北京、河北、陜西、河南等華北平原地區(qū),給他們的后裔留下了許多獨特的生活習俗和生理特征。除此之外,在山西歷史上有濃重一筆的俗稱“走西口”和“闖關東”,也使山西向東北、內蒙古和其他地區(qū)輸出一部分移民。與此同時,山西地區(qū)也接收了大量的來自全國的外來移民,省會太原更是外來移民首選的移民地,經過多年的發(fā)展,與本地人融合,成為一體,組成了現(xiàn)代的太原人群。

        通過本實驗,發(fā)現(xiàn)太原漢族人群與北京漢族之間的遺傳距離最小(0.001 7),其次是與西安漢族之間的遺傳距離(0.001 8)。這些數(shù)據(jù)都說明歷史上山西人群的大規(guī)模遷移,與這些地方的人群的融合有很大的影響。

        本研究所研究的17個Y-STR基因座組成的單倍型,其計算的遺傳距離結果和山西漢族群體形成的歷史過程基本一致,從基因座方向為山西太原的歷史研究提供了有力的生物學證據(jù)。

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