汪姣,包良,杜吉雅,張菱芳,王海生
(內(nèi)蒙古醫(yī)科大學,內(nèi)蒙古 呼和浩特 010059)
肝癌是常見的惡性腫瘤,是發(fā)病率和病死率最高的5種癌癥之一[1]。肝癌治療方法多樣,目前臨床以手術(shù)治療、化療、放療和靶向治療等療法為主[2]。因肝癌早期癥狀不明顯,患者就診時多為中晚期,不再適合手術(shù)治療,晚期肝癌患者的治療方法有限,且復發(fā)率高、易發(fā)生轉(zhuǎn)移。中醫(yī)藥療法在治療肝癌的過程中有預防復發(fā)、轉(zhuǎn)移等優(yōu)點[3]。
斑蝥素(cantharidin)是傳統(tǒng)中藥斑蝥的有效提取成分,研究表明其對胃癌、肺癌、乳腺癌和胰腺癌等多種腫瘤細胞具有較強的抑制作用[4]。斑蝥素可通過阻滯肝癌細胞周期使其停滯在G2/M 期,有效抑制其增殖,并促進凋亡,從而發(fā)揮抗癌效應[5];還可通過下調(diào)P-糖蛋白表達情況,逆轉(zhuǎn)肝癌HepG2/ADM 的多藥耐藥性[6]。目前,針對斑蝥素治療肝癌的機制進行了大量研究,但主要以單靶點、單通路的作用機制為主,對其潛在的機制尚未進行系統(tǒng)的研究。因此,筆者運用網(wǎng)絡藥理學和分子對接技術(shù)進一步對斑蝥素治療肝癌的作用機制進行系統(tǒng)分析,以期為后續(xù)研究提供理論依據(jù)。
1.1.1 細胞株
人肝癌細胞株HepG2 細胞為本實驗室凍存,在37 ℃、5%CO2的細胞箱中培養(yǎng)。
1.1.2 試驗藥物、主要試劑及儀器
斑蝥素(美國Sigma公司,25 mg/瓶,批號:C7632),溶于DMSO 溶液中,配制成50 mmol/L 的母液,在?20 ℃冰箱中保存?zhèn)溆谩?/p>
1640 培養(yǎng)基、胎牛血清(美國Gibco 公司,批號:8121174、2117119);CCK-8(大連美侖生物技術(shù)有限公司,批號:MA0218-5-May-15E);RIPA 裂解液(上海尚寶生物科技有限公司,批號:1092891);二甲基亞砜(DMSO,北京索萊寶有限公司,批號:67-68-5);RNA 提取試劑盒、反轉(zhuǎn)錄試劑盒、熒光定量試劑盒(日本Takara 生物公司,批號:PK0542、AKG0730A、AKE1154A);Akt、PT3K(美國Affinity 公司,批號:AF6214、AF6261);ECL 顯色液(美國伯樂公司,批號:102031721);BCA 蛋白定量試劑盒(美國Thermo 公司,批號:VL316399);Matrigel 膠(上海碧云天有限公司,批號:120420210222)。
多功能酶標儀(美國thermo公司);PCR 儀(美國羅氏公司);電泳儀、轉(zhuǎn)膜儀(美國伯樂公司)。
1.2.1 斑蝥素靶點的篩選
通過PubChem(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/)數(shù)據(jù)庫獲取斑蝥素的2D 結(jié)構(gòu)和SMILES 表達式,運用中藥系統(tǒng)藥理學數(shù)據(jù)庫與分析平臺(TCMSP,https://old.tcmsp-e.com/tcmsp.php)和SwissTargetPrediction(https://www.swisstargetprediction.ch/)數(shù)據(jù)庫,將Organism 設置為Homo Sapiens(人類),入選預測概率選擇大于0,將兩個數(shù)據(jù)庫中獲得的靶點合并去重,得到斑蝥素的預測靶點。
1.2.2 肝癌靶點的獲取
以“l(fā)iver cancer”為關(guān)鍵詞進行檢索,在GeneCards數(shù)據(jù)庫(https://www.genecards.org/)和TTD 數(shù)據(jù)庫(http://db.idrblab.net/ttd/)中獲取肝癌的潛在靶點。在GeneCards數(shù)據(jù)庫中,Score值越高則代表該靶點與疾病聯(lián)系越密切,因此,以Score值為條件,將Score值大于中位數(shù)的靶點選擇為肝癌的潛在靶點。合并兩個數(shù)據(jù)庫中獲得的交集靶點,刪除重復,得到疾病相關(guān)的靶點。利 用Venny 2.1(https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html)對藥物作用靶點和疾病靶點取交集,得到“斑蝥素-肝癌”共同靶點31個。
1.2.3 蛋白質(zhì)相互作用(PPI)網(wǎng)絡構(gòu)建及核心蛋白的篩選
運用STRING 數(shù)據(jù)庫,輸入31個共同靶基因,將物種設置為Homo Sapiens,選擇交互作用大于0.4,去除游離節(jié)點,下載“tsv”格式的數(shù)據(jù),將其導入Cytoscape 3.7.2軟件中,構(gòu)建PPI 網(wǎng)絡。將同時滿足Degree、Betweenness 和Closeness 三項數(shù)據(jù),并在平均值之上的靶基因選為核心靶點。
1.2.4 GO功能富集和KEGG通路富集分析
基于DAVID 數(shù)據(jù)庫(https://david.abcc.ncifcrf.gov/)進行GO 功能富集和KEGG 通路富集分析。將得到的交集靶點基因上傳至DAVID 數(shù)據(jù)庫,并以P<0.05為篩選條件,將結(jié)果繪制成氣泡圖。
1.2.5 分子對接
從TCMSP數(shù)據(jù)庫下載斑蝥素mol2結(jié)構(gòu),從蛋白數(shù)據(jù)PDB 數(shù)據(jù)庫(http://www.rcsb.org/)中選擇下載核心靶點度值前6 的蛋白質(zhì)3D 結(jié)構(gòu)的pdb 格式文件,并要求所選擇的蛋白盡量滿足以下條件[7]:①選擇物種為人;②蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中必須有1 個或多個小分子配體;③分辨率高;④pH 值接近人體正常生理范圍。利用AutoDock 4.2.6 軟件進行分子對接,并通過Pymol 2.4.0軟件將對接結(jié)果可視化。
1.2.6 CCK檢測HepG2增殖
HepG2細胞以濃度1×105/mL均勻接種至96孔細胞培養(yǎng)板中,每孔100 μL。待細胞貼壁后分別加入終濃度為0、2.5、5、10、20 μmol/L的斑蝥素,培養(yǎng)24、48、72 h后,每孔加入10 μL CCK-8試劑,繼續(xù)培養(yǎng)2 h。用酶標儀測定450 nm波長的光密度值(optical density,OD)。
1.2.7 實時熒光定量聚合酶鏈式反應(Real-time PCR)檢測mRNA的水平
按照Trizol 試劑(Invitrogen)說明書提取實驗組和對照組的細胞內(nèi)總RNA,采用Nanodrop ND-1000 測定RNA 的濃度和純度,使用cDNA 逆轉(zhuǎn)錄試劑盒(TaKaRa)對1 μg 的RNA 進行逆轉(zhuǎn)錄,再以cDNA 為模板,以10 μL 的反應體系進行PCR 反應。反應條件為95 ℃預變性30 s,PCR 反應:95 ℃變性5 s,60 ℃延伸45 s,72 ℃退火10 s,進行45個循環(huán)。引物序列見表1,以GAPDH 作為內(nèi)參對照,結(jié)果以2-ΔΔCt表示mRNA 相對表達量。
表1 核心靶蛋白引物序列表
1.2.8 Western blot法檢測蛋白的表達
細胞接種至6 孔培養(yǎng)板中,用5 μmol/L 斑蝥素分別刺激細胞0、3、5、10、15 min,加入含1 mmol/L PMSF的RIPA 裂解液裂解細胞。12 000 r/min、4 ℃離心20 min,取上清,按照BCA 試劑盒說明書測定蛋白濃度。按每15 μL 蛋白樣品加入5 μL 蛋白上樣緩沖液,100 ℃變性5 min 后,經(jīng)10%聚丙烯酰胺凝膠電泳分離蛋白樣品、半干轉(zhuǎn)至聚偏二氟乙烯(PVDF)膜上。用5%脫脂牛奶室溫封閉2 h,加入一抗PI3K(1∶2 000)、Akt(1∶2 000)、GAPDH(1∶1 000)在4 ℃孵育過夜,TBST 洗膜3 次,每次10 min,加入山羊抗兔二抗(1∶100 000)室溫孵育2 h,TBST 洗膜3 次,每 次10 min。ECL 顯色液以1∶1 體積比混合滴在PVDF 膜上,使用凝膠成像拍照,利用Image J 軟件定量目標條帶的相對蛋白表達水平。
數(shù)據(jù)采用GraphPad Prism 7 軟件進行統(tǒng)計學處理,以均數(shù)± 標準差()表示,多組間比較采用單因素方差分析,以P<0.05 表示差異具有統(tǒng)計學意義。
從TCMSP 和Swiss Target Prediction 中共獲得斑蝥素的靶點53個,去除重復靶點后得到32個靶點。利用GeneCards 數(shù)據(jù)庫和TTD 數(shù)據(jù)庫,選擇Relevance Score值大于中位數(shù)的為肝癌的靶點。從TTD 數(shù)據(jù)庫中獲取1 468 個,GeneCards 數(shù)據(jù)庫獲得8 408 個,將兩個數(shù)據(jù)庫中篩選出的靶點合并、去重后共得到8 408個肝癌的靶點,運用Venny 2.1 平臺取交集后得到31 個共同靶點,分別是PPP2R2A、ADORA2B、ABCB1、POLB、CASP3、PTPN1、HSD11B1、BIRC5、PTGES、OPRK1、PTGS2、FGFR4、GABRA1、STAR、OPRM1、PRKCA、ELANE、UGT2B7、PREP、BCL2、PPP5C、CDC25A、PRKCD、VDR、PPP1CA、HMGCR、CAMK4T、P53、PTEN、PPP1CC和BAX。
上傳得到的交集靶基因至STRING 數(shù)據(jù)庫,然后下載數(shù)據(jù)導入Cytoscape 3.7.2 軟件構(gòu)建PPI 網(wǎng)絡圖,結(jié)果見圖1,其中包含26 個節(jié)點和61 條連線,節(jié)點代表靶點,依據(jù)度值(Degree)設定,顏色由淺到深代表度值由小到大。對網(wǎng)連線則代表靶點之間的相互作用。節(jié)點顏色和大小絡中的節(jié)點進行拓撲分析得到度值、介度、緊密度的中位數(shù)分別為4、0.004 9、0.458 8,將同時滿足大于度值、介度、緊密度3個參數(shù)中位數(shù)的靶點列為核心靶點,參數(shù)見表2。由此推斷TP53、PTEN、CASP3等核心靶點在斑蝥素治療肝癌的過程中起著重要作用。
圖1 交集靶點PPI網(wǎng)絡圖
表2 核心靶點及相關(guān)參數(shù)
基于DAVID 數(shù)據(jù)庫對交集靶點進行富集分析(P<0.05),以P值為篩選條件,選擇排名前十條繪制成氣泡圖,見圖2和圖3。GO 分類富集分析顯示,斑蝥素在治療肝癌的過程中參與了87 條生物過程(BP)(圖2a),主要包括蛋白質(zhì)去磷酸化、細胞增殖、細胞周期的調(diào)控等;涉及21 條分子功能(圖2b),主要為蛋白結(jié)合、酶結(jié)合、蛋白質(zhì)磷酸酶活性、蛋白絲氨酸/蘇氨酸磷酸酶活性、蛋白磷酸酶2A結(jié)合、蛋白磷酸酶活性等。GO 分類富集分析得出16 條細胞組分(圖2c),主要包括細胞質(zhì)、細胞液、細胞核、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、線粒體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的膜、蛋白復合體等。
圖2 斑蝥素治療肝癌交集靶點的GO分析圖
KEGG 富集31 條信號通路,依據(jù)P值大小排名前二十的結(jié)果見圖3,主要涉及乙型肝炎通路、鞘脂類信號通路、PI3K/Akt 信號通路、MAPK 信號通路、細胞凋亡、p53信號通路等。
圖3 KEGG通路富集分析
將核心靶點度值(Degree)前6 的靶點進行分子對接,進一步驗證斑蝥素和肝癌的結(jié)合活性。結(jié)合自由能(Binding energy)可以評估受體和配體之間的親和性,一般認為結(jié)合能<0 kJ/mol 表明配體分子和受體蛋白能夠自發(fā)結(jié)合,結(jié)合能5 kJ/mol 表明兩者能夠較好結(jié)合[8]。結(jié)果顯示斑蝥素與核心靶點TP53、PTEN、CASP3、PTGS2、PRKCD、ABCB1 之間均有較好的結(jié)合活性。見表3和圖4。
圖4 斑蝥素治療肝癌的分子對接圖
表3 斑蝥素治療肝癌關(guān)鍵靶點結(jié)合能
采用CCK 法檢測不同濃度的斑蝥素作用于HepG2細胞24、48、72 h后對其增殖的影響。結(jié)果與空白對照組(0 μmol/L)相比,斑蝥素能顯著抑制人肝癌HepG2 細胞的增殖,并呈時間和劑量依賴性。見圖5。
采用Real-time PCR 法檢測斑蝥素作用于HepG2細胞后核心靶點mRNA 的表達情況。結(jié)果與對照組相比,斑蝥素干預組(5 μmol/L)中ABCB1(2.46 ±0.64)(P=0.017 3 <0.05)、PTEN(1.30 ± 0.13)(P=0.032 5 <0.05)、PTGS2(1.42 ± 0.07)(P=0.022 3 <0.05)和TP53(1.43 ± 0.01)(P=0.000 0 <0.01)的mRNA 表達明顯升高,差異具有統(tǒng)計學意義,而CASP3(1.04 ± 0.12)(P=0.43)和PRKCD(1.11 ± 0.08)(P=0.58)的mRNA 表達差異不具有統(tǒng)計學意義,說明斑蝥素能夠上調(diào)ABCB1、PTEN、PTGS2 和TP53 的表達。見圖5。
圖5 斑蝥素對HepG2細胞增殖及核心靶蛋白mRNA表達的影響
5 μmol/L 斑 蝥 素 作 用 于HepG2 細 胞3、5、10、15 min 后,與空白對照組(0 min)相比,5 μmol/L 斑蝥素組的PI3K、Akt 蛋白表達顯著下調(diào)(P<0.05),說明斑蝥素對PI3K/Akt 信號通路具有抑制作用。見圖6。
圖6 斑蝥素對PI3K/Akt 信號通路的影響
大量研究證明,斑蝥素對多種癌細胞具有抗腫瘤的活性,但其作用機制復雜,以往的研究多以單靶點、單通路為主。本研究運用網(wǎng)絡藥理學和分子對接技術(shù),從分子角度全面分析了斑蝥素治療肝癌的潛在作用機制。結(jié)果顯示,斑蝥素可通過TP53、PTEN、PTGS2及ABCB1等多個核心靶點發(fā)揮作用。TP53(細胞腫瘤抗原p53)是一種重要的腫瘤抑制因子,可通過調(diào)節(jié)DNA修復、細胞周期阻滯等多種細胞反應防止癌癥的發(fā)生和發(fā)展[9],部分肝癌的發(fā)生與p53基因的缺陷或突變密切相關(guān)[10]。TIAN 等[11]研究發(fā)現(xiàn)斑蝥素可通過上調(diào)TP53 抑制癌細胞的增殖和促進凋亡。PTEN基因是一種具有雙特異性磷酸酶活性的腫瘤抑制基因,其表達下調(diào)可導致腫瘤血管生成增加,促進腫瘤細胞的增殖[12]。PTGS2又稱環(huán)氧合酶-2(COX-2),在多種癌細胞中表達增加,研究表明COX-2 抑制劑對肝癌細胞有良好的抑制增殖及誘導凋亡功效[13]。而ABCB1在肝癌中高表達與肝癌的高耐藥性相關(guān)[14]。
GO分類富集分析結(jié)果顯示,斑蝥素發(fā)揮的肝癌治療作用與細胞凋亡和細胞周期密切相關(guān),早期的研究發(fā)現(xiàn)斑蝥素可通過下調(diào)β-catenin 和細胞周期蛋白(cyclin)的表達,誘導細胞凋亡和細胞周期阻滯在G2/M 期,抑制肝癌細胞增殖和自我更新[5],這也與本文的分析結(jié)果相一致。
KEGG 富集結(jié)果表明,共同靶點主要富集在PI3K/Akt、乙型肝炎通路、鞘脂類通路等。PI3K/Akt 在細胞的生長、增殖、代謝過程中發(fā)揮著重要作用,與肝癌的發(fā)生、發(fā)展轉(zhuǎn)移和耐藥等方面密切相關(guān)[15]。有研究發(fā)現(xiàn)斑蝥素通過下調(diào)EphB4 表達,調(diào)節(jié)JAK2/STAT3 和PI3K/Akt通路抑制肝癌[16]。為了進一步驗證網(wǎng)絡藥理學預測的科學性,本研究以HepG2 細胞為模型細胞,對預測的主要靶點和通路進行了實驗驗證,結(jié)果發(fā)現(xiàn)斑蝥素能夠上調(diào)TP53、ABCB1、PTEN 和PTGS2 的mRNA 表達,下調(diào)PI3K/Akt 通路中PI3K、Akt 蛋白的表達,從而抑制HepG2細胞的增殖。
本研究運用網(wǎng)絡藥理學的方法分析了斑蝥素抗肝癌的潛在作用靶點及作用機制,并用分子對接技術(shù)和體外實驗進行了驗證。結(jié)果表明,斑蝥素抗肝癌具有多靶點、多通路的特點,主要通過上調(diào)TP53、PTEN、ABCB1和PTGS2 等靶點的mRNA 表達,抑制PI3K/Akt 信號通路的激活以及HepG2細胞的增殖實現(xiàn)抗肝癌的作用。