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        多重PCR-CE用于血小板抗原HPA-2、-3、-15基因分型的研究

        2010-01-29 03:19:35周世航
        關(guān)鍵詞:漢族等位基因分型

        劉 銘,周世航

        (1.大連醫(yī)科大學(xué) 細(xì)胞生物學(xué)教研室,遼寧 大連 116044; 2.大連市血液中心,遼寧 大連 116001)

        血小板特異性抗原(human platelet antigens,HPA)又稱血小板抗原,是位于血小板膜上的糖蛋白。目前,通過(guò)血清學(xué)方法已確認(rèn)了24個(gè)HPA,其中的12個(gè)被分成6個(gè)HPA系統(tǒng)(HPA-1~5、15)。迄今,24個(gè)HPA中的22個(gè)HPA的分子基礎(chǔ)已經(jīng)得到了闡明。除了HPA-14bw外,其它均由于單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)導(dǎo)致的單個(gè)氨基酸改變而產(chǎn)生的[1]。臨床上,在血小板輸注或懷孕過(guò)程中,如果血小板同種抗原不合,可導(dǎo)致機(jī)體產(chǎn)生血小板同種抗體,引起同種免疫血小板減少綜合征,如新生兒同種免疫血小板減少性紫癜、輸血后紫癜、血小板輸注無(wú)效等[2]。此外,HPA的基因頻率在不同種族人群中的分布有一定的差異[3,4]。因此,對(duì)HPA進(jìn)行快速而準(zhǔn)確的分型在臨床和輸血醫(yī)學(xué)以及遺傳學(xué)和人類學(xué)研究中均有著十分重要的意義。

        隨著對(duì)HPA的分子生物學(xué)特征的進(jìn)一步認(rèn)識(shí)以及分子生物學(xué)技術(shù)的發(fā)展,許多分子生物學(xué)方法,開(kāi)始應(yīng)用于HPA的基因分型。本研究聯(lián)合應(yīng)用多重PCR和高分辨率的毛細(xì)管電泳技術(shù)(CE)建立了一個(gè)用于HPA -2、-3、-15系統(tǒng)基因分型的多重PCR-CE方法,并調(diào)查了大連地區(qū)獻(xiàn)血人群中HPA -2、-3、-15系統(tǒng)的基因型和基因頻率。

        1 材料和方法

        1.1 樣本來(lái)源

        隨機(jī)選取大連市血液中心的100名獻(xiàn)血者,均為漢族無(wú)血緣關(guān)系個(gè)體。每例采集血樣2 mL于-20℃保存。

        1.2 主要試劑和儀器

        PCR試劑盒、去離子甲酰胺、GeneScan500[ROX]購(gòu)自美國(guó)Applied Biosystem公司;血液DNA提取試劑盒購(gòu)自美國(guó)Invitrogen公司; DNA Marker購(gòu)自寶生物工程(大連)有限公司;TP-600型PCR擴(kuò)增儀 購(gòu)自寶生物工程(大連)有限公司; ABI PRISM 310 Genetic Analyzer 購(gòu)自美國(guó)Applied Biosystem公司。

        1.3 血樣DNA提取

        使用DNA提取試劑盒(鹽析法),提取血樣DNA。

        1.4 引物合成

        引物由寶生物工程(大連)有限公司合成并進(jìn)行熒光標(biāo)記。多重PCR引物序列見(jiàn)表1。

        表1 多重PCR引物Tab 1 Primers for multiplex PCR

        1.5 PCR-SSP

        PCR反應(yīng)體系為20 μL,包括100 ng DNA、0.4 μmol/L HPA分型引物、0.2 μmol/L內(nèi)對(duì)照引物、500 mmol/L KCl、100 mmol/L Tris-HCl(PH8.3)、1.5 mmol/L MgCl2、200 mmol/L dNTP、1 U AmpliTaq Gold DNA Polymerase。 PCR反應(yīng)條件: 預(yù)變性,95℃,10 min;然后,變性,95℃,30 s,退火,60℃,30 s, 延伸,72℃,90 s,共30個(gè)循環(huán);最后一次延伸 72℃,5 min[4]。

        1.6 多重PCR

        PCR反應(yīng)體系為20 μL,包括100 ng DNA、0.4~1.0 μmol/L HPA分型引物、500 mmol/L KCl、100 mmol/L Tris-HCl(pH8.3)、1.5 mmol/L MgCl2、200 mmol/L dNTP、1 U AmpliTaq Gold DNA Polymerase。PCR反應(yīng)條件:預(yù)變性,95℃,10 min;然后,變性,95℃,30 s退火,60℃,30 s, 延伸,72℃,90 s,共30個(gè)循環(huán) ;最后一次延伸 72℃,5 min。

        1.7 毛細(xì)管電泳

        取1 μL PCR產(chǎn)物(1∶10稀釋)與24 μL去離子甲酰胺和1 μL GeneScan500[ROX]混合,95℃變性5 min,然后立即冰浴3 min,轉(zhuǎn)至樣品管中,在ABI PRISM 310 Genetic Analyzer上進(jìn)行毛細(xì)管電泳。電泳凝膠為POP4 polymer,毛細(xì)管47 cm(長(zhǎng))×50 μm(內(nèi)徑)。所用內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)為GeneScan 500 [ROX],該條件下可檢測(cè)峰片段長(zhǎng)度分別為:75、100、140、150、160、200、250、300、340、350、400、450、490、500 bp。PCR產(chǎn)物為藍(lán)色峰,而內(nèi)標(biāo)準(zhǔn)顯示為紅色峰。

        1.8 統(tǒng)計(jì)學(xué)方法

        使用直接計(jì)數(shù)法計(jì)算基因頻率。 采用χ2檢驗(yàn)進(jìn)行Hardy-Weinberg平衡吻合度檢驗(yàn)以及不同地區(qū)的人群基因頻率比較。統(tǒng)計(jì)分析軟件為SPSS 11.5,P<0.05 為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié) 果

        2.1 多重PCR-CE基因分型

        100名獻(xiàn)血者HPA -2、-3、-15系統(tǒng)的多重PCR-CE基因分型結(jié)果見(jiàn)表2。結(jié)果符合Hardy-Weinberg平衡。圖1是1例樣本的多重PCR-CE基因分型圖譜。

        表2 大連地區(qū)100名獻(xiàn)血者的HPA -2、-3、-15系統(tǒng)的基因分型Tab 2 Genotyping of HPA-2,-3 and -15 in 100 Dalian donors

        圖1 1例樣本的多重PCR-CE基因分型Fig 1 Genotyping of one sample using multiplex PCR-CE1:HPA-15b; 2:HPA-15a; 3:HPA-3b;4:HPA-3a;5:HPA-2b;6:HPA-2a;樣本的基因型:HPA-2ab、HPA-3ab、HPA-15ab

        2.2 多重PCR-CE與PCR-SSP的比較

        為了驗(yàn)證多重PCR-CE的準(zhǔn)確性,同時(shí)也使用常規(guī)的PCR-SSP方法,對(duì)100名獻(xiàn)血者的樣本進(jìn)行HPA -2、-3、-15系統(tǒng)基因分型。結(jié)果表明,這兩個(gè)方法的基因分型結(jié)果是完全一致的。圖2是1例樣本的PCR-SSP基因分型圖譜。

        圖2 1例樣本的PCR-SSP基因分型Fig 2 Genotyping of one sample using PCR-SSP樣本的基因型:HPA-2aa、HPA-3aa、HPA-15ab

        2.3 大連地區(qū)漢族人群HPA -2、-3、-15系統(tǒng)等位基因頻率與國(guó)內(nèi)部分地區(qū)人群比較

        大連地區(qū)漢族人群與國(guó)內(nèi)山東、上海、浙江漢族人群相比,HPA -2、-3、-15系統(tǒng)等位基因頻率差異無(wú)顯著性意義(P>0.05);與新疆維吾爾族相比,HPA -2、-3系統(tǒng)等位基因頻率差異無(wú)顯著性意義(P>0.05),而HPA-15系統(tǒng)等位基因頻率差異有顯著性意義(P<0.05)。見(jiàn)表3。

        3 討 論

        在HPA各個(gè)系統(tǒng)中,從本質(zhì)來(lái)說(shuō),除了HPA-14bw外,HPA均是由SNP引起的。因此,用于SNP分型的各種方法也適用于HPA的基因分型。目前,用于HPA系統(tǒng)基因分型的方法眾多,包括聚合酶鏈反應(yīng)-序列特異性引物(PCR-SSP)[3,4]、聚合酶鏈反應(yīng)-限制性內(nèi)切酶片段長(zhǎng)度多態(tài)性(PCR-RFLP)[9]、聚合酶鏈反應(yīng)-單鏈構(gòu)象多態(tài)性分析(PCR-SSCP)[10]、熔解曲線分析法[11,12]、TaqMan探針實(shí)時(shí)PCR[13]、置換探針多色實(shí)時(shí)PCR[14]以及基因芯片[15]等方法。以上方法中,PCR-SSP是目前應(yīng)用最廣泛的HPA基因分型方法。雖然PCR-SSP應(yīng)用較廣,但是該方法對(duì)于每個(gè)HPA系統(tǒng)的一對(duì)等位基因,需要進(jìn)行兩個(gè)PCR反應(yīng),才能完成基因分型。

        為了克服PCR-SSP檢測(cè)通量低的缺點(diǎn),本研究聯(lián)合使用了多重PCR和毛細(xì)管電泳技術(shù)。首先,對(duì)常規(guī)PCR-SSP方法進(jìn)行了改進(jìn)。利用引物的5’端的序列不影響PCR擴(kuò)增的特點(diǎn),在部分引物的5’端加上5個(gè)堿基,再將HPA -2、-3、-15系統(tǒng)的分型引物,置于一個(gè)PCR反應(yīng)體系中,進(jìn)行多重PCR。HPA -2、-3、-15系統(tǒng)的6個(gè)等位基因,經(jīng)多重PCR后,將產(chǎn)生片段長(zhǎng)度不同的等位基因擴(kuò)增產(chǎn)物。然后使用高分辨率的毛細(xì)管電泳技術(shù)進(jìn)行基因片段長(zhǎng)度掃描,根據(jù)產(chǎn)物片段長(zhǎng)度的大小而進(jìn)行血小板抗原基因分型。為了驗(yàn)證方法的準(zhǔn)確性,同時(shí)使用建立的多重PCR-CE和常規(guī)的PCR-SSP方法對(duì)100名獻(xiàn)血者進(jìn)行HPA -2、-3、-15的基因分型。結(jié)果表明,二者的分型結(jié)果是完全一致的。

        表3 大連地區(qū)漢族人群HPA -2、-3、-15系統(tǒng)等位基因頻率與國(guó)內(nèi)部分地區(qū)人群比較Tab 3 Comparison of gene frequencies of HPA-2,-3 and -15 in Dalian Han populations with that in other Chinese populations

        1)與大連漢族相比,P<0.05

        本研究建立的多重PCR-CE方法,可以同時(shí)檢測(cè)HPA系統(tǒng)的6個(gè)等位基因,檢測(cè)通量要遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于常規(guī)的PCR-SSP法。而且,進(jìn)行PCR產(chǎn)物檢測(cè)時(shí),使用了自動(dòng)化的毛細(xì)管電泳技術(shù),既避免了瓊脂糖凝膠電泳的手工操作,也防止了DNA染色劑溴化乙錠對(duì)人體的危害。

        本研究建立的多重PCR-CE方法只是對(duì)其中的HPA-2、-3、-15系統(tǒng)進(jìn)行基因分型。Feng等[3]的研究表明,在中國(guó)漢族隨機(jī)輸血人群中,HPA-15、-3、-2的不配合幾率分別為37.40%、36.59%、8.80%,要遠(yuǎn)高于其他HPA系統(tǒng)。因此,本研究建立的針對(duì)以上3個(gè)HPA系統(tǒng)的基因分型方法將有著極大的實(shí)際應(yīng)用價(jià)值。

        HPA等位基因頻率調(diào)查在群體遺傳學(xué)和臨床輸血等方面,都有著十分重要的價(jià)值。國(guó)內(nèi)外一些研究表明,HPA等位基因頻率有一定種族分布特征[3,4]。本研究調(diào)查了大連地區(qū)漢族人群HPA -2、-3、-15的基因頻率,并與國(guó)內(nèi)部分地區(qū)人群進(jìn)行比較,結(jié)果表明大連地區(qū)漢族人群HPA-2、-3、-15的基因頻率和國(guó)內(nèi)其他地區(qū)漢族人群沒(méi)有差異。國(guó)內(nèi)的研究也證實(shí),中國(guó)北方和南方漢族人群HPA-1~16的基因總體分布差異無(wú)顯著性意義[3]。但本研究也發(fā)現(xiàn),大連地區(qū)漢族人群HPA-15的基因頻率和新疆維爾族人群有一定差異,這提示在國(guó)內(nèi)HPA-15等位基因分布存在著種族差異。

        總之,本研究中建立了一個(gè)優(yōu)于PCR-SSP的簡(jiǎn)單、快速、準(zhǔn)確、高通量的HPA -2、-3、-15基因分型方法,闡明了大連地區(qū)漢族人群HPA -2、-3、-15的基因分布特征。這對(duì)于保障血小板的輸注安全,提高血小板輸注療效,研究HPA與疾病的關(guān)系,建立已知HPA基因型血小板供者庫(kù)等醫(yī)學(xué)領(lǐng)域以及群體遺傳學(xué)和人類學(xué)研究等方面均有著重要的意義。

        [1] Metcalfe P,Watkins NA,Ouwehand WH,et al.Nomenclature of human platelet antigens[J].Vox Sang,2003,85:240-245.

        [2] 黃慧,馮明亮,劉達(dá)莊.人類血小板同種抗原研究進(jìn)展[J].中國(guó)實(shí)驗(yàn)血液學(xué)雜志,2006,14(6):1262-1268.

        [3] Feng ML,Liu DZ,Shen W,et al.Establishment of an HPA-1- to -16-typed platelet donor registry in China[J].Transfus Med,2006,16(5):369-374.

        [4] Kupatawintu P,Nathalang O,O-Charoen R,et al.Gene frequencies of the HPA-1 to 6 and Gov human platelet antigens in Thai blood donors[J].Immunohematology,2005,21(1):5-9.

        [5] 朱傳福,王淑榮,王玫,等.山東漢族人群血小板特異性抗原基因的多態(tài)性研究[J].山東醫(yī)藥,2006,46(14):14-16.

        [6] 劉建軍,李志強(qiáng).上海地區(qū)漢族人群人類血小板抗原基因的多態(tài)性研究[J].臨床輸血與檢驗(yàn),2008,10(3):209-214.

        [7] 林岳興,朱玲玲,徐建忠.浙江漢族人群血小板抗原1-16多態(tài)性調(diào)查[J].中國(guó)輸血雜志,2007,20(6):487-490.

        [8] 吐?tīng)柡椤た司S爾,左宏莉,方春富,等.維吾爾族血小板抗原1~5、15系統(tǒng)基因多態(tài)性分析[J].新疆醫(yī)科大學(xué)學(xué)報(bào),2006,29(12):1128-1130.

        [9] Shih MC,Liu TC,Lin IL,et al.Gene frequencies of the HPA-1 to HPA-13,Oe and Gov platelet antigen alleles in Taiwanese,Indonesian,Filipino and Thai populations[J].Int J Mol Med,2003,12(4):609-614.

        [10] Quintanar A,Jallu V,Legros Y,et al.Human platelet antigen genotyping using a fluorescent SSCP technique with an automatic sequencer[J].Br J Haematol,1998,103(2):437-444.

        [11] Randen I,Sorensen K,Killie MK,et al.Rapid and reliable genotyping of human platelet antigen (HPA)-1,-2,-3,-4,and -5 a/b and Gov a/b by melting curve analysis[J].Transfusion,2003,43(4):445-450.

        [12] Liew M,Seipp M,Durtschi J,et al.Closed-tube SNP genotyping without labeled probes/a comparison between unlabeled probe and amplicon melting[J].Am J Clin Pathol,2007,127(3):341-348.

        [13] Higgins M,Hughes A,Buzzacott N,et al.High-throughput genotyping of human platelet antigens using the 5'-nuclease assay and minor groove binder probe technology[J].Vox Sang,2004,87(2):114-117.

        [14] Ruan L,Pei B,Li Q.Multicolor real-time polymerase chain reaction genotyping of six human platelet antigens using displacing probes[J].Transfusion,2007,47(9):1637-1642.

        [15] Bugert P,McBride S,Smith G,et al.Microarray-based genotyping for blood groups:comparison of gene array and 5'-nuclease assay techniques with human platelet antigen as a model[J].Transfusion,2005 ,45(5):654-659.

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