張宏森, 楊學舜, 張 鋼, 解麗萍
(1.黑龍江科技學院 現(xiàn)代分析測試研究中心,哈爾濱150027;2.哈爾濱工程大學 材料科學與化學工程學院,哈爾濱150001;3.吉林大學理論化學研究所 理論化學計算國家重點實驗室,長春130023)
青霉素和阿莫西林的電子結構及化學穩(wěn)定性
張宏森1,2, 楊學舜1, 張 鋼3, 解麗萍1
(1.黑龍江科技學院 現(xiàn)代分析測試研究中心,哈爾濱150027;2.哈爾濱工程大學 材料科學與化學工程學院,哈爾濱150001;3.吉林大學理論化學研究所 理論化學計算國家重點實驗室,長春130023)
青霉素類抗生素化學穩(wěn)定性問題一直是理論研究和醫(yī)藥生產(chǎn)的熱點和難點。選取青霉素、阿莫西林兩種代表性藥物,采用精確的雜化密度泛函理論(B3LYP)方法,從分子幾何構型、鍵能、價鍵軌道、靜電勢和化學硬度等方面分析了化學結構對于化學穩(wěn)定性的影響。結果表明:稠環(huán)張力是導致該類化合物不穩(wěn)定的主要原因,取代基影響分子的電子排布和分子間的相互作用。該理論研究為青霉素類抗生素新藥設計、構效關系和化學反應規(guī)律的研究,以及醫(yī)藥生產(chǎn)中產(chǎn)品質量的控制提供了理論參考。
阿莫西林;青霉素;密度泛函理論;化學穩(wěn)定性
青霉素自從1941年問世以來,青霉素類抗生素以其高效低毒、選擇性強、抗菌譜廣、體內(nèi)分布好等特點,挽救了數(shù)以千百萬計的生命,至今依舊是舉世公認的重要的臨床抗感染藥物。然而研究表明:青霉素類化合物化學性質不穩(wěn)定,易發(fā)生分解、聚合等副反應。這不但對生產(chǎn)、儲運提出了更高的要求,而且副反應產(chǎn)物嚴重地影響產(chǎn)品質量,甚至威脅到用藥安全。例如,各種青霉素副產(chǎn)物的衍生物是導致“青霉素過敏”反應的重要原因[1]。盡管科研人員進行了大量的卓有成效的研究工作,但依舊難以從本質上解決青霉素類抗生素穩(wěn)定性問題。
眾所周知,“結構決定性質”,開展該類化合物電子結構的基礎研究有利于從本質上認識穩(wěn)定性等相關性質。自從1949年霍奇金女士第一次成功測定了青霉素的結構起,人類就從未間斷過對青霉素類抗生素構效關系的探索。近年來,隨著理論化學取得的長足進步,特別是密度泛函理論在化學領域的廣泛應用,對于以青霉素為代表的β-內(nèi)酰胺類化合物研究進入了嶄新的時代。大量研究表明:密度泛函理論是研究β-內(nèi)酰胺類化合物結構和性質的重要理論工具[2-4]。
在眾多的β-內(nèi)酰胺類化合物中,青霉素和阿莫西林是該類藥物中最為常見的兩種藥物,二者結構相近,但是它們在化學性質方面卻表現(xiàn)出一定的差異。例如:在酸性條件下,阿莫西林的穩(wěn)定性明顯優(yōu)于青霉素,因此更適合制成口服制劑。應用密度泛函理論對這兩種代表性藥物進行研究,有利于分析該類化合物所具有的共同性質,以及相應取代基對于分子整體化學性質的影響,為進一步的相關研究奠定理論基礎。
采用包括電子交換相關效應的雜化密度泛函理論(B3LYP)方法,結合6-31G(d)基組,優(yōu)化分子。振動分析表明,所有的優(yōu)化結構均沒有虛頻,都是勢能面上的局部極小點。以優(yōu)化后的結構為基礎分析了分子的前線軌道能級、靜電勢圖和化學硬度。采用了NBO(nature bond orbital)的方法分析了其電荷分布以及軌道之間和孤對電子與軌道之間的相互作用。應用極化連續(xù)介質模型(Polarized Continuum Model)模擬溶劑化效應。文中所有計算均使用Gaussian 03 程序完成[5]。
筆者對阿莫西林和青霉素的分子結構進行了幾何優(yōu)化。圖1為阿莫西林和青霉素的分子結構,表1給出了優(yōu)化后的幾何參數(shù)以及阿莫西林和青霉素對應的實驗值。
表1 在6-31G(d)水平下青霉素、阿莫西林分子的主要幾何參數(shù)以及相應實驗值Table 1 Domain geometry parameters of penicillin and amoxicillin molecule optimized at 6-31G(d)and experimental level
由圖1可知,阿莫西林和青霉素的母核都是由β-內(nèi)酰胺環(huán)和氫化噻唑環(huán)駢合而成,由二面角C4—N1—C2—S7和 C5—N1—C2—C3可知,兩個稠環(huán)并不共面。β-內(nèi)酰胺環(huán)是該類化合所必須的生物活性基團。其中,由于氮原子與碳原子在半徑和電負性方面的差異,導致四元環(huán)對邊C—C和C—N鍵的鍵長不對稱,二面角 C4—N1—C2—C3為-13.529 5°,說明四元環(huán)結構發(fā)生扭曲,張力增大。這是造成四元環(huán)結構不穩(wěn)定容易開環(huán)的主要原因。同理,C—S與C—C鍵長的差異導致了氫化噻唑環(huán)張力的增大,使其易于開環(huán)斷裂,結構不穩(wěn)定。
從表1的數(shù)據(jù)可以看出,阿莫西林和青霉素四元環(huán)中 N1—C4鍵鍵長分別處于典型的 N==C(0.128 7 nm)雙鍵和N—C(0.147 2 nm)單鍵之間,說明N1與C4==O13之間發(fā)生共軛形成π鍵。但其對電子和C4==O13如果存在共軛作用,會降低N原子受到親電試劑的進攻能力,增加結構的穩(wěn)定性。
鍵能作為表征化學鍵的重要參數(shù),被廣泛用于研究化合物的化學反應活性及其熱力學性質,尤其在化學穩(wěn)定性研究方面具有重要價值。然而,目前實驗難以獲得的化學鍵逐級解離能。研究表明:采用密度泛函理論計算方法可以給出合理的理論預測值[8],對于化學鍵A—B,其鍵解離能(Bond Dissociation Energy,BDE)定義為化學鍵對應解離通道的焓變:鍵長更加接近于N—C單鍵,說明共軛作用并不明顯。通常認為β-內(nèi)酰胺環(huán)上N原子中的孤對電子,易受到親電試劑的進攻,導致開環(huán),而N1上的孤
表2顯示,青霉素和阿莫西林稠環(huán)內(nèi)的化學鍵的鍵能基本一致。這說明相應取代基的差異并沒有影響到環(huán)中化學鍵的鍵能。環(huán)內(nèi)C2—C3、C3—C4鍵能明顯小于環(huán)外C5—C8鍵能,這再次表明該類化合物的主要不穩(wěn)定部位應為β-內(nèi)酰胺環(huán)。C6—S7鍵能小于C2—S7鍵能,而且能量較低,因此C6—S7應優(yōu)先斷裂。這與前期研究中的實驗檢測結果相吻合[9]。
表2 6-31G(d)水平下計算青霉素、阿莫西林分子部分鍵解離能Table 2 Predicted domain bond dissociation energy of penicillin and amoxicillin at B3LYP/6-31G(d)level kJ/mol
自然鍵軌道分析可以詳細地分析成鍵情況和鍵—鍵相互作用。表3列出了阿莫西林和青霉素電子供體(Donor)軌道i、電子受體(Acceptor)軌道j以及由二級微擾理論得到的它們之間的相互作用穩(wěn)定化能E。穩(wěn)定化能E越大,表示i和j的相互作用越強,即i提供電子給j的傾向越大,成鍵作用越強。這是通過研究占據(jù)的成鍵軌道和非占據(jù)的反鍵軌道間所有可能的相互作用,來評估它們的穩(wěn)定性。計算公式為[10-11]
式中:qi——給體軌道的電子占有數(shù);
εj、εi——對角線要素(給體和受體的軌道能量);
F(i,j)——非對角線 Fock 矩陣要素。
表3 NBO計算阿莫西林和青霉素二級微擾穩(wěn)定化能Table 3 Calculated results of penicillin and amoxicillin molecule at B3LYP/6-31G(d)level by NBO analysis
表3列出了主要的稠環(huán)中的電子供體軌道i和電子受體軌道j相互作用的穩(wěn)定化能。阿莫西林和青霉素相應軌道間的穩(wěn)定化能基本一致,說明取代基并沒有影響到環(huán)中相應軌道間的相互作用。穩(wěn)定化能總體偏低,說明環(huán)上原子之間相互作用較差,環(huán)相對不夠穩(wěn)定。N1上的孤對電子是具有一定傾向的向C4==O13的反鍵軌道轉移,但趨勢并不明顯。這進一步說明了N1與C4==O13存在較弱的共軛作用。
采用NBO的方法計算了阿莫西林和青霉素的Wiberg的鍵級值,見表4。通常,化學鍵的鍵級越高,相應化學鍵的穩(wěn)定性越好。從NBO分析看,四元環(huán)和六元環(huán)中的化學鍵鍵級基本都小于標準的單鍵(1.0)。這說明β-內(nèi)酰胺環(huán)內(nèi)相應化學鍵不夠穩(wěn)定。其中,只有N(1)-C(4)的Wiberg鍵級值分別為1.017 4和1.017 9,處于單鍵(1.0)和雙鍵(2.0)之間,但非常接近標準的單鍵(1.0),故可以推測N1與C4==O13的共軛極弱[11]。這說明N(1)-C(4)并沒有很好的分散N上的孤對電子,N依舊容易受到親核試劑的進攻。
表4 6-31G(d)水平下NBO計算阿莫西林和青霉素Wiberg鍵級值Table 4 Wiberg bond index of of penicillin and amoxicillin at B3LYP/6-31G(d)level
阿莫西林和青霉素的HOMO和LUMO能級躍遷圖如圖2所示。從圖2中可以看出,阿莫西林與青霉素的EHOMO均為負值,說明電子狀態(tài)比較穩(wěn)定。ΔE為最低未占據(jù)軌道(ELUMO)和最高占據(jù)軌道能量(EHOMO)之差,分子整體的穩(wěn)定性與這些前線分子軌道能量密切相關。能極差越大,電子就越不容易躍遷,分子就越穩(wěn)定。阿莫西林的前沿軌道能隙ΔE低于青霉素,可以表明青霉素比阿莫西林具有更好的熱力學穩(wěn)定性。兩個分子的HOMO主要都位于苯環(huán)和上,是該分子中主要的電子供體部分。LUMO主要位于β-內(nèi)酰胺環(huán)上,是該分子中主要的電子受體部分。
通過前期研究[12],發(fā)現(xiàn)極化連續(xù)介質模型B3LYP/6-31++G**的計算結果與實驗檢測數(shù)據(jù)具有很好的吻合性,故采用該方法計算了溶劑化效應對分子前線軌道能量的影響,并與實驗結果進行了比對。通過表5發(fā)現(xiàn),甲醇和氯仿對 EHOMO和ELUMO的影響較小,而水對ELUMO的影響十分明顯。這主要是因為兩個化合物都容易與水相互作用,形成分子間氫鍵。
圖2 6-31G(d)水平下阿莫西林和青霉素前線分子軌道Fig.2 Atomic orbital composition of frontier molecular orbital for Amoxicillin and penicillin at B3LYP/6-31G(d)level
表5 6-31++G**水平下不同溶劑中青霉素、阿莫西林能帶隙Table 5 Frontier orbital energies and difference for amoxicillin and penicillin in different solvents at 6-31++G** level
分子靜電勢為分子外部的單位正電荷從無窮遠處移向分子與分子體系中所有粒子的相互作用勢。分子所在空間的靜電勢為[13]
式中,V(r)是分子體系所帶的電荷在r處產(chǎn)生的靜電勢,ZA是RA處原子核所帶的電荷數(shù),ρ(r')是總電子密度。分子所在右邊第一項表示分子中所有原子核在r處產(chǎn)生的靜電勢,第二項是位于r'的負電荷在r處產(chǎn)生的靜電勢。
靜電勢圖與分子的偶極矩、電負性、電荷以及化
學反應都有一定的聯(lián)系,為了解分子的相對極性、形狀、電荷及反應部位提供了一個非常直觀的方法。阿莫西林和青霉素分子表面靜電勢的電子密度等值面如圖3所示。其中,負電勢處電子能級高、密度小(紅色的區(qū)域),正電勢處電子密度低(藍色的區(qū)域)。
圖3 阿莫西林和青霉素的靜電勢Fig.3 Electrostatic potential mapped on molecular surface
觀察靜電勢圖可以發(fā)現(xiàn):兩個分子中電子密度較低的區(qū)域存在著差異。阿莫西林的電子密度低的區(qū)域的空間位阻明顯小于青霉素的空間位阻,阿莫西林更容易以分子間氫鍵的形式相互作用。取代基的引入改變了整個分子的電子排布,導致了相應化學性質的改變。
化學硬度是衡量系統(tǒng)抵抗電子分布變化能力的重要參數(shù)。其計算公式為
式中:E——體系電子能;
N——電子數(shù);
Z——受體或供體原子數(shù)(分別用A、B表示);
μ——電子化學勢;
EIP、EEA——垂直電離勢和電子親合能。
根據(jù)公式得阿莫西林和青霉素的化學硬度分別為4.283 8、4.493 6 eV。青霉素電荷變化需要更高的能量,也具有更強的抵抗電子變化的能力。硬度與軌道能量密切相關,含親核性電子的軌道能量越低,或可接受電子的空軌道的能量越高,則硬度越大。因此,青霉素的硬度大于阿莫西林,同樣青霉素的能帶隙大于阿莫西林(表6)。
表6 青霉素和阿莫西林垂直電離勢EIP、垂直電子親合能EEA、化學硬度η、化學軟度S、化學勢μ、親電性ω和電負性χTable 6 Predicted vertical ionization potentials,vertical electron affinities, chemical hardness, chemical potential,electronegativity,chemical softness and electronphilicity of penicillin and amoxicillin
采用精確的雜化密度泛函理論方法,對青霉素和阿莫西林分子結構進行了幾何全優(yōu)化計算,得到了穩(wěn)定的幾何構型。在此基礎上,研究其相應化學結構和性質對化合物穩(wěn)定性的影響。結果表明,阿莫西林和青霉素稠環(huán)張力是導致該類化合物不穩(wěn)定的主要原因。N1與C4==O13之間存在的較弱共軛作用,但N1仍然容易受到親電試劑的進攻,容易導致β-內(nèi)酰胺環(huán)開環(huán)分解。該類化合物R1和R2取代基的差異并沒有影響稠環(huán)中相應的結構和性質,但取代基可以改變分子整體的電荷分布、化學硬度、能帶隙。
稠環(huán)張力是導致該類化合物不穩(wěn)定的主要原因,如何降低稠環(huán)的張力,提高化學穩(wěn)定性,需要綜合考慮藥理、毒理、化學穩(wěn)定性等因素,有待進一步研究。靜電勢圖直觀的表明羥基的引入明顯地改變了正電荷中心部位,這對于稠環(huán)的保護以及聚合反應的控制都具有重要意義。
[1]盧昕博.青霉素G鈉中致敏性雜質的分離[D].杭州:浙江大學,2009:10-13.
[2] PARK H,BROTHERS E N,MERZ K M.Hybrid QM/MM and DFT investigations of the catalytic mechanism and inhibition of the dinuclear zinc metallo-β-lactamase ccrA from bacteroides fragilis[J].J AM Chem Soc,2005,127(12):4232-4241.
[3]WOZ'NICA M,BUTKIEWICZ A,GRZYWACZ A,et al.Ring-expanded bicyclic β-lactams:a structure-chiroptical properties relationship investigation by experiment and calculations[J].J Org Chem,2011,76(9):3306-3319.
[4]BEBU A,SZABó L,LEOPOLD N,et al.IR,raman,SERS and DFT study of amoxicillin[J].J Mol Struct,2011,993(1/2/3):52-56.
[5]FRISCH M J,TRUCKS G W,SCHLEGEL H B,et al.Gaussian03,Revision A.9[CP].Pittsburgh PA:Gaussian Ine,2003.
[6]BOLES M O,CIRVEN R J,GANE P A C.The structure of amoxycillin trihydrate and a comparison with the structures of ampicillin[J].Acta Cryst,1978,B34:461-466.
[7]DEXTER D D,VAN DER VEEN J M.Conformations of penicillin G:crystal structure of procaine penicillin G monohydrate and a refinement of the structure of potassium penicillin G[J].J Chem Soc,Perkin Trans,1,1978(3),185-190.
[8]裘云鋒,曹澤星.分子內(nèi)結構環(huán)境對解離能的影響[J].高等學?;瘜W學報,2008,29(12):2489-249l.
[9]張宏森,周 揚.電噴霧串聯(lián)質譜法研究阿莫西林的裂解方式[J].中國藥房,2010,21(29):2762-2764.
[10]周丹紅,王玉清,賀 寧,等.Cu(I),Ag(I)/分子篩化學吸附脫硫的π-絡合機理[J].物理化學學報,2006,22(5):542-547.
[11]牛曉慶,張建國,王 穎,等.疊氮唑類高氮含能化合物的理論研究[J].化學學報,2011,69(6):610-616.
[12]張宏森,周 揚,張 鋼.精氨酸的電子結構和光譜性質[J].黑龍江科技學院學報,2010,20(3):206-210.
[13]ZHUROVA E A,MATTA C F,WU N,et al.Experimental and theoretical electron density study of estrone[J].J AM Chem Soc,2006,128(27):8849-8861.
Electronic structures and chemical stability of penicillin and amoxicillin
ZHANG Hongsen1,2, YANG Xueshun1, ZHANG Gang3, XIE Liping1
(1.Modern Analysis& Research Center,Heilongjiang Institute of Science& Technology,Harbin 150027,China;2.College of Materials Science& Chemical Engineering,Harbin Engineering University,Harbin 150001,China;3.State Key Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry,Institute of Theoretical Chemistry,Jilin University,Changchun 130023,China)
Chemical stability of penicillin antibiotics has been challenge to theoretical studies and pharmaceutical production.This paper introduces the selection two kinds of representative drugs,namely penicillin,amoxicillin and the application of the hybrid density functional theory methods to an analysis of the effect on chemical stability by chemical structure in everything from molecular geometry,bond dissociation energy,natural bond orbital,and electrostatic potential to the hydrogen bonds between molecules,and chemical hardness.The results show that the ring tension occurs as the main cause of the instability,and substituents have great influence on the electron distribution and intermolecular interactions.The study provides theoretical references for design of the penicillin antibiotics,investigation into the structure-activity relationships and the laws of chemical reactions,and control of product quality in pharmaceutical production.
penicillin;amoxicillin;density functional theory;chemical stability
O641
A
1671-0118(2012)01-0017-06
2012-01-07
黑龍江省教育廳科學技術研究項目(12511472)
張宏森(1974-),男,黑龍江省齊齊哈爾人,高級工程師,博士研究生,研究方向:儀器分析檢測和有機物理化學,E-mail:zhanghongsen666@sina.com。
(編輯 晁曉筠)