唐立麗 王昕宇 張杰 趙悅 李小悅
遵義醫(yī)科大學(xué)第五附屬(珠海)醫(yī)院急診科、重癥醫(yī)學(xué)科(廣東珠海 519100 )
急性腎損傷(acute kidney injury, AKI)是指各種病因引起短時(shí)間內(nèi)腎功能快速減退的臨床綜合征,其發(fā)病機(jī)制復(fù)雜、治療策略有限,具有高發(fā)病率、高病死率、高治療費(fèi)用及進(jìn)展為慢性腎臟病的特點(diǎn)[1]。研究[2]顯示,超50%的ICU 患者發(fā)生過AKI,AKI 可使危重癥患者死亡率增加3 ~ 7 倍,每年導(dǎo)致約200 萬人死亡,約25%的AKI 患者需接受腎臟替代治療。然而現(xiàn)有醫(yī)學(xué)領(lǐng)域?qū)KI 的機(jī)制認(rèn)知尚淺,深入探索其病理生理機(jī)制、尋找臨床治療的潛在靶點(diǎn),對(duì)改善AKI 患者預(yù)后、減輕社會(huì)經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)具有重要意義。N6-甲基腺嘌呤(m6A)甲基化廣泛存在于mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA等編碼和非編碼RNA 中,通過調(diào)控表觀遺傳修飾參與多種生物學(xué)過程和疾病發(fā)生[3]。近年研究表明m6A 甲基化修飾在AKI 的發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用,有望成為治療AKI 的有效靶點(diǎn)。本文就m6A 在AKI 中的作用及未來可能的研究方向進(jìn)行綜述,以期為研究AKI 表觀轉(zhuǎn)錄組的調(diào)控作用和研發(fā)新的臨床治療藥物提供一定參考依據(jù)。
m6A 甲基化修飾指RNA 腺苷酸第六個(gè)氮原子的甲基化,是真核生物中最常見的RNA 修飾,占所有RNA甲基化的80%以上,多富集于3′編碼區(qū)、長(zhǎng)外顯子區(qū)或接近終止密碼子的RRACH(R=A,G; H=U, C, A)序列中[3]。自1974年首次報(bào)道哺乳動(dòng)物的mRNA 存在m6A 修飾、1978 年證明m6A 促進(jìn)mRNA 降解以及1997 年克隆并發(fā)現(xiàn)甲基轉(zhuǎn)移酶樣蛋白3(Methyltransferase-like Protein 3, METTL3)后,人們對(duì)m6 A 介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控及其與疾病的關(guān)系進(jìn)行了廣泛探索。m6A 作為RNA 命運(yùn)的主宰因素,通過m6A 甲基轉(zhuǎn)移酶、去甲基化酶和閱讀蛋白動(dòng)態(tài)可逆地調(diào)控RNA 的剪接、出核、翻譯、穩(wěn)定性和高級(jí)結(jié)構(gòu),與生命的發(fā)育、代謝、免疫以及腫瘤等多種疾病的發(fā)生息息相關(guān)。
m6A 三大調(diào)控蛋白動(dòng)態(tài)互作形成“m6A 開關(guān)”靶控目標(biāo)RNA 命運(yùn)。甲基轉(zhuǎn)移酶(Writer)識(shí)別目標(biāo)RNA 并寫入甲基化修飾,去甲基化酶(Eraser)可擦除甲基化,閱讀蛋白(Reader)特異性結(jié)合m6A 位點(diǎn)、發(fā)揮轉(zhuǎn)錄后調(diào)控功能。 m6A 的修飾與擦除主要發(fā)生在細(xì)胞核,m6A 閱讀發(fā)生在細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì)中。
2.1 m6A 甲基轉(zhuǎn)移酶m6A 修飾通過m6A 甲基轉(zhuǎn)移酶復(fù)合物(Methyltransferase Complex, MTC)催化介導(dǎo),MTC 由催化亞基(METTL3/14)和調(diào)控亞基(Wilm′s 腫瘤1 相關(guān)蛋白(WTAP)、Vir 樣m6A 相關(guān)甲基轉(zhuǎn)移酶(VIRMA)、含鋅指CCCH 型13(ZC3H13)、RNA 結(jié)合域蛋白15(RBM15)等)組成,呈“戰(zhàn)馬形”拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)[4]。METTL3 結(jié)合甲基供體S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl-methionine, SAM)、直接催化m6A 修飾,METTL14 識(shí)別并結(jié)合目標(biāo)RNA、變構(gòu)激活和增強(qiáng)METTL3 催化活性,METTL3-METTL14 異二聚體組成MTC 的催化亞基[5]。調(diào)控亞基可調(diào)節(jié)催化亞基活性、RNA結(jié)合能力與區(qū)域選擇性。WTAP和VIRMA組成調(diào)控亞基的核心結(jié)構(gòu)。WTAP 招募并引導(dǎo)催化亞基核定位,與METTL3 結(jié)合穩(wěn)定MTC 結(jié)構(gòu)[6]。VIRMA 充當(dāng)支架蛋白并介導(dǎo)3′編碼區(qū)優(yōu)先甲基化。ZC3H13 增強(qiáng)催化亞基活性和RNA 結(jié)合能力,與VIRMA 結(jié)合后作為橋梁連接RBM15,擴(kuò)展調(diào)控亞基構(gòu)象[4]。RBM15 是一種具有三個(gè)RNA 識(shí)別基序的接頭蛋白,招募并促進(jìn)MTC 結(jié)合目標(biāo)RNA[7]。此外,少數(shù)特定底物RNA 的m6A 修飾由METTL16、METTL5 和ZCCHC4介導(dǎo)[8]。
2.2 m6A 去甲基化酶m6A 修飾系統(tǒng)的動(dòng)態(tài)可逆性由去甲基化酶調(diào)控。目前已知的去甲基化酶包括脂肪和肥胖相關(guān)蛋白(Fat-mass and Obesityassociated Protein, FTO)、ALKB 同源蛋白5(AlkB Homolog 5, ALKBH5)與ALKBH3,三者均為α-酮戊二酸依賴性雙加氧酶alkb 樣超家族成員,以2-氧戊二酸、二價(jià)鐵和氧分子為底物催化目標(biāo)甲基發(fā)生羥基化,形成羥甲基后脫離氮原子完成去甲基化[9]。FTO 是首個(gè)被鑒定的去甲基化酶,可去除多種RNA 和DNA 上的甲基化修飾[10]。ALKBH5在腎臟中高表達(dá),對(duì)mRNA 具有高效的脫甲基活性,參與核內(nèi)mRNA 的輸出和加工[11]。新型去甲基化酶ALKBH3 僅對(duì)tRNAs 具有底物特異性[12]。
2.3 m6A 閱讀蛋白閱讀蛋白識(shí)別修飾后的m6A 位點(diǎn)、調(diào)控修飾RNA 的生物學(xué)功能。YTH 結(jié)構(gòu)域家族蛋白(YTHDF1/2/3、YTHDC1/2)、胰島素樣生長(zhǎng)因子2-mRNA 結(jié)合蛋白1-3(IGF2BP1/2/3)、異質(zhì)核糖核蛋白家族(hnRNPA2B1、hnRNPC、hnRNPG)、真核起始因子3(eIF3)是最主要的閱讀蛋白。YTHDF1/2/3 是第一組被發(fā)現(xiàn)的胞質(zhì)m6A閱讀蛋白,YTHDF1 促進(jìn)mRNA 翻譯,YTHDF2 加速mRNA 降解,YTHDF3 與YTHDF1 和YTHDF2 相互作用增強(qiáng)翻譯和降解[13-14]。YTHDC1 位于細(xì)胞核內(nèi),促進(jìn)pre-RNA 的選擇性剪接和mRNA 的核輸出[15]。YTHDC2 在睪丸中高度表達(dá),是一種RNA 解旋酶,參與調(diào)節(jié)mRNA 翻譯或降解[16]。IGF2BP 1/2/3 可維持mRNA 穩(wěn)定性以及調(diào)控mRNA 選擇性剪接[17]。hnRNPs 家族均位于細(xì)胞核內(nèi),hnRNPA2B1 調(diào)節(jié)mRNA 剪接和microRNA 成熟[18],hnRNPC 和hnRNPG 調(diào)節(jié)m6A 修飾轉(zhuǎn)錄本的加工[19]。eIF3 可結(jié)合5'UTR m6A 位點(diǎn)以不依賴帽的方式啟動(dòng)蛋白質(zhì)翻譯[20]。
現(xiàn)有研究表明m6A 修飾在AKI 的發(fā)生發(fā)展中發(fā)揮重要調(diào)節(jié)作用,干預(yù)m6A 修飾機(jī)制可影響AKI 的轉(zhuǎn)歸,靶向調(diào)控m6A 有望成為治療AKI 的有效靶點(diǎn)[21]。
3.1 m6A 與膿毒癥性急性腎損傷膿毒癥性急性腎損傷(septic acute kidney injury, SAKI)是ICU患者急性腎損傷的首要原因,占比超過50%,與住院時(shí)間延長(zhǎng)、進(jìn)展為慢性腎臟病和高病死率均相關(guān)[22]。目前研究表明SAKI 的多個(gè)調(diào)控機(jī)制異常均與m6A 失調(diào)相關(guān)。LIU 等[23]通過對(duì)盲腸結(jié)扎穿刺和對(duì)照組小鼠腎組織進(jìn)行RNA 測(cè)序及富集分析發(fā)現(xiàn),m6A 調(diào)控蛋白與兩組間重要樞紐差異基因(鐵死亡、細(xì)胞凋亡、PI3K-Akt、NF-Kappa B 和IL-17 等炎癥信號(hào)通路)存在密切互作,其中m6A 調(diào)控蛋白對(duì)鐵死亡相關(guān)mmu-miR-7212-5p/Hmox1 軸的調(diào)控機(jī)制可能具有治療SAKI 的潛在臨床意義。
3.1.1 m6A 甲基轉(zhuǎn)移酶與SAKIMETTL3 是導(dǎo)致SAKI 發(fā)生m6A 失調(diào)的關(guān)鍵調(diào)控蛋白。多個(gè)研究均發(fā)現(xiàn)METTL3 在SAKI 模型中表達(dá)上調(diào),遺傳和藥理抑制METTL3 可明顯減輕SAKI 腎臟損傷和炎癥反應(yīng)[24-26]。METTL3 以m6A 依賴方式促進(jìn)IGF2BP2結(jié)合并增強(qiáng)TGF-β 活化激酶1 結(jié)合蛋白(TGF-β-activated Kinase 1 Binding Protein 3, TAB 3)mRNA穩(wěn)定性與表達(dá),加重SAKI 小鼠腎臟炎癥反應(yīng)和程序性細(xì)胞死亡[24]。METTL3 同時(shí)可促進(jìn)mmu-long非編碼RNA121686 表達(dá),通過海綿吸附miR-328-5p 解除其對(duì)高溫需要因子A3(High Temperature Requirement Factor A3, HtrA3)的翻譯抑制,誘導(dǎo)SAKI 小鼠腎小管上皮細(xì)胞凋亡[25]。METTL3 還通過m6A 修飾促進(jìn)YTHDF1 介導(dǎo)的E3 泛素連接酶小鼠雙微體基因(Murine Double Minute 2, MDM2)翻譯及表達(dá),誘導(dǎo)抑癌基因p53 泛素化,繼而激活核纖層蛋白B1(Lamin B1, LMNB1)加重SAKI 小鼠腎小管上皮細(xì)胞線粒體損傷和鐵死亡[26]。目前針對(duì)METTL3 抑制劑的研發(fā)尚處于起步階段,干預(yù)METTL3 在SAKI 的治療中具有極大發(fā)展空間。
3.1.2 m6A 去甲基化酶與SAKIm6A 去甲基化酶在SAKI 中的機(jī)制研究相對(duì)較少。研究發(fā)現(xiàn)右美托咪定可逆轉(zhuǎn)SAKI 細(xì)胞模型的ALKBH5 表達(dá)上調(diào),通過促進(jìn)肺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)轉(zhuǎn)錄本1(metastasisassociated lung adenocarcinoma transcript 1,MALAT1)mRNA 的m6A 修飾抑制MALAT1 表達(dá),從而影響人腎臟近端小管上皮(HK-2)細(xì)胞活力、誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡、抑制炎癥細(xì)胞因子產(chǎn)生,改善腎功能[27]。最新研究發(fā)現(xiàn),RNA 結(jié)合蛋白R(shí)BM33 可招募并解除ALKBH5 的類泛素化修飾、激活其去甲基化酶活性[28],這一機(jī)制可能為靶向調(diào)控ALKBH5以治療SAKI 提供有效策略及新靶點(diǎn)。
3.1.3 m6A 閱讀蛋白與SAKI閱讀蛋白是m6A調(diào)控系統(tǒng)的最終執(zhí)行者,甲基轉(zhuǎn)移酶在SAKI 中介導(dǎo)的m6A 修飾均需依賴閱讀蛋白發(fā)揮生物學(xué)功能。IGF2BP1 識(shí)別m6A 修飾直接上調(diào)E2F 轉(zhuǎn)錄因子1(E2F Transcription Factor 1, E2F1)表達(dá),促進(jìn)NLRP3 炎性小體的亞基巨噬細(xì)胞遷移抑制因子(Macrophage Migration Inhibitory Factor, MIF)轉(zhuǎn)錄翻譯,誘導(dǎo)SAKI 小鼠腎小管上皮細(xì)胞焦亡[29]。膿毒癥患者及膿毒癥小鼠的YTHDF1 表達(dá)下調(diào),過表達(dá)YTHDF1 可以m6A 依賴方式促進(jìn)含有E3 泛素蛋白連接酶1(WW Domain Containing E3 Ubiquitin Protein Ligase 1, WWP1)翻譯,引起炎癥小體NLRP3 泛素化、抑制半胱天冬酶-1(Caspase-1)依賴性焦亡來緩解腎損傷[30]。
3.2 m6A 與缺血再灌注腎損傷缺血再灌注(ischemia/reperfusion, I/R)腎損傷是指腎臟在缺血基礎(chǔ)上恢復(fù)血流后組織損傷反而加重甚至出現(xiàn)不可逆的損傷現(xiàn)象,易導(dǎo)致慢性腎纖維化,在腎移植術(shù)后、老年人和糖尿病患者中常見[31]。缺血再灌注腎損傷的病理生理機(jī)制至今尚未完全闡明,現(xiàn)有研究發(fā)現(xiàn)m6A 失調(diào)可能通過調(diào)控細(xì)胞凋亡、免疫調(diào)節(jié)、自噬、纖維化等多重機(jī)制加重I/R 腎損傷[32]。
3.3 m6A 甲基轉(zhuǎn)移酶與I/R-AKII/R-AKI 患者腎組織和小鼠模型中的METTL3、METTL14 等甲基轉(zhuǎn)移酶表達(dá)升高。METTL3 表達(dá)水平與I/R-AKI小鼠的腎臟損傷程度直接相關(guān),抑制或沉默METTL3 可改善I/R 誘導(dǎo)的腎損傷和細(xì)胞凋亡,RNA 免疫共沉淀測(cè)序結(jié)果表明METTL3 上調(diào)叉頭盒D1(Foxd1)mRNA 的m6A 修飾水平,繼而誘導(dǎo)I/R 模型細(xì)胞凋亡、加重腎損傷[33]。METTL14 的表達(dá)水平與I/R-AKI 患者的血清肌酐水平呈正相關(guān),I/R-AKI 模型實(shí)驗(yàn)提示METTL14 可直接靶向增強(qiáng)Yes 相關(guān)蛋白1(YAP1)m6A 修飾,YTHDF1 識(shí)別m6A 修飾位點(diǎn)后特異性結(jié)合并促進(jìn)YAP mRNA 翻譯與表達(dá),誘導(dǎo)腎小管間質(zhì)纖維化和異常分化、加速I/R 小鼠模型腎纖維化的進(jìn)展[34,35]。
3.4 m6A 去甲基化酶與I/R-AKI去甲基化轉(zhuǎn)移酶在I/R-AKI 中的調(diào)控作用尚存爭(zhēng)議。熊冰瑤等人的研究結(jié)果顯示I/R-AKI 細(xì)胞模型的去甲基化酶FTO 表達(dá)下調(diào)、m6A 修飾水平上升,F(xiàn)TO 介導(dǎo)的RNA m6A 修飾可能通過抑制HK-2 細(xì)胞凋亡減輕腎損傷[36]。不同的是ZHUANG 等[37]研究發(fā)現(xiàn)FTO可去除過氧化物酶體增殖體激活受體γ 輔助激活因子1-α(Peroxisome Proliferator Activating Receptor γ Coactivator 1-α, PGC-1α)mRNA 的m6A 修飾,增加PGC-1α mRNA 穩(wěn)定性及表達(dá),以恢復(fù)線粒體活性、誘導(dǎo)氧化應(yīng)激和ROS 產(chǎn)生,而氧化應(yīng)激是介導(dǎo)I/R 腎小管壞死和腎功能障礙的主要機(jī)制。此外,卡格列凈被發(fā)現(xiàn)可抑制I/R 模型去甲基化酶FTO 表達(dá),促進(jìn)自噬相關(guān)受體SQSTM1 mRNA 的m6A 修飾與表達(dá)、誘導(dǎo)自噬體形成,預(yù)防腎小管細(xì)胞腎纖維化[38]。還有研究顯示,ALKBH5 抑制劑IOX1 可促進(jìn)CC 趨化因子配體28(CC Chemokine Ligand 28, CCL28)mRNA 的m6A 修飾、增強(qiáng)其穩(wěn)定性,從而促進(jìn)調(diào)節(jié)性T 細(xì)胞分化、調(diào)節(jié)Treg/炎癥細(xì)胞軸,減輕I/R 腎損傷;該作者還發(fā)現(xiàn)ALKBH5在I/R 小鼠腎組織中的表達(dá)具有時(shí)效性,其在造模后12 h 表達(dá)下降,24 ~ 48 h 急劇上升,120 h 恢復(fù)至正常[39]。m6A 修飾在AKI 中的不同作用可能與調(diào)控蛋白的功能具有多面性以及調(diào)控蛋白表達(dá)隨AKI 的發(fā)病時(shí)間而變化等因素相關(guān),其具體機(jī)理仍需更多研究進(jìn)一步挖掘。
3.5 m6A 與腎毒性藥物相關(guān)急性腎損傷腎毒性藥物暴露是急性腎損傷的重要原因之一,約25%的AKI 病例由腎毒性藥物暴露所導(dǎo)致[40]。順鉑所致急性腎損傷是腫瘤患者化療的常見并發(fā)癥[41]。研究發(fā)現(xiàn)順鉑治療可改變腎臟中的m6A修飾譜。與對(duì)照組相比,順鉑誘導(dǎo)的AKI 小鼠METTL3 和ALKBH5 表達(dá)升高、FTO 表達(dá)降低、m6A修飾總水平上調(diào),兩組間存在多個(gè)顯著甲基化差異基因,主要富集于代謝和細(xì)胞死亡通路[42]。過表達(dá)FTO 可降低p53 mRNA 的m6A 修飾水平、下調(diào)p53 表達(dá),逆轉(zhuǎn)順鉑誘導(dǎo)的HK2 細(xì)胞凋亡和腎功能損傷[43]。此外,m6A 轉(zhuǎn)錄圖譜分析提示致癌物質(zhì)鎘(Cadmium, Cd)所致急性腎損傷模型m6A 水平和m6A 調(diào)控蛋白表達(dá)均上調(diào),m6A 可能通過調(diào)控炎癥和代謝相關(guān)基因影響Cd誘導(dǎo)的腎損傷[44]。有研究觀察到在黏菌素所致AKI 模型中,METTL3 表達(dá)下降導(dǎo)致m6A 失調(diào),過表達(dá)METTL3 可以m6A依賴方式促進(jìn)miR-873-5p pre-mRNA 的剪接和成熟,miR-873-5p 可上調(diào)Nrf2/HO-1 表達(dá)以對(duì)抗黏菌素誘導(dǎo)的氧化應(yīng)激和細(xì)胞凋亡[45]。
作為RNA 中最普遍的修飾,m6A 將表觀轉(zhuǎn)錄組學(xué)與AKI 的發(fā)生發(fā)展相聯(lián)系,影響腎臟的炎癥反應(yīng)、程序性細(xì)胞死亡、代謝、氧化應(yīng)激、修復(fù)等過程,因此m6A 修飾調(diào)控蛋白有望成為AKI 診治和藥物開發(fā)的潛在分子靶標(biāo)。臨床研究發(fā)現(xiàn)尿m6A調(diào)控蛋白在糖尿病腎病患者中顯著降低并隨腎功能惡化而下降[46],m6A 調(diào)控蛋白能否作為AKI 的早期診斷及病情嚴(yán)重程度評(píng)估標(biāo)志物的臨床應(yīng)用也極具潛力。目前AKI 中m6A 修飾的研究仍處于早期階段并且具有爭(zhēng)議,m6A 失調(diào)似乎起“雙刃劍”作用,可能與m6A 修飾在表達(dá)上具有時(shí)效性、功能上具有多面性和可調(diào)節(jié)性相關(guān)。同時(shí)m6A 修飾的上游調(diào)控機(jī)制及m6A 修飾介導(dǎo)的RNA 與DNA 之間的串?dāng)_作用在AKI 中的影響尚不明確,目前仍需進(jìn)一步研究為急性腎損傷的發(fā)生發(fā)展提供深入見解。
【Author contributions】TANG Lili consulted relevant references and wrote the article. WANG Xinyu and ZHANG Jie revised the article; ZHAO Yue and LI Xiaoyue reviewed the article.All authors read and approved the final manuscript as submitted.
【Conflict of interest】The authors declare no conflict of interest.