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        GVF Snake模型在細(xì)胞核圖像分割中的應(yīng)用

        2010-01-31 04:18:04張培培包振健張更路
        中國醫(yī)學(xué)裝備 2010年4期
        關(guān)鍵詞:向量場臨界點細(xì)胞核

        張培培 包振健 張更路*

        引 言

        主動輪廓線模型[1](Active Contour Models),又稱為蛇模型(Snake Models ),因其融合了先驗知識和圖像本身的特征,被廣泛地應(yīng)用于醫(yī)學(xué)圖像處理中。作為Snake模型重要的改進之一,GVF Snake[2]通過修改圖像力的作用方式和范圍,解決了原始Snake模型對于初始輪廓選取敏感以及不能逼近深度凹陷區(qū)域的問題。

        細(xì)胞核是細(xì)胞的重要組成部分,蘊含了關(guān)于細(xì)胞的重要特征,然而細(xì)胞核的形狀差異很大,還存在大小不等的紋理顆粒,因此細(xì)胞核的自動分割一直是細(xì)胞圖像分割中的重點和難點。本文將GVF Snake模型進行改進,并應(yīng)用于細(xì)胞核分割中,在用雙閾值分割得到細(xì)胞核初始輪廓之后,借助于區(qū)域之間的相似度對原圖像的梯度向量場進行改進,使得Snake擺脫細(xì)胞外輪廓的影響,成功逼近到細(xì)胞核。實驗結(jié)果表明,本文的方法對于各種形狀的細(xì)胞核都能夠得到滿意的分割效果。

        1 GVF Snake

        1.1 Snake

        Snake是定義在圖像域內(nèi)的參數(shù)化曲線。

        X(s)=[x(s), y(s)], s∈[0,1],該曲線受來自曲線自身的內(nèi)力和來自圖像的外力的共同影響而發(fā)生形變,從而達到能量最小:

        原始的Snake模型有兩個主要問題:輪廓的初始位置必須在目標(biāo)輪廓線附近;難以逼近凹陷的邊界。

        1.2 GVF Snake

        針對Snake模型的以上問題,Xu[2]等人提出了GVF(Gradient Vector Flow)的概念,GVF對傳統(tǒng)Snake的圖像力(edge map)進行了擴散處理,得到整個圖像的梯度向量場,以此作為外部力,更能體現(xiàn)物體邊界的宏觀走勢,擴大了Snake的抓取范圍:

        GVF就是使能量范函ε取得最小的向量域v(x, y)=[u(x, y), v(x, y)]。由變分法得到的Euler方程的解就成為式(2)取極小值的必要條件,其相應(yīng)的Euler方程為:

        針對狹長條和深度凹陷的情況,對GVF進行了范化,又提出了GGVF(Generalized Gradient Vector Flow)[3]:

        其中,

        g(|▽f|)=exp(-|▽f|/k), h(|▽f |)=1-g(|▽f |), k是平滑參數(shù)。

        運用非擴散性濾波器[4]對彩色細(xì)胞圖像(圖1(a))進行去噪處理,然后取σ=1.5,利用f(x,y)=|▽[Gσ(x, y)*I(x, y)]|計算梯度圖(圖1(b)),借助于公式(4)進行擴散處理得到梯度向量場。如圖1(c):

        圖1 細(xì)胞圖像、梯度映射及其局部GVF

        1.3 GVF臨界點問題

        然而,Ray等人[5]指出GVF存在臨界點(Critical point)問題,而且王元全等人[6]還進一步指出,如果初始輪廓沒有包含區(qū)域內(nèi)的臨界點,或者包含了區(qū)域外的輪廓點,GVF Snake都不能收斂到目標(biāo)邊界。

        對于骨髓細(xì)胞來說,它包含細(xì)胞漿和細(xì)胞核,細(xì)胞核包含在細(xì)胞漿里,共有兩個輪廓,一個是外輪廓,一個是內(nèi)輪廓(也就是細(xì)胞核的輪廓)。如圖2所示:

        圖2 細(xì)胞雙輪廓

        細(xì)胞核對于骨髓細(xì)胞的識別具有重要意義。對于具有雙輪廓結(jié)構(gòu)的細(xì)胞圖像來說,提取細(xì)胞核的主要干擾來自于細(xì)胞的外輪廓,圖3展示了同樣的GVF,由于初始輪廓選取不同,內(nèi)外輪廓間的臨界點對輪廓線形變方向的影響。

        圖3 臨界點及初始輪廓選取對輪廓形變的影響

        2 改進的GVF

        針對GVF對臨界點敏感的問題,在用雙閾值分割得到細(xì)胞核初始輪廓之后,借助于區(qū)域之間的相似度對原圖像的梯度向量場進行改進,改進方法如下:

        設(shè)初始輪廓所包含彩色細(xì)胞圖像的區(qū)域為Q,去噪后得到的彩色圖像為I,擴散后得到的GVF場為G,為消除內(nèi)外輪廓之間的臨界點的干擾,按下述步驟對GVF進行調(diào)整:

        (1)計算區(qū)域Q的平均顏色向量Mq=<Qr, Qg, Qb>;

        (2)掃描圖像I,設(shè)當(dāng)前點為p,Np為點p的鄰域;

        (3)計算Np的平均顏色向量 Mp=<Pr, Pg, Pb>;

        (4)求Mq與Mp的距離

        (5)若d>t, 則G(p)= -G(p)。返回步驟2)繼續(xù)掃描;

        (6)掃描結(jié)束后,設(shè)此時G中最小值為minG;

        (7) 對于G中的每一點p,G(p) = G(p) + |minG|;

        其中t為區(qū)域相似度門限參數(shù),t的值需要實驗測定,在本實驗中t=40效果較好。

        經(jīng)上述步驟調(diào)整后,GVF變?yōu)閳D4(a),從圖4(b)可以看出,在新的GVF下,無論初始輪廓是否包含內(nèi)外輪廓間的臨界點,Snake都將逼近細(xì)胞核輪廓,從而擺脫了細(xì)胞外輪廓對Snake形變的影響。

        圖4 調(diào)整后的GVF及其對初始輪廓選取的影響

        3 實驗過程及結(jié)果

        將采集到的骨髓切片標(biāo)本作瑞氏(Wright )染色,經(jīng)100倍油鏡放大,通過彩色CCD攝像機把圖像傳送到計算機中,得到彩色細(xì)胞圖像,如圖4(a)所示。

        對圖像進行濾波去噪,然后提取彩色圖像的飽和度分量圖,在分量圖上借助雙閾值分割,得到細(xì)胞核的初始輪廓,如圖4(b)所示。

        利用f(x, y) =|▽[Gσ(x, y)*I(x, y)]|作為邊緣映射,取σ=1.5。取k=0.2, 采用公式(4)對邊緣進行擴散處理,得到初始的GVF,以此為基礎(chǔ),按照文中的步驟對GVF進行調(diào)整,得到最終的梯度向量場。最后令α=0.6, β=0, γ=1 運用貪心算法[7]求解方程(1)得到細(xì)胞核輪廓,分割結(jié)果如圖5(d)。

        圖5 分割過程及分割結(jié)果

        從上圖可以看出,由于細(xì)胞漿中存在紋理,某些情況下初始輪廓包含了細(xì)胞核與細(xì)胞壁之間的敏感部位,如圖5(b)所示,導(dǎo)致snake偏到了細(xì)胞外壁,而沒有正確逼近到細(xì)胞核,如圖5(c)所示,而借助于本文的方法對GVF進行調(diào)整之后,上述情況得以解決,如圖5(d)所示。

        4 結(jié)論

        本文將GVF Snake應(yīng)用于細(xì)胞核圖像分割中,借助于GVF Snake強大的抓取范圍以及逼近深度凹陷區(qū)域的能力,實現(xiàn)了各種形狀細(xì)胞核的準(zhǔn)確分割,同時立足于細(xì)胞的雙輪廓結(jié)構(gòu),對GVF存在臨界點的問題給出了一個調(diào)整方案,解決了GVF Snake初始輪廓選取對臨界點敏感的問題。

        [1]M. K a s s, A. W i t k i n, a n d D. Terzopoulos. Snakes: Active contour models[J]. International Journal of Computer Vision.1987,1(1):321-331.

        [2]Xu Chenyang, Jerry L. Prince. Snakes, Shapes, and Gradient Vector Flow[J]. IEEE Transactions on image processing. 1998,7(3):359-369.

        [3]C. Xu, J.L. Prince. Generalized gradient vector flow external forces for active contours[J]. Signal Processing. 1998,71: 131-139.

        [4]Wesley E. Snyder, Hairong Qi. Machine Vision[M]. Cambridge University Press, 2004.

        [5]Ray N, Acton ST, Altes T, de Lange EE, Brookeman JR. Merging parametric active contours within homogeneous image regions for MRI-based lung segmentation[J]. IEEE Trans. on Medical Imaging, 2003,22(2):189-199.

        [6]王元全,賈云得.梯度矢量流Snake模型臨界點剖析[J]. 軟件學(xué)報,2006,17(9):1915-1921.

        [7]Donna J. Williams, Mubarak Shah. A fast algorithm for active contours and Curvature Estimation[J]. Computer vision, graphics and image processing: image understanding, 1992,55(1):14-26.

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