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        4 種植物源性成分多重real-time PCR檢測方法的建立及其在食用淀粉中的應(yīng)用

        2024-02-23 02:33:10高曉月董雨馨劉虹宇李賀楠趙文濤郭文萍
        食品科學 2024年1期
        關(guān)鍵詞:木薯源性紅薯

        范 維,高曉月,董雨馨,劉虹宇,李賀楠,趙文濤,郭文萍

        (中國肉類食品綜合研究中心,北京食品科學研究院,北京 100068)

        淀粉一直是人們?nèi)粘o嬍持休^為常見的食品?,F(xiàn)階段的淀粉已經(jīng)不局限于為人們?nèi)粘E腼兯?,更是作為一種工業(yè)原料在食品生產(chǎn)、化學化工領(lǐng)域得以廣泛使用[1-2]。目前,主要的淀粉種類有紅薯淀粉、馬鈴薯淀粉、玉米淀粉、木薯淀粉、小麥淀粉等[3]。由于各類淀粉原料成本和加工工藝不同[4-5],使其在價格上存在明顯差異,加之不同淀粉顆粒的感官性狀,物化指標較為相近,消費者很難辨識,這就導(dǎo)致淀粉及其制品中蓄意摻假的行為越發(fā)嚴重[6-7]。這不僅給消費者帶來利益損失、干擾食品行業(yè)有序發(fā)展,更有甚者可引起食品安全問題[8]。近些年,我國深化改革,大力加強食品安全監(jiān)管和檢測技術(shù)支撐能力建設(shè),并于2022年發(fā)布了《“十四五”推動高質(zhì)量發(fā)展的國家標準體系建設(shè)規(guī)劃》,力求通過落實“四個最嚴”要求,切實保障群眾“舌尖上的安全”。但是,目前針對淀粉中植物源性成分鑒定,我國尚無現(xiàn)行有效的標準方法,存在標準留白的情況。因此,亟需建立一種準確可靠、高通量,且便于推廣使用的淀粉種類摻假鑒別方法,為我國標準體系進一步完善添磚加瓦。

        目前,國內(nèi)外對于淀粉種類摻假鑒別檢測方法的研究主要集中在近紅外光譜[9-10]、掃描電鏡[11-12]、高光譜成像[13-14]、傅里葉變換紅外光譜[15-16]等方法。如Khamsopha[17]利用近紅外高光譜成像技術(shù)對木薯淀粉中常見的摻假成分進行鑒定;常云彩等[18]利用掃描電鏡對常見的19 種食用淀粉顆粒結(jié)構(gòu)、基本特性以及摻假檢測方法進行了研究。這些方法主要是通過淀粉顆粒的性狀(如形態(tài)、結(jié)構(gòu)等)來鑒別不同的淀粉,但在實際應(yīng)用中易受到品種、產(chǎn)地、加工方式的影響,也存在依賴昂貴儀器設(shè)備、需建立復(fù)雜數(shù)學模型、對人員技術(shù)要求高等問題[19-21]。相較之下,多重實時聚合酶鏈式反應(yīng)(realtime polymerase chain reaction,real-time PCR)技術(shù)是通過分析物種基因水平上的差異鑒定其真實屬性,具有高通量,結(jié)果準確、可靠,不易受加工工藝和環(huán)境等因素影響,儀器普及率高等優(yōu)勢[22],可作為一種有效的淀粉種類高通量鑒別標準方法在監(jiān)管部門、中小型企業(yè)及一般檢測實驗室得到推廣使用。

        當前,采用real-time PCR技術(shù)對淀粉中植物源性成分進行鑒定的研究多集中在單重成分鑒定方面,如韓建勛等[23]建立了一種可快速檢測食用淀粉中木薯成分的real-time PCR法;姚曉靜等[24]利用real-time PCR技術(shù)對復(fù)配粉中馬鈴薯成分進行了鑒定。對于利用多重TaqMan探針real-time PCR技術(shù)同時檢測木薯、紅薯、馬鈴薯、玉米源性成分的研究較少。因此,本研究旨在建立一種高通量、快速、準確的木薯、紅薯、馬鈴薯、玉米源性成分多重TaqMan探針real-time PCR方法,使其可以應(yīng)用于市場上可食用淀粉及其制品的種類摻假鑒別,彌補目前標準中的空缺,以期為監(jiān)管部門開展食品安全摻假鑒別風險監(jiān)測提供強有力的技術(shù)支撐。

        1 材料與方法

        1.1 材料與試劑

        用于對照或模擬樣品制備的27 種原料及原料制成的淀粉由北京市食品質(zhì)量監(jiān)督檢驗三站提供,均為單一成分,包括:紅薯(煙薯25、普薯32、北京553)、木薯(面包木薯、華南9號、華南6068)、馬鈴薯(中薯5號、華薯1號、晉薯2號)、玉米(農(nóng)華101、登海618、京科968)、小麥、大麥、黑麥、蕎麥、大米、薏米、小米、芋頭、山藥、燕麥、蓮藕、綠豆、紅豆、黃豆、豌豆及其淀粉。用于實際樣品測定的50 份淀粉購自北京農(nóng)貿(mào)市場或超市。

        深加工食品DNA提取試劑盒、多糖多酚植物基因組DNA提取試劑盒、植物基因組DNA提取試劑盒(離心柱型)天根生化科技(北京)有限公司;2×PCR Premix ExTaqTM大連寶生物科技有限公司;引物、探針合成 北京華大基因科技有限公司;試劑盒A:植物定性檢測紅薯源性成分核酸檢測試劑盒、試劑盒C:摻假摻雜木薯源性成分檢測試劑盒 廣州雙螺旋基因技術(shù)有限公司;試劑盒B:紅薯源性成分檢測PCR試劑盒 上海雅吉生物科技有限公司;試劑盒D:木薯源性成分探針法熒光定量PCR試劑盒 上海聯(lián)邁生物技術(shù)有限公司。

        1.2 儀器與設(shè)備

        FTC-3000P型實時熒光PCR儀 加拿大Funglyn公司;微量核酸分析測定儀 美國BioTek公司;3-30K臺式高速冷凍離心機 德國Sigma公司;DK-80恒溫金屬浴 上海一恒儀器有限公司;Thermostat plus振蕩器賽默飛世爾科技有限公司;ZK系列小型高速萬能粉碎機上海達平儀器有限公司。

        1.3 方法

        1.3.1 引物與TaqMan探針設(shè)計

        從GenBank上查找并下載紅薯g3pdh基因(GenBank.EF119215)、木薯g3pdh基因(GenBank.MK129037)、馬鈴薯UGPase基因(GenBank.U20345)、玉米zSSIIb基因(GenBank.AF019297)序列,參考近年文獻發(fā)表的相關(guān)序列,使用SnapGene軟件進行序列比對,篩選出種內(nèi)保守、種間差異性區(qū)域片段,使用Primer Express和Primer Premier 5.0軟件設(shè)計引物探針,再通過SnapGene軟件檢測引物和探針的可行性,具體序列見表1。植物內(nèi)參照引物及探針來自文獻[25]。

        表1 實驗所用引物及TaqMan探針序列Table 1 Primer and TaqMan probe sequences used in this study

        1.3.2 樣品前處理

        鮮原料樣品:去皮后用自來水進行簡單沖洗,清洗掉樣品表面可能沾染的其他源性組織或細胞。取原料內(nèi)部組織,用清洗干凈的剪刀、高速粉碎機等將其研磨成糜(或粉)狀。

        淀粉樣品:充分混勻后進行取樣。不同源性的樣品使用不同的器具,防止交叉污染。

        1.3.3 DNA提取方法選擇

        鮮原料樣品:按照植物基因組DNA提取試劑盒(離心柱型)說明書進行提取并測定DNA純度。

        淀粉樣品:分別用深加工食品DNA提取試劑盒、多糖多酚植物基因組DNA提取試劑盒、植物基因組DNA提取試劑盒(離心柱型)對1.0 g淀粉進行提取,并用微量核酸分析測定儀進行DNA質(zhì)量評估,選出最適的淀粉樣品DNA提取方法。

        DNA的OD260nm/OD280nm在1.8~2.0之間、OD260nm/OD230nm在2.0~2.4之間,可用于DNA擴增。將提取出的樣品和對照DNA均稀釋成30 ng/μL,作為擴增模板,置于-20 ℃冰箱備用。

        1.3.4 多重real-time PCR體系及擴增條件優(yōu)化

        多重反應(yīng)體系為50 μ L:25 μ L 2×P C R Premix ExTaqTM;紅薯、馬鈴薯、木薯、玉米探針(10 μmol/L)加入量在0.4、0.6、0.8、1.0 μL 4 個梯度內(nèi)調(diào)整;上、下游引物(10 μmol/L)加入量在0.6、0.8、1.0 μL 3 個梯度內(nèi)調(diào)整;DNA模板2.0 μL;根據(jù)引物探針加入量補水至50 μL。依據(jù)控制變量法則,每次試驗只設(shè)一個變量,以擴增效率、特異性、靈敏度為考察依據(jù),確定最佳多重反應(yīng)體系參數(shù)。

        內(nèi)參基因反應(yīng)體系為50 μ L:25 μ L 2×P C R Premix ExTaqTM;探針(10 μmol/L)1 μL;上、下游引物(10 μmol/L)各1 μL;DNA模板2.0 μL,補水至50 μL。

        擴增條件:95 ℃預(yù)變性10 min;95 ℃變性15 s,58 ℃退火60 s,40 個循環(huán),在每個循環(huán)退火階段收集熒光信號。

        1.3.5 多重real-time PCR特異性及包容性實驗

        提取12 種目標原料(不同品種)和15 種非目標原料的DNA,并以此為模板,進行紅薯、木薯、馬鈴薯、玉米源性成分的多重real-time PCR擴增,驗證本方法的特異性及包容性。

        1.3.6 多重real-time PCR靈敏度實驗

        分別將4 種鮮原料提取出的DNA用TE緩沖溶液進行10 倍系列梯度稀釋至3×10-3ng/μL,取同等稀釋水平的4 種DNA按等體積進行混合,以各稀釋度混合后的DNA為模板進行多重real-time PCR擴增,各稀釋度進行3 次平行,同時進行陰性和空白對照實驗。以質(zhì)量濃度的對數(shù)為橫坐標,Ct值為縱坐標制作標準曲線,并按下式計算擴增效率,以此考察該方法的DNA靈敏度。

        1.3.7 多重real-time PCR檢出限實驗

        1.3.7.1 不同摻入比例模擬樣品制備

        以紅薯淀粉為本源,按5 個不同的質(zhì)量比(0.01%、0.1%、1%、10%、100%),分別向其中摻入木薯淀粉、馬鈴薯淀粉和玉米淀粉。不同紅薯淀粉摻入比例模擬樣品以小麥淀粉為本源。參照Chen Xiaoyu等[26]的方法進行不同比例模擬樣品的制備:使用高速破碎機將1 g木薯淀粉與9 g紅薯淀粉間歇性混合6 min,得到木薯淀粉添加量為10%的樣品(編碼為A1);從A1樣品中取出1 g與9 g紅薯淀粉間歇性混合6 min,得到木薯淀粉添加量為1%的樣品(編碼為A2);從A2樣品中取出1 g與9 g紅薯淀粉間歇性混合6 min,得到木薯淀粉添加量為0.1%的樣品(編碼為A3),同樣方法依次制備0.01%樣品以及其他源性混合樣品。每個樣品中兩種淀粉的總質(zhì)量為10 g,每組混合樣品設(shè)10 個平行。

        1.3.7.2 檢出限測定

        取不同摻入比例混合后的淀粉樣品各1.0 g進行DNA提取,并采用本實驗建立的多重real-time PCR方法進行檢測。根據(jù)≥95%置信水平法則[26],在10 次平行實驗中,10 次結(jié)果均為檢出的最低目標源性摻入量即為該目標源性的檢出限。

        1.3.8 實際樣品檢測

        從農(nóng)貿(mào)市場或超市購買淀粉樣品共計50 份,包括紅薯淀粉20 份(編號1~20)、木薯淀粉10份(編號21~30)、馬鈴薯淀粉10 份(編號31~40)、玉米淀粉10 份(編號41~50)。取混勻后的各樣品1.0 g進行DNA提取,之后采用建立的多重real-time PCR方法對紅薯、木薯、馬鈴薯、玉米源性成分進行檢測。同時用標準方法SN/T 1198—2013《轉(zhuǎn)基因成分檢測 馬鈴薯檢測方法》[27]和SN/T 1196—2018《轉(zhuǎn)基因成分檢測 玉米檢測方法》[28]進行馬鈴薯和玉米源性結(jié)果驗證;采用試劑盒A和試劑盒B進行紅薯源性結(jié)果驗證;采用試劑盒C和試劑盒D進行木薯源性結(jié)果驗證。

        1.3.9 結(jié)果判定

        內(nèi)參對照、陽性對照:熒光通道有熒光信號檢出,且出現(xiàn)典型的擴增曲線,Ct值≤35.0;空白對照、陰性對照:熒光通道無熒光信號檢出,相應(yīng)Ct值>40.0;樣品判定:熒光通道有熒光信號檢出,相應(yīng)Ct值≤40.0,判定為陽性;熒光通道無熒光信號檢出,相應(yīng)Ct值>40.0,判定為陰性。

        1.4 數(shù)據(jù)統(tǒng)計

        2 結(jié)果與分析

        2.1 引物、TaqMan探針設(shè)計結(jié)果

        使用SnapGene軟件對紅薯g3pdh基因(GenBank.EF119215)、木薯g3pdh基因(GenBank.MK129037)、馬鈴薯UGPase基因(GenBank.U20345)、玉米zSSIIb基因(GenBank.AF019297)序列進行比對,并將設(shè)計的引物、探針導(dǎo)入軟件中,對其可行性進行分析,結(jié)果見圖1。所設(shè)計的4 組引物、探針均可以在各自對應(yīng)的靶基因序列中搜索到,且均在序列差異性區(qū)域內(nèi)。說明4 組引物探針可以用于紅薯、木薯、馬鈴薯、玉米4 種目標源性的特異性檢測。

        圖1 引物、TaqMan探針可行性分析Fig.1 Feasibility analysis of primers and TaqMan probes

        2.2 DNA提取方法選擇結(jié)果

        淀粉樣品本身含有大量蛋白質(zhì)、多糖等成分,且屬于經(jīng)過粉碎、精制、干燥等加工過程的深加工食品[24],因而在DNA提取方面存在難度。為獲得高質(zhì)量的模板DNA,本實驗分別采用3 種試劑盒對其進行提取,并對提取出的DNA質(zhì)量進行評估。由表2可知,采用深加工食品DNA提取試劑盒(試劑盒A)提取的DNA,其純度(OD260nm/OD280nm及OD260nm/OD230nm)滿足real-time PCR方法對于模板DNA的要求,且在相同取樣量的條件下,試劑盒A提取出的DNA質(zhì)量濃度更高。

        表2 不同DNA提取試劑盒提取效果對比Table 2 Comparison of efficiencies of different DNA extraction kits

        綜上,選擇深加工食品DNA提取試劑盒(試劑盒A)進行淀粉樣品的DNA提取。

        2.3 多重real-time PCR體系優(yōu)化結(jié)果

        以最高擴增效率、對非目標源性無交叉反應(yīng)、高靈敏度為考察依據(jù),對引物探針加入量進行了篩選和優(yōu)化,確定最佳多重real-time PCR反應(yīng)體系為:25 μL 2×PCR Premix ExTaqTM;紅薯、馬鈴薯、木薯探針(10 μmol/L)各0.8 μL,玉米探針(10 μmol/L)1.0 μL;上、下游引物(10 μmol/L)各1.0 μL;DNA模板2.0 μL,補水至50 μL。

        2.4 多重real-time PCR特異性及包容性實驗結(jié)果

        通過12 種目標源性和15 種非目標源性的多重realtime PCR檢測結(jié)果發(fā)現(xiàn)(表3、圖2),本實驗開發(fā)的方法對常見的紅薯、木薯、馬鈴薯、玉米品種均可檢出,且當添加的DNA模板初始質(zhì)量濃度為30 ng/μL時,非特異性信號Ct值均大于40.0。由此可知,建立的四重體系具有較好包容性,且對非目標源性無交叉反應(yīng)。

        圖2 引物、TaqMan探針特異性效果分析Fig.2 Specificity analysis of primers and TaqMan probes

        表3 方法特異性及包容性實驗結(jié)果Table 3 Specificity and inclusiveness of the proposed method

        2.5 多重real-time PCR靈敏度實驗結(jié)果

        按1.3.6節(jié)方法進行標準曲線繪制,結(jié)果如圖3所示。4 種源性DNA在質(zhì)量濃度范圍3×101~3×10-3ng/μL內(nèi)具有良好的線性相關(guān)性。紅薯源性標準曲線為y=-3.063x+27.695,R2=0.9914,擴增效率=108.9%;木薯源性標準曲線為y=-3.0426x+27.772,R2=0.9956,擴增效率=110.2%;馬鈴薯源性標準曲線為y=-3.2423x+23.047,R2=0.9987,擴增效率=99.5%;玉米源性標準曲線為y=-3.0013x+28.947,R2=0.9964,擴增效率=113.7%。由此可知,本實驗開發(fā)的多重real-time PCR方法對目標DNA的檢測靈敏度可達3×10-3ng/μL,高于韓建勛等[29]的研究。而當模板DNA質(zhì)量濃度低于該質(zhì)量濃度時,仍有擴增,但不呈線性關(guān)系,且重復(fù)性和準確性差。

        圖3 4 種目標源性擴增曲線及標準曲線圖Fig.3 Amplification curves and standard curves for four target plant sources

        2.6 多重real-time PCR檢出限實驗結(jié)果

        從表4可知,當摻入比例≥0.1%時,4 種目標源性10 次平行實驗的檢出次數(shù)均可以達到10 次,滿足不小于95%置信區(qū)間的測試要求,表明該摻入比例可以檢出且實驗的重復(fù)性較好;而當摻入比例為0.01%時,紅薯、木薯、馬鈴薯、玉米源性的檢出次數(shù)分別為8、7、9、7 次,存在未檢出的情況,若以0.01%摻入量作為方法的檢出限,會造成假陰性結(jié)果的產(chǎn)生。綜上,為了確保使用本方法進行淀粉樣品檢測時的準確性,現(xiàn)規(guī)定本方法對于淀粉樣品的檢出限為0.1%。該檢出限低于姚曉靜等[24]研究的2%及韓建勛[29]、Wang Deguo[30]等研究的1%。

        表4 不同源性多重real-time PCR樣品檢出限結(jié)果Table 4 Detection limits of the multiple real-time PCR for four adulterated plant sources

        2.7 實際樣品檢測結(jié)果

        采用本實驗建立的多重real-time PCR方法與參比方法同時對50 份實際樣品中的紅薯、木薯、馬鈴薯、玉米源性成分進行檢測。其中馬鈴薯和玉米源性分別采用標準方法SN/T 1198—2013[27]和SN/T 1196—2018[28]作為參比方法;由于紅薯和木薯源性沒有對應(yīng)的標準方法,因此采用市售的2 種不同品牌的試劑盒作為參比方法。從表5可知,本方法與參比方法結(jié)果一致,均有7 個淀粉樣品檢出含有與標簽成分不符的其他源性成分,不合格率為14%(7/50)。7 個不合格樣品包括5 個紅薯淀粉和2 個馬鈴薯淀粉。其中5 個不合格紅薯淀粉中有2 個只檢出了木薯源性,1 個只檢出馬鈴薯源性,2 個既檢出紅薯又檢出木薯源性;2 個不合格馬鈴薯淀粉中有1 個只檢出木薯源性,1 個既檢出馬鈴薯又檢出木薯源性。綜上可知,兩種方法的檢測結(jié)果一致,說明所建方法結(jié)果準確可靠;同時,檢測4 種目標源性成分所用的時間僅為參比方法的1/4,且檢測成本遠低于試劑盒法。因此,所建方法可作為一種有效技術(shù)手段用于市售淀粉的種類摻假鑒別檢測。此外,通過不合格樣品檢測結(jié)果還發(fā)現(xiàn),用木薯淀粉代替或?qū)⒛臼淼矸蹞饺氲郊t薯淀粉、馬鈴薯淀粉中是目前主要的摻假手段。

        表5 實際樣品中不合格樣品的PCR檢測結(jié)果Table 5 Results of detection of unqualified samples by the PCR method

        3 結(jié)論

        本研究通過篩選靶基因、對比目標區(qū)域片段、設(shè)計特異性引物探針,建立了一種可同時對紅薯、木薯、馬鈴薯、玉米源性成分進行檢測的四重TaqMan探針real-time PCR方法,實現(xiàn)同一體系同時擴增4 種目標源性,達到了縮短檢測時間、提高檢測效率的目的。考慮到淀粉是一類深加工食品,本研究選取的目標序列均小于150 bp,可以有效防止因DNA降解造成的假陰性結(jié)果[31]。同時,還充分考慮了不同DNA提取試劑盒對淀粉樣品DNA提取質(zhì)量的影響,為該方法的應(yīng)用范圍從鮮原料進一步擴展到深加工淀粉制品提供研究基礎(chǔ)。本方法具有較強的特異性和包容性,對于常見的目標源性品種均可檢出,且與15 種非目標源性均無交叉反應(yīng)。此外,本方法還具有較高的靈敏度,可檢測到質(zhì)量濃度為3×10-3ng/μL的模板DNA,且對于淀粉樣品的檢出限可達0.1%,滿足目前各標準中對4 種目標源性檢出限的要求。用該方法對50 份實際淀粉樣品進行檢測,結(jié)果均與參比方法一致,而用時僅為參比方法的1/4,且檢測成本遠低于試劑盒方法。綜上,本研究建立的四重TaqMan探針real-time PCR方法可以作為一種有效的檢測手段,應(yīng)用于市場上淀粉種類的真?zhèn)涡澡b別,為完善標準體系建設(shè)、打擊非法摻假欺詐、規(guī)范市場秩序和保障人民食品安全提供技術(shù)支持。

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