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        鵝細小病毒P C R檢測方法的建立及初步應(yīng)用

        2012-09-20 00:25:00鞠環(huán)宇荊志強李彥偉王春媛王君偉
        關(guān)鍵詞:小鵝病料核酸

        王 倩,鞠環(huán)宇,荊志強,李彥偉,王春媛,馬 波,王君偉

        (東北農(nóng)業(yè)大學(xué)動物醫(yī)學(xué)學(xué)院,哈爾濱 150030)

        鵝細小病毒(Goose parvovirus,GPV)病是一種主要侵害雛鵝和雛番鴨的急性、亞急性、高度接觸性傳染病,其傳染性強,死亡率高,部分病例在病鵝小腸段出現(xiàn)“香腸”狀栓,是目前危害養(yǎng)鵝業(yè)的主要傳染病之一[1]。一般認為,小鵝瘟根據(jù)流行病學(xué)、臨床特征和剖檢特點,可以做出初步診斷,但是,最急性型小鵝瘟、小鵝流感、鵝病毒性腸炎以及近年來新發(fā)現(xiàn)的鵝副粘病毒病等疾病均具有相似的臨床和剖檢特征[2-3]。為此,開展小鵝瘟的實驗室診斷研究具有重要意義。

        目前已建立了許多檢測小鵝瘟病原的方法,如病毒分離試驗、ELISA[4]、Dot-ELISA[5]、反向間接血凝抑制試驗[6]、中和試驗、核酸探針[7]等,其中ELISA對人員和試劑的要求較高,且需要特異性抗體,病毒分離和中和試驗耗時較長,且鵝胚的不均一性對試驗結(jié)果影響較大,總之這些方法在臨床應(yīng)用上都沒有達到較滿意的效果。PCR作為一種新的分子生物學(xué)實驗技術(shù),在疾病診斷中發(fā)揮著越來越重要的作用,該方法具有靈敏度高、快速特異、操作簡便等優(yōu)點。布日額[8]、姚笛[9]、劉家森[10]等建立了檢測小鵝瘟的單重PCR方法,趙研[11]等建立了二重PCR方法,程安春建立了實時熒光定量PCR方法以及尚毅建立了LAMP方法,但這些方法都是以一株GPV為參考序列的[12-13]。本試驗以NCBI上公布的7株為參考序列,旨在建立一種能夠檢測病料組織中所有GPV的特異性PCR方法,為臨床診斷GPV感染和探索各組織器官中GPV的分布規(guī)律提供有效手段。

        1 材料與方法

        1.1 毒株和菌株

        GPV-98E(毒價為 105.15ELD50/0.2 mL)、GPMV由本實驗室保存,AIV-H5由中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院哈爾濱獸醫(yī)研究所田國彬副研究員惠贈,DPV購自中國獸醫(yī)藥品監(jiān)察所;感受態(tài)細胞TG1由本實驗室制備。

        1.2 儀器

        PCR儀:Eppendorf公司;離心機5418型:Eppendorf公司;電泳儀Savant PS4000型:Promega公司產(chǎn)品;凝膠成像儀:Alpha Innotech Corporation產(chǎn)品;DK-8D型電熱恒溫水槽:上海一恒科技有限公司產(chǎn)品。

        1.3 試劑

        蛋白酶K(購自Merck公司);十二烷基磺酸鈉(SDS)(購自Amresco公司);DNA Marker(購自北京全式金公司);PCR試劑、pMD18-T載體、鼠源反轉(zhuǎn)錄酶(M-MLVRT)(購自寶生物工程(大連)有限公司);組織/細胞總RNA快速抽提試劑盒(購自哈爾濱?;锟萍加邢薰荆欢喙δ蹹NA純化回收試劑盒(購自北京百泰克生物技術(shù)有限公司);其他試劑均為分析純。

        1.4 引物

        1.4.1 GPV引物設(shè)計

        根據(jù)Genbank發(fā)表的7株GPV的全序列,在相對保守的NS區(qū)設(shè)計了一對引物,引物完全落在7個全序列的保守區(qū),引物之間為變異區(qū)。引物由上海生工生物工程有限公司合成。

        表1 GPV-NS基因所需引物Table1 Primers for amplifying GPV-NS gene

        1.4.2 DPV、AIV和GPMV特異性引物

        實驗室保存。

        表2 特異性試驗所需引物Table2 Primers for specificity assay

        1.5 病毒核酸的提取

        1.5.1 GPV和DPV DNA的提取

        取尿囊液425 μL,加入蛋白酶K(10 mg·mL-1)25 μL,10%SDS 50 μL,56 ℃水浴1 h,分別用酚/氯仿/異戊醇、氯仿各抽提一次,取上清加入1/10終體積的NaAc(3 mol·L-1,pH 5.2)和2倍體積的無水乙醇沉淀DNA,70%乙醇洗滌一次,干燥后溶于20 μL滅菌去離子水中,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.5.2 AIV和GPMV RNA的提取

        參考試劑盒說明書進行。

        1.6 反轉(zhuǎn)錄合成cDNA

        以AIV和GPMV基因組RNA為模板,分別以GMs和AIV通用下游引物作為反轉(zhuǎn)錄引物,反轉(zhuǎn)錄體系為25 μL,過程如下:RNA模板11.0 μL,引物(50 pmol·μL-1)2.0 μL,70 ℃水浴 5 min,冰浴5 min,再加入 5×M-MLVRT Buffer 5.0 μL,dNTP(2.5 mmol·L-1)5.0 μL,RNAase抑制劑 1.0 μL,鼠源反轉(zhuǎn)錄酶(M-MLVRT)1.0 μL,42 ℃水浴 90 min,70℃水浴15 min,-20℃保存?zhèn)溆谩?/p>

        1.7 PCR擴增及產(chǎn)物檢測

        反應(yīng)體系 25 μL:10×PCR Buffer 2.5 μL,2.5 mmol·L-1dNTP 2.0 μL,上下游引物(10 pmol·μL-1)各0.5 μL,模板1.0 μL,5 U·μL-1rTaq 0.2 μL,滅菌去離子水補足。反應(yīng)條件:95℃預(yù)變性5 min;94℃變性30 s,55.2℃退火30 s,72℃延伸30 s,30個循環(huán);72℃終延伸7 min,4℃終止反應(yīng)。

        取5 μL PCR產(chǎn)物與1 μL上樣緩沖液混勻,以95 V恒定電壓在0.8%瓊脂糖凝膠中電泳15 min,以Trans 2K plusⅡ分析并掃描記錄結(jié)果。

        1.8 PCR產(chǎn)物的純化、克隆及序列測定

        將PCR產(chǎn)物在0.8%瓊脂糖凝膠上進行電泳,切下目的條帶按多功能DNA純化回收試劑盒的使用說明回收目的DNA,將純化的目的DNA 4.5 μL、pMD18-T載體0.5 μL和SolutionⅠ5 μL混勻,16℃連接過夜,轉(zhuǎn)化TG1感受態(tài)細胞,挑取白色菌落接種含終濃度為50 μg·mL-1Amp+的5 mL LB液體培養(yǎng)基,37℃搖振培養(yǎng)12 h,經(jīng)堿裂解法提取質(zhì)粒,Bam HⅠ/HindⅢ雙切鑒定為陽性質(zhì)粒,送往上海生工測序。

        1.9 PCR的敏感性試驗

        將原倍尿囊液用生理鹽水做10倍倍比稀釋(100~10-8),提取核酸后,用已建立的PCR方法進行擴增,以確定其敏感性。將提好的DNA測核酸濃度,用生理鹽水做10倍倍比稀釋,用已建立的PCR方法進行擴增,以確定其最小檢出量。

        1.10 PCR的特異性試驗

        用GPV-NS引物同時對GPV、DPV和AIV、GPMV的cDNA進行PCR擴增。

        1.11 重復(fù)性試驗

        以上試驗在相同的條件下重復(fù)3次以上,以驗證結(jié)果的可靠性。

        1.12 適應(yīng)性試驗

        在不同地理位置對已知樣品進行PCR檢測,以驗證此方法的可靠性。

        1.13 臨床應(yīng)用

        利用本試驗所建立的PCR方法檢測52份雛鵝病料,包括心、肝、腸等。具體步驟如下:將病料放于安瓶中,加3倍體積的PBS,用小剪子剪碎,轉(zhuǎn)移到研磨器中研磨,上清轉(zhuǎn)移到1.5 mL離心管中,反復(fù)凍融3次,離心取上清,按1.5.1步驟進行。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 PCR擴增結(jié)果

        PCR產(chǎn)物與DNA Marker比較,證實GPV DNA擴增大小為476 bp,與預(yù)期大小相符。

        圖1 PCR擴增PCV2-ORF2基因Fig.1 Result of PCR product

        2.2 序列測定

        結(jié)果表明克隆得到GPV-NS基因特異性引物擴增片段基因序列全長476 bp,與7株參考毒株相應(yīng)區(qū)域相似性為98.42%。

        2.3 PCR的敏感性試驗

        結(jié)果表明將尿囊液作105倍稀釋,即0.2 mL含有100.15個ELD50,其最低能檢出0.15個ELD50。

        核酸濃度=OD260×50×稀釋倍數(shù)/1 000=0.4196 μg·μL-1,最小檢出4.194 pg核酸。

        2.4 PCR的特異性試驗

        用NS引物同時對GPV和已知對照病毒的核酸進行擴增,除GPV核酸,其他均未擴增出任何條帶,而對照病毒均已擴增出已知大小的特異性目的條帶(特異性引物見表2)。

        各特異性條帶均已測序,與參考序列的同源性均高于94%以上。

        圖2 GPV-NS基因片段序列Fig.2 Sequence of GPV-NS gene

        圖3 敏感性試驗結(jié)果Fig.3 Sensitive result of PCR detection

        圖4 核酸最低檢出限量Fig.4 Result of minimum detectability of nucleinic acid

        2.5 重復(fù)性試驗

        相同條件下重復(fù)以上試驗3次,結(jié)果均一致。

        圖5 特異性試驗結(jié)果Fig.5 Specific result of PCR detection

        2.6 適應(yīng)性試驗

        在3個不同實驗室采用該方法對已知陰陽性樣品進行PCR擴增,結(jié)果與預(yù)期一致,表明其適應(yīng)性良好。

        2.7 臨床應(yīng)用

        應(yīng)用建立的PCR方法檢測了52份臨床感染的雛鵝病料,包括自然感染的17份和人工感染的35份,其中有50份陽性,其陽性檢出率為96.2%,2份陰性為人工感染,證實此PCR方法能夠直接檢測多種臨床病料中的鵝細小病毒的DNA,能初步用于臨床應(yīng)用。

        3 討論與結(jié)論

        我國是世界養(yǎng)鵝第一大國,隨著養(yǎng)鵝業(yè)的發(fā)展,鵝病也出現(xiàn)逐步增多的趨勢,而小鵝瘟是危害養(yǎng)鵝業(yè)最嚴重的傳染病之一。為了能更加有效地防治該病,采用新型快速診斷方法是控制該病行之有效的途徑之一。目前小鵝瘟實驗室診斷方法主要有病毒分離、瓊擴試驗和酶聯(lián)免疫吸附試驗等,這些方法特異性不高、耗時長,不能針對病原做出快速特異的診斷。國內(nèi)外有許多學(xué)者建立了用于檢測GPV的PCR方法[8-14],本試驗建立的PCR方法具有特異性強、敏感性高、快速簡便等特點,相信能在臨床診斷中能有良好的應(yīng)用前景。

        在基因選擇方面,本試驗根據(jù)GenBank中7株GPV的全序列,選取了高度保守的NS區(qū)625~1 125 nt,以此設(shè)計了一對引物,以期能檢測所有的GPV,測序結(jié)果也證實了這一點,不僅與7株全序列具有高度同源性,也與未公布全序列的NS區(qū)具有高度的同源性。

        在摸索PCR最佳反應(yīng)條件時發(fā)現(xiàn)本試驗所用的檢測引物在退火溫度52~56℃均能較特異地擴增出目的條帶,最終選擇55.2℃為退火溫度。此PCR方法可最低檢測到0.15個ELD50和4.194 pg的核酸,可在病毒的毒力和毒量之間的關(guān)系上做個橫向的參考。利用此對引物對已知DPV、AIV、GPMV的核酸進行擴增,結(jié)果均為陰性,表明此方法具有較高的特異性。

        本試驗從樣品處理到完成整個檢測過程大約需8 h,比常規(guī)的病毒分離方法的時間縮短了很多。本試驗中應(yīng)用建立的PCR方法檢測了52份雛鵝病料,其中50份陽性,2份陰性屬于人工感染病料,其原因可能是雛鵝本身體質(zhì)較弱而病毒未達到臟器所致。在人工感染的病料中,在同一雛鵝上,心和肝都能檢出,而腸偶爾檢測不出,這可以為日后GPV檢測病料選取上提供依據(jù)。該方法用于臨床還有一定的距離,還需在大量臨床樣品檢測中進行實踐和摸索。

        本研究是為了鵝細小病毒PCR檢測試劑盒的研制奠定基礎(chǔ)的,所以以上試驗均按照農(nóng)業(yè)部制定的《獸用診斷制品試驗研究技術(shù)指導(dǎo)原則》所規(guī)定的主要技術(shù)指標實施的,但限于鵝胚的季節(jié)性,敏感性和特異性的部分試驗尚未完成,將在后期繼續(xù)完善。

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