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        PCR-反向斑點(diǎn)雜交技術(shù)在即食果蔬常見致病微生物快速篩查中的應(yīng)用

        2023-05-20 06:18:10楊丹妮鄒雨虹
        現(xiàn)代食品 2023年5期
        關(guān)鍵詞:果蔬探針芯片

        ◎ 楊丹妮,鄒雨虹

        (常州市食品藥品纖維質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)中心,江蘇 常州 213000)

        水果蔬菜中富含人體必需的維生素、有機(jī)酸、無機(jī)鹽和植物纖維等營養(yǎng)成分,而即食生鮮果蔬食品因食用方便、口味清新和味道鮮美,更是人們?nèi)粘I钪泻筒妥郎铣R姷氖澄?。但是,生鮮果蔬食品僅經(jīng)簡單清洗,未經(jīng)高溫殺菌處理,其表面和內(nèi)部附著的微生物對(duì)其食用安全性造成了極大的隱患[1-2]。因此,如何做好即食生鮮果蔬中病原性微生物檢測成為食品安全領(lǐng)域關(guān)注的一個(gè)重要課題。

        目前即食生鮮果蔬中致病菌檢測的方法主要有分離培養(yǎng)[3]、生化鑒定[4]、酶聯(lián)免疫吸附[5]、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)[6]和基因芯片法[7]等。常規(guī)方法費(fèi)時(shí)費(fèi)力,既增加了企業(yè)的成本,也加大了政府對(duì)于食品安全的監(jiān)管難度,還無法滿足致病病毒和細(xì)菌的同時(shí)檢測。熒光定量PCR 法在一定程度上彌補(bǔ)了傳統(tǒng)方法的部分不足,但受其熒光通道的限制,在樣本量大、檢測指標(biāo)多的情況下,大大增加工作量。因此,急需一種操作簡單、結(jié)果直觀、單次反應(yīng)可滿足多指標(biāo)篩檢要求的方法來對(duì)即食果蔬中的多種致病微生物進(jìn)行同時(shí)篩檢。

        膜芯片法利用反向斑點(diǎn)雜交技術(shù)(Reverse Dot Blot Hybridization,RDBH)將待測靶標(biāo)基因中的特異性序列作為探針固定在尼龍膜上,同時(shí)利用多對(duì)帶生物素標(biāo)記的引物對(duì)待測靶標(biāo)基因進(jìn)行擴(kuò)增,通過酶-底物顯色,產(chǎn)生肉眼可辨的信號(hào),具有快速、簡便、高效、直觀等特點(diǎn)。同時(shí)結(jié)合多重PCR 技術(shù),雙重反應(yīng)體系確保檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性,單次反應(yīng)可同時(shí)篩檢數(shù)十種指標(biāo)[8]。本研究擬在PCR-膜芯片技術(shù)的基礎(chǔ)上,建立包括沙門氏菌(Salmonella)、金黃色葡萄球菌(Staphylococcus aureus)、大腸埃希氏菌O157:H7(Escherichia coliO157:H7)、單核增生李斯特氏菌(Listeria monocytogenes)、輪狀病毒(Rotavirus,RV)、諾如病毒(Norovirus,NV)GI 型和GII 型在內(nèi)的7 種食源性致病微生物的快速篩查方法。

        1 材料與方法

        1.1 樣品、標(biāo)準(zhǔn)菌及病毒樣本

        市場樣品共14份,均購自常州市各大流通環(huán)節(jié)市場。

        沙門氏菌(21513)、大腸埃希氏菌O157:H7(21530)、金黃色葡萄球菌(10384)、單核增生李斯特氏菌(21633)、阪崎腸桿菌(21544)、志賀氏菌(21535)、霍亂弧菌(23794)、副溶血性弧菌(21617)、蠟樣芽孢桿菌(21261)和創(chuàng)傷弧菌(21615)等均購自中國工業(yè)微生物菌種保藏管理中心。輪狀病毒(BDS-IQC-072)、諾如病毒(BDS-IQC-226)核酸質(zhì)控品購自廣州邦德盛生物科技有限公司。

        1.2 主要試劑

        細(xì)菌基因組DNA 提取試劑盒(DP302)、病毒基因組DNA/RNA 提取試劑盒(DP315)購自天根生化科技(北京)有限公司;膜芯片檢測試劑盒,由四川華漢三創(chuàng)生物科技有限公司提供;PCR 引物及探針,由生工生物工程(上海)股份有限公司合成并純化。

        1.3 實(shí)驗(yàn)方法

        1.3.1 PCR 引物及探針設(shè)計(jì)

        根據(jù)所查文獻(xiàn)、生物信息學(xué)分析并結(jié)合實(shí)驗(yàn)測試結(jié)果,最終選取了具體對(duì)應(yīng)的特異性基因,詳細(xì)信息見表1。

        表1 多重PCR 引物、探針信息表

        1.3.2 樣品處理與DNA 提取

        無菌條件下迅速稱取待檢樣品20 g,并平均分為等質(zhì)量的兩份(每份10 g)。

        (1)細(xì)菌前增菌。取待檢樣品加入100 mL 共增菌培養(yǎng)基中。在恒溫振蕩培養(yǎng)箱中35 ℃、150 r·min-1培養(yǎng)24 h后取出培養(yǎng)基,靜置3~5 min后,取1~3 mL增菌液至一滅菌EP 管中,12 000 r·min-1離心2 min,棄上清留沉淀進(jìn)行細(xì)菌基因組DNA 提取。

        (2)病毒富集。參考GB 4789.42—2016 軟質(zhì)水果和生食蔬菜中諾如病毒富集方法進(jìn)行病毒的富集,并用于病毒RNA 提取。

        (3)細(xì)菌、病毒基因組DNA/RNA 提取及質(zhì)量測定。進(jìn)行細(xì)菌、病毒基因組DNA/RNA 提取,提取后的基因組DNA 用Nanodrop 2000 測定質(zhì)量,一般要求核酸濃度在20 ng·μL-1以上,A260/A280介于1.8 ~2.0。

        1.3.3 PCR 擴(kuò)增

        以待測樣品DNA 為模板,依次加入多重PCR Buffer10 μL、EnzymeMix 0.45 μL、Hela cell total RNA 1 μL、樣品總核酸2 ~5 μL,最后用ddH2O 補(bǔ)足20 μL體系。

        PCR 擴(kuò)增程序:反轉(zhuǎn)錄45 ℃,30 min;95 ℃,2 min;95 ℃,30 s,55 ℃,30 s,72 ℃,30 s,35 cycles;72 ℃延伸5 min;12 ℃保溫。擴(kuò)增結(jié)束后,即可得到多重PCR 產(chǎn)物。

        1.3.4 膜芯片制備

        將尼龍膜裁成1.1 cm×1.1 cm 的膜條,放置于雙蒸水中浸泡15 min,用15×SSC 浸泡15 min,取出后放在濾紙上80 ℃烘干,待膜條降至室溫后,按膜芯片探針布局圖(圖1)上順序依次點(diǎn)上內(nèi)參探針(10 ~20 μmol·L-1)、各檢測靶標(biāo)探針(10 ~20 μmol·L-1)、陽性探針PC(5 μmol·L-1)以及陰性探針NC(5 μmol·L-1)。

        圖1 膜芯片探針布局圖

        1.3.5 雜交顯色將多重PCR 產(chǎn)物置于95 ℃加熱5 min 使其解鏈,立即取出低溫放置,完成雜交反應(yīng)。

        1.3.6 結(jié)果判讀

        雜交反應(yīng)結(jié)束后,對(duì)照膜芯片點(diǎn)陣圖判讀檢測結(jié)果,膜芯片探針布局圖如圖1 所示。結(jié)果有效前提:芯片上陽性質(zhì)控點(diǎn)(Positive)顯色,陰性質(zhì)控點(diǎn)(Negative)不顯色。

        2 結(jié)果與分析

        2.1 特異性測試

        陽性模板取1.1 中所述的7 種陽性樣本,按照1.3進(jìn)行實(shí)驗(yàn)操作,檢測體系特異性。檢測結(jié)果如圖2所示,各陽性核酸檢測結(jié)果靶標(biāo)點(diǎn)單一且特異,各陰性核酸無陽性探針點(diǎn)顯色,充分證明了該體系具有良好的特異性。

        圖2 膜芯片特異性測試芯片結(jié)果圖

        2.2 檢出限測試

        采 用1.1 中 的7 種 濃 度 為1.0×107copies/mL 的陽性樣本再進(jìn)行2 個(gè)梯度稀釋后檢測多重體系的檢測限,各梯度核酸加樣量為2 μL。如圖3 ~4 所示,通過肉眼觀察結(jié)合儀器信號(hào)值判斷,結(jié)果表明使用陽性樣本進(jìn)行檢測,綜合檢測限可達(dá)1.0×105copies/mL。檢出限以上的樣本,包括混合樣本均能檢測到所有陽性靶點(diǎn)。

        圖3 1.0×106 copies/mL 陽性樣本測試結(jié)果圖

        圖4 1.0×105 copies/mL 陽性樣本測試結(jié)果圖

        2.3 樣本測試

        2.3.1 市場樣本測試

        收集市場上各種即食蔬菜、水果等,提取相應(yīng)樣本中的核酸,使用已建立的多重PCR 檢測體系進(jìn)行測試,驗(yàn)證體系的可應(yīng)用性。檢測結(jié)果如圖5 所示。

        圖5 樣本應(yīng)用性評(píng)價(jià)測試結(jié)果圖

        2.3.2 模擬檢測

        選取鮮切蘋果作為樣品采用人工添加標(biāo)準(zhǔn)樣品的形式進(jìn)行模擬檢測實(shí)驗(yàn),驗(yàn)證體系的可應(yīng)用性。取沙門氏菌、大腸埃希氏菌O157、金黃色葡萄球菌、單核增生李斯特氏菌劃線平皿上的單菌落,接種至液體培養(yǎng)基中培養(yǎng)過夜,梯度稀釋至10-7~10-8(約稀釋至1 000 CFU·mL-1),分別取100 μL 接種至100 mL 共增菌培養(yǎng)基中。病毒核酸質(zhì)控品:向病毒富集體系中加入臨界濃度的病毒質(zhì)控品樣本。后續(xù)同上述樣本處理步驟,檢測結(jié)果如圖6 所示,結(jié)果均與預(yù)期相符,證明了體系具有良好的可應(yīng)用性。

        圖6 模擬檢測結(jié)果芯片圖

        3 結(jié)論

        水果蔬菜作為健康飲食的重要組成部分,其消費(fèi)量逐年上升[9]。近年來,即食果蔬食品越來越受消費(fèi)者的青睞。即食果蔬在食用前會(huì)經(jīng)過清洗、消毒、切割、分裝等諸多加工處理環(huán)節(jié),容易發(fā)生微生物污染。全世界范圍內(nèi)由即食果蔬致病微生物引起的食源性疾病事件頻發(fā)[10-11]。本研究通過對(duì)膜芯片體系檢測特異性和檢出限的測試,充分說明該技術(shù)具有穩(wěn)定性高、特異性強(qiáng)、靈敏度高的特點(diǎn)。既提高了檢測通量,也提高了檢測效率,為食品安全預(yù)防監(jiān)控、風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估等提供了一種新型、快速、有效的檢測手段。

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