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        并行時域有限差分法網(wǎng)格自動剖分技術(shù)

        2013-04-29 00:00:00陳伶璐周海京李瀚宇傅海軍廖成

        摘要: 為了構(gòu)建適合于時域有限差分法求解的離散幾何模型,擺脫大量繁雜的手工操作,提出了一種高效的大規(guī)模并行時域有限差分法網(wǎng)格自動剖分技術(shù).該并行剖分方法將三角面元計算機輔助設(shè)計模型文件作為輸入數(shù)據(jù),能夠自動建立包含多種介質(zhì)的任意三維實體網(wǎng)格模型,且其并行執(zhí)行過程中無需過多的數(shù)據(jù)交換,并行效率可達(dá)99%.基于該離散模型自動生成技術(shù),采用時域有限差分方法,計算了含微帶板的簡易計算機機箱耦合效應(yīng),其計算結(jié)果與商用電磁仿真軟件的計算結(jié)果相吻合,表明該剖分方法的準(zhǔn)確性.最后,通過250個處理器核,并行剖分了網(wǎng)格規(guī)模約6億的某真實計算機機箱模型,其并行剖分時間僅為0.2 s,驗證了該并行剖分方法的高效性,表明該網(wǎng)格剖分技術(shù)能有效地解決大規(guī)模并行時域有限差分法的離散幾何建模問題.

        關(guān)鍵詞: 時域有限差分法;網(wǎng)格剖分;并行計算;計算機輔助設(shè)計

        中圖分類號: O441.4文獻(xiàn)標(biāo)志碼: ACartesian Mesh Generator for Parallel

        FiniteDifference TimeDomain MethodCHEN Linglu1,ZHOU Haijing2,LI Hanyu2,F(xiàn)U Haijun1,3,LIAO Cheng1

        (1. Institute of Electromagnetics, Southwest Jiaotong University, Chengdu 610031, China; 2. Institute of Applied Physics and Computational Mathematics, Beijing 100094, China; 3. Beijing Institute of Electronic System Engineering, Beijing 100854, China)

        Abstract:In order to generate discrete geometricmodel that can be solved by the finitedifference timedomain (FDTD) method, and avoid complicated manual operations, an efficient parallel mesh generation technique for massively parallel FDTD simulation was presented. The parallel mesh generator is capable of dissecting arbitrary 3D multimaterial models, with trianglefacet computer aided design files as input data. Without the need for excessive data communication between the processors, its parallel efficiency was close to 100% in the test. The coupling effect of a simple computer case with a microstrip board was simulated by the FDTD method, based on this mesh generator. The results by the FDTD coincided with the ones calculated by the commercial electromagnetic simulation software, demonstrating the correctness of this mesh dissection method. Finally, when dissecting a real computer case with 250 processors and the grid number of 0.6 billion, the CPU time was only about 0.2 s. This efficient mesh dissection indicates that the proposed parallel mesh generation technique can efficiently solve the modeling in massively parallel FDTD simulation.

        Key words:finitedifference timedomain (FDTD); mesh generation; parallelization; computer aided design (CAD)

        時域有限差分法(finite difference time domain, FDTD)是一種簡單、靈活的電磁仿真算法,且其易于并行,現(xiàn)已被各界廣泛應(yīng)用與發(fā)展[15].為了使FDTD仿真算法走向?qū)嵱没?,高效的自動幾何建模方法是必不可少的,這在大規(guī)模并行FDTD方法的運用中尤為必要.近年來,越來越多的學(xué)者基于計算機輔助設(shè)計(computer aided design, CAD)研究FDTD離散幾何建模方法.如文獻(xiàn)[6]對AutoCAD軟件進(jìn)行二次開發(fā),實現(xiàn)三維實體的FDTD網(wǎng)格自動剖分;本文作者又對這種方法提出了補充和改進(jìn)[7].但這種方法的剖分過程是在AutoCAD軟件環(huán)境下進(jìn)行的,因此其剖分效果受到AutoCAD軟件的限制,且不易并行化.Y. Srisukh等則提出了一種可以將三角面元數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為可用于FDTD方法計算的六面體網(wǎng)格模型的射線追蹤方法[8];之后Jeff T. MacGillivray利用該方法在一個單核工作站上完成了網(wǎng)格規(guī)模為1萬億的FDTD電磁目標(biāo)建模,但其剖分時間長達(dá)10 h[9];此外,與之類似的還有文獻(xiàn)[10]提出的投影求交方法等.雖然上述方法都具有較好的魯棒性,但需要花費較多的時間進(jìn)行求交以及排序運算.為了進(jìn)一步提高FDTD自動幾何建模的效率,本文將原鑄造業(yè)所采用的切片線掃描法[11]引入到電磁幾何建模中,可最小化求交和排序運算.然后,基于并行自適應(yīng)結(jié)構(gòu)網(wǎng)格應(yīng)用支撐軟件框架(J parallel adaptive structured mesh applications infrastructure, JASMIN)實現(xiàn)了剖分算法的并行化,以解決單臺計算機內(nèi)存受限的問題,并加快網(wǎng)格剖分速度.該方法適合于處理結(jié)構(gòu)復(fù)雜,網(wǎng)格規(guī)模大的大規(guī)模并行FDTD仿真計算問題.西南交通大學(xué)學(xué)報第48卷第4期陳伶璐等:并行時域有限差分法網(wǎng)格自動剖分技術(shù)1基于FDTD的網(wǎng)格自動剖分算法及其并行化實現(xiàn)1.1三角面元CAD數(shù)據(jù)文件及介質(zhì)識別方法三角面元CAD數(shù)據(jù)文件所存儲的模型信息類似于有限元網(wǎng)格劃分,以三角面片來擬合逼近實體模型的表面輪廓特征.由于兩個不同三角形的3個頂點坐標(biāo)不可能完全相同,因此,只需給出各個三角形的頂點坐標(biāo),模型的形狀也就可以完全確定了.STL (stereolithography)格式文件是一種標(biāo)準(zhǔn)的三角面元CAD數(shù)據(jù)文件[12],幾乎所有的CAD系統(tǒng)都提供了STL格式文件的輸入、輸出接口,如Solid Work、Pro/E、Auto CAD等,且當(dāng)下一些主流的電磁仿真軟件也都提供了它的輸入、輸出接口,如CST、HFSS等.根據(jù)數(shù)據(jù)儲存形式的不同,STL格式文件可以分為二進(jìn)制碼和ASCII碼兩種形式.相較于二進(jìn)制碼存儲形式,ASCII碼形式具有更強的可讀性.如圖1所示,采用ASCII碼存儲形式的STL格式文件以“solid component”、“facet normal”、“outer loop”等關(guān)鍵詞來區(qū)分各種數(shù)據(jù)的意義.各個實體的信息以“solid”為開頭,以“endsolid”為結(jié)束;單個實體段中,每個三角形的信息以“facet”為開頭,以“endfacet”為結(jié)束;法向矢量以“normal”為引導(dǎo);頂點信息以“outerloop”為開頭,以“endloop”為結(jié)束;每個頂點的坐標(biāo)以“vertex”為引導(dǎo),每個頂點有x、y、z 3個坐標(biāo)值.本文所研究的網(wǎng)格自動剖分算法以這種ASCII碼形式的STL格式文件作為輸入數(shù)據(jù),具有很好的通用性.

        solid component1: facet normal outer loopvertex vertex vertex endloopendfacet…endsolid component1:

        圖1STL格式文件的ASCII碼存儲形式

        Fig.1An example of an ASCII STL file

        由圖1可知,STL格式文件只保存有實體的名稱、每個三角形的法向矢量和頂點坐標(biāo)這3類信息,并不包含實體模型的介質(zhì)信息.因此,本文通過預(yù)先設(shè)定的命名規(guī)則對各實體進(jìn)行命名,以實體名來識別不同實體的介質(zhì)信息.例如,為“002_solid1”時,“002”為介質(zhì)編號(如:“002”代表銅),“solid1”為自定義的實體名稱.本文所有STL格式文件由商用軟件CST導(dǎo)出,在CST幾何建模平臺中,即可對各實體按上述命名規(guī)則進(jìn)行命名.1.2FDTD網(wǎng)格自動剖分算法本文研究的網(wǎng)格自動剖分算法先以切片的形式得到實體各切割平面的封閉輪廓,再利用線掃描的方法判斷空間中各網(wǎng)格的具體屬性.圖2展示了一中空立方體的網(wǎng)格剖分過程,其中圖2(b)為該中空立方體的三角面元形式.在剖分前,預(yù)先設(shè)X、Y、Z方向的剖分間距分別為Δx、 Δy 和 Δz,根據(jù)FDTD算法的要求,剖分間距應(yīng)小于λ/12[13],其中λ為FDTD仿真的最小波長.具體剖分步驟如下:

        步驟1選取某個坐標(biāo)平面(如XOY面)為基準(zhǔn)面,再以平行于基準(zhǔn)面的切割平面z=(k+1/2)Δz對實體進(jìn)行切割,其中k為代表第k個切割平面的整數(shù).描述實體表面輪廓的三角面元將與切割平面相交而產(chǎn)生交線.這樣,在切割平面上就可得到一個由若干線段首尾相接而組成的封閉環(huán),如圖2(c)所示.

        步驟2在切割平面上以直線y=(j+1/2)Δy(其中,j為整數(shù),代表第j條掃描線)對該平面進(jìn)行線掃描.這些掃描線將可能與封閉環(huán)相交,如圖2(d)所示.

        步驟3將掃描線與封閉環(huán)的交點按順序編號為1,2,…,n,并按“奇數(shù)偶數(shù)”配對,如奇數(shù)交點1和偶數(shù)交點2為一組,奇數(shù)交點3和偶數(shù)交點4為一組,以此類推,如圖2(e)中粗實線所示,則可以判斷奇數(shù)交點與偶數(shù)交點之間的區(qū)域為實體內(nèi)部區(qū)域.

        步驟4以直線x=(i+1/2)Δx(其中,i為整數(shù),代表第i條掃描線)掃描上述“奇偶”配對的直線,如圖2(f)所示,其交點皆位于FDTD的六面體網(wǎng)格中心,判定這些網(wǎng)格的屬性為實體.

        (a) 中空立方體模型(b) 中空立方體的三角面元形式示例:z=3.5(c) 切割平面 z=(k+1/2)Δz(d) 掃描線y=(j+1/2)Δy(e) 交點編號和“奇偶”配對(f) 掃描線 x=(i+1/2)Δx圖2網(wǎng)格剖分過程示意

        Fig.2Mesh dissection process步驟5重復(fù)上述步驟,直到全計算空間被切割掃描完畢.

        當(dāng)剖分目標(biāo)為多實體組成的多介質(zhì)模型時,則需要對每個實體重復(fù)上述步驟.

        在網(wǎng)格剖分過程中,需要注意對奇異點的處理.奇異點是指切割平面或掃描線與三角面元的特殊交點.這些奇異點大致可分為2類:第1類是在用切割平面對實體進(jìn)行切割時,切割平面與三角面元位于同一平面或只過三角面元其中1個頂點而產(chǎn)生的,這種情況將導(dǎo)致切割平面與某三角面元有3個或1個交點,而非1段交線;第2類是在對切割平面進(jìn)行線掃描時,掃描線只過封閉環(huán)某頂點而產(chǎn)生的,這種情況將導(dǎo)致掃描線與封閉環(huán)的交點為奇數(shù),不利于程序?qū)W(wǎng)格屬性的判斷.為使程序順利執(zhí)行,當(dāng)出現(xiàn)上述情形時,本文將切割平面或掃描線略微偏移一個小量,以避開奇異點的產(chǎn)生.此外,須使切割平面的偏移方向與三角面元外法線方向相反,以確保切割平面偏移后仍與實體相交.1.3網(wǎng)格自動剖分算法的并行化實現(xiàn)本文所提出的FDTD網(wǎng)格自動剖分算法的并行化是在JASMIN框架下實現(xiàn)的.JASMIN框架是一個基于消息傳遞接口庫 (message passing interface, MPI)的并行框架,可支持?jǐn)?shù)萬至數(shù)十萬處理器核的大規(guī)模并行計算[14].

        基于JASMIN框架下“塊網(wǎng)格片層次結(jié)構(gòu)網(wǎng)格層網(wǎng)格片”的并行區(qū)域分解策略,將全計算空間分解為若干個子計算空間,令每個網(wǎng)格片只負(fù)責(zé)處理其中一個子空間.各子計算空間在獲得STL模型文件數(shù)據(jù)后,在該子空間內(nèi)獨立地執(zhí)行網(wǎng)格自動剖分程序,并只對處于該子空間內(nèi)的實體目標(biāo)進(jìn)行網(wǎng)格剖分.由于本文所提出的網(wǎng)格自動剖分算法在并行剖分過程中并不需要進(jìn)行MPI通信,即無需數(shù)據(jù)交互,而是直接將剖分后的離散網(wǎng)格模型用于并行FDTD仿真,因此,這種網(wǎng)格自動剖分算法的并行效率是近乎100%的.

        除網(wǎng)格自動剖分算法其本身的高效性外,如何使各進(jìn)程快速獲得STL模型文件數(shù)據(jù)也是影響網(wǎng)格剖分效率的關(guān)鍵因素.最簡單易行的獲取方式為“各處理器并行讀取”,即所有處理器同時讀取目標(biāo)文件.然而,隨著待剖分模型復(fù)雜程度的增加,STL模型文件的數(shù)據(jù)量也將增大,所用處理器核的數(shù)量也將增多.這將導(dǎo)致在程序運行的初始階段,系統(tǒng)的I/O節(jié)點負(fù)載迅速增大,且在I/O的負(fù)載平衡方面也將難以控制,即,若采用上萬處理器核并行讀取一個25 MB大小的STL模型文件,僅讀取文件的時間將長達(dá)十幾分鐘.因此,這種“各處理器并行讀取”的方式并不適用于所有情況.另一種獲取方式為僅由主進(jìn)程讀取目標(biāo)文件,然后經(jīng)關(guān)鍵詞識別,保留有用信息,再廣播給其他進(jìn)程.本文所用的STL模型文件最大約25 MB,而其有用信息僅為KB量級,經(jīng)關(guān)鍵詞識別后廣播有用信息可很大程度地減少系統(tǒng)的I/O節(jié)點負(fù)載,降低程序?qū)τ布O(shè)備的要求.采用這種方式獲取一個25 MB大小的STL模型文件數(shù)據(jù),時間為秒級.因此,本文采用由主進(jìn)程讀取,再廣播給其他進(jìn)程的方式來實現(xiàn)STL模型文件的快速讀取.2數(shù)值算例計算機機箱的電磁耦合效應(yīng)研究一直是電磁兼容、干擾和防護等領(lǐng)域的重要課題[15],而計算機機箱復(fù)雜結(jié)構(gòu)的精確幾何建模也是對其進(jìn)行仿真分析的難點之一.本文將基于并行FDTD網(wǎng)格自動剖分技術(shù)對含微帶板的簡易計算機機箱模型和某真實計算機機箱進(jìn)行建模仿真,用以驗證所提出的并行網(wǎng)格自動剖分算法的準(zhǔn)確性和高效性.2.1簡易計算機機箱模型網(wǎng)格剖分簡易計算機機箱模型如圖3所示,在主板位置放置一個兩端開路的微帶板,該簡易計算機模型尺寸為170 mm×420 mm×430 mm.為設(shè)置激勵源和邊界條件,所取計算空間將大于機箱模型尺寸,統(tǒng)一取260 mm×520 mm×520 mm.在一個4核4 GB 2.13 GHz Intel Xeon Linux工作站上計算該算例.

        圖3帶微帶板的簡易計算機機箱模型

        Fig.3Simple computer case with microstrip board

        表1給出了不同網(wǎng)格規(guī)模和處理器核數(shù)量的簡易計算機機箱模型剖分時間.需要指出的是,當(dāng)空間步長取值為Δx=Δy=Δz=0.1 mm 時,所對應(yīng)的網(wǎng)格規(guī)模約為700億(2 600×5 200×5 200),已經(jīng)超出了該工作站4 GB的內(nèi)存限制,因此,這里的網(wǎng)格剖分?jǐn)?shù)據(jù)并未被保存,只作觀察并行效率用.并行效率[16]的定義為

        E(q)=Ts/(Tqq),(1)

        式中:Ts為串行執(zhí)行時間;q為使用的處理器核數(shù);Tq為使用q個處理器核并行執(zhí)行的時間.

        表1簡易計算機機箱網(wǎng)格剖分CPU運行時間

        Tab.1CPU time of the simple computer case mesh dissection

        計算空間網(wǎng)格規(guī)模處理器核CPU運行時間/s260 mm×520 mm×520 mm130×260×26010.701 6092 600×5 200×5 20011 161.1292581.3064291.331

        從表1可以看出,采用并行網(wǎng)格自動剖分算法可以大大縮減網(wǎng)格剖分所占用的CPU運行時間.對于網(wǎng)格量約700億規(guī)模的計算機機箱模型,采用2個處理器核和4個處理器核剖分的并行效率分別為99.87%和99.64%.

        由于該算例計算機機箱結(jié)構(gòu)相對簡單,當(dāng)空間步長取值為Δx=Δy=Δz=2 mm時,即可滿足FDTD程序[17]的仿真精度要求,此時網(wǎng)格規(guī)模約900萬(130×260×260).激勵信號為一高斯脈沖,設(shè)脈寬為0.2 ns,時延為0.16 ns,幅值為1 kV/m.入射波為正面垂直入射的垂直極化平面波.以計算機正面細(xì)縫內(nèi)側(cè)中心(130 mm,312 mm,47 mm)、計算機機箱中心(130 mm,260 mm,260 mm)和主板中心(62 mm,262 mm,366 mm)為觀察點,對比FDTD程序和CST微波工作室時域求解器的仿真結(jié)果.如圖4~6所示,兩者的計算結(jié)果幾乎完全吻合,由此驗證了該網(wǎng)格自動剖分算法能準(zhǔn)確地將三角面元CAD模型文件數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為FDTD程序可用的六面體網(wǎng)格模型.

        圖4簡易計算機機箱正面細(xì)縫中點

        電場強度時域圖

        Fig.4Electric field in the middle of the silt located

        on the front of simple computer case圖5簡易計算機機箱中心點電場強度時域圖

        Fig.5Electric field at the center of

        simple computer case圖6主板中心點電場強度時域圖

        Fig.6Electric field at the center of motherboard

        2.2真實計算機機箱網(wǎng)格剖分某真實計算機機箱模型如圖7所示,機箱物理尺寸為250 mm×500 mm×550 mm,箱體表面遍布各種形狀的散熱孔,機箱背部有三芯電源線,機箱內(nèi)有復(fù)位線、主板(以介質(zhì)敷銅板替代).在曙光5 000高性能計算機上通過并行FDTD程序計算該真實計算機機箱的電磁耦合效應(yīng).空間步長取值為Δx=Δy=Δz=0.5 mm,所對應(yīng)的網(wǎng)格規(guī)模約為6億(520×1 020×1 120).

        (a) 實物圖(b) FDTD網(wǎng)格模型圖7某真實計算機機箱

        Fig.7A real computer case表2給出了該真實計算機機箱模型的網(wǎng)格剖分時間,在250個處理器核并行剖分的條件下,CPU運行時間僅為0.2 s.FDTD程序的激勵設(shè)置與2.1節(jié)相同.

        表2某真實計算機機箱網(wǎng)格剖分CPU運行時間

        Tab.2CPU time for the mesh dissection of the real computer case

        計算空間網(wǎng)格規(guī)模處理器核/個CPU運行時間/s260 mm×510 mm×560 mm520×1 020×1 1202500.203 658

        圖8為該計算機機箱中心點處的時域電場強度曲線.該算例表明了本文提出的并行FDTD網(wǎng)格自動剖分方法的高效性.

        圖8某真實計算機機箱中心點電場強度時域圖

        Fig.8Electric field at the center point of

        the real computer case3結(jié)論本文提出了一種基于大規(guī)模并行FDTD的網(wǎng)格自動剖分方法,可以將包含多種介質(zhì)的任意三維實體快速、準(zhǔn)確地離散為適用于FDTD計算的六面體網(wǎng)格結(jié)構(gòu).由于并行剖分過程不需要進(jìn)行MPI通信,剖分算法的并行效率可達(dá)99%.簡易計算機機箱模型的FDTD仿真結(jié)果和CST軟件計算結(jié)果的對比,驗證了該剖分方法的準(zhǔn)確性.以250個處理器核耗時僅0.2 s完成約6億網(wǎng)格規(guī)模的某真實計算機機箱網(wǎng)格剖分,表明了該并行剖分方法的高效性.這種以三角面元CAD數(shù)據(jù)文件作為輸入數(shù)據(jù)的網(wǎng)格自動剖分算法對于大規(guī)模并行FDTD的離散化網(wǎng)格建模是十分有效的.參考文獻(xiàn):[1]YEE K S. Numerical solution of initial boundary value problems involving Maxwells equations in isotropic media[J]. IEEE Transactions on Antennas and Propagation, 1966, 14(3): 302307.

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