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        lncRNA H19 和IGF2 基因在乳腺癌組織中的表達(dá)水平及印記狀態(tài)

        2024-08-30 00:00:00魏雪文雪謝瀟王月媛黃丹楊明
        關(guān)鍵詞:長(zhǎng)鏈非編碼RNA

        [摘 要] 目的:研究長(zhǎng)鏈非編碼 RNA (lncRNA) H19和胰島素樣生長(zhǎng)因子 2(IGF2) 基因在乳腺癌組織中的表達(dá)水平,分析其印記狀態(tài)。方法:采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(RT-qPCR) 法檢測(cè)乳腺癌組織及癌旁組織中H19 和IGF2 mRNA 表達(dá)水平,分析H19 和IGF2 mRNA 在乳腺癌組織及癌旁組織中的表達(dá)差異,利用單核苷酸多態(tài)性(SNP) 區(qū)分等位基因表達(dá)情況(純合或雜合),基因組DNA中IGF2 (ApaⅠ位點(diǎn)) 或H19 (AluⅠ位點(diǎn)) 為雜合則進(jìn)行印記分析,確定H19 和IGF2 在乳腺癌組織中的印記狀態(tài),即印記保持(MOI) 或印記丟失(LOI)。分析乳腺癌組織中H19 和IGF2 表達(dá)與分子分型的關(guān)系。結(jié)果:RT-qPCR 法檢測(cè),乳腺癌組織中 H19和 IGF2 mRNA 表達(dá)水平高于癌旁組織(Plt;0. 01),H19 mRNA 表達(dá)水平與IGF2 mRNA 表達(dá)水平呈正相關(guān)關(guān)系(r=0. 567,Plt;0. 01)。不同分子分型乳腺癌患者癌組織中H19 mRNA 表達(dá)水平均高于癌旁組織(Plt;0. 05 或Plt;0. 01)。H19 和IGF2 在乳腺癌組織中均存在LOI,IGF2 的LOI 發(fā)生率為36. 7%,高于H19 的LOI 發(fā)生率(4. 3%)。RT-qPCR 法檢測(cè), IGF2 LOI 組乳腺癌組織中IGF2 mRNA 表達(dá)水平明顯高于IGF2 MOI 組(Plt;0. 01)。結(jié)論:乳腺癌組織中H19和IGF2 mRNA表達(dá)水平明顯高于癌旁組織,IGF2的LOI發(fā)生率高于H19 的LOI 發(fā)生率,IGF2 的LOI 可能是乳腺癌發(fā)病的關(guān)鍵因素之一。

        [關(guān)鍵詞] 乳腺腫瘤; 長(zhǎng)鏈非編碼RNA; H19; 胰島素樣生長(zhǎng)因子2; 印記丟失; 單核苷酸多態(tài)性

        [中圖分類(lèi)號(hào)] R737. 9 [文獻(xiàn)標(biāo)志碼] A

        乳腺癌是女性最常見(jiàn)的惡性腫瘤,同時(shí)也是女性因癌癥死亡的主要原因[1]。盡管個(gè)體化靶向治療和分子生物學(xué)技術(shù)的進(jìn)步已經(jīng)使部分乳腺癌患者的生存期得到延長(zhǎng), 但其復(fù)發(fā)率和死亡率仍高居不下[2],主要是因?yàn)槿橄侔┍憩F(xiàn)出高異質(zhì)性,其轉(zhuǎn)移和對(duì)化療的耐藥性仍是目前治療的主要難題。

        基因印記是一種重要的表觀遺傳調(diào)控機(jī)制[3]。印記基因是僅一方親本來(lái)源的同源基因表達(dá),而來(lái)自另一親本的同源基因不表達(dá)的一種基因。印記基因的雙等位基因表達(dá)即印記丟失(loss ofimprinting,LOI) 在多種惡性腫瘤中存在,長(zhǎng)鏈非編碼RNA (long non-coding RNA) H19 和胰島素樣生長(zhǎng)因子2 (insulin-like growth factor 2, IGF2)是最早被研究的印記基因,二者位于 11 號(hào)染色體p15. 5 的同一印記結(jié)構(gòu)域內(nèi), 受印記控制區(qū)(imprinting control region, ICR) 的調(diào)控, 并共同受H19 下游的增強(qiáng)子調(diào)節(jié)。lncRNA H19 為母源等位基因表達(dá),IGF2 為父源等位基因表達(dá)[4-5]。H19和IGF2 交互印記,其適度的表達(dá)在生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中的多個(gè)信號(hào)通路中發(fā)揮作用,且在腫瘤中的印記狀態(tài)呈現(xiàn)多樣性。研究[6] 表明: H19 啟動(dòng)子可被轉(zhuǎn)錄因子E2F1 激活,加速乳腺癌細(xì)胞周期進(jìn)展并進(jìn)入S 期,促進(jìn)癌細(xì)胞增殖和腫瘤的發(fā)生。但關(guān)于H19 在乳腺癌中是促癌還是抑癌的作用目前尚存爭(zhēng)議。研究[7] 顯示:IGF2 LOI 引起雙等位基因表達(dá),參與腫瘤的發(fā)生并加速腫瘤的進(jìn)展,IGF2 過(guò)表達(dá)既可以阻止細(xì)胞凋亡,也能促進(jìn)細(xì)胞的增殖。在乳腺癌組織中H19 和IGF2 的表達(dá)情況與基因印記是否具有相關(guān)性,基因印記在乳腺癌中是否具有潛在聯(lián)系,尚有待進(jìn)一步探討。本研究通過(guò)實(shí)時(shí)熒光定量PCR (real-time fluorescence quantitative PCR,RT-qPCR) 法檢測(cè)乳腺癌組織中H19 和IGF2mRNA 表達(dá)水平,分析IGF2 (ApaⅠ位點(diǎn)) 和H19(AluⅠ位點(diǎn)) 的印記狀態(tài)及其潛在關(guān)聯(lián)。

        1 資料與方法

        1. 1 臨床資料

        收集 2017年 1月—2019年 6月于吉林大學(xué)第一醫(yī)院乳腺外科行乳腺癌改良根治術(shù)和單純?nèi)榉壳谐g(shù)191 例患者的組織樣本,所有樣本均經(jīng)病理學(xué)檢查明確診斷為乳腺癌。分子分型:管腔A/B 型(Luminal 型) 100 例, 即雌激素受體(estrogen receptor, ER) 和孕激素受體(progesterone receptor,PR) 均陽(yáng)性;人表皮生長(zhǎng)因子受體2 (human epithelial growth factor receptor 2,HER2) 陽(yáng)性型48 例; 三陰性乳腺癌43 例, 即ER、PR 和HER2 均陰性。癌組織及癌旁組織均由病理學(xué)專(zhuān)家認(rèn)定。191 例患者均為女性,平均年齡52. 5 歲(30~85 歲), 其中浸潤(rùn)性導(dǎo)管癌174 例,浸潤(rùn)性小葉癌3 例,其他類(lèi)型癌13 例,浸潤(rùn)性混合癌1 例。納入標(biāo)準(zhǔn):①患者均經(jīng)病理檢查確診為乳腺癌;②患者的病歷和病理資料均齊全;③患者術(shù)前未經(jīng)激素治療、放療和化療等。排除標(biāo)準(zhǔn):①并發(fā)其他惡性腫瘤者;②并發(fā)精神障礙者;③妊娠或哺乳期女性。本研究經(jīng)吉林大學(xué)第一醫(yī)院倫理委員會(huì)批準(zhǔn),所有患者均簽署知情同意書(shū)。

        1. 2 主要試劑和儀器

        細(xì)胞/組織基因組 DNA提取試劑和細(xì)胞總RNA 提取試劑(美國(guó)ThermoFisher 公 司), Fast start Universal SYBR GreenMaster 試劑盒(瑞士Roche 公司), 逆轉(zhuǎn)錄試劑盒(美 國(guó) Invitrogen 公 司)。 PCR 擴(kuò) 增 儀(美 國(guó)Perkin-Elmer 公 司),凝 膠 成 像 分 析 系 統(tǒng)(美 國(guó)Bio-Rad 公司)。

        1. 3 乳腺癌組織和癌旁組織中DNA的提取

        按照細(xì)胞/組織基因組DNA 提取試劑說(shuō)明書(shū)中的步驟,從乳腺組織和癌旁組織中提取患者全基因組DNA。在液氮中將組織研磨成粉末狀,將50 mg 組織轉(zhuǎn)移至1. 5 mL 離心管中,加入0. 6 mL dBIOZOL 試劑,充分混勻,室溫放置10 min。4 ℃~25 ℃、13 000 g離心10 min。將上清液轉(zhuǎn)移至1. 5 mL 無(wú)菌離心管中。DNA 沉淀向裂解混合物內(nèi)加入0. 7 mL 異丙醇,顛倒混勻,室溫放置5 min 后室溫下6 000 g 離心10 min,棄上清液。在含有DNA 沉淀的離心管中加入1 mL 75% 乙醇,顛倒混勻,室溫下2 000 g離心2 min,棄上清。將DNA 溶解于50 μL 緩沖液中并測(cè)定濃度。

        1. 4 總RNA提取和逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA

        按照TRIReagent 操作說(shuō)明提取細(xì)胞總RNA,具體操作步驟如下:加入 TRI Reagent 1 mL,室溫放置 5 min,反復(fù)吹打而后用吸頭轉(zhuǎn)移至1. 5 mL 刻度離心管中,吹打使其充分消化裂解。加入200 μL 氯仿, 使用渦旋振蕩器振蕩混勻15 s,室溫放置15 min。4 ℃、12 000 g 離心5 min, 混合物分為3 個(gè)液相, RNA在上層水中。吸取上層水相時(shí)勿吸取中間界面,至另一個(gè)離心管中,加入0. 5 mL 異丙醇,室溫放置10 min。4 ℃、12 000 g 離心10 min,白色沉淀物即RNA。棄上清,加入預(yù)冷的75% 乙醇1 mL,溫和振蕩離心管,懸浮沉淀。4 ℃、7 500 g 離心5 min,棄上清液。室溫晾干或真空干燥5~10 min。用30 μLDEPC 水溶解RNA 樣品,55 ℃~60 ℃金屬浴10 min。檢測(cè)吸光度(A) 值定量RNA (A260) 濃度,?80℃保存。采用cDNA 逆轉(zhuǎn)錄試劑盒進(jìn)行cDNA的合成,取500 ng 總RNA 在終體積為6 μL 的反應(yīng)體系中進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄。

        1. 5 PCR法和基因測(cè)序法檢測(cè)乳腺癌組織中H19和 IGF2基因多態(tài)性及印跡表達(dá)分析

        在美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心(National Center forBiotechnology Information, NCBI) 數(shù)據(jù)庫(kù)中搜索位于H19 和IGF2 表達(dá)區(qū)域內(nèi)的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism, SNP) 位點(diǎn), 針對(duì)該SNP 位點(diǎn)設(shè)計(jì)引物,PCR 覆蓋此SNP 位點(diǎn)的目的條帶。采用RT-PCR 法擴(kuò)增目的基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物(72 ℃、3 min; 96 ℃ 、20 s, 58 ℃ 、20 s, 72 ℃ 、20 s,共40 個(gè)循環(huán)),特異性擴(kuò)增人H19 和IGF2 基因最后一個(gè)外顯子片段,包括2 個(gè)具有多態(tài)性的限制性?xún)?nèi)切酶(ApaⅠ和AluⅠ) 位點(diǎn)。

        印記表達(dá)分析方法:將目的條帶膠回收純化,克隆后進(jìn)行測(cè)序,直接鑒定其基因表達(dá)。印記保持(maintenance of imprinting, MOI) 的細(xì)胞為單等位基因表達(dá),LOI 細(xì)胞為雙等位基因表達(dá)。H19 基因組DNA 同時(shí)攜帶A 和C 等位基因,而cDNA 只表達(dá)A 等位基因或C 等位基因,另一個(gè)則被沉默。在cDNA 樣本中均檢測(cè)到了A 和C 等位基因,顯示H19 發(fā)生了LOI。IGF2 基因組DNA 同時(shí)攜帶T 和C 等位基因,而cDNA 只表達(dá)T 等位基因或C 等位基因,另一個(gè)則被沉默。在cDNA 樣本中均檢測(cè)到了T 和C 等位基因, 顯示IGF2 發(fā)生LOI。用于印記檢測(cè)的PCR 引物見(jiàn)表1。

        1. 6 RT-qPCR 法檢測(cè)乳腺癌組織和癌旁組織中IGF2 和 H19 mRNA 表 達(dá) 水 平

        采 用 Fast startUniversal SYBR Green Master 試劑盒進(jìn)行RTqPCR檢測(cè), 反應(yīng)過(guò)程在ABI Prism 7900HT PCR擴(kuò)增儀上進(jìn)行。 RT-qPCR 反應(yīng)體系20 μL:10 μL 2×KAPA SYBR mix, 4 μL cDNA, 2 μLPrimer,4 μL H2O。整個(gè)體系的配制在冰上避光操作, 體系加入PCR 儀器前離心避免產(chǎn)生氣泡, 每個(gè)反應(yīng)設(shè)3 個(gè)復(fù)孔。實(shí)驗(yàn)重復(fù)3 次,結(jié)果取平均值。反應(yīng)結(jié)束后, 采用Applied Biosystems 7300 Real-Time PCR 系統(tǒng)進(jìn)行分析,并繪制熔解曲線,確定RT-qPCR 產(chǎn)物的同質(zhì)性。采用2-△△Ct 法計(jì)算目的基因表達(dá)水平, 以β -actin 作為內(nèi)參。擴(kuò)增H19、IGF2 和β-actin 基因所用的引物見(jiàn)表2。

        1. 7 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

        采用 SPSS 22. 0統(tǒng)計(jì)軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析,所有實(shí)驗(yàn)均重復(fù)3 次。乳腺癌組織和癌旁組織中H19 和IGF2 mRNA 表達(dá)水平呈正態(tài)分布,以-x±s 表示,2 組間樣本均數(shù)比較采用t 檢驗(yàn),多組間樣本均數(shù)比較采用單因素方差分析,組間樣本均數(shù)兩兩比較采用LSD-t 檢驗(yàn); H19 與IGF2mRNA 表達(dá)水平相關(guān)性采用Pearson 相關(guān)分析;不同分子分型乳腺癌患者H19 和IGF2 基因多態(tài)性以百分率表示,組間比較采用χ2 檢驗(yàn)。以Plt;0. 05 為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

        2 結(jié) 果

        2. 1 乳 腺 癌 患 者 癌 組 織 和 癌 旁 組 織 中 H19 和IGF2 mRNA 表達(dá)水平及兩者相關(guān)性

        134例乳腺癌患者癌組織中H19 mRNA 表達(dá)水平(0. 088±0. 014) 高于癌旁組織(0. 024±0. 005)(Plt;0. 01);120 例乳腺癌患者癌組織中IGF2 mRNA 表達(dá)水平(0. 348±0. 036) 高于癌旁組織(0. 095±0. 018)(Plt;0. 01)。見(jiàn)圖1。乳腺癌患者癌組織中H19mRNA 表達(dá)水平與IGF2 mRNA 表達(dá)水平呈正相關(guān)關(guān)系(r=0. 567,Plt;0. 01)。

        2. 2 不 同 分 子 分 型 乳 腺 癌 患 者 癌 組 織 中H19 mRNA表達(dá)水平

        Luminal型、HER2陽(yáng)性型和三陰性乳腺癌患者癌組織中H19 mRNA 表達(dá)水平均高于癌旁組織(Plt;0. 05 或Plt;0. 01)。見(jiàn)圖2。

        2. 3 不同分子分型乳腺癌患者癌組織中 H19 和IGF2基因多態(tài)性

        對(duì) 117例乳腺癌患者乳腺癌組織中H19 和IGF2 基因多態(tài)性進(jìn)行分析,結(jié)果顯示:在不同分子分型乳腺癌患者癌組織中H19 與IGF2基因多態(tài)性分布比較差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(Pgt;0. 05)。Luminal 型乳腺癌患者86 例, 基因多態(tài)性分析中H19 和IGF2 均為純合狀態(tài)占38. 4%, H19和IGF2 均為雜合狀態(tài)占22. 1%; HER2 陽(yáng)性型和三陰性乳腺癌患者中H19 和IGF2 純合狀態(tài)分別占42. 9% 和35. 3%, H19 和IGF2 雜合狀態(tài)分別占42. 9% 和41. 2%。見(jiàn)表3。

        2. 4 乳腺癌患者癌組織中 IGF2和 H19的印記狀態(tài)

        161 例乳腺癌患者接受了SNP 檢測(cè)(位點(diǎn):AluⅠ/ApaⅠ)。IGF2 LOI 發(fā)生率為36. 7% (22 例LOI, 38 例 MOI), 明顯高于 H19 LOI 發(fā)生率(4. 3%)(2 例LOI,45 例MOI)。所有組織樣本中H19 或 IGF2 的基因組DNA (genomic DNA,gDNA) 被鑒定為雜合子(A/G,T/C),用于后續(xù)分析,H19 和IGF2 的基因分型及LOI 見(jiàn)表4。H19和IGF2 雙基因同時(shí)LOI 僅1 例;IGF2 LOI 而H19MOI 22 例,H19 基因組DNA 雜合子A/C 共14 例,純合子A 8 例。H19 LOI 的樣本編號(hào)為R0242,IGF2 LOI 的樣本編號(hào)為R0249, 測(cè)序結(jié)果見(jiàn)圖3。在不同分子分型乳腺癌患者癌組織中H19 和IGF2基因印記狀態(tài)(同一患者) 構(gòu)成見(jiàn)表5。

        2. 5 IGF2 LOI與 IGF2 mRNA表達(dá)的關(guān)系

        SNP檢測(cè)結(jié)果顯示: IGF2 gDNA 雜合子60 例, 其中LOI 22 例,MOI 38 例。IGF2 LOI 組乳腺癌患者癌組織中IGF2 mRNA 表達(dá)水平(0. 127 ± 0. 226)明顯高于IGF2 MOI 組(0. 053 ± 0. 156)(Plt;0. 01), 表明IGF2 的LOI 可促進(jìn)IGF2 mRNA 表達(dá)。見(jiàn)圖4。

        3 討 論

        腫瘤的發(fā)生發(fā)展與印記基因的調(diào)控有密切關(guān)聯(lián)。許多腫瘤的發(fā)生,如前列腺癌、結(jié)直腸癌、頭頸部腫瘤和胚胎癌與LOI 有關(guān)。lncRNA H19 和IGF2 為最早被研究的印記基因,其相互作用在機(jī)體生長(zhǎng)發(fā)育的多個(gè)信號(hào)通路中起關(guān)鍵作用[8]。

        在許多惡性腫瘤組織中存在H19 和IGF2 的LOI,但不同組織的印記模式不同[9]。本研究結(jié)果顯示:H19 在乳腺癌組織中的表達(dá)明顯高于癌旁組織,提示H19 與乳腺癌的發(fā)生有關(guān)聯(lián)。研究[10] 顯示:乳腺癌組織中H19 表達(dá)上調(diào),與本研究結(jié)果一致。WEI 等[11] 研究顯示: H19 作為一種競(jìng)爭(zhēng)性RNA, 通過(guò)隔離抑癌因子Let-7c 來(lái)調(diào)節(jié)表皮生長(zhǎng)因子受體(epidermal growth factor receptor,EGFR) 的高表達(dá),進(jìn)而促進(jìn)細(xì)胞增殖。H19 可通過(guò)miR-200b/c 和let-7b 介導(dǎo)上皮- 間質(zhì)轉(zhuǎn)化(epithelial-mesenchymal transition,EMT),參與腫瘤細(xì)胞從原發(fā)部位擴(kuò)散到遠(yuǎn)處形成繼發(fā)腫瘤的過(guò)程[12]。H19 還可在基因水平、轉(zhuǎn)錄水平和蛋白質(zhì)翻譯水平調(diào)控機(jī)體生物學(xué)活動(dòng), 如參與染色質(zhì)重構(gòu)、DNA 甲基化和作為miRNA 前體對(duì)組蛋白進(jìn)行修飾。研究[13] 表明:H19 基因沉默可降低乳腺癌細(xì)胞的增殖能力和皮下成瘤能力。

        以往研究[14] 顯示:H19 作為ER 調(diào)節(jié)劑介導(dǎo)雌二醇誘導(dǎo)的乳腺癌細(xì)胞增殖分化。研究[14-15] 表明:ER 陽(yáng)性乳腺癌細(xì)胞中H19 表達(dá)水平是ER 陰性乳腺癌細(xì)胞表達(dá)水平的10 倍以上。H19 通過(guò)影響雌激素而發(fā)揮作用。由于本研究47 例雜合病例中H19 LOI 例數(shù)僅為2 例,乳腺癌組織中H19 高表達(dá)與LOI 的相關(guān)性有待進(jìn)一步研究,可能存在其他調(diào)控機(jī)制激活H19 表達(dá)。研究[16] 顯示:H19 啟動(dòng)子可被轉(zhuǎn)錄因子E2F1 激活,進(jìn)而影響其印記狀態(tài)。

        研究[8,17] 顯示:IGF2 可促進(jìn)腫瘤細(xì)胞的惡性增殖,其持續(xù)表達(dá)可促進(jìn)腫瘤發(fā)展。在本研究中,乳腺癌組織中IGF2 mRNA 表達(dá)水平高于癌旁組織。以往研究[18] 顯示:IGF2 表達(dá)水平上調(diào)并非在腫瘤組織,而是發(fā)生在腫瘤周?chē)恼=M織,因此腫瘤能通過(guò)刺激旁分泌IGF2 的方式,改善自身生存環(huán)境。HEFFELFINGER 等[19] 證實(shí): 在腫瘤與正常組織的過(guò)渡區(qū)IGF2 表達(dá)水平明顯升高。本研究結(jié)果顯示:IGF2 的 LOI 引起 IGF2 mRNA 表達(dá)水平升高,乳腺癌患者出現(xiàn) IGF2 LOI 的比例約為36. 7%。在乳腺癌轉(zhuǎn)移過(guò)程中腫瘤相關(guān)成纖維細(xì)胞發(fā)揮著重要作用。研究[20] 表明:乳腺癌患者轉(zhuǎn)移部位的腫瘤相關(guān)成纖維細(xì)胞可通過(guò)增加IGF2 的表達(dá)實(shí)現(xiàn)促進(jìn)腫瘤進(jìn)展的作用。

        目前對(duì)于H19 和IGF2 印記基因間相互作用的研究較少。 人類(lèi)乳腺癌組織中高遷移率族 ATHook 蛋白1 ( high mobility group AT Hook protein1HMGA1) P7 表達(dá)與H19 和IGF2 表達(dá)有明顯相關(guān)性, HMGA1P7 表達(dá)上調(diào)可能通過(guò)內(nèi)源性競(jìng)爭(zhēng)RNA 機(jī)制上調(diào)H19 和IGF2 的表達(dá),進(jìn)而促進(jìn)癌癥的進(jìn)展[21]。也有研究[22] 表明:H19 基因反義轉(zhuǎn)錄本91H RNA 不影響H19 的表達(dá)和基因組印記,而是調(diào)節(jié)IGF2 的表達(dá)。本研究乳腺癌患者癌組織中H19 和IGF2 mRNA 表達(dá)水平均高于癌旁組織,其機(jī)制有待進(jìn)一步研究。

        綜上所述, 本研究分析了印記基因H19 和IGF2 在乳腺癌組織中的表達(dá)水平及印記狀態(tài),初步驗(yàn)證了H19 和IGF2 mRNA 在乳腺癌組織中的表達(dá)水平明顯高于癌旁組織,IGF2 LOI 可能是促進(jìn)乳腺癌發(fā)生的關(guān)鍵因素之一。

        利益沖突聲明:

        所有作者聲明不存在利益沖突。

        作者貢獻(xiàn)聲明:

        魏雪和文雪參與文獻(xiàn)檢索、實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和論文撰寫(xiě),謝瀟、王月媛和黃丹參與數(shù)據(jù)收集整理、結(jié)果分析和討論,楊明參與論文寫(xiě)作指導(dǎo)和論文審校。

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        [基金項(xiàng)目] 吉林省財(cái)政廳科研基金資助項(xiàng)目(JLSCZD2019-042)

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