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        Tim-4基因rs7700944位點多態(tài)性與寧夏回族人群RA的關(guān)聯(lián)性分析*

        2012-01-08 06:43:37徐金瑞孫晶瑩
        重慶醫(yī)學(xué) 2012年25期
        關(guān)鍵詞:等位基因多態(tài)性基因型

        徐金瑞,楊 易,周 晶,孫晶瑩

        (寧夏大學(xué)西部特色生物資源保護與利用教育部重點實驗室,銀川 750021)

        類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎(rheumatoid arthritis,RA)屬自身免疫性疾病,主要表現(xiàn)為關(guān)節(jié)滑膜慢性炎癥性病變。在我國,RA患病率為0.3%,嚴重時會導(dǎo)致勞動力喪失或致殘[1]。遺傳與環(huán)境因素共同作用導(dǎo)致RA發(fā)生。雙胞胎RA患病率高于普通人群,且RA具有輕度的家族聚集傾向,均表明遺傳因素參與了RA發(fā)病[2]。2001年,McIntire等[3]在研究哮喘基因中發(fā)現(xiàn)一個新的基因家族,即T細胞免疫球蛋白域黏蛋白域蛋白(T cell immunoglobulin domain and mucin domain protein,Tim)。人類Tim基因位于5q33.2上,目前已確定有Tim-1,Tim-3及Tim-4 3個成員。Tim-4主要表達于成熟的樹突狀細胞、巨噬細胞的細胞膜表面[4],通過與其受體Tim-1相結(jié)合發(fā)揮作用,促進Th2細胞的分化與增殖,對一些免疫性疾病產(chǎn)生調(diào)節(jié)作用[5]。由于歷史上禁止與異族通婚,寧夏回族人群形成了遺傳學(xué)上的“隔離人群”。已有研究表明,寧夏回族具有特殊的遺傳結(jié)構(gòu),與漢族及其他民族間存在差異[6]。目前,國內(nèi)外尚未見有關(guān)Tim-4基因多態(tài)性與RA關(guān)聯(lián)性的研究報道。本研究對寧夏地區(qū)回族人群Tim-4基因rs7700944位點的多態(tài)性進行分析,探討該位點的變異與寧夏地區(qū)回族人群RA發(fā)生的關(guān)聯(lián)性。

        1 資料與方法

        1.1一般資料 根據(jù)知情同意原則,收集寧夏不同地區(qū)回族人群外周靜脈血樣本,RA患者210例,健康個體198名。個體間無血緣關(guān)系,追溯3代均為同一民族,且在寧夏居住3代以上。

        1.2方法

        1.2.1基因組DNA提取 采用常規(guī)的酚/氯仿提取法提取基因組DNA,并溶于TE緩沖液中備用。

        1.2.2引物 參照GeneBank中Tim-4基因序列及相關(guān)文獻設(shè)計合成引物,由上海生工生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成,上游引物:5′-CTT AGC TGG CTT AGG AGT AGC-3′,下游引物: 5′-GGT CCA CGA TAA AGG AGA AA-3′。

        1.2.3PCR反應(yīng) PCR反應(yīng)體系25 μL:DNA模板(40 ng/μL)1 μL,引物P1、P2各1 μL,10×PCR緩沖液2.5 μL,dNTP(10 mmol/L)1 μL,Taq DNA聚合酶(1 U/μL)0.2 μL,Mg2+(25 mmol/L)1.5 μL,滅菌三蒸水16.8 μL。擴增程序為:94 ℃預(yù)變性5 min后進行30個循環(huán),每個循環(huán)為94 ℃ 30 s,61 ℃ 30 s,72 ℃ 50 s。最后在72 ℃延伸10 min,4 ℃保存。取PCR產(chǎn)物3 μL,用1.5%瓊脂糖凝膠電泳分離。

        表1 兩組rs7700944位點多態(tài)性分布[n(%)]

        1.2.4限制性內(nèi)切酶酶切 采用SacⅠ限制性內(nèi)切酶(購自美國NEB公司)對PCR產(chǎn)物進行酶切,反應(yīng)體系10 μL:PCR產(chǎn)物3.5 μL,10×酶切緩沖液1 μL,限制性內(nèi)切酶2 U,用滅菌三蒸水補齊至10 μL。經(jīng)37 ℃酶切2~3 h,產(chǎn)物經(jīng)8%非變性凝膠電泳分離。

        1.2.5基因型的記錄與分析 各樣本的基因型判定根據(jù)酶切結(jié)果:AG為298、200、98 bp,GG為:200、98 bp,AA為298 bp。

        1.3統(tǒng)計學(xué)處理 采用SPSS17.0軟件進行統(tǒng)計分析,基因型頻率、等位基因頻率在兩組中頻率分布的差異及Hardy-Weinberg平衡檢驗均采用χ2檢驗,以P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

        2 結(jié) 果

        2.1PCR結(jié)果 擴增出的目的片段大小為298 bp,見圖1。

        2.2酶切結(jié)果 rs7700944位點檢出3種基因型:GG,AA和GG,見圖2。

        M:DNA標(biāo)記物;1~5:PCR產(chǎn)物。

        M:DNA標(biāo)記物;1、3、4:基因型GG;2:基因型AA;5:基因型AA;P:PCR 產(chǎn)物。

        2.3基因型與等位基因頻率 由表1可見,rs7700944位點基因型頻率及等位基因頻率在寧夏回族人群RA組與對照組比較,差異有統(tǒng)計學(xué)意義(χ2=29.051、14.106,P<0.01)。等位基因A在對照組中的頻率高于RA組,OR(95%CI)為0.549(0.400~0.752),而等位基因G在對照組中的頻率低于RA組,OR(95%CI)為1.823 (1.330~2.498)(P<0.01)。

        3 討 論

        以往研究表明,Tim基因多態(tài)性與多種疾病的發(fā)生相關(guān),因此,可根據(jù)其基因型預(yù)測個體對自身免疫性疾病的易感性[7-9]。Chae等[10]研究發(fā)現(xiàn),Tim-1基因在啟動子區(qū)和編碼區(qū)共有10個單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)的變異與韓國人群哮喘的發(fā)生顯著相關(guān)。Khademi等[11]發(fā)現(xiàn),由Th1和Th2細胞介導(dǎo)的疾病與Tim蛋白的參與具有一定關(guān)聯(lián)性。王長青等[12]研究發(fā)現(xiàn),Tim-3基因啟動子區(qū)2574 G>T的變異可能與山西漢族人群變應(yīng)性鼻炎易感性有關(guān)。張才成等[13]研究了Tim-3基因啟動子區(qū)-1541和-574、4259位點的變異,發(fā)現(xiàn)4259 T>G與湖北漢族人RA易感性有關(guān)。有研究表明,Tim-3基因-1541 C>T、4259 G>T的變異及Tim-1基因-232 A>G、-1637 A>G的變異與寧夏回族RA的發(fā)生有關(guān)[14-15]。

        本研究首次對寧夏回族人群Tim-4基因多態(tài)性與RA發(fā)生的關(guān)聯(lián)性進行了研究。結(jié)果表明,rs7700944位點基因型頻率及等位基因頻率在寧夏回族人群RA組與對照組間,均存在極顯著的差異。等位基因G為寧夏回族人群易患RA的風(fēng)險因子,而等位基因A為保護因子。

        rs7700944位點是位于Tim-4基因內(nèi)含子5中G>A的突變,該突變是否通過影響Tim-4基因的表達,從而對免疫相關(guān)疾病產(chǎn)生間接影響,尚需進一步研究證實。

        本研究結(jié)果對寧夏回族RA的早期預(yù)防提供了參考數(shù)據(jù),并可為今后進一步開展該基因與其他疾病的相關(guān)性奠定了基礎(chǔ)。

        [1]郭文正.實用類風(fēng)濕關(guān)節(jié)病學(xué)[M].天津:天津科學(xué)技術(shù)出版社,2000:18.

        [2]孟濟明,鄒和建.結(jié)締組織病新進展[M].北京:人民衛(wèi)生出版社,2005:308-309.

        [3]McIntire JJ,Umetsu SE,Akbari O.Identification of Tapr(an airway hyperreactivity regulatory locus) and the linked Tim gene family[J].Nat Immunol,2001,2(12):1109-1116.

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