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        基于線粒體D-loop區(qū)多樣性的四平葉赫蒼鷺?lè)N群動(dòng)態(tài)研究

        2025-08-23 00:00:00張?jiān)娪?/span>田然李東紅劉澍易國(guó)棟趙永斌
        關(guān)鍵詞:蒼鷺棲息地種群

        鳥(niǎo)類(lèi)種群動(dòng)態(tài)能夠直接揭示該物種的生存狀況,包括種群數(shù)量、分布、遷徙、繁殖等關(guān)鍵信息,這對(duì)于評(píng)估鳥(niǎo)類(lèi)的健康狀況、預(yù)測(cè)種群變化趨勢(shì)以及制定保護(hù)策略至關(guān)重要,也是物種多樣性保護(hù)以及生態(tài)環(huán)境保護(hù)的重要數(shù)據(jù)來(lái)源[1]。除了傳統(tǒng)的生態(tài)學(xué)觀察之外,分子生物學(xué)也被廣泛應(yīng)用到鳥(niǎo)類(lèi)種群動(dòng)態(tài)研究過(guò)程中[2]。遺傳多樣性是研究物種演化、遺傳結(jié)構(gòu)和生態(tài)適應(yīng)性的關(guān)鍵數(shù)據(jù)之一,可以評(píng)價(jià)物種適應(yīng)性和生存能力的依據(jù),在野生動(dòng)物保護(hù)方面扮演重要角色[3-5]。線粒體DNA(mtDNA)因其母系遺傳、進(jìn)化快、序列多樣性高等特性,常被用作研究種群遺傳多樣性的重要標(biāo)記[6-7]。因此,探究線粒體DNA遺傳多樣性能夠較好地從母系方面揭示鳥(niǎo)類(lèi)的種群動(dòng)態(tài)。

        蒼鷺(Ardeacinerea)屬于鷺科(Ardeidae)鷺屬(Ardea),是一種大型涉禽[8],以魚(yú)類(lèi)等水生動(dòng)物為食,其分布于非洲、歐亞及東亞,在中國(guó)幾乎遍布全國(guó)[9]。蒼鷺多棲息于淺水區(qū)域,作為濕地生態(tài)系統(tǒng)的指示物種,長(zhǎng)期以來(lái)備受人們關(guān)注。

        在其種群分布[10-12]、生境選擇[13-15]、環(huán)境重金屬監(jiān)測(cè)[16-17]以及寄生蟲(chóng)[18]等方面已經(jīng)取得了一定進(jìn)展。然而,目前對(duì)蒼鷺的生態(tài)學(xué)研究多集中在特定的地理區(qū)域,且大多基于傳統(tǒng)的野外觀測(cè)方法,很少采用分子生物手段,導(dǎo)致諸如遺傳多樣性、遺傳分化程度、種群擴(kuò)張演替等方面缺乏明確的研究結(jié)論,而這些對(duì)于探究蒼鷺?lè)N群動(dòng)態(tài)具有重要意義。

        本研究采用無(wú)損取樣法收集蒼鷺?lè)趸蟮穆褮?,通過(guò)測(cè)定卵殼尿囊膜中mtDNAD-loop區(qū)序列,從母系方面探究遺傳多樣性,從而深入了解蒼鷺的生存和繁衍現(xiàn)狀,為制定科學(xué)合理的保護(hù)策略提供理論依據(jù)。

        1材料與方法

        1. 1 樣品采集與DNA提取

        2021年4月至2024年5月期間,在距吉林省四平市區(qū) 30km 的葉赫風(fēng)景區(qū) (42°14N~ 42°57N,124°34E~124°37E) 收集從蒼鷺筑巢樹(shù)上掉落的孵化后卵殼。為保證所收集樣本不重復(fù),選擇那些具有完整尖端的卵殼為試驗(yàn)材料,共收集209個(gè)樣本,其中2021年樣本 20個(gè),2022年樣本91個(gè),2023年樣品提取DNA未能成功,2024年樣本98個(gè)。使用DNA提取試劑盒(北京莊盟國(guó)際生物基因科技有限公司)提取卵殼尿囊膜總DNA,置于 -20°C 保存,備用。

        1. 2 引物設(shè)計(jì)與擴(kuò)增測(cè)序

        根據(jù)Genebank中登錄號(hào)為NC_025900.1的序列為模板設(shè)計(jì)引物,序列為Acin-CR1-S( 5 AAACAAGGCTACCATCATCCC - 3 )和Acin-CR1-A( 5 -GGACCGAGTGCTAAGTCAACC -3 ),擴(kuò)增mtDNAD-loop區(qū)序列片段長(zhǎng)約750bp。使用 50μL 擴(kuò)增體系,包含DNA模板為3μL ,上、下游引物各 1μL,2×U Taq PCR Mix(北京莊盟國(guó)際生物基因科技有限公司) 25μL 。擴(kuò)增條件: 95°C 預(yù)變性 5min :94°C 變性 1min,55°C 退火 1min,72°C 延伸2min ,共30個(gè)循環(huán); 72°C 延伸 10min,4°C 保存。取PCR擴(kuò)增產(chǎn)物 5μL 用 1% 的瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)后,將產(chǎn)物膠回收后送生工生物工程(上海)股份有限公司進(jìn)行測(cè)序。

        1.3 數(shù)據(jù)分析

        測(cè)序圖譜經(jīng)Chromas(v2.6.6)查看后,用Snapgene(v6.0.2)同參照序列(NC_025900.1)比對(duì)并記錄突變位點(diǎn)。分別使用MEGA11.0和DnaSP6.12軟件統(tǒng)計(jì)蒼鷺mtDNAD-loop區(qū)序列的平均堿基組成以及多態(tài)位點(diǎn)數(shù)、簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)數(shù)、單倍型數(shù)、核苷酸多樣性、單倍型多樣性和平均核苷酸差異,并定義單倍型。基于線粒體DNA母系遺傳的特點(diǎn),本研究以年為分組單位,將同一巢中共享同一單倍型的樣本合并為一個(gè)樣本,使用Arlequin3.5(Pairwisedifference)計(jì)算3a樣本的遺傳分化系數(shù)( Fst 值)并進(jìn)行AMOVA分析(analysisofmolecularvariance),計(jì)算公式為 Fst=(HT-HS)/HT ,其中 ΔHT 為整個(gè)種群的預(yù)期雜合度, Hs 為亞種群在哈迪一溫伯格平衡下的預(yù)期雜合度,最后利用Popart1.7軟件繪制單倍型NJ網(wǎng)絡(luò)圖。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 遺傳多樣性分析

        成功獲得209條長(zhǎng)度為750bp的線粒體高可變區(qū)序列。堿基組成分析發(fā)現(xiàn)堿基T、C、A和

        G的平均含量分別為 27.99%.26.54%.25.63% 和 19.84% , A+T(53.62%) 的平均含量高于G+C(46.38%) ,表現(xiàn)出了一定的堿基偏好性。共檢測(cè)到55個(gè)突變位點(diǎn),占所分析位點(diǎn)總數(shù)的9.95% ,其中多態(tài)位點(diǎn)52個(gè)。多態(tài)性位點(diǎn)中單一多態(tài)位點(diǎn)37個(gè),簡(jiǎn)約性信息位點(diǎn)15個(gè)(表1)。這52個(gè)多態(tài)位點(diǎn)中,C-T轉(zhuǎn)換有11處,A-G轉(zhuǎn)換16處,G-C顛換3處,A-C顛換5處,G-T顛換12處,A-T顛換5處。

        經(jīng)單倍型統(tǒng)計(jì)分析,從蒼鷺209個(gè)樣本中共定義了33種單倍型(表1)。各單倍型的網(wǎng)絡(luò)關(guān)系如圖1所示,2021年20個(gè)樣本共享10種單倍型,其中Hap12為特有單倍型;2022年91個(gè)樣本共享12種單倍型,Hapl、Hapl3、Hapl7和Hap33為特有單倍型;2024年98個(gè)樣本共享24個(gè)單倍型,其中19種為特有單倍型。綜合來(lái)看,2021一2024年的單倍型種類(lèi)數(shù)量、特有單倍型數(shù)量都呈上升趨勢(shì),表明該地區(qū)蒼鷺?lè)N群遺傳多樣性不斷增長(zhǎng)(圖2)。另外,圖1中包含單倍型Hap2、Hap3、Hap27和Hap3O的節(jié)點(diǎn)面積大于其他單倍型,在所有單倍型中占比分別為 16% 、9%.12% 和 15% ,表明這些單倍型為該地區(qū)優(yōu)勢(shì)單倍型,且Hap2、Hap3 和Hap30 在 2021-2024 年內(nèi)均有出現(xiàn),推斷蒼鷺在棲息地選擇方面表現(xiàn)出一定的忠實(shí)性。遺傳多樣性分析(表2)可知,蒼鷺mtDNAD-loop區(qū)2021年、2022和2024年種群的單倍型多樣性(Hd)皆為1,核苷酸多樣性指數(shù)(Pi)分別為0.00726,0.00659和0.00615,平均核苷酸差異數(shù)(K)分別為5.444、4.939和4.616。3a整體單倍型多樣性(Hd)為0.989,核苷酸多樣性(Pi)為0.00716,平均核苷酸差異數(shù)(K)為5.373。中性檢驗(yàn)結(jié)果(表2)顯示各年度的Tajima'sD值為 -1.797 03~-1.945 82 Fu'sFs值為 -6.913~-26.5. ,整體數(shù)據(jù)整合后,Tajima’sD為—2.24579、Fu’sFs達(dá)-31.662,均小于0,中性檢驗(yàn)值皆顯著( Plt; 0.05),表明群體可能經(jīng)歷擴(kuò)張或正向選擇。

        2.2 遺傳分化分析

        將 2021-2024 年每年所得單倍型歸為一個(gè)組進(jìn)行遺傳分化系數(shù)分析(圖3)。結(jié)果顯示不同年份間遺傳分化指數(shù)為 0. 01~0. 03 ,其中,2021一2022的群體遺傳分化程度最小, Fst 值為0.01,檢驗(yàn)結(jié)果為不顯著水平! (Pgt;0.05),2021- 2024,2022-2024 的群體遺傳分化程度最大, Fst 值均為0.03,檢驗(yàn)結(jié)果為顯著水平( Plt;0.01) L3a整體 Fst 值為 0.0293(Fstlt;0.05) ,檢驗(yàn)結(jié)果達(dá)到顯著水平 P 為0.0088( Plt;0. 05) 。AMO-

        VA分析(表3)顯示,在總體遺傳變異中,來(lái)源于群體內(nèi)的變異占 97.07% ,明顯高于群體間(2.93%) 。

        表1蒼鷺mtDNAD-loop區(qū)變異位點(diǎn)及單倍型類(lèi)型

        Table1Mutation sites and haplotype types in mtDNA D-loop region of Grey Heron

        注:“d\"表示缺失,“i\"表示插人。 Note:\"d\"indicates a deletion,\"i\" indicates an insertion.

        圖1蒼鷺樣本單倍型網(wǎng)絡(luò)圖

        Fig.1Haplotypenetwork diagram of Grey Heron samples

        圖2蒼鷺mtDNAD-loop區(qū)單倍型占比率

        Fig.2Proportion of haplotypesinmtDNA D-loop region of Grey Heron 表2蒼鷺mtDNAD-loop區(qū)序列的多態(tài)性分析

        圖3蒼鷺樣本遺傳分化系數(shù)熱圖

        Fig.3Heatmap of genetic differentiation coefficient of Grey Heron samples

        表3蒼鷺AMOVA分析

        Table3AMOVAanalysisofGreyHeron

        3討論

        線粒體DNA是研究物種遺傳多樣性的常用標(biāo)記,廣泛應(yīng)用到鳥(niǎo)類(lèi)群體的遺傳差異、遺傳關(guān)系、進(jìn)化歷程和生物多樣性的形成等多個(gè)方面的研究。從單倍型組成發(fā)現(xiàn),在 2021-2024 年,Hap2、Hap3和Hap3O這3種單倍型均有出現(xiàn),且在3a間的蒼鷺?lè)N群中均為優(yōu)勢(shì)單倍型,說(shuō)明四平葉赫蒼鷺主體種群遺傳結(jié)構(gòu)相對(duì)穩(wěn)定。陳晨等[19]利用環(huán)志和衛(wèi)星跟蹤數(shù)據(jù)對(duì)黑頸鶴的棲息地忠實(shí)性進(jìn)行了研究,發(fā)現(xiàn)其棲息地忠實(shí)度達(dá)63.3% ,表明黑頸鶴具有一定的棲息地忠實(shí)性。蒼鷺與黑頸鶴同屬于棲息于沼澤地、湖泊及河灘等濕地環(huán)境的大型涉禽,對(duì)棲息地選擇相似,由此推測(cè)蒼鷺在棲息地選擇上可能存在一定程度的忠實(shí)性。

        然而,基于線粒體DNAD-loop區(qū)序列的蒼鷺遺傳多樣性評(píng)估結(jié)果表明,單倍型多樣性(Hd)為0.989,大于0.5,核昔酸多樣性(Pi)為0.00716,大于0.005。一般認(rèn)為,Hd和Pi數(shù)值均處于較低水平 .Hdlt;0.5,Pilt;0.005) 時(shí),種群近期經(jīng)歷了遺傳瓶頸;當(dāng)Hd較高( Hd?0.5) 而Pi較低( Pilt;0. 005) 時(shí),推測(cè)種群可能在經(jīng)歷衰退之后發(fā)生了快速擴(kuò)張;當(dāng)Hd較低( :Hdlt;0. 5 1而Pi較高 (Pi)?0.005) 時(shí),可能由于彼此隔離的種群發(fā)生了二次接觸,或大而穩(wěn)定的群體正經(jīng)歷強(qiáng)烈的遺傳瓶頸;當(dāng)二者均處于較高水平( Hd? 0.5,Pi?0.005) 時(shí),表明該物種經(jīng)長(zhǎng)期進(jìn)化形成了穩(wěn)定的種群[20],這樣的種群遺傳多樣性豐富,并具有良好的環(huán)境適應(yīng)能力,以及面對(duì)氣候變化的生存能力。由此推測(cè)四平葉赫轉(zhuǎn)山湖地區(qū)蒼鷺的遺傳多樣性豐富,同樣,3a間蒼鷺群體單倍型數(shù)量逐年增加,由10個(gè)增加到12個(gè)直至24個(gè),AMOVA分析表明遺傳變異來(lái)源于群體內(nèi)占97.07% ,而來(lái)源于不同年份種群間僅為 2.93% 。中性檢驗(yàn)結(jié)果顯示Tajima’sD為—2.24579、Fu'sFs為-31.662。Tajima'sD值持續(xù)顯著小于0,其在進(jìn)化歷程中極有可能歷經(jīng)種群擴(kuò)張事件;Fu'sFs值大幅負(fù)值,進(jìn)一步佐證這種擴(kuò)張現(xiàn)象。野外觀察數(shù)據(jù)同樣支持這一結(jié)果,自2014年葉赫風(fēng)景區(qū)首次出現(xiàn)少量蒼鷺以來(lái),蒼鷺?lè)N群數(shù)量、巢穴數(shù)量逐年遞增(數(shù)據(jù)未發(fā)表),表現(xiàn)出其種群向大而穩(wěn)定發(fā)展的趨勢(shì)。

        Fst 值可以反映種群遺傳分化水平,本研究發(fā)現(xiàn), 2021-2024 年蒼鷺?lè)N群間的 Fst 值為0.0293(Fstlt;0.05) ,依據(jù)Freeland[21]劃分標(biāo)準(zhǔn),其呈現(xiàn)出輕度的遺傳分化,但分化程度相對(duì)較低,顯示不同年份間蒼鷺群體在遺傳結(jié)構(gòu)上仍具有較高的相似性和一定程度的基因交流。然而,檢驗(yàn)結(jié)果達(dá)到顯著水平 (P=0.0088lt;0. 05) ,這意味著盡管遺傳分化程度較輕,但差異并非隨機(jī)偶然產(chǎn)生,而是具有統(tǒng)計(jì)學(xué)上的顯著意義??赡苁怯捎谏n鷺作為候鳥(niǎo)在遷徙過(guò)程中產(chǎn)生了基因流,使得種群間基因頻率產(chǎn)生了雖小但顯著的變化。Lim等[22]追蹤在同一地區(qū)捕獲的蒼鷺時(shí)發(fā)現(xiàn)其選擇了不同的棲息地越冬,為種群間基因的交流提供了可能。這表明四平葉赫蒼鷺?lè)N群可能正經(jīng)歷擴(kuò)張或者替換。結(jié)合四平葉赫建立蒼鷺保護(hù)站,向水庫(kù)承包者補(bǔ)貼確保蒼鷺覓食不受影響等舉措,說(shuō)明蒼鷺?lè)N群的棲息環(huán)境得到一定程度改善,種群數(shù)量不斷增加,也可能吸引周邊其他地區(qū)蒼鷺?lè)N群到此繁殖。當(dāng)然,這種遺傳結(jié)構(gòu)的差異究竟是由于蒼鷺?lè)N群擴(kuò)張時(shí)選擇葉赫隨機(jī)加入原有種群還是在遷徙過(guò)程中形成集群然后重新組合導(dǎo)致的,還需要后期更深人的研究。

        4結(jié)論

        本研究揭示了吉林省四平市葉赫風(fēng)景區(qū)蒼鷺?lè)N群的遺傳多樣性豐富,且遺傳分化程度較低,呈現(xiàn)輕度分化特征。盡管遺傳差異較小,但具有顯著性。表明蒼鷺具有較強(qiáng)的環(huán)境適應(yīng)性,能夠在多變的環(huán)境條件下維持相對(duì)穩(wěn)定的種群規(guī)模,并呈現(xiàn)出向更大群體擴(kuò)展的趨勢(shì)。

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        Population Dynamics of Grey Herons in Yehe,Siping Based on Diversity of Mitochondrial D-loop Region

        ZHANG Shiyu,TIAN Ran,LI Donghong,LIU Shu, YI Guodong and ZHAO Yongbin (College of Life Sciences,Jilin Normal University,Siping Jilin 136ooo,China)

        AbstractTo explore the population dynamics of the breeding population of grey herons,2O9 allantoic membrane samples of grey heron eggshells were colected during 2021 to 2024 in the Yehe Scenic Area,Siping,Jilin Province. Genomic DNA was extracted,and the mitochondrial DNA D-loop region sequences were amplified and sequenced. The base composition and content,variable sites,number of haplotypes,genetic diversity,and genetic differentiation coeficient of the 2O9 grey heron mtDNA D-loop region sequences were analyzed to assess the degree of sequence variation,and a haplotype network diagram was constructed. The results showed that the mitochondrial D-loop region sequences were successfully obtained for all samples. Analysis of base composition revealed that the average percentages of T,C,A,and G were 27.99%, 26.54% 25.63% ,and 19.84% ,respectively. A total of 55 mutation sites were identified,forming 33 haplotypes. Genetic diversity analysis showed that the haplotype diversity (Hd),nucleotide diversity (Pi),and average number of nucleotide differences (K) were O. 989,O.007 16 and 5. 373,respectively,suggesting high genetic diversity ( Hd?0.5,Pi? 0.005). The genetic differentiation analysis showed that the overall Fst value was O.0293( Fstlt; 0.05),indicating a slight genetic differentiation,although the result was statistically significant ( ?Plt; 0.05).As migratory birds,grey herons may experience gene flow during migration. The AMOVA analysis showed that among the overall genetic variation,the variation within the population accounted for 97.07% ,which was significantly higher than that between populations (2.93%) .The results of the neutral test showed that Tajima's D was -2.245 79 and Fu s Fs was -31.662 , strongly suggesting a recent population expansion. Field observations also indicated a year-by-year increase in grey heron numbers in the Yehe Scenic Area. It is speculated that grey herons have strong environmental adaptability and development of a larger and more stable population.

        Key WordsGrey Heron;Mitochondrial DNA;Genetic diversity; Haplotype;Genetic diferentiatiorcoefficient

        Received 2024-12-09 Returned 2025-03-12

        Foundation item Project of Jilin Provincial Department of Science and Technology (No. 20220101331JC).

        First author ZHANG Shiyu,female,master student. Research area: biochemistry and molecular biology. E-mail: 18844276847@163.com

        Corresponding authorZHAO Yongbin,male,professor. Research area: population genetics. E-mail: Syding@jlnu. edu. cn

        (責(zé)任編輯:顧玉蘭 Responsible editor:GU Yulan)

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