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        李果實(shí)性狀指標(biāo)相關(guān)性分析及QTL 初步定位

        2023-07-01 13:25:58孫莉莉彭麗娜牟蘊(yùn)慧葉萬軍
        廣東農(nóng)業(yè)科學(xué) 2023年5期
        關(guān)鍵詞:縱徑橫徑總糖

        孫莉莉,彭麗娜,牟蘊(yùn)慧,葉萬軍

        (1.哈爾濱體育學(xué)院運(yùn)動(dòng)人體科學(xué)學(xué)院,黑龍江 哈爾濱 150008;2.黑龍江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院,黑龍江 哈爾濱 150086)

        【研究意義】李(Prunus salicinaL.)為薔薇科(Rosaceae)李屬(Prunus)植物,李在我國分布廣泛,幾乎所有省份都有栽培[1],位于我國東北地區(qū)的黑龍江省依托寒地優(yōu)勢,抗寒種質(zhì)資源豐富,為抗寒新品種的選育提供了較好的種質(zhì)來源。由于李富含糖、酸、維生素等多種營養(yǎng)物質(zhì),具有良好的抗氧化活性,其中提取出的活性肽能有效抵抗自由基[2],同時(shí)李可鮮食,也可進(jìn)行深加工[3],深加工后的產(chǎn)品價(jià)值提升,能有效帶動(dòng)當(dāng)?shù)亟?jīng)濟(jì),具有較高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值?!厩叭搜芯窟M(jìn)展】數(shù)量性狀位點(diǎn)(Quantitative Trait Locus,QTL)定位是研究數(shù)量性狀的一種有效方法,構(gòu)建高密度遺傳圖譜是QTL 定位的基礎(chǔ),果樹受童期長、純合與雜合位點(diǎn)共存、遺傳背景復(fù)雜等因素的影響,獲得高密度遺傳圖譜較難,容易影響果樹QTL 定位的準(zhǔn)確性[4]。隨著分子生物學(xué)技術(shù)的不斷發(fā)展,果樹果實(shí)性狀QTL 定位研究也有一定的進(jìn)展。果實(shí)品質(zhì)是新品種選育的重要依據(jù),果實(shí)品質(zhì)包括內(nèi)在品質(zhì)和外觀品質(zhì),內(nèi)在品質(zhì)體現(xiàn)在果實(shí)可溶性固形物、維生素C、可滴定酸及酚類化合物等含量。針對桃﹝Prunus persica(L.)Batsch﹞果實(shí)品質(zhì)性狀的研究比較深入,Shi等[5]基于SLAF-Seq 構(gòu)建了桃高密度遺傳圖譜,對果實(shí)質(zhì)量、果實(shí)橫徑等12 個(gè)果實(shí)性狀進(jìn)行QTL 定位,獲得90 個(gè)位點(diǎn),同時(shí)篩選和鑒定了果實(shí)性狀的候選基因;張瑞萍等[6]對梨(PyrusL.)的單果質(zhì)量、果實(shí)橫徑、果實(shí)縱徑和縱徑橫徑比等果實(shí)性狀進(jìn)行了研究,結(jié)果共獲得QTL 位點(diǎn)8 個(gè),定位在不同的連鎖群上,LOD 值在2.50~4.14 之間,可解釋11.4%~36.4%的表型變異。研究發(fā)現(xiàn),在連鎖群3 上有3 個(gè)柑橘(CitrusL.)果實(shí)橫徑QT L位點(diǎn),在連鎖群8 上有4 個(gè)果實(shí)縱徑QTL 位點(diǎn)[7]。近年,唐海霞等[8]對棗(Ziziphus jujubaMill.)果實(shí)性狀的QTL 定位進(jìn)行了報(bào)道,共檢測到156 個(gè)棗果實(shí)相關(guān)的QTL 位點(diǎn),分布在10 個(gè)連鎖群中。郭棟梁等[9]報(bào)道了龍眼(Dimocarpus longanLour.)種質(zhì)資源果實(shí)性狀的多樣性及相關(guān)性分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)單果質(zhì)量與總糖含量呈極顯著負(fù)相關(guān)。徐豆等[10]對歐李﹝Cerasus humilis(Bge.)Sok.﹞親本及正反交F1后代果實(shí)性狀的遺傳變異進(jìn)行分析,研究表明雜交后代單果質(zhì)量、可溶性固形物含量、果形指數(shù)等屬于數(shù)量性狀,由多基因控制。孫海龍等[11]對35 份李種質(zhì)的果實(shí)性狀進(jìn)行18個(gè)指標(biāo)的相關(guān)性分析,為李種質(zhì)資源品質(zhì)性狀的評價(jià)提供理論基礎(chǔ)。然而,國內(nèi)關(guān)于寒地李果實(shí)性狀QTL 定位研究較少?!颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】鑒于李具有的營養(yǎng)價(jià)值和經(jīng)濟(jì)價(jià)值,本試驗(yàn)以東北地區(qū)李吉林6 號(P.salicinacv.jilin6)和龍園秋李(P.salicinacv.longyuanqiuli)的F1子代為研究群體,在已構(gòu)建遺傳圖譜基礎(chǔ)上[12],對單果質(zhì)量、果實(shí)橫徑、果實(shí)縱徑、果形指數(shù)、果肉厚度和總糖含量6 個(gè)果實(shí)性狀進(jìn)行相關(guān)性分析和QTL 的初步定位?!緮M解決的關(guān)鍵問題】通過本研究,對李部分果實(shí)性狀進(jìn)行QTL 初步定位,為寒地李分子標(biāo)記輔助育種提供理論基礎(chǔ)。

        1 材料與方法

        1.1 試驗(yàn)材料

        供試材料為吉林6 號和龍園秋李的72 株F1子代植株,親本在2009 年進(jìn)行雜交授粉,雜交種子于2010 年播種、2012 年定植于黑龍江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院園藝分院核果試驗(yàn)園,長勢較好,按照常規(guī)田間管理模式進(jìn)行管理,子代沒有進(jìn)行剔選。2017 年秋季部分植株果實(shí)成熟后,采集果實(shí)進(jìn)行果實(shí)相關(guān)性狀的統(tǒng)計(jì)和測量,果實(shí)采集時(shí)選擇樹齡、株型、生長勢、載果量一致的正常株,從每株的全部收獲物中選取大中小和向陽和背陰的果實(shí)組成平均樣品。測試地點(diǎn)在黑龍江省農(nóng)業(yè)科學(xué)院園藝分院實(shí)驗(yàn)室。

        1.2 試驗(yàn)方法

        1.2.1 測量方法 通過電子天平(精度為0.01 g,浙江托普儀器有限公司)對單果質(zhì)量(Weight of single fruit,WSF)進(jìn)行稱量;使用游標(biāo)卡尺(精度為0.01 mm)對果實(shí)橫徑(Transverse diameter of fruit,TDF)、果實(shí)縱徑(Vertical diameter of fruit,VDF)、果肉厚度(Thickness of pulp,TP)等指標(biāo)進(jìn)行測量,測量標(biāo)準(zhǔn)參考郁香荷等[13]方法;通過棱鏡折射儀(精度為0.2%,廣州銘睿電子LB32T 糖度計(jì))對總糖含量(Content of total sugar,CTS)進(jìn)行測定;每個(gè)F1子代選擇3~5 個(gè)果實(shí)對各項(xiàng)指標(biāo)進(jìn)行測量,同時(shí)計(jì)算果形指數(shù)(Fruit shape index,F(xiàn)I),果形指數(shù)=果實(shí)縱徑/果實(shí)橫徑。

        1.2.2 統(tǒng)計(jì)方法 利用SPSS 23.0 軟件對果實(shí)性狀測量數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析,獲得各項(xiàng)指標(biāo)的平均值、方差、標(biāo)準(zhǔn)偏差、偏度和峰度,計(jì)算變異系數(shù)(變異系數(shù)=標(biāo)準(zhǔn)偏差/平均值),根據(jù)正態(tài)性檢驗(yàn)輸出結(jié)果分析各項(xiàng)指標(biāo)是否屬于正態(tài)分布。通過SPSS 23.0 繪制果實(shí)性狀各項(xiàng)指標(biāo)的頻率分布直方圖,同時(shí)對各指標(biāo)的相關(guān)性進(jìn)行分析。

        1.2.3 QTL 定位分析 本研究基于已經(jīng)構(gòu)建的李遺傳連鎖圖譜[12],通過Map QTL 5.0 軟件將正態(tài)性分布的性狀進(jìn)行QTL 分析,在Map QTL 5.0軟件中,依據(jù)置換檢驗(yàn)(Permutation test)(次數(shù)>1 000)計(jì)算LOD 閾值,根據(jù)區(qū)間作圖法進(jìn)行QTL 定位,最后利用Map Chart 2.3 軟件對獲得的QTL所在連鎖群進(jìn)行繪圖。采用“果實(shí)性狀+數(shù)字”的方式命名QTL,如“TDF-1”表示“果實(shí)橫徑在連鎖群上的第1 個(gè)QTL”,若該果實(shí)性狀有多個(gè)位點(diǎn),則數(shù)字順延。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 李F1 群體果實(shí)性狀的表型分析

        李F1群體果實(shí)性狀表型分析結(jié)果如表1所示。果實(shí)單果質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)偏差為9.537、方差為90.951,數(shù)值均較大,偏度和峰度均大于1,表明單果質(zhì)量的數(shù)據(jù)分布不對稱,果實(shí)個(gè)體之間存在較大差異。果實(shí)性狀的變異系數(shù)在6.09%~35.98%,各果實(shí)性狀變異較大,表明分離比較明顯。本研究測量果實(shí)總數(shù)量大于50 個(gè),根據(jù)K-S 檢驗(yàn)所得數(shù)據(jù),若P>0.05,表明該指標(biāo)呈正態(tài)分布。如表1 中,果實(shí)橫徑、果實(shí)縱徑和果肉厚度的K-S 檢驗(yàn)結(jié)果均為P>0.05,表明其均呈正態(tài)分布,單果質(zhì)量、果形指數(shù)和總糖含量的K-S 檢驗(yàn)值均小于0.05,表明數(shù)據(jù)呈非正態(tài)分布。各果實(shí)性狀分布情況見圖1,該圖同時(shí)顯示了各指標(biāo)的頻率分布直方圖,直方圖中正態(tài)分布曲線也顯示了各指標(biāo)的正態(tài)分布情況。

        圖1 李F1 群體果實(shí)性狀的頻率分布Fig.1 Frequency distribution of fruit traits in F1 population of plum

        表1 李F1 群體果實(shí)性狀的表型分析Table 1 Phenotypic analysis of fruit traits in F1 population of plum

        2.2 李F1 群體果實(shí)性狀的相關(guān)性分析

        利用SPSS 23.0 軟件對李F1群體果實(shí)性狀的相關(guān)性進(jìn)行分析,結(jié)果如表2 所示,果實(shí)單果質(zhì)量與果實(shí)橫徑、果實(shí)縱徑和果肉厚度均具有極顯著的正相關(guān)性,相關(guān)系數(shù)最大的是單果質(zhì)量與果實(shí)橫徑,r為0.959,表明單果質(zhì)量與果實(shí)橫徑關(guān)系最密切,篩選較大單果質(zhì)量果實(shí)的同時(shí),果實(shí)橫徑也會(huì)隨之升高;單果質(zhì)量與果形指數(shù)呈極顯著負(fù)相關(guān),而與總糖含量具有顯著負(fù)相關(guān)關(guān)系,表明單果質(zhì)量越大,果形指數(shù)和總糖含量越小,選擇單果質(zhì)量大、同時(shí)果形指數(shù)大和總糖含量高的品種比較難。果實(shí)橫徑與果實(shí)縱徑、果肉厚度呈極顯著正相關(guān)關(guān)系,表明果實(shí)橫徑與果實(shí)縱徑、果肉厚度關(guān)系最密切,在連鎖群上的QTL 分布可能也較近;果實(shí)橫徑與果形指數(shù)、總糖含量呈極顯著負(fù)相關(guān)關(guān)系,r分別為-0.548 和-0.233,這一變化趨勢和單果質(zhì)量與果形指數(shù)、總糖含量的關(guān)系相似,更進(jìn)一步說明單果質(zhì)量與果實(shí)橫徑的關(guān)系最密切。果實(shí)總糖含量與其他指標(biāo)間存在顯著或極顯著負(fù)相關(guān),表明果實(shí)總糖含量在馴化過程中過分注重果實(shí)的大小,從而可能導(dǎo)致與果實(shí)總糖含量相關(guān)基因的丟失。

        表2 李F1 群體果實(shí)性狀的相關(guān)性分析Table 2 Correlation analysis of fruit traits in F1 population of plum

        2.3 李F1 群體果實(shí)性狀的QTL 定位

        利用吉林6 號和龍園秋李的F1子代構(gòu)建李的遺傳連鎖圖譜[12],選用Map QTL 5.0 軟件對呈正態(tài)性分布的李果實(shí)性狀進(jìn)行QTL 分析,依據(jù)置換檢驗(yàn)確定各個(gè)性狀的LOD閾值(0.95和0.99水平),最終獲得果實(shí)性狀相關(guān)11個(gè)QTL位點(diǎn)(圖2、表3)。

        圖2 李F1 群體果實(shí)性狀QTL 在連鎖圖譜上的分布Fig.2 Distribution of QTL for fruit traits in F1 population of plum on linkage map

        表3 李F1 群體果實(shí)性狀的QTL 分析Table 3 QTL analysis of fruit traits in F1 population of plum

        果實(shí)橫徑共獲得4 個(gè)QTL 位點(diǎn),位點(diǎn)TDF-1位于第2 連鎖群7 cM 區(qū)域,LOD 值為2.91,表型變異解釋率為12.6%;位點(diǎn)TDF-2 位于第3連鎖群1 cM 區(qū)域,LOD 值為2.46,表型變異解釋率為9.8%;位點(diǎn)TDF-3 位于第8 連鎖群33 cM 區(qū)域,LOD 值為3.58,表型變異解釋率為14.4%;位點(diǎn)TDF-4 位于第15 連鎖群11 cM 區(qū)域,LOD 值為2.99,表型變異解釋率為13.6%。

        果實(shí)縱徑共獲得4 個(gè)QT L位點(diǎn),分別為VDF-1、VDF-2、VDF-3 和VDF-4,位點(diǎn)位置與果實(shí)橫徑連鎖群一致,分別位于第2、第3、第8 和第15 連鎖群,在連鎖群上的區(qū)域分別為8 cM、0 cM、35.535 cM 和18.272 cM,LOD 值分別為3.19、2.79、2.66 和2.91,能分別解釋12.7%、11.3%、10.4%和12.6%的表型變異。

        果肉厚度共獲得3 個(gè)QTL 位點(diǎn),分別為TP-1、TP-2 和TP-3,分別位于第2、第3 和第15 連鎖群,在連鎖群上的區(qū)域分別為4 cM、3 cM 和18.272 cM,LOD 值分別為2.71、3.46 和3.28,能分別解釋10.8%、14.3%和12.9%的表型變異。

        3 討論

        果樹具有基因高度雜合、自交不親和及育種周期長等特點(diǎn),致使果樹遺傳圖譜構(gòu)建比較困難,這也制約了果樹QTL 定位研究的進(jìn)程。關(guān)于果樹果實(shí)性狀的QTL 研究主要集中在桃、櫻桃(Prunus aviumL.)等物種上,關(guān)于李的研究較少。本研究中,李果實(shí)性狀變異系數(shù)在6.09%~35.98%,個(gè)體間變異較大,表明各果實(shí)性狀分離得比較明顯,其中單果質(zhì)量與果肉厚度之間的變異系數(shù)均大于19%。唐海霞等[8]以冬棗×金絲4 號的103 株F1群體為試驗(yàn)材料,采用GBS 簡化基因組測序技術(shù)開發(fā)SNP 分子標(biāo)記,參考冬棗全基因組篩選標(biāo)記,構(gòu)建棗高密度遺傳圖譜,對F1群體進(jìn)行果實(shí)性狀的相關(guān)性分析和QTL 定位,結(jié)果發(fā)現(xiàn)單果質(zhì)量的變異系數(shù)為19.49%;徐豆等[10]在歐李果實(shí)性狀遺傳變異研究中發(fā)現(xiàn),單果質(zhì)量的變異系數(shù)大于20%。以上研究結(jié)果與本研究相似,表明單果質(zhì)量的個(gè)體差異在果實(shí)子代中普遍較大,出現(xiàn)廣泛分離。單果質(zhì)量屬于數(shù)量性狀,通常由多個(gè)基因控制,且易受外界環(huán)境影響,可能是群體中出現(xiàn)廣泛分離的原因[14]。

        本研究中,李果實(shí)的單果質(zhì)量和總糖含量指標(biāo)呈非正態(tài)分布,所以沒有對其進(jìn)行QTL 定位分析,僅對果實(shí)橫徑、果實(shí)縱徑和果肉厚度進(jìn)行了分析。根據(jù)已有研究結(jié)果,并未發(fā)現(xiàn)果實(shí)橫徑和果實(shí)縱徑的QTL 定位與連鎖群之間有很強(qiáng)的關(guān)聯(lián)。如Quilot等[15]在LG1、LG4、LG5、LG6 和LG7 上定位了不同的桃果核橫徑QTL,而Cantín等[16]在LG4 上定位了不同的桃果實(shí)橫徑QTL。在櫻桃中,Zhang等[17]在LG2 和LG6 中發(fā)現(xiàn)了果實(shí)橫徑QTL 位點(diǎn);Rosyara等[18]在LG1、LG3 和LG6 中確定了6 個(gè)影響果實(shí)橫徑和縱徑的QTL。Campoy等[19]定位了LG5 中與甜櫻桃果實(shí)橫徑和縱徑控制相關(guān)的主要QTL,并沿著QTL 區(qū)間鑒定了不同的候選基因。本研究共獲得11 個(gè)QTLs 位點(diǎn),其中果實(shí)橫徑和果實(shí)縱徑主要集中在LG2、LG3、LG8 和LG15 上,這與上述研究結(jié)果既有相似之處、也有不同結(jié)果,具體原因有待進(jìn)一步深入研究。

        本研究中,果實(shí)橫徑、果實(shí)縱徑和果肉厚度定位在4 個(gè)連鎖群上,平均每個(gè)連鎖群定位2~3個(gè)位點(diǎn),且各位點(diǎn)間距離較近,這與趙慧[20]關(guān)于甜櫻桃相關(guān)QTL 位點(diǎn)的結(jié)果相似,其甜櫻桃的單果質(zhì)量、細(xì)胞數(shù)目和細(xì)胞體積定位在同一條染色體上,且距離較近。QTL 在連鎖群上普遍存在成簇聚集的現(xiàn)象,這可能與果實(shí)性狀之間的相關(guān)性呈顯著水平有關(guān),也可能與同一基因同時(shí)控制不同果實(shí)性狀有關(guān)。

        本研究仍存在不足之處,首先,由于果樹具有自交不親和的特點(diǎn),遺傳圖譜構(gòu)建只能以F1群體為作圖群體,這制約了高質(zhì)量遺傳圖譜的構(gòu)建,直接影響QTL 定位的準(zhǔn)確度。其次,黑龍江省位于我國東北部,春季倒春寒和冬季嚴(yán)寒氣候,導(dǎo)致F1群體數(shù)量過少,可能使QTL 定位出現(xiàn)偏差。第三,由于數(shù)量性狀受多基因的調(diào)控,且基因之間還存在著互作效應(yīng),遺傳機(jī)制比較復(fù)雜,同時(shí)還受環(huán)境因素、群體大小及遺傳圖譜飽和度的影響,容易造成QTL 定位存在誤差。在將來應(yīng)考慮構(gòu)建多種標(biāo)記整合的圖譜,提高圖譜的飽和性和通用性,進(jìn)而提高QTL 定位的準(zhǔn)確度,為挖掘李優(yōu)質(zhì)果實(shí)品質(zhì)基因奠定基礎(chǔ),為培育李優(yōu)質(zhì)抗寒新品種提供理論基礎(chǔ)。

        4 結(jié)論

        本研究以東北地區(qū)李吉林6 號和龍園秋李F1群體為試驗(yàn)材料,對果實(shí)的單果質(zhì)量、果實(shí)橫徑、果實(shí)縱徑、果形指數(shù)、果肉厚度和總糖含量等6個(gè)果實(shí)性狀進(jìn)行研究。表型分析結(jié)果顯示,單果質(zhì)量的變異系數(shù)為35.98%,表明F1群體間單果質(zhì)量分離得比較明顯;K-S 檢驗(yàn)結(jié)果顯示,果實(shí)橫徑、果實(shí)縱徑和果肉厚度的表型數(shù)據(jù)均呈現(xiàn)正態(tài)分布;通過各指標(biāo)的相關(guān)性分析,單果質(zhì)量與果實(shí)橫徑呈極顯著正相關(guān)、相關(guān)系數(shù)為0.959,果實(shí)橫徑與果實(shí)縱徑、果肉厚度之間亦具有極顯著正相關(guān)關(guān)系;QTL 定位共檢測到11 個(gè)QTL 相關(guān)位點(diǎn),分別位于LG2、LG3、LG8 和LG15 連鎖群上,各位點(diǎn)在連鎖群上成簇分布,這可能與果實(shí)橫徑、果實(shí)縱徑和果肉厚度間存在極顯著正相關(guān)有關(guān),LOD 值介于2.46~3.58,可解釋9.8%~14.4%的表型變異。

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