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        基于超高效液相色譜-串聯(lián)高分辨質(zhì)譜的血清代謝組學(xué)用于探索區(qū)分結(jié)直腸腺瘤和結(jié)直腸癌的生物標(biāo)志物

        2023-02-20 11:34:02楊珊伊陳鴻煒周海琳朱一帆張嘉豪王旋成黃宗聲張淇淞
        分析測(cè)試學(xué)報(bào) 2023年2期
        關(guān)鍵詞:代謝物組學(xué)脂肪酸

        楊珊伊,陳鴻煒,周海琳,朱一帆,張嘉豪,王旋成,黃宗聲,張淇淞,2*

        (1.廣西大學(xué) 醫(yī)學(xué)院,廣西 南寧 530004;2.湖北民族大學(xué) 風(fēng)濕性疾病發(fā)生與干預(yù)湖北省重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,湖北 恩施 445000;3.廣西壯族自治區(qū)人民醫(yī)院消化內(nèi)科,廣西 南寧 530021)

        據(jù)世界衛(wèi)生組織統(tǒng)計(jì),結(jié)直腸癌(Colorectal cancer,CRC)是世界3種最常見(jiàn)的惡性腫瘤之一[1]。雖然腫瘤的治療技術(shù)在不斷發(fā)展,但CRC致死數(shù)仍占癌癥死亡總數(shù)的9.40%,是腫瘤致死的第二大原因。研究報(bào)道,CRC主要通過(guò)腺瘤-癌途徑發(fā)展而來(lái),結(jié)直腸腺瘤(Colorectal adenoma,CA)是CRC的重要癌前病變,通常CA形成CRC完成整個(gè)癌變過(guò)程約需要10 ~ 15年時(shí)間[2-3],該階段無(wú)特異性臨床癥狀,隱匿性較強(qiáng),一旦發(fā)展為CRC,患者的治愈率和生存率將大大降低?;颊呷裟茉贑A階段獲得及時(shí)診斷和治療可明顯改善其生存率和治愈率,因此,CRC的早期篩查對(duì)于其預(yù)防與診療至關(guān)重要[4]。

        由于CA發(fā)展的隱匿性,其通常難以被發(fā)現(xiàn)從而導(dǎo)致診斷延遲或漏診等問(wèn)題,最終導(dǎo)致CRC的治療和預(yù)后效果不理想[5]。目前,傳統(tǒng)的結(jié)直腸鏡檢查是診斷CRC的金標(biāo)準(zhǔn)。然而,結(jié)直腸鏡檢查屬于侵入性檢查,易導(dǎo)致患者的耐受性差,以及穿孔和出血等并發(fā)癥的發(fā)生[6]。其他非侵入性方法,如無(wú)創(chuàng)定量糞便免疫化學(xué)檢測(cè)可用于CRC早期無(wú)創(chuàng)篩查[7],但敏感性和特異性不佳。因此,急需尋找一種安全、微創(chuàng)且高效的生物標(biāo)志物用于CRC的早期診斷和篩查。

        相較傳統(tǒng)的結(jié)直腸鏡檢查,基于微創(chuàng)或非侵入性生物標(biāo)志物的診斷檢測(cè)具有明顯優(yōu)勢(shì)[8-9]。其中高通量組學(xué)技術(shù)(代謝組學(xué)與脂質(zhì)組學(xué)技術(shù)等)被視為疾病診斷和預(yù)后生物標(biāo)志物發(fā)現(xiàn)的重要前沿技術(shù)[10]。代謝組學(xué)技術(shù)可以檢測(cè)到生物代謝途徑的細(xì)微差別,有助于進(jìn)一步揭示機(jī)體生理或病理變化的潛在機(jī)制。盡管代謝組學(xué)技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于多個(gè)研究領(lǐng)域,包括癌癥等多種疾病的診療研究[11],但其在CA和CRC患者判別生物標(biāo)志物的相關(guān)研究尚無(wú)報(bào)道。研究表明,系統(tǒng)性生物流體中代謝譜的變化主要反映宿主對(duì)炎癥或腫瘤等病理變化的反應(yīng)[12],其中血清代謝物水平的變化可直接反映機(jī)體內(nèi)源性代謝變化和病理改變,同時(shí)激活的免疫反應(yīng)會(huì)影響血液中代謝物的種類或豐度,從而有助于及早發(fā)現(xiàn)機(jī)體的代謝失調(diào)和病變。目前,通過(guò)代謝組學(xué)技術(shù)發(fā)現(xiàn)的診斷標(biāo)志物包括甘油三酯、磷脂酰甘油、5-羥色胺等,對(duì)于CRC的臨床診療評(píng)估有重要作用[13]。但是目前尚缺乏可用于CRC早期診斷的微創(chuàng)生物標(biāo)志物,因此,臨床上迫切需要發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)志物來(lái)輔助CRC的早期診斷和預(yù)防,以降低CRC的發(fā)病率與死亡率。

        本研究利用高靈敏度和高分辨率的超高效液相色譜-串聯(lián)高分辨質(zhì)譜(UHPLC-HRMS)技術(shù)對(duì)CA及CRC患者進(jìn)行血清非靶向代謝組學(xué)研究,通過(guò)對(duì)比發(fā)現(xiàn)CA與CRC患者的血清代謝輪廓差異,結(jié)合多元統(tǒng)計(jì)分析進(jìn)行差異代謝物的篩選和評(píng)價(jià),進(jìn)而獲得對(duì)CA和CRC患者具有良好判別效能的生物標(biāo)志物,以輔助CRC的早期診斷,從而針對(duì)性地延緩或阻止CA的癌變過(guò)程。同時(shí),基于富集和通路分析的主要紊亂代謝通路的發(fā)現(xiàn)也為揭示CA惡性轉(zhuǎn)化的潛在代謝機(jī)制提供了支持。

        1 實(shí)驗(yàn)部分

        1.1 儀器與試劑

        UHPLC-HRMS儀(美國(guó)賽默飛世爾科技公司);高速冷凍離心機(jī)(德國(guó)艾本德公司);密理博超純水系統(tǒng)(美國(guó)密理博公司);渦旋器(上海精科儀器有限公司);超聲儀(上海生析超聲儀器有限公司);制冰機(jī)(意大利Scotsman公司);甲醇、二氯甲烷、異丙醇、乙腈、甲酸銨、甲酸均為色譜純(美國(guó)默克公司)。

        1.2 樣本來(lái)源與制備

        本研究方案通過(guò)廣西壯族自治區(qū)人民醫(yī)院倫理委員會(huì)批準(zhǔn)(編號(hào):KY-DZX-202008),收集的所有血清樣本和受試者信息均征求受試者的書(shū)面同意,并簽署知情同意書(shū),共納入64例CA患者和84例CRC患者。所有受試者術(shù)前禁食8 h,之后將血清樣品收集于凝血管中,以5 000 r/min在4 ℃下離心10 min,將上清液轉(zhuǎn)移到新的EP管中并于?80 ℃下儲(chǔ)存?zhèn)溆?。將預(yù)冷的乙腈(200 mL)添加至50 mL血清中,渦旋3 min后在4 ℃下以13 000 r/min離心10 min,吸取全部上清液并進(jìn)行真空干燥。最后用100μL 75%乙腈水溶液(含0.5 μmol/L D4-脫氧膽酸和他莫昔芬)復(fù)溶,渦旋3 min后于4 ℃下以13 000 r/min離心20 min,收集全部上清液用于代謝組學(xué)分析。每個(gè)樣品取5 μL混合作為質(zhì)量控制(QC)樣品。在樣品分析前,通過(guò)平衡分析系統(tǒng)與至少6份空白樣品和6份QC樣品驗(yàn)證分析系統(tǒng)和方法的重復(fù)性與穩(wěn)定性[14]。

        1.3 液相色譜與質(zhì)譜條件

        液相色譜條件:Waters Acquity UPLC HSS T3色譜柱(100 mm × 2.1 mm,1.8 μm);流動(dòng)相:正離子模式為0.1%甲酸乙腈(A)?0.1%甲酸水(B),負(fù)離子模式為0.01%甲酸乙腈(A)?0.01%甲酸水(B)。洗脫程序均為:0.0 ~ 2.0 min,2% A;2.0 ~ 13 min,2% ~ 100% A;13 ~ 18 min,100% A;18 ~ 20 min,100% ~ 2% A。柱溫為40 ℃,流速為0.4 mL/min;進(jìn)樣量為5 μL。

        質(zhì)譜條件:電噴霧離子源(ESI),輔助氣流速為10 μL/min,鞘氣流速為40 μL/min,離子傳輸管溫度為320 ℃,霧化溫度為400 ℃,噴霧電壓為3.50 kV(正離子)或2.80 kV(負(fù)離子);數(shù)據(jù)采集模式為Full Scan + ddMS2,一級(jí)掃描范圍為m/z100 ~ 1 200,一級(jí)和二級(jí)質(zhì)譜的質(zhì)量分辨率分別為70 000和17 500。

        1.4 代謝組學(xué)數(shù)據(jù)處理與分析

        將代謝組學(xué)原始數(shù)據(jù)導(dǎo)入數(shù)據(jù)處理軟件Compound Discovery 3.2中,對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行峰對(duì)齊和歸一化處理,然后提取獲得含質(zhì)荷比、保留時(shí)間和峰強(qiáng)度的三維數(shù)據(jù)文件。通過(guò)SIMCA-P14.0軟件對(duì)代謝組學(xué)的三維數(shù)據(jù)進(jìn)行主成分分析(PCA)和正交偏最小二乘判別分析(OPLS-DA),并采用200次置換檢驗(yàn)進(jìn)一步考察分析模型的可靠性和適用性,避免過(guò)擬合。由于機(jī)體內(nèi)源性的代謝水平易受到外界因素影響,因此,為減少組間差異代謝物的假陽(yáng)性率,并根據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道和課題組的前期研究,以變量重要性投影(VIP)> 1.00,倍數(shù)變化> 1.50或< 0.67且P< 0.05作為標(biāo)準(zhǔn)篩選組間差異代謝物[14-15]。隨后,根據(jù)精確分子量以及離子碎裂信息,利用儀器自帶數(shù)據(jù)庫(kù)(mzCloud及mzValut)和HMDB數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)組間差異代謝物進(jìn)行初步鑒定。最后,利用MetaboAnalyst軟件對(duì)差異代謝物進(jìn)行富集分析和通路分析,通過(guò)受試者工作特征曲線(ROC)分析對(duì)差異代謝物進(jìn)行判別效能評(píng)價(jià)。

        2 結(jié)果與討論

        2.1 主成分分析

        將CA組、CRC組和QC組樣本在正、負(fù)離子模式下建立PCA模型進(jìn)行分析,考察儀器系統(tǒng)和檢測(cè)方法的穩(wěn)定性及樣本的分布趨勢(shì)。由圖1A和1B可知,QC組樣本在2種ESI模式下的聚集情況良好,說(shuō)明儀器的穩(wěn)定性和重現(xiàn)性良好,可滿足代謝組學(xué)的分析要求。其中,CA組和CRC組的區(qū)分較為明顯,說(shuō)明兩組的血清代謝譜存在差異。與ESI?模式相比,在ESI+模式下,CA和CRC組的樣本簇之間分離趨勢(shì)更明顯。兩組中大部分的樣本點(diǎn)均在95%的置信區(qū)間內(nèi),只有少數(shù)CRC組的樣本點(diǎn)分布在區(qū)間外,可能是由于存在較大的個(gè)體差異。此外,兩組的部分樣本點(diǎn)存在重疊,說(shuō)明CA與CRC組間有一定的相似性,兩者的鑒別存在一定難度。

        2.2 正交偏最小二乘判別分析

        為進(jìn)一步探究CA組與CRC組之間的代謝輪廓差異,基于PCA分析所涉及的代謝特征進(jìn)行OPLSDA分析,以篩選組間差異代謝物。與PCA分析的三維得分圖(圖1A、1B)相比,OPLS-DA分析的三維得分圖(圖1C、1D)中CA與CRC組的組間區(qū)分更顯著,能更直觀地表明兩者血清代謝譜的差異。在OPLS-DA模型中,正離子模式下的R2X、R2Y、Q2值分別為0.358、0.935、0.760,負(fù)離子模式下分別為0.192、0.973、0.767,說(shuō)明該模型表現(xiàn)出良好的數(shù)據(jù)解釋和預(yù)測(cè)能力。隨后,采用200次置換檢驗(yàn)進(jìn)一步考察該模型的可靠性與合理性。如圖1E和1F所示,正離子模式下的置換檢驗(yàn)主要評(píng)價(jià)參數(shù)R2Y、Q2、P值分別為0.944、?0.261和0.000,負(fù)離子模式下分別為0.685、?0.358和0.000,且兩者的直線初始點(diǎn)均高于樣品點(diǎn),提示該模型不存在過(guò)擬合,數(shù)據(jù)分析合理。

        圖1 CA與CRC組血清代謝組學(xué)的多元統(tǒng)計(jì)分析Fig.1 Multivariate statistical analysis for the serum metabolomics of CA and CRC patients PCA score plots in ESI+(A) and ESI?(B) modes,respectively;OPLS-DA score plots in ESI+(C) and ESI?(D) modes,respectively;OPLS-DA corresponding permutation tests in ESI+(E) and ESI?(F) modes,respectively

        2.3 差異代謝物的篩選及其判別效能評(píng)價(jià)

        根據(jù)兩組間的倍數(shù)變化和差異分析統(tǒng)計(jì)值,以倍數(shù)變化> 1.50或< 0.67,且P< 0.05為標(biāo)準(zhǔn)并結(jié)合VIP > 1.00篩選組間的差異代謝物,共確定66種差異代謝物。其中,甘油磷脂、脂肪酸、鞘磷脂、類固醇、氨基酸、膽堿、核苷的數(shù)量構(gòu)成比例分別為40.91%、28.79%、10.61%、7.58%、7.57%、1.51%、3.03%(圖2)。甘油磷脂和脂肪酸的占比最大,總構(gòu)成比高達(dá)69.70%,表明兩者所涉及的代謝紊亂可能與CA惡性轉(zhuǎn)變?yōu)镃RC有關(guān)。

        圖2 不同類別組間差異代謝物的構(gòu)成分布Fig.2 Component distribution of differential metabolites between CA and CRC groups

        同時(shí),采用ROC分析評(píng)估上述66種差異代謝物對(duì)CA和CRC的辨別能力,計(jì)算AUC值后選擇最合適的截止點(diǎn),優(yōu)化每種差異代謝物的靈敏度和特異性。在ROC分析前,對(duì)代謝組數(shù)據(jù)進(jìn)行QC歸一化處理,以有效降低個(gè)體差異和系統(tǒng)誤差的影響。通過(guò)差異代謝物的AUC值評(píng)估其作為生物標(biāo)志物對(duì)CA與CRC的判別效能,共確定11種對(duì)CA與CRC具有良好鑒別能力的差異代謝物作為潛在的生物標(biāo)志物(AUC > 0.800)。其中,ESI+模式下有7種代謝物,ESI?模式下有4種代謝物。腺嘌呤的AUC值高達(dá)0.952,而乙酰肉堿20∶1(ACar 20∶1)的AUC值為0.801?;赗OC分析,進(jìn)一步探討這些潛在生物標(biāo)志物在組間的水平變化趨勢(shì)。如表1所示,與CA組相比,其中10種差異代謝物在CRC組血清中均呈顯著上調(diào)趨勢(shì),大部分為甘油磷脂與脂肪酸類代謝物,說(shuō)明甘油磷脂和脂肪酸的代謝水平上調(diào)可能參與CA的癌變過(guò)程。最后根據(jù)精確分子量和碎裂離子信息,利用儀器自帶數(shù)據(jù)庫(kù)和HMDB數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)上述11種差異代謝物的結(jié)構(gòu)進(jìn)行初步鑒定,結(jié)果顯示匹配效果良好(圖3)。

        圖3 高判別效能差異代謝物的鑒定效果Fig.3 Identification effect of differential metabolites with high discriminant ability for the CA and CRC patients

        表1 CA與CRC患者的血清生物標(biāo)志物Table 1 Serum biomarkers for the discrimination between CA and CRC patients

        2.4 差異代謝物的多元ROC分析及代謝通路分析

        根據(jù)MetaboAnalyst 5.0軟件,采用基于支持向量機(jī)(SVM)算法的多元ROC分析自動(dòng)選擇最佳代謝物組合。如圖4所示,11種組間差異代謝物是主要的選擇與考察變量,利用多元ROC分析的AUC值評(píng)價(jià)其在區(qū)分CA和CRC方面的判別效能。圖4B為由圖4A中的前2、3、5、7、10和11種差異代謝物構(gòu)建的分類模型的ROC曲線及其AUC值。結(jié)果顯示,最佳的潛在生物標(biāo)志物是由前5種差異代謝物組成的標(biāo)志物組合(AUC = 0.941,95% CI = 0.901 ~ 0.987),其AUC值大于大部分單個(gè)差異代謝物的AUC值(圖4B)。因此,前5種差異代謝物的組合可作為CA癌變成CRC的潛在判別標(biāo)志物。

        使用MetaboAnalyst 5.0對(duì)上述鑒定的66種差異代謝物進(jìn)行代謝物富集分析及通路分析,以初步探索與CA癌變相關(guān)的代謝通路機(jī)制。富集分析結(jié)果如圖4C所示,根據(jù)P< 0.05篩選出不飽和脂肪酸的生物合成、亞油酸代謝、嘌呤代謝途徑是影響CA惡變?yōu)镃RC的關(guān)鍵代謝途徑。通路分析結(jié)果如圖4D所示,以影響因子(IF) > 0.1或P< 0.05為標(biāo)準(zhǔn)確定與CA惡性轉(zhuǎn)化關(guān)聯(lián)緊密的代謝通路,可以明顯看出不飽和脂肪酸的生物合成、嘌呤代謝和亞油酸代謝是影響CA癌變轉(zhuǎn)化的關(guān)鍵代謝通路。綜合代謝物富集與通路分析結(jié)果可得,上述3條代謝通路的紊亂可能與CA惡性轉(zhuǎn)化密切相關(guān)。

        圖4 差異代謝物的多元ROC 分析與代謝通路分析Fig.4 Multivariate ROC analysis and metabolic pathway analysis by differential metabolites between CA and CRC groups

        2.5 討 論

        近年來(lái),大部分研究致力于探索CRC的潛在診斷生物標(biāo)志物,但目前尚無(wú)通過(guò)血清代謝組學(xué)研究用于判別CA與CRC患者以輔助CRC早期診斷的可靠生物標(biāo)志物[15]。Gumpenberger等[16]通過(guò)血漿代謝

        組學(xué)研究發(fā)現(xiàn),在CA和CRC之間有48種差異代謝物,主要包括溶血磷脂酰膽堿和磷脂酰膽堿。在本研究中,磷脂酰膽堿同樣被鑒定為主要的差異代謝物,其在兩組差異代謝物中數(shù)量占比最大,同時(shí)在多元ROC分析中的判別性能最高的代謝物組合中包括3種磷脂酰膽堿(PC36∶3、PC18∶0、PC20∶4)。除了磷脂酰膽堿外,本研究還發(fā)現(xiàn)脂肪酸也是區(qū)分CRC與CA的重要潛在生物標(biāo)志物。通常來(lái)說(shuō),癌細(xì)胞中高表達(dá)脂肪酸,以滿足其快速增殖對(duì)上調(diào)合成、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和細(xì)胞膜形成所需的能量需求。Zhou等[17]的血清脂質(zhì)組學(xué)研究中,4種脂肪酸(棕櫚酸、二十二碳六烯酸、4-十二烷基苯磺酸、15Z-9,12,13-三羥基-15-十八碳烯酸)也被確定為對(duì)CA具有良好診斷性能(AUC > 0.80)的潛在脂質(zhì)標(biāo)志物。

        一般情況下,CA轉(zhuǎn)化為CRC的過(guò)程通常受到多條代謝通路的影響。Mokhtari等[18]對(duì)不飽和脂肪酸的生物合成與CRC進(jìn)展相關(guān)的機(jī)制進(jìn)行了研究,與正常組相比,CRC組中基于GEO和TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)分析的不飽和脂肪酸生物合成途徑的基因數(shù)量顯著增加,包括ELOVL5、TECR、HSD17B112和FADS2基因等,表明了不飽和脂肪酸代謝與CRC發(fā)生發(fā)展的相關(guān)性。同樣,本研究也發(fā)現(xiàn)相較于CA組,CRC中的脂肪酸含量明顯增加,且通過(guò)代謝物通路及富集分析發(fā)現(xiàn)不飽和脂肪酸代謝通路的失調(diào)與CA的癌變密切相關(guān)。此外,有研究分析了CRC大鼠模型的糞便和血漿樣本,發(fā)現(xiàn)相較于正常組,CRC組樣本中的亞油酸含量顯著升高,表明亞油酸代謝的紊亂是CRC大鼠模型的重要代謝特征[19]。相似地,本文的研究結(jié)果也顯示亞油酸水平在CRC階段顯著增加,表明亞油酸代謝的上調(diào)對(duì)腺瘤-癌途徑的發(fā)展進(jìn)程有促進(jìn)作用。腫瘤細(xì)胞不受控制的無(wú)限增殖是癌癥形成的主要標(biāo)志,而腫瘤細(xì)胞中嘌呤代謝物呈現(xiàn)顯著上調(diào),嘌呤通過(guò)各種受體亞型在細(xì)胞免疫反應(yīng)和細(xì)胞因子釋放中充當(dāng)有效的調(diào)節(jié)劑,在很大程度上參與腫瘤的產(chǎn)生[20]。本研究也發(fā)現(xiàn)嘌呤代謝紊亂與CA的惡化密切相關(guān),且腺嘌呤對(duì)CA和CRC具有最高的判別效能而作為潛在生物標(biāo)志物。然而,上述論證聚焦于通過(guò)對(duì)CRC組與正常組的比較來(lái)探討影響癌癥產(chǎn)生的代謝機(jī)制,在本研究中,基于CA與CRC患者血清差異代謝物的富集和通路分析發(fā)現(xiàn),不飽和脂肪酸、嘌呤代謝以及亞油酸代謝通路的紊亂不僅如文獻(xiàn)報(bào)道所述與CRC的發(fā)生有關(guān),同時(shí)也與CA癌變的潛在機(jī)制有關(guān)。

        綜上所述,本研究系統(tǒng)揭示了CA與CRC的血清代謝譜差異,發(fā)現(xiàn)11種差異代謝物對(duì)兩組患者表現(xiàn)出良好的鑒別效能,可作為潛在生物標(biāo)志物。特別是其中5種差異代謝物(PC36∶3、腺嘌呤、鞘氨醇、PC18∶0、PC20∶4)組成的代謝物組合可以作為鑒別CA與CRC的潛在生物標(biāo)志物。此外,還發(fā)現(xiàn)不飽和脂肪酸的生物合成、嘌呤代謝和亞油酸代謝的紊亂可能與CA惡性轉(zhuǎn)化密切相關(guān)。本研究結(jié)果為進(jìn)一步揭示結(jié)直腸腺瘤-癌途徑在CRC發(fā)生發(fā)展過(guò)程中的潛在作用機(jī)制提供了參考。

        3 結(jié) 論

        CRC的早期篩查與治療是降低其發(fā)病率和死亡率的有效途徑,代謝組學(xué)技術(shù)在腫瘤早期篩查中表現(xiàn)出巨大的應(yīng)用潛力。本文利用高通量和高靈敏度的UHPLC-HRMS技術(shù)對(duì)CA與CRC患者的血清樣本進(jìn)行代謝組學(xué)分析,系統(tǒng)揭示了兩者的代謝輪廓存在明顯差異,其中,甘油磷脂和脂肪酸是主要差異代謝物,表明其代謝紊亂可能參與CA的癌變過(guò)程。此外,5種差異代謝物的組合(包括PC36∶3、腺嘌呤、鞘氨醇、PC18∶0、PC20∶4)在區(qū)分CA和CRC方面表現(xiàn)了出色的判別效能,可作為潛在的判別標(biāo)志物。總體上,本研究為深入研究CA與CRC的血清代謝特征差異以及CA的癌變代謝機(jī)制提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù),同時(shí)也對(duì)兩者的臨床鑒別和CRC的早期診斷具有較高的參考意義。由于臨床樣本和動(dòng)物模型的限制,本研究的相關(guān)發(fā)現(xiàn)仍需進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。

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