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        基于網絡藥理學探索三七治療腦卒中的作用機制

        2023-08-17 06:05:32王惠潔董藝薇梁亞杰苑舒文趙果毅
        山西中醫(yī)藥大學學報 2023年4期

        王惠潔,董藝薇,劉 健,梁亞杰,陳 瑩,苑舒文,趙果毅

        (山西中醫(yī)藥大學基礎醫(yī)學院,山西 晉中 030619)

        三七[Panax Notoginseng(Burk.)F.H.Chen]為五加科人參屬植物,又名人參三七、參三七、文三七、田七等,主產于云南文山、馬關、廣南及江西田陽、田東等地,以干燥根和根莖入藥。主根多呈現(xiàn)類圓錐形或圓柱形,表面顏色呈灰黃色或灰褐色,氣微味淡,入口味苦而后回甜?!侗静菥V目拾遺》中記載“人參補氣第一,三七補血第一,味同而功亦等,故稱人參、三七為中藥之最珍貴者”。

        腦卒中(cerebral stroke)又稱“中風”“腦血管意外”(cerebralvascular accident,CVA),是目前常見的神經內科疾病,病癥涉及范圍廣,每年都在威脅著不少患者的性命,即使存活下來也有著極高的致殘率[1]。腦卒中是中老年人較為常見的疾病,也是中國成年人殘疾的首要原因,其病因復雜多樣,患病率、死亡率和致殘率高,為家庭乃至社會帶來了較大的經濟負擔。

        網絡藥理學作為一門新興學科,其研究過程以網絡分析為核心技術,通過尋找藥物、疾病的基因和靶點,通過數據庫建立聯(lián)系,構建網絡進行可視化分析,使疾病和藥物的關系一目了然,重視疾病與藥物之間的相互作用,對藥物和疾病的研究更加深入與精準[2]。本研究以三七有效活性成分—靶點—疾?。ㄗ渲校┑臉嫾苷沓鲫P鍵節(jié)點等,形成對研究對象的整體描述,為闡明三七治療腦卒中的作用機制提供理論依據。

        1 材料與方法

        1.1 篩選三七的活性成分

        通過TCMSP(中藥系統(tǒng)藥理學分析平臺,http://tcmspw.com/tcmsp.php)查詢三七所含有的化學成分。類別選中“herb name”,并輸入關鍵字“三七”作為詞干在搜索框中進行檢索,在“l(fā)atin name”一 欄 中 選 中“Panax Notoginseng(Burk.)F.H.Chen ex C.Chow”后得到三七化學成分的各類信息,如分子名、口服生物利用度(OB)、藥物相似性(DL)、血腦屏障(BBB)、藥物半衰期(HL)、分子量(MW)等,在藥物所參與的ADME(吸收、分布、代謝、排泄)特性過程的基礎上,篩選出“OB≥30%”且同時滿足“DL≥0.18”的化學成分,作為此次研究中使用的三七的活性成分。

        1.2 預測三七活性成分靶點及獲得作用靶點

        1.2.1 預測三七活性成分的潛在作用靶點

        首先使用PubChem化學數據庫平臺(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) 檢 索 上 一 步 驟中獲取的所有活性成分,并分別記錄下他們的Smiles 編 號、InChiKey 數 值,再 利 用Swiss ADME 數 據 庫(http://www.swissadme.ch/)中 的SwissTargetPrediction功能,在select a species中選homo sapiens,將收集到的Smiles號粘貼到搜索框中,或使用PubChem保存化學式的2D圖片將其導入,得到該活性成分的預測靶點。下載Excel表格文件,將probability為0的刪除,得到全部活性成分的預測靶點,并將活性成分對應的靶點名稱規(guī)范化。

        1.2.2 獲得三七治療腦卒中的作用靶點

        DrugBank數據庫(https://www.drugbank.ca/)是來自阿爾伯塔大學的生物信息學和化學信息學數據庫,該數據庫可將詳細的藥物數據與全面的藥物靶標信息相結合。在搜索框中輸入“cerebralvascular accident”并搜索,獲得腦卒中相關靶點基因,并將其規(guī)范化,將結果與上一步三七活性成分的作用靶點取交集,獲得三七主要活性成分對腦卒中作用的靶點。

        1.3 建立PPI 網絡

        STRING 數 據 庫(https://string-db.org/)是 一款可在線搜索已知蛋白相互作用關系的數據庫,點擊STRING數據庫的search功能,選中multiple proteins,將1.2.2中整理的三七治療腦卒中的靶點基因名稱分別輸入list of names一欄,在organism中選中homo sapiens,將輸出的蛋白相互作用關系網以Excel形式保存。

        1.4 取蛋白相互作用網絡(PPI)交集分析核心靶點

        利用Cytoscape 3.6.1軟件將三七與腦卒中的PPI網絡進行可視化處理,并選用Merge功能進行拓撲分析,查出核心靶點及其關系。

        1.5 基因本體富集分析(geneontology,GO)與京都基因與基因組百科全書(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析

        DAVID數據庫(http://david.abcc.ncifcrf.gov/)是一個集成了生物學數據和分析工具的數據庫,可為大規(guī)模的基因和蛋白質列表提供系統(tǒng)而全面的生物學功能注釋信息。使用在線GO生物學過程分析和KEGG通路富集分析,保留P<0.05的結果。

        2 結 果

        2.1 三七的主要活性成分

        三七共有119 個化學成分,篩選條件取口服生物利用度(OB)≥30%且藥物相似性(DL)≥0.18,共篩選出8個活性成分,結果見表1。

        表1 篩選后的三七活性成分

        2.2 三七活性成分的潛在作用靶點

        活性成分潛在作用靶點共456 個,結果見圖1。

        圖1 三七活性成分靶點預測

        2.3 三七治療腦卒中作用靶點的獲取

        通過DrugBank數據庫獲得腦卒中相關靶點69個(圖2),與三七潛在作用靶點取交集,共5個靶點基因,分別是凝血因子Ⅱ(F2)、淀粉樣前體蛋白基因(APP)、基質金屬蛋白酶9(MMP9)、細胞色素P4502C19(CYP2C19)和N-甲基-D-天冬氨酸離子型谷氨酸受體2B(GRIN2B)(圖3),構建活性成分-核心靶點-疾病網絡圖,共13個節(jié)點,26條邊線,結果見圖4。

        圖2 腦卒中相關靶點

        圖3 三七活性成分預測靶點與腦卒中相關靶點交集

        圖4 活性成分-核心靶點-疾病網絡圖

        2.4 蛋白相互作用網絡(PPI)的拓撲分析結果

        三七活性物質與腦卒中的靶點蛋白相互作用網絡(PPI)根據拓撲分析結果顯示APP與F2、MMP9、GRIN2B相互作用,聯(lián)系密切(圖5)。

        圖5 三七治療腦卒中PPI 拓撲分析圖

        2.5 核心靶點的GO 功能及KEGG 通路富集分析結果

        運用DAVID數據庫一次性進行GO功能與KEGG通路富集分析,以P<0.05 進行篩選,結果顯示這5 個基因參與的GO生物過程(BP)有離子型谷氨酸受體信號途徑(ionotropic glutamate receptor signaling pathway)、腎上腺素受體信號途徑(ephrin receptor signaling pathway)、細胞蛋白質代謝過程(cellular protein metabolic process)、白細胞遷移(leukocyte migration)、蛋白質磷酸化的正調控(positive regulation of protein phosphorylation);參與的分子功能(MF)有絲氨酸型內肽酶活性(serine-type endopeptidase activity)、酶結合(enzyme binding)、受體結合(receptor binding);相關的細胞成分(CC)有細胞外空間(extracellular space)、胞外區(qū)(extracellular region)。

        以P<0.05進行篩選,KEGG通路分析顯示有3個核心靶點基因參與腦卒中疾病的相關通路,分別是APP、CYP2C19、GRIN2B,涉及到的通路為5-羥色胺能突觸(serotonergic synapse)和阿爾茨海默病(Alzheimer′s disease),結果見表2。

        表2 KEGG 通路分析結果

        3 討 論

        腦卒中屬中醫(yī)學“中風”范疇,包括出血性腦卒中和缺血性腦卒中兩種,是由于腦供血障礙或血管破裂而造成的急性腦血管疾病,在臨床上致殘率、病死率均較高。三七是一種名貴中藥材,現(xiàn)代藥理學研究表明,三七及其總皂苷提取物具有多種生物活性,包括保護心腦血管系統(tǒng)及神經系統(tǒng)、抗腫瘤、抗菌抗炎、干預興奮毒性、抗氧化及其他藥理作用[3]。

        三七可通過多條信號轉導通路保護神經細胞。本研究通過GO功能富集分析發(fā)現(xiàn)三七與腦卒中關聯(lián)的信號通路涉及離子型谷氨酸受體信號途徑。GRIN2B 為N-甲基-D-天冬氨酸(N-methyl-D-asparticacid,NMDA)受體,谷氨酸受體中的離子型受體NMDA可調節(jié)神經元的存活、樹突與軸突的結構發(fā)育和突觸可塑性,對生物發(fā)育過程極為重要。腦缺血后,谷氨酸過度釋放,造成谷氨酸堆積,促進NMDA受體活化,引起Ca2+內流增加,導致腦部微環(huán)境異常,最終產生興奮性神經毒性反應,引起神經元凋亡[4]。研究發(fā)現(xiàn),三七皂苷R1 可選擇性作用于NMDA受體的NR1/NR2B亞型,競爭性抑制谷氨酸所導致的神經元細胞內鈣超載,從而實現(xiàn)對小鼠神經元細胞的保護作用[5]。Wang Shiyun等[6]采用谷氨酸和鈣微灌注法及光栓法誘導腦缺血,制備大鼠海馬微環(huán)境紊亂模型,三七皂苷能夠促進兩種模型大鼠谷氨酸受體轉運體-1的表達,抑制NMDA受體表達和細胞色素C(Cyt-C)釋放,減輕興奮性神經毒性。

        本研究發(fā)現(xiàn)三七與腦卒中關聯(lián)的信號通路涉及腎上腺素受體信號途徑,與以往的研究是一致的。腎上腺素受體(adrenergic receptor,AR)是G蛋白偶連受體家族的代表性受體,在調節(jié)心血管系統(tǒng)活動中發(fā)揮基礎作用,腎上腺素受體介導的信號發(fā)生異??纱龠M心血管疾病的發(fā)生發(fā)展[7]。腎上腺素受體介導的信號通路如磷脂酰肌醇3激酶(phosphatidy-linositol 3-kinase,PI3K)/蛋 白 激酶B(protein kinase B,PKB即Akt)細胞通路,有研究發(fā)現(xiàn)三七皂苷類成分可促進 PI3K 和 Akt 蛋白磷酸化,激活P13K/Akt信號通路[8]。三七總皂苷(PNS)結合針灸治療急性缺血性腦卒中大鼠具有顯著的血腦屏障保護作用,可有效改善大鼠神經行為學狀況,其作用機制可能與促進PI3K/Akt信號通路的激活有關[9];三七提取物能夠作為一種外源性調節(jié)因子,激活依賴于P13K/Akt的核因子紅細胞系相關因子2(nuclear factor erythroid 2-related facror 2,NRF2)抗氧化防御系統(tǒng),抑制核轉錄因子-κB(NF-κB)炎癥信號,從而減輕炎癥反應[10]。

        KEGG富集分析結果涉及APP基因,APP基因變異,在錯誤的位置被酶切會形成淀粉樣蛋白沉淀。研究表明,三七總皂苷能在轉錄水平下調腦內APP基因的表達[11],從而降低β-淀粉樣蛋白(Aβ)的生成,改善快速老化模型小鼠的學習記憶能力。人參皂苷可促進APP以α-分泌酶方式進行剪切,抑制APP以β-分泌酶方式進行剪切,抑制γ-分泌酶活性,從而降低Aβ的生成[11]。研究表明,阿爾茨海默?。ˋD)和腦缺血常常并存,互相促進。腦卒中或腦血管病變加重AD患者的認知損傷并加速其衰老,同時患有AD和血管疾病的患者癡呆要嚴重得多。炎癥是二者的共同特征之一,炎癥既促進AD發(fā)展,又加重腦缺血損傷[12]。李愛東等[13]研究發(fā)現(xiàn)三七總皂苷可降低阿爾茨海默病患者炎癥因子腫瘤壞死因子(TNF)和白細胞介素-6(IL-6)水平,有效改善阿爾茨海默病患者臨床癥狀和腦部灌注血流量,從而改善認知功能。

        研究人員利用小鼠腦缺血模型研究發(fā)現(xiàn),在海馬體部分人參皂苷Rg1 和Rb1 能應對腦缺血再灌注引起的氧化應激,在皮層部分其主要是通過恢復細胞外信號調節(jié)激酶(extracellularregulated kinase,ERK)的磷酸化水平以誘導硫氧還蛋白1(thioredoxin,Trx-1)和細胞周期依賴蛋 白 激 酶5(cyclin dependent kinase,CDK5)的表達,從而達到保護腦組織的目的[14]。人參皂苷Rg1 和Rb1 都可抑制東莨菪堿誘導的5-羥色胺(5-hydroxytrptamine,5-HT)減少,發(fā)揮益智作用[15]。三七中的黃酮類成分槲皮素還具有降血壓、降血脂、祛痰、強心等作用[16]。

        綜上所述,本研究初步預測了三七主要活性成分通過作用于疾病靶點APP、CYP2C19、GRIN2B治療腦卒中,涉及抗炎、神經遞質和受體的調節(jié)等多條信號轉導通路,形成非常復雜的藥理作用來保護腦神經細胞,這些發(fā)現(xiàn)為后續(xù)應用中醫(yī)藥研究和治療腦卒中提供了理論基礎。

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