陳惠珍,張 戎,張娟層,劉金杰,薛淑蓮,郭大瑋,梁景青(太原市公安局刑偵支隊技術處DNA室,太原 0000;山西醫(yī)科大學法醫(yī)學院;山西醫(yī)科大學公共衛(wèi)生學院流行病教研室;通訊作者,E-mail:liangjingqing@sina.com)
人類Y染色體屬于性染色體,除擬常染色區(qū)外,在遺傳過程中不發(fā)生交換重組,其序列結構特征能穩(wěn)定地由父親傳給兒子,呈父系遺傳。因此,YSTR基因座在法醫(yī)學個體識別、親子鑒定、混合斑中男性成分的檢測、追溯父系遷移歷史等方面都具有獨特的應用價值。本課題旨在為太原漢族人群YSTR單倍型提供基本數(shù)據(jù)資料,通過應用Y-filerTM試劑盒,對17個Y-STR基因座進行分析和研究,結合其他地區(qū)人群樣本資料,分析遺傳距離和遺傳關系,為太原漢族人群的歷史遷移提供生物學的支持。
選取居住在太原地區(qū)的102例漢族無關男性個體的血樣,樣本系太原市公安局DNA實驗室日常案件積累。
本課題應用美國ABI公司的Y-filer試劑盒中17個Y-STR基因座進行研究。
1.3.1 檢材預處理 剪取1 cm×1 cm大小的血卡,置于1.5 ml的 EP管中,加入1 000 μl超純水,震蕩混勻后14 000 r/min離心3 min,棄上清,收集沉淀。1.3.2 提取 DNA 每個 EP管中加入200 μl 5%Chelex-100和20 μl蛋白酶K,震蕩混勻后,在56℃水浴箱中孵育40 min。置于100℃加熱模塊中,變性8 min,14 000 r/min 離心3 min,取出,靜置。
1.4.1 PCR擴增 PCR擴增在ABI 9700擴增儀上進行,10 μl擴增體系包括:Amp FlSTR? Y-filer Kit Primer Set 2 μl,Y-filer PCR Reaction mix 2.5 μl,Ampli Taq GoldTMDNA(5 U/L)0.2 μl,DNA 模板 0.8 μl,加去離子水至10 μl。PCR熱循環(huán)參數(shù):95℃,11 min;94℃,1 min;61℃,1 min;72℃,1 min;30個循環(huán);60℃,80 min;4℃保存。
1.4.2 擴增片段的電泳分離與檢測 采用 ABI 3130xl型基因分析儀進行毛細管電泳分離,應用GeneMapper IDv 3.1軟件進行基因分型。
各基因座等位基因頻率采用直接計數(shù)法,各基因座基因變異度(GD),根據(jù)公式GD=[n(1-∑Pi2)]/(n-1)計算,其中Pi為等位基因的頻率,n為樣本數(shù)[1,2];計算累積的 GD 值(TGD),按公式TGD=1-(1-GD1)(1-GD2)(1-GD3)(1-GD4)…(1-GDn)計算,GDn為各基因座的GD值。登陸單倍型數(shù)據(jù)庫(www.yhrd.org),計算群體間的遺傳距離Rst矩陣。用MEGA5.05軟件建立群體相鄰連接(neighbor-joining,NJ)系統(tǒng)發(fā)生樹。
102 例太原漢族人群數(shù)據(jù)與世界各群體共享信息:登陸單倍型數(shù)據(jù)庫(www.yhrd.org),按照DYS19,DYS389Ⅰ,DYS389Ⅱ,DYS390,DYS391,DYS392,DYS393,DYS385a,DYS385b,DYS438,DYS439,DYS437,DYS448,DYS456,DYS458,DYS635,Y-GATA-H4的順序,依次輸入102例太原漢族人群數(shù)據(jù)資料,計算太原漢族人群與世界各個群體間的相同概率。
在102例太原漢族無關男性群體個體中,17個Y-STR基因座均得到有效的擴增。DYS385a/b基因座共檢出41種單倍型,其余15個基因座共檢出84個等位基因,等位基因頻率在0.009 8-0.725 5之間,基因多樣性在0.433 5-0.894 0之間,除了DYS391、DYS437、DYS438,其余基因座的基因多樣性均大于0.5(見表1)。該結果說明:17個Y-STR基因座在山西太原漢族人群中有較好的遺傳多態(tài)性,且有較強的個體識別能力及非父排除能力,適合法醫(yī)學的實際應用。
本實驗研究發(fā)現(xiàn),太原地區(qū)漢族人群基因座等位基因及頻率分布與國內其他地區(qū)的少數(shù)民族人群相比,具有較大的差異性(見表2)。太原漢族與其他9個[3-11]少數(shù)民族群體的遺傳距離都較大,其中,與遼寧滿族人群之間的遺傳距離最小(0.001 4),與臺灣地區(qū)泰雅族之間的遺傳距離最大(0.469 6)。
本實驗研究發(fā)現(xiàn),太原地區(qū)漢族人群中少數(shù)基因座等位基因及頻率分布與國內其他地區(qū)的人群相比[12-15],具有一定的差異性(見表3)。數(shù)據(jù)結果表明:太原漢族與北京漢族之間的遺傳距離最小(0.001 7),與臺灣泰雅族人群之間的距離最大(0.469 6)。
2.4.1 太原漢族人群與9個少數(shù)民族群體間的NJ系統(tǒng)發(fā)生樹 太原漢族與9個少數(shù)民族間的N-J系統(tǒng)發(fā)生樹結果顯示:漢族人群與少數(shù)民族人群之間有一定的遺傳距離。太原漢族和遼寧滿族、北京漢族聚為一類,與廣西壯族和福州畬族遺傳距離較近;衛(wèi)藏地區(qū)藏族、安多地區(qū)藏族、康巴地區(qū)藏族和青海藏族聚為一大類,臺灣泰雅族和臺灣排灣族聚為一類(見圖1)。
2.4.2 太原漢族人群與10個群體間的N-J系統(tǒng)發(fā)生樹 太原漢族與10個群體間的N-J系統(tǒng)發(fā)生樹結果顯示:太原漢族與西安漢族遺傳距離最近,與北京漢族聚為一類;河南漢族與廣西壯族、云南漢族聚為一大類;安多地區(qū)藏族和衛(wèi)藏地區(qū)藏族聚為一類;浙江漢族,代表南方漢族人群單獨為一類;臺灣泰雅族和臺灣排灣族聚為一類(見圖2)。
表1 太原市漢族無關男性個體17個Y-STR基因座等位基因頻率分布及GD值 (n=102)Table 1 Allelic frequencies and gene diversity of 17 Y-STR loci in Taiyuan Han populations (n=102)
表2 個不同種族群體間Rst值的遺傳距離矩陣Table 2 The genetic distance between 11 populations
表3 11個不同群體間Rst值的遺傳距離矩陣Table 3 The genetic distance between 11 populations
圖1 太原漢族與9個少數(shù)民族間的N-J系統(tǒng)發(fā)生樹Figure 1 Neighbor-joining tree between Taiyuan Han population and nine minority groups
圖2 太原漢族與10個群體間的N-J系統(tǒng)發(fā)生樹Figure 2 Neighbor-joining tree between Taiyuan Han population and ten populations
對102例太原漢族無關男性群體個體的研究發(fā)現(xiàn),17個 Y-STR 基因座 DYS456、DYS390、DYS389Ⅰ、DYS389Ⅱ、DYS458、DYS19、DYS393、DYS391、DYS439、 DYS635、 DYS392、 DYS437、 DYS438、DYS448、Y-GATA-H4 基因座分別檢出 5、6、4、7、7、5、5、5、6、6、7、4、6、7、4 個等位基因;DYS385a/b 基因座等位基因頻率在0.009 8-0.725 5之間,基因多樣性在 0.433 5-0.894 0之間,除了 DYS391、DYS437、DYS438,其余基因座的基因多樣性均大于0.5。說明17個Y-STR基因座在山西太原漢族人群中有很好的遺傳多態(tài)性,適合法醫(yī)學的實際應用。
根據(jù)N-J系統(tǒng)發(fā)生樹的結果,我們可以發(fā)現(xiàn):漢族人群與少數(shù)民族群體間有一定的遺傳距離,而少數(shù)民族中的滿族人群和壯族人群與漢族人群遺傳距離較近,這與我國的歷史條件和地理環(huán)境有密切關系。以浙江為代表的南方漢族人群與北方漢族人群間有較遠的遺傳距離;藏族人群和臺灣人群各自聚為一類。
Y-STR基因座有父系遺傳特征,只能由父親傳遞給兒子[16],且在傳遞過程中是以較穩(wěn)定的單倍體形式。由于地理、婚配以及文化等方面的原因,YSTR單倍型的基因頻率有較明顯的資料差異。山西太原是山西省的省會,在2 500年的歷史長河中,太原曾經是唐堯故地、戰(zhàn)國名城、太原故國、北朝霸府、天王北都、中原北門、九邊重鎮(zhèn)、晉商故里,“無端更渡桑干水,卻望并州是故鄉(xiāng)”(摘自賈島的《渡桑干》。明初,大量山西人群持續(xù)50余年大規(guī)模強制性移民至北京、河北、陜西、河南等華北平原地區(qū),給他們的后裔留下了許多獨特的生活習俗和生理特征。除此之外,在山西歷史上有濃重一筆的俗稱“走西口”和“闖關東”,也使山西向東北、內蒙古和其他地區(qū)輸出一部分移民。與此同時,山西地區(qū)也接收了大量的來自全國的外來移民,省會太原更是外來移民首選的移民地,經過多年的發(fā)展,與本地人融合,成為一體,組成了現(xiàn)代的太原人群。
通過本實驗,發(fā)現(xiàn)太原漢族人群與北京漢族之間的遺傳距離最小(0.001 7),其次是與西安漢族之間的遺傳距離(0.001 8)。這些數(shù)據(jù)都說明歷史上山西人群的大規(guī)模遷移,與這些地方的人群的融合有很大的影響。
本研究所研究的17個Y-STR基因座組成的單倍型,其計算的遺傳距離結果和山西漢族群體形成的歷史過程基本一致,從基因座方向為山西太原的歷史研究提供了有力的生物學證據(jù)。
[1] Gill P,Brenner C,Brinkmann B,et al.DNA Commissions of the ISFG:recommendations on forensic analysis using Y-Chromosome STRs[J].Int J Legal Med,2001,114:305-309.
[2] Gusmao L,Butler JM,Carraeedo A,et al.DNA Commission of the International Society of Forensic Genetics(ISFG):an update of the recommendations on the use of Y-STRs in forensic analysis[J].Int J Legal Med,2006,120(4):191-200.
[3] Gayden T,Bukhari A,Chennakrishnaiah S,et al.Y-chromosomal microsatellite diversity in three culturally defined regions of historical Tibet[J].Forensic Sci Int Genet,2012,6(4):437-446.
[4] 李斌,呂政,王澍,等.福建漢族人群17個Y-STR基因座遺傳多態(tài)性調查[J].刑事技術,2008(2):60-62.
[5] 魯滌,袁麗,楊雪.北京漢族群體17個Y-STR基因座遺傳多態(tài)性[J].中國法醫(yī)學雜志,2010,25(6):432-433.
[6] 滕少康,曹林枝,黃世寧,等.廣西黑衣壯族17個Y-STR位點遺傳多態(tài)性[J].基礎醫(yī)學與臨床,2009,29(7):742-748.
[7] 馮東亮,劉長暉,梁祚仁,等.廣西4個少數(shù)民族17個Y-STR基因座的多態(tài)性分析[J].遺傳,2009,31(9):921-935.
[8] Zhu B,Wu Y,Shen C,et al.Genetic analysis of 17 Y-chromosomal STRs haplotypes of Chinese Tibetan ethnic group residing in Qinghai province of China[J].Forensic Sci Int,2008,175(2-3):238-243.
[9] Wu FC,Ho CW,Pu CE,et al.Genetic polymorphisms of 17 Y-chromosomal short tandem repeat loci in Atayal population of Taiwan[J].Croat Med J,2009,50(3):313-320.
[10] Wu FC,Ho CW,Pu CE,et al.Y-chromosomal STRs haplotypes in the Taiwanese Paiwan population[J].Int J Legal Med,2011,125(1):39-43.
[11] You XQ,F(xiàn)en J,Zou QL.Y chromosome relative length analysis of 106 case of Fujian she ethnic[J].Yi Chuan,2002,24(3):257-258.
[12] Wu W,Pan L,Hao H,et al.Population genetics of 17 Y-STR loci in a large Chinese Han population from Zhejiang Province,Eastern China[J].Forensic Sci Int Genet,2011,5(1):11-13.
[13] Yanmei Y,Tao G,Yubao Z,et al.Genetic polymorphism of 11 Y-chromosomal STR loci in Yunnan Han Chinese[J].Forensic Sci Int Genet,2009,4(2):67-69.
[14] 郭利紅,田曾元,劉亞舉,等.河南漢族人群16個Y-STR基因座遺傳多態(tài)性[J].中國法醫(yī)學雜志,2010,25(2):66-67.
[15] 楊立,蔡繼峰,常云峰,等.湖南漢族人群16個Y-STR基因座遺傳多態(tài)性[J].中國法醫(yī)學雜志,2011,26(2):136-137.
[16] 侯一平.法醫(yī)物證學[M].2版.北京:人民衛(wèi)生出版社,2005:95-96.