生物育種技術(shù)是確保中國(guó)人將飯碗牢牢端在自己手里的重要手段。四川天豫興禾生物科技有限公司經(jīng)8年研究,建立了“基因超進(jìn)化”系統(tǒng),獲得了一批高抗除草劑的作物內(nèi)源突變基因;結(jié)合分子育種技術(shù)與常規(guī)育種方法,創(chuàng)制出一種新的基因型設(shè)計(jì)育種方法,獲國(guó)內(nèi)外授權(quán)專利12 項(xiàng),集成創(chuàng)建了“自身基因優(yōu)化育種”技術(shù),成功培育出一批高抗除草劑的水稻新品系,為作物獲得創(chuàng)新性狀提供了新思路。自優(yōu)育種的商業(yè)化應(yīng)用,不僅能助力解決種業(yè)“卡脖子”難題,還可以推動(dòng)我國(guó)生物育種技術(shù)快速發(fā)展,促進(jìn)農(nóng)業(yè)生物育種能力穩(wěn)步提升。
育種的本質(zhì)任務(wù)是創(chuàng)造變異、選擇有利變異、固定所選擇的變異。為解決抗除草劑“基因挖掘難”和“突變不定向”等技術(shù)難題,天豫興禾將分子育種技術(shù)與常規(guī)育種方法深入結(jié)合,從作物基因組中分離出多個(gè)除草劑標(biāo)靶基因,針對(duì)標(biāo)靶基因進(jìn)行隨機(jī)突變和定向篩選。該技術(shù)突變速度快、精準(zhǔn)度好、篩選效率高,可以快速獲得具有較高除草劑抗性的有益突變位點(diǎn)信息,被形象地稱為“基因超進(jìn)化”系統(tǒng)。天豫興禾通過(guò)“基因超進(jìn)化”篩選出一大批抗草甘膦和抗草銨膦的作物內(nèi)源突變基因。
為避免引入外源基因或載體系統(tǒng),天豫興禾根據(jù)“基因超進(jìn)化”獲得的突變位點(diǎn)信息和作物靶標(biāo)基因野生型序列,利用PCR 技術(shù)對(duì)該基因片段進(jìn)行定點(diǎn)、精準(zhǔn)突變,獲得不含任何非必要突變和外源序列的突變片段,通過(guò)基因槍將此片段導(dǎo)入作物優(yōu)良品種,快速獲得無(wú)載體系統(tǒng)、不含外源基因的抗除草劑作物新品系。該實(shí)驗(yàn)過(guò)程即“自身基因優(yōu)化育種”(簡(jiǎn)稱自優(yōu)育種)(圖1)。
(一)基因超進(jìn)化系統(tǒng)原理 “基因超進(jìn)化”是自優(yōu)育種的核心,是將標(biāo)靶基因置于高通量定向進(jìn)化系統(tǒng)中,進(jìn)行大量隨機(jī)突變和高效篩選的實(shí)驗(yàn)過(guò)程(該系統(tǒng)是經(jīng)過(guò)功能改造的微生物系統(tǒng),只有當(dāng)突變基因符合系統(tǒng)預(yù)設(shè)目標(biāo),例如,當(dāng)突變基因擁有抗除草劑功能時(shí),該系統(tǒng)才能正常生長(zhǎng),當(dāng)含有害突變時(shí)微生物不能存活,自動(dòng)被該系統(tǒng)淘汰,整個(gè)篩選過(guò)程在48h 內(nèi)完成),能快速篩選出具有目標(biāo)性狀的突變基因,通過(guò)測(cè)序分析,找出對(duì)基因功能有貢獻(xiàn)的氨基酸位點(diǎn),申請(qǐng)相應(yīng)突變位點(diǎn)和功能基因的知識(shí)產(chǎn)權(quán)保護(hù)。創(chuàng)建“基因超進(jìn)化”的目的,就是為了快速獲得對(duì)作物內(nèi)源基因功能有貢獻(xiàn)的突變位點(diǎn)信息(圖2)。
圖2 “基因超進(jìn)化”系統(tǒng)技術(shù)路徑圖 “基因超進(jìn)化”是一個(gè)經(jīng)過(guò)功能改造的微生物系統(tǒng),符合系統(tǒng)預(yù)設(shè)目標(biāo)的標(biāo)靶基因突變可以被快速篩選出來(lái),例如只有標(biāo)靶基因突變抗除草劑時(shí),系統(tǒng)才能正常生長(zhǎng)、繁殖,否則微生物不能存活。
(二)基因超進(jìn)化系統(tǒng)優(yōu)勢(shì) 創(chuàng)造優(yōu)良變異是育種的基礎(chǔ),“基因超進(jìn)化”直接對(duì)標(biāo)靶基因進(jìn)行精準(zhǔn)、高效突變,變異效率是化學(xué)誘變1000 倍以上;該系統(tǒng)是開(kāi)放系統(tǒng),變異方式靈活多樣,可對(duì)標(biāo)靶基因進(jìn)行隨機(jī)突變、分區(qū)突變、功能區(qū)精準(zhǔn)設(shè)計(jì)等,對(duì)篩選結(jié)果不滿意可循環(huán)突變。利用該系統(tǒng)在3 個(gè)月內(nèi)就獲得了同時(shí)含3 個(gè)有益突變的作物基因,1 年內(nèi)獲得同時(shí)含6 個(gè)有益突變的基因。天豫興禾研究發(fā)現(xiàn),農(nóng)業(yè)生產(chǎn)上需要的多個(gè)抗除草劑性狀,都需要3 個(gè)以上有益突變才能獲得,而傳統(tǒng)育種選育同時(shí)含3 個(gè)以上有益突變的難度極大?!盎虺M(jìn)化”創(chuàng)新性地解決以上難題,獲得的水稻、大豆、玉米、小麥和油菜內(nèi)源EPSPS突變基因,在抗性、酶活性等方面均優(yōu)于CP4-EPSPS?!盎虺M(jìn)化”系統(tǒng)還可用于定向改良作物光合效率、抗氧化和抗病等基因。
(三)基因超進(jìn)化獲得抗除草劑性狀 以“基因超進(jìn)化”篩選作物EPSPS基因突變體的抗性測(cè)試為例,評(píng)估各EPSPS基因突變體對(duì)草甘膦的抗性高低(部分實(shí)驗(yàn)結(jié)果見(jiàn)表1)。多個(gè)水稻OsEPSPS基因突變體表現(xiàn)出較強(qiáng)的草甘膦抗性,如2M43、2M44在100mmol/L 草甘膦濃度下能正常生長(zhǎng);水稻2M45、玉米ZmES3和大豆GmES2等基因突變體在75mmol/L 草甘膦濃度下能正常生長(zhǎng);而水稻OsEPSPS野生型基因在1mmol/L及更高的濃度下均不能正常生長(zhǎng)。天豫興禾還測(cè)試了轉(zhuǎn)基因作物中廣泛應(yīng)用的CP4-EPSPS突變基因,發(fā)現(xiàn)CP4-EPSPS能在50mmol/L 草甘膦濃度下正常生長(zhǎng)。
表1 突變體對(duì)不同濃度草甘膦的耐受性
(一)突變基因精準(zhǔn)雜交實(shí)驗(yàn)以O(shè)sEPSPS基因?yàn)槔榻B自優(yōu)育種實(shí)驗(yàn)過(guò)程。根據(jù)“基因超進(jìn)化”獲得的突變信息確定需要精準(zhǔn)突變的堿基,將突變堿基合設(shè)計(jì)在正、反向PCR 引物中。以野生型基因?yàn)槟0?,利用PCR 精準(zhǔn)擴(kuò)增出含突變堿基的片段,然后用重疊PCR 將各突變片段拼接為不含任何非必要突變和外源序列OsEPSPS突變基因。利用基因槍將突變基因?qū)氪牧妓酒贩N中,完成了基因突變精準(zhǔn)雜交實(shí)驗(yàn)。
導(dǎo)入的突變基因既是目的基因,又可作為篩選基因(在培養(yǎng)基上和苗期用草甘膦篩選)。整個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程不需要其他外源篩選基因和載體系統(tǒng),因此,也不涉及任何異源DNA 和重組DNA。
(二)抗草甘膦水稻品種改良 天豫興禾在現(xiàn)行政策允許條件下,在實(shí)驗(yàn)室封閉環(huán)境中進(jìn)行盆栽實(shí)驗(yàn),對(duì)突變基因進(jìn)行功能驗(yàn)證。將抗草甘膦基因突變精準(zhǔn)導(dǎo)入常規(guī)水稻品種,在苗期進(jìn)行草甘膦抗性測(cè)試,收獲生長(zhǎng)正常的單株進(jìn)行下一步抗性驗(yàn)證。經(jīng)過(guò)2~3 代嚴(yán)格實(shí)驗(yàn),獲得一批高抗草甘膦的水稻新品系。
另外,為測(cè)試該水稻對(duì)草甘膦抗性安全邊界,進(jìn)行了草甘膦耐受極限測(cè)試和農(nóng)藝性狀調(diào)查。多代實(shí)驗(yàn)表明,經(jīng)過(guò)自優(yōu)育種改良的水稻品系,在20 倍劑量草甘膦噴施條件下仍正常生長(zhǎng),且其他農(nóng)藝性狀無(wú)不良變化。而未改良的水稻材料(WT)噴施1 倍草甘膦7d 后全部死亡(圖3)。其中,1 倍劑量為農(nóng)藥田間推薦劑量,目前抗除草劑作物行業(yè)測(cè)試最高標(biāo)準(zhǔn)為5 倍。通過(guò)自優(yōu)育種獲得的多個(gè)抗除草劑水稻品系,對(duì)草甘膦抗性遠(yuǎn)超田間需求,具有非常高的抗除草劑安全性。
圖3 自優(yōu)育種抗除草劑水稻經(jīng)不同劑量草甘膦噴施15d 后生長(zhǎng)情況
岳榮生等在《全球抗草甘膦基因?qū)@治雠c技術(shù)展望》一文中統(tǒng)計(jì)了全球抗草甘膦基因?qū)@暾?qǐng)情況。截至2020 年10 月,天豫興禾已申請(qǐng)20 項(xiàng)抗草甘膦基因?qū)@瑢@暾?qǐng)數(shù)位居全球第8 位(表2),有6 項(xiàng)專利獲得國(guó)內(nèi)授權(quán),6 項(xiàng)獲得國(guó)際授權(quán)。其他申請(qǐng)人在抗草甘膦核心專利中披露的基因均來(lái)自細(xì)菌,而天豫興禾通過(guò)自優(yōu)育種獲得的抗草甘膦基因全部為植物內(nèi)源基因,未來(lái)具有較大的國(guó)際競(jìng)爭(zhēng)優(yōu)勢(shì)。
表2 抗草甘膦基因?qū)@攸c(diǎn)申請(qǐng)機(jī)構(gòu)情況
自優(yōu)育種與傳統(tǒng)誘變育種相比:從對(duì)整個(gè)基因組隨機(jī)誘變到直接對(duì)標(biāo)靶基因精準(zhǔn)突變,從需要第二季進(jìn)行田間大規(guī)模目標(biāo)性狀篩選到在實(shí)驗(yàn)室48h 完成篩選,自優(yōu)育種大大縮短性狀選育周期,降低育種成本。
自優(yōu)育種與轉(zhuǎn)基因相比:從自然界挖掘符合目標(biāo)性狀的外源基因到目標(biāo)明確地創(chuàng)造作物內(nèi)源基因有益突變,降低了偶然性,大幅提高基因進(jìn)化效率,顯著降低育種成本,同時(shí)有效避開(kāi)國(guó)外轉(zhuǎn)基因相關(guān)知識(shí)產(chǎn)權(quán)技術(shù)壁壘。
自優(yōu)育種技術(shù)使用場(chǎng)景多樣,可與現(xiàn)有生物育種技術(shù)搭配應(yīng)用,“基因超進(jìn)化”獲得的作物內(nèi)源功能基因,不僅能通過(guò)自優(yōu)育種技術(shù)開(kāi)發(fā)非轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品,還可利用基因編輯技術(shù)創(chuàng)造基因編輯產(chǎn)品,或利用轉(zhuǎn)基因技術(shù)開(kāi)發(fā)轉(zhuǎn)基因產(chǎn)品。
自優(yōu)育種抗除草劑作物的成功創(chuàng)制,不僅能顯著拓寬滅生性除草劑在作物中的使用范圍,還可以降低糧食生產(chǎn)成本。經(jīng)測(cè)算:每畝自優(yōu)育種抗除草劑水稻能節(jié)本增收100~200 元,包括除草成本、人工成本、田間管理成本的降低以及品質(zhì)收益提高等。在消滅抗性雜草的同時(shí),還能解決農(nóng)藥殘留、食品安全和生態(tài)環(huán)境污染等諸多問(wèn)題,有效促進(jìn)作物輕簡(jiǎn)化栽培快速發(fā)展。
下一步,天豫興禾將“基因超進(jìn)化”擴(kuò)展應(yīng)用于開(kāi)發(fā)新的高光效基因、抗病害基因等。同時(shí),自優(yōu)育種技術(shù)還擁有更廣闊的應(yīng)用范圍,不僅能用于主糧作物,還能用于其他經(jīng)濟(jì)作物。
天豫興禾作為一家專注于植物分子育種技術(shù)研發(fā)和產(chǎn)業(yè)化的高科技企業(yè),致力于為現(xiàn)代種業(yè)制造育種“芯片”,獨(dú)創(chuàng)的自優(yōu)育種技術(shù)在國(guó)內(nèi)外擁有自主知識(shí)產(chǎn)權(quán),是解決我國(guó)種業(yè)“卡脖子”難題的重要技術(shù)手段;自優(yōu)育種的商業(yè)化應(yīng)用,能有效推動(dòng)我國(guó)生物育種技術(shù)快速發(fā)展,促進(jìn)農(nóng)業(yè)生物育種能力穩(wěn)步提升,實(shí)現(xiàn)生物育種產(chǎn)業(yè)繁榮穩(wěn)定。